Zadebiutowała w rozgrywkachWTA Tour. Swój pierwszy mecz rozegrała weFrench Open. Przegrała w pierwszej rundzie. Wcześniej przyznano jejdziką kartę do eliminacji. W cykluITF wygrała jeden turniej w singlu i dwa w deblu.
Zagrała w sześciu turniejachWTA. Czterokrotnie doszła do drugiej rundy, w tym weFrench Open (zagrała jakodzika karta, przegrała zeSteffi Graf). Odpadła w eliminacjach doAustralian Open iWimbledonu. Wygrała drugi i ostatni w karierze turniejITF w singlu. Zadebiutowała w pierwszej setce rankingu WTA. 22 grudnia zajmowała 100. miejsce.
Po raz pierwszy zakończyła sezon w czołowej trzydziestce rankingu. Największym sukcesem był awans do finału turnieju kategorii I wBerlinie. Mauresmo obroniła piłkę meczową w eliminacjach. Potem pokonała numer 2Lindsay Davenport i numer 3Janę Novotną. Były to jej pierwsze zwycięstwa nad zawodniczkami z czołowej dziesiątki. Przegrała w finale zConchitą Martínez. Była najniżej notowaną zawodniczką (65. miejsce w rankingu), której w jednym turnieju udało się pokonać dwie tenisistki z czołowej trójki od czasówLisy Bonder, której udało się to w 1983 wTokio (zajmowała wówczas 54. pozycję). Była także pierwszą zawodniczką z eliminacji i czwartą pod względem najniższego rankingu, której udało się osiągnąć finał turnieju kategorii I. Dwukrotnie awansowała do ćwierćfinału: wPradze iNew Haven (pokonała sklasyfikowaną na dziewiątym miejscuNathalie Tauziat i po raz trzeci ograła zawodniczkę z czołowej dziesiątki). Osiągnęła trzecią rundę w dwóch turniejach wielkoszlemowych (za każdym razem był to jej debiut). WAustralian Open przegrała zVenus Williams, wUS Open rozegrała trzy-setowy mecz zMartiną Hingis. NaWimbledonie doszła do drugiej rundy. Odpadła w pierwszej rundzieFrench Open.
Po raz pierwszy zakończyła sezon w czołowej dziesiątce rankingu. Niespodziewanie zadebiutowała w finale turnieju wielkoszlemowego wAustralian Open. Jako 29. zawodniczka świata obroniła piłkę meczową grając przeciwkoCorinie Morariu w pierwszej rundzie. Potem pokonała numer 9Patty Schnyder w drugiej rundzie oraz numer 1Lindsay Davenport 4:6, 7:5, 7:5 w półfinale. W finale uległa numerowi 2Martinie Hingis. Pozostałymi dobrymi rezultatami były zwycięstwo w pierwszym turnieju cykluWTA Tour wBratysławie (w finale pokonałaKim Clijsters), finałOpen Gaz de France wParyżu (pokonała numer 1 Martinę Hingis, przegrała zSereną Williams 7:6 w trzecim secie), półfinały wRzymie iLinzu i ćwierćfinały wNew Haven (pokonała numer 10Julie Halard-Decugis) iTokio (Princess Cup). Raz osiągnęła czwartą rundę turnieju (wUS Open, przegrała zAnke Huber), trzecią rundę dwukrotnie, drugą rundę dwukrotnie (w tym weFrench Open) i trzykrotnie odpadła w pierwszej rundzie (w tym wWTA Finals, przegrała z Davenport w trzech setach). 10 maja zadebiutowała w czołowej dziesiątce rankingu (dołączyła doMary Pierce iNathalie Tauziat, Francja została wówczas trzecim krajem, po USA i Australii, z którego trzy zawodniczki były jednocześnie w czołowej dziesiątce). 15 listopada dołączyła do Halard-Decugis, Pierce i Tauziat, dzięki czemu Francja miała jednocześnie cztery zawodniczki w dziesiątce. Skręciła prawą kostkę podczas meczu pierwszej rundy debla we French Open, przez co nie wystąpiła naWimbledonie.
