KR101545258B1 - Biomarker for predicting of sensitivity to exercise - Google Patents
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Abstract
Translated fromKoreanDescription
Translated fromKorean본 발명은 바이오마커로서 유산소 운동 민감도를 예측할 수 있는 단일 염기 다형성 마커, 상기 마커를 이용하여 유산소 운동 민감도를 예측하는 방법, 상기 마커를 이용하여 유산소 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법, 및 상기 마커를 검출할 수 있는 프로브를 포함하는 유산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는 유산소 운동 민감도 예측용 키트에 관한 것이다.The present invention relates to a method for predicting aerobic exercise sensitivity using the marker, a method for providing information for predicting aerobic exercise sensitivity using the marker, and a method for predicting aerobic exercise sensitivity using the marker, And a probe capable of detecting the marker. The present invention relates to a kit for predicting aerobic exercise sensitivity comprising a composition for predicting aerobic exercise sensitivity.
본 발명은 또한, 바이오마커로서 무산소 운동 민감도를 예측할 수 있는 단일 염기 다형성 마커, 상기 마커를 이용하여 무산소 운동 민감도를 예측하는 방법, 상기 마커를 이용하여 무산소 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법, 및 상기 마커를 검출할 수 있는 프로브를 포함하는 무산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는 무산소 운동 민감도 예측용 키트에 관한 것이다.
The present invention also provides a method for predicting anaerobic exercise sensitivity using a marker, a method for providing information for predicting anaerobic exercise sensitivity using the marker, And a probe capable of detecting the marker, and a kit for predicting anaerobic exercise sensitivity.
과학의 발달과 컴퓨터의 보급 등으로 현대인의 신체활동이 감소되어, 현대인은 운동부족에 시달리게 되었다. 운동부족은 체력 저하뿐만 아니라, 면역력 저하를 일으키며, 고혈압, 당뇨, 비만 심장병, 고지혈증 등 모든 성인병의 중요한 위험요인이 되는 것으로 알려져 있다. 이에, 건강의 유지 및 증진을 위하여 운동의 중요성이 강조되기 시작하였고, 실제로 많은 현대인들이 체력 보강 등을 위하여 운동의 필요성을 느끼고 있다. 건강 증진뿐만 아니라, 아름다운 신체를 가꾸기 위해서도 운동이 중요시되고 있다. 실제로 체중 감량을 위하여 운동을 찾는 사람들이 증가하는 추세에 있다.Due to the development of science and the spread of computers, the physical activity of modern people has been reduced, and modern people have suffered from lack of exercise. Insufficient exercise is known to cause not only a decrease in physical strength but also a decrease in immunity and an important risk factor for all adult diseases such as hypertension, diabetes, obesity heart disease and hyperlipidemia. Therefore, the importance of exercise has been emphasized for maintaining and promoting health. In fact, many modern people feel the necessity of exercise for physical strength. In addition to promoting health, exercise is also important in order to raise a beautiful body. In fact, there is an increasing trend for people seeking exercise to lose weight.
이러한 운동의 효과는 일정 기간 이상 꾸준히 운동을 수행함으로써 얻을 수 있는 것이기 때문에, 현대인들은 운동에 많은 시간과 비용을 투자하고 있다.Since the effects of these exercises can be achieved by exercising constantly over a period of time, modern people are investing a lot of time and money in the exercise.
한편, 동일한 시간과 노력을 투자하는 경우에도, 운동자의 신체 특성에 따라 운동 효과가 달라질 수 있다. 따라서, 효과적인 운동 효과를 얻기 위해서, 각 운동자의 신체 특성에 따른 운동 민감도의 예측의 필요성이 대두되고 있다.On the other hand, even when the same time and effort are invested, the exercise effect may be changed according to the body characteristics of the athlete. Therefore, in order to obtain an effective exercise effect, the necessity of prediction of exercise sensitivity according to the physical characteristics of each exerciser is emerged.
국제 공개 특허 제 2010-028256호는 이러한 최대 산소 섭취량으로 표현되는 운동 민감도를 예측하기 위한 바이오마커를 개시하고 있다.
International Patent Publication No. 2010-028256 discloses a biomarker for predicting exercise sensitivity represented by this maximum oxygen uptake.
본 발명의 목적은 유/무산소 운동에 대한 운동 민감도를 효과적으로 예측할 수 있는 단일 염기 다형성 마커를 제공하기 위한 것이다.
It is an object of the present invention to provide a single nucleotide polymorphic marker capable of effectively predicting exercise sensitivity to oil / anaerobic exercise.
본 발명은 개체로부터 분리한 핵산 시료로부터, 표 1 및 표 2에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기를 확인하는 것을 포함하는, 개체의 유산소 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법을 제공한다.The present invention provides a method for predicting an aerobic exercise sensitivity of an individual, comprising identifying bases from polymorphic sites of one or more single base polymorphic markers selected from single base polymorphic markers shown in Table 1 and Table 2, To provide information in order to provide information.
본 발명은 또한, 개체로부터 분리한 핵산 시료로부터, 표 7 및 표 8에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기를 확인하는 것을 포함하는, 개체의 무산소 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법을 제공한다.The present invention also provides a method for detecting anoxic exercise sensitivity of an individual, comprising identifying bases from polymorphic sites of one or more single base polymorphic markers selected from single base polymorphic markers shown in Table 7 and Table 8, Lt; RTI ID = 0.0 > information. ≪ / RTI >
본 발명은 또한, 표 1 및 표 2에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 상기 단일 염기 다형성 마커를 증폭할 수 있는 프라이머를 포함하는 유산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는, 유산소 운동 민감도 예측용 키트를 제공한다.The present invention also provides a method for detecting an aerobic exercise sensitivity prediction comprising a probe capable of detecting at least one single base polymorphism marker selected from the single base polymorphism markers shown in Tables 1 and 2 or a primer capable of amplifying the single base polymorphism marker A kit for predicting aerobic exercise sensitivity is provided.
본 발명은 또한, 표 7 및 표 8에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 상기 단일 염기 다형성 마커를 증폭할 수 있는 프라이머를 포함하는 무산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는, 무산소 운동 민감도 예측용 키트를 제공한다.
The present invention also provides a method for detecting anoxic exercise sensitivity comprising a probe capable of detecting one or more single base polymorphic markers selected from the single base polymorphic markers shown in Tables 7 and 8 or a primer capable of amplifying the single base polymorphic marker A kit for predicting anaerobic exercise sensitivity is provided.
본 발명에 따르면 개체의 유/무산소 운동 민감도를 예측할 수 있어, 운동 시작 전 또는 운동 중에 개체의 특성에 적합한 운동 프로그램을 제시할 수 있다.
According to the present invention, the oil / anaerobic exercise sensitivity of an individual can be predicted, and an exercise program suitable for the characteristics of an individual before or during the exercise can be presented.
도 1은 운동 민감도 예측 모델의 주요 SNP 추출 프로세스를 보여준다.
도 2는 유산소 운동 민감도 예측을 위한 모델의 구축 및 평가 프로세스를 보여준다.
도 3은 무산소 운동 민감도 예측을 위한 모델의 구축 및 평가 프로세스를 보여준다.Figure 1 shows the process of extracting the major SNPs of the motion sensitivity prediction model.
Figure 2 shows a process for constructing and evaluating models for predicting aerobic exercise sensitivity.
FIG. 3 shows a process of constructing and evaluating a model for predicting anaerobic exercise sensitivity.
본 발명자들은, 개인의 유전적 특성에 따른 운동 효과를 사전에 예측할 수 있다면, 시간 및 비용 효율적으로 우수한 운동 효과를 달성할 수 있는 개인 맞춤형 운동 프로그램을 제시할 수 있으리라 가정하고, 이를 연구한 결과, 유/무산소 운동 민감도와 유의적 상관관계를 갖는 특정 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism) 마커를 발굴하여 본 발명을 완성하였다.The present inventors have hypothesized that a personalized exercise program capable of achieving a superior exercise effect in a time and cost efficient manner can be provided if the exercise effect according to a genetic characteristic of an individual can be predicted in advance, Specific single nucleotide polymorphism markers having a significant correlation with the sensitivity to oil / oxygen free movement.
따라서, 본 발명은 유/무산소 운동에 있어서, 운동 민감도를 예측할 수 있는 단일 염기 다형성 마커의 용도를 제공한다.Accordingly, the present invention provides the use of a single nucleotide polymorphic marker that can predict movement sensitivity in oil / anaerobic exercise.
본 발명은 유/무산소 운동에 있어서, 운동 민감도를 예측할 수 있는 단일 염기 다형성 마커들 중에서 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커를 포함하는 운동 민감도 예측용 마커, 상기 마커를 이용하여 운동 민감도를 예측하는 방법, 상기 마커를 이용하여 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법 및 상기 마커를 검출할 수 있는 프로브를 포함하는 유/무산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는 유/무산소 운동 민감도 예측용 키트를 제공한다.The present invention relates to a marker for predicting exercise sensitivity comprising one or more single base polymorphic markers selected from single base polymorphic markers capable of predicting exercise sensitivity in oil / anaerobic exercise, a method for predicting exercise sensitivity using the markers And a kit for predicting an oxygen / anoxia exercise sensitivity comprising a composition for predicting exercise sensitivity using the marker and a composition for predicting an oxygen / oxygen free exercise sensitivity including a probe capable of detecting the marker do.
구체적으로, 본 발명은 개체로부터 분리한 핵산 시료로부터 본 발명의 단일 염기 다형성 마커들로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기를 확인하는 것을 포함하는, 개체의 유산소 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법을 제공한다.Specifically, the present invention provides a method for predicting aerobic exercise sensitivity of an individual, comprising identifying a base at a polymorphic site of one or more single base polymorphic markers selected from single base polymorphic markers of the invention from a nucleic acid sample isolated from the subject It provides a way to provide information.
본 발명은 또한, 개체로부터 분리한 핵산 시료로부터 본 발명의 단일 염기 다형성 마커들로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기를 확인하는 것을 포함하는, 개체의 무산소 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법을 제공한다.The present invention also provides a method for predicting anaerobic exercise sensitivity of an individual, comprising identifying a base at a polymorphic site of one or more single base polymorphic markers selected from single base polymorphic markers of the invention from a nucleic acid sample isolated from the subject Provides a way to provide information.
용어 '다형성(polymorphism)'은 엑손 및 인트론을 포함하는 핵산 또는 그 일부에 하나 이상의 형태가 공존하는 것을 일컫는다. '단일 염기 다형성(Single Nucleotide Polymorphism)' 또는 'SNP'는 유전자의 특정한 위치에서 두 가지 이상의 단일 염기가 존재는 경우를 말한다. 대부분의 SNP는 두 개의 대립유전자를 갖는다. 상기 다형성의 하나의 대립유전자에 대해, 2개의 동일한 대립유전자를 가지면 대립유전자에 대해 동형접합성(SNP 위치에서 동일한 염기를 가짐)이라고 하고, 2개의 상이한 대립유전자를 가지면 대립유전자에 대해 이형접합성(SNP 위치에서 상이한 염기를 가짐)이라고 한다. 바람직한 SNP는 선택된 집단에서 1% 이상, 더욱 바람직하게는 10% 또는 20% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다. 본 발명에서, SNP 명명은 rs ID 또는 kgp ID로 나타낸다. Rs ID는 NCBI(the National Center for Biotechnological Information)에서 각각의 독특한 SNP에 부여한 공식적인 SNP(Reference SNP, rs) ID를 의미한다. Kgp ID는 SNP 칩 제조회사인 일루미나 사(Illumina, Inc., USA) 에서 제작하여 시판하고 있는 human omni 2.5M 8 BeadChip kit 에 포함되어 있는 SNP 를 지칭하는 ID 로, NCBI 에 등록되어 있지 않은 SNP를 나타낸 것이다. 본 발명에서, kgp로 표시되는 SNP는 hg19(human genome version 19)를 기준으로 하여 분석하였다.The term " polymorphism " refers to the coexistence of one or more forms in a nucleic acid, including exons and introns, or a portion thereof. "Single nucleotide polymorphism" or "SNP" refers to the case where two or more single bases are present at a specific position in a gene. Most SNPs have two alleles. For one allele of the polymorphism, having two identical alleles means homozygosity (having the same base at the SNP position) for alleles and heterozygosity (SNPs for alleles) having two different alleles Lt; / RTI > position). Preferred SNPs have two or more alleles that exhibit an incidence of 1% or more, more preferably 10% or 20% or more, in the selected population. In the present invention, SNP nomenclature is denoted by rs ID or kgp ID. Rs ID means the official SNP (rs) ID assigned to each unique SNP in the National Center for Biotechnological Information (NCBI). Kgp ID is an ID that refers to the SNP contained in the human omni 2.5M 8 BeadChip kit produced by Illumina, Inc. (USA), a manufacturer of SNP chip, and SNP not registered in NCBI . In the present invention, SNPs expressed as kgp were analyzed based on hg19 (human genome version 19).
용어 '대립유전자(allele)'는 유전자 또는 그 일부와 관련된 인트론, 엑손, 인트론/엑손 접합(junction) 및 3' 및/또는 5' 비번역 영역을 포함하는 유전자의 대안적인 형태를 일컫는다. 일반적으로 대립유전자는 상동 염색체 상의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다. 특정 유전자의 대립유전자는 서로 단일 뉴클레오티드 또는 몇 개의 뉴클레오티드가 다를 수 있고 뉴클레오티드의 치환, 결실 및 삽입을 포함할 수 있다.The term " allele " refers to an alternative form of a gene comprising introns, exons, intron / exon junctions and 3 ' and / or 5 ' Generally, an allele refers to several types of genes that are located on the same gene locus on a homologous chromosome. Alleles of a particular gene may differ from each other by a single nucleotide or several nucleotides and may include substitution, deletion and insertion of nucleotides.
용어 '마커(marker)', '다형성 마커' 또는 '단일 염기 다형성 마커'는 유전자의 다형성 부위(genomic polymorphic site)를 의미한다. 각 다형성 마커는 다형성 부위에서 특정한 대립유전자에 특징적인 두 개 이상의 서열 변이를 갖는다.The term "marker", "polymorphic marker" or "single nucleotide polymorphic marker" refers to a genomic polymorphic site. Each polymorphic marker has two or more sequence variations characteristic of a particular allele at the polymorphic site.
본 명세서에서, 서열목록은 대한민국 특허청 고시 제2013-01호 [핵산염기 서열목록 또는 아미노산 서열목록 작성 기준]에 따라 작성되었다. 핵산 서열에서, 기호 r은 g(guanine) 또는 a(adenine)를 나타내고, 기호 y는 t(thymine)/u(uracil) 또는 c(cytosine)를 나타낸다. 기호 m은 a 또는 c를 나타내고, k는 g 또는 t/u를 나타낸다. 기호 s는 g 또는 c를 나타내고, 기호 w는 a 또는 t/u를 나타낸다.In this specification, the sequence listing was prepared according to the Korean Intellectual Property Notification No. 2013-01 [Nucleotide Sequence List or Amino Acid Sequence Listing Standard]. In the nucleic acid sequence, the symbol r denotes guanine or a (adenine), and the symbol y denotes t (thymine) / u (uracil) or c (cytosine). The symbol m represents a or c, and k represents g or t / u. The symbol s represents g or c, and the symbol w represents a or t / u.
본 명세서에서, 용어 '유산소 운동(aerobic exercise)'은 비교적 낮은 강도로 지속하여 근육에 산소가 공급되도록 하는 운동을 의미한다. 유산소 운동의 예로는 걷기, 조깅, 에어로빅, 줄넘기, 수영, 자전거, 등산 등을 포함한다. '무산소 운동(anaerobic exercise)'은 산소가 충분하지 않거나 없는 상태에서 이루어져 젖산 형성을 촉발하기에 충분한 강도의 운동을 의미한다. 무산소 운동의 예로는, 팔굽혀펴기, 역도, 스쿼트 등을 포함한다.As used herein, the term " aerobic exercise " refers to a movement that causes oxygen to be supplied to muscles that lasts at relatively low intensity. Examples of aerobic exercise include walking, jogging, aerobics, jump rope, swimming, cycling, and mountaineering. 'Anaerobic exercise' means that the exercise is done with insufficient or no oxygen and the exercise is strong enough to trigger lactic acid formation. Examples of anaerobic exercise include push-ups, weight lifting, squats, and the like.
