Sposób uruchamiania JavaScriptu przedstawionywcześniej jest co najmniej niewygodny i ma ograniczenia związane z wielkością kodu. Dodatkowym problemem jest to, że kod JavaScript należy osadzić w dokumencie przeglądarki internetowej.
Przeglądarka internetowa nie potrafi sama odróżnić języka JavaScript od treści dokumentu, tak więc musimy wskazać jej, gdzie zawiera się treść naszego kodu JavaScript. Należy to zrobić znacznikiemscript
<script>...TreśćskryptuJavaScript;...</script>
W przypadku standarduXHTML znacznikscript uległ pewnej przemianie. Pierwszą rzeczą jest stosowanietypów MIME informujących o typie skryptu. Druga zmiana to zastosowanie sekcji CDATA zgodnie ze standardem XML. Sekcja CDATA jest potrzebna do oznaczenia kodu, który nie powinien być stosowany jako znacznik. Ostatecznie, by nasz skrypt był rozpoznawany przez większość przeglądarek, będzie osadzony w ten sposób:
<scripttype="text/javascript">//<![CDATA[...TreśćskryptuJavaScript;...//]]></script>
Dla przeglądarek nie obsługujących JavaScriptu, możemy przygotować specjalny komunikat w znacznikunoscript
<noscript>Do poprawnego oglądania tej strony, należy włączyć obsługę JavaScript!<ahref="http://www.kropleinternetu.biz/obslugajava.php"target="_blank"title="Włączenie obsługi JavaScript w przeglądarkach">Zobacz jak włączyć</a>.</noscript>
Jeżeli mamy zamiar umieścić kod JavaScript znajdujący się w osobnym pliku, należy użyć składni:
<scriptsrc="funkcje.js"type="text/javascript"></script>
Warunkiem zadziałania powyższego kodu, jest to, że istnieje plik"funkcje.js".
Istnieje również możliwość umieszczania w dokumencie dowolnie wielu skryptów JavaScript, na przykład:
<scripttype="text/javascript"language="JavaScript">//<![CDATA[...TreśćskryptuJavaScript;...//]]></script><scriptsrc="funkcje1.js"type="text/javascript"></script><scriptsrc="funkcje2.js"type="text/javascript"></script><scripttype="text/javascript">//<![CDATA[...TreśćskryptuJavaScript;...//]]></script>
Tak wygląda osadzanie kodu JavaScript w dokumencie XHTML:
<!DOCTYPE htmlPUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN""http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd"><htmlxmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"xml:lang="pl"lang="pl"><head><metahttp-equiv="Content-Type"content="text/html; charset=utf-8"/><metaname="description"content="Opis strony"><metaname="author"content="Administrator"><metaname="keywords"content="JavaScript"><title>Jakiś tytuł</title><scriptsrc="funkcje.js"type="text/javascript"language="JavaScript"></script><scripttype="text/javascript">//<![CDATA[...TreśćskryptuJavaScript;...//]]></script><noscript>Do poprawnego oglądania tej strony, należy włączyć obsługę JavaScript!</noscript></head><body><h1>Jakiś tytuł</h1><p>Jakaś treść</p></body></html>
 | typ MIME "text/javascript" używamy dla skryptu osadzonego na stronie, dlatego w osobnym pliku używamy: "application/javascript". |