Zakończyła rok na 16. miejscu po sezonie, w którym największym osiągnięciem było wygranie drugiego turnieju singlowego wSydney. Pokonała numer 5Mary Pierce, numer 1Martinę Hingis i numer 2Lindsay Davenport w ostatnich trzech rundach (została czwartą kobietą w historii, której udało się pokonać trzy zawodniczki z czołowej piątki w turnieju niewielkoszlemowym). Jako jedynej w okresie od września 1999 do kwietnia 2000 udało jej się wygrać z Lindsay Davenport. Doszła do finału wBol (przegrała zTatianą Pisnik) iRzymie (pokonała numer 5 Mary Pierce i numer 10Arantxę Sánchez Vicario, przegrała zMonicą Seles). Osiągnęła półfinał wHanowerze (przegrała 6:7 w trzecim secie zSereną Williams) iMoskwie (przegrała z Martiną Hingis). Doszła do czwartej rundy weFrench Open (przegrała z Seles). Odpadła w drugiej rundzieAustralian Open i w pierwszych rundachWimbledonu iOlimpiady w Sydney. WLinz wygrała swój pierwszy turniej deblowy (grała w parze zChandą Rubin). Skreczowała podczas meczu drugiej rundy wIndian Wells z powodu kontuzji pleców. Później przez siedem tygodni nie występowała. Podczas turnieju w Rzymie przekazała 6750 dolarów nagrody uzyskanej za dojście do półfinału w deblu włoskiemu dziecku, które odniosło szereg obrażeń w wypadku samochodowym. W lipcu i sierpniu ponownie wycofała się z szeregu turniejów (w tym zUS Open) z powodu kontuzji pleców oraz z kończącego sezonTurnieju Mistrzyń z powodu kontuzji nogi.
Po raz drugi zakończyła sezon w czołowej dziesiątce rankingu. Wygrała cztery turnieje (w tym trzy z rzędu). Wygrała 16 kolejnych spotkań, dzięki czemu triumfowała kolejno wOpen Gaz de France,Nicei iAmelia Island. Dzięki udanym występom powróciła do czołowej dziesiątki rankingu. Awansowała na dziewiąte miejsce, wyprzedziłaMary Pierce i po raz pierwszy została numerem 1 we Francji. Przegrała w ćwierćfinale wCharleston zMartiną Hingis, ale powróciła do formy i wygrała swój czwarty turniej w 2001 wBerlinie (pokonała numer 1 Hingis i numer 4Jennifer Capriati w ostatnich dwóch rundach). Doszła do finału wRzymie (po raz kolejny pokonała numer 1 Martinę Hingis w półfinale, przegrała zJeleną Dokić w finale). Pierwszy raz awansowała na piąte miejsce w rankingu po tym, jak była dziewiętnasta 11 lutego. W okresie od 5 lutego do 20 maja uzyskała wynik 25:1 (wygranych do przegranych). Nieoczekiwanie odpadła w pierwszej rundzieFrench Open, pomimo że była uznawana za faworytkę (miała piąty numer w rozstawieniu, przegrała zJaną Kandarr). Doszła do półfinału wSydney (pokonała numer 4Monicę Seles, wycofała się przed meczem zLindsay Davenport z powodu kontuzji pleców). Osiągnęła ćwierćfinały wNew Haven,US Open (przegrała z Capriati) iFilderstadt. Odpadła w czwartej rundzieAustralian Open (przegrała zVenus Williams) i w trzeciej rundzieWimbledonu. Przegrała mecz otwarcia wTurnieju Mistrzyń zSandrine Testud. Wycofała się z turniejów wBol,Eastbourne iZurychu z powodu wyczerpania. Nie zagrała także wLuksemburgu z powodu kontuzji lewej nogi.