용어 '운동 민감도(sensitivity to exercise)'는 운동에 대한 반응과 관련된 생체의 능력을 말하는 것으로, 생체가 운동에 대하여 보이는 반응성을 의미한다. 예를 들어, 운동 민감도가 높은 경우, 최대 산소 섭취량이나 근력 증가량 등 운동에 반응하여 일어나는 생체의 변화 수준이 높고, 이와 반대로 운동 민감도가 낮은 경우에는 운동에 반응하여 일어나는 생체의 변화 수준이 낮게 된다. '유산소 운동 민감도'는 유산소 운동에 대한 운동 민감도로, 이에 제한되는 것은 아니나, 유산소 능력 및/또는 최대 산소 섭취량으로 표현될 수 있다. '무산소 운동 민감도'는 무산소 운동에 대한 운동 민감도로, 이에 제한되는 것은 아니나, 무산소 능력 및/또는 근력 증가량으로 표현될 수 있다.The term 'sensitivity to exercise' refers to the ability of a living organism to relate to its response to exercise, which means that the organism is responsive to exercise. For example, when the exercise sensitivity is high, the level of change of the living body in response to the exercise such as the maximum oxygen uptake or the increase of the muscle strength is high. On the other hand, when the exercise sensitivity is low, 'Aerobic exercise sensitivity' is the exercise sensitivity to aerobic exercise, but can be expressed in terms of aerobic capacity and / or maximum oxygen uptake. The 'anaerobic exercise sensitivity' may be expressed as an exercise capacity for anoxic exercise, but not limited to, anaerobic ability and / or muscle power increase.
'유산소 능력(aerobic capacity)'은 에너지 전환 과정 중에서 유산소적으로 이루어지는 과정의 에너지 전환 능력을 의미하며, 호흡, 순환, 혈액 등의 산소 운반 능력이나 조직의 산소 이용과 관련되며, 전신 지구력과 밀접한 관계가 있다. 유산소 능력의 저하는 피로감, 허혈성 심장 질환 등을 야기할 수 있다. 유산소 능력은 유산소 운동을 통하여 기를 수 있으며, 일반적으로 최대 산소 섭취량으로 평가될 수 있다. '최대 산소 섭취량(maximal oxygen consumption; maximal oxygen uptake; VO2max)'은 운동 중에 측정되는 단위 시간 내의 최대 산소 소비량을 의미한다. 최대 산소 섭취량은 유산소 능력 또는 심폐지구력을 판정하는 지표로 이용된다.'Aerobic capacity' refers to the energy conversion ability of an aerobic process in the course of energy conversion. It is related to oxygen transport capacity of respiration, circulation, and blood, or to oxygen utilization of tissue, and is closely related to endurance . Decreased aerobic capacity can cause fatigue, ischemic heart disease, and the like. The aerobic capacity can be raised through aerobic exercise and can generally be estimated as the maximum oxygen uptake. 'Maximal oxygen uptake (VO2max)' means the maximum oxygen consumption in a unit time measured during exercise. The maximum oxygen uptake is used as an index to determine aerobic capacity or cardiopulmonary endurance.
'무산소 능력(anaerobic capacity)'은 유산소 능력과 대비되는 개념으로, 산소를 이용하지 않고 무산소적으로 이루어지는 과정의 에너지 전환 능력을 의미한다. 무산소 능력은 무산소 운동을 통하여 기를 수 있으며, 근력 증가량으로 평가될 수 있다. '근력 증가량'은 근육 수축에 의하여 생기는 근육의 힘(근력)의 증가량을 의미하고, 피크 토크로 표시될 수 있다. 토크(torque)는 물체를 회전시키는 힘을 의미하고, '피크 토크(peak torque)'는 최대 토크 값을 의미한다.'Anaerobic capacity' is a concept that contrasts with aerobic capacity, which means the energy conversion capability of an anaerobic process without using oxygen. Anoxic capacity can be augmented through anaerobic exercise and can be assessed as an increase in muscle strength. 'Amount of increase in muscle power' means an increase in muscle force (muscle force) caused by muscle contraction, and can be expressed by peak torque. The torque refers to the force for rotating the object, and the 'peak torque' refers to the maximum torque value.
용어 '개체'는 유/무산소 운동의 운동 민감도를 예측하기 위한 피험자를 의미하며, '핵산 시료(nucleic acid sample)'는 개체로부터 수득된 핵산(DNA 또는 RNA)을 포함하는 시료를 의미한다. 핵산 시료는, 개체로부터 채취한 혈액, 뇨, 머리카락, 양수액, 뇌척수액; 또는 피부, 근육, 구강 점막 또는 결막 점막; 태반, 위장관 또는 기타 기관으로부터의 조직 시료 등과 같은, 핵산을 포함하는 임의의 공급원(source)으로부터 수득될 수 있다. 개체로부터 핵산 시료를 수득하는 방법은 당업계에서 잘 알려져 있고, 공지된 방법을 제한 없이 사용할 수 있다.The term 'individual' refers to a subject who predicts the exercise sensitivity of oil / anaerobic exercise, and 'nucleic acid sample' refers to a sample containing nucleic acid (DNA or RNA) obtained from an individual. The nucleic acid sample can be obtained from blood, urine, hair, amniotic fluid, cerebrospinal fluid collected from an individual; Or skin, muscles, oral mucosa or conjunctival mucosa; From a source including nucleic acids, such as tissue samples from the placenta, gastrointestinal tract or other organ, and the like. Methods for obtaining nucleic acid samples from an individual are well known in the art, and known methods can be used without limitation.
개체로부터 분리한 핵산 시료로부터, 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 단일 염기 다형성 마커를 검출할 수 있는 프로브와 혼성화하여 다형성 부위의 염기를 확인할 수 있다.From a nucleic acid sample isolated from an individual, a polymorphic site of a single base polymorphism marker can be amplified or hybridized with a probe capable of detecting a single base polymorphism marker to identify a polymorphic site base.
예를 들어, PCR, 리가제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplification), 자가유지 서열 복제 및 핵산에 근거한 서열 증폭 (NASBA)을 이용하여 다형성 부위를 증폭할 수 있다.For example, polymorphic sites can be amplified using PCR, ligase chain reaction (LCR), transcription amplification, self-sustained sequence replication, and nucleic acid-based sequence amplification (NASBA).
다형성 부위의 염기의 확인은 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, SSCP, PCR-RFLP 분석, TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ 및 SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadChip (Illumina의 HumanOmni2.5-8) 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 예를 들어, SNP 칩을 이용하여 다형성 부위의 염기를 확인할 수 있다. SNP 칩은 수십만개의 SNP의 각 염기를 한번에 확인할 수 있는 DNA 마이크로어레이의 하나를 의미한다.Sequencing analysis, hybridization by microarray, allele specific PCR, dynamic allele-specifichybridization (DASH), PCR extension analysis, SSCP, PCR-RFLP analysis, TaqMan technique, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (eg MassenRAY system of Sequenom), mini-sequencing method, Bio-Plex system (BioRad), CEQ and SNPstream system (Beckman), Molecular Inversion Probe Array technology (e.g., Affymetrix GeneChip), and BeadChip (Illumina's HumanOmni 2.5-8). For example, SNP chips can be used to identify bases at polymorphic sites. A SNP chip is one of a DNA microarray that can identify each base of hundreds of thousands of SNPs at a time.
TaqMan 방법은 (1) 원하는 DNA 단편을 증폭할 수 있도록 프라이머 및 TaqMan 탐침을 설계 및 제작하는 단계; (2) 서로 다른 대립유전자의 탐침을 FAM 염료 및 VIC 염료로 표지(Applied Biosystems)하는 단계; (3) 상기 DNA를 주형으로 하고, 상기의 프라이머 및 탐침을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; (4) 상기의 PCR 반응이 완성된 후, TaqMan 분석 플레이트를 핵산 분석기로 분석 및 확인하는 단계; 및 (5) 상기 분석결과로부터 단계 (1)의 폴리뉴클레오티드들의 유전체형을 결정하는 단계를 포함한다.The TaqMan method comprises the steps of: (1) designing and constructing a primer and a TaqMan probe to amplify a desired DNA fragment; (2) labeling probes of different alleles with FAM dyes and VIC dyes (Applied Biosystems); (3) performing PCR using the DNA as a template and using the primer and the probe; (4) after completion of the PCR reaction, analyzing and confirming the TaqMan assay plate with a nucleic acid analyzer; And (5) determining the genotype of the polynucleotides of step (1) from the analysis results.
시퀀싱 분석은 염기서열 결정을 위한 통상적인 방법을 사용할 수 있으며, 자동화된 유전자분석기를 이용하여 수행될 수 있다. 또한, 대립유전자 특이적 PCR은 SNP가 위치하는 염기를 3' 말단으로 하여 고안한 프라이머를 포함한 프라이머 세트로 상기 SNP가 위치하는 DNA 단편을 증폭하는 PCR 방법을 의미한다. 상기 방법의 원리는, 예를 들어, 특정 염기가 A에서 G로 치환된 경우, 상기 A를 3' 말단염기로 포함하는 프라이머 및 적당한 크기의 DNA 단편을 증폭할 수 있는 반대 방향 프라이머를 고안하여 PCR 반응을 수행할 경우, 상기 SNP 위치의 염기가 A인 경우에는 증폭반응이 정상적으로 수행되어 원하는 위치의 밴드가 관찰되고, 상기 염기가 G로 치환된 경우에는 프라이머는 주형 DNA에 상보결합할 수 있으나, 3' 말단 쪽이 상보결합을 하지 못함으로써 증폭반응이 제대로 수행되지 않는 점을 이용한 것이다. DASH는 통상적인 방법으로 수행될 수 있고, 바람직하게는 프린스 등에 의한 방법에 의하여 수행될 수 있다.Sequencing analysis can be performed using conventional methods for sequencing and can be performed using an automated gene analyzer. The allele-specific PCR means a PCR method in which a DNA fragment in which the SNP is located is amplified with a primer set including a primer designed with the base at the 3 'end at which the SNP is located. The principle of the above method is that, for example, when a specific base is substituted by A to G, an opposite primer capable of amplifying a primer containing the A as a 3 'terminal base and a DNA fragment of an appropriate size is designed, In the case of performing the reaction, when the base at the SNP position is A, the amplification reaction is normally performed and a band at a desired position is observed. When the base is substituted with G, the primer can be complementarily bound to the template DNA, 3 'terminus does not perform complementary binding so that the amplification reaction can not be performed properly. DASH can be performed by a conventional method, preferably by a method such as Prince et al.
PCR 연장 분석은 먼저 단일염기 다형성이 위치하는 염기를 포함하는 DNA 단편을 프라이머 쌍으로 증폭을 한 다음, 반응에 첨가된 모든 뉴클레오티드를 탈인산화시킴으로써 불활성화시키고, 여기에 SNP 특이적 연장 프라이머, dNTP 혼합물, 디디옥시뉴클레오티드, 반응 완충액 및 DNA 중합효소를 첨가하여 프라이머 연장반응을 수행함으로써 이루어진다. 이때, 연장 프라이머는 SNP가 위치하는 염기의 5' 방향에 바로 인접한 염기를 3' 말단으로 삼으며, dNTP 혼합물에는 디디옥시뉴클레오티드와 동일한 염기를 갖는 핵산이 제외되고, 상기 디디옥시뉴클레오티드는 SNP를 나타내는 염기 종류 중 하나에서 선택된다. 예를 들어, A에서 G로의 치환이 있는 경우, dGTP, dCTP 및 TTP 혼합물과 ddATP를 반응에 첨가할 경우, 상기 치환이 일어난 염기에서 프라이머는 DNA 중합효소에 의하여 연장되고, 몇 염기가 지난 후 A 염기가 최초로 나타나는 위치에서 ddATP에 의하여 프라이머 연장반응이 종결된다. 만일 상기 치환이 일어나지 않았다면, 그 위치에서 연장반응이 종결되므로, 상기 연장된 프라이머의 길이를 비교함으로써 SNP를 나타내는 염기 종류를 판별할 수 있게 된다.PCR extension analysis is performed by first amplifying a DNA fragment containing a base in which a single base polymorphism is located with a pair of primers and then inactivating all the nucleotides added to the reaction by dephosphorylation and adding SNP specific extension primer, dNTP mixture , Digoxinucleotide, reaction buffer, and DNA polymerase to perform primer extension reaction. At this time, the extension primer has a base immediately adjacent to the 5 'direction of the base in which the SNP is located as a 3' terminus, and a nucleic acid having the same base as the didyoxynucleotide is excluded in the dNTP mixture, and the didyoxynucleotide indicates a SNP Base type. For example, when dGTP, dCTP and TTP mixture and ddATP are added to the reaction in the presence of substitution from A to G, the primer is extended by the DNA polymerase in the base in which the substitution has occurred, The primer extension reaction is terminated by ddATP at the position where the base first appears. If the substitution has not occurred, the extension reaction is terminated at the position, so that it is possible to discriminate the type of the base representing the SNP by comparing the lengths of the extended primers.
이때, 검출방법으로는 연장 프라이머 또는 디디옥시뉴클레오티드를 형광 표지한 경우에는 일반적인 염기서열 결정에 사용되는 유전자 분석기(예를 들어, ABI사의 Model 3700 등)를 사용하여 형광을 검출함으로써 상기 SNP를 검출할 수 있으며, 무-표지된 연장 프라이머 및 디디옥시뉴클레오티드를 사용할 경우에는 MALDI-TOF(matrix assisted laser desorption ionization-time of flight) 기법을 이용하여 분자량을 측정함으로써 상기 SNP를 검출할 수 있다.At this time, as a detection method, when the extension primer or the dideoxy nucleotide is fluorescence-labeled, the SNP is detected by detecting fluorescence using a gene analyzer (for example, Model 3700 of ABI Co., Ltd.) used for general nucleotide sequence determination And when the unlabeled extension primer and the didyxin nucleotide are used, the SNP can be detected by measuring the molecular weight using MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption ionization-time of flight) technique.
본 발명의 운동 민감도 예측용 단일 염기 다형성 마커를 하기 표 1, 표 2, 표 7 및 표 8에 나타내었다. 표 1에 나타낸 단일 염기 다형성 마커는 유산소 운동에 있어서, 유반응군과 무반응군을 분류할 수 있는 마커이다. 표 2에 나타낸 단일 염기 다형성 마커는 유산소 운동 유반응군 중에서, 반응 강도에 따라 민감도의 높고 낮음을 판별할 수 있는 마커이다. 예를 들어, 표 2에 나타낸 단일 염기 다형성 마커는 반응 강도에 따라, 유산소 운동 보통 반응군, 유산소 운동 높은 반응군, 유산소 운동 매우 높은 반응군을 분류할 수 있는 마커이다. 표 7에 나타낸 단일 염기 다형성 마커는 무산소 운동에 있어서, 유반응군과 무반응군을 분류할 수 있는 마커이고, 표 8에 나타낸 단일 염기 다형성 마커는 무산소 운동 유반응군 중에서, 반응 강도에 따라 민감도의 높고 낮음을 판별할 수 있는 마커이다. 예를 들어, 표 8 나타낸 단일 염기 다형성 마커는, 반응 강도에 따라 무산소 운동 보통 반응군, 무산소 운동 높은 반응군, 무산소 운동 매우 높은 반응군을 분류할 수 있는 마커이다.The single base polymorphism markers for predicting exercise sensitivity of the present invention are shown in Tables 1, 2, 7 and 8 below. The single nucleotide polymorphic markers shown in Table 1 are markers that can classify the oil-reactive group and the non-reactive group in aerobic exercise. The single nucleotide polymorphic markers shown in Table 2 are markers that can discriminate between high and low sensitivities according to the reaction intensity in the aerobic exercise oil reaction group. For example, the single nucleotide polymorphic markers shown in Table 2 are markers that can classify the aerobic exercise group, the aerobic exercise group, and the aerobic exercise group according to the reaction intensity. The single nucleotide polymorphism markers shown in Table 7 are the markers capable of classifying the oil-reactive group and the non-responder group in the anaerobic exercise, and the single nucleotide polymorphism markers shown in Table 8 show sensitivity in the anaerobic exercise oil reaction group Is a marker capable of discriminating between high and low. For example, the single nucleotide polymorphism markers shown in Table 8 are markers that can classify an anaerobic exercise moderate response group, an anaerobic exercise high response group, and an anaerobic exercise very high reaction group according to the reaction intensity.
