La présente divulgation concerne le domaine des technologies ARN (par exemple, compositions et méthodes) qui peuvent etre utilisées pour induire une réponse immunitaire contre le SRAS-CoV-2.The present disclosure relates to the field of RNA technologies (e.g., compositions and methods) that can be used to induce an immune response against SARS-CoV-2.
Le SARS-CoV-2 est apparu pour la première fois en 2019 et s’est rapidement propagé dans le monde entier, entraînant des millions de morts. Le développement et l’autorisation des vaccins de première génération contre le SARS-CoV-2 en moins de 12 mois ont constitué une avancée scientifique majeure qui a contribué à sauver d’innombrables vies. Depuis que ces vaccins initiaux ont été développés, le paysage de la maladie liée au SARS-CoV-2 a progressé, les chercheurs comprenant désormais mieux le virus SARS-CoV-2, la progression de la maladie et les réponses immunitaires provoquées par l’infection et les vaccins. Parallèlement, le SARS-CoV-2 a continué d’évoluer, avec l’apparition de milliers de variants dans le monde, dont beaucoup présentent des taux de croissance et un potentiel d’échappement immunitaire accrus par rapport aux souches initiales du SARS-CoV-2.SARS-CoV-2 first emerged in 2019 and rapidly spread worldwide, causing millions of deaths. The development and approval of first-generation SARS-CoV-2 vaccines in less than 12 months was a major scientific breakthrough that helped save countless lives. Since these initial vaccines were developed, the SARS-CoV-2 disease landscape has advanced, with researchers now better understanding the SARS-CoV-2 virus, disease progression, and the immune responses elicited by infection and vaccines. At the same time, SARS-CoV-2 has continued to evolve, with thousands of variants emerging worldwide, many of which exhibit increased growth rates and immune escape potential compared to the initial SARS-CoV-2 strains.
La présente invention concerne, entre autres, de nouvelles technologies d’ARN (par exemple, des compositions et des procédés) qui peuvent être utilisées pour induire une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, la réponse immunitaire induite par les technologies fournies ici est améliorée par rapport à la première génération de vaccins contre le SARS-CoV-2 approuvés (par exemple, les vaccins qui délivrent une protéine S du SARS-CoV-2 complète, y compris, par exemple, les vaccins à ARN formulés dans des LNP qui codent pour une protéine S complète stabilisée par préfusion, tels que Comirnaty de Pfizer et SpikeVax de Moderna). La réponse immunitaire améliorée fournie par les technologies décrites ici peut comporter, par exemple, des titres d’anticorps de neutralisation accrus contre un variant du SARS-CoV-2 de titres d’anticorps accrus et/ou concernés contre un éventail plus large de variants du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies ici sont plus puissantes que les vaccins de première génération (par exemple, elles peuvent induire des titres plus élevés d’anticorps neutralisants à une concentration donnée d’ARN et/ou des titres similaires d’anticorps neutralisants à une dose plus faible d’ARN). Dans certains modes de réalisation, l’ARN fourni ici est plus stable (par exemple, plus thermostable) par rapport aux vaccins contre le SARS-CoV-2 de première génération, ce qui peut être utile, par exemple, pour augmenter la durée de conservation des compositions pharmaceutiques, et/ou éliminer la nécessité de stocker et de transporter des compositions pharmaceutiques à des températures ultra-froides.The present invention relates, among other things, to novel RNA technologies (e.g., compositions and methods) that can be used to induce an immune response against SARS-CoV-2. In some embodiments, the immune response induced by the technologies provided herein is enhanced compared to the first generation of approved SARS-CoV-2 vaccines (e.g., vaccines that deliver a full-length SARS-CoV-2 S protein, including, for example, RNA vaccines formulated in LNPs that encode a prefusion-stabilized full-length S protein, such as Pfizer's Comirnaty and Moderna's SpikeVax). The enhanced immune response provided by the technologies described herein may include, for example, increased neutralizing antibody titers against a SARS-CoV-2 variant and/or increased antibody titers against a broader range of SARS-CoV-2 variants. In some embodiments, the technologies provided herein are more potent than first-generation vaccines (e.g., they may induce higher titers of neutralizing antibodies at a given concentration of RNA and/or similar titers of neutralizing antibodies at a lower dose of RNA). In some embodiments, the RNA provided herein is more stable (e.g., more heat-stable) compared to first-generation SARS-CoV-2 vaccines, which may be useful, for example, in increasing the shelf life of pharmaceutical compositions, and/or eliminating the need to store and transport pharmaceutical compositions at ultra-cold temperatures.
Les technologies fournies ici comportent, entre autres, des compositions immunogènes (par exemple, des compositions d’ARN), des procédés d’induction d’une réponse immunitaire et des procédés de préparation de compositions immunogènes. Dans certains modes de réalisation, une composition immunogène délivre un antigène du SARS-CoV-2 (par exemple, comprend un antigène du SARS-CoV-2 ou un acide nucléique codant pour un antigène SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, une composition immunogène délivre une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2, comportant, par exemple, un RBD, un NTD ou un sous-domaine S1 tronqué d’un virus contre le SARS-CoV-2, ou un variant de l’un quelconque des éléments précédents. Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies ici peuvent fournir une réponse immunitaire améliorée (par exemple, des titres d’anticorps de neutralisation plus élevés, une activation accrue des cellules B naïves et/ou des titres plus élevés d’anticorps reconnaissant un épitope unique) à un variant préoccupant, par rapport, par exemple, à une composition qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 complète.The technologies provided herein include, among others, immunogenic compositions (e.g., RNA compositions), methods of inducing an immune response, and methods of preparing immunogenic compositions. In some embodiments, an immunogenic composition delivers a SARS-CoV-2 antigen (e.g., comprises a SARS-CoV-2 antigen or a nucleic acid encoding a SARS-CoV-2 antigen). In some embodiments, an immunogenic composition delivers an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein, comprising, for example, a truncated RBD, NTD, or S1 subdomain of a virus against SARS-CoV-2, or a variant of any of the foregoing. In some embodiments, the technologies provided herein may provide an enhanced immune response (e.g., higher neutralizing antibody titers, increased activation of naive B cells, and/or higher titers of antibodies recognizing a unique epitope) to a variant of concern, compared to, for example, a composition that delivers a full-length SARS-CoV-2 S protein.
La présente invention fournit, entre autres, certaines indications sur la conception des antigènes du SARS-CoV-2 qui peuvent entraîner des améliorations significatives par rapport aux vaccins actuels (par exemple, les vaccins délivrant une protéine S du SARS-CoV-2 complète). Ces avantages comportent, par exemple, une expression antigénique accrue, des titres d’anticorps accrus (dans certains modes de réalisation, y compris des titres de neutralisation accrus), une efficacité accrue, une stabilité accrue (par exemple, une thermostabilité accrue), une neutralisation croisée améliorée et/ou une durabilité améliorée des réponses d’anticorps par rapport aux vaccins actuels contre le SARS-CoV-2 (par exemple, par rapport aux vaccins à ARN contre le SARS-CoV-2 de première génération qui délivrent une protéine de spicule complète (par exemple, le vaccin BNT162b2 (Comirnaty) et le vaccin mARN1273 (SpikeVax))).The present invention provides, among other things, certain insights into the design of SARS-CoV-2 antigens that may result in significant improvements over current vaccines (e.g., vaccines delivering a full-length SARS-CoV-2 S protein). These advantages include, for example, increased antigen expression, increased antibody titers (in some embodiments, including increased neutralization titers), increased efficacy, increased stability (e.g., increased thermostability), improved cross-neutralization, and/or improved durability of antibody responses compared to current SARS-CoV-2 vaccines (e.g., compared to first-generation SARS-CoV-2 RNA vaccines that deliver a full-length spike protein (e.g., BNT162b2 vaccine (Comirnaty) and mRNA1273 vaccine (SpikeVax)).
La présente invention fournit, entre autres, des indications sur les régions antigéniques de la protéine S du SARS-CoV-2 qui apportent une réponse immunitaire améliorée par rapport à la protéine S complète (par exemple, des titres de neutralisation accrus et/ou des réponses immunitaires plus durables). La présente invention fournit, entre autres, l’indication selon laquelle un sous-domaine S1 tronqué qui comprend une séquence endogène reliant les régions NTD et RBD peut induire une réponse immunitaire améliorée par rapport à une protéine S complète ou à un polypeptide comprenant un NTD et un RBD reliés via un lieur flexible hétérologue.The present invention provides, among other things, indications of antigenic regions of the SARS-CoV-2 S protein that provide an enhanced immune response compared to the full-length S protein (e.g., increased neutralization titers and/or longer-lasting immune responses). The present invention provides, among other things, the indication that a truncated S1 subdomain that includes an endogenous sequence linking the NTD and RBD regions can induce an enhanced immune response compared to a full-length S protein or a polypeptide comprising an NTD and an RBD linked via a heterologous flexible linker.
L’invention concerne également des conceptions améliorées de polypeptides destinés à être administrés via l’ARN, y compris l’identification de domaines préférés (par exemple, des peptides de signal sécrétoires et des régions transmembranaires) pour se lier aux antigènes du SARS-CoV-2 et leurs configurations qui entraînent une amélioration significative de l’expression de l’antigène et des réponses immunitaires. Ces conceptions améliorées comportent, par exemple, des peptides de signal sécrétoire améliorés, des régions transmembranaires, des domaines de multimérisation, des lieurs GS, des séquences nucléotidiques et des combinaisons et configurations de ceux-ci, chacun d’entre eux fournissant individuellement des améliorations significatives par rapport aux vaccins contre le SARS-CoV-2 existants, et qui peuvent être combinés pour produire un ARN avec une expression d’antigène et/ou une immunogénicité considérablement accrues.Also provided are improved designs of polypeptides for delivery via RNA, including the identification of preferred domains (e.g., secretory signal peptides and transmembrane regions) for binding to SARS-CoV-2 antigens and configurations thereof that result in significantly enhanced antigen expression and immune responses. These improved designs include, for example, improved secretory signal peptides, transmembrane regions, multimerization domains, GS linkers, nucleotide sequences, and combinations and configurations thereof, each of which individually provides significant improvements over existing SARS-CoV-2 vaccines, and which can be combined to produce RNA with significantly enhanced antigen expression and/or immunogenicity.
Dans certains modes de réalisation, les compositions décrites ici peuvent être utilisées pour induire une réponse immunitaire considérablement améliorée par rapport à une composition de référence. Dans certains modes de réalisation, la composition de référence comprend un ARN codant pour une protéine S du SARS-CoV-2 complète, comprenant éventuellement une ou plusieurs mutations qui stabilisent la confirmation de préfusion.In some embodiments, the compositions described herein may be used to induce a significantly enhanced immune response compared to a reference composition. In some embodiments, the reference composition comprises RNA encoding a full-length SARS-CoV-2 S protein, optionally comprising one or more mutations that stabilize prefusion confirmation.
Dans certains modes de réalisation, la réponse immunitaire améliorée comporte une réponse améliorée des cellules B. Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire améliorée des cellules B comprend l’induction d’un nombre accru de cellules B qui peuvent reconnaître une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire améliorée des cellules B comprend un nombre accru de cellules B qui peuvent reconnaître la région RBD d’une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire améliorée des cellules B comprend un nombre accru de cellules B qui peuvent reconnaître la région NTD d’une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le nombre de cellules B qui peuvent reconnaître la protéine S, le NTD ou le RBD est augmenté d’au moins 10 %, 20 %, 20 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 150 %, 200 %, 250 %, 300 %, 350 % ou 400 % par rapport au nombre de cellules B induites par une composition d’ARN délivrant une protéine S complète. Dans certains modes de réalisation, le nombre de cellules B qui peuvent reconnaître la protéine S, le NTD ou le RBD est augmenté d’une quantité dans une fourchette ayant une limite inférieure de 10 %, 20 %, 20 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, et une limite supérieure de 150 %, 200 %, 250 %, 300 %, 350 % ou 400 % par rapport au nombre de cellules B induites par une composition d’ARN délivrant une protéine S complète. Dans certains modes de réalisation, le nombre de cellules B qui peuvent reconnaître la protéine S, le NTD ou le RBD est augmenté d’environ 10 % à environ 1 000 %, d’environ 10 % à environ 600 %, d’environ 10 % à environ 500 %, d’environ 100 % à environ 500 %, d’au moins environ 100 %, d’au moins environ 200 %, d’au moins environ 400 %, ou d’au moins environ 500 %. Dans certains modes de réalisation, le nombre de cellules B pouvant reconnaître la protéine S, le NTD ou le RBD est augmenté d’au moins environ 200 %.In some embodiments, the enhanced immune response comprises an enhanced B cell response. In some embodiments, an enhanced B cell immune response comprises inducing an increased number of B cells that can recognize a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, an enhanced B cell immune response comprises an increased number of B cells that can recognize the RBD region of a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, an enhanced B cell immune response comprises an increased number of B cells that can recognize the NTD region of a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, the number of B cells that can recognize the S protein, NTD, or RBD is increased by at least 10%, 20%, 20%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 250%, 300%, 350%, or 400% relative to the number of B cells induced by an RNA composition delivering a full-length S protein. In some embodiments, the number of B cells that can recognize the S protein, NTD, or RBD is increased by an amount within a range having a lower limit of 10%, 20%, 20%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, and an upper limit of 150%, 200%, 250%, 300%, 350%, or 400% relative to the number of B cells induced by an RNA composition delivering a full-length S protein. In some embodiments, the number of B cells that can recognize the S protein, NTD, or RBD is increased by about 10% to about 1000%, about 10% to about 600%, about 10% to about 500%, about 100% to about 500%, at least about 100%, at least about 200%, at least about 400%, or at least about 500%. In some embodiments, the number of B cells that can recognize the S protein, NTD, or RBD is increased by at least about 200%.
Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire améliorée comporte des titres accrus d’anticorps qui peuvent neutraliser un virus contre le SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, les titres d’anticorps neutralisants sont augmentés d’au moins 10 %, 20 %, 20 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 150 %, 200 %, 250 %, 300 %, 350 %, ou 400 % par rapport au nombre de cellules B induites par une composition d’ARN délivrant une protéine S complète. Dans certains modes de réalisation, les titres d’anticorps neutralisants sont augmentés d’une quantité comprise dans une fourchette ayant une limite inférieure de 10 %, 20 %, 20 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, et une limite supérieure de 150 %, 200 %, 250 %, 300 %, 350 % ou 400 % par rapport au nombre de cellules B induites par une composition d’ARN délivrant une protéine S complète. Dans certains modes de réalisation, les titres d’anticorps neutralisants sont augmentés d’environ 10 % à environ 1 000 %, d’environ 10 % à environ 600 %, d’environ 10 % à environ 500 %, d’environ 100 % à environ 500 %, d’au moins environ 100 %, d’au moins environ 200 %, d’au moins environ 400 %, ou d’au moins environ 500 %. Dans certains modes de réalisation, les titres d’anticorps neutralisants sont augmentés d’au moins environ 200 %. Dans certains modes de réalisation, les titres d’anticorps neutralisants sont augmentés d’au moins environ 400 %.In some embodiments, an enhanced immune response includes increased titers of antibodies that can neutralize a virus against SARS-CoV-2. In some embodiments, the neutralizing antibody titers are increased by at least 10%, 20%, 20%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 250%, 300%, 350%, or 400% relative to the number of B cells induced by an RNA composition delivering a full-length S protein. In some embodiments, neutralizing antibody titers are increased by an amount within a range having a lower limit of 10%, 20%, 20%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, and an upper limit of 150%, 200%, 250%, 300%, 350% or 400% relative to the number of B cells induced by an RNA composition delivering a full-length S protein. In some embodiments, neutralizing antibody titers are increased by about 10% to about 1000%, about 10% to about 600%, about 10% to about 500%, about 100% to about 500%, at least about 100%, at least about 200%, at least about 400%, or at least about 500%. In some embodiments, neutralizing antibody titers are increased by at least about 200%. In some embodiments, neutralizing antibody titers are increased by at least about 400%.
Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies ici peuvent fournir un effet d’économie de dose (c’est-à-dire nécessite une quantité moindre d’ARN nécessaire pour produire une réponse immunitaire donnée). Par exemple, comme cela a été démontré dans les exemples de la présente invention, dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut fournir un effet d’économie de dose d’au moins environ 2 fois. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut fournir un effet d’économie de dose d’au moins environ 3 fois. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut fournir un effet d’économie de dose d’au moins environ 4 fois. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut fournir un effet d’économie de dose d’au moins environ 5 fois.In some embodiments, the technologies provided herein may provide a dose-sparing effect (i.e., require a lesser amount of RNA than is necessary to produce a given immune response). For example, as demonstrated in the examples herein, in some embodiments, a composition described herein may provide a dose-sparing effect of at least about 2-fold. In some embodiments, a composition described herein may provide a dose-sparing effect of at least about 3-fold. In some embodiments, a composition described herein may provide a dose-sparing effect of at least about 4-fold. In some embodiments, a composition described herein may provide a dose-sparing effect of at least about 5-fold.
Dans certains modes de réalisation, un variant de protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) a une séquence d’acides aminés qui est au moins identique à 80 % à celle d’une protéine S du SARS-CoV-2 de référence (ou à une séquence d’acides aminés de la partie correspondante d’une protéine S du SARS-CoV-2 de référence).In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) has an amino acid sequence that is at least 80% identical to that of a reference SARS-CoV-2 S protein (or to an amino acid sequence of the corresponding portion of a reference SARS-CoV-2 S protein).
Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’un variant de protéine S du SARS-CoV-2 ne comprend pas de domaine S2.In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant does not include an S2 domain.
Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’un variant de protéine S du SARS-CoV-2 comprend ou est constituée d’un domaine S1, d’un sous-domaine S1 tronqué ou d’un domaine de liaison au récepteur (RBD), ou d’un variant de l’un quelconque des précédents.In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant comprises or consists of an S1 domain, a truncated S1 subdomain, or a receptor binding domain (RBD), or a variant of any of the foregoing.
Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’un variant de protéine S du SARS-CoV-2 comprend le RBD ou est constituée de celui-ci.In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant comprises or consists of the RBD.
Dans certains modes de réalisation, un ARN code pour un antigène du SARS-CoV-2 comprenant une ou plusieurs mutations d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un variant du SARS-CoV-2 est un variant préoccupant ou est prédit comme devenant un variant préoccupant (par exemple, par une organisation de santé, y compris, par exemple, l’OMS ou le CDC (Centres pour le contrôle et la prévention des maladies)). Dans certains modes de réalisation, un variant du SARS-CoV-2 se développe rapidement dans une région et/ou présente un potentiel d’échappement immunitaire accru par rapport aux virus du SARS-CoV-2 actuellement répandus. Dans certains modes de réalisation, un ARN code pour un antigène du SARS-CoV-2 qui comprend une ou plusieurs mutations d’un variant contre lequel une organisation de santé a recommandé de fournir des vaccins mis à jour de manière saisonnière.In some embodiments, an RNA encodes a SARS-CoV-2 antigen comprising one or more mutations of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, a SARS-CoV-2 variant is a variant of concern or is predicted to become a variant of concern (e.g., by a health organization, including, for example, the WHO or the CDC). In some embodiments, a SARS-CoV-2 variant is rapidly expanding in a region and/or exhibits increased immune escape potential compared to currently prevalent SARS-CoV-2 viruses. In some embodiments, an RNA encodes a SARS-CoV-2 antigen that comprises one or more mutations of a variant against which a health organization has recommended providing seasonally updated vaccines.
Dans certains modes de réalisation, un variant de protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend une ou plusieurs mutations associées à un variant du SARS-CoV-2 qui a un potentiel d’échappement immunitaire élevé (par exemple, un variant préoccupant).In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) comprises one or more mutations associated with a SARS-CoV-2 variant that has high immune escape potential (e.g., a variant of concern).
Dans certains modes de réalisation, il a été déterminé qu’un variant du SARS-CoV-2 avait un potentiel d’échappement immunitaire élevé à l’aide d’un testin vitro(par exemple, un test de neutralisation virale), d’une analysein silico(par exemple, une analyse de séquence et/ou des simulations de dynamique moléculaire), et/ou sur la base de taux d’infection et/ou de taux de croissance.In some embodiments, a SARS-CoV-2 variant has been determined to have high immune escape potential using anin vitro assay (e.g. , a virus neutralization assay),in silico analysis (e.g., sequence analysis and/or molecular dynamics simulations), and/or based on infection rates and/or growth rates.
Dans certains modes de réalisation, un variant du SARS-CoV-2 avec un potentiel d’échappement immunitaire élevé est un variant d’Omicron.In some embodiments, a SARS-CoV-2 variant with high immune escape potential is an Omicron variant.
Dans certains modes de réalisation, un variant du SARS-CoV-2 est un variant XBB (par exemple, un variant XBB.1 ou XBB.1.5), un variant BQ.1, un variant BA.2.86, un variant JN.1, un variant KP.2, ou un descendant de l’un quelconque des éléments précédents.In some embodiments, a SARS-CoV-2 variant is an XBB variant (e.g., an XBB.1 or XBB.1.5 variant), a BQ.1 variant, a BA.2.86 variant, a JN.1 variant, a KP.2 variant, or a descendant of any of the foregoing.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations associées à un variant XBB.1.5 sont T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H et N969K, où les positions de la ou des plusieurs mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO (numéro d’identification des séquences) : 1.In some embodiments, one or more mutations associated with an XBB.1.5 variant are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H and N969K, where the positions of the one or more mutations are indicated relative to SEQ ID NO (sequence identification number): 1.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations associées à un RBD de XBB.1.5 sont G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y et Y505H, où les positions de la ou des plusieurs mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations associated with an RBD of XBB.1.5 are G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y and Y505H, wherein the positions of the one or more mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations associées à un domaine S1 XBB.1.5 sont T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, et P681H, où les positions de la ou des mutations plusieurs sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations associated with an XBB.1.5 S1 domain are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, and P681H, wherein the positions of the mutation(s) are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations associées à un variant XBB.1.5 sont T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, où les positions de la ou des mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations associated with an XBB.1.5 variant are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, where the positions of the mutation(s) are indicated compared to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations associées à un S1 XBB.1.5 sont T19I, Δ24- 26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, où les positions de la ou des plusieurs mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations associated with an S1 XBB.1.5 are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, wherein the positions of the one or more mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène d’un variant de protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 3.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 3.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène d’un variant de protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 5.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 5.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide de variant comprend un signal de sécrétion. Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion est un signal de sécrétion homologue. Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion est un signal de sécrétion hétérologue.In some embodiments, a variant polypeptide comprises a secretion signal. In some embodiments, a secretion signal is a homologous secretion signal. In some embodiments, a secretion signal is a heterologous secretion signal.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion est présent dans la partie N-terminale d’un polypeptide (par exemple, au niveau de l’extrémité N-terminale).In some embodiments, a secretion signal is present in the N-terminal portion of a polypeptide (e.g., at the N-terminus).
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion est un signal de sécrétion de protéine S du SARS-CoV-2, un signal de sécrétion gD2, un signal de sécrétion gD1, un signal de sécrétion gB1, un signal de sécrétion gI2, un signal de sécrétion gE2, un signal de sécrétion Eboz ou un signal de sécrétion HLA-DR.In some embodiments, a secretion signal is a SARS-CoV-2 S protein secretion signal, a gD2 secretion signal, a gD1 secretion signal, a gB1 secretion signal, a gI2 secretion signal, a gE2 secretion signal, an Eboz secretion signal, or an HLA-DR secretion signal.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de protéine S du SARS-CoV-2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 15.In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 15.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion du SARS-CoV-2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 9.In some embodiments, a SARS-CoV-2 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 9.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion du SARS-CoV-2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 16.In some embodiments, a SARS-CoV-2 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 16.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de gD2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 8.In some embodiments, a gD2 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 8.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de gD2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 13In some embodiments, a gD2 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 13
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de gD1 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 12In some embodiments, a gD1 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 12
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de gB1 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 37.In some embodiments, a gB1 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 37.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide de gC2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 35.In some embodiments, a gC2 polypeptide comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 35.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de gl2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 11.In some embodiments, a gl2 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 11.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de gE2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 38.In some embodiments, a gE2 secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 38.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion de EboZ comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 39.In some embodiments, an EboZ secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 39.
Dans certains modes de réalisation, un signal de sécrétion HLA-DR comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 40.In some embodiments, an HLA-DR secretion signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 40.
Dans certains modes de réalisation, un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend un domaine de multimérisation.In some embodiments, a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) comprises a multimerization domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation se trouve dans la région C-terminale d’une protéine du variant du SARS-COV-2 ou d’une partie immunogène de celle-ci (par exemple, au niveau de l’extrémité C terminale).In some embodiments, a multimerization domain is located in the C-terminal region of a SARS-COV-2 variant protein or an immunogenic portion thereof (e.g., at the C terminus).
Dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation est un domaine de trimérisation de la fibritine.In some embodiments, a multimerization domain is a fibritin trimerization domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine de trimérisation de la fibritine comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 95.In some embodiments, a fibritin trimerization domain comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 95.
Dans certains modes de réalisation, un domaine de trimérisation de la fibritine comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 96.In some embodiments, a fibritin trimerization domain comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 96.
Dans certains modes de réalisation, un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend un domaine transmembranaire (TM).In some embodiments, a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) comprises a transmembrane (TM) domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine TM est un domaine TM homologue.In some embodiments, a TM domain is a homologous TM domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine TM est un domaine TM hétérologue.In some embodiments, a TM domain is a heterologous TM domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine TM est présent dans la partie C-terminale d’un polypeptide (par exemple, au niveau de l’extrémité C-terminale).In some embodiments, a TM domain is present in the C-terminal portion of a polypeptide (e.g., at the C-terminus).
