Karierę piłkarską Domingos rozpoczął w amatorskim klubie Atlético de Leça. W wieku 13 lat podjął treningi w szkółce piłkarskiejFC Porto. W drużynach juniorskich wykazywał się wysoką skutecznością, toteż w 1987 roku trenerTomislav Ivić awansował go do kadry pierwszego zespołu i wtedy też młody José zadebiutował w rozgrywkachportugalskiej pierwszej ligi. Już w swoim pierwszym sezonie w karierze wywalczył z Porto mistrzostwo Portugalii, a jego dorobek wyniósł 8 meczów i jeden gol. Zdobył takżePuchar Portugalii. W kolejnym sezonie był już podstawowym zawodnikiem drużyny i wygrał rywalizację o miejsce w składzie zFernando Gomesem. W 1989 roku jako rezerwowy został wicemistrzem kraju, ale już w sezonie 1990/1991 ponownie występował w podstawowej jedenastce „Smoków” i stworzył linię ataku zBułgaremEmilem Kostadinowem. W całym sezonie strzelił 24 gole i został wicekrólem strzelców ligi poRui Águasie, który zaliczył jedno trafienie więcej. Za rok 1990 Domingos został uhonorowany nagrodą Piłkarza Roku w Portugalii i „Złotą Piłką” w tym kraju. W 1991 roku zdobył swój kolejny krajowy puchar, a w latach 1992 i 1993 dwukrotnie z rzędu zostawał mistrzem kraju. W 1994 roku dotarł z Porto do półfinałuLigi Mistrzów i zdobył też portugalski puchar. Lata 1995–1997 przyniosły następne sukcesy – trzy kolejne tytuły mistrzowskie. W sezonie 1995/1996 Domingos strzelił 25 goli i został królem strzelców ligi.
Latem 1997 roku Domingos został sprzedany dohiszpańskiegoCD Tenerife po tym, jak do Porto przybyłBrazylijczykMário Jardel. WPrimera División zadebiutował31 sierpnia w zremisowanym 0:0 domowym spotkaniu zDeportivo La Coruña. Natomiast pierwszego gola na hiszpańskich boiskach zdobył dopiero w 19. kolejce ligowej w meczu zValencią (2:1). Łącznie w całym sezonie zaliczył 5 trafień, a w sezonie 1998/1999 usiadł na ławce rezerwowych i przegrał rywalizację o miejsce w składzie zHolendremRoyem Makaayem orazHiszpanemJuanele. Zdobył tylko jedną bramkę i po sezonie odszedł z Tenerife.
Latem 1999 Domingos wrócił do Porto i w ataku występował z Jardelem. W 2000 i 2001 roku zdobywał krajowy puchar oraz dwukrotnie z rzędu zostawał wicemistrzem kraju. W sezonie 2000/2001 rozegrał zaledwie 10 spotkań i późną wiosną zdecydował się zakończyć piłkarską karierę.
Wreprezentacji Portugalii Domingos zadebiutował 29 marca 1989 roku w wygranym 6:0 towarzyskim spotkaniu zAngolą. Pierwszego gola w kadrze narodowej zdobył 19 grudnia 1990 w sparingu zeStanami Zjednoczonymi (1:0). W 1996 roku został powołany przez selekcjoneraAntónio Oliveirę do kadry naMistrzostwa Europy 1996. Tam jako rezerwowy wystąpił w trzech spotkaniach: zDanią (1:1), zChorwacją (3:0 i gol w 82. minucie meczu) oraz w ćwierćfinale zCzechami (0:1). Ostatni mecz w kadrze narodowej rozegrał w 1998 roku, a łącznie wystąpił w niej 34 razy i strzelił 9 goli.
Po zakończeniu kariery Domingos szkolił młodzież wFC Porto, a w 2005 roku został szkoleniowcem rezerw zespołu zEstádio das Antas. Po ukończeniu trzech kursów trenerskich odszedł doUnião Leiria i w 2006 roku został szkoleniowcem tego klubu. Otworzył też szkółkę piłkarską wMatosinhos, którą prowadzi wraz zRui Barrosem. W 2007 roku został treneremAcadémiki Coimbra zastępując na tym stanowiskuManuela Machado. WAcadémice Coimbra był trenerem do końca maja 2009 roku. W czerwcu 2009 został szkoleniowcem czołowego klubu portugalskiegoSC Braga. 18 maja 2011 roku został zwolniony z funkcji trenreaBragi. 1 lipca 2011 obejmie funkcje treneraSportingu. Z klubu zLizbony został zwolniony 13 lutego 2012 po przegranym wyjazdowym spotkaniu zCS Marítimo. 30 grudnia 2012 został zaprezentowany jako nowy szkoleniowiecDeportivo La Coruña.