Po raz trzeci zakończyła sezon w czołowej dziesiątce rankingu. Wygrała turnieje wDubaju (po drodze pokonałaMonicę Seles) iMontrealu (pokonała numer 3Jennifer Capriati w finale). Dwa razy z rzędu awansowała do półfinału w turniejach wielkoszlemowych. Na Wimbledonie pokonała numer 3 Capriati w ćwierćfinale, przegrała zSereną Williams. WUS Open pokonała numer 7Kim Clijsters i numer 3 Capriati, przegrała w trzech setach zVenus Williams. Cztery pozostałe półfinały osiągnęła wOpen Gaz de France,Antwerpii,Moskwie iFilderstadt (przegrała z Kim Clijsters po tym jak miała piłkę meczową przy stanie 5:3 w trzecim secie). Sześciokrotnie osiągnęła ćwierćfinał (w tym wAustralian Open, gdzie przegrała z Capriati). Doszła do czwartej rundy weFrench Open. Po raz pierwszy w karierze zarobiła ponad milion dolarów w sezonie. Nie wystąpiła wZurychu, a potem wycofała się zTurnieju Mistrzyń z powodu zapalenia chrząstki w prawej nodze.
Po raz pierwszy zakończyła sezon w czołowej piątce rankingu. Osiągnęła ćwierćfinał lub więcej w 14 z 17 startów. Wygrała turnieje wWarszawie (w finaleVenus Williams skreczowała z powodu naciągnięcia mięśni brzucha) iFiladelfii. Doszła do czterech finałów: wOpen Gaz de France (przegrała zSereną Williams),Rzymie (pokonała numer 7Jennifer Capriati i numer 1Serenę Williams, przegrała zKim Clijsters w trzech setach),Moskwie (przegrała zAnastasiją Myskiną) i wTurnieju Mistrzyń (uzyskała wynik 1:2 w grupie, w półfinale pokonała numer 2Justine Henin, przegrała z numerem 1 Kim Clijsters w finale). Trzykrotnie była półfinalistką, pięciokrotnie ćwierćfinalistką (w tym po raz pierwszy w dziewiątym występie weFrench Open i wUS Open). Na początku roku powróciła na kort po czteromiesięcznej przerwie spowodowanej kontuzją. W lutym rozpoczęła sezon od występu w Open Gaz de France. Była jedyną zawodniczką, której w 2003 udało się pokonać obie siostry Williams. Wygrała wszystkie mecze wPucharze Federacji. Dzięki jej ośmiu zwycięstwom Francja po raz drugi sięgnęła po tytuł. Wycofała się zWimbledonu z powodu kontuzji mięśnia prawego żebra.
Po raz kolejny zakończyła rok w czołowej piątce rankingu. Wygrała pięć turniejów i awansowała na pierwsze miejsce w klasyfikacjiWTA. Dobrze spisała się na kortach ziemnych. Wygrała turnieje kategorii I wBerlinie (pokonałaJennifer Capriati w półfinale, w finale walkowerem poddała jej meczVenus Williams, z powodu kontuzji kostki) iRzymie (w finale pokonała Capriati 3:6, 6:3, 7:6, obroniła piłkę meczową przy stanie 4:5 w trzecim secie). Została trzecią zawodniczką w historii, której udało się w jednym roku wygrać turnieje w Berlinie i Rzymie. Wcześniej dokonały tegoSteffi Graf w 1987 iMonica Seles w 1990. WMontrealu pokonałaJelenę Lichowcewą w finale i zdobyła tam swój drugi tytuł. Był to jej trzeci turniejowy triumf w turnieju kategorii I w sezonie. PoUS Open 13 września 2004 została liderką rankingu WTA (była pierwszą zawodniczką z Francji, której udała się ta sztuka). Utrzymała prowadzenie przez pięć tygodni. 