구체적으로, 유산소 운동 유반응군과 무반응군을 판별할 수 있는 마커는, 인간 9번 염색체의 8,408,552번째 염기가 A 또는 C인, 상기 8,408,552 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 11번 염색체의 93,796,029번째 염기가 C 또는 T인, 상기 93,796,029 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 22번 염색체의 26,737,544번째 염기가 A 또는 G인, 상기 26,737,544 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기가 A 또는 G인, 상기 87,101,649 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기가 C 또는 T인, 상기 11,988,839 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 3번 염색체의 14,526,538번째 염기가 A 또는 G인, 상기 14,526,538 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 1번 염색체의 72,101,495번째 염기가 C 또는 T인, 상기 72,101,495 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기가 A 또는 G인, 상기 190,359,804 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.Specifically, the marker capable of discriminating between the aerobic exercise-oil-responsive group and the non-responsive group is a 5 to 100 consecutive nucleic acid sequences including the 8,408,552-th base in which the 8,408,552-th base of the human chromosome 9 is A or C A polynucleotide or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 93,796,029th base, wherein the 93,796,029th base of human chromosome 11 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 26,737,544 base, wherein the 26,737,544 base of the human chromosome 22 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the nucleotide 87,101,649, wherein the nucleotide 87,101,649 of human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 11,988,839 base, wherein the 11,988,839 base of human chromosome 11 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 14,526,538 base, wherein the 14,526,538 base of human chromosome 3 is A or G, or a complementary polynucleotide thereof; A polynucleotide consisting of 5 to 100 contiguous nucleic acid sequences comprising the 72, 101, and 495 bases, wherein the 72,101,495 base of the human chromosome 1 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; And a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 190, 359, and 804 bases, wherein the 190,359,804th base of the human chromosome 3 is A or G, or a complementary polynucleotide thereof.
상기에서, 인간 9번 염색체의 8,408,552번째 염기가 A; 인간 11번 염색체의 93,796,029번째 염기가 C; 인간 22번 염색체의 26,737,544번째 염기가 G; 인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기가 G; 인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기가 T; 인간 3번 염색체의 14,526,538번째 염기가 G; 인간 1번 염색체의 72,101,495번째 염기가 T; 또는 인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기가 G인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 유산소 운동 민감도가 높은 지표일 수 있다.In the above, the 8,408,552 base of human chromosome 9 is A; The 93,796,029 base of human chromosome 11 is C; 26,737,544 base of human chromosome 22 is G; The 87,101,649th base of
또한, 상기에서, 인간 9번 염색체의 8,408,552번째 염기가 C; 인간 11번 염색체의 93,796,029번째 염기가 T; 인간 22번 염색체의 26,737,544번째 염기가 A; 인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기가 A; 인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기가 C; 인간 3번 염색체의 14,526,538번째 염기가 A; 인간 1번 염색체의 72,101,495번째 염기가 C; 또는 인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기가 A인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 유산소 운동 민감도가 낮은 지표일 수 있다.Also, in the above, the 8,408,552 base of human chromosome 9 is C; The 93,796,029 base of human chromosome 11 is T; 26,737,544 base of human chromosome 22 is A; The 87th, 101st, and 649th bases of the
한 구체예에서, 유산소 운동 유반응군과 무반응군을 판별할 수 있는 단일 염기 다형성 마커는 서열번호 1 내지 서열번호 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있다.In one embodiment, the single nucleotide polymorphism marker capable of discriminating between the aerobic responder-responsive group and the non-responsive group may be the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 8 or a polynucleotide complementary thereto.
서열번호 1: tttaagtaaamttgattaataSEQ ID NO: 1: tttaagtaaamttgattaata
서열번호 2: gttctgcccygcccactctgSEQ ID NO: 2: gttctgcccygcccactctg
서열번호 3: ttaaactccartccatctatcSEQ ID NO: 3: ttaaactccartccatctatc
서열번호 4: gcagatgtcargttgctgatcSEQ ID NO: 4: gcagatgtcargttgctgatc
서열번호 5: ggggtcagaayctggaaaaatSEQ ID NO: 5: ggggtcagaayctggaaaaat
서열번호 6: cgacggggccrcggctttcctSEQ ID NO: 6: cgacggggccrcggctttcct
서열번호 7: aaagtgttaaygatgtcatggSEQ ID NO: 7: aaagtgttaaygatgtcatgg
서열번호 8: gtcccaggctracctgtggca
SEQ ID NO: 8: gtcccaggctracctgtggca
유산소 운동 유반응군 중에서, 반응 강도에 따라 민감도의 높고 낮은군, 예를 들어, 보통 반응군, 높은 반응군 및 매우 높은 반응군을 판별할 수 있는 마커는, 인간 3번 염색체의 132,075,759번째 염기가 C 또는 T인, 상기 132,075,759 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 9번 염색체의 138,556,052번째 염기가 A 또는 G인, 상기 138,556,052 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 8번 염색체의 125,108,977번째 염기가 C 또는 T인, 상기 125,108,977 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 18번 염색체의 50,907,179번째 염기가 A 또는 C인, 상기 50,907,179 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 2번 염색체의 238,462,725번째 염기가 C 또는 T인, 상기 238,462,725 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 1번 염색체의 156,883,493번째 염기가 A 또는 G인, 상기 156,883,493 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 16번 염색체의 83,945,288번째 염기가 A 또는 G인, 상기 83,945,288 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 3번 염색체의 141,462,748번째 염기가 A 또는 G인, 상기 141,462,748 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 20번 염색체의 55,000,949번째 염기가 A 또는 G인, 상기 55,000,949 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 1번 염색체의 151,538,412번째 염기가 A 또는 G인, 상기 151,538,412 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 인간 2번 염색체의 71,433,572번째 염기가 C 또는 T인, 상기 71,433,572 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.Among the aerobic exercise-oil reaction groups, the marker capable of discriminating between the high sensitivity group and the low sensitivity group, for example, the normal reaction group, the high reaction group and the very high reaction group according to the reaction intensity is 132,075,759 base of human chromosome 3 C or T, a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleic acid sequences comprising the 132,075,759 base, or a complementary polynucleotide thereof; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 138, 5556, 052 base, wherein the 138,556,052 base of human chromosome 9 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 125,108,977 base, wherein the 125,108,977 base of human chromosome 8 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 50,907,179 base, wherein the 50,907,179th base of the human chromosome 18 is A or C, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 238,462,725 base, wherein the 238,462,725 base of the human chromosome 2 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 156,883,493 bases, wherein 156,883,493 bases of the human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising 83,945,288th base, wherein the 83,945,288th base of human chromosome 16 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising 141,462,748 bases, wherein 141,462,748 base of human chromosome 3 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 55,000th and 94th nucleotides, wherein the 55,000th and 94th nucleotides of the human chromosome 20 are A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 151, 538 and 412 bases, wherein the 151,538,412 base of human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; And a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising 71,433,572 bases, wherein the 71,433,572 base of human chromosome 2 is C or T, or a complementary polynucleotide thereof.
상기에서, 인간 3번 염색체의 132,075,759번째 염기가 T; 인간 9번 염색체의 138,556,052번째 염기가 G; 인간 8번 염색체의 125,108,977번째 염기가 C; 인간 18번 염색체의 50,907,179번째 염기가 A; 인간 2번 염색체의 238,462,725번째 염기가 T; 인간 1번 염색체의 156,883,493번째 염기가 G; 인간 16번 염색체의 83,945,288번째 염기가 G; 인간 3번 염색체의 141,462,748번째 염기가 A; 인간 20번 염색체의 55,000,949번째 염기가 A; 인간 1번 염색체의 151,538,412번째 염기가 A; 또는 인간 2번 염색체의 71,433,572번째 염기가 C인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 유산소 운동 민감도가 높은 지표일 수 있다.In the above, the 132,075,759th base of
또한, 상기에서, 인간 3번 염색체의 132,075,759번째 염기가 C; 인간 9번 염색체의 138,556,052번째 염기가 A; 인간 8번 염색체의 125,108,977번째 염기가 T; 인간 18번 염색체의 50,907,179번째 염기가 C; 인간 2번 염색체의 238,462,725번째 염기가 C; 인간 1번 염색체의 156,883,493번째 염기가 A; 인간 16번 염색체의 83,945,288번째 염기가 A; 인간 3번 염색체의 141,462,748번째 염기가 G; 인간 20번 염색체의 55,000,949번째 염기가 G; 인간 1번 염색체의 151,538,412번째 염기가 G; 또는 인간 2번 염색체의 71,433,572번째 염기가 T 인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 유산소 운동 민감도가 낮은 지표일 수 있다.Also, in the above, the 132,075,759th base of the
한 구체예에서, 유산소 운동 유반응군 중에서, 보통 반응군, 높은 반응군 및 매우 높은 반응군을 판별할 수 있는 단일 염기 다형성 마커는 서열번호 9 내지 서열번호 19로 표시되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있다.In one embodiment, the single nucleotide polymorphism marker capable of discriminating between the normal reaction group, the high reaction group and the highly reactive group among the aerobic kinetic reaction group is a polynucleotide represented by SEQ ID NO: 9 to SEQ ID NO: 19 or a complementary Polynucleotide < / RTI >
서열번호 9: gtagctgcccytctcagggcaSEQ ID NO: 9: gtagctgcccytctcagggca
서열번호 10: cagatgacctratcggattaaSEQ ID NO: 10: cagatgacctratcggattaa
서열번호 11: gggtgaacatyacagagataaSEQ ID NO: 11: gggtgaacatyacagagataa
서열번호 12: tattcttatamagttacaagtSEQ ID NO: 12: tattcttatamagttacaagt
서열번호 13: ttagacatccyacaagtgactSEQ ID NO: 13: ttagacatccyacaagtgact
서열번호 14: gggagcagccrctggaccgaaSEQ ID NO: 14: gggagcagccrctggaccgaa
서열번호 15: caaaaggtacrgaaaaagtcaSEQ ID NO: 15: caaaaggtacrgaaaaagtca
서열번호 16: tttggttctaraaggcatttcSEQ ID NO: 16: tttggttctaraaggcatttc
서열번호 17: tgctatacttraaaagcatcaSEQ ID NO: 17: tgctatacttraaaagcatca
서열번호 18: ctcatggaacrtagaaatcttSEQ ID NO: 18: ctcatggaacrtagaaatctt
서열번호 19: tgggaaagctycaaccctgtt
SEQ ID NO: 19: tgggaaagctycaaccctgtt
예를 들어, 표 1에서, 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기쌍이 GoodGeno로 표기된 동형접합체인 경우, 상기 동형접합체는 BadGeno로 표기된 동형접합체와 비교하여 유산소 운동 민감도가 높음을 나타내는 지표가 될 수 있다.For example, in Table 1, when the base pair of the polymorphic site of the single base polymorphism marker is homozygous labeled with GoodGeno, the homozygous can be an indicator of high aerobic sensitivity compared to the homozygous labeled BadGeno .
이와 마찬가지로, 표 2에서, 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기쌍이 GoodGeno로 표기된 동형접합체인 경우, 상기 동형접합체는 BadGeno로 표기된 동형접합체와 비교하여 유산소 운동 민감도가 높음을 나타내는 지표가 될 수 있다.Likewise, in Table 2, when the base pair of the polymorphic site of the single base polymorphism marker is a homozygote labeled with GoodGeno, the homozygote can be an indicator of high aerobic sensitivity compared to a homozygote labeled with BadGeno.
무산소 운동 유반응군과 무반응군을 판별할 수 있는 마커는, 인간 10번 염색체의 71,709,614번째 염기가 A 또는 G인, 상기 71,709,614 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 3번 염색체의 2,756,407번째 염기가 C 또는 T인, 상기 2,756,407 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 11번 염색체의 34,256,377번째 염기가 C 또는 T인, 상기 34,256,377 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 8번 염색체의 14,591,736번째 염기가 C 또는 T인, 상기 14,591,736 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 7번 염색체의 5,545,532번째 염기가 C 또는 T인, 상기 5,545,532 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 3번 염색체의 2,759,187번째 염기가 G 또는 T인, 상기 2,759,187 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 17번 염색체의 8,831,123번째 염기가 A 또는 G인, 상기 8,831,123 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 10번 염색체의 129,845,547번째 염기가 A 또는 C인, 상기 129,845,547 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 인간 20번 염색체의 42,192,083번째 염기가 A 또는 G인, 상기 42,192,083 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.The marker capable of discriminating between the anaerobic exercise-oil-responsive group and the non-responder group is a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleic acid sequences including the 71,709,614th base in which the 71,709,614th base of the human chromosome 10 is A or G Or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 2,756,407 base, wherein the 2,756,407 base of human chromosome 3 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 34,256,377 base, wherein the 34,256,377th base of human chromosome 11 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 14,591,736 base, wherein the 14,591,736th base of human chromosome 8 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleic acid sequences comprising the 5,545,532 base sequence, wherein the 5,545,532th base of human chromosome 7 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 2,759,187 base, wherein the 2,759,187th base of the human chromosome 3 is G or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 8,831,123 base, wherein the 8,831,123rd base of human chromosome 17 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 129,845,547 base, wherein the 129,845,547 base of human chromosome 10 is A or C, or a polynucleotide complementary thereto; And a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 42,192,083 base, wherein the 42,192,083 base of human chromosome 20 is A or G, or a complementary polynucleotide thereof.
상기에서, 인간 10번 염색체의 71,709,614번째 염기가 G; 인간 3번 염색체의 2,756,407번째 염기가 C; 인간 11번 염색체의 34,256,377번째 염기가 T; 인간 8번 염색체의 14,591,736번째 염기가 T; 인간 7번 염색체의 5,545,532번째 염기가 T; 인간 3번 염색체의 2,759,187번째 염기가 T; 인간 17번 염색체의 8,831,123번째 염기가 G; 인간 10번 염색체의 129,845,547번째 염기가 C; 또는 인간 20번 염색체의 42,192,083번째 염기가 G인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 무산소 운동 민감도가 높은 지표일 수 있다.In the above, the 71,709,614th base of human chromosome 10 is G; The 2,756,407th base of
또한, 상기에서, 인간 10번 염색체의 71,709,614번째 염기가 A; 인간 3번 염색체의 2,756,407번째 염기가 T; 인간 11번 염색체의 34,256,377번째 염기가 C; 인간 8번 염색체의 14,591,736번째 염기가 C; 인간 7번 염색체의 5,545,532번째 염기가 C; 인간 3번 염색체의 2,759,187번째 염기가 G; 인간 17번 염색체의 8,831,123번째 염기가 A; 인간 10번 염색체의 129,845,547번째 염기가 A; 또는 인간 20번 염색체의 42,192,083번째 염기가 A인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 무산소 운동 민감도가 낮은 지표일 수 있다.In the above, the 71,709,614th base of the human chromosome 10 is A; The 2,756,407th base of
한 구체예에서, 무산소 운동 유반응군과 무반응군을 판별할 수 있는 단일 염기 다형성 마커는 서열번호 20 내지 서열번호 28로 표시되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있다.In one embodiment, the single nucleotide polymorphism marker capable of discriminating between the anaerobic exercise-oil reactive group and the non-responder group may be a polynucleotide represented by SEQ ID NO: 20 to SEQ ID NO: 28 or a polynucleotide complementary thereto.
