Przez wiele stuleci Kościół Wschodu był w Europie niemal zupełnie nieznany. Przez kilka stuleci tworzył on świat chrześcijański nieustępujący rozległością terytorium, liczebnością wiernych ani zapałem misyjnym chrześcijaństwu z basenu Morza Śródziemnego. Tymczasem do Europy, w każdym razie do Europy Zachodniej, docierały co najwyżej niejasne pogłoski o istnieniu w Azji chrześcijańskiego imperium, z których narodziła się legendaKsiędza Jana. Kościół azjatycki został „odkryty” dopiero na początku II tysiąclecia, za przyczynąMongołów, a dalsze wiadomości przyniosły dopiero podróżeJana di Piano Carpiniego,Wilhelma z Rubruk iMarco Polo.
Początkichrześcijaństwa na Wschodzie tradycja łączy zapostołem Tomaszem, który miał przezPersję dotrzeć aż doIndii, oraz z uczniamiChrystusa Tadeuszem (Addai) i Marim. WMezopotamiichrześcijaństwo rozpowszechniło się równie szybko, jak w Cesarstwie rzymskim. Prawdopodobnie pierwszym ośrodkiem chrześcijaństwa na tych terenach byłaEdessa – stolica królestwaOsroene na pograniczu posiadłościRzymu i Persji. Poświadczone jest istnienie tam chrześcijaństwa już w połowie II wieku, a możliwe, że chrześcijanie żyli tam już pod koniec I wieku. Gdy w połowie III wieku Edessa dostała się pod władzę Persji, stała się ośrodkiem, z którego chrześcijaństwo promieniowało dalej na wschód – na tereny wybrzeżyZatoki Perskiej, obecnegoIranu, a nawetAfganistanu. Kolejnymi ośrodkami chrześcijaństwa na Wschodzie (tutaj rozumianym jako tereny na wschód od granic Rzymu) stawały sięArbela, perska stolicaSeleucja, siedzibaszkoły teologicznej –Nisibis. W III wieku nad Zatoką Perską i w Mezopotamii istniało już około 20 biskupstw.
Powstały w ten sposób kościół perski rozwijał się w specyficznych warunkach. Nigdy nie działał na terenach podległych władzy chrześcijańskiej, lecz zawsze pod świecką władzą innowierców –zoroastrian,muzułmanów,hinduistów,buddystów. Ten stan rzeczy rodził daleko idące konsekwencje. Przede wszystkim Kościół Wschodu nie mógł liczyć na poparcie władzy państwowej; z drugiej strony obywał się bez jej ingerencji w sprawy wiary, co zdarzało się w Rzymie, a nagminne było wBizancjum. Kościół Wschodu, aż do XVI wieku nie doznał wielkichherezji i rozłamów, jakie drążyły kościół świata rzymskiego – jego istnieniu zagrażały raczej prześladowania ze strony władz świeckich. Państwa graniczące od wschodu z imperium rzymskim, a później bizantyjskim –partyjskie,perskie,arabskie,tureckie – pozostawały w bezustannym konflikcie z Rzymem (Bizancjum). Kiedy w IV wieku cesarstwo rzymskie stało się państwem chrześcijańskim, chrześcijaństwo zaczęto utożsamiać z Rzymem. Wskutek tego chrześcijanie mieszkający na terenie podległym aktualnej władzy stawali się w najlepszym razie podejrzani o współpracę z Rzymem, a w najgorszym – poddawano ich prześladowaniom. Starając się ich uniknąć, chrześcijanie Wschodu demonstracyjnie podkreślali swą niezależność od kościoła świata rzymskiego, co oznaczało w pierwszej kolejności zerwanie kontaktów z Zachodem.
Pierwsze prześladowania nadeszły w IV wieku, w PersjiSasanidów, zaszachaSzapura II (341–379). Następne fale powtarzały się za panowania kolejnych szachów, przez cały V i VI wiek. Liczba męczenników sięgała tysięcy, ginęli patriarchowie, biskupi i zwykli wierni. Prześladowania nie rozbiły jednak kościoła – przeciwnie, chrzest krwi sprawił, że uciekający przed nimi chrześcijanie stawali się misjonarzami. Wraz z falami uchodźców z Persji chrześcijaństwo rozprzestrzeniło się wArabii, na terenach dzisiejszegoKataru,Bahrajnu iJemenu. W356 doszło do chrztu królestwaHimjarytów w Jemenie.