18 października została wyprzedzona przezLindsay Davenport. Osiągnęła finał w turnieju olimpijskim wAtenach (przegrała zJustine Henin). Zdobyła srebrny medal. Pod koniec roku wygrała dwa turnieje z rzędu, wLinzu iFiladelfii (w drodze do finału pokonała Venus Williams, w finale ograłaWierę Zwonariową). Była także finalistką wSydney (przegrała z Justine Henin),Amelia Island (pokonała numer 1 Justine Henin 6:7, 7:5, 6:3 w półfinale, obroniła piłkę meczową przy stanie 4:5 w drugim secie, przegrała z Lindsay Davenport) iFilderstadt (po raz pierwszy wystąpiła jako numer 1, w finale grając przeciwko Davenport skreczowała z powodu naciągnięcia mięśnia przywodziciela). Osiągnęła półfinał wEastbourne, naWimbledonie (przegrała zSereną Williams 7:6, 5:7, 4:6 po tym, jak miała piłkę dającą prowadzenie 4:1 w drugim secie) iWTA Finals (nie przegrała seta w meczach grupowych, m.in. pokonała późniejszą triumfatorkęMariję Szarapową, przegrała z Sereną Williams 6:4, 6:7, 4:6 po tym, jak prowadziła 3:1 w drugim secie). Zakończyłaby rok na pierwszym miejscu w rankingu, gdyby zdobyła tytuł. Była ćwierćfinalistką czterokrotnie, w tym weFrench Open, US Open iAustralian Open (odniosła kontuzję podczas meczu czwartej rundy przeciwkoAlicii Molik, naciągnęła mięśnie pleców i nie przystąpiła do ćwierćfinału przeciwkoFabioli Zuluadze). Przegrała wcześniej niż w ćwierćfinale tylko w jednym z 16 startów (w drugiej rundzie wSan Diego uległa Molik). Wycofała się z turniejówOpen Gaz de France,Antwerpia,Dubaj,Doha iIndian Wells z powodu kontuzji mięśni odniesionej podczas Australian Open. Wycofała się także z turnieju wCharleston. Zrezygnowała z udziału w turnieju wMoskwie z powodu kontuzji mięśnia przywodziciela odniesionej podczas finału w Filderstadt. Wygrała 63 mecze. Był to jej najlepszy wynik w karierze oraz najlepszy spośród wszystkich zawodniczek w sezonie (tyle samo spotkań wygrała Lindsay Davenport).
Po raz kolejny zakończyła rok w czołowej piątce rankingu. Wygrała cztery turnieje, w tym po raz pierwszyWTA Finals. Do Turnieju Mistrzyń zakwalifikowała się po raz siódmy z rzędu (nie wystartowała w nim w 2000 i 2002 z powodu kontuzji). Po raz trzeci z rzędu osiągnęła tam półfinał lub więcej. Wyszła z grupy z wynikiem 2:1 (przegrała zMary Pierce). Następnie pokonałaMariję Szarapową w półfinale i zrewanżowała się za porażkę grupową Pierce. W trwającym trzy godziny i sześć minut finale zwyciężyła 5:7, 7:6, 6:4 (jest to drugi pod względem długości finał w historii turnieju, odkąd rozgrywa się go do dwóch wygranych setów, najdłuższym jest finał z 2007). Została pierwszą zwyciężczynią z Francji w pierwszym całkowicie francuskim finale. Wygrała zacięte mecze finałowe w trzech innych turniejach: wAntwerpii (pokonałaVenus Williams 4:6, 7:5, 6:4 po tym, jak przegrywała 3:5 w drugim i 2:4 w trzecim secie),Rzymie (pokonałaPatty Schnyder 2:6, 6:3, 6:4, był to jej szósty wygrany turniej kategorii I) iFiladelfii (pokonałaJelenę Diemientjewą 7:5, 2:6, 7:5, po raz pierwszy wygrała jeden turniej trzy razy z rzędu). Trzykrotnie osiągnęła finał: wOpen Gaz de France,New Haven iFilderstadt. Cztery razy odpadła w półfinale: wDosze (przegrała zAlicią Molik, powróciłaby na pierwsze miejsce w rankingu, gdyby wygrała mecz),Miami, naWimbledonie i wToronto. Osiągnęła trzy ćwierćfinały: wAustralian Open,Berlinie iUS Open. Nie osiągnęła ćwierćfinału w 5 z 19 startów, w tym weFrench Open (przegrała zAną Ivanović w trzeciej rundzie). Spędziła cały rok w czołowej czwórce rankingu. Na Wimbledonie doszła do pierwszego finału wielkoszlemowego w deblu (grała w parze zeSwietłaną Kuzniecową). W finalePucharu Federacji uzyskała wynik 1:2 (pokonałaAnastasiję Myskinę, przegrała z Jeleną Diemientjewą oraz przegrała w decydującym meczu deblowym z Diemientjewą iDinarą Safiną, jej partnerką była Mary Pierce). Francja przegrała finał 2:3.
