Ojciec Alfonsa VI był pierwszym królem Kastylii, za jego panowania Kastylia w unii z Leonem osiągnęła dominującą pozycję wśródchrześcijańskich królestwPółwyspu Iberyjskiego.
Po śmierci Ferdynanda I Wielkiego (27 grudnia1065) jego królestwo uległo podziałowi: najstarszy synSancho został królem Kastylii i otrzymał zwierzchność nad muzułmańskim królestwem (taifa)Saragossy, Alfons został królem Leonu i trzymał kontrolę nad taifatemToledo, a najmłodszy z braciGarcia otrzymał nowo utworzone królestwo Galicii oraz dzierżył zwierzchność nad taifatamiSewilli iBadajoz, córka Urraka otrzymała miastoZamorę, druga córka Elwira władała miastemToro.Sancho II postanowił podporządkować sobie pozostałe rodzeństwo. W1068 wojska Sancha II, dowodzone przez sławnegoCyda, królewskiego chorążego, pokonały wojska Alfonsa w bitwie pod Llantadillą, po kolejnej przegranej bitwie pod Golpejera (1072) Alfons opuścił Leon i schronił się w muzułmańskim Toledo. Sancho II zajął królestwo Leonu i w 1072 ogłosił się jego królem. Po wygnaniu Alfonsa, Sancho pokonał najmłodszego z braci, Garcię, zajmując królestwo Galicii. Alfons z pomocą muzułmanów zajął Zamorrę, gdzie rezydowała królewska siostra Urraka. Udał się tam Sancho i obległ miasto. Podczas oblężenia, w niewyjaśnionych do końca okolicznościach, w październiku1072 Sancho II został zamordowany. O przygotowanie zamachu powszechnie oskarżano Urrakę, a także Alfonsa, który po śmierci Sancha II przejął władzę w Kastylii i Leonie. Alfonsowi udało się zająć także królestwo Galicii, którą nieskutecznie próbował odzyskać Garcia. W1073 Garcia, zwabiony przez Alfonsa, wrócił do Galicii, ale wnet dostał się do niewoli Alfonsa, w której przebywał resztę życia, aż do swej śmierci w1090.
Po śmierci braci Alfons został niekwestionowanym władcą trzech królestw, które na powrót zjednoczył: Leonu, Kastylii i Galicii.
Władając tak rozległym obszarem Alfons postanowił umocnić swą pozycję pośród innych chrześcijańskich władcówpółwyspu Pirenejskiego. W1076 Alfons najechał ziemiekrólestwa Nawarry, zajęte naonczas przezkróla AragoniiSancho I Ramireza, który zajął Nawarrę po zabójstwie tamtejszego królaSancho IV. Królowi Aragonii udało się utrzymać tytuł króla Nawarry i większość część kraju, jednak musiał oddać Alfonsowi prowincje La Rioja, Logrono i Calahora.
Umocniwszy się na tronie król zwołałsynod, którego postanowienia zreformowały organizację kościoła kastylijskiego i zmienił liturgię kościelną. Odtądkler niezmiennie popierał króla, co znalazło odzwierciedlenie we wskrzeszeniu ideirekonkwisty. Król Alfons VI utrzymywał bliskie kontakty z królestwem Francji, skąd pochodziła większość jego żon. Do królestwa kastylijskiego przybywało wielu duchownych francuskich, osiedlali tu się także rycerze francuscy lub burgundzcy. Jednym z nich byłHenryk, najmłodszy syn księcia Burgundii, który poślubił pochodzącą z nieprawego łoża córkę Alfonsa. Z Francji, zopactwa w Cluny, pochodził takżearcybiskup Toledo Bernard de Sedirac, który został nim w1086 roku. Dzięki królowi Alfonsowi zostały wznowione, słynące na całą Europę, pielgrzymki do sanktuarium św. Jakuba wSantiago de Compostela.
Po tych sukcesach Alfons VI na nowo podjął rekonkwistę, która całkiem zamarła od czasów panowania potężnegoAlmanzora. Na początku działań podjętych przeciwko muzułmanom król Alfons odniósł spektakularny sukces. Król nakłonił władcę taifatu Toledo, swego muzułmańskiego wasala, do oddania w maju1085miasta, będącego dawnąwizygocką stolicą. Po uroczystym wkroczeniu do miasta król Alfons przyjął tytuł „władcy dwóch religii” oraz „imperatora całej Hiszpanii”. Następnie Alfons ponownie erygował w Toledobiskupstwo i przeniósł tam swoją stolicę. Po zajęciu Toledo król podjął akcjęrepoblacji terenów położonych między rzekąDuero a góramiKordyliery Centralnej, nazwanych późniejExtremadura, jak również prowadził podbój obszarów położonych wzdłuż rzekiTag. Następnie Alfons osadził w emiracie Walencji swego muzułmańskiego sojusznika i rozpoczął oblężenie Saragossy, gdzie tymczasem osiadł wygnany nabanicję dawny królewski rycerz Cyd. Oblężenie nie powiodło się, królewska armia po kilku tygodniach odstąpiła od miasta zmuszona do walki z nowym wrogiem.