Opisane warunki i zdarzenia pociągnęły za sobą odmienności w rozwoju Kościoła Wschodu. Przed przyjęciem nicejskiego wyznania wiary (w410) Kościół Wschodu miał już własnewyznanie wiary, autorstwaAfrahata i własnąanaforę świętych Addaia i Mariego, która nie zawierała Opisu Ustanowienia (anamnezy). Używano również zestawieniaewangelii (Diatessaron, tłumaczeniaTacjana), do czasu zastąpienia go pełnym tłumaczeniem Pisma Świętego na syryjski (Peszitta).Język syryjski od początku był liturgicznym językiem Kościoła Wschodu i pozostał nim do dziś, mimo że większość wiernych używała innych języków.
Do końca V wieku nauka Kościoła Wschodu nie różniła się od nauki kościoła świata rzymskiego.Aprim Asyryjczyk uczestniczył wsoborze powszechnym w Nicei w325. Jednak w połowie V wiekuszachowie perscy, widząc możliwość podporządkowania sobie chrześcijan mieszkających wPersji, zaczęli popierać rozwójnestorianizmu: przyjęli pod swoją opiekę nestorian uciekających z terytorium Rzymu (462), zgładzili prorzymskiego patriarchę Babowai, w miejsce którego w484 roku został wybrany nestorianin Bar Sauma, biskupNisibisu; zgodzili się także na przeniesienie zEdessy nestoriańskiej szkoły teologicznej zlikwidowanej przez cesarzaZenona w489 roku. Już kilka lat wcześniej, w484 i w486 roku, kolejne synody przyjęłychrystologięTeodora z Mopsuestii, co ostatecznie potwierdził patriarchaBabaj na kolejnym synodzie w497 roku. W ten sposób Kościół Wschodu przyjął nieco zmienioną doktrynęnestorianizmu. Do dziś jego doktorami i świętymi pozostająTeodor z Mopsuestii wraz zNestoriuszem iDiodorem z Tarsu.
Pod koniec VI wieku ówczesny rektorszkoły nisibiskiejHenana z Adiabeny usiłował zastąpić nauczanieTeodora z Mopsuestii własną doktryną, opartą na naukachOrygenesa. JednakBabaj Wielki, jeden z doktorów kościoła nestoriańskiego, nie dopuścił do przyjęcia doktryny Henany. Sformułował natomiast własną systematycznąteologię, przetwarzając dość znacząco tezyTeodora z Mopsuestii. Ta właśnie zmodyfikowana doktryna jest do dziś nauką Kościołów wywodzących się od Kościoła Wschodu.
V, VI i VII wiek przyniósł dalszy ciąg działalności misyjnej, lecz teraz głównymi krzewicielami wiary stali się mnisi. Ruch monastyczny rozpoczął się w Kościele Wschodu niedługo po pojawieniu sięmonastycyzmu wEgipcie w IV wieku i pod jego wpływem, ale przybrał diametralnie odmienne oblicze. Mnisi nestoriańscy, zachowując ascezę, nie zrywali ze światem zewnętrznym – przeciwnie, za jeden ze swoich podstawowych obowiązków uważali działalność ewangelizacyjną. Prowadzili ją gorliwie i skutecznie. W imperiumperskim chrześcijaństwo stało się drugą religią pod względem liczebności wyznawców. Organizacja kościelna sięgnęłaAzji Środkowej – powstały biskupstwa wMerwie iHeracie, wśródHeftalitów i tureckich plemionWielkiego Stepu. Około roku 635 misjonarzAlopen dotarł doChin. W VIII i IX wieku patriarchowie nestoriańscy wysyłali biskupów doJemenu,Indii,Tybetu i Chin, powstały arcybiskupstwa wSamarkandzie iKaszgarze,metropolia wBucharze. Spośród tureckich plemionWielkiego Stepu ulegli całkowitej lub częściowej chrystianizacjiSeldżukowie (ci sami, którzy później podbiliBliski Wschód),Kereici (1008),Onguci,Ujgurzy,Najmanowie,Merkici,Urjan-gakit iKangli. Istniały nestoriańskie biskupstwa naCejlonie iSokotrze oraz w Indiach, skupiska chrześcijan powstały w Chinach właściwych, wTurkiestanie Chińskim, w Mongolii, naMalediwach. Choć pierwsza fala chrześcijaństwa w Chinach rychło upadła wskutek prześladowań w IX wieku, to i tak źródła pisane sugerują, że chrześcijaństwo było przez pewien czas religią dominującą na obszarze między Morzem Kaspijskim aSinciangiem.