Był to jak do tej pory jej najlepszy sezon. Wygrała w nim swoje dwa pierwsze turnieje wielkoszlemowe i przez większość roku zajmowała pierwsze miejsce w rankingu. Siedem lat po awansie do pierwszego finału wielkoszlemowego (wAustralian Open 1999), zdobyła swój pierwszy wielkoszlemowy tytuł. Triumfowała wAustralian Open. Mając trzeci numer w rozstawieniu pokonała rozstawioną z numerem drugimKim Clijsters w półfinale (Clijsters skreczowała w trzecim secie z powodu skręcenia prawej kostki). Następnie pokonała rozstawioną z numerem ósmymJustine Henin w finale (Henin skreczowała przy stanie 6:1, 2:0 dla Mauresmo z powodu problemów z układem pokarmowym). Była drugą najdłużej czekającą na zwycięstwo wielkoszlemowe zawodniczką w historii. Pierwszy raz wygrała w 32. próbie. Zwyciężyła także naWimbledonie (mając pierwszy numer w rozstawieniu pokonała rozstawioną z numerem czwartymMariję Szarapową w półfinale, następnie ograła rozstawioną z numerem trzecim Justine Henin 2:6, 6:3, 6:4 w finale). Została pierwszą mistrzynią Wimbledonu z Francji w erze Open. Jej wynik w finałach wielkoszlemowych wynosi teraz 2:1. W początkowej części sezonu wygrała dwa turnieje kategorii II:Open Gaz de France (jako najwyżej rozstawiona obroniła piłkę meczową w półfinale przeciwkoTatianie Golovin, następnie pokonała rozstawioną z numerem drugimMary Pierce w finale) iAntwerpię (była rozstawiona z numerem drugim, pokonała najwyżej rozstawioną Kim Clijsters w finale). Trzykrotnie była finalistką: wDosze (pokonałaMartinę Hingis w półfinale, przegrała zNadieżdą Pietrową w finale),Pekinie (pokonałaLindsay Davenport w ćwierćfinale iJelenę Janković w półfinale, przegrała zeSwietłaną Kuzniecową w finale) iWTA Finals, gdzie broniła tytułu (zakwalifikowała się do turnieju z numerem trzecim w rankingu rocznym, awansowała do półfinału uzyskując wynik 2:1 w grupie, przegrała z Nadieżdą Pietrovą, ale pokonała Martinę Hingis i Justine Henin, następnie ograła Kim Clijsters w półfinale, w finale przegrała z Henin). Trzykrotnie osiągnęła półfinał turnieju: wMiami (przegrała ze Swietłaną Kuzniecową),Berlinie (pokonała Martinę Hingis w ćwierćfinale, przegrała z Justine Henin) iUS Open (była rozstawiona z numerem pierwszym, pokonała grającą zdziką kartąSerenę Williams w czwartej rundzie, przegrała z późniejszą triumfatorkąMariją Szarapową w trzech setach). Czterokrotnie była ćwierćfinalistką: wDubaju (przegrała ze Swietłaną Kuzniecową 6:7, 4:6, pomimo że miała trzy piłki setowe w tiebreaku pierwszego seta i prowadziła 3:0 w drugim, przez tę porażkę