Dans certains modes de réalisation, un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend un domaine de multimérisation et un domaine TM dans la partie C-terminale du polypeptide, dans lequel le domaine TM est C-terminal par rapport au domaine de multimérisation (par exemple, le domaine TM est à l’extrémité C-terminale du polypeptide du variant et le domaine de multimérisation est adjacent au domaine TM (par exemple, directement adjacent au domaine TM et/ou relié au domaine TM via un lieur GS)).In some embodiments, a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) comprises a multimerization domain and a TM domain in the C-terminal portion of the polypeptide, wherein the TM domain is C-terminal to the multimerization domain (e.g., the TM domain is at the C-terminus of the variant polypeptide and the multimerization domain is adjacent to the TM domain (e.g., directly adjacent to the TM domain and/or connected to the TM domain via a GS linker)).
Dans certains modes de réalisation, un domaine TM est un domaine TM de la protéine S du SARS-CoV-2 ou un domaine TM de la grippe.In some embodiments, a TM domain is a SARS-CoV-2 S protein TM domain or an influenza TM domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine TM du SARS-CoV-2 comprend une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 89.In some embodiments, a SARS-CoV-2 TM domain comprises an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 89.
Dans certains modes de réalisation, un domaine TM du SARS-CoV-2 comprend une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 90.In some embodiments, a TM domain of SARS-CoV-2 comprises an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 90.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 120.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 120.
Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 130.In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 130.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 135.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 135.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 145.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 145.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 150.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 150.
Dans certains modes de réalisation, une séquence nucléotidique qui code pour un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) est optimisée par codons pour l’expression chez des sujets mammifères.In some embodiments, a nucleotide sequence that encodes a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) is codon-optimized for expression in mammalian subjects.
Dans certains modes de réalisation, une séquence nucléotidique qui code pour un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) est optimisée par codons pour l’expression chez des sujets humains.In some embodiments, a nucleotide sequence that encodes a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) is codon-optimized for expression in human subjects.
Dans certains modes de réalisation, une séquence nucléotidique codant pour un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) a une teneur en G/C enrichie par rapport à la séquence de type sauvage.In some embodiments, a nucleotide sequence encoding a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) has an enriched G/C content relative to the wild-type sequence.
Dans certains modes de réalisation, la teneur en G/C est augmentée d’au moins environ 5 %, d’au moins environ 10 %, d’au moins environ 15 %, d’au moins environ 20 %, d’au moins environ 25 %, d’au moins environ 30 %, d’au moins environ 35 %, d’au moins environ 40 %, d’au moins environ 45 %, ou d’au moins environ 50 %.In some embodiments, the G/C content is increased by at least about 5%, at least about 10%, at least about 15%, at least about 20%, at least about 25%, at least about 30%, at least about 35%, at least about 40%, at least about 45%, or at least about 50%.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une 3’ UTR ou une 5’ UTR hétérologue.In some embodiments, an RNA comprises a heterologous 3' UTR or 5' UTR.
Dans certains modes de réalisation, une 5’ UTR hétérologue comprend ou est constitué d’une 5’-UTR d’alpha-globine humaine modifiée.In some embodiments, a heterologous 5' UTR comprises or consists of a modified human alpha-globin 5'-UTR.
Dans certains modes de réalisation, une 3’ UTR hétérologue comprend ou est constituée d’une première séquence provenant de l’amplificateur amino terminal de l’ARN messager divisé (AES) et d’une seconde séquence provenant de l’ARN ribosomique 12S codé mitochondrial.In some embodiments, a heterologous 3' UTR comprises or consists of a first sequence from the amino terminal enhancer of split messenger RNA (AES) and a second sequence from mitochondrially encoded 12S ribosomal RNA.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence poly(A).In some embodiments, an RNA comprises a poly(A) sequence.
Dans certains modes de réalisation, une séquence poly(A) a une longueur d’environ 100 à 150 nucléotides.In some embodiments, a poly(A) sequence is about 100 to 150 nucleotides in length.
Dans certains modes de réalisation, une séquence poly(A) est une séquence poly(A) rompue.In some embodiments, a poly(A) sequence is a disrupted poly(A) sequence.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une coiffe en 5’.In some embodiments, an RNA comprises a 5' cap.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 122 ou 124.In some embodiments, an RNA comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 122 or 124.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 131 ou 133.In some embodiments, an RNA comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 131 or 133.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 136 ou 138.In some embodiments, an RNA comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 136 or 138.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 146 ou 148.In some embodiments, an RNA comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 146 or 148.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 151 ou 153.In some embodiments, an RNA comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 151 or 153.
Dans certains modes de réalisation, un ARN est un ARN non modifié.In some embodiments, an RNA is an unmodified RNA.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend un ou plusieurs nucléotides modifiés.In some embodiments, an RNA comprises one or more modified nucleotides.
Dans certains modes de réalisation, un nucléotide modifié est la pseudouridine (par exemple, la N1-méthyl-pseudouridine).In some embodiments, a modified nucleotide is pseudouridine (e.g., N1-methyl-pseudouridine).
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend un nucléotide modifié à la place de chaque uridine.In some embodiments, an RNA comprises a modified nucleotide in place of each uridine.
Dans certains modes de réalisation, un ARN est un ARN auto-amplificateur ou un ARN trans-amplificateur.In some embodiments, an RNA is a self-amplifying RNA or a trans-amplifying RNA.
Dans certains modes de réalisation, une composition contient un ARN décrit ici, dans laquelle l’ARN est entièrement ou partiellement encapsulé dans des nanoparticules lipidiques (LNP), des polyplexes (PLX), des polyplexes lipidés (LPLX), des particules d’oligo- ou de polysaccharide, ou des liposomes. Dans certains modes de réalisation, un ARN est entièrement ou partiellement encapsulé dans une LNP. Dans certains modes de réalisation, une LNP comprend un lipide ionisable cationiquement, un lipide neutre, un stérol et un conjugué lipidique.In some embodiments, a composition contains an RNA described herein, wherein the RNA is fully or partially encapsulated in lipid nanoparticles (LNPs), polyplexes (PLXs), lipidated polyplexes (LPLXs), oligo- or polysaccharide particles, or liposomes. In some embodiments, an RNA is fully or partially encapsulated in an LNP. In some embodiments, an LNP comprises a cationically ionizable lipid, a neutral lipid, a sterol, and a lipid conjugate.
Dans certains modes de réalisation, une LNP comprend d’environ 40 à environ 50 pour cent en moles du lipide ionisable cationiquement ; d’environ 5 à environ 15 pour cent en moles du lipide neutre ; d’environ 35 à environ 45 pour cent en moles du stérol ; et d’environ 1 à environ 10 pour cent en moles du lipide PEG.In some embodiments, an LNP comprises from about 40 to about 50 mole percent of the cationically ionizable lipid; from about 5 to about 15 mole percent of the neutral lipid; from about 35 to about 45 mole percent of the sterol; and from about 1 to about 10 mole percent of the PEG lipid.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention concerne un procédé d’induction d’une réponse immunitaire, comprenant l’administration d’un ARN décrit ici, ou d’une composition décrite ici.In some embodiments, the present invention provides a method of inducing an immune response, comprising administering an RNA described herein, or a composition described herein.
Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire est induite chez un sujet qui a précédemment reçu une ou plusieurs doses d’un ou de plusieurs vaccins délivrant une protéine S du SARS-CoV-2 de référence.In some embodiments, an immune response is induced in a subject who has previously received one or more doses of one or more vaccines delivering a reference SARS-CoV-2 S protein.
Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire comprend une réponse immunitaire des cellules B naïves.In some embodiments, an immune response comprises a naive B cell immune response.
Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire comprend une réponse immunitaire réduite des cellules B mémoire ou une réponse immunitaire qui ne comprend pas de réponse immunitaire des cellules B mémoire.In some embodiments, an immune response comprises a reduced memory B cell immune response or an immune response that does not include a memory B cell immune response.
Dans certains modes de réalisation, un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou une partie immunogène de celle-ci comprend une séquence qui correspond à une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 de référence.In some embodiments, a variant of the SARS-CoV-2 S protein or an immunogenic portion thereof comprises a sequence that corresponds to an immunogenic portion of a reference SARS-CoV-2 S protein.
Dans certains modes de réalisation, un ARN ou une composition est administré à un sujet précédemment exposé à un antigène du SARS-CoV-2 (par exemple, par vaccination ou par infection antérieure, où l’infection antérieure a été déterminée, par exemple, par un résultat positif de PCR et/ou de test de diagnostic d’antigène).In some embodiments, an RNA or composition is administered to a subject previously exposed to a SARS-CoV-2 antigen (e.g., by vaccination or by prior infection, where prior infection was determined, e.g., by a positive PCR and/or antigen diagnostic test result).
Dans certains modes de réalisation, une protéine S du SARS-CoV-2 de référence ou une partie immunogène de celle-ci provient d’une souche ou d’un variant du SARS-CoV-2 qui était auparavant répandue ou qui est actuellement répandue dans un territoire concerné.In some embodiments, a reference SARS-CoV-2 S protein or an immunogenic portion thereof is derived from a SARS-CoV-2 strain or variant that was previously prevalent or is currently prevalent in a relevant territory.
Dans certains modes de réalisation, les antigènes décrits ici peuvent être modifiés pour incorporer des séquences et/ou des mutations provenant de deux variants ou plus du SARS-CoV-2 (par exemple, des épitopes provenant de RBD, de protéines S et/ou de domaines S1 provenant de deux variants ou plus du SARS-CoV-2). Par exemple, dans certains de ces modes de réalisation, des mutations d’un ou de plusieurs variants du SARS-CoV-2 peuvent être introduites dans des épitopes conservés d’une protéine S du variant du SARS-CoV-2, ou d’une partie immunogène de celle-ci (par exemple, un domaine S1 ou un RBD). Une telle ingénierie peut être utile, par exemple, pour éliminer des épitopes de cellules B supplémentaires (par exemple, des épitopes de cellules B conservés). Des exemples d’approches pour introduire des mutations ou des séquences provenant de deux variants ou plus du SARS-CoV-2 sont décrits, par exemple, dans la demande provisoire américaine intitulée « Systems and Methods for Engineering Antigens to Promote Tailored Immune Responses », déposée le 24 février 2023 et ayant reçu le n° 63/448 215 de demande provisoire américaine. Ladite demande décrit, entre autres, des technologies visant à la conceptionin silicod’antigènes personnalisés et modifiés (par exemple, comprenant des versions modifiées de protéines du variant du SARS-CoV 2 et de parties de celles-ci) pour réduire le degré auquel une réponse immunitaire mémoire est déclenchée.In some embodiments, the antigens described herein may be engineered to incorporate sequences and/or mutations from two or more SARS-CoV-2 variants (e.g., epitopes from RBDs, S proteins, and/or S1 domains from two or more SARS-CoV-2 variants). For example, in some of these embodiments, mutations from one or more SARS-CoV-2 variants may be introduced into conserved epitopes of a S protein of the SARS-CoV-2 variant, or an immunogenic portion thereof (e.g., an S1 domain or an RBD). Such engineering may be useful, for example, to remove additional B cell epitopes (e.g., conserved B cell epitopes). Exemplary approaches for introducing mutations or sequences from two or more SARS-CoV-2 variants are described, for example, in the U.S. Provisional Application titled “Systems and Methods for Engineering Antigens to Promote Tailored Immune Responses,” filed on February 24, 2023, and assigned U.S. Provisional Application No. 63/448,215. The application describes, among other things, technologies for thein silico design of customized and engineered antigens (e.g., comprising modified versions of SARS-CoV 2 variant proteins and parts thereof) to reduce the degree to which a memory immune response is triggered.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide, dans lequel le polypeptide comprend le codage d’un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un fragment immunogène comprend un domaine de liaison au récepteur (RBD) d’une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un RBD d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend une séquence d’acides aminés provenant de la région correspondant aux acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, 330 à 528 de SEQ ID NO : 1, aux acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, ou aux acides aminés 330 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un domaine N-terminal (NTD). Dans certains modes de réalisation, un NTD d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les acides aminés 14 à 209, 14 à 303, 20 à 318 ou 20 à 302 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2, ou un fragment immunogène de celle-ci. Dans certains modes de réalisation, un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un RBD et un NTD d’une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celle-ci. Dans certains modes de réalisation, un RBD se trouve à l’extrémité C-terminale du sous-domaine S1 tronqué (par exemple, dans lequel le RBD comprend les acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, 330 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, ou les acides aminés 330 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents d’un variant du SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci comprend les acides aminés 14 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 17 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO 1, les acides aminés 14 à 541 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 17 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou les acides aminés 20 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque de ceux-ci provenant d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide, wherein the polypeptide comprises encoding an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, an immunogenic fragment comprises a receptor binding domain (RBD) of a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, an RBD of a SARS-CoV-2 S protein comprises an amino acid sequence from the region corresponding to amino acids 327-528 of SEQ ID NO: 1, 330-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 327-528 of SEQ ID NO: 1, or amino acids 330-541 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein comprises an N-terminal domain (NTD). In some embodiments, an NTD of a SARS-CoV-2 S protein comprises amino acids 14-209, 14-303, 20-318, or 20-302 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing of an SARS-CoV-2 variant S protein. In some embodiments, an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein comprises an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein, or an immunogenic fragment thereof. In some embodiments, an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein comprises an RBD and an NTD of a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein comprises a truncated S1 subdomain or a variant thereof. In some embodiments, an RBD is located at the C-terminus of the truncated S1 subdomain (e.g., wherein the RBD comprises amino acids 327-528 of SEQ ID NO: 1, 330-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 327-528 of SEQ ID NO: 1, or amino acids 330-541 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing of a SARS-CoV-2 variant). In some embodiments, a truncated S1 subdomain or variant thereof comprises amino acids 14-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 17-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 20-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 14-541 of SEQ ID NO: 1, amino acids 17-541 of SEQ ID NO: 1, or amino acids 20-541 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of these from an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant un peptide signal sécrétoire (par exemple, un peptide signal sécrétoire d’une protéine virale), éventuellement dans lequel le peptide signal sécrétoire se trouve à l’extrémité N-terminale. Dans certains modes de réalisation, un peptide signal sécrétoire est un peptide signal sécrétoire d’une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un peptide signal sécrétoire est un peptide signal sécrétoire hétérologue.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising a secretory signal peptide (e.g., a secretory signal peptide of a viral protein), optionally wherein the secretory signal peptide is at the N-terminus. In some embodiments, a secretory signal peptide is a secretory signal peptide of a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, a secretory signal peptide is a heterologous secretory signal peptide.
Dans certains modes de réalisation, un peptide signal sécrétoire hétérologue est un peptide signal sécrétoire d’une protéine virale qui n’est pas une protéine S du SARS-CoV-2.In some embodiments, a heterologous secretory signal peptide is a secretory signal peptide of a viral protein that is not a SARS-CoV-2 S protein.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire (par exemple, un peptide signal sécrétoire d’une protéine virale). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire qui comprend (i) une séquence d’acides aminés qui est répertoriée dans le tableau 2 ou le tableau XXXI, ou sur la
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP24-Q7PUJ5_ANOGA (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant une séquence d’acides aminés de MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO : 22) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO : 22)).In some embodiments, a polypeptide comprises a secretory signal peptide SP24-Q7PUJ5_ANOGA (e.g., a secretory signal peptide comprising an amino acid sequence of MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO: 22) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO: 22)).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP24-SP18-HEMA_CVBM (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant la séquence d’acides aminés de MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO : 391) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO : 391).In some embodiments, a polypeptide comprises a secretory signal peptide SP24-SP18-HEMA_CVBM (e.g., a secretory signal peptide comprising the amino acid sequence of MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO: 391) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO: 391).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP25-GD_HHV1K (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant une séquence d’acides aminés de MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12).In some embodiments, a polypeptide comprises a secretory signal peptide SP25-GD_HHV1K (e.g., a secretory signal peptide comprising an amino acid sequence of MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal de sécrétion SP32-GBD_HHV1K (par exemple, un peptide signal de sécrétion comprenant la séquence d’acides aminés de MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO : 38) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO : 38).In some embodiments, a polypeptide comprises a secretion signal peptide SP32-GBD_HHV1K (e.g., a secretion signal peptide comprising the amino acid sequence of MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO: 38) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO: 38).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP20-A7U881_HHV2 (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant la séquence d’acides aminés de MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO : 366) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO : 366).In some embodiments, a polypeptide comprises a secretory signal peptide SP20-A7U881_HHV2 (e.g., a secretory signal peptide comprising the amino acid sequence of MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO: 366) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO: 366).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire du SARS-CoV-2 (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant la séquence d’acides aminés de l’un des peptides signal sécrétoire du SARS-CoV-2 fournis dans le tableau 2 ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à une ou plusieurs des séquences d’acides aminés du peptide signal sécrétoire du SARS-CoV-2 fournies dans le tableau 2.In some embodiments, a polypeptide comprises a SARS-CoV-2 secretory signal peptide (e.g., a secretory signal peptide comprising the amino acid sequence of one of the SARS-CoV-2 secretory signal peptides provided in Table 2 or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to one or more of the SARS-CoV-2 secretory signal peptide amino acid sequences provided in Table 2.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un domaine transmembranaire. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire comprend également une séquence d’acides aminés qui est adjacente à une membrane dans sa protéine endogène. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire comprend un domaine transmembranaire et une région adjacente à la membrane provenant de la même protéine.In some embodiments, a polypeptide comprises a transmembrane domain. In some embodiments, a transmembrane region also comprises an amino acid sequence that is adjacent to a membrane in its endogenous protein. In some embodiments, a transmembrane region comprises a transmembrane domain and a membrane-adjacent region from the same protein.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un domaine transmembranaire. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire provient d’une protéine membranaire virale. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire est un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire est obtenu à partir d’une protéine virale qui n’est pas une protéine S du SARS-CoV-2.In some embodiments, a polypeptide comprises a transmembrane domain. In some embodiments, a transmembrane domain is derived from a viral membrane protein. In some embodiments, a transmembrane domain is a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, a transmembrane domain is derived from a viral protein that is not a SARS-CoV-2 S protein.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire est un domaine transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, dans lequel le domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC, ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC).In some embodiments, a transmembrane domain is a transmembrane domain of the SARS-CoV-2 S protein (e.g., wherein the transmembrane domain comprises an amino acid sequence of EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC, or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC).
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire est un domaine transmembranaire hétérologue.In some embodiments, a transmembrane domain is a heterologous transmembrane domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire hétérologue est un domaine transmembranaire d’une protéine virale qui n’est pas une protéine S du SARS-CoV-2.In some embodiments, a heterologous transmembrane domain is a transmembrane domain of a viral protein that is not a SARS-CoV-2 S protein.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire est capable d’induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation).In some embodiments, a transmembrane domain is capable of inducing multimerization (e.g., trimerization).
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire comprend un domaine transmembranaire qui est répertorié dans le tableau 4 (par exemple, comprenant une séquence d’acides aminés fournie dans le tableau 4 ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à une séquence d’acides aminés répertoriée dans le tableau 4) et/ou dans lequel le domaine transmembranaire est codé par une séquence nucléotidique qui est répertoriée dans le tableau 5 ou au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à une séquence nucléotidique répertoriée dans le tableau 5).In some embodiments, a transmembrane domain comprises a transmembrane domain that is listed in Table 4 (e.g., comprising an amino acid sequence provided in Table 4 or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to an amino acid sequence listed in Table 4) and/or wherein the transmembrane domain is encoded by a nucleotide sequence that is listed in Table 5 or at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to a nucleotide sequence listed in Table 5).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend, adjacente en C-terminal au domaine transmembranaire, une séquence qui est endogènement en C-terminal au domaine transmembranaire et adjacente à la membrane dans sa protéine native.In some embodiments, a polypeptide comprises, C-terminally adjacent to the transmembrane domain, a sequence that is endogenously C-terminal to the transmembrane domain and adjacent to the membrane in its native protein.
Dans certains modes de réalisation, une séquence qui est endogènement C-terminale au domaine transmembranaire et adjacente à la membrane plasmique est MTSCCSCLKGCCSCGSCC, ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MTSCCSCLKGCCSCGSCC.In some embodiments, a sequence that is endogenously C-terminal to the transmembrane domain and adjacent to the plasma membrane is MTSCCSCLKGCCSCGSCC, or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MTSCCSCLKGCCSCGSCC.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 90.In some embodiments, a transmembrane domain comprises an amino acid sequence of SEQ ID NO: 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 90.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un domaine de multimérisation soluble (par exemple, un domaine de trimérisation, par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ne comprend pas un domaine de multimérisation soluble (par exemple, un domaine de trimérisation, par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un domaine transmembranaire qui peut induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation), et le polypeptide est dépourvu de domaine peptidique soluble.In some embodiments, a polypeptide comprises a soluble multimerization domain (e.g., a trimerization domain, e.g., a T4 fibritin trimerization domain). In some embodiments, a polypeptide does not comprise a soluble multimerization domain (e.g., a trimerization domain, e.g., a T4 fibritin trimerization domain). In some embodiments, a polypeptide comprises a transmembrane domain that can induce multimerization (e.g., trimerization), and the polypeptide lacks a soluble peptide domain.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend :In some embodiments, a polypeptide comprises:
(1) un fragment d’un polypeptide S1 (par exemple, les acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1 ou une région correspondante d’un variant du SARS-CoV-2) ;(1) a fragment of an S1 polypeptide (e.g., amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1 or a corresponding region of a SARS-CoV-2 variant);
(2) un peptide signal sécrétoire (par exemple, un peptide signal sécrétoire SP24-Q7PUJ5_ANOGA, SP24-SP18-HEMA_CVBM, SP25-GD_HHV1K, SP32-GD_HHV1K ou SP20-A7U881_HHV2 décrit ici) ; et(2) a secretory signal peptide (e.g., a secretory signal peptide SP24-Q7PUJ5_ANOGA, SP24-SP18-HEMA_CVBM, SP25-GD_HHV1K, SP32-GD_HHV1K or SP20-A7U881_HHV2 described herein); and
(3) un domaine transmembranaire (par exemple, un domaine transmembranaire viral, un domaine transmembranaire d’une protéine S du coronavirus, un domaine transmembranaire d’une protéine HA du virus de la grippe ou un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2).(3) a transmembrane domain (e.g., a viral transmembrane domain, a transmembrane domain of a coronavirus S protein, a transmembrane domain of an influenza virus HA protein, or a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein).
Dans certains modes de réalisation, l’orientation N-terminale vers C-terminale du polypeptide est : (peptide signal sécrétoire)-(fragment d’un polypeptide S1)-(domaine transmembranaire). Dans certains modes de réalisation, (1) le peptide signal sécrétoire et le fragment d’un polypeptide S1 ; et/ou (2) le fragment d’un polypeptide S1 et le domaine transmembranaire sont reliés l’un à l’autre par un lieur (par exemple, un lieur artificiel, un lieur flexible, un lieur flexible comprenant une séquence GS). Dans certains modes de réalisation, une séquence GS comprend une séquence fournie dans le tableau 5. Dans certains modes de réalisation, une séquence GS comprend au moins 5, au moins 10, au moins 15 ou au moins 20 acides aminés (par exemple, des acides aminés G ou S). Dans certains modes de réalisation, une séquence GS comprend une séquence (G4S)1, (GRS)2, (G4S)3ou (G4S)4. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’un polypeptide S1 et un domaine transmembranaire sont reliés via un lieur flexible qui comprend 10 à 20 acides aminés (par exemple, environ 15 acides aminés).In some embodiments, the N-terminal to C-terminal orientation of the polypeptide is: (secretory signal peptide)-(fragment of an S1 polypeptide)-(transmembrane domain). In some embodiments, (1) the secretory signal peptide and the fragment of an S1 polypeptide; and/or (2) the fragment of an S1 polypeptide and the transmembrane domain are connected to each other by a linker (e.g., an artificial linker, a flexible linker, a flexible linker comprising a GS sequence). In some embodiments, a GS sequence comprises a sequence provided in Table 5. In some embodiments, a GS sequence comprises at least 5, at least 10, at least 15, or at least 20 amino acids (e.g., G or S amino acids). In some embodiments, a GS sequence comprises a (G4S)1, (GRS)2 , (G4S)3 , or (G4S)4 sequence. In some embodiments, a fragment of an S1 polypeptide and a transmembrane domain are connected via a flexible linker that comprises 10 to 20 amino acids (e.g., about 15 amino acids).
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S est adapté à une souche ou à un variant du SARS-CoV-2 (par exemple, un variant Omicron, un variant XBB.1.5, un variant JN.1, un variant KP.2, un variant XEC et/ou tout variant décrit dans la présente invention).In some embodiments, a fragment of an S protein is adapted to a strain or variant of SARS-CoV-2 (e.g., an Omicron variant, an XBB.1.5 variant, a JN.1 variant, a KP.2 variant, an XEC variant, and/or any variant described herein).
