Bajazyd II był najstarszym synem sułtana Mehmeda II i jego konkubiny - greczynkiEmine Gülbahar. W młodości walczył u boku ojca we wschodniej Anatolii. Zainteresowany sprawami gospodarczymi i stroniący od wojaczki książę znacząco różnił się od Mehmeda, w związku z czym sułtan preferował jako następcę swojego młodszego, wojowniczego synaCema.[3]Po śmierci ojca w 1481 roku (istnieją poważne podejrzenia, iż Bajazyd II nakazał jego otrucie)[4] objął tron głównie dzięki poparciu klasydewszirme (tur. dewşirme), konkurującej o wpływy z rodami pochodzenia tureckiego, skupionymi wokół jego brata. W wyniku wojny domowej Cem został pokonany, jednak udało mu się zbiec. W kolejnych latach przebywał w Rzymie, Francji i na należącej doJoannitów wyspieRodos. Zmarł w 1495 r., być może otruty przez agentów brata.
Władca na początku swojego panowania wszedł w konflikt z wielkim wezyrem, który przyłączył do Imperium OsmańskiegoOtranto i wbrew instrukcjom władcy kontynuował kampanię we Włoszech[1]. Władca nakazał zamordowanie wezyra, który został przez niego stracony 18 listopada 1482 roku. 3 lipca 1503Leonardo da Vinci wysłał do niego list, oferując mu swoje usługiinżynierskie. Oferował mu m.in. zbudowaniemostu w Konstantynopolu. Do realizacji przedsięwzięcia jednak nie doszło. Sułtan interesował siękosmografią ifilozofią, uważany był za gorliwegomuzułmanina[2]. Sułtan zbudował wiele szpitali,meczetów i mostów[2].
Tuż po śmierciMehmeda II na bałkańskie posiadłości Osmanów spadł najazdWęgrów, którzy złupili tereny pograniczne i pokonali Turków w kilku mniejszych bitwach[4]. W następnych latach (1483-1487) obowiązywał pięcioletni rozejm między Bajazydem II a królemMaciejem Korwinem (który oskarżył sułtana o jego złamanie po ataku na Mołdawię w 1484)[4]. W 1483 roku przyłączył pod bezpośrednią kontrolę Osmanów całośćHercegowiny[2]. W 1484 roku Bajazyd II zaatakował państwo mołdawskieStefana Wielkiego i zdobył nadczarnomorskie porty –Kilię iBiałogród[2][4]. Zdobycie portów sprawiło, iżImperium Osmańskie uzyskało bezpośrednie połączenie lądowe ze swym wasalem –chanatem Krymskim[2][4]. W 1485 połączone wojska hospodara Mołdawii i władcy państwa polsko-litewskiego Kazimierza Jagiellończyka zadały wojskom sułtana klęskę wbitwie nad jeziorem Katalbuga, a rok później sam tylko Stefan Wielki pokonał Osmanów pod Bil'gary nad Seretem. Przyczyniło się to do zawarcia pokoju mołdawsko-tureckiego w 1486 roku, a w 1489 do dwuletniego rozejmu z Polską-Litwą. Rozejm został przedłużony na trzy lata w 1494 roku przez sułtana iJana Olbrachta. W międzyczasie Węgrzy pod dowództwemPála (Pawła) Kinizsi złupili w 1494 roku kraj[4]. W 1497 roku król Polski rozpoczął jednak przygotowania do interwencji w Mołdawii, w wyniku czego sułtan zaczął zbierać tam sporą część swojego wojska oraz odparł polski atak. W maju 1498 roku wojska sułtana w odwecie spustoszyłyPodole, a w listopadzie złupione zostałyHalicz iDrohobycz. Sułtan prowadził też nierozstrzygniętą wojnę zRepubliką Wenecką (1499-1502/1503)[2].
W 1485 roku sułtan przeprowadził atak namamelucki Egipt, nie odniósł jednak większych sukcesów[1]. Wraz z początkiem XVI wieku narastało zagrożenie ze stronySafawidów, którzy zaczęli planować podbój Anatolii[1]. W 1511 roku doszło do powstania części ludności zachodniej Anatolii, wspieranej przez PersjęIsma’ila I, które zostało jednak stłumione[1].
25 kwietnia 1512 sułtan został zmuszony doabdykacji (być może toczyła się krótka wojna domowa) przez swojego synaSelima I (który był od 1511 roku gubernatoremSamandıry) na swoją rzecz[1][4]. Sułtan zmarł ponad miesiąc później 26 maja tego samego roku. Został pochowany wMeczecie Bajazyda II wStambule. Sułtan uważany jest przez historyków za władcę pokojowego, szczególnie w porównaniu zSelimem I Groźnym[4].