nie wygrała czwartego z rzędu turnieju, przerwana została też jej seria szesnastu kolejnych zwycięstw rozpoczęta w Australian Open),New Haven (przegrała z Lindsay Davenport),Moskwie (przegrała zNicole Vaidišovą 6:1, 5:7, 6:7 po tym, jak prowadziła 5:2 w trzecim secie i miała trzy piłki meczowe) iZurychu (wycofała się przed meczem z powodu kontuzji prawego ramienia). Nie osiągnęła ćwierćfinału w 3 z 17 startów: wSydney (przegrała mecz otwierający sezon zAną Ivanović), weFrench Open (była rozstawiona z numerem pierwszym, przegrała w czwartej rundzie z turniejową szesnastką Nicole Vaidišovą) iEastbourne (przegrała mecz otwarcia zNathalie Dechy). Rozpoczęła rok na trzecim miejscu w rankingu. 30 stycznia, po Australian Open, awansowała na drugą pozycję. Następnie powróciła na prowadzenie 20 marca. Utrzymała się na pierwszym miejscu przez 34 tygodnie. 6 listopada została wyprzedzona przez Justine Henin. W sumie była numerem jeden przez 39 tygodni (przez pięć tygodni w 2004). W Eastbourne, grając w parze ze Swietłaną Kuzniecową, wygrała swój drugi deblowy turniej. Najszybciej w historii kobiecego tenisa zarobiła milion dolarów w sezonie. Dokonała tego dochodząc do półfinału w Antwerpii. Poprawiła wynik Justine Henin z 2004 roku o miesiąc. Uzyskała wynik 1:1 w meczu pierwszej rundyPucharu Federacji z Włochami (pokonałaFlavię Pennettę, przegrała zFrancescą Schiavone). Francja przegrała 1:4. Wycofała się z turniejów wRzymie (z powodu choroby),Montrealu (z powodu naciągnięcia mięśnia prawego ramienia) iStuttgarcie (z powodu kontuzji prawego ramienia).
Po raz dziewiąty z rzędu zakończyła rok w czołowej dwudziestce rankingu, ale po raz pierwszy od siedmiu lat znalazła się poza czołową dziesiątką. W sezonie zdarzyły się jej dwie dwumiesięczne przerwy. Uzyskała wynik 13:4 w pierwszych pięciu startach. Doszła do ćwierćfinału wSydney (była rozstawiona z numerem pierwszym, przegrała zJeleną Janković), do czwartej rundy wAustralian Open (była rozstawiona z numerem drugim i broniła tytułu, przegrała zLucie Šafářovą 4:6, 3:6 po tym, jak prowadziła 4:1 w pierwszym secie), do półfinału wOpen Gaz de France (była rozstawiona z numerem drugim, przegrała z rozstawioną z numerem czwartymNadieżdą Pietrową 7:5, 4:6, 6:7 po tym, jak prowadziła 4:1 w trzecim secie i nie wykorzystała piłki meczowej przy stanie 7:6 w tiebreaku), wygrała turniej wAntwerpii (była rozstawiona z numerem pierwszym, pokonała rozstawioną z numerem drugimKim Clijsters w finale, zdobyła swój trzeci z rzędu tytuł i wygrała wysadzaną diamentami złotą