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 156 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 156 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 158 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 158 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 155, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 155.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 156 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 156; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 158 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 158; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 155, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 155.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 161 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 161 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 163 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 163 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 160, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 160.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 161 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 161; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 163 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 163; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 160, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 160.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 166 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 166 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 168 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 168 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 165, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 165.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 166 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 166; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 168 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 168; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 165, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 165.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 171 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 171 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 173 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 173 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 170, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 170.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 171 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 171; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 173 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 173; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 170, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 170.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 176 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 176 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 178 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 178 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 175, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 175.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 176 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 176; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 178 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 178; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 175, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 175.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 181 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 181 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 183 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 183 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 180, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 180.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 181 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 181; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 183 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 183; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 180, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 180.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 186 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 186 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 188 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 188 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 185, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 185.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 186 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 186; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 188 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 188; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 185, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 185.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 191 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 191 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 193 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 193 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 190, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 190.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 191 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 191; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 193 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 193; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 190, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 190.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 196 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 196 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 198 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 198 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 195, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 195.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 196 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 196; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 198 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 198; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 195, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 195.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 201 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 201 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 203 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 203 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 200, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 200.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 201 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 201; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 203 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 203; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 200, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 200.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 211 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 211 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 213 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 213 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 210, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 210.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 211 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 211; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 213 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 213; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 210, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 210.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 221 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 221 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 223 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 223 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 220, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 220.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 221 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 221; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 223 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 223; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 220, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 220.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 226 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 226 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 228 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 228 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 225, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 225.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 226 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 226; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 228 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 228; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 225, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 225.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 231 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 231 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 233 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 233 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 230, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 230.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 231 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 231; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 233 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 233; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 230, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 230.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 236 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 236 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 238 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 238 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 235, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 235.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 236 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 236; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 238 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 238; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 235, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 235.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 241 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 241 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 243 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 243 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 240, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 240.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 241 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 241; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 243 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 243; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 240, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 240.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 246 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 246 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 248 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 248 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 245, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 245.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 246 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 246; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 248 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 248; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 245, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 245.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 251 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 251 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 253 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 253 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 250, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 250.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 251 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 251; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 253 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 253; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 250, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 250.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 256 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 256 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 258 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 258 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 255, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 255.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 256 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 256; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 258 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 258; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 255, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 255.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 261 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 261 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 263 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 263 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 260, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 260.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 261 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 261; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 263 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 263; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 260, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 260.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 266 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 266 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 268 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 268 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 265, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 265.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 266 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 266; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 268 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 268; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 265, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 265.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 271 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 271 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 273 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 273 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 270, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 270.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 271 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 271; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 273 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 273; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 270, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 270.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 276 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 276 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 278 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 278 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 275, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 275.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 276 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 276; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 278 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 278; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 275, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 275.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 281 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 281 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 283 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 283 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 280, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 280.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 281 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 281; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 283 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 283; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 280, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 280.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 286 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 286 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 288 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 288 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 285, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 285.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 286 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 286; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 288 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 288; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 285, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 285.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 291 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 291 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 293 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 293 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 290, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 290.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 291 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 291; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 293 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 293; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 290, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 290.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 296 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 296 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 298 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 298 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 295, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 295.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 296 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 296; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 298 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 298; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 295, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 295.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 301 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 301 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 303 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 303 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 300, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 300.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 301 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 301; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 303 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 303; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 300, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 300.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 306 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 306 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 308 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 308 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 305, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 305.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 306 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 306; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 308 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 308; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 305, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 305.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 311 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 311 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 313 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 313 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 310, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 310.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 311 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 311; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 313 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 313; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 310, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 310.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 321 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 321 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 323 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 323 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 320, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 320.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 321 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 321; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 323 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 323; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 320, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 320.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 343 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 343 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 345 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 345 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 342, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 342.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 343 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 343; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 345 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 345; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 342, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 342.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 348 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 348 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 350 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 350 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 347, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 347.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 348 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 348; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 350 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 350; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 347, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 347.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 353 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 353 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 355 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 355 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 352, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 352.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 353 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 353; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 355 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 355; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 352, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 352.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 358 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 358 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 360 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 360 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 357, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 357.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 358 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 358; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 360 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 360; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 357, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 357.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une coiffe en 5’, une séquence proximale de coiffe, une séquence 5’ UTR, une séquence 3’ UTR et une séquence polyA.In some embodiments, an RNA comprises a 5' cap, a cap-proximal sequence, a 5' UTR sequence, a 3' UTR sequence, and a polyA sequence.
Dans certains modes de réalisation,In some embodiments,
(i) une coiffe en 5’ comprend une structure de Coiffe 1 ;(i) a 5’ cap comprises a Cap 1 structure;
(ii) une séquence 5’-UTR comprend une 5’-UTR modifiée de l’alpha-globine humaine ;(ii) a 5’-UTR sequence comprises a modified 5’-UTR of human alpha-globin;
(iii) une séquence 3’-UTR comprend une première séquence de l’amplificateur amino terminal de l’ARN messager divisé (AES) et une seconde séquence de l’ARN ribosomique 12S codé mitochondrial ;(iii) a 3’-UTR sequence comprises a first sequence of the amino terminal enhancer of split messenger RNA (AES) and a second sequence of mitochondrially encoded 12S ribosomal RNA;
(iv) une séquence polyA comprend au moins 100 nucléotides A ; ou(iv) a polyA sequence comprises at least 100 A nucleotides; or
(v) un ARN comprend une combinaison de l’un quelconque des éléments (i) à (iv).(v) an RNA comprises a combination of any of (i) to (iv).
Dans certains modes de réalisation, une coiffe en 5’ comprend une structure Coiffe-1, et la structure Coiffe-1 comprend m7(3’OMeG)(5’)ppp(5’)(2’OMeA1)pG2, dans laquelle A1 est la position +1 de l’ARN, et G2 est la position +2 de l’ARN.In some embodiments, a 5' cap comprises a Cap-1 structure, and the Cap-1 structure comprises m7(3'OMeG)(5')ppp(5')(2'OMeA1)pG2, wherein A1 is position +1 of the RNA, and G2 is position +2 of the RNA.
Dans certains modes de réalisation, une séquence proximale de coiffe comprend A1et G2de la structure de Coiffe-1, et une séquence comprenant : A3N4N5aux positions +3, +4 et +5 respectivement de l’ARN, dans laquelle N4et N5sont chacun indépendamment sélectionnés parmi A, G, C et U.In some embodiments, a cap-proximal sequence comprises A1 and G2 of the Cap-1 structure, and a sequence comprising: A3 N4 N5 at positions +3, +4 and +5 respectively of the RNA, wherein N4 and N5 are each independently selected from A, G, C and U.
Dans certains modes de réalisation, une séquence polyA comprend une séquence interrompue de nucléotides A, éventuellement dans laquelle la séquence interrompue comprend 30 nucléotides d’adénine suivis de 70 nucléotides d’adénine, les 30 nucléotides d’adénine et les 70 nucléotides d’adénine étant séparés par une séquence de liaison. Dans certains modes de réalisation, une séquence 5’-UTR comprend SEQ ID NO : 112, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 112. Dans certains modes de réalisation, une séquence 3’-UTR comprend SEQ ID NO : 118, 647, ou 648 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique aux SEQ ID NO : 118, 647 ou 648.In some embodiments, a polyA sequence comprises an interrupted sequence of A nucleotides, optionally wherein the interrupted sequence comprises 30 adenine nucleotides followed by 70 adenine nucleotides, the 30 adenine nucleotides and the 70 adenine nucleotides being separated by a linker sequence. In some embodiments, a 5'-UTR sequence comprises SEQ ID NO: 112, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 112. In some embodiments, a 3'-UTR sequence comprises SEQ ID NO: 118, 647, or 648 or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 118, 647, or 648.
Dans certains modes de réalisation, une séquence de queue polyA interrompue comprend SEQ ID NO : 114, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 114.In some embodiments, an interrupted polyA tail sequence comprises SEQ ID NO: 114, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 114.
Dans certains modes de réalisation, une séquence à l’extrémité 5’ de la séquence 3’UTR (par exemple, la séquence immédiatement adjacente à une séquence codant pour un polypeptide antigénique) est CUCGAG ou GGAUCCGAU.In some embodiments, a sequence at the 5' end of the 3'UTR sequence (e.g., the sequence immediately adjacent to a sequence encoding an antigenic polypeptide) is CUCGAG or GGAUCCGAU.
Dans certains modes de réalisation, un ARN est un ARNoa, un ARN auto-amplificateur, un ARN trans-amplificateur (ARNta) ou un ARNm.In some embodiments, an RNA is a RNAoA, a self-amplifying RNA, a trans-amplifying RNA (tRNA), or an mRNA.
Dans certains modes de réalisation, un ARN est un ARN non modifié ou un ARN comprend une ou plusieurs uridines modifiées à la place d’une ou plusieurs uridines.In some embodiments, an RNA is an unmodified RNA or an RNA comprises one or more modified uridines in place of one or more uridines.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une seule uridine modifiée à la place de chaque uridine.In some embodiments, an RNA comprises a single modified uridine in place of each uridine.
Dans certains modes de réalisation, une uridine modifiée est la N1-méthyl-pseudouridine.In some embodiments, a modified uridine is N1-methyl-pseudouridine.
Dans certains modes de réalisation, une séquence nucléotidique codant pour une protéine S du SARS-CoV-2 est codée par une séquence optimisée par codons (par exemple, optimisée par codons pour l’expression dans des cellules humaines) et/ou qui a une teneur en G/C qui est augmentée par rapport à une séquence codante de type sauvage.In some embodiments, a nucleotide sequence encoding a SARS-CoV-2 S protein is encoded by a codon-optimized sequence (e.g., codon-optimized for expression in human cells) and/or has a G/C content that is increased relative to a wild-type coding sequence.
Entre autres choses, l’invention concerne une composition comprenant un ARN décrit dans la présente invention.Among other things, the invention relates to a composition comprising an RNA described in the present invention.
Dans certains modes de réalisation, une composition comprend un ARN formulé dans une nanoparticule. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule est une nanoparticule lipidique, un polyplexe (PLX), un polyplexe lipidé (LPLX), un liposome ou une nanoparticule de polysaccharide. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule est une nanoparticule lipidique. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend un lipide ionisable cationiquement, un stérol, un lipide neutre et un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère comprend un lipide conjugué à un PEG. Dans certains modes de réalisation, un ARN est encapsulé dans une nanoparticule lipidique (LNP), de préférence dans laquelle la LNP comprend des rapports molaires de 20 à 60 % de lipide cationique ionisable, de 5 à 25 % de lipide neutre, de 25 à 55 % de stérol et de 0,5 à 15 % de lipide modifié par PEG. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule a un diamètre moyen d’environ 50 à 150 nm. Dans certains modes de réalisation, un cryoprotecteur, éventuellement dans lequel le cryoprotecteur est ou comprend du saccharose. Dans certains modes de réalisation, une composition comprend une solution tamponnée aqueuse, dans laquelle la solution tamponnée aqueuse comprend éventuellement un ou plusieurs éléments parmi la base Tris, Tris HCl, NaCl, KCl, Na2HPO4 et KH2PO4. Dans certains modes de réalisation, une composition comprend environ 10 mM de tampon Tris et environ 10 % de saccharose.In some embodiments, a composition comprises RNA formulated into a nanoparticle. In some embodiments, a nanoparticle is a lipid nanoparticle, a polyplex (PLX), a lipidated polyplex (LPLX), a liposome, or a polysaccharide nanoparticle. In some embodiments, a nanoparticle is a lipid nanoparticle. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises a cationically ionizable lipid, a sterol, a neutral lipid, and a polymer-conjugated lipid. In some embodiments, a polymer-conjugated lipid comprises a PEG-conjugated lipid. In some embodiments, an RNA is encapsulated in a lipid nanoparticle (LNP), preferably wherein the LNP comprises molar ratios of 20-60% ionizable cationic lipid, 5-25% neutral lipid, 25-55% sterol, and 0.5-15% PEG-modified lipid. In some embodiments, a nanoparticle has an average diameter of about 50-150 nm. In some embodiments, a cryoprotectant, optionally wherein the cryoprotectant is or comprises sucrose. In some embodiments, a composition comprises an aqueous buffered solution, wherein the aqueous buffered solution optionally comprises one or more of Tris base, Tris HCl, NaCl, KCl, Na2HPO4, and KH2PO4. In some embodiments, a composition comprises about 10 mM Tris buffer and about 10% sucrose.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention concerne une composition pharmaceutique comprenant un ARN décrit ici (par exemple, dans une formulation particulière, une formulation lipidique, une formulation de lipoplexe ou une formulation de nanoparticules lipidiques). Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique comprend un ARN décrit ici ou une composition décrite ici et un ou plusieurs sels pharmaceutiquement acceptables.In some embodiments, the present invention provides a pharmaceutical composition comprising an RNA described herein (e.g., in a particular formulation, a lipid formulation, a lipoplex formulation, or a lipid nanoparticle formulation). In some embodiments, a pharmaceutical composition comprises an RNA described herein or a composition described herein and one or more pharmaceutically acceptable salts.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique est formulée sous la forme d’une formulation multidose dans un flacon, d’une formulation à dose unique dans un flacon ou d’une seringue préremplie.In some embodiments, a pharmaceutical composition is formulated as a multi-dose formulation in a vial, a single-dose formulation in a vial, or a pre-filled syringe.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique est formulée pour fournir une dose d’environ 100 µg ou moins (par exemple, environ 90 µg ou moins) d’ARN total. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique est formulée pour fournir une dose d’environ 90 µg, environ 60 µg, environ 30 µg, environ 25 µg, environ 20 µg, environ 10 µg, environ 6 µg, environ 5 µg ou environ 3 µg d’ARN total.In some embodiments, a pharmaceutical composition is formulated to provide a dose of about 100 µg or less (e.g., about 90 µg or less) of total RNA. In some embodiments, a pharmaceutical composition is formulated to provide a dose of about 90 µg, about 60 µg, about 30 µg, about 25 µg, about 20 µg, about 10 µg, about 6 µg, about 5 µg, or about 3 µg of total RNA.
Dans certains modes de réalisation, l’invention concerne un procédé comprenant l’administration d’un ARN, d’une composition ou d’une composition pharmaceutique fournie ici.In some embodiments, the invention provides a method comprising administering an RNA, composition, or pharmaceutical composition provided herein.
Dans certains modes de réalisation :In some embodiments:
(i) un sujet est âgé de 12 ans ou plus, et un procédé comprend l’administration de 30 µg d’ARN,(i) a subject is 12 years of age or older, and a method comprises administering 30 µg of RNA,
(ii) un sujet est âgé de 5 ans à moins de 12 ans, et un procédé comprend l’administration de 10 µg d’ARN, ou(ii) a subject is aged 5 years to less than 12 years, and a method comprises administering 10 µg of RNA, or
(iii) un sujet est âgé de 6 mois à moins de 5 ans, et un procédé comprend l’administration de 3 µg d’ARN.(iii) a subject is aged 6 months to less than 5 years, and a method comprises administering 3 µg of RNA.
Dans certains modes de réalisation, un procédé comprend l’administration d’une composition décrite ici dans un volume d’environ 200 µl à environ 300 µl.In some embodiments, a method comprises administering a composition described herein in a volume of about 200 µL to about 300 µL.
Dans certains modes de réalisation, un sujet n’a pas reçu auparavant de vaccin contre le SARS-CoV-2 et/ou on a déterminé précédemment qu’un sujet n’avait pas été infecté par le SARS-CoV-2 (par exemple, comme déterminé à l’aide d’un test PCR ou d’un test de diagnostic d’antigène).In some embodiments, a subject has not previously received a SARS-CoV-2 vaccine and/or a subject has previously been determined not to have been infected with SARS-CoV-2 (e.g., as determined using a PCR test or an antigen diagnostic test).
Dans certains modes de réalisation, un procédé comprend l’administration d’une dose unique de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique à un sujet.In some embodiments, a method comprises administering a single dose of the RNA, composition, or pharmaceutical composition to a subject.
Dans certains modes de réalisation, un procédé comprend l’administration de deux doses ou plus d’un ARN, d’une composition ou d’une composition pharmaceutique décrite ici à un sujet, éventuellement dans lequel les deux doses sont administrées à environ 21 jours d’intervalle.In some embodiments, a method comprises administering two or more doses of an RNA, composition, or pharmaceutical composition described herein to a subject, optionally wherein the two doses are administered about 21 days apart.
Dans certains modes de réalisation, un ARN, une composition ou une composition pharmaceutique décrits ici est administré trois fois à un sujet, éventuellement dans lequel la première et la deuxième dose sont administrées à environ 21 jours d’intervalle, et la troisième dose est administrée environ 28 jours après la deuxième dose.In some embodiments, an RNA, composition, or pharmaceutical composition described herein is administered three times to a subject, optionally wherein the first and second doses are administered about 21 days apart, and the third dose is administered about 28 days after the second dose.
Dans certains modes de réalisation, un procédé décrit ici comprend l’administration d’une dose supplémentaire d’un ARN, d’une composition ou d’une composition pharmaceutique décrit ici, au moins environ 2 mois après l’administration d’une première dose d’un ARN, d’une composition ou d’une composition pharmaceutique décrit ici (par exemple, 2 à 12 mois, 2 à 10 mois, 2 à 8 mois, environ 2 mois, environ 3 mois, environ 4 mois, environ 5 mois ou environ 6 mois).In some embodiments, a method described herein comprises administering an additional dose of an RNA, composition, or pharmaceutical composition described herein at least about 2 months after administering a first dose of an RNA, composition, or pharmaceutical composition described herein (e.g., 2 to 12 months, 2 to 10 months, 2 to 8 months, about 2 months, about 3 months, about 4 months, about 5 months, or about 6 months).
Dans certains modes de réalisation, un sujet a précédemment été exposé à un antigène du SARS-CoV-2 (par exemple, par vaccination et/ou par infection).In some embodiments, a subject has previously been exposed to a SARS-CoV-2 antigen (e.g., by vaccination and/or infection).
Dans certains modes de réalisation, un sujet a précédemment reçu une ou plusieurs doses d’un vaccin contre le SARS-CoV-2.In some embodiments, a subject has previously received one or more doses of a SARS-CoV-2 vaccine.
Dans certains modes de réalisation, un sujet a précédemment reçu un schéma posologique complet d’un vaccin contre le SARS-CoV-2.In some embodiments, a subject has previously received a complete dosage regimen of a SARS-CoV-2 vaccine.
Dans certains modes de réalisation, un sujet a précédemment reçu une première dose et une seconde dose d’un vaccin qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 complète (par exemple, une composition comprenant de l’ARN formulé dans des LNP codant pour une protéine S du SARS-CoV-2), dans lequel la première dose et la seconde dose ont été administrées à environ 21 jours d’intervalle, et éventuellement dans lequel le sujet a précédemment reçu comme dose de rappel un vaccin monovalent ou bivalent qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 d’un ou de plusieurs variants (par exemple, (i) une protéine S d’une souche de Wuhan et une protéine S d’une souche d’Omicron BA.4/5, (ii) une protéine S d’un variant XBB.1.5, (iii) une protéine S d’un variant KP.2, et/ou (iv) une protéine S d’un variant JN.1).In some embodiments, a subject has previously received a first dose and a second dose of a vaccine that delivers a full-length SARS-CoV-2 S protein (e.g., a composition comprising RNA formulated into LNPs encoding a SARS-CoV-2 S protein), wherein the first dose and the second dose were administered about 21 days apart, and optionally wherein the subject has previously received as a booster dose a monovalent or bivalent vaccine that delivers a SARS-CoV-2 S protein of one or more variants (e.g., (i) an S protein of a Wuhan strain and an S protein of an Omicron BA.4/5 strain, (ii) an S protein of an XBB.1.5 variant, (iii) an S protein of a KP.2 variant, and/or (iv) an S protein of a JN.1 variant).
Dans certains modes de réalisation, un procédé décrit ici comprend l’administration d’un ou de plusieurs vaccins contre une maladie non liée au SARS-CoV-2, éventuellement dans lequel l’un ou les plusieurs vaccins comprennent un vaccin contre le VRS, un vaccin contre la grippe ou une combinaison de ceux-ci.In some embodiments, a method described herein comprises administering one or more vaccines against a non-SARS-CoV-2 disease, optionally wherein the one or more vaccines comprise an RSV vaccine, an influenza vaccine, or a combination thereof.
Dans certains modes de réalisation, un procédé entraîne l’induction d’une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2 chez le sujet. Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire comprend une réponse des cellules B. Dans certains modes de réalisation, une réponse des cellules B comprend la production d’anticorps dirigés contre un ou plusieurs virus SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire comprend une réponse des cellules T, éventuellement dans laquelle la réponse des cellules T comprend une réponse des cellules T CD4+ et/ou une réponse des cellules T CD8+.In some embodiments, a method results in inducing an immune response against SARS-CoV-2 in the subject. In some embodiments, an immune response comprises a B cell response. In some embodiments, a B cell response comprises the production of antibodies directed against one or more SARS-CoV-2 viruses. In some embodiments, an immune response comprises a T cell response, optionally wherein the T cell response comprises a CD4+ T cell response and/or a CD8+ T cell response.
Dans certains modes de réalisation, un procédé décrit ici est un procédé de prévention ou de réduction des risques d’être infecté par un virus SARS-CoV-2 et/ou de traitement d’une infection par le SARS-CoV-2.In some embodiments, a method described herein is a method of preventing or reducing the risk of becoming infected with a SARS-CoV-2 virus and/or treating a SARS-CoV-2 infection.
Dans certains modes de réalisation, l’ARN, les compositions ou les compositions pharmaceutiques décrits ici peuvent être utilisés pour induire une réponse immunitaire chez un sujet.In certain embodiments, the RNA, compositions, or pharmaceutical compositions described herein may be used to induce an immune response in a subject.
Dans certains modes de réalisation, l’ARN, les compositions ou les compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent être utilisés pour la fabrication d’un médicament pour induire une réponse immunitaire chez un sujet.In certain embodiments, the RNA, compositions, or pharmaceutical compositions described herein may be used for the manufacture of a medicament for inducing an immune response in a subject.
Dans certains modes de réalisation, un médicament est formulé pour être administré au sujet conformément à un procédé décrit ici.In some embodiments, a medicament is formulated for administration to the subject in accordance with a method described herein.
Dans certains modes de réalisation, un procédé fourni ici est un procédé d’induction d’une réponse immunitaire à un coronavirus chez un sujet, et dans lequel le procédé comprend l’administration d’un ARN ou d’une composition pharmaceutique fourni ici. Dans certains modes de réalisation, un procédé décrit ici induit une réponse immunitaire contre un virus SARS-CoV-2.In some embodiments, a method provided herein is a method of inducing an immune response to a coronavirus in a subject, and wherein the method comprises administering an RNA or pharmaceutical composition provided herein. In some embodiments, a method described herein induces an immune response against a SARS-CoV-2 virus.
Dans certains modes de réalisation, l’invention concerne un procédé de fabrication d’un ARN, comprenant la transcription in vitro d’un ARN fourni ici.In some embodiments, the invention provides a method of making an RNA, comprising in vitro transcription of an RNA provided herein.
Dans certains modes de réalisation, l’invention concerne un ADN (par exemple, un ADN linéaire ou un ADN plasmidique) codant pour un ARN fourni ici. Dans certains modes de réalisation, l’invention concerne un polypeptide codé par un ARN fourni ici.In some embodiments, the invention provides a DNA (e.g., a linear DNA or a plasmid DNA) encoding an RNA provided herein. In some embodiments, the invention provides a polypeptide encoded by an RNA provided herein.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 89 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 89.In some embodiments, a transmembrane domain comprises an amino acid sequence of SEQ ID NO: 89 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 89.
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 328 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 328 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 330 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 330 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 327, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 327.In some embodiments, an RNA described herein comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 328 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 328; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 330 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 330; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 327, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 327.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs mutations d’une souche ou d’un variant du SARS-CoV-2 (par exemple, une ou plusieurs mutations dans la protéine S d’un variant décrit ici, par exemple, une ou plusieurs mutations associées à un variant répertorié dans le tableau 1). Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs mutations associées à un variant JN.1, KP.2 ou XEC, ou à un descendant de ceux-ci.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more mutations of a SARS-CoV-2 strain or variant (e.g., one or more mutations in the S protein of a variant described herein, e.g., one or more mutations associated with a variant listed in Table 1). In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more mutations associated with a JN.1, KP.2, or XEC variant, or a descendant thereof.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, ou M1229I par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, or M1229I relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, ou Y505H par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, E484K, F486P, Q498R, N501Y, or Y505H relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, ou P1143L par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, or P1143L with respect to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, ou Y505H par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, or Y505H by report to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, ou P1143L par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, or P1143L relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, ou Y505H par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, or Y505H relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, ou E1150D par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, or E1150D relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, ou plus des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, ou Y505H par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, or Y505H by report to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, ou E1150D par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, or E1150D relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, ou plus des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, ou Y505H par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, or Y505H by report to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, ou P1143L par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, or P1143L with respect to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, ou Y505H par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, E484K, F486P, Q498R, N501Y, or Y505H relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, ou plus) des mutations suivantes : T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H ou N969K par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, or more) of the following mutations: T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H or N969K with respect to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, ou plus) des mutations suivantes : T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, ou Y505H par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, or more) of the following mutations: T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, or Y505H relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, ou 67ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, T22N, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, et P1143L.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, or 67 or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, T22N, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, and P1143L.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, T22N, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, et Y505H.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, T22N, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, and Y505H.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une séquence GS comprend une séquence (G4S)1, (GRS)2, (G4S)3ou (G4S)4.In some embodiments, a fragment of a GS sequence comprises a (G4S)1, (GRS)2 , (G4S)3 or (G4S)4 sequence.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 89 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 89.In some embodiments, a transmembrane domain comprises an amino acid sequence of SEQ ID NO: 89 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 89.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide S1 comprend :In some embodiments, an S1 polypeptide comprises:
(a) les acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents provenant de la protéine S d’un variant du SARS-CoV-2 ;(a) amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing from the S protein of a SARS-CoV-2 variant;
(b) QCVMPLFNLITTTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHLTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVFIKVCEFQFCNDPFLDVYHKNNKSWMESESGVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPIIGRDFPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALNRSYLTPGDSSSGWTAGAADYYVGYLQP RTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNVTNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIKGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKHSGNYDYWYRSLRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCKGKGPNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci ; et/ou) QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPALPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYQKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKEGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLERDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPVDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPR TFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.(b) QCVMPLFNLITTTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHLTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVFIKVCEFQFCNDPFLD VYHKNNKSWMESESGVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPIIGRDFPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALNRSYLTPGDSSSGWTAGAADYYVGYLQP RTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNVTNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIKGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKHSGNYDYWYRSLRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCKGKGPNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto; and/or) QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPALPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVY QKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKEGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLERDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPVDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPR TFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains des modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant :In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising:
(i) un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 ou un variant de celle-ci ;(i) a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein or a variant thereof;
(ii) un peptide signal sécrétoire hétérologue ; et(ii) a heterologous secretory signal peptide; and
(iii) un domaine transmembranaire homologue,(iii) a homologous transmembrane domain,
dans lequel l’orientation N-terminale vers C-terminale du sous-domaine S1 tronqué, du peptide signal sécrétoire hétérologue et du domaine transmembranaire homologue est (peptide signal sécrétoire)-(sous-domaine S1 tronqué)-(domaine transmembranaire).wherein the N-terminal to C-terminal orientation of the truncated S1 subdomain, heterologous secretory signal peptide, and homologous transmembrane domain is (secretory signal peptide)-(truncated S1 subdomain)-(transmembrane domain).