서열번호 20: gaaaaggtctrgtgcatgcagSEQ ID NO: 20: gaaaaggtctrgtgcatgcag
서열번호 21: aggaaaatgtytcgtttatttSEQ ID NO: 21: aggaaaatgtytcgtttattt
서열번호 22: gaagcacttaycagagattatSEQ ID NO: 22: gaagcacttaycagagattat
서열번호 23: gattatattgyttatcaagatSEQ ID NO: 23: gattatattgyttatcaagat
서열번호 24: gtttcactatyttgtccaggcSEQ ID NO: 24: gtttcactatyttgtccaggc
서열번호 25: tttcctccagkttcactccatSEQ ID NO: 25: tttcctccagkttcactccat
서열번호 26: tctctgaatgrttggtgtcatSEQ ID NO: 26: tctctgaatgrttggtgtcat
서열번호 27: actttacaaamatagtttgggSEQ ID NO: 27: actttacaaamatagtttggg
서열번호 28: ctcatcactgrtttggcacat
SEQ ID NO: 28: ctcatcactgrtttggcacat
무산소 운동 유반응군 중에서, 반응 강도에 따라 민감도의 높고 낮은군, 예를 들어, 보통 반응군, 높은 반응군 및 매우 높은 반응군을 판별할 수 있는 마커는, 인간 20번 염색체의 56,271,880번째 염기가 C 또는 T인, 상기 56,271,880 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 5번 염색체의 76,128,521번째 염기가 C 또는 T인, 상기 76,128,521 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 2번 염색체의 40,739,349번째 염기가 C 또는 T인, 상기 40,739,349 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 6번 염색체의 10,777,812번째 염기가 G 또는 T인, 상기 10,777,812 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 2번 염색체의 134,158,790번째 염기가 G 또는 T인, 상기 134,158,790 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 6번 염색체의 122,887,805번째 염기가 G 또는 T인, 상기 122,887,805 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 11번 염색체의 94,862,577번째 염기가 A 또는 C인, 상기 94,862,577 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 4번 염색체의 82,353,762번째 염기가 G 또는 T인, 상기 82,353,762번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 인간 1번 염색체의 208,275,210번째 염기가 C 또는 T인, 상기 208,275,210번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 인간 9번 염색체의 344,535번째 염기가 A 또는 G인, 상기 344,535번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.Among the anaerobic exercise oil reaction groups, the marker capable of discriminating between the high sensitivity group and the low sensitivity group, for example, the normal reaction group, the high reaction group and the very high reaction group according to the reaction intensity is as follows: 56,271,880 base of human chromosome 20 C or T, a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 56,271,880 base, or a complementary polynucleotide thereof; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 76,128,521 base, wherein the 76,128,521 base of the human chromosome 5 is C or T, or a complementary polynucleotide thereof; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 40,739, 349th nucleotide, wherein the 40,739,349th base of the human chromosome 2 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 10,777,812 base, wherein the 10,777,812th base of the human chromosome 6 is G or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 134th, 158th, and 79th bases, wherein the 134th, 158th, and 790th bases of the human chromosome 2 are G or T, or a complementary polynucleotide thereof; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 122,887,805 base, wherein the 122,887,805th base of the human chromosome 6 is G or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 94,862,577 base, wherein the 94,862,577th base of human chromosome 11 is A or C, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 82, 353, 762th bases, wherein the 82,353,762th base of human chromosome 4 is G or T, or a polynucleotide complementary thereto; A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 208,275, 210 base, wherein the 208,275, 210 base of the human chromosome 1 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; And a polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 344,535 base, wherein the 344,535th base of the human chromosome 9 is A or G, or a complementary polynucleotide thereof.
상기에서, 인간 20번 염색체의 56,271,880번째 염기가 C; 인간 5번 염색체의 76,128,521번째 염기가 C; 인간 2번 염색체의 40,739,349번째 염기가 T; 인간 6번 염색체의 10,777,812번째 염기가 G; 인간 2번 염색체의 134,158,790번째 염기가 G; 인간 6번 염색체의 122,887,805번째 염기가 T; 인간 11번 염색체의 94,862,577번째 염기가 C; 인간 4번 염색체의 82,353,762번째 염기가 G; 인간 1번 염색체의 208,275,210번째 염기가 C; 또는 인간 9번 염색체의 344,535번째 염기가 G인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 무산소 운동 민감도가 높은 지표일 수 있다.In the above, the 56,271,880th base of human chromosome 20 is C; 76,128,521 base of human chromosome 5 is C; The 40,739,349th base of
또한, 상기에서, 인간 20번 염색체의 56,271,880번째 염기가 T; 인간 5번 염색체의 76,128,521번째 염기가 T; 인간 2번 염색체의 40,739,349번째 염기가 C; 인간 6번 염색체의 10,777,812번째 염기가 T; 인간 2번 염색체의 134,158,790번째 염기가 T; 인간 6번 염색체의 122,887,805번째 염기가 G; 인간 11번 염색체의 94,862,577번째 염기가 A; 인간 4번 염색체의 82,353,762번째 염기가 T; 인간 1번 염색체의 208,275,210번째 염기가 T; 또는 인간 9번 염색체의 344,535번째 염기가 A인 경우, 대립 유전자 상에 다른 염기를 갖는 경우와 비교할 때, 상기 염기는 무산소 운동 민감도가 낮은 지표일 수 있다.Also, in the above, the 56,271,880th base of human chromosome 20 is T; 76,128,521 base of human chromosome 5 is T; The 40,739,349th base of
한 구체예에서, 무산소 운동 유반응군 중에서, 보통 반응군, 높은 반응군 및 매우 높은 반응군을 판별할 수 있는 단일 염기 다형성 마커는 서열번호 29 내지 서열번호 38로 표시되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있다.In one embodiment, the single nucleotide polymorphism marker capable of discriminating between the normal reaction group, the high reaction group and the highly reactive group among the anaerobic exercise oil reaction group is a polynucleotide represented by SEQ ID NO: 29 to SEQ ID NO: 38, Polynucleotide < / RTI >
서열번호 29: gagctcaagaytctgtggagaSEQ ID NO: 29: gagctcaagaytctgtggaga
서열번호 30: acaggaaccayagatcctctaSEQ ID NO: 30: acaggaaccayagatcctcta
서열번호 31: agtcactagcycaacctatttSEQ ID NO: 31: agtcactagcycaacctattt
서열번호 32: tttttttaagkttttaaagtaSEQ ID NO: 32: tttttttaagkttttaaagta
서열번호 33: ttgaggttctkcaggttggtgSEQ ID NO: 33: ttgaggttctkcaggttggtg
서열번호 34: ctgccttcctkcttccttcctSEQ ID NO: 34: ctgccttcctkcttccttcct
서열번호 35: tacaccatggmgctattccaaSEQ ID NO: 35: tacaccatggmgctattccaa
서열번호 36: aattacctaakatgtataaggSEQ ID NO: 36: aattacctaakatgtataagg
서열번호 37: gcccagggccyttgcacagagSEQ ID NO: 37: gcccagggccyttgcacagag
서열번호 38: aaaattggcarctgactaagt
SEQ ID NO: 38: aaaattggcarctgactaagt
예를 들어, 표 7에서, 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기쌍이 GoodGeno로 표기된 동형접합체인 경우, 상기 동형접합체는 BadGeno로 표기된 동형접합체와 비교하여 무산소 운동 민감도가 높음을 나타내는 지표가 될 수 있다.For example, in Table 7, when the polymorphic site of the polymorphic site of the single nucleotide polymorphic marker is a homozygote labeled with GoodGeno, the homozygote can be an indicator of high anaerobic motility sensitivity as compared to a homozygote labeled with BadGeno .
이와 마찬가지로, 표 8에서, 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기쌍이 GoodGeno로 표기된 동형접합체인 경우, 상기 동형접합체는 BadGeno로 표기된 동형접합체 비교하여 무산소 운동 민감도가 높음을 나타내는 지표가 될 수 있다.Similarly, in Table 8, when the polymorphic site of the polymorphic site of the single nucleotide polymorphic marker is a homozygote labeled with GoodGeno, the homozygote can be an indicator of the high sensitivity of anaerobic movement compared to a homozygote labeled with BadGeno.
또한, 각 마커의 다형성 부위의 염기 형태가 나타내는 지표에 기초하여, 개체의 운동 민감도를 운동 유반응군, 무반응군, 상세하게는 유반응군 중에서 다시 보통 반응군, 높은 반응군, 매우 높은 반응군으로 분류할 수 있는 기준을 설정하였다. 구체적으로, 하기 실시예 2에서 기술하는 바와 같이, 유산소 운동 민감도에 있어서, 마커의 다형성 부위의 염기 형태에 따라, 운동 민감도 점수를 매기고, 유전체형에 따른 가중치를 고려하여 이를 합산하고, 컷오프 값(C1, C2, C3)을 설정하였다. 설정된 C1 값에 따라, 개체의 유산소 운동 민감도를 예측할 수 있다. 예를 들어, 특정 개체의 유전체형 점수가 C1 이상인 경우에는 유산소 운동 유반응군으로 예측할 수 있으며, C1 미만인 경우에는 유산소 운동 무반응군으로 예측할 수 있다. 또한, 특정 개체의 유전체형 점수가 C1 이상이고 C2 미만인 경우에는 유산소 운동 보통 반응군, C2 이상 C3 미만인 경우에는 유산소 운동 높은 반응군, C3 이상인 경우에는 유산소 운동 매우 높은 반응군으로 예측할 수 있다. 이는 무산소 운동 민감도에 있어서, 동일하게 적용될 수 있다 (실시예 4 참조).In addition, based on the index represented by the base form of the polymorphic site of each marker, the locomotor sensitivity of the individual was compared with the normal, non-responsive, and non-responsive groups, We set criteria that can be classified into groups. Specifically, as described in Example 2 below, in the aerobic exercise sensitivity, the exercise sensitivity score is given according to the base form of the polymorphic site of the marker, the weight according to the genotype is added to the sum, and the cutoff value C1, C2, C3). According to the set C1 value, the sensitivity of the aerobic exercise of the individual can be predicted. For example, if the genotype score of a certain individual is greater than or equal to C1, it can be predicted as an aerobic exercise oil reaction group. In addition, it can be predicted that the genotype score of a certain individual is more than C1 and less than C2, and it is predicted that it is the aerobic exercise group, the aerobic exercise group is more than C2 and C3, and the aerobic exercise group is C3. This can be equally applied to anaerobic exercise sensitivity (see Example 4).
상기의 단일 염기 다형성 마커는 하나를 사용할 수도 있고, 마커들 중에서 1종 이상을 조합하여 사용할 수 있으며, 마커 모두를 조합하여 사용할 수도 있다. 조합하는 마커의 수가 증가할수록, 운동 민감도 예측의 판별력이 향상된다.One of the single nucleotide polymorphic markers may be used, or one or more of the markers may be used in combination, or both markers may be used in combination. As the number of combined markers increases, the discriminative power of motion sensitivity prediction improves.
한 구체예에서, 상기의 단일 염기 다형성 마커를 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상 또는 모두를 조합하여 사용할 수 있다.In one embodiment, at least two, at least three, at least four, at least five, at least six, at least seven, at least eight, or all of the above single base polymorphism markers may be used in combination.
예를 들어, 유산소 운동 민감도 실험에서, 유반응군과 무반응군을 판별할 수 있는 다형성 마커 8개 중에서, 각각의 마커의 판별력은 약 59 내지 79%였으나, 8개를 모두 사용한 경우에는 약 89 내지 90%의 판별력을 얻을 수 있었다 (실시예 2 참조). 무산소 운동 민감도 실험에서도 결과는 유사하였다. 무산소 운동 민감도 실험에서, 유반응군과 무반응군을 판별할 수 있는 다형성 마커 9개 중에서, 각각의 마커의 판별력은 약 53 내지 87%였으나, 9개를 모두 사용한 경우에는 약 94 내지 96%의 판별력을 얻을 수 있었다 (실시예 4 참조).For example, in the aerobic exercise sensitivity test, among the eight polymorphic markers that can discriminate between the oil-reactive group and the non-responsive group, the discriminative power of each marker was about 59 to 79% To 90% (see Example 2). The results were similar in the anaerobic exercise sensitivity test. In the anaerobic exercise sensitivity test, among the 9 polymorphic markers capable of discriminating between the oil-reactive group and the non-responsive group, the discriminative power of each marker was about 53 to 87%, but about 9 to 96% (See Example 4).
또한, 유/무산소 운동 민감도에 있어서, 유반응군 중에서, 보통 반응군, 높은 반응군, 매우 높은 반응군을 판별할 수 있는 마커의 판별력은, 모든 마커를 조합하였을 때, 유산소 운동 민감도는, 78 내지 84%, 무산소 운동 민감도는, 85 내지 88% 였다 (실시예 2 및 실시예 4 참조).In addition, the discriminant power of the marker that can discriminate the normal reaction group, the high reaction group, and the highly reactive group among the oil reaction groups in the oil / anaerobic exercise sensitivity, when the all markers were combined, the sensitivity of the aerobic exercise was 78 To 84%, and anaerobic exercise sensitivity was 85 to 88% (see Examples 2 and 4).
따라서, 본 발명은 개체로부터 분리한 핵산 시료로부터, 표 1 및 표 2에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기를 확인하고; 표 7 및 표 8에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기를 확인하는 것을 포함하는, 개체의 운동 민감도를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법을 제공한다.Thus, the present invention identifies bases of polymorphic sites of one or more single base polymorphic markers selected from the single base polymorphic markers shown in Table 1 and Table 2 from nucleic acid samples isolated from an individual; Identifying a base of a polymorphic site of at least one monoclonal polymorphic marker selected from the single nucleotide polymorphic markers shown in Table 7 and Table 8 to predict the locomotor sensitivity of the individual.
본 발명에 있어서, 상기 운동 민감도 예측을 위한 정보의 제공은 컴퓨터 프로그램을 통하여 이루어질 수 있다. 예를 들어, 대상 개체의 상기 단일 염기 다형성 마커의 다형성 부위의 염기 확인 결과를 컴퓨터로 판독 가능한 프로그램을 통하여 출력하고, 그 결과, 유산소 운동 민감도가 높은 개체의 경우 적합한 유산소 운동 프로그램을 제시할 수 있고, 무산소 운동 민감도가 높은 개체의 경우 적합한 무산소 운동 프로그램을 제시할 수 있다. 이에 따라, 각 개체의 유전적 특성에 따라 개인별 맞춤 운동 프로그램을 제시하여, 운동 효과를 극대화할 수 있다.In the present invention, the information for predicting the exercise sensitivity may be provided through a computer program. For example, a base identification result of the polymorphic site of the single nucleotide polymorphism marker of the subject can be output through a computer-readable program, and as a result, a suitable aerobic exercise program can be presented for individuals with high aerobic exercise sensitivity , And an anaerobic exercise program can be presented for subjects with high oxygen sensitivity. Accordingly, it is possible to maximize the exercise effect by presenting a personalized exercise program according to the genetic characteristics of each individual.
본 발명은 또한, 표 1 및 표 2에 표시된 단일 염기 다형성 마커들로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 상기 다형성 마커를 증폭할 수 있는 프라이머를 포함하는 유산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는, 유산소 운동 민감도 예측용 키트를 제공한다.The present invention also provides a method for predicting aerobic exercise sensitivity comprising a probe capable of detecting one or more single base polymorphic markers selected from the single base polymorphic markers shown in Tables 1 and 2 or a primer capable of amplifying the polymorphic markers A kit for predicting aerobic exercise sensitivity is provided.
본 발명은 또한, 표 7 및 표 8에 표시된 단일 염기 다형성 마커들로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 상기 다형성 마커를 증폭할 수 있는 프라이머를 포함하는 무산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는, 무산소 운동 민감도 예측용 키트를 제공한다.The present invention also provides a method for predicting anaerobic exercise sensitivity comprising a probe capable of detecting one or more single base polymorphic markers selected from single base polymorphic markers shown in Tables 7 and 8 or a primer capable of amplifying said polymorphic markers A kit for predicting anaerobic exercise sensitivity is provided.