rakietę) oraz doszła do finału wDubaju (była rozstawiona z numerem drugim, przegrała zJustine Henin w finale). W niedzielę 18 marca przeszła operację usunięciawyrostka robaczkowego. Z powodu operacji wycofała się z turniejów wMiami,Amelia Island iCharleston (w sumie nie grała przez dwa miesiące). W meczach rozgrywanych na kortach ziemnych uzyskała wynik 5:4. Odpadła wcześnie wBerlinie (była rozstawiona z numerem drugim, przegrała w trzeciej rundzie zJuliją Wakułenko w trzech setach),Rzymie (była rozstawiona z numerem pierwszym, przegrała w drugiej rundzie zSamanthą Stosur 5:7, 7:6, 6:7 po tym, jak prowadziła 4:1 w trzecim secie i miała później dwie piłki meczowe) i weFrench Open (była rozstawiona z numerem piątym, przegrała w trzeciej rundzie z rozstawioną z numerem 25 Lucie Šafářovą). Doszła do finału wStrasburgu (była rozstawiona z numerem pierwszym, przegrała z rozstawioną z numerem szóstymAnabel Mediną Garrigues w trzech setach). Solidnie spisała się na kortach trawiastych. Doszła do finału wEastbourne (była rozstawiona z numerem drugim, przegrała z rozstawioną z numerem pierwszym Justine Henin 5:7, 7:6, 6:7 po tym, jak prowadziła 4:2 i 5:3 w trzecim secie) i do czwartej rundy naWimbledonie (była rozstawiona z numerem czwartym i broniła tytułu, przegrała z rozstawioną z numerem czternastymNicole Vaidišovą w trzech setach). Uzyskała wynik 1:1 w półfinałowym meczuPucharu Federacji z Włochami. Francja przegrała 2:3. Następnie wycofała się z turnieju wToronto iUS Open z powodu naciągnięcia prawego przywodziciela (w sumie pauzowała przez dziewięć tygodni). Powróciła na korty, ale nie udało się jej wygrać dwóch meczów w jednym turnieju w pozostałych czterech startach. Najlepszym uzyskanym rezultatem był ćwierćfinał wPekinie (była rozstawiona z numerem trzecim, przegrała zPeng Shuai w trzech setach). Doszła do drugiej rundy wZurychu (była rozstawiona z numerem ósmym, przegrała zAloną Bondarenko w trzech setach) i odpadła w pierwszych rundach wStuttgarcie (przegrała zJeleną Diemientjewą) iMoskwie (przegrała zWierą Zwonariową w trzech setach). Rozpoczęła rok na trzecim miejscu w rankingu. 9 lipca, po Wimbledonie, spadła z czwartej na szóstą pozycję (po tym jak spędziła 191 tygodni z rzędu w czołowej piątce rankingu). 10 września, po US Open, spadła z siódmej na jedenastą pozycję (po tym jak spędziła 270 tygodni z rzędu w czołowej dziesiątce rankingu). Ostatecznie zajęła osiemnaste miejsce w ogłoszonym 12 listopada końcowym rankingu rocznym (była to jej najniższa zajmowana pozycja od 11 lutego 2001).
