Po zakończeniu kariery zawodniczej prowadził jako trener rezerwyAmiki Wronki (był również trenerem bramkarzy), jako asystent pierwszego trenera pracował wOlimpii Elbląg, a jako konsultant wArce Gdynia.
We wrześniu 2003 został treneremLecha Poznań; poprowadził zespół do zdobyciaPucharu i Superpucharu Polski w 2004. Ze względu na brak licencjiPZPN do września 2004 formalnie jako pierwszy trener Lecha figurował w dokumentachRyszard Łukasik. Po uzyskaniu licencji Michniewicz prowadził Kolejorza do maja 2006.
Od 3 października 2006 do 22 października 2007 był treneremZagłębia Lubin, z którym zdobył mistrzostwo Polski w sezonie 2006/2007. W ostatnich dwóch wymienionych klubach pracował wspólnie zRafałem Ulatowskim (II trener); w Zagłębiu został przez niego zastąpiony[4].
4 lutego 2009 dobrowolnie zgłosił się do oddziałuProkuratury Krajowej we Wrocławiu prowadzącejśledztwow sprawie korupcji w polskim futbolu, gdzie złożył zeznania w charakterze świadka[5]. Fakty z jego udziałem, takie jak znajomość (z czasów występów w Amice Wronki) i połączenia telefoniczne zRyszardem Forbrichem, ps.Fryzjer (jak podały media łącznie 27 godzin rozmów[6]) czy akty bądź próby korupcji, do których dochodziło przy spotkaniach, w których brał udział prowadzony przez niego Lech Poznań[5], wielokrotnie wzbudzały kontrowersje medialne[6] (m.in. przy obejmowaniu przez Michniewicza, stanowiska selekcjonera reprezentacji Polski)[6], choć sam zainteresowany nie otrzymał nigdy prokuratorskich zarzutów[7]. W wywiadzie dlaWeszło w 2010, Michniewicz stwierdził, że jest niewinny i czuje się porzywdzony przez oskarżenia mediów[8].
8 lipca 2008 podpisał kontrakt na prowadzenie Arki Gdynia.
15 listopada 2010 objął stanowisko pierwszego treneraWidzewa Łódź. Umowa miała obowiązywać do 30 czerwca 2011. Gdy pod koniec czerwca obie strony przystąpiły do renegocjacji kontraktu, Michniewicz postanowił go nie przedłużać i wraz z jego końcem opuścić drużynę[9].
22 lipca 2011 został treneremJagiellonii Białystok[11], jednak już 22 grudnia 2011, po spotkaniu Michniewicza z przedstawicielami rady nadzorczej białostockiego klubu, rozwiązano z nim kontrakt za porozumieniem stron (wraz z trenerem z klubu odeszli: drugi trener Marcin Węglewski oraz trener przygotowania fizycznego Kristijan Brčko)[12].
28 marca 2012 objął stery wPolonii Warszawa[13], którą prowadził do 8 maja tego samego roku[14].
9 kwietnia 2015 po ponadrocznej przerwie został zatrudniony, tym razem w roli szkoleniowcaPogoni Szczecin[16], z którą wywalczył na koniec sezonu 2015/16 szóste miejsce w Ekstraklasie. Pomimo najlepszego wyniku od lat klub nie przedłużył z Michniewiczem umowy, która oficjalnie miała wygasnąć 30 czerwca 2016[17].
21 września 2020 Michniewicza mianowano treneremLegii Warszawa[18]. W sezonie 2020/2021 zdobył z klubem mistrzostwo Polski, a następnie wprowadził go doLigi Europy UEFA[19]. 25 października 2021 został zwolniony z funkcji trenera zespołu; Legia zajmowała wówczas 15. miejsce w tabeliEkstraklasy[20].
12 czerwca 2023 objął występujący wSaudi Professional League klubAbha FC[21]. 1 października 2023 pożegnał się z posadą z powodu niezadowalających wyników drużyny[22].
13 lipca 2024 został trenerem klubuAS FAR Rabat, występującego w marokańskiej lidzeBotola Pro Inwi. Podpisał umowę na dwa lata, jednak po trzech miesiącach i serii pięciu meczów bez zwycięstwa, władze klubu podjęły decyzję o rozwiązaniu kontraktu za porozumieniem stron[23].
Polska U-21
7 lipca 2017 objął stanowisko selekcjonerareprezentacji Polski do lat 21[24]. Zwyciężając zPortugalią w barażach, Polska — pod jego wodzą — po raz pierwszy od 1994 zakwalifikowała się do turnieju finałowego mistrzostw Europy w tej kategorii wiekowej[25]. W turnieju finałowym Polska odpadła w fazie grupowej, zajmując trzecie miejsce z sześcioma punktami na koncie[26].
W fazie grupowej mistrzostw, po remisie zMeksykiem (0:0), zwycięstwie zArabią Saudyjską (2:0) i porażce zArgentyną (0:2), Polska zajęła drugie miejsce w grupie C i po raz pierwszy od 1986 awansowała do 1/8 finału[31]. 4 grudnia 2022 reprezentanci przegrali zFrancją (1:3) i odpadli z turnieju[32]. 12 grudnia 2022 PZPN poinformował, że nie skorzystał z opcji jednostronnego przedłużenia umowy z Michniewiczem, obowiązującej do końca 2022[33], a 10 dni później ogłosił, że trener z dniem 31 grudnia 2022 przestanie pełnić funkcję selekcjonera[34]. Decyzja była poprzedzona m.in. medialną krytyką taktyki defensywnej i stylu gry reprezentacji narodowej pod wodzą Michniewicza[35], zamieszaniem wokół premii dla zawodników i sztabu narodowego[36] oraz zablokowaniem przez Michniewicza wielu dziennikarzy naTwitterze przed usunięciem konta[37].
↑„Nie jestem z tego powodu szczęśliwy, ciężko zresztą być szczęśliwym, kiedy traci się pracę. Moje oczekiwania względem Jagiellonii takie, że będę tu pracował długo. Niestety życie zweryfikowało to inaczej.” Źródło:JAGIELLONIA BIAŁYSTOK. Aktualności.