본 발명은 또한, 표 1 및 표 2에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 상기 단일 염기 다형성 마커를 증폭할 수 있는 프라이머를 포함하는 유산소 운동 민감도 예측용 조성물; 및 표 7 및 표 8에 표시된 단일 염기 다형성 마커로부터 선택되는 하나 이상의 단일 염기 다형성 마커를 검출할 수 있는 프로브 또는 상기 단일 염기 다형성 마커를 증폭할 수 있는 프라이머를 포함하는 무산소 운동 민감도 예측용 조성물을 포함하는, 운동 민감도 예측용 키트를 제공한다.The present invention also provides a method for detecting an aerobic exercise sensitivity prediction comprising a probe capable of detecting at least one single base polymorphism marker selected from the single base polymorphism markers shown in Tables 1 and 2 or a primer capable of amplifying the single base polymorphism marker ; And a primer capable of amplifying the single nucleotide polymorphic marker or a probe capable of detecting at least one single nucleotide polymorphic marker selected from the single nucleotide polymorphic markers shown in Table 7 and Table 8 And a kit for predicting exercise sensitivity.
본 명세서에서, 용어 '프로브'는 유전자의 다형성 부위와 특이적으로 혼성화 반응을 하여 유/무산소 운동의 민감도를 예측할 수 있는 물질을 의미하며, 이와 같은 유전자 분석의 구체적 방법은 특별한 제한이 없으며, 이 발명이 속하는 기술분야에 알려진 모든 유전자 검출 방법에 의하는 것일 수 있다.In the present specification, the term 'probe' refers to a substance capable of specifically hybridizing with a polymorphic site of a gene to predict the sensitivity of an organic / anaerobic movement. The specific method of such gene analysis is not particularly limited, And may be by virtue of all gene detection methods known in the art.
본 명세서에서, 용어 '프라이머'는 단일 염기 다형성 마커의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 물질로, 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오시드 트리포스페이트의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. PCR 증폭을 실시하여 원하는 생성물의 생성 여부를 통해 운동 민감도를 예측할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있고, 예를 들어 15 내지 30 뉴클레오티드일 수 있다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.As used herein, the term " primer " is a substance capable of specifically amplifying a polynucleotide of a single base polymorphism marker, and includes a template complementary to a base sequence having a short free 3 'hydroxyl group ) And a short sequence which can form a base pair and function as a starting point for template strand copying. The primer can initiate DNA synthesis in the presence of reagents for the polymerization (i. E., DNA polymerase or reverse transcriptase) and four different nucleoside triphosphates at the appropriate buffer solution and temperature. PCR amplification can be performed to predict movement sensitivity through the generation of desired products. The PCR conditions, the lengths of the sense and antisense primers can be modified based on what is known in the art. The appropriate length of the primer may vary depending on the purpose of use, and may be, for example, 15 to 30 nucleotides. The primer sequence need not be completely complementary to the template, but should be sufficiently complementary to hybridize with the template.
프로브 또는 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.Probes or primers can be chemically synthesized using the phosphoramidite solid support method, or other well-known methods. Such nucleic acid sequences may also be modified using many means known in the art. Non-limiting examples of such modifications include, but are not limited to, methylation, capping, substitution of one or more natural nucleotides with one or more homologues, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkers (e.g., methylphosphonate, phosphotriester, Amidates, carbamates, etc.) or charged linkages (e.g., phosphorothioates, phosphorodithioates, etc.).
본 발명에서, 키트는 단일 염기 다형성 마커를 검출하거나, 확인할 수 있는 키트이면 제한 없이 사용 가능하다. 예를 들어, 키트는 DNA 칩 키트 또는 RT-PCR(real time- polymerase chain reaction) 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 다형성 마커의 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다. RT-PCR 키트를 이용하여, 단일 염기 다형성 마커의 mRNA 발현 수준을 측정함으로써, 다형성 마커를 확인할 수 있다. DNA 칩 키트는, 일반적으로 편평한 고체 지지판, 전형적으로는 현미경용 슬라이드보다 크지 않은 유리 표면에 핵산 종을 격자형 배열(gridded array)로 부착한 것으로, 칩 표면에 핵산이 일정하게 배열되어, DNA 칩 상의 핵산과 칩 표면에 처리된 용액 내에 포함된 상보적인 핵산 간에 다중 혼성화(hybridization) 반응이 일어나 대량 병렬 분석이 가능하도록 하는 도구이다.In the present invention, the kit can be used without limitation as long as it can detect or identify a single base polymorphism marker. For example, the kit may be a DNA chip kit or a real time-polymerase chain reaction (RT-PCR) kit. The RT-PCR kits can be used in combination with test tubes or other appropriate containers, reaction buffers (varying in pH and magnesium concentration), deoxynucleotides (dNTPs), Taq polymerases and the like, in addition to the respective primer pairs specific for the polymorphic marker gene Enzymes such as reverse transcriptase, DNase, RNAse inhibitors, DEPC-water, sterile water, and the like. It may also contain a primer pair specific for the gene used as a quantitative control. Polymorphic markers can be identified by measuring mRNA expression levels of single base polymorphic markers using RT-PCR kits. DNA chip kits are those in which nucleic acid species are attached in a gridded array on a generally flat solid support plate, typically a glass surface not larger than a slide for a microscope, and nucleic acids are uniformly arranged on the chip surface, Hybridization reaction occurs between the nucleic acid on the surface and the complementary nucleic acid contained in the solution treated on the surface of the chip to enable a mass parallel analysis.
본 발명의 키트는 또한 마이크로어레이를 포함한다. 마이크로어레이는 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 마이크로어레이는 프로브 폴리뉴클레오티드에 본 발명의 다형성 마커의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어질 수 있다.The kit of the present invention also includes a microarray. The microarray may be one comprising DNA or RNA polynucleotides. The microarray may be composed of a conventional microarray except that the polynucleotide of the polymorphic marker of the present invention is contained in the probe polynucleotide.
프로브 폴리뉴클레오티드를 기판상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 프로브 폴리뉴클레오티드는 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립유전자 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립유전자간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립유전자 중 하나에만 혼성화 하도록 충분히 엄격해야 한다. 이렇게 함으로써 다른 대립유전자 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다.Methods for producing microarrays by immobilizing probe polynucleotides on a substrate are well known in the art. The probe polynucleotide means a polynucleotide capable of hybridizing, and means an oligonucleotide capable of binding to the complementary strand of the nucleic acid in a sequence-specific manner. The probe of the present invention is an allele-specific probe in which a polymorphic site exists in a nucleic acid fragment derived from two members of the same species and hybridizes to a DNA fragment derived from one member but does not hybridize to a fragment derived from another member . In this case, the hybridization conditions show a significant difference in the intensity of hybridization between alleles, and should be sufficiently stringent to hybridize to only one of the alleles. This can lead to good hybridization differences between different allelic forms.
마이크로어레이는 공지된 마이크로어레이를 제한 없이 사용할 수 있으며, 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 또한, 마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출 또한 당업계에 잘 알려져 있으다. 예를 들어, 핵산 시료를 형광 물질과 같은 검출 가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.
Microarrays can be used with any known microarray without limitation, and methods for manufacturing microarrays are well known in the art. In addition, hybridization of nucleic acids on a microarray and detection of hybridization results are also well known in the art. For example, a nucleic acid sample may be labeled with a labeling substance capable of generating a detectable signal such as a fluorescent substance, followed by hybridization on a microarray, and detection of a hybridization result by detecting a signal generated from the labeling substance.
달리 정의되지 않으면, 본 명세서에서 사용된 모든 기술 용어 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 기술 분야의 통상적인 기술자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다.
Unless otherwise defined, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs.
이하, 본 발명을 실시예를 통해 상세히 설명한다. 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐 본 발명의 범위가 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다. 본 실시예들은 본 발명의 개시가 완전하도록 하고, 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 발명의 범주를 완전하게 알려주기 위해 제공되는 것이며, 본 발명은 청구항의 범주에 의해 정의될 뿐이다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to examples. The following examples illustrate the invention and are not intended to limit the scope of the invention. These embodiments are provided so that the disclosure of the present invention is not limited thereto and that those skilled in the art will fully understand the scope of the present invention and that the present invention is not limited by the scope of the claims Only.
[[실시예Example]]
[[실시예Example 1] 유산소 운동 민감도 예측 모델 수립 및 주요 1] Establishment and main model of prediction of aerobic exercise sensitivitySNPSNP 추출 extraction
개체의 유산소 운동 민감도를 예측하기 위하여, 개인에서 관측되는 단일 염기 다형성의 차이에 따라 유산소 운동 민감도를 예측할 수 있는 수학적 모델인 유산소 운동 민감도 예측 모델을 수립하고, 도 1에 도시한 프로세스에 따라 SNP를 추출하였다. 대상 피험자는 실험 당시 연령이 만 30세 이상 60세 이하인 건강한 성인 남녀로 최근 3개월간 규칙적인 운동 경험이 없는 자들 중 체중이 45 kg 이상이면서, 이상체중 (ideal body weight)의 ±20% 이내의 체중을 지닌 자들 중 본 임상시험에 대해 충분한 설명을 들은 후, 자의로 참여를 결정하고 주의사항을 준수하기로 서면 동의한 자로 한정하였다. 이상체중은 = (신장 cm - 100) x 0.9 로 정의된다.In order to predict the aerobic exercise sensitivity of an individual, a model for predicting aerobic exercise sensitivity, which is a mathematical model for predicting aerobic exercise sensitivity according to the difference in single base polymorphism observed in an individual, is established, and a SNP And extracted. Subjects were healthy adults aged between 30 and 60 years old at the time of the experiment and those who did not have regular exercise for 3 months had a body weight of 45 kg or more and a body weight within ± 20% Were limited to those who agreed to voluntarily participate in the study and follow the instructions. The ideal body weight is defined as = (height cm-100) x 0.9.
아래는 의학적으로 판단했을 때 피험자 제외기준이다.Below are the criteria for excluding subjects when judged medically.
1) 시험개시(임상시험용의약품 투여) 28일 전에 급성 질환이 의심되는 증상을 보이는 자1) Initiation of trial (administration of clinical trial drug) Those who have suspected acute disease 28 days ago
2) 임상적으로 유의하고, 활동성인 위장관, 심혈관계, 호흡기계, 신장, 내분비계, 혈액학적, 소화기계, 중추신경계, 정신질환, 혹은 악성종양 등을 가진 자2) clinically significant, active gastrointestinal, cardiovascular, respiratory, renal, endocrine, hematologic, digestive, central nervous, mental, or malignant tumors
3) 시험개시(임상시험용의약품 투여) 28일 이내의 건강검진(질병 기왕력, 신체검사, ECG, 임상병리 검사 등 스크리닝 항목)을 통하여 피험자로 부적합하다고 판단된 자3) Initiation of trial (administration of drug for clinical trial) Person who is deemed to be inappropriate as subject by medical examination within 28 days (history of disease, physical examination, ECG, clinical pathology screening, etc.)
4) 과거에 위궤양 또는 십이지장궤양의 병력이 있거나 현재 활동성 위십이지장 궤양이 있는 자4) A history of gastric ulcer or duodenal ulcer history or a current active duodenal ulcer
5) 임상실험실적 검사에서 다음 중 하나라도 해당하는 결과를 보이는 자5) Any person who shows any of the following results in the clinical test
a. AST(SGOT) 또는 ALT(SGPT) > 정상범위 상한치의 1.25배a. AST (SGOT) or ALT (SGPT)> 1.25 times the upper limit of the normal range
b. 총 빌리루빈 > 정상범위 상한치의 1.5배b. Total bilirubin> 1.5 times the upper limit of the normal range
6) 임상적으로 유의한 알러지성 질환 (투약을 필요로 하지 않는 경미한 알러지성 비염 제외)을 가진 자6) Those with clinically significant allergic disease (other than mild allergic rhinitis that does not require medication)
7) 시험개시 30일 이내에 타 임상연구에 피험자로 참여한 자7) Those who participated in other clinical studies within 30 days
8) 수축기혈압> 150 mmHg, 이완기혈압> 100 mmHg인 자8) systolic blood pressure> 150 mmHg, diastolic blood pressure> 100 mmHg
9) 안내압이 증가되어 있거나 녹내장, 뇨저류 등의 질환을 앓았거나 앓고 있는 자9) Those who are suffering from or suffering from diseases such as increased guiding pressure, glaucoma or urine retention
10) 비정상적인 식사를 해온 자10) Anyone who has had an abnormal meal
11) 시험개시 (임상시험용의약품 투여) 60일 이내에 전혈을 공여한 자 또는 시험개시 30일 이내에 성분헌혈을 공여한 자11) Initiation of trial (administration of drug for clinical trial) A person donating whole blood within 60 days or a donor of blood within 30 days of the start of the test
12) 지속적으로 카페인(카페인>5컵/일), 음주(알코올>30g/일)를 하거나 혹은 과도한 흡연자(담배>20개피/일)12) Continual caffeine (caffeine> 5 cups / day), drinking (alcohol> 30 g / day) or excessive smokers (cigarette> 20 cfu / day)
13) 실험실적 검사 결과를 비롯한 기타 사유로 인하여 시험자가 임상시험 참여에 부적합하다고 판단한 자13) Experiments Those who are deemed to be inadequate to participate in clinical trials due to test results or other reasons
14) 글자를 읽지 못하거나 그러한 능력이 제한된 자 (문맹자)
14) Those who can not read or are limited in their ability (illiterate)
아래는 운동적합성 검사상의 제외기준이다.Below are exclusion criteria for exercise fitness tests.
1) 운동부하검사에서 6분 이내에 검사를 자의로 중단한 자1) The person who stopped the examination within six minutes of exercise test
2) 운동부하검사에서 6분 이내에 목표 심박수에 도달하여 검사를 중단한 자
2) Those who stopped the test within 6 minutes after reaching the target heart rate
위의 기준을 만족하는 총 79명 (남자 52명, 여자 27명)을 대상으로 HIT(High intensity training) 운동 실험을 수행하였으며, 이들을 대상으로 운동 실험 시작 전 혈액 샘플을 채취 한 후 Illumina 사에서 판매하는 human omni 2.5M 8 beadchip kit 를 이용하여 총 2,391,739 개의 단일 염기 변이(SNP) 에 대한 개인 유전체형을 추출한 후 아래와 같은 데이터 전처리 과정을 거쳤다.High intensity training (HIT) exercise tests were performed on 79 subjects (52 males, 27 females) who met the above criteria. Blood samples were collected before starting the exercise experiment, and then they were sold by Illumina The human omni 2.5M 8 beadchip kit was used to extract 2,391,739 individual nucleotide variants (SNPs) and then subjected to the following data preprocessing procedures.
전체 2,391,730개의 SNP 중 79명 샘플에서 유전체형이 한 종류 밖에는 검출되지 않은 SNP (monormorphic SNP) 은 1,000,738개로 전체 SNP 중 41.8% 를 차지하였으며 이들은 향후 분석에서 제외하였다.Of the total 2,391,730 SNPs, SNPs (monomorphic SNPs) were detected in only 79 of the SNPs, accounting for 41.8% of the total SNPs.
79명 샘플에서 20% 이상 결측치가 발생한 SNP는 모두 2,120개로, 전체 SNP 중 0.089% 를 차지하였으며 이들 SNP는 모두 향후 분석에서 제외하였다. 20% 미만 결측치인 경우에는 주로 관측되는 유전체형으로 대체 처리하였다.All SNPs with 20% or more missing values in 79 samples were 2,120, accounting for 0.089% of total SNPs. All of these SNPs were excluded from further analysis. In the case of less than 20% missing values, they were replaced with the observed genotype.
관측되는 대립 형질 중 빈도가 1% 미만인 SNP는 모두 48,433개였으며, 전체 SNP 중 2.0% 를 차지하였고 이들 SNP는 모두 향후 분석에서 제외하였다.All observed SNPs with less than 1% of alleles were 48,433, accounting for 2.0% of all SNPs and all of these SNPs were excluded from further analysis.