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant un sous-domaine NTD, RBD et/ou S1 tronqué, ou un variant de l’un quelconque des éléments précédents, et dans lequel le polypeptide comprend également un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine de SARS-CoV-2 qui n’est pas une protéine S. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine de nucléocapside (N) du SARS-CoV-2, d’une protéine NS9b, d’une protéine membranaire (M), d’une protéine ORF1ab, d’une protéine ORF3a, d’une protéine ORF9b ou d’une NSP1-4, ou de toute combinaison de celles-ci. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend :In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising a truncated NTD, RBD, and/or S1 subdomain, or a variant of any of the foregoing, and wherein the polypeptide also comprises one or more T cell epitopes from a SARS-CoV-2 protein that is not an S protein. In some embodiments, a polypeptide comprises one or more T cell epitopes from a SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein, an NS9b protein, a membrane (M) protein, an ORF1ab protein, an ORF3a protein, an ORF9b protein, or an NSP1-4, or any combination thereof. In some embodiments, a polypeptide comprises:
(i) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NS9b ;(i) one or more T cell epitopes from an N protein and one or more T cell epitopes from an NS9b protein;
(ii) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ;(ii) one or more T cell epitopes from an N protein and one or more T cell epitopes from an M protein;
(iii) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ; et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NS9b ;(iii) one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an M protein; and one or more T cell epitopes from an NS9b protein;
(iv) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP3, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP1 et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N ;(iv) one or more T cell epitopes from an M protein, one or more T cell epitopes from NSP2, one or more T cell epitopes from NSP3, one or more T cell epitopes from NSP1 and one or more T cell epitopes from an N protein;
(v) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP1, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP3, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP4, et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ;(v) one or more T cell epitopes from an NSP2 protein, one or more T cell epitopes from an NSP1 protein, one or more T cell epitopes from an NSP3 protein, one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an NSP4 protein, and one or more T cell epitopes from an M protein;
(vi) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP1, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP3, et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP4.(vi) one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an NSP1 protein, one or more T cell epitopes from an NSP2 protein, one or more T cell epitopes from an NSP3 protein, and one or more T cell epitopes from NSP4.
Dans certains modes de réalisation, un ARN code pour un polypeptide comprenant :In some embodiments, an RNA encodes a polypeptide comprising:
(a) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, et un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 ;(a) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, and a transmembrane domain of SARS-CoV-2;
(b) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD ;(b) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, and an HSV-1 gD secretory signal peptide;
(c) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, un domaine transmembranaire, et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD ;(c) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, a transmembrane domain, and an HSV-1 gD secretory signal peptide;
(d) un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci, un domaine transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2 et un peptide signal sécrétoire ; ou(d) a truncated S1 subdomain or a variant thereof, a transmembrane domain of the SARS-CoV-2 S protein and a secretory signal peptide; or
(e) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, une protéine S du SARS-CoV-2, et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD .(e) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, a SARS-CoV-2 S protein, and an HSV-1 gD secretory signal peptide.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant :In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising:
(a) un sous-domaine S1 tronqué comprenant (i) les acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO : 1 (comprenant, par exemple, les acides aminés 1 à 528, 14 à 528, 17 à 528 et 50 à 528), ou une séquence d’une région correspondante d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2 ou (ii) les acides aminés 20 à 541 de SEQ ID NO : 1 (comprenant, par exemple, les acides aminés 1 à 541, 14 à 541, 17 à 541 et 20 à 541), ou une séquence d’une région correspondante d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2 ou d’un variant de l’un ou l’autre des éléments précédents ;(a) a truncated S1 subdomain comprising (i) amino acids 20 to 528 of SEQ ID NO: 1 (comprising, for example, amino acids 1 to 528, 14 to 528, 17 to 528 and 50 to 528), or a sequence of a corresponding region of an S protein of a SARS-CoV-2 variant or (ii) amino acids 20 to 541 of SEQ ID NO: 1 (comprising, for example, amino acids 1 to 541, 14 to 541, 17 to 541 and 20 to 541), or a sequence of a corresponding region of an S protein of a SARS-CoV-2 variant or a variant of any of the foregoing;
(b) un peptide signal sécrétoire comprenant une séquence d’acides aminés de MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG, ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12) ; et/ou(b) a secretory signal peptide comprising an amino acid sequence of MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG, or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12); and/or
(c) un domaine transmembranaire comprenant une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 90.(c) a transmembrane domain comprising an amino acid sequence of SEQ ID NO: 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 90.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant une transmembrane, un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci, et un domaine transmembranaire, dans lequel l’orientation N-terminale vers C-terminale du polypeptide est (peptide signal sécrétoire)-(sous-domaine S1 tronqué)-(domaine transmembranaire), et le sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et la transmembrane sont reliés via une séquence qui comprend un lieur GS, éventuellement dans lequel le lieur GS comprend environ 10 à 20 résidus (par exemple, environ 15 ou environ 20 résidus).In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising a transmembrane, a truncated S1 subdomain or a variant thereof, and a transmembrane domain, wherein the N-terminal to C-terminal orientation of the polypeptide is (secretory signal peptide)-(truncated S1 subdomain)-(transmembrane domain), and the truncated S1 subdomain or a variant thereof and the transmembrane are connected via a sequence that comprises a GS linker, optionally wherein the GS linker comprises about 10 to 20 residues (e.g., about 15 or about 20 residues).
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 650 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 650 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 652 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 652 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 649, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 649.In some embodiments, an RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 650 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 650; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 652 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 652; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 649, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 649.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pourIn some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding
(a) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci et un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 ;(a) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, and a transmembrane domain of SARS-CoV-2;
(b) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD ;(b) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, and an HSV-1 gD secretory signal peptide;
(c) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, un domaine transmembranaire, et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD .(c) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, a transmembrane domain, and an HSV-1 gD secretory signal peptide.
(d) un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci, un domaine transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2, et un peptide signal sécrétoire ; ou(d) a truncated S1 subdomain or a variant thereof, a transmembrane domain of the SARS-CoV-2 S protein, and a secretory signal peptide; or
(e) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, une protéine S du SARS-CoV-2, et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD .(e) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, a SARS-CoV-2 S protein, and an HSV-1 gD secretory signal peptide.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprenant une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant :In some embodiments, an RNA comprising a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising:
(a) un sous-domaine S1 tronqué comprenant (i) les acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO : 1 (comprenant, par exemple, les acides aminés 1 à 528, 14 à 528, 17 à 528 et 50 à 528), ou une séquence d’une région correspondante d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2 ou (ii) les acides aminés 20 à 541 de SEQ ID NO : 1 (comprenant, par exemple, les acides aminés 1 à 541, 14 à 541, 17 à 541 et 20 à 541), ou une séquence d’une région correspondante d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2 ou d’un variant de l’un ou l’autre des éléments précédents ;(a) a truncated S1 subdomain comprising (i) amino acids 20 to 528 of SEQ ID NO: 1 (comprising, for example, amino acids 1 to 528, 14 to 528, 17 to 528 and 50 to 528), or a sequence of a corresponding region of an S protein of a SARS-CoV-2 variant or (ii) amino acids 20 to 541 of SEQ ID NO: 1 (comprising, for example, amino acids 1 to 541, 14 to 541, 17 to 541 and 20 to 541), or a sequence of a corresponding region of an S protein of a SARS-CoV-2 variant or a variant of any of the foregoing;
(b) un peptide signal sécrétoire comprenant une séquence d’acides aminés de MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12) ou un variant de l’un ou l’autre des éléments précédents ; et/ou(b) a secretory signal peptide comprising an amino acid sequence of MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12) or a variant of any of the foregoing; and/or
(c) un domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 90.(c) a transmembrane domain comprises an amino acid sequence of SEQ ID NO: 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 90.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci, et un domaine transmembranaire, et un peptide signal sécrétoire, où l’orientation N-terminale vers C-terminale du polypeptide est (peptide signal sécrétoire)-(sous-domaine S1 tronqué)-(domaine transmembranaire), et le sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et la transmembrane sont reliés via une séquence qui comprend un lieur GS, éventuellement dans lequel le lieur GS comprend environ 10 à 20 résidus (par exemple, environ 15 ou environ 20 résidus).In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising a truncated S1 subdomain or a variant thereof, and a transmembrane domain, and a secretory signal peptide, wherein the N-terminal to C-terminal orientation of the polypeptide is (secretory signal peptide)-(truncated S1 subdomain)-(transmembrane domain), and the truncated S1 subdomain or a variant thereof and the transmembrane are connected via a sequence that comprises a GS linker, optionally wherein the GS linker comprises about 10 to 20 residues (e.g., about 15 or about 20 residues).
Fig. 12. Effet du signal sécrétoire N-terminal sur l’expressionin vitrodes candidats vaccins.Les HEK293 ont été transfectées avec une bibliothèque de candidats vaccins, comprenant divers signaux sécrétoires N-terminaux (conception illustrée dans la
Fig. 13. Données complémentaires caractérisant l’effet des signaux sécrétoires sur l’expression à la surface cellulaire des antigènes.Une répétition du protocole expérimental présenté dans la
Fig. 14. Données complémentaires caractérisant l’effet des signaux sécrétoires sur l’expression des antigènes à la surface cellulaire (anticorps anti-RBD+ anticorps humain 2).Une répétition du protocole expérimental présenté dans la
Fig. 16. (A), (B) et (C) montrent les résultats desFig. 12, 13 et 14, respectivement pour les 5 principaux signaux sécrétoires.Fig. 16. (A), (B) and (C) show the results of theFig. 12, 13 and 14, respectively for the 5 main secretory signals.
Fig. 18. L’omission d’un domaine de trimérisation de la fibritine améliore l’expression et ne réduit pas l’antigénicité d’un sous-domaine S1 tronqué.(A) Montre les résultats d’une expérience in vitro dans laquelle une lignée cellulaire a été transfectée avec un acide nucléique codant pour une construction avec un domaine de trimérisation de la fibritine (ARN008) et sans domaine de trimérisation de la fibritine (ARN017). Comme le montre la Fig. 18(A), il a été constaté que l’omission du domaine de trimérisation de la fibritine améliorait significativement l’expression de l’antigène. (B) Montre les résultats d’une expérience sur la souris dans laquelle des souris ont reçu de l’ARN codant pour un polypeptide avec un domaine de trimérisation de la fibritine (ARN008) et sans domaine de trimérisation de la fibritine (ARN017). Comme le montre la figure, l’omission du domaine de trimérisation n’a pas interféré avec la réponse immunitaire.Fig. 18. Omission of a fibritin trimerization domain enhances expression and does not reduce the antigenicity of a truncated S1 subdomain.(A) Shows the results of an in vitro experiment in which a cell line was transfected with a nucleic acid encoding a construct with a fibritin trimerization domain (RNA008) and without a fibritin trimerization domain (RNA017). As shown in Fig. 18(A), omission of the fibritin trimerization domain was found to significantly enhance antigen expression. (B) Shows the results of a mouse experiment in which mice received RNA encoding a polypeptide with a fibritin trimerization domain (RNA008) and without a fibritin trimerization domain (RNA017). As shown in the figure, omission of the trimerization domain did not interfere with the immune response.
Fig. 19. Criblage de domaines transmembranaires pour déterminer leur effet sur l’expression de l’antigène.(A) montre les résultats d’une expérience dans laquelle le même antigène (correspondant aux acides aminés 1 à 528 de la protéine S) où, dans certains modes de réalisation, le peptide signal sécrétoire N-terminal a été remplacé par un peptide signal sécrétoire hétérologue) a été fusionné à différents domaines transmembranaires. Comme le montre la Fig. 19(A), chacun des ARN testés a entraîné une expression d’antigène, et peu de variations dans la quantité d’expression ont été observées. (B) fournit les résultats d’expression des 5 principaux domaines transmembranaires en termes d’expression identifiés dans les expériences initiales. (C) et (D) fournissent les résultats d’une expérience de confirmation supplémentaire, caractérisant les mêmes constructions ainsi que quelques constructions nouvellement identifiées. (D) montre les résultats des meilleurs candidats testés dans l’expérience de confirmation supplémentaire. Une fois de plus, il a été conclu que les domaines les plus performants présentaient à peu près le même niveau d’expression que ceux constituant le domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2.Fig. 19. Screening of transmembrane domains to determine their effect on antigen expression.(A) shows the results of an experiment in which the same antigen (corresponding to amino acids 1 to 528 of the S protein) where, in some embodiments, the N-terminal secretory signal peptide was replaced by a heterologous secretory signal peptide) was fused to different transmembrane domains. As shown in Fig. 19(A), each of the RNAs tested resulted in antigen expression, and little variation in the amount of expression was observed. (B) provides the expression results of the top 5 transmembrane domains in terms of expression identified in the initial experiments. (C) and (D) provide the results of an additional confirmation experiment, characterizing the same constructs as well as a few newly identified constructs. (D) shows the results of the best candidates tested in the additional confirmation experiment. Once again, it was concluded that the best-performing domains exhibited approximately the same level of expression as those constituting the transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein.
Fig. 21. Un fragment du sous-domaine S1 induit une forte réponse immunitaire chez la souris.(A), (B), (C), (D) et (E) montrent les titres de neutralisation (pVNT50) 7, 14, 21, 28 et 35 jours après la vaccination, respectivement ; (F) montre un graphique linéaire des titres de neutralisation (pVNT50) pour les constructions au fil des jours de vaccination. Comme le montre (C), une différence statistiquement significative a été observée au jour 21 entre (i) les souris ayant reçu de l’ARN codant pour un fragment du sous-domaine S1 (ARN035) ou de l’ARN codant pour un NTD et un RBD reliés via un lieur GS (ARN038), et (ii) de l’ARN codant pour une protéine S complète.Fig. 21A fragment of the S1 subdomain induces a strong immune response in mice.(A), (B), (C), (D) and (E) show the neutralization titers (pVNT50) 7, 14, 21, 28 and 35 days after vaccination, respectively; (F) shows a line graph of neutralization titers (pVNT50) for the constructs across vaccination days. As shown in (C), a statistically significant difference was observed at day 21 between (i) mice receiving RNA encoding a fragment of the S1 subdomain (RNA035) or RNA encoding an NTD and an RBD connected via a GS linker (RNA038), and (ii) RNA encoding a full-length S protein.
Fig. 23. Données d’immunogénicité de la souris générées à l’aide de vaccins améliorés contre le SARS-CoV-2.(A), (B), (C), (D) et (E) montrent les titres de neutralisation (pVNT50) 7, 15, 21, 28 et 34 jours après la vaccination, respectivement, dans une expérience réalisée conformément au protocole présenté dans la
Fig. 25. Données d’immunogénicité de la souris générées à l’aide de vaccins améliorés contre le SARS-CoV-2.(A), (B), (C), et (D) montrent les titres de neutralisation (pVNT50) 7, 14, 21 et 28 jours après la vaccination, respectivement, dans une expérience réalisée conformément au protocole présenté dans la
Fig. 27. Données d’immunogénicité de la souris générées à l’aide de vaccins améliorés contre le SARS-CoV-2.(A), (B), (C) et (D) montrent les titres de neutralisation (pVNT50) 7, 14, 21 et 28 jours après la vaccination, dans une expérience réalisée conformément au protocole présenté dans la
Fig. 28. Résumé des effets de l’optimisation du peptide signal, du domaine de multimérisation, du domaine de liaison et du domaine transmembranaire sur l’expression de l’antigène.(A) à (D) montrent les effets de l’optimisation des domaines indiqués sur l’expression du polypeptide (sur la figure, un fragment du polypeptide S1 comprenant une séquence correspondant aux acides aminés 1 à 528). À l’exception du domaine indiqué, (peptide signal, domaine de multimérisation, lieur, domaine transmembranaire), toutes les autres parties du polypeptide codé étaient identiques dans chacun des panels. La flèche rouge indique une amélioration de l’expression par rapport à une référence. Dans (D), « référence » fait référence à un polypeptide comprenant le domaine transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2. (E) Fournit des domaines d’expression provenant de polypeptides (un fragment du domaine S1 comprenant une séquence correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1) comprenant une combinaison de différents domaines optimisés. Comme indiqué dans la figure, la construction optimiséea amélioré l’expression d’environ 5 à 10 foispar rapport au produit BNT162b2 d’origine (codant pour une protéine S complète), et d’environ 2 fois par rapport aux autres constructions optimisées.Fig. 28Summary of the effects of signal peptide, multimerization domain, binding domain, and transmembrane domain optimization on antigen expression.(A) to (D) show the effects of optimizing the indicated domains on polypeptide expression (in the figure, a fragment of the S1 polypeptide comprising a sequence corresponding to amino acids 1 to 528). Except for the indicated domain, (signal peptide, multimerization domain, linker, transmembrane domain), all other parts of the encoded polypeptide were identical in each of the panels. The red arrow indicates an improvement in expression compared to a reference. In (D), “reference” refers to a polypeptide comprising the transmembrane domain of the SARS-CoV-2 S protein. (E) Provides expression domains from polypeptides (a fragment of the S1 domain comprising a sequence corresponding to amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1) comprising a combination of different optimized domains. As shown in the figure, the optimized constructimproved expression by about 5-10 timescompared to the original BNT162b2 product (encoding a full-length S protein), and approximately 2-fold compared to other optimized constructs.
Fig. 31. Données d’immunogénicité de la souris générées à l’aide de vaccins améliorés contre le SARS-CoV-2.(A), (B), (C) et (D) montrent les titres de neutralisation (pVNT50) 7, 14, 21 et 28 jours après la vaccination, dans une expérience réalisée conformément au protocole présenté dans la
Fig. 32. Les données d’immunogénicité chez la souris confirment l’effet d’économie de dose fourni par les vaccins décrits ici.Des souris naïves au vaccin ont reçu 0,4, 0,1 ou 0,025 µg d’ARN formulé dans des LNP. 7, 14, 21, 28 et 35 jours après l’administration, des échantillons de sérum ont été prélevés et les titres de neutralisation contre un pseudovirus adapté à XBB.1.5 ont été mesurés. Les résultats sont présentés dans la Fig. 32(A) à (F). Comme le montre la figure, un effet clair d’économie de dose a été observé aux jours 21, 28 et 35 pour les constructions décrites ici par rapport aux vaccins codant une protéine S du SARS-CoV-2 complète.Fig. 32. Immunogenicity data in mice confirm the dose-sparing effect provided by the vaccines described here.Vaccine-naïve mice received 0.4, 0.1, or 0.025 µg of RNA formulated in LNPs. At 7, 14, 21, 28, and 35 days post-administration, serum samples were collected, and neutralization titers against an XBB.1.5-adapted pseudovirus were measured. The results are shown in Fig. 32(A) to (F). As shown in the figure, a clear dose-sparing effect was observed at days 21, 28, and 35 for the constructs described here compared to vaccines encoding a full-length SARS-CoV-2 S protein.
Fig. 33. Les vaccins contre le SARS-CoV-2 décrits ici induisent des titres de neutralisation plus élevés et une neutralisation croisée plus large chez les souris naïves au vaccin par rapport à l’ARN codant pour la protéine S complète.Des souris naïves au vaccin ont reçu une dose unique des ARN indiqués. Des échantillons de sérum ont été prélevés 7, 14, 21, 28 et 35 jours après l’administration d’ARN. Les résultats sont présentés dans (A), (B), (C), (D) et (E). (F) fournit un résumé des titres de neutralisation collectés à chaque instant. (G) montre les titres de neutralisation contre d’autres souches et variants du SARS-CoV-2 (Wuhan, Omicron BA.1 et Omicron BA.4/5), dans un échantillon de sérum prélevé 35 jours après l’administration d’ARN. Comme le montre chacune des figures 33(A) à (F), l’ARN décrit ici a entraîné une augmentation considérable des titres de neutralisation contre un variant correspondant du SARS-CoV-2 par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète (titres environ 10 fois plus élevés au jour 35). Les titres de neutralisation croisée ont également été considérablement augmentés, les titres de neutralisation de BA.4/5 étant environ 10 fois plus élevés pour l’ARN décrit ici par rapport à l’ARN codant pour la protéine S complète.Fig. 33The SARS-CoV-2 vaccines described here induce higher neutralizing titers and broader cross-neutralization in vaccine-naïve mice compared to RNA encoding the full-length S protein.Vaccine-naïve mice received a single dose of the indicated RNAs. Serum samples were collected 7, 14, 21, 28, and 35 days after RNA administration. Results are shown in (A), (B), (C), (D), and (E). (F) provides a summary of neutralization titers collected at each time point. (G) shows neutralization titers against other SARS-CoV-2 strains and variants (Wuhan, Omicron BA.1, and Omicron BA.4/5), in a serum sample collected 35 days after RNA administration. As shown in each of Figures 33(A) to (F), the RNA described here resulted in significantly increased neutralization titers against a corresponding SARS-CoV-2 variant compared to RNA encoding a full-length S protein (approximately 10-fold higher titers at day 35). Cross-neutralization titers were also significantly increased, with BA.4/5 neutralization titers being approximately 10-fold higher for the RNA described here compared to RNA encoding the full-length S protein.
Fig. 34. L’ARN décrit ici entraîne une expression in vitro améliorée des antigènes XBB.1.5 et KP.2 du SARS-CoV-2.L’expression à la surface cellulaire a été mesurée dans des cellules transfectées avec de l’ARN à l’aide de la protéine ACE2 marquée par fluorescence. (A) et (B) comparent l’expression antigénique d’un ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN017) et d’un ARN codant pour une protéine S complète (ARN041), où le sous-domaine S1 tronqué et la protéine S complète sont chacun adaptés au variant XBB.1.5 du SARS-CoV-2. (E) et (F) compare l’expression antigénique d’un ARN codant pour un polypeptide comprenant un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S KP.2 SARS-CoV-2 (ARN042) à l’ARN codant pour une protéine S KP.2 complète (ARN044). Dans chaque expérience, il a été constaté que l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué améliorait l’expression de l’antigène par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète.Fig. 34The RNA described here results in enhanced in vitro expression of the SARS-CoV-2 XBB.1.5 and KP.2 antigens.Cell surface expression was measured in cells transfected with RNA using the fluorescently labeled ACE2 protein. (A) and (B) compare the antigenic expression of an RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA017) and an RNA encoding a full-length S protein (RNA041), where the truncated S1 subdomain and the full-length S protein are each adapted to the SARS-CoV-2 XBB.1.5 variant. (E) and (F) compare the antigenic expression of an RNA encoding a polypeptide comprising a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 KP.2 S protein (RNA042) to the RNA encoding a full-length KP.2 S protein (RNA044). In each experiment, RNA encoding a truncated S1 subdomain was found to enhance antigen expression compared to RNA encoding a full-length S protein.
Fig. 35. Caractérisation phénotypique des cellules B spécifiques de l’antigène.(A) fournit une illustration montrant le processus de maturation des cellules B et les différents états intermédiaires par lesquels passe une cellule B lorsqu’elle passe d’une cellule naïve à une cellule plasmatique. Sont également indiqués les marqueurs de surface cellulaire caractéristiques des différents stades de différenciation des cellules B. (B) Répertorie les différents mélanges de protéines d’appât marquées par fluorescence qui ont été utilisés dans l’expérience décrite dans l’exemple 14 pour caractériser phénotypiquement les cellules B spécifiques de l’antigène obtenues à partir de souris ayant reçu une composition décrite ici. (C) Répertorie les anticorps de flux du panel de flux de cellules B qui a été utilisé dans l’expérience décrite dans l’exemple 14. FLS est l’abréviation de « Full Length Spike » (spicule complète) et BC est l’abréviation de B Cell (cellule B).Fig. 35. Phenotypic characterization of antigen-specific B cells.(A) Provides an illustration showing the process of B cell maturation and the various intermediate states that a B cell passes through as it transitions from a naive cell to a plasma cell. Also shown are the cell surface markers characteristic of the various stages of B cell differentiation. (B) Lists the various mixtures of fluorescently labeled bait proteins that were used in the experiment described in Example 14 to phenotypically characterize antigen-specific B cells obtained from mice administered a composition described herein. (C) Lists the flow antibodies of the B cell flow panel that was used in the experiment described in Example 14. FLS is the abbreviation for “Full Length Spike” and BC is the abbreviation for B Cell.
