Dynamika molekularna (MD) –numeryczne rozwiązywanie i komputerowa symulacjaprzestrzeni fazowej dlamodelu układumolekuł. Elementarne poprzezcałkowanierównań ruchu Newtona lub kompleksowo z uwzględnieniem licznych oddziaływań w celu uzyskania informacji o właściwościach zależnych od czasu. Oddziaływania między elementami układu są opisywane przez pewną funkcję oraz zespół parametrów dla tej funkcji.
Dynamika molekularna znajduje zastosowanie między innymi wbiochemii jako narzędzie do poznawania struktury i oddziaływań wbiałkach,kwasach nukleinowych i innychbiomolekułach.
Istnieje szereg pakietów oprogramowania do prowadzenia symulacji dynamiką molekularną, najpopularniejsze toABINIT (DFT),AMBER (model klasyczny),CHARMM,GROMACS,GROMOS,Materials Explorer orazNAMD.