W styczniu doszła do ćwierćfinału w turnieju Gold Coast (była rozstawiona z numerem szóstym, przegrała z rozstawioną z numerem czwartymPatty Schnyder). Wycofała się z turnieju wSydney z powodu naciągnięcia mięśnia prawego uda. Doszła do trzeciej rundy wAustralian Open (była rozstawiona z numerem osiemnastym, przegrała w trzech setach zCasey Dellacqua). W lutym osiągnęła ćwierćfinał w turniejuOpen Gaz de France (była rozstawiona z numerem szóstym, przegrała z najwyżej rozstawioną, późniejszą triumfatorkąAnną Czakwetadze w trzech setach). Przegrała w drugiej rundzie turnieju wDosze (była rozstawiona z numerem czternastym, uległa zawodniczce z eliminacjiTamarine Tanasugarn 6:7, 5:7 po tym, jak miała piłkę setową przy stanie 6:5 w tiebreaku pierwszego seta i prowadziła 5:3 w drugim). Osiągnęła ćwierćfinał turnieju wDubaju (przegrała z rozstawioną z numerem drugimSwietłaną Kuzniecową 1:6, 6:7 po tym, jak prowadziła 5:3 w drugim secie). W marcu doszła do trzeciej rundy wIndian Wells (była rozstawiona z numerem siedemnastym, przegrała z rozstawioną z numerem piętnastymAloną Bondarenko) iMiami (była rozstawiona z numerem dwudziestym czwartym, przegrała w trzech setach zZheng Jie). W kwietniu osiągnęła ćwierćfinał wAmelia Island (była rozstawiona z numerem jedenastym, po drodze pokonała rozstawioną z numerem siódmymAgnieszkę Radwańską i odniosła 500 zwycięstwo w singlu, została dwudziestą czwartą zawodniczką, której udała się ta sztuka, przegrała zDominiką Cibulkovą 1:6, 6:7 po tym, jak prowadziła 5:3 w drugim secie). Uzyskała wynik 2:0 w meczuPucharu Federacji pomiędzy Japonią i Francją. Francja wygrała 4:1 i awansowała do grupy światowej. W maju wycofała się z turniejów wBerlinie iRzymie z powodu naciągnięcia prawego mięśnia międzyżebrowego.
Jej trenerem od turnieju wRzymie w 2002 jest trener francuskiej reprezentacji występującej wPucharze FederacjiLoïc Courteau. Matka ma na imię Françoise. Ojciec, Francis, umarł 12 marca 2004. Ma starszego brata, Fabiena, który, podobnie jak ojciec, jest inżynierem. Twierdzi, że postanowiła zająć się tenisem tuż przed skończeniem czwartego roku życia, po obejrzeniu w telewizji triumfującego weFrench Open 1983Yannicka Noah. Była zaszczycona kiedy Noah powołał ją do reprezentacji Francji występującej w Pucharze Federacji w 1998. Lubi narciarstwo alpejskie, gokarty, jazdę konną, windsurfing i muzykęDido. Od pięciu lat ma złotego psa myśliwskiego o imieniu Sophia. Lubi czerwone wina. Ma prywatną winnicę. Najlepiej ze swojej kariery wspomina moment, w którym została pierwszą z Francji liderką rankinguWTA we wrześniu 2004.
Amélie Mauresmo jestlesbijką[3]. Swoją orientacjęujawniła podczas konferencji prasowej w trakcieAustralian Open 1999. Wskazała przy tym na przejawy nietolerancji, jakich doznała ze względu na orientację seksualną oraz atletyczną budowę ciała (m.in.Martina Hingis nazwała jąpół-facetem, utraciła niektóre kontrakty reklamowe oraz sponsorów[4]). W wywiadzie dla miesięcznikaLGBT „Têtu” w marcu 1999 roku opisała swój publicznycoming out[5]:
Udzielałam wywiadu dla dziennika „Le Figaro” i dziennikarka chcąc napisać coś o mnie zapytała dlaczego się przeprowadziłam. Odpowiedziałam, że moja dziewczyna mieszka w St-Tropez. Potem spotkałam się z dziennikarzami telewizyjnymi, którym powiedziałam, że jeśli pokazują mojego trenera czy moją dziewczynę, to niech to powiedzą. Następnie podczas konferencji prasowej, bodajże po meczu z Patti Schnyder, ktoś zadał mi pytanie dotyczące przeprowadzki, dziennikarz chciał poznać imię mojej dziewczyny etc. Po prostu odpowiadałam na pytania które mi stawiano...
9 kwietnia 2015 Mauresmo ogłosiła, że jest w ciąży[8]. 16 sierpnia urodziła syna, który otrzymał imię Aaron[9]. 14 listopada 2016 złożyła rezygnację z funkcji kapitana francuskiej reprezentacji w Pucharze Federacji z powodu swojej drugiej ciąży[10]. Jej córka Ayla urodziła się 20 kwietnia 2017[11].