Fig. 37. Tracés représentatifs montrant la spécificité antigénique des cellules B obtenues à partir de souris ayant reçu les compositions décrites ici.(A) à (C) montrent des exemples de tracés de cellules CD19+/CD20+ sondées pour la liaison à la protéine S complète, au RBD et au NTD respectivement. Chaque tracé caractérise les cellules B obtenues à partir d’une seule souris. Comme le montre (C), un ARN codant pour un polypeptide S1 tronqué (ARN017) s’est avéré induire un nombre étonnamment élevé de cellules B capables de se lier au NTD. Sans vouloir être lié par la théorie, la réponse immunitaire améliorée au NTD peut résulter d’une accessibilité accrue du NTD dans le sous-domaine S1 tronqué par rapport à une protéine S complète.Fig. 37. Representative plots showing the antigenic specificity of B cells obtained from mice receiving the compositions described herein.(A) to (C) show example plots of CD19+/CD20+ cells probed for binding to the full-length S protein, RBD, and NTD, respectively. Each plot characterizes B cells obtained from a single mouse. As shown in (C), an RNA encoding a truncated S1 polypeptide (RNA017) was found to induce a surprisingly high number of B cells capable of binding to the NTD. While not intended to be bound by theory, the enhanced immune response to the NTD may result from increased accessibility of the NTD in the truncated S1 subdomain compared to a full-length S protein.
Fig. 40. Titres neutralisants induits chez des souris naïves au vaccin ayant reçu deux doses (à environ 21 jours d’intervalle) de compositions d’ARN décrites.(A) et (B) montrent les titres moyens géométriques (GMT) des anticorps qui neutralisent un virus SARS-CoV-2 KP.2 7 et 14 jours après l’administration d’une première dose de la composition indiquée à des souris naïves au vaccin. (C) à (E) Montrent les titres de neutralisation du SARS-CoV-2 KP.2 7, 14 et 21 jours après l’administration d’une deuxième dose de la composition indiquée (28, 35 et 42 jours après l’administration de la première dose). Comme indiqué, au jour 14, l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) a commencé à montrer des titres de neutralisation accrus par rapport à l’ARN codant pour une protéine S du SARS-CoV-2 complète (ARN044), et aux jours 28 à 42, avait produit des titres de neutralisation qui étaient plus de 2 fois plus élevés que ceux induits par la même quantité d’ARN codant pour une protéine S complète.Fig. 40. Neutralizing titers induced in vaccine-naive mice receiving two doses (approximately 21 days apart) of the described RNA compositions.(A) and (B) show the geometric mean titers (GMT) of antibodies that neutralize a SARS-CoV-2 KP.2 virus 7 and 14 days after administration of a first dose of the indicated composition to vaccine-naïve mice. (C) to (E) Show the SARS-CoV-2 KP.2 neutralizing titers 7, 14, and 21 days after administration of a second dose of the indicated composition (28, 35, and 42 days after administration of the first dose). As shown, at day 14, RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) began to show increased neutralizing titers compared to RNA encoding a full-length SARS-CoV-2 S protein (RNA044), and by days 28–42, had produced neutralizing titers that were more than 2-fold higher than those induced by the same amount of RNA encoding a full-length S protein.
Fig. 41. Titres neutralisants induits chez des souris naïves au vaccin ayant reçu deux doses (à environ 28 jours d’intervalle) de compositions d’ARN décrites.(A) à (D) montrent les titres moyens géométriques (GMT) des anticorps qui neutralisent un virus SARS-CoV-2 KP.2 7, 14, 21 et 28 jours après l’administration d’une première dose de la composition indiquée à des souris naïves au vaccin. (E) Montre les titres de neutralisation du SARS-CoV-2 KP.2 7 jours après l’administration d’une deuxième dose de la composition indiquée (35 jours après l’administration de la première dose). (F) est un tracé temporel résumant les données présentées dans (A) à (E). Les données montrent à nouveau que l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) commence à montrer des titres de neutralisation accrus par rapport à l’ARN codant pour une protéine S du SARS-CoV-2 complète au jour 14, qui augmente pour être > 4 fois ceux induits par l’ARN codant pour une protéine S SARS-CoV-2 complète au jour 21 et ~8 fois plus élevés au jour 28. 35 jours après la première dose et 7 jours après la deuxième dose, les titres avaient augmenté pour être ~ 3 fois ceux induits par un ARN codant pour une protéine S complète. Les titres induits par une dose de 0,1 µg d’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué se sont également révélés comparables à ceux induits par une dose de 0,5 µg d’ARN codant pour une protéine S complète à chaque instant, indiquant un effet d’économie de dose d’environ 5 fois.Fig. 41. Neutralizing titers induced in vaccine-naïve mice receiving two doses (approximately 28 days apart) of the described RNA compositions.(A) to (D) show the geometric mean titers (GMT) of antibodies that neutralize a SARS-CoV-2 KP.2 virus 7, 14, 21, and 28 days after administration of a first dose of the indicated composition to vaccine-naïve mice. (E) Shows the SARS-CoV-2 KP.2 neutralizing titers 7 days after administration of a second dose of the indicated composition (35 days after administration of the first dose). (F) is a time plot summarizing the data shown in (A) to (E). The data again show that RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) begins to show increased neutralizing titers compared to RNA encoding a full-length SARS-CoV-2 S protein at day 14, which increases to be >4-fold those induced by RNA encoding a full-length SARS-CoV-2 S protein at day 21 and ~8-fold higher by day 28. By 35 days after the first dose and 7 days after the second dose, titers had increased to be ~3-fold those induced by RNA encoding a full-length S protein. Titers induced by a 0.1 µg dose of RNA encoding a truncated S1 subdomain were also found to be comparable to those induced by a 0.5 µg dose of RNA encoding a full-length S protein at each time point, indicating a dose-sparing effect of approximately 5-fold.
Fig. 42. Titres de neutralisation induits chez des souris ayant déjà été vaccinées et ayant reçu des compositions d’ARN décrites ici.(A) à (C) montrent les résultats d’une expérience dans laquelle des souris ayant été vaccinées ont reçu un ARN codant pour une protéine S complète ou un ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué. Avant d’administrer un ARN candidat, chaque souris a d’abord reçu 2 doses d’ARN codant pour une protéine S d’une souche de Wuhan du SARS-CoV-2 (aux jours 0 et 21) et une dose d’une composition bivalente comprenant un ARN codant pour une protéine S d’une souche de Wuhan du SARS-CoV-2 et un ARN codant pour une protéine S d’un variant BA.4/5 Omicron du SARS-CoV-2 (au jour 49). 133 jours après l’administration du premier vaccin (j133), des ARN candidats ont été administrés. (A), (B) et (C) montrent les titres de neutralisation 0 jour (j133 de l’expérience), 7 jours (j140 de l’expérience) et 14 jours (j147 de l’expérience) après l’administration du candidat indiqué. (D) fournit des augmentations moyennes géométriques (GMFI) des titres d’anticorps neutralisants au jour 147 par rapport aux souris ayant reçu une solution de porteur. Comme le montre (C), au jour 147, les titres absolus d’anticorps de neutralisation induits par l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué étaient environ 2 fois plus élevés que ceux induits par l’ARN codant pour une protéine S complète. Comme le montre (D), la GMFI des titres d’anticorps neutralisants était environ 3 fois plus élevée pour l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué que pour l’ARN codant pour une protéine S complète stabilisée par préfusion.Fig. 42. Neutralization titers induced in previously vaccinated mice receiving RNA compositions described herein.(A) to (C) show the results of an experiment in which vaccinated mice received either RNA encoding a full-length S protein or RNA encoding a truncated S1 subdomain. Before administering a candidate RNA, each mouse first received 2 doses of RNA encoding an S protein from a Wuhan strain of SARS-CoV-2 (on days 0 and 21) and one dose of a bivalent composition comprising RNA encoding an S protein from a Wuhan strain of SARS-CoV-2 and RNA encoding an S protein from a BA.4/5 Omicron variant of SARS-CoV-2 (on day 49). 133 days after the first vaccine administration (d133), candidate RNAs were administered. (A), (B), and (C) show neutralizing titers at 0 days (d133 of the experiment), 7 days (d140 of the experiment), and 14 days (d147 of the experiment) after administration of the indicated candidate. (D) provides geometric mean increases (GMFI) in neutralizing antibody titers at day 147 compared to mice administered carrier solution. As shown in (C), at day 147, absolute neutralizing antibody titers induced by RNA encoding a truncated S1 subdomain were approximately 2-fold higher than those induced by RNA encoding a full-length S protein. As shown in (D), the GMFI of neutralizing antibody titers was approximately 3-fold higher for RNA encoding a truncated S1 subdomain than for RNA encoding a full-length S protein stabilized by prefusion.
En général, la terminologie utilisée ici est conforme à sa signification telle qu’elle est comprise dans le domaine, sauf indication contraire claire. Des définitions explicites de certains termes sont fournies ci-dessous ; la signification de ces termes et d’autres termes dans des cas particuliers tout au long de cette description seront claires pour l’homme du métier à partir du contexte.In general, the terminology used herein is consistent with its meaning as understood in the art, unless otherwise clearly indicated. Explicit definitions of certain terms are provided below; the meaning of these and other terms in particular instances throughout this specification will be clear to those skilled in the art from the context.
Afin que la présente invention puisse être plus facilement comprise, certains termes sont d’abord définis ci-dessous. Des définitions supplémentaires pour les termes suivants et d’autres termes sont énoncées tout au long de la description.In order that the present invention may be more readily understood, certain terms are first defined below. Additional definitions for the following and other terms are set forth throughout the description.
Environ: Le terme « environ », lorsqu’il est utilisé ici en référence à une valeur, fait référence à une valeur qui est analogue, dans le contexte, à la valeur référencée. En général, l'homme du métier, connaissant bien le contexte, se rendra compte du degré de variance pertinent que recouvre le terme « environ » dans ce contexte. Par exemple, dans certains modes de réalisation, le terme « environ » peut englober une plage de valeurs qui se situent dans 25 %, 20 %, 19 %, 18 %, 17 %, 16 %, 15 %, 14 %, 13 %, 12 %, 11 %, 10 %, 9 %, 8 %, 7 %, 6 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 %, 1 %, ou moins de la valeur référencée.About : The term "about," when used herein in reference to a value, refers to a value that is analogous, in context, to the referenced value. In general, one skilled in the art, familiar with the context, will appreciate the relevant degree of variance encompassed by the term "about" in that context. For example, in some embodiments, the term "about" may encompass a range of values that are within 25%, 20%, 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, or less of the referenced value.
Agent: Tel qu’utilisé ici, le terme « agent » peut faire référence à une entité physique ou à un phénomène. Dans certains modes de réalisation, un agent peut être caractérisé par une caractéristique et/ou un effet particulier. Dans certains modes de réalisation, un agent peut être un composé, une molécule ou une entité de n’importe quelle classe chimique y compris, par exemple, une petite molécule, un polypeptide, un acide nucléique, un saccharide, un lipide, un métal ou une combinaison ou un complexe de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, le terme « agent » peut faire référence à un composé, à une molécule ou à une entité qui comprend un polymère. Dans certains modes de réalisation, le terme peut faire référence à un composé ou à une entité qui comprend une ou plusieurs fractions polymères. Dans certains modes de réalisation, le terme « agent » peut faire référence à un composé, à une molécule ou à une entité qui est sensiblement exempte d’un polymère particulier ou d’une fraction polymère particulière. Dans certains modes de réalisation, le terme peut faire référence à un composé, à une molécule ou à une entité qui est dépourvue ou sensiblement exempt de tout polymère ou de toute fraction polymère.Agent : As used herein, the term "agent" may refer to a physical entity or phenomenon. In some embodiments, an agent may be characterized by a particular characteristic and/or effect. In some embodiments, an agent may be a compound, molecule, or entity of any chemical class including, for example, a small molecule, a polypeptide, a nucleic acid, a saccharide, a lipid, a metal, or a combination or complex thereof. In some embodiments, the term "agent" may refer to a compound, molecule, or entity that comprises a polymer. In some embodiments, the term may refer to a compound or entity that comprises one or more polymeric moieties. In some embodiments, the term "agent" may refer to a compound, molecule, or entity that is substantially free of a particular polymer or polymeric moiety. In some embodiments, the term may refer to a compound, molecule, or entity that is free or substantially free of any polymer or polymer moiety.
Acide aminé:Dans son sens le plus large, tel qu’utilisé ici, le terme « acide aminé » fait référence à un composé et/ou à une substance qui peut être, est ou a été incorporé dans une chaîne polypeptidique,par exemple, par formation d’une ou de plusieurs liaisons peptidiques. Dans certains modes de réalisation, un acide aminé a la structure générale H2N–C(H)(R)–COOH. Dans certains modes de réalisation, un acide aminé est un acide aminé naturel. Dans certains modes de réalisation, un acide aminé est un acide aminé non naturel ; dans certains modes de réalisation, un acide aminé est un acide D-aminé ; dans certains modes de réalisation, un acide aminé est un acide L-aminé. « Acide aminé standard » fait référence à l’un quelconque des vingt acides aminés L standard que l’on trouve couramment dans les peptides naturels. « Acide aminé non standard » fait référence à tout acide aminé, autre que les acides aminés standard, qu’il soit préparé synthétiquement ou obtenu à partir d’une source naturelle. Dans certains modes de réalisation, un acide aminé, y compris un acide aminé carboxy- et/ou amino-terminal dans un polypeptide, peut contenir une modification structurelle par rapport à la structure générale ci-dessus. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un acide aminé peut être modifié par méthylation, amidation, acétylation, pégylation, glycosylation, phosphorylation et/ou substitution (par exemple, du groupe amino, du groupe acide carboxylique, d’un ou plusieurs protons et/ou du groupe hydroxyle) par rapport à la structure générale. Dans certains modes de réalisation, une telle modification peut, par exemple, modifier la demi-vie circulante d’un polypeptide contenant l’acide aminé modifié par rapport à un polypeptide contenant un acide aminé non modifié par ailleurs identique. Dans certains modes de réalisation, une telle modification ne modifie pas de manière significative une activité pertinente d’un polypeptide contenant l’acide aminé modifié, par rapport à un polypeptide contenant un acide aminé non modifié par ailleurs identique. Comme cela ressort clairement du contexte, dans certains modes de réalisation, le terme « acide aminé » peut être utilisé pour désigner un acide aminé libre ; dans certains modes de réalisation, il peut être utilisé pour désigner un résidu d’acide aminé d’un polypeptide.Amino Acid: In its broadest sense, as used herein, the term “amino acid” refers to a compound and/or substance that can be, is, or has been incorporated into a polypeptide chain,for example , by formation of one or more peptide bonds. In some embodiments, an amino acid has the general structure H2 N–C(H)(R)–COOH. In some embodiments, an amino acid is a naturally occurring amino acid. In some embodiments, an amino acid is a non-naturally occurring amino acid; in some embodiments, an amino acid is a D-amino acid; in some embodiments, an amino acid is an L-amino acid. “Standard amino acid” refers to any of the twenty standard L-amino acids commonly found in naturally occurring peptides. “Non-standard amino acid” refers to any amino acid, other than standard amino acids, whether prepared synthetically or obtained from a natural source. In some embodiments, an amino acid, including a carboxy- and/or amino-terminal amino acid in a polypeptide, may contain a structural modification relative to the above general structure. For example, in some embodiments, an amino acid may be modified by methylation, amidation, acetylation, pegylation, glycosylation, phosphorylation, and/or substitution (e.g., of the amino group, the carboxylic acid group, one or more protons, and/or the hydroxyl group) relative to the general structure. In some embodiments, such a modification may, for example, alter the circulating half-life of a polypeptide containing the modified amino acid relative to a polypeptide containing an otherwise identical, unmodified amino acid. In some embodiments, such a modification does not significantly alter a relevant activity of a polypeptide containing the modified amino acid, relative to a polypeptide containing an otherwise identical, unmodified amino acid. As will be apparent from the context, in some embodiments, the term "amino acid" may be used to refer to a free amino acid; in some embodiments, it may be used to refer to an amino acid residue of a polypeptide.
Agent anticorps: tel qu’utilisé ici, le terme « agent anticorps » fait référence à un agent qui se lie spécifiquement à un antigène particulier. Dans certains modes de réalisation, le terme englobe un polypeptide ou un complexe polypeptidique qui comporte des éléments structurels d’immunoglobuline suffisants pour conférer une liaison spécifique. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un agent anticorps est ou comprend un polypeptide dont la séquence d’acides aminés comporte un ou plusieurs éléments structurels reconnus par l’homme du métier comme une région déterminant la complémentarité (CDR) ; dans certains modes de réalisation, un agent anticorps est ou comprend un polypeptide dont la séquence d’acides aminés comporte au moins une CDR (par exemple, au moins une CDR de chaîne lourde et/ou au moins une CDR de chaîne légère) qui est sensiblement identique à celle trouvée dans un anticorps de référence. Dans certains modes de réalisation, une CDR incluse est sensiblement identique à une CDR de référence en ce qu’elle est soit identique en séquence, soit contient entre 1 et 5 substitutions d’acides aminés par rapport à la CDR de référence. Dans certains modes de réalisation, une CDR incluse est sensiblement identique à une CDR de référence en ce qu’elle présente au moins 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %, ou 100 % d’identité de séquence avec la CDR de référence. Dans certains modes de réalisation, une CDR incluse est sensiblement identique à une CDR de référence en ce qu’elle présente au moins 96 %, 96 %,97 %, 98 %, 99 %, ou 100 % d’identité de séquence avec la CDR de référence. Dans certains modes de réalisation, une CDR incluse est sensiblement identique à une CDR de référence en ce qu’au moins un acide aminé dans le CDR incluse est supprimé, ajouté ou substitué par rapport à la CDR de référence, mais la CDR incluse a une séquence d’acides aminés qui est par ailleurs identique à celle de la CDR de référence. Dans certains modes de réalisation, une CDR incluse est sensiblement identique à une CDR de référence en ce qu’au moins des acides aminés 1 à 5 dans la CDR incluse sont supprimés, ajoutés ou substitués par rapport à la CDR de référence, mais la CDR incluse a une séquence d’acides aminés qui est par ailleurs identique à celle de la CDR de référence. Dans certains modes de réalisation, une CDR incluse est sensiblement identique à une CDR de référence en ce qu’au moins un acide aminé dans la CDR incluse est substitué par rapport à la CDR de référence, mais la CDR incluse a une séquence d’acides aminés qui est par ailleurs identique à celle de la CDR de référence. Dans certains modes de réalisation, une CDR incluse est sensiblement identique à une CDR de référence en ce qu’au moins des acides aminés 1 à 5 dans la CDR incluse sont supprimés, ajoutés ou substitués par rapport à la CDR de référence, mais la CDR inclus a une séquence d’acides aminés qui est par ailleurs identique à celle de la CDR de référence. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps est ou comprend un polypeptide dont la séquence d’acides aminés comporte des éléments structurels reconnus par l’homme du métier comme un domaine variable d’immunoglobuline. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps est présent dans ou comprend un polypeptide dont la séquence d’acides aminés comporte des éléments structurels reconnus par l’homme du métier comme correspondant aux CDR 1, 2 et 3 d’un domaine variable d’anticorps ; dans certains de ces modes de réalisation, un agent anticorps est présent dans ou comprend un polypeptide ou un ensemble de polypeptides dont la ou les séquences d’acides aminés comportent ensemble des éléments structurels reconnus par l’homme du métier comme correspondant à la fois aux CDR de région variable de chaîne lourde et de chaîne légère, par exemple, les CDR de chaîne lourde 1, 2 et/ou 3 et les CDR de chaîne légère 1, 2 et/ou 3. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps est une protéine polypeptidique ayant un domaine de liaison qui est homologue ou largement homologue à un domaine de liaison d’immunoglobuline. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps peut être ou comprendre une préparation d’anticorps polyclonal. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps peut être ou comprendre une préparation d’anticorps monoclonal. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps peut comporter une ou plusieurs séquences de région constante qui sont caractéristiques d’un organisme particulier, tel qu’un chameau, un humain, une souris, un primate, un lapin, un rat ; dans de nombreux modes de réalisation, un agent anticorps peut comporter une ou plusieurs séquences de région constante qui sont caractéristiques d’un humain. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps peut comporter un ou plusieurs éléments de séquence qui seraient reconnus par l’homme du métier comme une séquence humanisée, une séquence primatisée, une séquence chimérique, etc. Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps peut être un anticorps canonique (par exemple, peut comprendre deux chaînes lourdes et deux chaînes légères). Dans certains modes de réalisation, un agent anticorps peut être dans un format choisi parmi, mais sans s’y limiter, des anticorps IgA, IgG, IgE ou IgM intacts ; des anticorps bi- ou multi-spécifiques (par exemple, Zybodies®, etc.) ; des fragments d’anticorps tels que des fragments Fab, des fragments Fab’, des fragments F(ab’)2, des fragments Fd’, des fragments Fd, et des CDR isolés ou des ensembles de ceux-ci ; des Fv à chaîne unique ; des fusions polypeptide-Fc ; des anticorps à domaine unique (par exemple, des anticorps à domaine unique de requin tels que IgNAR ou des fragments de ceux-ci) ; des anticorps caméloïdes ; des anticorps masqués (par exemple, Probodies®) ;desSmallModula ImmunoPharmaceuticals (« SMIPTM») ; des diacorps à chaîne unique ou en tandem (TandAb®) ; des VHH ; des Anticalins® ; des minicorps Nanocorps® ; des BiTE® ; des protéines de répétition d’ankyrine ou des DARPIN® ; des Avimers® ; des DART ; des anticorps de type TCR ; des Adnectines® ; des Affilins® ; des Trans-bodies® ; des Affibodies® ; le TrimèreX® ; des MicroProtéines ; des Fynomères®, des Centyrines® ; et le KALBITOR®. Dans certains modes de réalisation, un anticorps peut être dépourvu d’une modification covalente (par exemple, la fixation d’un glycane) qu’il aurait s’il était produit naturellement. Dans certains modes de réalisation, un anticorps peut contenir une modification covalente (par exemple, la fixation d’un glycane, une charge utile (par exemple, une fraction détectable, une fraction thérapeutique, une fraction catalytique, etc.) ou un autre groupe pendant (par exemple, du polyéthylène glycol, etc.)).Antibody Agent : As used herein, the term "antibody agent" refers to an agent that specifically binds to a particular antigen. In some embodiments, the term encompasses a polypeptide or polypeptide complex that comprises immunoglobulin structural elements sufficient to confer specific binding. For example, in some embodiments, an antibody agent is or comprises a polypeptide whose amino acid sequence comprises one or more structural elements recognized by those skilled in the art as a complementarity determining region (CDR); in some embodiments, an antibody agent is or comprises a polypeptide whose amino acid sequence comprises at least one CDR (e.g., at least one heavy chain CDR and/or at least one light chain CDR) that is substantially identical to that found in a reference antibody. In some embodiments, an included CDR is substantially identical to a reference CDR in that it is either identical in sequence or contains between 1 and 5 amino acid substitutions relative to the reference CDR. In some embodiments, an included CDR is substantially identical to a reference CDR in that it has at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity with the reference CDR. In some embodiments, an included CDR is substantially identical to a reference CDR in that it has at least 96%, 96%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity with the reference CDR. In some embodiments, an included CDR is substantially identical to a reference CDR in that at least one amino acid in the included CDR is deleted, added, or substituted relative to the reference CDR, but the included CDR has an amino acid sequence that is otherwise identical to that of the reference CDR. In some embodiments, an included CDR is substantially identical to a reference CDR in that at least amino acids 1-5 in the included CDR are deleted, added, or substituted relative to the reference CDR, but the included CDR has an amino acid sequence that is otherwise identical to that of the reference CDR. In some embodiments, an included CDR is substantially identical to a reference CDR in that at least one amino acid in the included CDR is substituted relative to the reference CDR, but the included CDR has an amino acid sequence that is otherwise identical to that of the reference CDR. In some embodiments, an included CDR is substantially identical to a reference CDR in that at least amino acids 1 to 5 in the included CDR are deleted, added, or substituted relative to the reference CDR, but the included CDR has an amino acid sequence that is otherwise identical to that of the reference CDR. In some embodiments, an antibody agent is or comprises a polypeptide whose amino acid sequence includes structural elements recognized by those skilled in the art as an immunoglobulin variable domain. In some embodiments, an antibody agent is present in or comprises a polypeptide whose amino acid sequence includes structural elements recognized by those skilled in the art as corresponding to CDRs 1, 2, and 3 of an antibody variable domain; In some such embodiments, an antibody agent is present in or comprises a polypeptide or set of polypeptides whose amino acid sequence(s) together comprise structural elements recognized by those skilled in the art as corresponding to both heavy chain and light chain variable region CDRs, e.g., heavy chain CDRs 1, 2 and/or 3 and light chain CDRs 1, 2 and/or 3. In some embodiments, an antibody agent is a polypeptide protein having a binding domain that is homologous or broadly homologous to an immunoglobulin binding domain. In some embodiments, an antibody agent may be or comprise a polyclonal antibody preparation. In some embodiments, an antibody agent may be or comprise a monoclonal antibody preparation. In some embodiments, an antibody agent may comprise one or more constant region sequences that are characteristic of a particular organism, such as a camel, a human, a mouse, a primate, a rabbit, a rat; in many embodiments, an antibody agent may comprise one or more constant region sequences that are characteristic of a human. In some embodiments, an antibody agent may comprise one or more sequence elements that would be recognized by those skilled in the art as a humanized sequence, a primatized sequence, a chimeric sequence, etc. In some embodiments, an antibody agent may be a canonical antibody (e.g., may comprise two heavy chains and two light chains). In some embodiments, an antibody agent may be in a format selected from, but not limited to, intact IgA, IgG, IgE, or IgM antibodies; bi- or multi-specific antibodies (e.g., Zybodies®, etc.); antibody fragments such as Fab fragments, Fab' fragments, F(ab')2 fragments, Fd' fragments, Fd fragments, and isolated CDRs or sets thereof; single-chain Fvs; polypeptide-Fc fusions; single-domain antibodies (e.g., shark single-domain antibodies such as IgNAR or fragments thereof); cameloid antibodies; masked antibodies (e.g., Probodies®);SmallModule ImmunoPharmaceuticals (“SMIP™ ”); single-chain or tandem diabodies (TandAb®); VHHs; Anticalins®; Nanocorps® minibodies; BiTE®; ankyrin repeat proteins or DARPIN®; Avimers®; DARTs; TCR-like antibodies; Adnectins®; Affilins®; Trans-bodies®; Affibodies®; TrimerX®; MicroProteins; Fynomers®, Centyrins®; and KALBITOR®. In some embodiments, an antibody may lack a covalent modification (e.g., glycan attachment) that it would have if produced naturally. In some embodiments, an antibody may contain a covalent modification (e.g., glycan attachment, a payload (e.g., a detectable moiety, a therapeutic moiety, a catalytic moiety, etc.), or another pendant group (e.g., polyethylene glycol, etc.)).