하디-와인버그 평형(Hardy-Weinberg Equilibrium) 을 심각하게 벗어나는 (p value < 0.001) SNP는 모두 64,394개 였으며, 전체 SNP 중 2.7% 를 차지하였고 이들 SNP는 모두 향후 분석에서 제외하였다.The SNPs that deviated significantly from the Hardy-Weinberg Equilibrium (p value <0.001) were 64,394, accounting for 2.7% of all SNPs, and all of these SNPs were excluded from further analysis.
데이터 전처리 결과, 전체 2,391,739 개 SNP 중 1,276,054개 (53.4 %) 를 향후 운동 민감도 예측 모델을 구축하는데 사용하였다.As a result of data preprocessing, 1,276,054 (53.4%) out of a total of 2,391,739 SNPs were used to construct a model for future motility sensitivity prediction.
HIT 운동 실험은 주 3회 진행하고, 1일당 3 분 40초(40초의 웜업 후, 3회의 20초 고강도 싸이클링과 40초 휴식)씩 운동을 실시하였다.The HIT exercise experiment was carried out three times a week, three minutes and 40 seconds per day (40 seconds of warming, three times of 20 seconds of high intensity cycling and 40 seconds of rest).
유산소 운동 민감도 평가 파라미터로 최대 산소 섭취량(maximal oxygen consumption; maximal oxygen uptake; VO2max; 단위 mL/kg/min)을 선정하여 측정하였고, 유반응군 및 무반응군은 하기 식 1의 Di 값에 따라 분류하였다. Di는 HIT(High intensity training) 운동을 수행한 i번째 사람의 운동 시작 전 대비 운동 9주째의 최대 산소 섭취량의 증가 비율을 의미한다.
The maximal oxygen consumption (maximal oxygen uptake; VO2max; unit mL / kg / min) was selected as the aerobic exercise sensitivity parameter, and the oil reaction group and the no reaction group were measured according to the value of Di Respectively. Di means the rate of increase in the maximum oxygen uptake at the ninth week of the exercise before the start of the exercise of the i-th person performing the HIT (High Intensity Training) exercise.
[식 1][Formula 1]
상기 식 1에서, Di≤O인 군을 무반응군으로, Di>0인 군을 유반응군으로 분류하였다. 또한, 유반응군을 대상으로 3-means 군집화 알고리즘 적용을 위한 초기치 3개(S1: min(Di), S2: median(Di), S3: max(Di))를 설정하였다. 상기 초기치를 이용하여 3-means 알고리즘으로 군집화를 수행하였고, 그 결과 S1 주위로 군집화된 사람들을 보통 반응군, S2 주위로 군집화된 사람들은 높은 반응군, S3 주위로 군집화된 사람들을 매우 높은 반응군으로 분류하였다.In the
그 결과, 유산소 운동 민감도 유반응군은 총 79명 중에서 60명으로 75.9%, 무반응군은 총 79명 중에서 19명으로 24.1%로 나타났다. 보통 반응군은 유반응군 총 60명 중에서 34명으로 56.7%, 높은 반응군은 총 60명 중에서 19명으로 31.7%, 매우 높은 반응군은 총 60명 중에서 7명으로 11.7%로 나타났다.As a result, 60 out of 79 patients (75.9%) and 19 out of 79 patients (24.1%) showed no response to aerobic exercise. Of the 60 respondents, 34 responders (56.7%) responded in the normal response group, and 19.7% of the responders in the high response group (11.7%).
각 SNP에서 발견되는 두 종류 대립 형질 중 Di 값이 보다 큰 형질을 최대 산소 섭취량 증가에 좋은 영향을 주는 형질(allele A) 로 정의하고 그렇지 않은 형질을 최대 산소 섭취량 증가에 나쁜 영향을 주는 형질(allele B) 로 정의한 후 형질 A 와 B 로 이루어진 세 종류 유전체형 중 BB 를 0, AB 를 1, AA 를 2 로 변환한 후 모형 구축에 사용하였다.For the two alleles found in each SNP, we define the trait with a larger value of Di as the trait (allele A) that has a positive effect on the increase of the maximum oxygen uptake, and the trait that does not affect the trait that affects the maximum oxygen uptake B) and then transformed into BB, AB, and AA, respectively, of the three types of genetic shapes, A and B.
숫자로 변환된 SNP의 유전체형을 이용하여 운동 민감도에 의미 있는 영향을 주는 SNP를 선정하기 위해서 선형 회귀 분석(linear regression analysis) 및 이분형 로지스틱 회귀 분석(binary logistic regression analysis), 다항 로지스틱 회귀 분석(multinomial logistic regression analysis)을 수행하였다. 회귀 분석을 수행할 때는 모두 성별과 나이, 운동 초기의 최대 산소 섭취량으로 보정하였다.In order to select the SNPs that have a significant effect on exercise sensitivity using the genotype of SNPs converted to numbers, we used linear regression analysis, binary logistic regression analysis, and polynomial logistic regression analysis multinomial logistic regression analysis was performed. All regression analyzes were performed by gender, age, and maximum oxygen uptake at baseline.
보다 구체적으로는, 상기 식 1에서 나타낸 Di를 반응 변수로 두고 SNP 각각의 유전체형을 독립 변수로 둔 후 성별과 나이, 운동 초기의 최대 산소 섭취량으로 보정한 선형 회귀 분석을 통해 연속형인 운동 민감도에 영향을 주는 SNP를 13,032개 선정하였다 (p value < 0.01). 또한, 유산소 무반응군과 유산소 유반응군의 2분형으로 구분된 운동 민감도군을 반응 변수로 두고 SNP 각각의 유전체형을 독립변수로 둔 후 성별과 나이, 운동 초기의 최대 산소 섭취량으로 보정한 이분형 로지스틱 회귀 분석을 통해 2분형으로 구분된 운동 민감도에 영향을 주는 SNP 를 6,971개 선정하였다 (p value < 0.01).More specifically, linear regression analysis was carried out by using Di as shown in the
마지막으로, 유산소 유반응군을 보통 반응군, 높은 반응군, 매우 높은 반응군의 3분형으로 구분된 운동 민감도군을 반응 변수로 두고 SNP 각각의 유전체형을 독립변수로 둔 후 성별과 나이, 운동 초기의 최대 산소 섭취량으로 보정한 다항 로지스틱 회귀 분석을 통해 3분형으로 구분된 운동 민감도에 영향을 주는 SNP 를 17,506개 선정하였다(p value < 0.01).Lastly, the response sensitivity of the three groups of normal response group, high response group, and very high response group was used as the response variable, and the genotype of each SNP was used as an independent variable. Multivariate logistic regression analysis with initial maximal oxygen uptake was used to select 17,506 SNPs (p value <0.01) that affected three-minute exercise sensitivity.
이들 선정된 SNP 중에서 연속형 운동 민감도 및 2분형 운동 민감도에 공통적으로 영향을 주는 SNP를 1,181개 선정하고, 이들 중에서도 유전자로서 기능하는 DNA 영역에 속해 있는 것 및 3종류 유전체형이 모두 관측되는 SNP 343개를 선정하여 예측 모델 A 를 구성하는 후보 SNP로 이용하였다.Among these selected SNPs, 1,181 SNPs that have common effects on the consecutive exercise sensitivity and bifunctional exercise sensitivity were selected. Among them, those belonging to a DNA region functioning as a gene and SNP 343 Were selected and used as candidate SNPs constituting prediction model A.
또한, 연속형 운동 민감도 및 3분형 운동 민감도에 공통적으로 영향을 주는 SNP 를 724개 선정한 후 이들 중에서도 유전자로서 기능하는 DNA 영역에 속해 있는 것 및 3종류 유전체형이 모두 관측되는 SNP 57개를 선정하여 예측 모델 B를 구성하는 후보 SNP로 이용하였다.In addition, we selected 724 SNPs that have common effects on continuous-motion sensitivity and 3-movement sensitivity. Among them, 57 SNPs belonging to a DNA region functioning as a gene and three genetic forms were selected And was used as a candidate SNP constituting the prediction model B.
예측 모델 A 는 유산소 운동 민감도를 유반응군과 무반응군으로 분류할 수 있는 SNP가 포함된 예측 모델을 의미하는데, 343개 후보 SNP 들을 대상으로 backward stepwise regression 방식을 적용하여 예측 모델을 가장 안정적으로 구성할 것으로 판단되는 SNP들을 1차로 선정하였다. 이렇게 1차로 선정된 SNP 들을 대상으로 하여 다시 forward stepwise regression 방식을 적용한 후 최종적으로 8개의 SNP를 선정하였다.Predictive model A is a predictive model that includes SNPs that can classify aerobic exercise sensitivity into both reactive and nonresponsive groups. We apply the backward stepwise regression method to 343 candidate SNPs, The SNPs that were judged to be composed were selected first. The first step was to apply the forward stepwise regression method to the first selected SNPs, and finally, eight SNPs were selected.
예측 모델 B 는 예측 모델 A 를 통해 유산소 유반응군으로 분류된 사람들을 다시 보통 반응군, 높은 반응군 및 매우 높은 반응군으로 재분류할 수 있는 SNP 가 포함된 예측 모델을 의미하는데, 57개 후보 SNP 들을 대상으로 backward stepwise regression 방식을 적용하여 예측 모델을 가장 안정적으로 구성할 것으로 판단되는 SNP 들을 1차로 선정하였다. 이렇게 1차로 선정된 SNP 들을 대상으로 하여 다시 forward stepwise regression 방식을 적용한 후 최종적으로 11개의 SNP를 선정하였다.Predictive Model B means a predictive model that includes SNPs that can reclassify people classified as anaerobic responders through the predictive model A into normal, high, and very high response groups. SNPs were selected by using backward stepwise regression method to determine the most stable SNPs. The first step was to apply the forward stepwise regression method to the first selected SNPs, and finally, 11 SNPs were selected.
Backward stepwise regression 방법은 제일 처음에 모든 독립 변수를 모형에 넣은 후 적합도를 계산한 후 독립 변수를 한 개씩 제외해 가면서 모형 적합도가 최적인 독립 변수를 찾는 방법이다. 반면, forward stepwise regression 방법은 아무것도 없는 빈 모형에 독립 변수를 하나씩 추가해 가면서 모형 적합도가 최적인 독립 변수를 찾는 방법으로 상기 Backward 및 forward stepwise regression 방법은 통계학에서 널리 사용되는 방법이다.
The backward stepwise regression method is to find the independent variables with the best model fit by excluding all the independent variables after calculating all the independent variables into the model and calculating the fitness. On the other hand, the forward stepwise regression method is a method to find independent variables with the best model fit by adding one independent variable to the empty model without any method. The backward and forward stepwise regression methods are widely used in statistics.
예측 모델 A에서 추출된 SNP를 하기 표 1에 나타내었고, 예측 모델 B에서 추출된 SNP를 하기 표 2에 나타내었다.The SNPs extracted from the prediction model A are shown in Table 1 below, and the SNPs extracted from the prediction model B are shown in Table 2 below.
[[실시예Example 2] 유산소 운동 민감도 예측 모델의 평가 2] Evaluation of Aerobic Exercise Sensitivity Prediction Model
실시예 1에서 수립한 유산소 운동 민감도 예측 모델 A 및 B를 이용하여, 유반응군과 무반응군을 판별하기 위한 컷오프 값(C1), 및 유반응군 내에서 보통 반응군과 높은 반응군을 판별하기 위한 컷오프 값(C2) 및 높은 반응군과 매우 높은 반응군을 판별하기 위한 컷오프 값(C3)을 설정하고, 판별 정확도를 계산하였다. 구체적인 프로세스는 도 2에 나타내었다. 요약하면, 판별 알고리즘으로 KNN(K-nearest neighbor), SVM(support vector machine), LDA(linear discriminant analysis) 및 ROC 곡선 모델을 이용하여 판별력을 계산한 후 각 알고리즘 별 판별력 차이를 비교하였으며, 개인별로 계산된 유전체형 점수의 합 및 ROC 곡선 모델을 이용하여, 반응군 분류를 위한 최종 컷오프 값을 도출하였다.Using the models A and B of the aerobic exercise sensitivity set up in Example 1, the cutoff value (C1) for discriminating between the oil reaction group and the non-reaction group, and the discrimination between the normal reaction group and the high reaction group in the oil reaction group And the cutoff value (C3) for discriminating the highly reactive group and the highly reactive group were set, and the discrimination accuracy was calculated. A specific process is shown in Fig. In summary, discriminant power was calculated by KNN (K-nearest neighbor), SVM (support vector machine), LDA (linear discriminant analysis) and ROC curve model, The final cutoff value for the reaction grouping was derived using the sum of the calculated dielectric point scores and the ROC curve model.
본 발명에서 각 SNP의 유전체형은 2가지 대립 유전자의 조합으로 구성되므로, SNP당 3 종류의 유전체형이 존재한다. 유전체형에 따라 Di 의 평균을 계산하였을 때 낮게 나온 유전체형의 동형접합성인 경우를 0점, 이형접합성인 경우를 1점, Di가 높게 나온 유전체형의 동형접합성인 경우를 2점으로 하여 점수를 계산하였다. 예측 모델 A 및 예측 모델 B에서, SNP의 유전체형에 다른 점수를 하기 표 3에 나타내었다.In the present invention, the genotype of each SNP is composed of a combination of two alleles, so that there are three genetic types per SNP. The points as low from the dielectric body homozygous adult for when calculating the average of Di, heterozygous adult some cases, the dielectric body point, to the Di cases homozygous adult of higher from the dielectric body in two points The scores were calculated. In prediction model A and prediction model B, different scores for genotype of SNP are shown in Table 3 below.
표 3에 나타낸 각 SNP의 점수를 이용하여, 하기 식 2에 따라 유전체형 점수의 합을 계산하였다.Using the scores of the SNPs shown in Table 3, the sum of the genotype scores was calculated according to the following equation (2).
[식 2][Formula 2]
상기 식 2에서, n: 예측 모델을 구성하는 SNP 수In
Si: i번째 사람에서 계산된 유전체형 점수 합계Si : Sum of genetic points calculated from ith person
Gi, j: i번째 사람의 j 번째 SNP 에서 관측된 유전체형 점수 ∈ {0, 1, 2}Gi, j : Observed genotype scores ∈ {0, 1, 2} at the jth SNP of ith person
Wj: j번째 SNP의 가중치를 나타낸다 (다중 선형 회귀 분석에서 계산된 각 SNP 의 세미 R2 사용이 기본이고, 모두 1로 정의할 경우 SNP 에 따른 가중치가 동일하게 됨).Wj represents the weight of the jth SNP. (Semi-R2 use of each SNP calculated in the polynomial regression analysis is basic. If all of the SNPs are defined as 1, the weight according to the SNP is the same).
유전체형 점수의 합을 이용하여, 컷오프 값 및 판별력을 계산하였다.
The cutoff value and the discriminant power were calculated using the sum of the genetic score.
[실시예 2-1] 예측 모델 A의 평가[Example 2-1] Evaluation of prediction model A
1. 예측 모델 A에서 8개의 SNP를 모두 이용한 경우의 결과는 하기 표 4및 다음과 같았다:1. Results for the case of using all 8 SNPs in the prediction model A are shown in Table 4 and as follows:
ㆍSNP 수 = 8개ㆍ Number of SNP = 8
ㆍR2 = 0.283R2 = 0.283
ㆍ판별력(Classification power)Classification power
-KNN (k=3 일 때): 89.9% - KNN (when k = 3): 89.9%
-SVM: 89.9% - SVM: 89.9%
-LDA: 88.6% - LDA: 88.6%
-ROC 곡선 모델: 88.6% - ROC curve model: 88.6%
ㆍ무반응군 vs. 유반응군 판별 기준 점수• Non-responders vs. others. Score
ㆍC1 = 0.773 점
C1 = 0.773 points
2. 예측 모델 A에서 1개의 SNP를 이용한 경우의 결과는 하기 표 5 및 다음과 같았다:2. The results of using one SNP in prediction model A were as follows in Table 5 and the following:
ㆍ무반응군 vs. 유반응군 판별 기준 점수• Non-responders vs. others. Score
ㆍC1 = 1.0 점 (모든 SNP에서 공통됨)
C1 = 1.0 points (common in all SNPs)
이러한 결과는 예측 모델 A의 각 SNP 또는 이들을 조합한 경우, 유산소 운동 반응에 있어서의 운동 민감도를 예측할 수 있음을 제시한다.
