RU2015130287A - Адаптация вируса гриппа н5 к человеку - Google Patents

Claims (124)

1. Полипептид, последовательность которого включает элемент, соответствующий элементу референсной последовательности, при этом указанный элемент референсной последовательности содержит остатки 130-228 референсного гемагглютинина Н5 (ГА Н5), который в существенной степени не опосредует инфицирование человека, причем указанный элемент последовательности полипептида имеет по меньшей мере 80% идентичности с полной последовательностью указанного элемента референсной последовательности, но не является идентичным указанному элементу референсной последовательности, так как содержит по меньшей мере одно из:

i. первого признака, представляющего собой делецию аминокислоты, соответствующей аминокислоте в положении 130 указанного референсного ГА Н5;

ii. второго признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. Хаа₂₂₆ + ser228,

ii. Lys₂₂₄ + Хаа₂₂₆

iii. Хаа₁₃₇ + Xaa₂₂₆ + ser228,

iv. Xaa₂₂₆ + gly227 + ser228,

v. Xaa₁₃₇ + pro221 + Xaa₂₂₆ + ser228 и

vi. Xaa₁₃₇ + thr155 + pro221 + Xaa₂₂₆ + gly227 + ser228;

iii. третьего признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. glu188 + Xaa₁₉₂ + Хаа₁₉₃,

ii. asp187 + Хаа₁₉₃ и

iii. Хаа₁₉₃; и

iv. четвертого признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. ala160,

ii. asn158 + ala160 и

iii. asn158 + thr160,

причем положения аминокислот во втором, третьем и четвертом признаках соответствуют положениям, указанным для референсного ГА Н5, и при этом Хаа₂₂₆ выбрана из группы Leu, Ile, Val, Met и Ala, Хаа₁₃₇ выбрана из группы Arg, Lys, Gln, Glu, His и Asn, Xaa₁₉₂ выбрана из группы Arg, Thr, Ala, Val, Leu и Ile, и Хаа₁₉₃ выбрана из группы Thr, Ala, Lys, Arg и His.

2. Полипептид по п. 1, где указанный полипептид содержит по меньшей мере два признака.

3. Полипептид по п. 1, где указанный полипептид содержит по меньшей мере три признака.

4. Полипептид по п. 1, где указанный полипептид содержит все четыре признака.

5. Полипептид по п. 1, где длина указанного полипептида составляет от 98 до 400 аминокислот, включительно.

6. Полипептид по п. 1, где длина указанного элемента последовательности пептида составляет от 98 до 230 аминокислот, включительно.

7. Композиция вакцины, содержащая по меньшей мере один антиген, содержащий

полипептид, последовательность которого включает элемент, соответствующий элементу референсной последовательности, при этом указанный элемент содержит остатки 130-228 референсного ГА Н5, который в существенной степени не опосредует инфицирование человека,

причем указанный элемент последовательности полипептида имеет по меньшей мере 80% идентичности с полной последовательностью с указанным элементом референсной последовательности, но не является идентичным указанному элементу референсной последовательности, так как содержит по меньшей мере одно из:

первого признака, представляющего собой делецию аминокислоты, соответствующей аминокислоте в положении 130 указанного референсного ГА Н5;

второго признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. Хаа₂₂₆ + ser228,

ii. Lys₂₂₄ + Xaa₂₂₆,

iii. Хаа₁₃₇ + Хаа₂₂₆ + ser228,

iv. Xaa1 + gly227 + ser228,

v. Хаа₁₃₇ + pro221 + Хаа₂₂₆ + ser228 и

vi. Хаа₁₃₇ + thr155 + pro221 + Xaa₂₂₆ + gly227 + ser228;

третьего признака, выбранного из группы, состоящей из:

iv. glu188 + Xaa₁₉₂ + Хаа₁₉₃,

v. asp187 + Хаа₁₉₃ и

vi. Хаа₁₉₃; и

четвертого признака, выбранного из группы, состоящей из:

iv. ala160,

v. asn158 + ala160 и

vi. asn158 + thr160,

причем положения аминокислот во втором, третьем и четвертом признаках соответствуют положениям, указанным в референсном ГА Н5, и при этом Хаа₂₂₆ выбрана из группы Leu, Ile, Val, Met и Ala, Хаа₁₃₇ выбрана из группы Arg, Lys, Gln, Glu, His и Asn, Xaa₁₉₂ выбрана из группы Arg, Thr, Ala, Val, Leu и Ile, и Xaa₁₉₃ выбрана из группы Thr, Ala, Lys, Arg и His; и

фармацевтически приемлемый носитель.