Działania Alfonsa VI wywołały reakcję, która doprowadziła do zniweczenia jego sukcesów. Władcy słabych muzułmańskich taifatów na czele zemiremKordoby, zagrożeni ekspansją Alfonsa, wezwali na pomoc swych pobratymców,Almorawidów, którzy do tej pory podbili część północnejAfryki. Znani z religijnego fanatyzmu Almorawidzi pod wodząJusufa ibn Taszfina zjawili się w Hiszpanii w1086 roku i połączywszy swe siły z wojskami lokalnych władców muzułmańskich zadali druzgocącą klęskę wojskom Alfonsa VI w bitwie pod Zalakką (inna nazwa –bitwa pod Sagrajas). Almorawidzi, zgodnie z porozumieniem zawartym ze swymi muzułmańskimi sojusznikami, cofnęli się do Afryki, lecz już w1089/1090 powrócili, by rozpocząć trwały podbój taifatów, m.in. Grenady, Sewilli i Badajoz. W roku1108 po raz kolejny doszło do wojny Leonu i Kastylii przeciwko Almorawidom, którzy ponownie pokonali Alfonsa w bitwie pod Ucles, gdzie zginął jedyny syn króla Alfonsa, Sancho. Po przegranych z Almorawidami kampaniach oraz po śmierci Alfonsa VI nastąpił upadek znaczenia Kastylii i Leonu, a inicjatywa w prowadzeniu rekonkwisty na długie lata przeszła do królestwa Aragonii.
Król Alfons VI zmarł1 lipca1109 w Toledo. Został pochowany w klasztorze w Sahagún.
Pierwsza żoną króla została Agnieszka, córka księcia AkwitaniiWilhelma VIII i jego pierwszej małżonki, która zmarła w1078.
Drugą żoną została Konstancja, poślubiona1081 córka księcia BurgundiiRoberta I (syna króla Francji Roberta II), a zarazem siostrzenica Hugona, opata Cluny. Konstancja zmarła w1093. Ich córką byłaUrraka, następczyni króla Alfonsa VI na tronie Kastylii i Leonu.
Po śmierci Konstancji król związał się ze swoją nałożnicą Zaidą, będącą córką muzułmańskiego władcy Sewilli, nie jest wykluczone, że król zawarł z nią związek małżeński. Zaida została matką jedynego królewskiego syna, Sancha, który jednak zginął we wspomnianej wyżej bitwie pod Ucles.
Kolejną żoną była Berta, której pochodzenie nie jest do końca wyjaśnione. Przyjmuje się, że mogła być córkąhrabiego BurgundiiWilhelma I lub hrabiego SabaudiiAmadeusza II. Ślub miał miejsce w grudniu1094 lub na początku1095, Berta zmarła w 1099.
Następną żoną została Izabela (Elżbieta), której pochodzenie nie jest znane. Z Izabelą król Alfons miał córki Sanczę i Elwirę, druga z nich poślubiła króla SycyliiRogera II. Izabela zmarła po 1107 roku. Niektórzy badacze identyfikują Izabelę z muzułmanką Zaidą.
Możliwe, że król miał jeszcze jedną żonę, Beatrycze, którą uważa się za córkę Wilhelma VIII z Akwitanii (był on także ojcem pierwszej żony króla).
Alfons VI miał także dwie córki z nieprawego łoża - Elwirę iTeresę, druga z nich została żonąHenryka z Burgundii. W1093 król mianował zięcia hrabią Portugalii, a trzy lata później oddał mu w lenno ziemie hrabstwo, co Henryk wykorzystał w1099, ogłaszając się władcą niezależnym od Alfonsa VI - dało to początek niepodległej Portugalii.
↑El final del camino. Antonio Velázquez, Javier Rey, Ismael Martínez Radio Televisión Española (RTVE), Televisión de Galicia (TVG) S.A., Voz Audiovisual. 2017-01-11. [dostęp 2023-09-23].
MałgorzataM.Hertmanowicz-BrzozaMałgorzataM.,KamilK.StepanKamilK.,Słownik władców świata, Kraków: Wydawnictwo Zielona Sowa, 2005, s. 140-141,ISBN 83-7435-077-6,OCLC749692036.