These results suggest that each SNP of the predictive model A, or a combination of these, can predict the exercise sensitivity in the aerobic exercise response.
[실시예 2-2] 예측 모델 B의 평가[Example 2-2] Evaluation of prediction model B
예측 모델 B에서 11개의 SNP를 모두 이용한 경우의 결과는 하기 표 6 및 다음과 같았다:The results of using all 11 SNPs in predictive model B were as follows in Table 6 and below:
ㆍSNP 수 = 11개ㆍ Number of SNP = 11
ㆍR2 = 0.328R2 = 0.328
ㆍ판별력 (Classification power)Classification power
-KNN (k=3 일 때): 83.1% - KNN (when k = 3): 83.1%
-SVM: 83.1% - SVM: 83.1%
-LDA: 78% - LDA: 78%
-ROC 곡선 모델: 83.9% - ROC curve model: 83.9%
ㆍ보통 반응군, 높은 반응군 및 매우 높은 반응군 판별 기준 점수ㆍ Average reaction group, high reaction group and very high reaction group discrimination standard score
-C2 = 1.424 - C2 = 1.424
-C3 = 1.634
- C3 = 1.634
이러한 결과는 예측 모델 B의 SNP를 조합한 경우, 유산소 운동 유반응군에 있어서의 운동 민감도를 예측할 수 있음을 제시한다.
These results suggest that the combination of the SNPs of the predictive model B can predict the exercise sensitivity in the aerobic exercise group.
[[실시예Example 3] 무산소 운동 민감도 예측 모델 수립 및 주요 3] Establishment of anaerobic exercise sensitivity prediction model and majorSNPSNP 추출 extraction
개체의 무산소 운동 민감도를 예측하기 위하여, 실시예 1의 유산소 운동 반응에서와 유사한 방식으로 무산소 운동 민감도 예측 모델을 수립하고, 도 1에 도시한 프로세스에 따라 SNP를 추출하였다.To predict the anaerobic exercise sensitivity of an individual, an anaerobic exercise sensitivity prediction model was established in a manner similar to that of the aerobic exercise response of Example 1, and SNPs were extracted according to the process shown in FIG.
실시예 1과 동일한 피험자 총 79명을 대상으로 HIT(High intensity training) 운동 실험을 수행하였고, 동일한 방식으로 예측 모델 A 및 예측 모델 B에 대한 SNP를 추출하였다.A high intensity training (HIT) exercise experiment was conducted on 79 subjects in the same manner as in Example 1, and SNPs for the prediction models A and B were extracted in the same manner.
무산소 운동 민감도 평가 파라미터로 근력을 나타내는 지표인 피크 토크(peak torque) 값(단위: N.M/kg)을 선정하여 측정하였고, 유반응군 및 무반응군은 하기 식 3의 Di 값에 따라 분류하였다. Di는 HIT(High intensity training) 운동을 수행한 i번째 사람의 운동 시작 전 대비 운동 9주째의 근력 증가(피크 토크 값의 증가) 비율을 의미한다.
The peak torque value (unit: NM / kg), which is an indicator of muscle strength, was selected as the anaerobic exercise sensitivity parameter, and the oil reaction group and the non-reaction group were classified according to the value of Di in the following
[식 3][Formula 3]
상기 식 3에서, Di≤O인 군을 무반응군으로, Di>0인 군을 유반응군으로 분류하였다. 또한, 유반응군을 대상으로 3-means 군집화 알고리즘 적용을 위한 초기치 3개(S1: min(Di), S2: median(Di), S3: max(Di))를 설정하였다. 상기 초기치를 이용하여 3-means 알고리즘으로 군집화를 수행하였고, 그 결과 S1 주위로 군집화된 사람들을 보통 반응군, S2 주위로 군집화된 사람들은 높은 반응군, S3 주위로 군집화된 사람들을 매우 높은 반응군으로 분류하였다.In the
그 결과, 무산소 운동 민감도 유반응군은 총 79명 중에서 67명으로 84.8%, 무반응군은 총 79명 중에서 12명으로 15.2%로 나타났다. 보통 반응군은 유반응군 총 67명 중에서 41명으로 61.2%, 높은 반응군은 총 67명 중에서 21명으로 31.3%, 매우 높은 반응군은 총 67명 중에서 5명으로 7.5%로 나타났다.RESULTS: Of the 79 patients, 67 patients (84.8%) were unresponsive, and 15.2% (12 patients out of 79 patients). Among the 67 responders, 61.2% of the responders had the highest response rate, 31.3% had the highest response rate among the 67 respondents, and 7.5% had the highest response rate among the 67 respondents.
예측 모델 A에서 추출된 SNP를 하기 표 7에 나타내었고, 예측 모델 B에서 추출된 SNP를 하기 표 8에 나타내었다.The SNPs extracted from the prediction model A are shown in Table 7 below, and the SNPs extracted from the prediction model B are shown in Table 8 below.
[[실시예Example 4] 무산소 운동 민감도 예측 모델의 평가 4] Evaluation of a model for prediction of anaerobic exercise sensitivity
실시예 3에서 수립한 무산소 운동 민감도 예측 모델 A 및 B를 이용하여, 유반응군과 무반응군을 판별하기 위한 컷오프 값(C1), 및 유반응군 내에서 보통 반응군과 높은 반응군을 판별하기 위한 컷오프 값(C2) 및 높은 반응군과 매우 높은 반응군을 판별하기 위한 컷오프 값(C3)을 설정하고, 판별 정확도를 계산하였다. 구체적인 프로세스는 도 3에 나타내었다.Using the oxygen-free movement sensitivity prediction models A and B established in Example 3, a cut-off value (C1) for discriminating between the oil-reactive group and the non-responsive group, and discrimination between the normal reaction group and the high- And the cutoff value (C3) for discriminating the highly reactive group and the highly reactive group were set, and the discrimination accuracy was calculated. A specific process is shown in Fig.
요약하면, 판별 알고리즘으로 KNN(K-nearest neighbor), SVM(support vector machine), LDA(linear discriminant analysis) 및 ROC 곡선 모델을 이용하여 판별력을 계산한 후 각 알고리즘 별 판별력 차이를 비교하였으며, 개인별로 계산된 유전체형 점수의 합 및 ROC 곡선 모델을 이용하여, 반응군 분류를 위한 최종 컷오프 값을 도출하였다. 본 발명에서 각 SNP의 유전체형은 2가지 대립 유전자의 조합으로 구성되므로, SNP당 3 종류의 유전체형이 존재한다. 유전체형에 따라 Di 의 평균을 계산하였을 때 낮게 나온 유전체형의 동형접합성인 경우를 0점, 이형접합성인 경우를 1점, Di가 높게 나온 유전체형의 동형접합성인 경우를 2점으로 하여 점수를 계산하였다. 예측 모델 A 및 예측 모델 B에서, SNP의 유전체형에 다른 점수를 하기 표 9에 나타내었다.In summary, discriminant power was calculated by KNN (K-nearest neighbor), SVM (support vector machine), LDA (linear discriminant analysis) and ROC curve model, The final cutoff value for the reaction grouping was derived using the sum of the calculated dielectric point scores and the ROC curve model. In the present invention, the genotype of each SNP is composed of a combination of two alleles, so that there are three genetic types per SNP. The points as low from the dielectric body homozygous adult for when calculating the average of Di, heterozygous adult some cases, the dielectric body point, to the Di cases homozygous adult of higher from the dielectric body in two points The scores were calculated. In predictive model A and predictive model B, different scores for genotype of SNP are shown in Table 9 below.
표 9에 나타낸 각 SNP의 점수를 이용하여, 하기 식 2에 따라 유전체형 점수의 합을 계산하였다.
Using the scores of the SNPs shown in Table 9, the sum of genotype scores was calculated according to the following equation (2).
[식 2][Formula 2]
상기 식에서, n: 예측 모델을 구성하는 SNP 수N: number of SNPs constituting the prediction model
Si: i번째 사람에서 계산된 유전체형 점수 합계Si : Sum of genetic points calculated from ith person
Gi, j: i번째 사람의 j 번째 SNP 에서 관측된 유전체형 점수 ∈ {0, 1, 2}Gi, j : Observed genotype scores ∈ {0, 1, 2} at the jth SNP of ith person
Wj: j번째 SNP의 가중치를 나타낸다 (다중 선형 회귀 분석에서 계산된 각 SNP 의 세미 R2 사용이 기본이고, 모두 1로 정의할 경우 SNP 에 따른 가중치가 동일하게 됨).Wj represents the weight of the jth SNP. (Semi-R2 use of each SNP calculated in the polynomial regression analysis is basic. If all of the SNPs are defined as 1, the weight according to the SNP is the same).
유전체형 점수의 합을 이용하여, 컷오프 값 및 판별력을 계산하였다.
The cutoff value and the discriminant power were calculated using the sum of the genetic score.
[실시예 4-1] 예측 모델 A의 평가[Example 4-1] Evaluation of prediction model A
1. 예측 모델 A에서 9개의 SNP를 모두 이용한 경우의 결과는 하기 표 10및 다음과 같았다:1. Results for the case of using all 9 SNPs in predictive model A are shown in Table 10 and in the following table:
ㆍ SNP 수 = 9개ㆍ Number of SNP = 9
ㆍ R2 = 0.203R2 = 0.203
ㆍ 판별력(Classification power)Classification power
-KNN (k=3 일 때): 96.2% - KNN (when k = 3): 96.2%
-SVM: 93.7% - SVM: 93.7%
-LDA: 94.9% - LDA: 94.9%
-ROC 곡선 모델: 96.2% - ROC curve model: 96.2%
ㆍ 무반응군 vs. 유반응군 판별 기준 점수• Non-responders vs. others. Score
ㆍ C1 = 0.999 점
ㆍ C1 = 0.999 points
2. 예측 모델 A에서 1개의 SNP를 이용한 경우의 결과는 하기 표 11및 다음과 같았다:2. The results of using one SNP in prediction model A were as follows in Table 11 and as follows:
ㆍ 무반응군 vs. 유반응군 판별 기준 점수• Non-responders vs. others. Score
ㆍ C1 = 1.0 점 (모든 SNP에서 공통됨)
C1 = 1.0 points (common in all SNPs)
이러한 결과는 예측 모델 A의 각 SNP 또는 이들을 조합한 경우, 무산소 운동 반응에 있어서의 운동 민감도를 예측할 수 있음을 제시한다.
These results suggest that each SNP of the predictive model A, or a combination of these, can predict the exercise sensitivity in the anaerobic exercise response.
[실시예 4-2] 예측 모델 B의 평가[Example 4-2] Evaluation of prediction model B
예측 모델 B에서 10개의 SNP를 모두 이용한 경우의 결과는 하기 표 12 및 다음과 같았다:The results for using all 10 SNPs in predictive model B are shown in Table 12 below and in Table 12:
ㆍ SNP 수 = 10개ㆍ Number of SNP = 10
ㆍ R2 = 0.260R2 = 0.260
ㆍ 판별력 (Classification power)Classification power
-KNN (k=3 일 때): 87.7% - KNN (when k = 3): 87.7%
-SVM: 86.2% - SVM: 86.2%
-LDA: 84.8% - LDA: 84.8%
-ROC 곡선 모델: 87.7% - ROC curve model: 87.7%
ㆍ 보통 반응군, 높은 반응군 및 매우 높은 반응군 판별 기준 점수ㆍ Average reaction group, high reaction group and very high reaction group discrimination standard score
-C2 = 1.159 - C2 = 1.159
-C3 = 1.454
- C3 = 1.454
이러한 결과는 예측 모델 B의 SNP를 조합한 경우, 무산소 운동 유반응군에 있어서의 운동 민감도를 예측할 수 있음을 제시한다.
These results suggest that the combination of the SNPs of the predictive model B can predict the exercise sensitivity in the anaerobic exercise group.
<110> BIO AGE CO.,LTD. DAEWOONG PHARMACEUTICAL CO., LTD.<120> Biomarker for predicting of sensitivity to exercise<130> P14E10C1127<160> 38<170> KopatentIn 2.0<210> 1<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 1tttaagtaaa mttgattaat a 21<210> 2<211> 20<212> DNA<213> Homo sapiens<400> 2gttctgcccy gcccactctg 20<210> 3<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 3ttaaactcca rtccatctat c 21<210> 4<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 4gcagatgtca rgttgctgat c 21<210> 5<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 5ggggtcagaa yctggaaaaa t 21<210> 6<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 6cgacggggcc rcggctttcc t 21<210> 7<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 7aaagtgttaa ygatgtcatg g 21<210> 8<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 8gtcccaggct racctgtggc a 21<210> 9<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 9gtagctgccc ytctcagggc a 21<210> 10<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 10cagatgacct ratcggatta a 21<210> 11<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 11gggtgaacat yacagagata a 21<210> 12<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 12tattcttata magttacaag t 21<210> 13<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 13ttagacatcc yacaagtgac t 21<210> 14<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 14gggagcagcc rctggaccga a 21<210> 15<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 15caaaaggtac rgaaaaagtc a 21<210> 16<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 16tttggttcta raaggcattt c 21<210> 17<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 17tgctatactt raaaagcatc a 21<210> 18<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 18ctcatggaac rtagaaatct t 21<210> 19<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 19tgggaaagct ycaaccctgt t 21<210> 20<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 20gaaaaggtct rgtgcatgca g 21<210> 21<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 21aggaaaatgt ytcgtttatt t 21<210> 22<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 22gaagcactta ycagagatta t 21<210> 23<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 23gattatattg yttatcaaga t 21<210> 24<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 24gtttcactat yttgtccagg c 21<210> 25<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 25tttcctccag kttcactcca t 21<210> 26<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 26tctctgaatg rttggtgtca t 21<210> 27<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 27actttacaaa matagtttgg g 21<210> 28<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 28ctcatcactg rtttggcaca t 21<210> 29<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 29gagctcaaga ytctgtggag a 21<210> 30<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 30acaggaacca yagatcctct a 21<210> 31<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 31agtcactagc ycaacctatt t 21<210> 32<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 32tttttttaag kttttaaagt a 21<210> 33<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 33ttgaggttct kcaggttggt g 21<210> 34<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 34ctgccttcct kcttccttcc t 21<210> 35<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 35tacaccatgg mgctattcca a 21<210> 36<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 36aattacctaa katgtataag g 21<210> 37<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 37gcccagggcc yttgcacaga g 21<210> 38<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 38aaaattggca rctgactaag t 21<110> BIO AGE CO., LTD. DAEWOONG PHARMACEUTICAL CO., LTD.<120> Biomarker for predicting of sensitivity to exercise<130> P14E10C1127<160> 38<170> Kopatentin 2.0<210> 1<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 1tttaagtaaa mttgattaat a 21<210> 2<211> 20<212> DNA<213> Homo sapiens<400> 2gttctgcccy gcccactctg 20<210> 3<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 3ttaaactcca rtccatctat c 21<210> 4<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 4gcagatgtca rgttgctgat c 21<210> 5<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 5ggggtcagaa yctggaaaaa t 21<210> 6<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 6cgacggggcc rcggctttcc t 21<210> 7<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 7aaagtgttaa ygatgtcatg g 21<210> 8<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 8gtcccaggct racctgtggc a 21<210> 9<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 9gtagctgccc ytctcagggc a 21<210> 10<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 10cagatgacct ratcggatta a 21<210> 11<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 11gggtgaacat yacagagata a 21<210> 12<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 12tattcttata magttacaag t 21<210> 13<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 13ttagacatcc yacaagtgac t 21<210> 14<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 14gggagcagcc rctggaccga a 21<210> 15<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 15caaaaggtac rgaaaaagtc a 21<210> 16<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 16tttggttcta raaggcattt c 21<210> 17<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 17tgctatactt raaaagcatc a 21<210> 18<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 18ctcatggaac rtagaaatct t 21<210> 19<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 19tgggaaagct ycaaccctgt t 21<210> 20<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 20gaaaaggtct rgtgcatgca g 21<210> 21<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 21aggaaaatgt ytcgtttatt t 21<210> 22<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 22gaagcactta ycagagatta t 21<210> 23<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 23gattatattg yttatcaaga t 21<210> 24<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 24gtttcactat yttgtccagg c 21<210> 25<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 25tttcctccag kttcactcca t 21<210> 26<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 26tctctgaatg rttggtgtca t 21<210> 27<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 27actttacaaa matagtttgg g 21<210> 28<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 28ctcatcactg rtttggcaca t 21<210> 29<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 29gagctcaaga ytctgtggag a 21<210> 30<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 30acaggaacca yagatcctct a 21<210> 31<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 31agtcactagc ycaacctatt t 21<210> 32<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 32tttttttaag kttttaaagt a 21<210> 33<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 33ttgaggttct kcaggttggt g 21<210> 34<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 34ctgccttcct kcttccttcc t 21<210> 35<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 35tacaccatgg mgctattcca a 21<210> 36<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 36aattacctaa katgtataag g 21<210> 37<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 37gcccagggcc yttgcacaga g 21<210> 38<211> 21<212> DNA<213> homo sapiens<400> 38aaaattggca rctgactaag t 21
Claims (38)
Translated fromKorean상기 단일 염기 다형성 마커는,
인간 9번 염색체의 8,408,552번째 염기가 A 또는 C인, 상기 8,408,552 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 11번 염색체의 93,796,029번째 염기가 C 또는 T인, 상기 93,796,029 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 22번 염색체의 26,737,544번째 염기가 A 또는 G인, 상기 26,737,544 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 3번 염색체의 14,526,538번째 염기가 A 또는 G인, 상기 14,526,538 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
인간 1번 염색체의 72,101,495번째 염기가 C 또는 T인, 상기 72,101,495 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상이며,
상기에서, 인간 9번 염색체의 8,408,552번째 염기가 A;
인간 11번 염색체의 93,796,029번째 염기가 C;
인간 22번 염색체의 26,737,544번째 염기가 G;
인간 3번 염색체의 14,526,538번째 염기가 G; 또는
인간 1번 염색체의 72,101,495번째 염기가 T인 경우, 유산소 운동 민감도가 높은 지표이고,
상기 유산소 운동 민감도는 최대 산소 섭취량 증가량으로 표현된다.