8. Композиция вакцины по п. 7, где указанный полипептид содержит по меньшей мере два признака.

9. Композиция вакцины по п. 7, где указанный полипептид содержит по меньшей мере три признака.

10. Композиция вакцины по п. 7, где указанный полипептид содержит все четыре признака.

11. Композиция вакцины по п. 7, где длина указанного полипептида составляет от 98 до 400 аминокислот, включительно.

12. Композиция вакцины по п. 7, где длина указанного элемента последовательности пептида составляет от 98 до 230 аминокислот, включительно.

13. Способ получения вакцины, включающий

обеспечение по меньшей мере одного антигена, содержащего полипептид, аминокислотная последовательность которого включает элемент, соответствующий элементу референсной последовательности, содержащему остатки 130-228 референсного ГА Н5, который в существенной степени не опосредует инфицирование человека,

причем указанный элемент последовательности полипептида имеет по меньшей мере 80% идентичности с полной последовательностью указанного элемента референсной последовательности, но не является идентичным указанному элементу референсной последовательности, так как содержит по меньшей мере одно из:

первого признака, представляющего собой делецию аминокислоты, соответствующей аминокислоте в положении 130 указанного референсного ГА Н5;

второго признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. Хаа₂₂₆ + ser228,

ii. Lys₂₂₄ + Хаа₂₂₆,

iii. Хаа₁₃₇ + Хаа₂₂₆ + ser228,

iv. Хаа₂₂₆ + gly227 + ser228,

v. Хаа₁₃₇ + pro221 + Xaa₂₂₆ + ser228 и

vi. Хаа₁₃₇ + thr155 + pro221 + Xaa₂₂₆ + gly227 + ser228;

третьего признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. glu188 + Xaa₁₉₂ + Хаа₁₉₃,

ii. asp187 + Хаа₁₉₃ и

iii. Хаа₁₉₃; и

четвертого признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. ala160,

ii. asn158 + ala160 и

iii. asn158 + thr160,

где указанные положения аминокислот во втором, третьем и четвертом признаках соответствуют положениям, указанным для референсного ГА Н5, и при этом Хаа₂₂₆ выбрана из группы Leu, Ile, Val, Met и Ala, Хаа₁₃₇ выбрана из группы Arg, Lys, Gln, Glu, His и Asn, Xaa₁₉₂ выбрана из группы Arg, Thr, Ala, Val, Leu и Ile, и Хаа₁₉₃ выбрана из группы Thr, Ala, Lys, Arg и His; и

приготовление указанного обеспеченного по меньшей мере одного антигена в виде композиции вакцины.

14. Способ по п. 13, согласно которому указанный полипептид содержит по меньшей мере два признака.

15. Способ по п. 13, согласно которому указанный полипептид содержит по меньшей мере три признака.

16. Способ по п. 13, согласно которому указанный полипептид содержит все четыре признака.

17. Способ по п. 13, согласно которому длина указанного полипептида составляет от 98 до 400 аминокислот, включительно.

18. Способ по п. 13, согласно которому длина указанного элемента последовательности пептида составляет от 98 до 230 аминокислот, включительно.

19. Диагностический набор для определения пандемической опасности штамма вируса гриппа Н5, содержащий

по меньшей мере одно антитело, связывающееся с полипептидом, аминокислотная последовательность которого включает элемент, соответствующий элементу референсной последовательности, при этом указанный элемент референсной последовательности содержит остатки 130-228 референсного ГА Н5, который в существенной степени не опосредует инфицирование человека,

причем указанный элемент последовательности полипептида имеет по меньшей мере 80% идентичности с полной последовательностью указанного референсного элемента последовательности, но не является идентичным указанному элементу референсной последовательности, так как содержит по меньшей мере одно из:

первого признака, представляющего собой делецию аминокислоты, соответствующей аминокислоте в положении 130 указанного референсного ГА Н5;

второго признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. Xaa₂₂₆ + ser228,

ii. Lys₂₂₄ + Хаа₂₂₆,

iii. Xaa₁₃₇ + Хаа₂₂₆ + ser228,

iv. Хаа₂₂₆ + gly227 + ser228,

v. Xaa₁₃₇ + pro221 + Xaa₂₂₆ + ser228 и

vi. Хаа₁₃₇ + thr155 + pro221 + Xaa₂₂₆ + gly227 + ser228;