Antigène: L’homme du métier, à la lecture de la présente descriptionf, saura reconnaître que le terme « antigène » fait référence à une molécule qui est reconnue par le système immunitaire,par exemple, dans des modes de réalisation particuliers, le système immunitaire adaptatif, de telle sorte qu’elle suscite une réponse immunitaire spécifique à l’antigène. Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire spécifique à l’antigène peut être ou comprendre la génération d’anticorps et/ou de cellules T spécifiques à l’antigène. Dans certains modes de réalisation, un antigène est un peptide ou un polypeptide qui comprend au moins un épitope contre lequel une réponse immunitaire peut être générée. Dans un mode de réalisation, un antigène est présenté par des cellules du système immunitaire telles que des cellules présentatrices d’antigènes comme les cellules dendritiques ou les macrophages. Dans un mode de réalisation, un antigène ou un produit transformé de celui-ci tel qu’un antigène de cellule T est lié par un récepteur de cellule T ou B, ou par une molécule d’immunoglobuline telle qu’un anticorps. En conséquence, un antigène ou un produit transformé de celui-ci peut réagir spécifiquement avec des anticorps ou des lymphocytes T (cellules T). Dans un mode de réalisation, un antigène est un antigène parasitaire. Conformément à la présente invention, dans certains modes de réalisation, un antigène peut être délivré par des molécules d’ARN telles que décrites ici. Dans certains modes de réalisation, un antigène peptidique ou polypeptidique peut avoir une longueur de 2 à 100 acides aminés, y compris par exemple une longueur de 5 acides aminés, 10 acides aminés, 15 acides aminés, 20 acides aminés, 25 acides aminés, 30 acides aminés, 35 acides aminés, 40 acides aminés, 45 acides aminés ou 50 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un antigène peptidique ou polypeptidique peut être supérieur à 50 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un antigène peptidique ou polypeptidique peut être supérieur à 100 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un antigène est reconnu par une cellule effectrice immunitaire. Dans certains modes de réalisation, un antigène, s’il est reconnu par une cellule effectrice immunitaire, est capable d’induire, en présence de signaux de co-stimulation appropriés, une stimulation, un amorçage et/ou une expansion de la cellule effectrice immunitaire portant un récepteur d’antigène reconnaissant l’antigène. Dans le contexte des modes de réalisation de la présente invention, dans certains modes de réalisation, un antigène peut être présenté ou présent sur la surface d’une cellule,par exempleune cellule présentatrice d’antigène. Dans un mode de réalisation, un antigène est présenté par une cellule malade telle qu’une cellule infectée par un virus. Dans un mode de réalisation, un récepteur d’antigène est un TCR qui se lie à un épitope d’un antigène présenté dans le contexte du CMH. Dans un mode de réalisation, la liaison d’un TCR lorsqu’il est exprimé par des cellules T et/ou présent sur des cellules T à un antigène présenté par des cellules telles que des cellules présentatrices d’antigène entraîne une stimulation, un amorçage et/ou une expansion desdites cellules T. Dans un mode de réalisation, la liaison d’un TCR lorsqu’il est exprimé par des cellules T et/ou présent sur des cellules T à un antigène présenté sur des cellules malades entraîne une cytolyse et/ou une apoptose des cellules malades, lesdits cellules T libérant de préférence des facteurs cytotoxiques, par exemple des perforines et des granzymes.Antigen : Those skilled in the art, upon reading this description, will recognize that the term "antigen" refers to a molecule that is recognized by the immune system,for example , in particular embodiments, the adaptive immune system, such that it elicits an antigen-specific immune response. In some embodiments, an antigen-specific immune response may be or include the generation of antibodies and/or antigen-specific T cells. In some embodiments, an antigen is a peptide or polypeptide that includes at least one epitope against which an immune response can be generated. In one embodiment, an antigen is presented by cells of the immune system such as antigen-presenting cells like dendritic cells or macrophages. In one embodiment, an antigen or a processed product thereof such as a T cell antigen is bound by a T or B cell receptor, or by an immunoglobulin molecule such as an antibody. Accordingly, an antigen or a processed product thereof can react specifically with antibodies or T lymphocytes (T cells). In one embodiment, an antigen is a parasite antigen. In accordance with the present invention, in some embodiments, an antigen can be delivered by RNA molecules as described herein. In some embodiments, a peptide or polypeptide antigen can be 2 to 100 amino acids in length, including, for example, 5 amino acids, 10 amino acids, 15 amino acids, 20 amino acids, 25 amino acids, 30 amino acids, 35 amino acids, 40 amino acids, 45 amino acids, or 50 amino acids in length. In some embodiments, a peptide or polypeptide antigen can be greater than 50 amino acids. In some embodiments, a peptide or polypeptide antigen can be greater than 100 amino acids. In some embodiments, an antigen is recognized by an immune effector cell. In some embodiments, an antigen, if recognized by an immune effector cell, is capable of inducing, in the presence of appropriate co-stimulatory signals, stimulation, priming, and/or expansion of the immune effector cell bearing an antigen receptor recognizing the antigen. In the context of embodiments of the present invention, in some embodiments, an antigen may be presented or present on the surface of a cell,for example, an antigen-presenting cell. In one embodiment, an antigen is presented by a diseased cell such as a virus-infected cell. In one embodiment, an antigen receptor is a TCR that binds to an epitope of an antigen presented in the context of the MHC. In one embodiment, binding of a TCR when expressed by T cells and/or present on T cells to an antigen presented by cells such as antigen presenting cells results in stimulation, priming and/or expansion of said T cells. In one embodiment, binding of a TCR when expressed by T cells and/or present on T cells to an antigen presented on diseased cells results in cytolysis and/or apoptosis of the diseased cells, wherein said T cells preferably release cytotoxic factors, e.g., perforins and granzymes.
Associé: Deux événements ou entités sont « associés » l’un à l’autre, au sens où ce terme est utilisé ici, si la présence, le niveau, le degré, le type et/ou la forme de l’un est corrélé à celui de l’autre. Par exemple, une entité particulière (par exemple, un polypeptide, une signature génétique, un métabolite, un microbe, etc.) est considérée comme associée à une maladie, un trouble ou une affection particulière, si sa présence, son niveau et/ou sa forme sont en corrélation avec l’incidence, la sensibilité, la gravité, le stade,etc.de la maladie, du trouble ou de l’affection (par exemple, dans une population pertinente). Dans certains modes de réalisation, deux ou plusieurs entités sont physiquement « associées » les unes aux autres si elles interagissent, directement ou indirectement, de sorte qu’elles sont et/ou restent à proximité physique l’une de l’autre. Dans certains modes de réalisation, deux ou plusieurs entités qui sont physiquement associées les unes aux autres sont liées de manière covalente les unes aux autres ; dans certains modes de réalisation, deux ou plusieurs entités qui sont physiquement associées les unes aux autres ne sont pas liées de manière covalente les unes aux autres mais sont associées de manière non covalente, par exemple au moyen de liaisons hydrogène, d’interaction de van der Waals, d’interactions hydrophobes, de magnétisme et de combinaisons de ceux-ci.Associated : Two events or entities are “associated” with each other, as that term is used herein, if the presence, level, degree, type, and/or form of one correlates with that of the other. For example, a particular entity (e.g., a polypeptide, genetic signature, metabolite, microbe, etc.) is considered associated with a particular disease, disorder, or condition, if its presence, level, and/or form correlates with the incidence, susceptibility, severity, stage,etc. of the disease, disorder, or condition (e.g. , in a relevant population). In some embodiments, two or more entities are physically “associated” with each other if they interact, directly or indirectly, such that they are and/or remain in physical proximity to each other. In some embodiments, two or more entities that are physically associated with each other are covalently bonded to each other; in some embodiments, two or more entities that are physically associated with each other are not covalently bonded to each other but are associated non-covalently, e.g., by means of hydrogen bonding, van der Waals interaction, hydrophobic interactions, magnetism, and combinations thereof.
Liaison: L’homme du métier, en lisant la présente description, saura reconnaître que le terme « liaison » fait généralement référence à une association non covalente entre ou parmi des entités ou des fractions. Dans certains modes de réalisation, les données de liaison sont exprimées en termes de « CI50». Comme on le comprend dans le domaine, la CI50est la concentration d’un agent évalué dans un test de liaison à laquelle une inhibition de 50 % de la liaison de l’agent de référence connu pour se lier au partenaire de liaison pertinent est observée. Dans certains modes de réalisation, les tests sont effectués dans des conditions dans lesquelles (par exemple, en limitant les concentrations cibles de liaison et de référence), les valeurs de CI50se rapprochent des valeurs de KD. Les tests permettant de déterminer la liaison sont bien connus dans le domaine et sont décrits en détail, par exemple, dans les publications PCT WO 94/20127 et WO 94/03205, et d’autres publications telles que Sidney et al., Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998) ; Sidney et al., J. Immunol. 154:247 (1995) ; et Sette et al., Mol. Immunol. 31:813 (1994). En variante, la liaison peut être exprimée par rapport à la liaison par un peptide standard de référence. Par exemple, elle peut être basée sur sa CI50par rapport à la CI50d’un peptide standard de référence. La liaison peut également être déterminée à l’aide d’autres systèmes d’analyse, notamment ceux utilisant: des cellules vivantes (par exemple, Ceppellini et al., Nature 339:392 (1989) ; Christnick et al., Nature 352:67 (1991) ; Busch et al., Int. Immunol. 2:443 (1990) ; Hill et al., J. Immunol. 147:189 (1991) ; del Guercio et al., J. Immunol. 154:685 (1995)), des systèmes acellulaires utilisant des lysats détergents (par exemple, Cerundolo et al., J. Immunol 21:2069 (1991)), du CMH purifié immobilisé (par exemple, Hill et al., J. Immunol. 152, 2890 (1994) ; Marshall et al., J. Immunol. 152:4946 (1994)), des systèmes ELISA (par exemple, Reay et al., EMBO J. 11:2829 (1992)), la résonance plasmonique de surface (par exemple, Khilko et al., J. Biol. Chem. 268:15425 (1993)) ; des dosages en phase soluble à haut flux (Hammer et al., J. Exp. Med. 180:2353 (1994)) et la mesure de la stabilisation ou de l’assemblage du CMH de classe I (par exemple, Ljunggren et al., Nature 346:476 (1990) ; Schumacher et al., Cell 62:563 (1990) ; Townsend et al., Cell 62:285 (1990) ; Parker et al., J. Immunol. 149:1896 (1992)).Binding : Those skilled in the art, upon reading this disclosure, will recognize that the term "binding" generally refers to a non-covalent association between or among entities or moieties. In some embodiments, the binding data is expressed in terms of "IC50. " As understood in the art, the IC50 is the concentration of an agent being evaluated in a binding assay at which a 50% inhibition of the binding of the reference agent known to bind to the relevant binding partner is observed. In some embodiments, the assays are performed under conditions in which (e.g. , by limiting the target binding and reference concentrations) the IC50 values approximate the KD values. Assays for determining binding are well known in the art and are described in detail, for example, in PCT publications WO 94/20127 and WO 94/03205, and other publications such as Sidney et al., Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998); Sidney et al., J. Immunol. 154:247 (1995); and Sette et al., Mol. Immunol. 31:813 (1994). Alternatively, binding may be expressed relative to binding by a reference standard peptide. For example, it may be based on its IC50 relative to the IC50 of a reference standard peptide. Binding can also be determined using other assay systems, including those using: live cells (e.g., Ceppellini et al., Nature 339:392 (1989); Christnick et al., Nature 352:67 (1991); Busch et al., Int. Immunol. 2:443 (1990); Hill et al., J. Immunol. 147:189 (1991); del Guercio et al., J. Immunol. 154:685 (1995)), cell-free systems using detergent lysates (e.g., Cerundolo et al., J. Immunol 21:2069 (1991)), immobilized purified MHC (e.g., Hill et al., J. Immunol. 152:2890 (1994); Marshall et al., J. Immunol. 152:4946 (1994)), ELISA systems (e.g., Reay et al., EMBO J. 11:2829 (1992)), surface plasmon resonance (e.g., Khilko et al., J. Biol. Chem. 268:15425 (1993)); high-flux solution-phase assays (Hammer et al., J. Exp. Med. 180:2353 (1994)) and measurement of MHC class I stabilization or assembly (e.g., Ljunggren et al., Nature 346:476 (1990); Schumacher et al., Cell 62:563 (1990); Townsend et al., Cell 62:285 (1990); Parker et al., J. Immunol. 149:1896 (1992)).
Coiffe: Tel qu’utilisé ici, le terme « coiffe » fait référence à une structure comprenant ou essentiellement constituée d’un nucléoside-5’-triphosphate qui est généralement joint à une extrémité 5’ d’un ARN non coiffé (par exemple, un ARN non coiffé ayant un 5’-diphosphate). Dans certains modes de réalisation, une coiffe est ou comprend un nucléotide de guanine. Dans certains modes de réalisation, une coiffe est ou comprend une coiffe d’ARN en 5’ d’origine naturelle, y compris,par exemple, mais sans s’y limiter, une coiffe 7-méthylguanosine, qui a une structure désignée comme « m7G ». Dans certains modes de réalisation, une coiffe est ou comprend un analogue de coiffe synthétique qui ressemble à une structure de coiffe d’ARN et possède la capacité de stabiliser l’ARN s’il y est attaché, comportant,par exemple, mais sans s’y limiter, les analogues de coiffe anti-inverse (ARCA) connus dans le domaine). L’homme du métier se rendra compte que des procédés permettant de joindre une coiffe à une extrémité 5’ d’un ARN sont connus dans le domaine. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un ARN coiffé peut être obtenu par coiffagein vitrod’ARN qui possède un groupe 5’ triphosphate ou un ARN qui possède un groupe 5’ diphosphate avec un système enzymatique de coiffage (y compris,par exemple, mais sans s’y limiter, le système enzymatique de coiffage de la vaccine ou le système enzymatique de coiffage de Saccharomyces cerevisiae). En variante, un ARN coiffé peut être obtenu par transcriptionin vitro(IVT) d’une matrice d’ADN simple brin en présence d’un analogue de coiffe dinucléotidique ou trinucléotidique.Cap : As used herein, the term "cap" refers to a structure comprising or consisting essentially of a nucleoside 5'-triphosphate that is generally joined to a 5' end of an uncapped RNA (e.g. , an uncapped RNA having a 5'-diphosphate). In some embodiments, a cap is or comprises a guanine nucleotide. In some embodiments, a cap is or comprises a naturally occurring 5' RNA cap, including,for example , but not limited to, a 7-methylguanosine cap, which has a structure designated as "m7G." In some embodiments, a cap is or comprises a synthetic cap analog that resembles an RNA cap structure and has the ability to stabilize RNA if attached thereto, including,for example , but not limited to, anti-reverse cap analogs (ARCA) known in the art. Those skilled in the art will appreciate that methods for attaching a cap to a 5' end of an RNA are known in the art. For example, in some embodiments, a capped RNA may be obtained byin vitro capping of RNA that has a 5' triphosphate group or RNA that has a 5' diphosphate group with a capping enzyme system (including,for example , but not limited to, the vaccinia capping enzyme system or the Saccharomyces cerevisiae capping enzyme system). Alternatively, a capped RNA may be obtained byin vitro transcription (IVT) of a single-stranded DNA template in the presence of a dinucleotide or trinucleotide cap analog.
Immunité à médiation cellulaire: « Immunité à médiation cellulaire », « immunité cellulaire », « réponse immunitaire cellulaire » ou des termes similaires sont censés inclure une réponse cellulaire dirigée vers des cellules caractérisées par l’expression d’un antigène, en particulier caractérisées par la présentation d’un antigène avec un CMH de classe I ou de classe II. Une réponse cellulaire concerne les cellules effectrices immunitaires, en particulier les cellules T ou lymphocytes T qui agissent soit comme des « auxiliaires », soit comme des « tueurs ». Les cellules T auxiliaires (également appelées cellules T CD4+ou cellules T CD4) jouent un rôle central en régulant la réponse immunitaire et les cellules tueuses (également appelées cellules T cytotoxiques, cellules T cytolytiques, cellules T CD8+, cellules T CD8 ou CTL) tuent les cellules malades telles que les cellules infectées par un virus, empêchant la production de davantage de cellules malades.Cell-mediated immunity : “Cell-mediated immunity,” “cellular immunity,” “cellular immune response,” or similar terms are intended to include a cellular response directed toward cells characterized by the expression of an antigen, especially characterized by the presentation of an antigen with MHC class I or class II. A cellular response involves immune effector cells, especially T cells or T lymphocytes that act either as “helpers” or “killers.” Helper T cells (also known as CD4+ T cells or CD4 T cells) play a central role in regulating the immune response, and killer cells (also known as cytotoxic T cells, cytolytic T cells, CD8+ T cells, CD8 T cells, or CTLs) kill diseased cells such as virally infected cells, preventing the production of more diseased cells.
Co-administration: Tel qu’utilisé ici, le terme « co-administration » fait référence à l’utilisation d’une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène,par exemple, un vaccin) décrite ici et d’un agent thérapeutique supplémentaire. L’utilisation combinée d’une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène,par exemple, un vaccin) décrite ici et d’un agent thérapeutique supplémentaire peut être effectuée simultanément ou séparément (par exemple, séquentiellement dans n’importe quel ordre). Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène,par exemple, un vaccin) décrite ici et un agent thérapeutique supplémentaire peuvent être combinés dans un support pharmaceutiquement acceptable, ou ils peuvent être placés dans des supports séparés et délivrés à une cellule cible ou administrés à un sujet à des moments différents. Chacune de ces situations est considérée comme relevant de la définition de « co-administration » ou de « combinaison », à condition qu’une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène,par exemple, un vaccin) décrite ici et un agent thérapeutique supplémentaire soient délivrés ou administrés à des moments suffisamment proches dans le temps pour qu’il y ait au moins un certain chevauchement temporel dans le ou les effets biologiques générés par chacun sur une cellule cible ou un sujet traité.Co-administration : As used herein, the term "co-administration" refers to the use of a pharmaceutical composition (e.g. , an immunogenic composition,e.g. , a vaccine) described herein and an additional therapeutic agent. The combined use of a pharmaceutical composition (e.g. , an immunogenic composition,e.g. , a vaccine) described herein and an additional therapeutic agent may be performed simultaneously or separately (e.g. , sequentially in any order). In some embodiments, a pharmaceutical composition (e.g. , an immunogenic composition,e.g. , a vaccine) described herein and an additional therapeutic agent may be combined in a pharmaceutically acceptable carrier, or they may be placed in separate carriers and delivered to a target cell or administered to a subject at different times. Each of these situations is considered to fall within the definition of "co-administration" or "combination," provided that a pharmaceutical composition (e.g. , an immunogenic composition,e.g. , a vaccine) described herein and an additional therapeutic agent are delivered or administered at times sufficiently close in time that there is at least some temporal overlap in the biological effect(s) generated by each on a target cell or treated subject.
Optimisé par codons: Tel qu’utilisé ici, le terme « optimisé par codons » fait référence à la modification de codons dans une région codante d’une molécule d’acide nucléique pour refléter l’utilisation typique des codons d’un organisme hôte sans modifier de préférence la séquence d’acides aminés codée par la molécule d’acide nucléique. Dans le contexte de la présente invention, dans certains modes de réalisation, les régions codantes sont optimisées par codons pour une expression optimale chez un sujet à traiter à l’aide des molécules d’ARN décrites ici. Dans certains modes de réalisation, l’optimisation par codons peut être réalisée de telle sorte que les codons pour lesquels des ARNt fréquemment présents sont disponibles soient insérés à la place de « codons rares ». Dans certains modes de réalisation, l’optimisation par codons peut comporter l’augmentation de la teneur en guanosine/cytosine (G/C) d’une région codante de l’ARN décrit ici par rapport à la teneur en G/C de la séquence codante correspondante d’un ARN de type sauvage, dans laquelle la séquence d’acides aminés codée par l’ARN n’est de préférence pas modifiée par rapport à la séquence d’acides aminés.Codon-Optimized : As used herein, the term “codon-optimized” refers to the modification of codons in a coding region of a nucleic acid molecule to reflect the typical codon usage of a host organism without preferably altering the amino acid sequence encoded by the nucleic acid molecule. In the context of the present invention, in some embodiments, the coding regions are codon-optimized for optimal expression in a subject to be treated using the RNA molecules described herein. In some embodiments, codon optimization may be performed such that codons for which frequently occurring tRNAs are available are inserted in place of “rare codons.” In some embodiments, codon optimization may comprise increasing the guanosine/cytosine (G/C) content of a coding region of the RNA described herein relative to the G/C content of the corresponding coding sequence of a wild-type RNA, wherein the amino acid sequence encoded by the RNA is preferably not altered from the amino acid sequence.
Thérapie combinée: Tel qu’utilisé ici, le terme « thérapie combinée » fait référence aux situations dans lesquelles un sujet est simultanément exposé à deux schémas thérapeutiques ou plus (par exemple, deux agents thérapeutiques ou plus). Dans certains modes de réalisation, les deux schémas posologiques ou plus peuvent être administrés simultanément ; dans certains modes de réalisation, ces schémas posologiques peuvent être administrés de manière séquentielle (par exemple, toutes les « doses » d’un premier schéma posologique sont administrées avant l’administration de toute dose d’un second schéma posologique) ; dans certains modes de réalisation, ces agents sont administrés dans des schémas posologiques qui se chevauchent. Dans certains modes de réalisation, « l’administration » d’une thérapie combinée peut impliquer l’administration d’un ou de plusieurs agent ou modalité(s) à un sujet recevant l’autre ou les autres agent ou modalité de la combinaison. Par souci de clarté, la thérapie combinée ne nécessite pas que des agents individuels soient administrés ensemble dans une composition unique (ou même nécessairement en même temps), bien que dans certains modes de réalisation, deux agents ou plus, ou des fractions actives de ceux-ci, puissent être administrés ensemble dans une composition combinée.Combination Therapy : As used herein, the term "combination therapy" refers to situations in which a subject is simultaneously exposed to two or more therapeutic regimens (e.g. , two or more therapeutic agents). In some embodiments, the two or more regimens may be administered simultaneously; in some embodiments, these regimens may be administered sequentially (e.g. , all "doses" of a first regimen are administered before the administration of any dose of a second regimen); in some embodiments, these agents are administered in overlapping regimens. In some embodiments, "administering" a combination therapy may involve administering one or more agents or modality(ies) to a subject receiving the other agent(s) or modality(ies) in the combination. For clarity, combination therapy does not require that individual agents be administered together in a single composition (or even necessarily at the same time), although in some embodiments, two or more agents, or active fractions thereof, may be administered together in a combined composition.
Comparable:tel qu’utilisé ici, le terme « comparable » fait référence à deux agents, entités, situations, ensembles de conditions, etc. ou plus, qui peuvent ne pas être identiques les uns aux autres, mais qui sont suffisamment similaires pour permettre une comparaison entre eux de sorte qu’un homme du métier appréciera que des conclusions puissent raisonnablement être tirées sur la base des différences ou des similitudes observées. Dans certains modes de réalisation, des ensembles comparables de conditions, de circonstances, d’individus ou de populations sont caractérisés par une pluralité de caractéristiques sensiblement identiques et une caractéristique ou un petit nombre de caractéristiques variées. L’homme du métier comprendra, dans ce contexte, quel degré d’identité est requis dans une quelconque circonstance donnée pour que deux de ces agents, entités, situations, ensembles de conditions, etc. ou plus soient considérés comme comparables. Par exemple, l’homme du métier appréciera que des ensembles de circonstances, d’individus ou de populations sont comparables les uns aux autres lorsqu’ils sont caractérisés par un nombre et un type suffisants de caractéristiques sensiblement identiques pour justifier une conclusion raisonnable selon laquelle les différences dans les résultats obtenus ou les phénomènes observés dans ou avec différents ensembles de circonstances, d’individus ou de populations sont causées par ou indiquent la variation de ces caractéristiques qui sont variées.Comparable: As used herein, the term “comparable” refers to two or more agents, entities, situations, sets of conditions, etc., which may not be identical to each other, but are sufficiently similar to permit comparison with each other such that a person skilled in the art will appreciate that inferences can reasonably be drawn based on the observed differences or similarities. In some embodiments, comparable sets of conditions, circumstances, individuals, or populations are characterized by a plurality of substantially identical characteristics and one or a small number of varied characteristics. Those skilled in the art will understand, in this context, what degree of identity is required in any given circumstance for two or more such agents, entities, situations, sets of conditions, etc. to be considered comparable. For example, one skilled in the art will appreciate that sets of circumstances, individuals, or populations are comparable to one another when they are characterized by a sufficient number and type of substantially identical characteristics to justify a reasonable conclusion that differences in results obtained or phenomena observed in or with different sets of circumstances, individuals, or populations are caused by or indicate variation in those characteristics which are varied.