Pod koniec pierwszego tysiąclecia patriarsze nestoriańskiemu podlegało dwudziestumetropolitów, 250 biskupów i około 12 mln wiernych – czwarta część całego ówczesnego chrześcijaństwa, na obszarze większym, niż ten, jaki kiedykolwiek podlegał władzy papieży przed odkryciemAmeryki. Był to złoty okres Kościoła Wschodu. Zmiana władzy świeckiej z perskichSasanidów, nieprzyjaznych chrześcijaństwu, nakalifówarabskich, traktujących chrześcijan obojętnie lub nawet życzliwie, dała kościołowi spokój i stabilizację. Stolicą imperium arabskiego stał sięBagdad, dokąd przeniósł się również nestoriański patriarchat w800 roku, będąc odtąd w centrum wydarzeń politycznych Azji i aktywnie w nich uczestnicząc. Nestorianie mieli wiele do powiedzenia na dworzekalifów, sprawowali funkcje publiczne i rozmaite godności. Jednak w tym sukcesie kryły się zalążki późniejszej katastrofy. Bliskie związki zarabskimikalifami (a później z ichmongolskimi następcami), zapewnianie sobie przychylności władców, zepchnęły hierarchów Kościoła Wschodu do rzędu dworskich dygnitarzy, ze wszystkimi tego konsekwencjami – dochodziło do przekupstw, handlu godnościami kościelnymi, wreszcie do konfliktów, nawet do otwartych walk między koteriami chrześcijan. Tak więc, paradoksalnie, nagłe polepszenie pozycji zaszkodziło Kościołowi. Mniej więcej w tym samym okresie zaczął się obniżać również poziom wiedzy o zasadach wiary, zarówno wśród duchownych, jak i wśród świeckich. Chrześcijaństwo Wschodu, rozległe terytorialnie, zaczęło być powierzchowne w swej treści.
Kościołowi Wschodu początkowo nie zaszkodził wstrząs wywołany nagłym powstaniemimperium mongolskiego w XIII wieku. ZarównoCzyngis-chan, jak i jego następcy byli życzliwi wobec chrześcijan, nawrócono nawet częśćchańskiej rodziny, co zaowocowało oszczędzeniem ludności chrześcijańskiej podczas zajmowaniaMerwu iNiszapuru. Okres mongolskiej władzy w Chinach był również okresem działalności misyjnej w tym kraju, ukoronowanej ustanowieniemmetropolii wChanbałyku (dzisiejszymPekinie). Jednak po obaleniu mongolskiejdynastii Yuan w II połowie XIV wieku chrześcijaństwo chińskie ponownie upadło na skutek prześladowań, obejmujących wszystkie „obce”, nie-chińskie religie. Tym niemniej Kościół Wschodu nadal rozciągał się od południowejSyberii poCejlon i odPersji po zachodnie Chiny, możliwe zaś, że skupiska chrześcijan istniały także wKorei,Japonii,Birmie,Indochinach, naJawie i naFilipinach.
Sytuacja zmieniła się diametralnie pod koniec XIII wieku, kiedy toIlchanidzi – perska gałąź potomkówCzyngis-chana – przeszli naislam. W tym samym okresie dynastie potomków Czyngis-chana panujące we właściwejMongolii i w Chinach przyjęłykonfucjanizm,taoizm ibuddyzm. Wraz z tym skończyła się życzliwość panujących dla chrześcijaństwa, a zaczęły się prześladowania. Kościół Wschodu, rozciągnięty na ogromnych obszarachAzji, mimo misyjnych sukcesów niemal wszędzie stanowiący mniejszość religijną, słabo zakorzeniony w lokalnych społecznościach, pozbawiony oparcia politycznego, w niesprzyjających warunkach zaczął zanikać. W porównaniu z pierwszymi wiekami upadł w nim również poziom wiedzy o prawdach wiary – miejsce solidnej chrześcijańskiej formacji zajęły przesądy i niewiedza, co zauważali już europejscy podróżnicy w XIII wieku.Szczególna cecha nestoriańskiego chrześcijaństwa, zawarta w samych korzeniach jego nauki – nacisk na warstwę ludzką, a nie nadprzyrodzoną – doprowadziła ogół wiernych do poglądu, że łaska Boża objawia się tylko w powodzeniu w życiu doczesnym[potrzebny przypis]. Logiczną konsekwencją było pójście za tymi, którzy wygrywali kolejne wojny, a więc porzucenie chrześcijaństwa na rzecz islamu. Przy takiej postawie wiernych kościół Wschodu nie miał szans podźwignięcia się z ruin.
Śmiertelny cios chrześcijaństwu wAzji zadałTimur (Timur Leng, Tamerlan), z czasem fanatyczny neofitamuzułmański. Kościół Wschodu legł w gruzach – dosłownie, bo po przejściu wojskTimura z mijanych miast, w tym chrześcijańskich, pozostawały ruiny i stosy trupów. Nietknięty pozostał jedynie Kościół południowychIndii, a to tylko dlatego, że wojskaTimura nie zapuściły się tak daleko. Resztki wiernych pozostałych po masakrze skupiły się na obszarach perskiegoAzerbejdżanu między jezioramiWan iUrmia, gdzie żyły rozproszone międzyTurkami iKurdami. Liczba ich stopniowo spadała, aż do 100-150 tysięcy w połowie XIX wieku. Siedzibą nestoriańskiego patriarchy stała się miejscowość Koczanis (Kotshnes, Quodshanis, Kuchanis) w niedostępnych górachHakkari. Od połowy XV wieku godność patriarchy stała się dziedziczna (z wuja na siostrzeńca).