A method of providing information to predict an aerobic exercise sensitivity of an individual, comprising identifying a base of a polymorphic site of a single base polymorphic marker from a nucleic acid sample isolated from the individual:
Wherein the single nucleotide polymorphism marker comprises:
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 8,408,552 th base, wherein the 8,408,552 th base of human chromosome 9 is A or C, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 93,796,029th base, wherein the 93,796,029th base of human chromosome 11 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 26,737,544 base, wherein the 26,737,544 base of the human chromosome 22 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 14,526,538 base, wherein the 14,526,538 base of human chromosome 3 is A or G, or a complementary polynucleotide thereof; And
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 72,101,495 base in which the 72,101,495 base of human chromosome 1 is C or T, or a complementary polynucleotide thereof,
In the above, the 8,408,552 base of human chromosome 9 is A;
The 93,796,029 base of human chromosome 11 is C;
26,737,544 base of human chromosome 22 is G;
The 14,526,538 base of human chromosome 3 is G; or
When the 72,101,495th base of human chromosome 1 is T, the sensitivity of aerobic exercise is high,
The aerobic exercise sensitivity is expressed as the maximum oxygen uptake increase.
상기 단일 염기 다형성 마커는,
인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기가 A 또는 G인, 상기 87,101,649 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기가 C 또는 T인, 상기 11,988,839 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기가 A 또는 G인, 상기 190,359,804 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상이며,
상기에서, 인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기가 G;
인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기가 T; 또는
인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기가 G인 경우 유산소 운동 민감도가 높은 지표이다.
3. The method of claim 1, further comprising identifying a base in a polymorphic site of a single base polymorphic marker as follows:
Wherein the single nucleotide polymorphism marker comprises:
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the nucleotide 87,101,649, wherein the nucleotide 87,101,649 of human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 11,988,839 base, wherein the 11,988,839 base of human chromosome 11 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; And
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleic acid sequences comprising the 190, 359, and 804 bases, wherein the 190,359,804th base of human chromosome 3 is A or G, or a complementary polynucleotide thereof,
In the above, the 87th, 104th, and 649th bases of human chromosome 1 are G;
The 11,988,839 base of human chromosome 11 is T; or
If the 190,359,804th base of human chromosome 3 is G, the aerobic exercise sensitivity is high.
인간 9번 염색체의 8,408,552번째 염기쌍이 AA 또는 AC;
인간 11번 염색체의 93,796,029번째 염기쌍이 CC 또는 TC;
인간 22번 염색체의 26,737,544번째 염기쌍이 GG 또는 AG;
인간 3번 염색체의 14,526,538번째 염기쌍이 GG 또는 AG;
인간 1번 염색체의 72,101,495번째 염기쌍이 TT 또는 TC;
인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기쌍이 GG 또는 AG;
인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기쌍이 TT 또는 TC; 또는
인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기쌍이 GG 또는 AG.
3. The method according to claim 1 or 2, wherein the base pair of the polymorphic site of the single base polymorphism marker is as follows: How to provide:
The 8,408,552th base pair of human chromosome 9 is AA or AC;
93,796,029th base pair of human chromosome 11 is CC or TC;
26,737,544th base pair of human chromosome 22 is GG or AG;
The 14,526,538th base pair of human chromosome 3 is GG or AG;
72,101,495th base pair of human chromosome 1 is TT or TC;
87,101,649 base pair of human chromosome 1 is GG or AG;
The 11,988,839 base pair of human chromosome 11 is TT or TC; or
The 190,359,804th base pair of human chromosome 3 is GG or AG.
상기 단일 염기 다형성 마커는,
인간 3번 염색체의 132,075,759번째 염기가 C 또는 T인, 상기 132,075,759 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 9번 염색체의 138,556,052번째 염기가 A 또는 G인, 상기 138,556,052 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 8번 염색체의 125,108,977번째 염기가 C 또는 T인, 상기 125,108,977 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 18번 염색체의 50,907,179번째 염기가 A 또는 C인, 상기 50,907,179 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 2번 염색체의 238,462,725번째 염기가 C 또는 T인, 상기 238,462,725 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 1번 염색체의 156,883,493번째 염기가 A 또는 G인, 상기 156,883,493 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 16번 염색체의 83,945,288번째 염기가 A 또는 G인, 상기 83,945,288 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 3번 염색체의 141,462,748번째 염기가 A 또는 G인, 상기 141,462,748 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 20번 염색체의 55,000,949번째 염기가 A 또는 G인, 상기 55,000,949 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 1번 염색체의 151,538,412번째 염기가 A 또는 G인, 상기 151,538,412 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
인간 2번 염색체의 71,433,572번째 염기가 C 또는 T인, 상기 71,433,572 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상이며,
상기에서, 인간 3번 염색체의 132,075,759번째 염기가 T;
인간 9번 염색체의 138,556,052번째 염기가 G;
인간 8번 염색체의 125,108,977번째 염기가 C;
인간 18번 염색체의 50,907,179번째 염기가 A;
인간 2번 염색체의 238,462,725번째 염기가 T;
인간 1번 염색체의 156,883,493번째 염기가 G;
인간 16번 염색체의 83,945,288번째 염기가 G;
인간 3번 염색체의 141,462,748번째 염기가 A;
인간 20번 염색체의 55,000,949번째 염기가 A;
인간 1번 염색체의 151,538,412번째 염기가 A; 또는
인간 2번 염색체의 71,433,572번째 염기가 C인 경우 유산소 운동 민감도가 높은 지표이다.
4. The method of claim 1 or 2, further comprising identifying a base at a polymorphic site of a single base polymorphic marker as follows:
Wherein the single nucleotide polymorphism marker comprises:
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 132,075,759 base, wherein the 132,075,759th base of the human chromosome 3 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 138, 5556, 052 base, wherein the 138,556,052 base of human chromosome 9 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 125,108,977 base, wherein the 125,108,977 base of human chromosome 8 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 50,907,179 base, wherein the 50,907,179th base of the human chromosome 18 is A or C, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 238,462,725 base, wherein the 238,462,725 base of the human chromosome 2 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 156,883,493 bases, wherein 156,883,493 bases of the human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising 83,945,288th base, wherein the 83,945,288th base of human chromosome 16 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising 141,462,748 bases, wherein 141,462,748 base of human chromosome 3 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 55,000th and 94th nucleotides, wherein the 55,000th and 94th nucleotides of the human chromosome 20 are A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 151, 538 and 412 bases, wherein the 151,538,412 base of human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; And
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 71,433,572 base in which the 71,433,572 base of the human chromosome 2 is C or T, or a complementary polynucleotide thereof,
In the above, the 132,075,759th base of human chromosome 3 is T;
The 138,556,052th base of human chromosome 9 is G;
The 125,108,977 base of human chromosome 8 is C;
The 50,907,179th base of human chromosome 18 is A;
The 238,462,725th base of human chromosome 2 is T;
156,883,493 base of human chromosome 1 is G;
The 83,945,288th base of human chromosome 16 is G;
141,462,748 base of human chromosome 3 is A;
The 55,000th, 94th base of human chromosome 20 is A;
The 151,538,412th base of human chromosome 1 is A; or
If C 71,433,572 of human chromosome 2 is C, aerobic exercise sensitivity is high.
3. The method of claim 1, wherein identifying a base of a polymorphic site of at least two monoclonal polymorphic markers is provided to predict an aerobic exercise sensitivity of an individual.
2. The method of claim 1, wherein identifying the base of the polymorphic site of all five single nucleotide polymorphic markers is provided to predict an aerobic exercise sensitivity of an individual.
5. The method of claim 4, wherein identifying the base of the polymorphic site of the at least two monoclonal polymorphism markers is provided to predict an aerobic exercise sensitivity of an individual.
5. The method of claim 4, wherein identifying a base in a polymorphic site of at least five monoclonal polymorphism markers is provided for predicting aerobic exercise sensitivity of an individual.
5. The method of claim 4, wherein identifying a base in a polymorphic site of at least eight monoclonal polymorphic markers is provided for predicting an aerobic exercise sensitivity of an individual.
5. The method of claim 4, wherein identifying a base in a polymorphic site of all 11 monoclonal polymorphic markers is provided to predict an aerobic exercise sensitivity of an individual.
상기 유산소 운동 민감도는 최대 산소 섭취량 증가량으로 표현되는 것인 유산소 운동 민감도 예측용 키트.
A kit for predicting aerobic exercise sensitivity comprising a probe capable of detecting a single base polymorphic marker according to claim 1 or a primer capable of amplifying the single base polymorphic marker,
Wherein the aerobic exercise sensitivity is expressed as a maximum oxygen uptake increase amount.
상기 단일 염기 다형성 마커는,
인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기가 A 또는 G인, 상기 87,101,649 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기가 C 또는 T인, 상기 11,988,839 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기가 A 또는 G인, 상기 190,359,804 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상이며,
상기에서, 인간 1번 염색체의 87,101,649번째 염기가 G;
인간 11번 염색체의 11,988,839번째 염기가 T; 또는
인간 3번 염색체의 190,359,804번째 염기가 G인 경우 유산소 운동 민감도가 높은 지표이다.
12. The kit according to claim 11, further comprising a probe capable of detecting the following single base polymorphism marker or a primer capable of amplifying the single base polymorphism marker:
Wherein the single nucleotide polymorphism marker comprises:
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the nucleotide 87,101,649, wherein the nucleotide 87,101,649 of human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 11,988,839 base, wherein the 11,988,839 base of human chromosome 11 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto; And
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleic acid sequences comprising the 190, 359, and 804 bases, wherein the 190,359,804th base of human chromosome 3 is A or G, or a complementary polynucleotide thereof,
In the above, the 87th, 104th, and 649th bases of human chromosome 1 are G;
The 11,988,839 base of human chromosome 11 is T; or
If the 190,359,804th base of human chromosome 3 is G, the aerobic exercise sensitivity is high.
상기 단일 염기 다형성 마커는,
인간 3번 염색체의 132,075,759번째 염기가 C 또는 T인, 상기 132,075,759 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 9번 염색체의 138,556,052번째 염기가 A 또는 G인, 상기 138,556,052 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 8번 염색체의 125,108,977번째 염기가 C 또는 T인, 상기 125,108,977 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 18번 염색체의 50,907,179번째 염기가 A 또는 C인, 상기 50,907,179 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 2번 염색체의 238,462,725번째 염기가 C 또는 T인, 상기 238,462,725 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 1번 염색체의 156,883,493번째 염기가 A 또는 G인, 상기 156,883,493 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 16번 염색체의 83,945,288번째 염기가 A 또는 G인, 상기 83,945,288 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 3번 염색체의 141,462,748번째 염기가 A 또는 G인, 상기 141,462,748 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 20번 염색체의 55,000,949번째 염기가 A 또는 G인, 상기 55,000,949 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
인간 1번 염색체의 151,538,412번째 염기가 A 또는 G인, 상기 151,538,412 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
인간 2번 염색체의 71,433,572번째 염기가 C 또는 T인, 상기 71,433,572 번째 염기를 포함하는 5 내지 100개의 연속적인 핵산 서열로 이루어지는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상이며,
상기에서, 인간 3번 염색체의 132,075,759번째 염기가 T;
인간 9번 염색체의 138,556,052번째 염기가 G;
인간 8번 염색체의 125,108,977번째 염기가 C;
인간 18번 염색체의 50,907,179번째 염기가 A;
인간 2번 염색체의 238,462,725번째 염기가 T;
인간 1번 염색체의 156,883,493번째 염기가 G;
인간 16번 염색체의 83,945,288번째 염기가 G;
인간 3번 염색체의 141,462,748번째 염기가 A;
인간 20번 염색체의 55,000,949번째 염기가 A;
인간 1번 염색체의 151,538,412번째 염기가 A; 또는
인간 2번 염색체의 71,433,572번째 염기가 C인 경우 유산소 운동 민감도가 높은 지표이다.
The kit according to claim 11 or 12, further comprising a probe capable of detecting the following single base polymorphism marker or a primer capable of amplifying the single base polymorphism marker:
Wherein the single nucleotide polymorphism marker comprises:
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 132,075,759 base, wherein the 132,075,759th base of the human chromosome 3 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 138, 5556, 052 base, wherein the 138,556,052 base of human chromosome 9 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 125,108,977 base, wherein the 125,108,977 base of human chromosome 8 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 50,907,179 base, wherein the 50,907,179th base of the human chromosome 18 is A or C, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 238,462,725 base, wherein the 238,462,725 base of the human chromosome 2 is C or T, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 156,883,493 bases, wherein 156,883,493 bases of the human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising 83,945,288th base, wherein the 83,945,288th base of human chromosome 16 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising 141,462,748 bases, wherein 141,462,748 base of human chromosome 3 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 55,000th and 94th nucleotides, wherein the 55,000th and 94th nucleotides of the human chromosome 20 are A or G, or a polynucleotide complementary thereto;
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the 151, 538 and 412 bases, wherein the 151,538,412 base of human chromosome 1 is A or G, or a polynucleotide complementary thereto; And
A polynucleotide consisting of 5 to 100 consecutive nucleotide sequences comprising the above 71,433,572 base in which the 71,433,572 base of the human chromosome 2 is C or T, or a complementary polynucleotide thereof,
In the above, the 132,075,759th base of human chromosome 3 is T;
The 138,556,052th base of human chromosome 9 is G;
The 125,108,977 base of human chromosome 8 is C;
The 50,907,179th base of human chromosome 18 is A;
The 238,462,725th base of human chromosome 2 is T;
156,883,493 base of human chromosome 1 is G;
The 83,945,288th base of human chromosome 16 is G;
141,462,748 base of human chromosome 3 is A;
The 55,000th, 94th base of human chromosome 20 is A;
The 151,538,412th base of human chromosome 1 is A; or
If C 71,433,572 of human chromosome 2 is C, aerobic exercise sensitivity is high.
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