Correspondant à: Tel qu’utilisé ici, le terme « correspondant à » fait référence à une relation entre deux entités ou plus. Par exemple, le terme « correspondant à » peut être utilisé pour désigner la position/identité d’un élément structurel dans un composé ou une composition par rapport à un autre composé ou à une autre composition (par exemple, à un composé ou à une composition de référence appropriés). Par exemple, dans certains modes de réalisation, un résidu monomère dans un polymère (par exemple, un résidu d’acide aminé dans un polypeptide ou un résidu d’acide nucléique dans un polynucléotide) peut être identifié comme « correspondant à » un résidu dans un polymère de référence approprié. Par exemple, l’homme du métier se rendra compte que, dans un souci de simplicité, les résidus dans un polypeptide sont souvent désignés à l’aide d’un système de numérotation canonique sur la base d’un polypeptide de référence apparenté, de sorte qu’un acide aminé « correspondant à » un résidu en position 190, par exemple, n’a pas besoin d’être réellement le 190eacide aminé dans une chaîne d’acides aminés particulière mais correspond plutôt au résidu trouvé en 190 dans le polypeptide de référence ; l’homme du métier se rendra compte facilement de la façon d’identifier les acides aminés « correspondants ». Par exemple, l’homme du méiter connaîtra diverses stratégies d’alignement de séquences, y compris des programmes logiciels tels que, par exemple, BLAST, CS-BLAST, CUSASW++, DIAMOND, fASTA, gGSEARCH/GLSEARCH, Genoogle, HMMER, HHpred/HHsearch, IDF, Infernal, KLAST, USEARCH, parasail, PSI-BLAST, PSI-Search, ScalaBLAST, Sequilab, SAM, SSEARCH, SWAPHI, SWAPHI-LS, SWIMM ou SWIPE qui peuvent être utilisés, par exemple, pour identifier des résidus « correspondants » dans des polypeptides et/ou des acides nucléiques conformément à la présente invention. L’homme du métier se rendra compte également que, dans certains cas, le terme « correspondant à » peut être utilisé pour décrire un événement ou une entité qui partage une similitude pertinente avec un autre événement ou une autre entité (par exemple, un événement ou une entité de référence appropriés). Pour ne donner qu’un exemple, un gène ou une protéine dans un organisme peut être décrit comme « correspondant à » un gène ou une protéine d’un autre organisme afin d’indiquer, dans certains modes de réalisation, qu’il ou elle joue un rôle analogue ou exécute une fonction analogue et/ou qu’il ou elle présente un degré particulier d’identité ou d’homologie de séquence, ou partage un élément de séquence caractéristique particulier.Corresponding to : As used herein, the term "corresponding to" refers to a relationship between two or more entities. For example, the term "corresponding to" may be used to refer to the position/identity of a structural element in one compound or composition relative to another compound or composition (e.g. , a suitable reference compound or composition). For example, in some embodiments, a monomeric residue in a polymer (e.g., an amino acid residue in a polypeptide or a nucleic acid residue in a polynucleotide) may be identified as "corresponding to" a residue in a suitable reference polymer. For example, those skilled in the art will appreciate that, for simplicity, residues in a polypeptide are often designated using a canonical numbering system based on a related reference polypeptide, such that an amino acid "matching" a residue at position 190, for example, need not actually be the190th amino acid in a particular amino acid chain but rather corresponds to the residue found at 190 in the reference polypeptide; those skilled in the art will readily appreciate how to identify "matching" amino acids. For example, those skilled in the art will be familiar with various sequence alignment strategies, including software programs such as, for example, BLAST, CS-BLAST, CUSASW++, DIAMOND, fASTA, gGSEARCH/GLSEARCH, Genoogle, HMMER, HHpred/HHsearch, IDF, Infernal, KLAST, USEARCH, parasail, PSI-BLAST, PSI-Search, ScalaBLAST, Sequilab, SAM, SSEARCH, SWAPHI, SWAPHI-LS, SWIMM, or SWIPE that may be used, for example, to identify "matching" residues in polypeptides and/or nucleic acids in accordance with the present invention. Those skilled in the art will also appreciate that, in some instances, the term "matching" may be used to describe an event or entity that shares a relevant similarity with another event or entity (e.g., a suitable reference event or entity). To give just one example, a gene or protein in one organism may be described as "corresponding to" a gene or protein of another organism to indicate, in some embodiments, that it plays a similar role or performs a similar function and/or that it exhibits a particular degree of sequence identity or homology, or shares a particular characteristic sequence element.
Comme le sait l’homme du métier, les stratégies d’alignement de séquences permettent de prendre en compte, par exemple, des « espaces vides » dans les séquences et/ou des résidus « répétés ». De plus, l’expert dans le domaine comprend que dans certains cas, il n’est pas possible de déterminer sans ambiguïté l’emplacement exact d’un changement de séquence par rapport à une séquence de référence. Par exemple, lorsqu’une séquence de référence comporte un segment de deux résidus identiques contigus ou plus, et qu’une séquence modifiée comporte un résidu de moins, il n’est pas possible d’attribuer un résidu singulier particulier dans la séquence de référence comme étant celui qui a été supprimé, car la suppression de l’un quelconque des résidus contigus identiques générerait la même séquence modifiée. L’homme du métier sera par conséquent sensible à la convention consistant à attribuer arbitrairement l’une des positions de résidu de référence comme résidu supprimé. Pour donner un exemple spécifique, SEQ ID NO : 1 est une séquence polypeptidique dans laquelle deux résidus Y adjacents sont présents aux positions 144 et 145. Si l’un de ces résidus d’acides aminés est supprimé, un homme du métier ne sera pas en mesure de déterminer si l’acide aminé 144 ou 145 a été supprimé dans la séquence modifiée. Ils comprendront cependant que l’une ou l’autre des délétions décrit la même séquence polypeptidique et seront donc en mesure de déterminer sans ambiguïté la séquence d’un polypeptide décrit comme ayant une délétion à la position 144 ou 145 de SEQ ID NO : 1 (c’est-à-dire qu’ils comprendront qu’un polypeptide décrit comme ayant une délétion à une position correspondant à la position 144 de SEQ ID NO : 1 et un polypeptide décrit comme ayant une délétion à une position correspondant à la position 145 de SEQ ID NO : 1 ont la même séquence d’acides aminés).As is known to those skilled in the art, sequence alignment strategies can account for, for example, “gaps” in sequences and/or “repeated” residues. Moreover, the skilled person understands that in some cases it is not possible to unambiguously determine the exact location of a sequence change relative to a reference sequence. For example, where a reference sequence has a segment of two or more contiguous identical residues, and a modified sequence has one less residue, it is not possible to assign a particular singular residue in the reference sequence as the one that has been deleted, because deleting any of the contiguous identical residues would generate the same modified sequence. The skilled person will therefore be sensitive to the convention of arbitrarily assigning one of the reference residue positions as the deleted residue. To give a specific example, SEQ ID NO: 1 is a polypeptide sequence in which two adjacent Y residues are present at positions 144 and 145. If one of these amino acid residues is deleted, a person skilled in the art will not be able to determine whether amino acid 144 or 145 has been deleted in the modified sequence. They will, however, understand that either deletion describes the same polypeptide sequence and will therefore be able to unambiguously determine the sequence of a polypeptide described as having a deletion at position 144 or 145 of SEQ ID NO: 1 (i.e., they will understand that a polypeptide described as having a deletion at a position corresponding to position 144 of SEQ ID NO: 1 and a polypeptide described as having a deletion at a position corresponding to position 145 of SEQ ID NO: 1 have the same amino acid sequence).
Dérivé: Dans le contexte d’une séquence d’acides aminés (peptide ou polypeptide) « dérivé de » une séquence d’acides aminés désignée (peptide ou polypeptide), fait référence à un analogue structurel d’une séquence d’acides aminés désignée. Dans certains modes de réalisation, une séquence d’acides aminés dérivée d’une séquence d’acides aminés particulière possède une séquence d’acides aminés qui est identique, essentiellement identique ou homologue à cette séquence particulière ou à un fragment de celle-ci. Les séquences d’acides aminés dérivées d’une séquence d’acides aminés particulière peuvent être des variantes de cette séquence particulière ou d’un fragment de celle-ci. Par exemple, un homme du métier comprendra que les antigènes appropriés pour être utilisés ici peuvent être modifiés de telle sorte qu’ils varient en séquence par rapport aux séquences naturelles ou natives dont ils sont dérivés, tout en conservant l’activité souhaitable des séquences natives.Derived : In the context of an amino acid sequence (peptide or polypeptide) “derived from” a designated amino acid sequence (peptide or polypeptide) refers to a structural analog of a designated amino acid sequence. In some embodiments, an amino acid sequence derived from a particular amino acid sequence has an amino acid sequence that is identical, substantially identical, or homologous to that particular sequence or a fragment thereof. Amino acid sequences derived from a particular amino acid sequence may be variants of that particular sequence or a fragment thereof. For example, one skilled in the art will understand that antigens suitable for use herein may be modified such that they vary in sequence from the naturally occurring or native sequences from which they are derived, while retaining the desirable activity of the native sequences.
Conçu:Tel qu’utilisé ici, le terme « conçu » fait référence à un agent (i) dont la structure est ou a été sélectionnée par la main de l’homme ; (ii) qui est produit par un procédé nécessitant la main de l’homme ; et/ou (iii) qui est distinct de substances naturelles et d’autres agents connus.Designed: As used herein, the term “designed” refers to an agent (i) whose structure is or has been selected by the hand of man; (ii) that is produced by a process requiring the hand of man; and/or (iii) that is distinct from naturally occurring substances and other known agents.
Schéma posologique: L’homme du métier sera sensible au fait que le terme « schéma posologique » peut être utilisé pour désigner un ensemble de doses unitaires (généralement plus d’une) qui sont administrées individuellement à un sujet, généralement séparées par des périodes de temps. Dans certains modes de réalisation, un agent thérapeutique donné a un schéma posologique recommandé, qui peut impliquer une ou plusieurs doses. Dans certains modes de réalisation, un schéma posologique comprend une pluralité de doses dont chacune est séparée dans le temps des autres doses. Dans certains modes de réalisation, les doses individuelles sont séparées les unes des autres par une période de même durée ; dans certains modes de réalisation, un schéma posologique comprend une pluralité de doses et au moins deux périodes différentes séparant les doses individuelles. Dans certains modes de réalisation, toutes les doses d’un schéma posologique sont de la même quantité de dose unitaire. Dans certains modes de réalisation, différentes doses au sein d’un schéma posologique sont de quantités différentes. Dans certains modes de réalisation, un schéma posologique comprend une première dose dans une première quantité de dose, suivie d’une ou de plusieurs doses supplémentaires dans une seconde quantité de dose différente de la première quantité de dose. Dans certains modes de réalisation, un schéma posologique comprend une première dose dans une première quantité de dose, suivie d’une ou de plusieurs doses supplémentaires dans une seconde quantité de dose différente de la première quantité de dose. Dans certains modes de réalisation, un schéma posologique est corrélé à un résultat souhaité ou bénéfique lorsqu’il est administré à une population pertinente (c’est-à-dire, c’est un schéma posologique thérapeutique).Dosage Regimen : Those skilled in the art will appreciate that the term “dosage regimen” may be used to refer to a set of unit doses (generally more than one) that are administered individually to a subject, generally separated by periods of time. In some embodiments, a given therapeutic agent has a recommended dosage regimen, which may involve one or more doses. In some embodiments, a dosage regimen comprises a plurality of doses each of which is separated in time from other doses. In some embodiments, the individual doses are separated from each other by a period of the same duration; in some embodiments, a dosage regimen comprises a plurality of doses and at least two different periods separating the individual doses. In some embodiments, all doses in a dosage regimen are the same unit dose amount. In some embodiments, different doses within a dosage regimen are of different amounts. In some embodiments, a dosage regimen comprises a first dose in a first dose amount, followed by one or more additional doses in a second dose amount different from the first dose amount. In some embodiments, a dosage regimen comprises a first dose in a first dose amount, followed by one or more additional doses in a second dose amount different from the first dose amount. In some embodiments, a dosage regimen is correlated with a desired or beneficial outcome when administered to a relevant population (i.e. , is a therapeutic dosage regimen).
Coder: Tel qu’utilisé ici, le terme « coder » ou « codage » fait référence aux informations de séquence d’une première molécule qui guident la production d’une seconde molécule ayant une séquence définie de nucléotides (par exemple, l’ARNm) ou une séquence définie d’acides aminés. Par exemple, une molécule d’ADN peut coder une molécule d’ARN (par exemple, par un processus de transcription qui inclut une enzyme ARN polymérase dépendante de l’ADN). Une molécule d’ARN peut coder un polypeptide (par exemple, par un processus de traduction). Ainsi, un gène, un ADNc ou une molécule d’ARN (par exemple, un ARNm) code pour un polypeptide si la transcription et la traduction de l’ARN (par exemple, l’ARNm) correspondant à ce gène produisent le polypeptide dans une cellule ou un autre système biologique. Dans certains modes de réalisation, une région codante d’une molécule d’ARN codant pour un antigène cible fait référence à un brin codant dont la séquence nucléotidique est identique à la séquence d’ARN (par exemple, ARNm) d’un tel antigène cible. Dans certains modes de réalisation, une région codante d’une molécule d’ARN codant pour un antigène cible fait référence à un brin non codant d’un tel antigène cible, qui peut être utilisé comme matrice pour la transcription d’un gène ou d’un ADNc.Encode : As used herein, the term "encode" or "coding" refers to sequence information in a first molecule that guides the production of a second molecule having a defined sequence of nucleotides (e.g., mRNA) or a defined sequence of amino acids. For example, a DNA molecule may encode an RNA molecule (e.g., by a transcription process that includes a DNA-dependent RNA polymerase enzyme). An RNA molecule may encode a polypeptide (e.g., by a translation process). Thus, a gene, cDNA, or RNA molecule (e.g., mRNA) encodes a polypeptide if transcription and translation of the RNA (e.g., mRNA) corresponding to that gene produces the polypeptide in a cell or other biological system. In some embodiments, a coding region of an RNA molecule encoding a target antigen refers to a coding strand whose nucleotide sequence is identical to the RNA (e.g., mRNA) sequence of such a target antigen. In some embodiments, a coding region of an RNA molecule encoding a target antigen refers to a non-coding strand of such a target antigen, which can be used as a template for transcription of a gene or cDNA.
Modifié:En général, le terme « modifié » fait référence au fait d’avoir été manipulé par la main de l’homme. Par exemple, un polynucléotide est considéré comme étant « modifié » lorsque deux séquences ou plus qui ne sont pas liées ensemble dans cet ordre dans la nature sont manipulées par la main de l’homme pour être directement liées l’une à l’autre dans le polynucléotide modifié et/ou lorsqu’un résidu particulier dans un polynucléotide n’est pas présent dans la nature et/ou est amené, par l’action de la main de l’homme, à être lié à une entité ou à une fraction avec laquelle il n’est pas lié dans la nature.Modified: In general, the term "modified" refers to having been manipulated by human hands. For example, a polynucleotide is considered "modified" when two or more sequences that are not linked together in that order in nature are manipulated by human hands to be directly linked to each other in the modified polynucleotide and/or when a particular residue in a polynucleotide is not present in nature and/or is caused, by human action, to be linked to an entity or moiety with which it is not linked in nature.
Épitope: Tel qu’utilisé ici, le terme « épitope » fait référence à une fraction qui est spécifiquement reconnue par un composant de liaison à une immunoglobuline (par exemple, un anticorps ou un récepteur). Par exemple, un épitope peut être reconnu par une cellule T, une cellule B ou un anticorps. Dans certains modes de réalisation, un épitope est composé d’une pluralité d’atomes ou de groupes chimiques sur un antigène. Dans certains modes de réalisation, de tels atomes ou groupes chimiques sont exposés en surface lorsque l’antigène adopte une conformation tridimensionnelle pertinente. Dans certains modes de réalisation, ces atomes ou groupes chimiques sont physiquement proches les uns des autres dans l’espace lorsque l’antigène adopte une telle conformation. Dans certains modes de réalisation, au moins certains de ces atomes chimiques sont des groupes physiquement séparés les uns des autres lorsque l’antigène adopte une conformation alternative (par exemple, est linéarisé). En conséquence, dans certains modes de réalisation, un épitope d’un antigène peut comporter un fragment continu ou discontinu de l’antigène. Dans certains modes de réalisation, un épitope est ou comprend un épitope de cellule T. Dans certains modes de réalisation, un épitope peut avoir une longueur d’environ 5 à environ 30 acides aminés, ou d’environ 10 à environ 25 acides aminés, ou d’environ 5 à environ 15 acides aminés, ou d’environ 5 à 12 acides aminés, ou d’environ 6 à environ 9 acides aminés.Epitope : As used herein, the term "epitope" refers to a moiety that is specifically recognized by an immunoglobulin-binding component (e.g., an antibody or receptor). For example, an epitope may be recognized by a T cell, a B cell, or an antibody. In some embodiments, an epitope is comprised of a plurality of chemical atoms or groups on an antigen. In some embodiments, such chemical atoms or groups are surface-exposed when the antigen adopts a relevant three-dimensional conformation. In some embodiments, these chemical atoms or groups are physically close to each other in space when the antigen adopts such a conformation. In some embodiments, at least some of these chemical atoms are groups that are physically separated from each other when the antigen adopts an alternative conformation (e.g., is linearized). Accordingly, in some embodiments, an epitope of an antigen may comprise a continuous or discontinuous fragment of the antigen. In some embodiments, an epitope is or comprises a T cell epitope. In some embodiments, an epitope may be about 5 to about 30 amino acids in length, or about 10 to about 25 amino acids in length, or about 5 to about 15 amino acids in length, or about 5 to 12 amino acids in length, or about 6 to about 9 amino acids in length.
Expression:Tel qu’utilisé ici, le terme « expression » d’une séquence d’acide nucléique fait référence à la génération d’un produit génique à partir de la séquence d’acide nucléique. Dans certains modes de réalisation, un produit génique peut être un transcrit. Dans certains modes de réalisation, un produit génique peut être un polypeptide. Dans certains modes de réalisation, l’expression d’une séquence d’acide nucléique implique un ou plusieurs des éléments suivants : (1) la production d’une matrice d’ARN à partir d’une séquence d’ADN (par exemple, par transcription) ; (2) le traitement d’un transcrit d’ARN (par exemple, par épissage, édition, etc.) ; (3) la traduction d’un ARN en un polypeptide ou une protéine ; et/ou (4) la modification post-traductionnelle d’un polypeptide ou d’une protéine.Expression: As used herein, the term "expression" of a nucleic acid sequence refers to the generation of a gene product from the nucleic acid sequence. In some embodiments, a gene product may be a transcript. In some embodiments, a gene product may be a polypeptide. In some embodiments, expression of a nucleic acid sequence involves one or more of the following: (1) production of an RNA template from a DNA sequence (e.g., by transcription); (2) processing of an RNA transcript (e.g., by splicing, editing, etc.); (3) translation of an RNA into a polypeptide or protein; and/or (4) post-translational modification of a polypeptide or protein.
Région non traduite en cinq prime: Tels qu’utilisés ici, les termes « région non traduite en cinq prime » ou « 5’ UTR » font référence à une séquence d’une molécule d’ARN (par exemple, d’ARNm) entre un site de démarrage de transcription et un codon de démarrage d’une région codante d’un ARN. Dans certains modes de réalisation, « 5’ UTR » fait référence à une séquence d’une molécule d’ARN (par exemple, d’ARNm) qui commence à un site de démarrage de transcription et se termine un nucléotide (nt) avant un codon de démarrage (généralement AUG) d’une région codante d’une molécule d’ARN, par exemple, dans son contexte naturel.Five-Prime Untranslated Region : As used herein, the terms "five-prime untranslated region" or "5'UTR" refer to a sequence of an RNA (e.g., mRNA) molecule between a transcription start site and a start codon of a coding region of an RNA. In some embodiments, "5'UTR" refers to a sequence of an RNA (e.g., mRNA) molecule that begins at a transcription start site and ends one nucleotide (nt) before a start codon (typically AUG) of a coding region of an RNA molecule, e.g., in its natural context.
Fragment: Le terme « fragment » tel qu’utilisé ici dans le contexte d’une séquence d’acide nucléique (par exemple une séquence d’ARN) ou d’une séquence d’acides aminés peut généralement être un fragment d’une séquence de référence. Dans certains modes de réalisation, une séquence de référence est une séquence complète, par exemple une séquence d’acide nucléique ou une séquence d’acides aminés. En conséquence, un fragment fait généralement référence à une séquence identique à un brin correspondant dans une séquence de référence. Dans certains modes de réalisation, un fragment comprend un brin continu de nucléotides ou de résidus d’acides aminés qui correspond à au moins 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 % de la longueur totale d’une séquence de référence dont le fragment est dérivé. Dans certains modes de réalisation, le terme « fragment », en référence à une séquence d’acides aminés (peptide ou polypeptide), concerne une partie d’une séquence d’acides aminés, par exemple une séquence qui représente la séquence d’acides aminés raccourcie au niveau de l’extrémité N-terminale et/ou de l’extrémité C-terminale. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une séquence d’acides aminés comprend au moins 6, en particulier au moins 8, au moins 12, au moins 15, au moins 20, au moins 30, au moins 50 ou au moins 100 acides aminés consécutifs provenant d’une séquence d’acides aminés.Fragment : The term “fragment” as used herein in the context of a nucleic acid sequence (e.g., an RNA sequence) or an amino acid sequence may generally be a fragment of a reference sequence. In some embodiments, a reference sequence is a full-length sequence, e.g., a nucleic acid sequence or an amino acid sequence. Accordingly, a fragment generally refers to a sequence identical to a corresponding strand in a reference sequence. In some embodiments, a fragment comprises a continuous strand of nucleotides or amino acid residues that corresponds to at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, or 95% of the full length of a reference sequence from which the fragment is derived. In some embodiments, the term "fragment", in reference to an amino acid sequence (peptide or polypeptide), relates to a portion of an amino acid sequence, for example a sequence that represents the amino acid sequence shortened at the N-terminus and/or the C-terminus. In some embodiments, a fragment of an amino acid sequence comprises at least 6, in particular at least 8, at least 12, at least 15, at least 20, at least 30, at least 50 or at least 100 consecutive amino acids from an amino acid sequence.
Homologie:Tel qu’utilisé ici, le terme « homologie » ou « homologue » fait référence à la parenté globale entre des molécules de polynucléotides (par exemple, des molécules d’ADN et/ou des molécules d’ARN) et/ou entre des molécules de polypeptides. Dans certains modes de réalisation, des molécules de polynucléotides (par exemple, des molécules d’ADN et/ou des molécules d’ARN) et/ou des molécules de polypeptides sont considérées comme « homologues » les unes aux autres si leur séquences sont identiques à au moins 15 %, 20 %, 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 55 %, 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 99 %. Dans certains modes de réalisation, des molécules de polynucléotides (par exemple, des molécules d’ADN et/ou des molécules d’ARN) et/ou des molécules de polypeptides sont considérées comme étant « homologues » les unes aux autres si leur séquences sont au moins à 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 55 %, 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 99 % similaires (par exemple, contenant des résidus avec des propriétés chimiques apparentées à des positions correspondantes). Par exemple, comme le sait bien l’homme du métier, certains acides aminés sont généralement classés comme étant similaires les uns aux autres en tant qu’acides aminés « hydrophobes » ou « hydrophiles », et/ou comme ayant des chaînes latérales « polaires » ou « non polaires ». La substitution d’un acide aminé par un autre du même type peut souvent être considérée comme une substitution « homologue ».Homology: As used herein, the term "homology" or "homolog" refers to the overall relatedness between polynucleotide molecules (e.g., DNA molecules and/or RNA molecules) and/or between polypeptide molecules. In some embodiments, polynucleotide molecules (e.g., DNA molecules and/or RNA molecules) and/or polypeptide molecules are considered "homologous" to each other if their sequences are at least 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, or 99% identical. In some embodiments, polynucleotide molecules (e.g., DNA molecules and/or RNA molecules) and/or polypeptide molecules are considered to be "homologous" to one another if their sequences are at least 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, or 99% similar (e.g., containing residues with related chemical properties at corresponding positions). For example, as is well known to those skilled in the art, certain amino acids are generally classified as being similar to one another as "hydrophobic" or "hydrophilic" amino acids, and/or as having "polar" or "nonpolar" side chains. Substituting one amino acid for another of the same type can often be considered a "homologous" substitution.