W1552 w Kościele Wschodu doszło do rozłamu, gdy w wyniku przyjęcia unii z Rzymem przez patriarchę i część biskupów powstał unickiKościół chaldejski. W XVII wieku część wiernych tego kościoła, łącznie z patriarchą, powróciła do kościoła nestoriańskiego z powodu sporu z Rzymem co do celibatu księży, jednak podział chrześcijan Wschodu na dwa Kościoły stał się faktem. W tym samym okresie wypowiedziała posłuszeństwo patriarsze nestoriańskiemu większość wiernych i duchownychKościoła malabarskiego.
Od połowy XIX wieku datują się kolejne rzezie, okresowo urządzane wśród nestorian przezKurdów iArabów, między którymi mieszkali. Ostatecznie cała ludność nestoriańska została zmuszona do ucieczki z górHakkari – w1915 do rosyjskiej częściAzerbejdżanu, potem do irackiegoKurdystanu. Po kolejnych rzeziach w1918 i w1933 doszło do masowej emigracji nestorian zIraku, głównie doEuropy iAmeryki Północnej. Emigrował nawet – po uwięzieniu i wygnaniu przez władze irackie – patriarchaIszaja Szymon XXIII, który w1940 roku przeniósł stolicę patriarszą doChicago, a w1954 – doSan Francisco. Dopiero w1962 patriarcha odwiedził wiernych zamieszkałych wLibanie,Iranie iIndiach (doIraku nie został wpuszczony).
Szukając porozumienia z siostrzanymKościołem chaldejskim patriarcha przeprowadził reformę, polegającą głównie na przyjęciukalendarza gregoriańskiego. Ta reforma wraz z zastrzeżeniami do osoby patriarchy doprowadziła do powstania wewnątrzkościelnej opozycji, której przewodziłmetropolita IndiiTomasz Darmo. W1968 opozycja wywołałaschizmę pod hasłem zachowania tradycji. Schizmatycy utworzyli nową organizację kościelną –Starożytny Kościół Wschodu. Kościół ten został poparty przez rządIraku, który przekazał mu wszystkie kościoły nestoriańskie w tym kraju. Dopiero w1970 rząd iracki zwrócił kościoły prawowitemu Kościołowi nestoriańskiemu i zezwolił patriarsze Szymonowi XXIII na powrót doIraku. Kościół schizmatycki istnieje do dziś, ma kilka tysięcy wiernych wSyrii,Iraku iLibanie oraz własną hierarchię duchowną na czele z patriarchą, rezydującym wBagdadzie. Za następcą Mar Szymona XXIII – patriarchą MarKhanania Dinkhą IV opowiada się dwunastu biskupów, za patriarchąTadeuszem II – siedmiu. Kontakty między episkopatami obu patriarchów pozwalają mieć nadzieję na rychłe zakończenie rozłamu. W1995 doszło do zjednoczeniaindyjskich gałęzi obu Kościołów – pozostał tylko jeden z metropolitów mianowanych przez konkurencyjnych patriarchów.
Druga połowa XX wieku zaznaczyła się odrodzeniem Kościoła nestoriańskiego, który w1976 przyjął nazwę „Kościoła asyryjskiego”, stając się Kościołem narodowym. Jednocześnie nastąpiło odrodzenie narodowe jego wiernych, którzy uważają się za potomków starożytnychAsyryjczyków. Kościół asyryjski liczy obecnie 150 do 600 tysięcy wiernych (szacunki są bardzo rozbieżne), którzy mieszkają głównie wdiasporze. Po śmierci patriarchy Szymona XXIII w1975 zarzucono dziedziczenie godności patriarchy. Siedzibą patriarchy byłoMorton Grove wIllinois, jednak nowy patriarchaGewargis III Sliwa przeniósł rezydencję patriarszą z powrotem na Bliski Wschód, doIrbilu.
11 listopada1994 patriarchaDinkha IV Khanania iJan Paweł II podpisali wspólną deklaracjęchrystologiczną, ocenioną jako pierwszy krok dointerkomunii. Na razie jednak dorekoncyliacji nie doszło – wspólne deklaracje patriarchów nestoriańskiego i chaldejskiego dopuszczają tylko, w razie konieczności, przyjęciekomunii przez asyryjczyka w kościele chaldejskim i przez chaldejczyka w kościele asyryjskim. Możliwość tę dopuściła również Stolica Apostolska w oświadczeniu Papieskiej Rady Popierania Jedności Chrześcijan z 25 października 2001.