третьего признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. glu188 + Xaa₁₉₂ + Хаа₁₉₃,

ii. asp187 + Хаа₁₉₃ и

iii. Хаа₁₉₃; и

четвертого признака, выбранного из группы, состоящей из:

i. ala160,

ii. asn158 + ala160 и

iii. asnl58 + thr160,

причем положения аминокислот во втором, третьем и четвертом признаках соответствуют положениям, указанным для референсного ГА Н5, и при этом Хаа₂₂₆ выбрана из группы Leu, Ile, Val, Met и Ala, Хаа₁₃₇ выбрана из группы Arg, Lys, Gln, Glu, His и Asn, Xaa₁₉₂ выбрана из группы Arg, Thr, Ala, Val, Leu и Ile, и Xaa₁₉₃ выбрана из группы Thr, Ala, Lys, Arg и His.

20. Диагностический набор по п. 19, где указанный полипептид содержит по меньшей мере два признака.

21. Диагностический набор по п. 19, где указанный полипептид содержит по меньшей мере три признака.

22. Диагностический набор по п. 19, где указанный полипептид содержит все четыре признака.

23. Диагностический набор по п. 19, где длина указанного полипептида составляет от 98 до 400 аминокислот, включительно.

24. Диагностический набор по п. 19, где длина указанного элемента последовательности пептида составляет от 98 до 230 аминокислот, включительно.

25. Диагностический набор по п. 19, где указанный элемент референсной последовательности не гликозилирован по положению 158.

26. Диагностический набор по п. 19, дополнительно содержащий антитело, связывающееся с референсным ГА Н5, не инфицирующим человека.

27. Способ мониторинга вируса гриппа в образце:

a. получение образца из источника с подозрением на содержание вируса гриппа;

b. приведение указанного образца в контакт с одним или более агентом, специфически связывающимся с полипептидом ГА Н5 по п. 1;

c. детектирование связывания указанного агента с указанным образцом и, таким образом, определение наличия и/или количества указанного ГА Н5 в указанном образце.

28. Способ по п. 27, согласно которому указанный источник представляет собой источник из окружающей среды.

29. Способ по п. 27, согласно которому указанный источник представляет собой пациента-человека.

30. Способ по п. 27, согласно которому указанные стадии получения, приведения в контакт и детектирования повторяют по меньшей мере один раз через некоторый промежуток времени после того, как указанные первые стадии получения, приведения в контакт и детектирования были завершены.

31. Способ по п. 27, дополнительно включающий приведение в контакт образца из указанного источника с одним или более агентом, специфически связывающимся с ГА Н5, не инфицирующим человека.

32. Полипептид, последовательность которого включает элемент, соответствующий элементу референсной последовательности, при этом указанный элемент референсной последовательности содержит остатки 130-228 референсного ГА Н5, который в существенной степени не опосредует инфицирование человека,

причем указанный элемент последовательности полипептида имеет по меньшей мере 80% идентичности с полной последовательностью указанного элемента референсной последовательности, но не является идентичным указанному элементу референсной последовательности, так как содержит по меньшей мере одно из:

первого признака, представляющего собой делецию аминокислоты, соответствующей аминокислоте в положении 130 указанного референсного ГА Н5;

второго признака, представляющего собой arg137 + thr155 + pro221 + leu226 + gly227 + ser228;

третьего признака, представляющего собой glu188 + arg192 + ala193; и

четвертого признака, представляющего собой asn158 + thr160,

причем положения аминокислот во втором, третьем и четвертом признаках соответствуют положениям, указанным для референсного ГА Н5.

33. Полипептид, последовательность которого включает элемент, соответствующий элементу референсной последовательности, при этом указанный элемент референсной последовательности содержит остатки 130-228 референсного ГА Н5, который в существенной степени не опосредует инфицирование человека,

причем указанный элемент последовательности полипептида имеет по меньшей мере 80% идентичности с полной последовательностью указанного элемента референсной последовательности, но не является идентичным указанному элементу референсной последовательности, так как содержит по меньшей мере одно из:

первого признака, представляющего собой делецию аминокислоты, соответствующей аминокислоте в положении 130 указанного референсного ГА Н5;

второго признака, представляющего собой arg137 + lys226 + ser228,

третьего признака, представляющего собой asp187 + thr193; и

четвертого признака, представляющего собой asn158 + ala160,

причем положения аминокислот во втором, третьем и четвертом признаках соответствуют положениям, указанным для референсного ГА Н5.