Immunité humorale:Tel qu’utilisé ici, le terme « immunité humorale » ou « réponse immunitaire humorale » fait référence à la production d’anticorps et aux processus accessoires qui l’accompagnent, notamment : l’activation Th2 et la production de cytokines, la formation de centres germinatifs et la commutation d’isotype, la maturation d’affinité et la génération de cellules mémoires. Il fait également référence aux fonctions effectrices des anticorps, qui comportent la neutralisation des agents pathogènes, l’activation classique du complément et la promotion par l’opsonine de la phagocytose et de l’élimination des agents pathogènes.Humoral Immunity: As used herein, the term “humoral immunity” or “humoral immune response” refers to antibody production and accompanying accessory processes, including: Th2 activation and cytokine production, germinal center formation and isotype switching, affinity maturation, and memory cell generation. It also refers to the effector functions of antibodies, which include pathogen neutralization, classical complement activation, and opsonin-mediated promotion of pathogen phagocytosis and clearance.
Identité :Tel qu’utilisé ici, le terme « identité » fait référence à la parenté globale entre des molécules de polynucléotides (par exemple,des molécules d’ADN et/ou des molécules d’ARN) et/ou entre des molécules de polypeptides. Dans certains modes de réalisation, des molécules de polynucléotides (par exemple, des molécules d’ADN et/ou des molécules d’ARN) et/ou entre des molécules de polypeptides sont considérées comme étant « sensiblement identiques » les unes aux autres si leur séquences sont identiques au moins à 25 %, 30 %, 35 %, 40 %, 45 %, 50 %, 55 %, 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 %. Le calcul du pourcentage d’identité de deux séquences d’acide nucléique ou de polypeptide, par exemple, peut être effectué en alignant les deux séquences à des fins de comparaison optimale (par exemple, des espaces vides peuvent être introduits dans l’une ou les deux d’une première et d’une seconde séquence pour un alignement optimal et des séquences non identiques peuvent être ignorées à des fins de comparaison). Dans certains modes de réalisation, la longueur d’une séquence alignée à des fins de comparaison est d’au moins 30 %, d’au moins 40 %, d’au moins 50 %, d’au moins 60 %, d’au moins 70 %, d’au moins 75 %, d’au moins 80 %, d’au moins 85 %, d’au moins 90 %, d’au moins 95 %, d’au moins 96 %, d’au moins 97 %, d’au moins 98 %, d’au moins 99 %, ou sensiblement 100 % de la longueur d’une séquence de référence. Les nucléotides aux positions correspondantes sont ensuite comparés. Lorsqu’une position dans la première séquence est occupée par le même résidu (par exemple, un nucléotide ou un acide aminé) que la position correspondante dans la seconde séquence, alors les molécules sont identiques à cette position. Le pourcentage d’identité entre les deux séquences est fonction du nombre de positions identiques partagées par les séquences, en tenant compte du nombre d’espaces vids et de la longueur de chaque espace, qui doit être introduit pour un alignement optimal des deux séquences. La comparaison des séquences et la détermination du pourcentage d’identité entre deux séquences peuvent être réalisées à l’aide d’un algorithme mathématique. Par exemple, le pourcentage d’identité entre deux séquences de nucléotides peut être déterminé à l’aide de l’algorithme de Meyers et Miller, 1989, qui a été intégré au programme ALIGN (version 2.0). Dans certains exemples de modes de réalisation, les comparaisons de séquences d’acides nucléiques effectuées avec le programme ALIGN utilisent un tableau de résidus de poids PAM120, une pénalité de longueur d’espace vide de 12 et une pénalité d’espace vide de 4. Le pourcentage d’identité entre deux séquences nucléotidiques peut, en variante, être déterminé à l’aide du programme GAP dans le progiciel GCG à l’aide d’une matrice NWSgapdna.CMP.Identity: As used herein, the term "identity" refers to the overall relatedness between polynucleotide molecules (e.g., DNA molecules and/or RNA molecules) and/or between polypeptide molecules. In some embodiments, polynucleotide molecules (e.g. , DNA molecules and/or RNA molecules) and/or between polypeptide molecules are considered "substantially identical" to each other if their sequences are at least 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% identical. Calculating the percent identity of two nucleic acid or polypeptide sequences, for example, may be performed by aligning the two sequences for optimal comparison (e.g., gaps may be introduced into one or both of a first and second sequence for optimal alignment and non-identical sequences may be ignored for comparison). In some embodiments, the length of a sequence aligned for comparison is at least 30%, at least 40%, at least 50%, at least 60%, at least 70%, at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99%, or substantially 100% of the length of a reference sequence. The nucleotides at the corresponding positions are then compared. When a position in the first sequence is occupied by the same residue (e.g., a nucleotide or an amino acid) as the corresponding position in the second sequence, then the molecules are identical at that position. The percentage identity between the two sequences is a function of the number of identical positions shared by the sequences, taking into account the number of empty spaces and the length of each space, which must be introduced for optimal alignment of the two sequences. Comparing the sequences and determining the percentage identity between two sequences can be done using a mathematical algorithm. For example, the percentage identity between two nucleotide sequences can be determined using the algorithm of Meyers and Miller, 1989, which has been integrated into the ALIGN program (version 2.0). In some exemplary embodiments, nucleic acid sequence comparisons performed with the ALIGN program use a residue table of weight PAM120, a gap length penalty of 12, and a gap penalty of 4. The percent identity between two nucleotide sequences may alternatively be determined using the GAP program in the GCG software package using a NWSgapdna.CMP matrix.
Immunologiquement équivalent:Le terme « immunologiquement équivalent » signifie qu’une molécule immunologiquement équivalente telle que la séquence d’acides aminés immunologiquement équivalente présente les mêmes propriétés immunologiques ou essentiellement les mêmes propriétés immunologiques et/ou exerce les mêmes effets immunologiques ou essentiellement les mêmes effets immunologiques, par exemple en ce qui concerne le type d’effet immunologique. Dans le contexte de la présente invention, dans certains modes de réalisation, le terme « immunologiquement équivalent » est utilisé par rapport aux effets ou propriétés immunologiques des antigènes ou des variants d’antigènes utilisés pour l’immunisation. Par exemple, une séquence d’acides aminés est immunologiquement équivalente à une séquence d’acides aminés de référence si ladite séquence d’acides aminés, lorsqu’elle est exposée au système immunitaire d’un sujet, induit une réaction immunitaire ayant une spécificité de réaction avec la séquence d’acides aminés de référence.Immunologically equivalent: The term "immunologically equivalent" means that an immunologically equivalent molecule such as the immunologically equivalent amino acid sequence exhibits the same or substantially the same immunological properties and/or exerts the same or substantially the same immunological effects, for example with respect to the type of immunological effect. In the context of the present invention, in certain embodiments, the term "immunologically equivalent" is used with respect to the immunological effects or properties of the antigens or antigen variants used for immunization. For example, an amino acid sequence is immunologically equivalent to a reference amino acid sequence if said amino acid sequence, when exposed to the immune system of a subject, induces an immune response having a reaction specificity with the reference amino acid sequence.
Dans un mode de réalisation, un récepteur d’antigène est un anticorps ou un récepteur de cellules B qui se lie à un épitope d’un antigène. Dans un mode de réalisation, un anticorps ou un récepteur de cellules B se lie aux épitopes natifs d’un antigène.In one embodiment, an antigen receptor is an antibody or B cell receptor that binds to an epitope of an antigen. In one embodiment, an antibody or B cell receptor binds to native epitopes of an antigen.
Augmenté, induit ou réduit:tels qu’utilisés ici, ces termes ou des termes comparatifs grammaticalement comparables indiquent des valeurs relatives à une mesure de référence comparable. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une valeur évaluée obtenue avec une composition pharmaceutique fournie (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) peut être « augmentée » par rapport à celle obtenue avec une composition pharmaceutique de référence comparable (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin). En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, une valeur évaluée obtenue chez un sujet peut être « augmentée » par rapport à celle obtenue chez le même sujet dans des conditions différentes (par exemple, avant ou après un événement ; ou présence ou absence d’un événement tel que l’administration d’une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) telle que décrite ici, ou chez un sujet différent et comparable (par exemple, chez un sujet comparable qui diffère du sujet d’intérêt par une exposition antérieure à une condition, par exemple, l’absence d’administration d’une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) telle que décrite ici). Dans certains modes de réalisation, les termes comparatifs font référence à des différences statistiquement pertinentes (par exemple, qui sont d’une prévalence et/ou d’une ampleur suffisantes pour atteindre une pertinence statistique). L’homme du métier sera conscient, dans un contexte donné, d’un degré et/ou d’une prévalence de différence qui est requis ou suffisant pour atteindre une telle signification statistique ou sera facilement capable de les déterminer. Dans certains modes de réalisation, le terme « réduit » ou des termes équivalents font référence à une réduction du niveau d’une valeur évaluée d’au moins 5 %, d’au moins 10 %, d’au moins 20 %, d’au moins 50 %, d’au moins 75 % ou plus, par rapport à une référence comparable. Dans certains modes de réalisation, le terme « réduit » ou des termes équivalents font référence à une inhibition complète ou essentiellement complète, c’est-à-dire une réduction à zéro ou essentiellement à zéro. Dans certains modes de réalisation, le terme « augmenté » ou « induit » fait référence à une augmentation du niveau d’une valeur évaluée d’au moins 10 %, d’au moins 20 %, d’au moins 30 %, d’au moins 40 %, d’au moins 50 %, d’au moins 80 %, d’au moins 100 %, d’au moins 200 %, d’au moins 500 %, ou plus, par rapport à une référence comparable.Increased, induced, or reduced: As used herein, these terms or grammatically comparable comparative terms indicate values relative to a comparable reference measurement. For example, in some embodiments, an evaluated value obtained with a provided pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) may be “increased” relative to that obtained with a comparable reference pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine). Alternatively or additionally, in some embodiments, an assessed value obtained in a subject may be “increased” relative to that obtained in the same subject under different conditions (e.g., before or after an event; or presence or absence of an event such as administration of a pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) as described herein, or in a different, comparable subject (e.g., in a comparable subject that differs from the subject of interest by prior exposure to a condition, e.g., lack of administration of a pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) as described herein). In some embodiments, comparative terms refer to statistically relevant differences (e.g., that are of sufficient prevalence and/or magnitude to achieve statistical significance). One skilled in the art will be aware, in a given context, of or readily able to determine a degree and/or prevalence of difference that is required or sufficient to achieve such statistical significance. In some embodiments embodiment, the term "reduced" or equivalent terms refers to a reduction in the level of an evaluated value of at least 5%, at least 10%, at least 20%, at least 50%, at least 75% or more, relative to a comparable reference. In some embodiments, the term "reduced" or equivalent terms refers to complete or essentially complete inhibition, i.e., a reduction to zero or essentially zero. In some embodiments, the term "augmented" or "induced" refers to an increase in the level of an evaluated value of at least 10%, at least 20%, at least 30%, at least 40%, at least 50%, at least 80%, at least 100%, at least 200%, at least 500%, or more, relative to a comparable reference.
Ionisable: Le terme « ionisable » fait référence à un composé ou à un groupe ou à un atome qui est chargé à un certain pH. Dans le contexte d’un amino-lipide ionisable, un tel lipide ou un groupe fonctionnel ou un atome de celui-ci porte une charge positive à un certain pH. Dans certains modes de réalisation, un amino-lipide ionisable est chargé positivement à un pH acide. Dans certains modes de réalisation, un amino-lipide ionisable est principalement neutre à des valeurs de pH physiologiques, par exemple, dans certains modes de réalisation d’environ 7,0 à 7,4, mais devient chargé positivement à des valeurs de pH inférieures. Dans certains modes de réalisation, un amino-lipide ionisable peut avoir un pKa compris dans une plage d’environ 5 à environ 7.Ionizable : The term "ionizable" refers to a compound or group or atom that is charged at a certain pH. In the context of an ionizable amino lipid, such a lipid or functional group or atom thereof carries a positive charge at a certain pH. In some embodiments, an ionizable amino lipid is positively charged at an acidic pH. In some embodiments, an ionizable amino lipid is primarily neutral at physiological pH values, for example, in some embodiments about 7.0 to 7.4, but becomes positively charged at lower pH values. In some embodiments, an ionizable amino lipid may have a pKa ranging from about 5 to about 7.
Isolé :Le terme isolé » signifie altéré ou retiré de l’état naturel. Par exemple, un acide nucléique ou un peptide naturellement présent dans un animal vivant n’est pas « isolé », mais le même acide nucléique ou peptide partiellement ou complètement séparé des matériaux coexistants de son état naturel est « isolé ». Un acide nucléique ou une protéine isolé peut exister sous une forme sensiblement purifiée, ou peut exister dans un environnement non natif tel que, par exemple, une cellule hôte.Isolated: The term "isolated" means altered or removed from its natural state. For example, a nucleic acid or peptide naturally occurring in a living animal is not "isolated," but the same nucleic acid or peptide partially or completely separated from coexisting materials in its natural state is "isolated." An isolated nucleic acid or protein may exist in a substantially purified form, or may exist in a non-native environment such as, for example, a host cell.
Lipide: Tels qu’utilisés ici, les termes « lipide » et « matériau de type lipidique » sont globalement définis comme des molécules qui comprennent une ou plusieurs fractions ou groupes hydrophobes et éventuellement également une ou plusieurs fractions ou groupes hydrophiles. Les molécules comprenant des fractions hydrophobes et des fractions hydrophiles sont également généralement désignées comme amphiphiles.Lipid : As used herein, the terms “lipid” and “lipid-like material” are broadly defined as molecules that include one or more hydrophobic moieties or groups and optionally also one or more hydrophilic moieties or groups. Molecules including both hydrophobic moieties and hydrophilic moieties are also generally referred to as amphiphiles.
Nanoparticule lipidique d’ARN: Tel qu’utilisé ici, le terme « nanoparticule lipidique d’ARN » fait référence à une nanoparticule comprenant au moins un lipide et une ou plusieurs molécules d’ARN. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique d’ARN comprend au moins un amino-lipide ionisable. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique d’ARN comprend au moins un amino-lipide ionisable, au moins un lipide auxiliaire et au moins un lipide conjugué à un polymère (par exemple, un lipide conjugué à un PEG). Dans divers modes de réalisation, les nanoparticules lipidiques d’ARN telles que décrites ici peuvent avoir une taille moyenne (par exemple, une moyenne Z) d’environ 100 nm à 1 000 nm, ou d’environ 200 nm à 900 nm, ou d’environ 200 nm à 800 nm, ou d’environ 250 nm à environ 700 nm. Dans certains modes de réalisation de la présente invention, les nanoparticules lipidiques d’ARN peuvent avoir une taille de particules (par exemple, une moyenne Z) d’environ 30 nm à environ 200 nm, ou d’environ 30 nm à environ 150 nm, d’environ 40 nm à environ 150 nm, d’environ 50 nm à environ 150 nm, d’environ 60 nm à environ 130 nm, d’environ 70 nm à environ 110 nm, d’environ 70 nm à environ 100 nm, d’environ 80 nm à environ 100 nm, d’environ 90 nm à environ 100 nm, d’environ 70 à environ 90 nm, d’environ 80 nm à environ 90 nm, ou d’environ 70 nm à environ 80 nm. Dans certains modes de réalisation, une taille moyenne de nanoparticules lipidiques est déterminée en mesurant le diamètre de particules. Dans certains modes de réalisation, des nanoparticules lipidiques d’ARN peuvent être préparées en mélangeant des lipides avec des molécules d’ARN décrites ici.RNA Lipid Nanoparticle : As used herein, the term "RNA lipid nanoparticle" refers to a nanoparticle comprising at least one lipid and one or more RNA molecules. In some embodiments, an RNA lipid nanoparticle comprises at least one ionizable amino lipid. In some embodiments, an RNA lipid nanoparticle comprises at least one ionizable amino lipid, at least one helper lipid, and at least one polymer-conjugated lipid (e.g., a PEG-conjugated lipid). In various embodiments, the RNA lipid nanoparticles as described herein may have an average size (e.g. , Z-average) of about 100 nm to 1000 nm, or about 200 nm to 900 nm, or about 200 nm to 800 nm, or about 250 nm to about 700 nm. In some embodiments of the present invention, the RNA lipid nanoparticles may have a particle size (e.g., Z-average) of about 30 nm to about 200 nm, or about 30 nm to about 150 nm, about 40 nm to about 150 nm, about 50 nm to about 150 nm, about 60 nm to about 130 nm, about 70 nm to about 110 nm, about 70 nm to about 100 nm, about 80 nm to about 100 nm, about 90 nm to about 100 nm, about 70 to about 90 nm, about 80 nm to about 90 nm, or about 70 nm to about 80 nm. In some embodiments, an average size of lipid nanoparticles is determined by measuring the particle diameter. In some embodiments, RNA lipid nanoparticles can be prepared by mixing lipids with RNA molecules described herein.
Lipidoïde:Tel qu’utilisé ici, un « lipidoïde » fait référence à une molécule de type lipidique. Dans certains modes de réalisation, un lipoïde est une molécule amphiphile dotée d’une ou de plusieurs propriétés physiques de type lipidique. Dans le contexte de la présente invention, le terme lipide est considéré comme englobant les lipidoïdes.Lipidoid: As used herein, a “lipidoid” refers to a lipid-like molecule. In some embodiments, a lipoid is an amphiphilic molecule with one or more lipid-like physical properties. In the context of the present invention, the term lipid is considered to encompass lipidoids.
Nanoparticule:Tel qu’utilisé ici, le terme « nanoparticule » fait référence à une particule ayant une taille moyenne adaptée à l’administration parentérale. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule a une dimension la plus longue (par exemple, un diamètre) inférieure à 1 000 nanomètres (nm). Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule peut être caractérisée par une dimension la plus longue (par exemple, un diamètre) inférieure à 300 nm. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule peut être caractérisée par une dimension la plus longue (par exemple, un diamètre) inférieure à 100 nanomètres (nm). Dans de nombreux modes de réalisation, une nanoparticule peut être caractérisée par une dimension la plus longue comprise entre environ 1 nm et environ 100 nm, ou entre environ 1 µm et environ 500 nm, ou entre environ 1 nm et 1 000 nm. Dans de nombreux modes de réalisation, une population de nanoparticules est caractérisée par une taille moyenne (par exemple, la dimension la plus longue) qui est inférieure à environ 1 000 nm, environ 500 nm, environ 100 nm, environ 50 nm, environ 40 nm, environ 30 nm, environ 20 nm ou environ 10 nm et souvent supérieure à environ 1 nm. Dans de nombreux modes de réalisation, une nanoparticule peut être sensiblement sphérique de sorte que sa dimension la plus longue peut être son diamètre. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule a un diamètre inférieur à 100 nm tel que défini par les National Institutes of Health (Institutions nationaux de la santé).Nanoparticle: As used herein, the term "nanoparticle" refers to a particle having an average size suitable for parenteral administration. In some embodiments, a nanoparticle has a longest dimension (e.g. , diameter) of less than 1,000 nanometers (nm). In some embodiments, a nanoparticle may be characterized by a longest dimension (e.g. , diameter) of less than 300 nm. In some embodiments, a nanoparticle may be characterized by a longest dimension (e.g., diameter) of less than 100 nanometers (nm). In many embodiments, a nanoparticle may be characterized by a longest dimension of between about 1 nm and about 100 nm, or between about 1 µm and about 500 nm, or between about 1 nm and 1,000 nm. In many embodiments, a population of nanoparticles is characterized by an average size (e.g., longest dimension) that is less than about 1000 nm, about 500 nm, about 100 nm, about 50 nm, about 40 nm, about 30 nm, about 20 nm, or about 10 nm and often greater than about 1 nm. In many embodiments, a nanoparticle may be substantially spherical such that its longest dimension may be its diameter. In some embodiments, a nanoparticle has a diameter of less than 100 nm as defined by the National Institutes of Health.
Présent à l’état naturel:Le terme « présent à l’état naturel » tel qu’utilisé ici fait référence à une entité qui peut être trouvée dans la nature. Par exemple, un peptide ou un acide nucléique présent dans un organisme (y compris les virus) et qui peut être isolé d’une source naturelle et qui n’a pas été intentionnellement modifié par l’homme en laboratoire est présent à l’état naturel.Naturally Occurring: The term “naturally occurring” as used herein refers to an entity that can be found in nature. For example, a peptide or nucleic acid that is present in an organism (including viruses) and can be isolated from a natural source and has not been intentionally modified by humans in a laboratory is naturally occurring.
Neutralisation:Tel qu’utilisé ici, le terme « neutralisation » fait référence à un événement dans lequel des agents de liaison tels que des anticorps se lient à un site biologique actif d’un virus tel qu’une protéine de liaison au récepteur, inhibant ainsi l’infection parasitaire des cellules. Dans certains modes de réalisation, le terme « neutralisation » fait référence à un événement au cours duquel les agents de liaison éliminent ou réduisent considérablement la capacité d’infecter des cellules.Neutralization: As used herein, the term "neutralization" refers to an event in which binding agents such as antibodies bind to a biologically active site of a virus such as a receptor binding protein, thereby inhibiting parasite infection of cells. In some embodiments, the term "neutralization" refers to an event in which the binding agents eliminate or significantly reduce the ability to infect cells.
Particule d’acide nucléique: Une « particule d’acide nucléique » peut être utilisée pour délivrer de l’acide nucléique à un site cible d’intérêt (par exemple, une cellule, un tissu, un organe, etc.). Une particule d’acide nucléique peut comprendre au moins un lipide ou un matériau de type lipide cationique ou ionisable cationiquement, au moins un polymère cationique tel que la protamine, ou un mélange de ceux-ci et un acide nucléique. Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique est une nanoparticule lipidique. Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique est une nanoparticule lipoplexe.Nucleic Acid Particle : A “nucleic acid particle” may be used to deliver nucleic acid to a target site of interest (e.g., a cell, tissue, organ, etc.). A nucleic acid particle may include at least one cationic or cationically ionizable lipid or lipid-like material, at least one cationic polymer such as protamine, or a mixture thereof and a nucleic acid. In some embodiments, a nucleic acid particle is a lipid nanoparticle. In some embodiments, a nucleic acid particle is a lipoplex nanoparticle.
Acide nucléique/Polynucléotide: Tel qu’utilisé ici, le terme « acide nucléique » fait référence à un polymère d’au moins 10 nucléotides ou plus. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique est ou comprend de l’ADN. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique est ou comprend de l’ARN. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique est ou comprend un acide nucléique peptidique (PNA). Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique est ou comprend un acide nucléique simple brin. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique est ou comprend un acide nucléique double brin. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique comprend à la fois des fragments simple brin et double brin. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique comprend un squelette qui comprend une ou plusieurs liaisons phosphodiester. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique comprend un squelette qui comprend à la fois des liaisons phosphodiester et non phosphodiester. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un acide nucléique peut comprendre un squelette qui comprend une ou plusieurs liaisons phosphorothioate ou 5’-N-phosphoramidite et/ou une ou plusieurs liaisons peptidiques, par exemple, comme dans un « acide nucléique peptidique ». Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique comprend un ou plusieurs, ou la totalité des résidus naturels (par exemple, l’adénine, la cytosine, la désoxyadénosine, la désoxycytidine, la désoxyguanosine, la désoxythymidine, la guanine, la thymine, l’uracile). Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique comprend un ou plusieurs, ou la totalité, des résidus non naturels. Dans certains modes de réalisation, un résidu non naturel comprend un analogue de nucléoside (par exemple, la 2-aminoadénosine, la 2-thiothymidine, l’inosine, la pyrrolopyrimidine, la 3-méthyladénosine, la 5-méthylcytidine, la C-5 propynyl-cytidine, la C-5 propynyl-uridine, la 2-aminoadénosine, la C5-bromouridine, la C5-fluorouridine, la C5-iodouridine, la C5-propynyl-uridine, la C5-propynyl-cytidine, la C5-méthylcytidine, la 2-aminoadénosine, la 7-déazaadénosine, la 7-déazaguanosine, la 8-oxoadénosine, la 8-oxoguanosine, la 6-O-méthylguanine, la 2-thiocytidine, des bases méthylées, des bases intercalées et leurs combinaisons). Dans certains modes de réalisation, un résidu non naturel comprend un ou plusieurs sucres modifiés (par exemple, le 2’-fluororibose, le ribose, le 2’-désoxyribose, l’arabinose et l’hexose) par rapport à ceux des résidus naturels. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique possède une séquence nucléotidique qui code pour un produit génique fonctionnel tel qu’un ARN ou un polypeptide. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique possède une séquence nucléotidique qui comprend un ou plusieurs introns. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique peut être préparé par isolement à partir d’une source naturelle, par synthèse enzymatique (par exemple, par polymérisation basée sur une matrice complémentaire,par exemple,in vivoouin vitro), par reproduction dans une cellule ou un système recombinant, ou par synthèse chimique. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique a une longueur d’au moins 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 20, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 600, 700, 800, 900, 1 000, 1 500, 2 000, 2 500, 3 000, 3 500, 4 000, 4 500, 5 000, 5 500, 6 000, 6 500, 7 000, 7 500, 8 000, 8 500, 9 000, 9 500, 10 000, 10 500, 11 000, 11 500, 12 000, 12 500, 13 000, 13 500, 14 000, 14 500, 15 000, 15 500, 16 000, 16 500, 17 000, 17 500, 18 000, 18 500, 19 000, 19 500 ou 20 000 résidus ou nucléotides de long ou plus.Nucleic Acid/Polynucleotide : As used herein, the term "nucleic acid" refers to a polymer of at least 10 or more nucleotides. In some embodiments, a nucleic acid is or comprises DNA. In some embodiments, a nucleic acid is or comprises RNA. In some embodiments, a nucleic acid is or comprises a peptide nucleic acid (PNA). In some embodiments, a nucleic acid is or comprises a single-stranded nucleic acid. In some embodiments, a nucleic acid is or comprises a double-stranded nucleic acid. In some embodiments, a nucleic acid comprises both single-stranded and double-stranded fragments. In some embodiments, a nucleic acid comprises a backbone that comprises one or more phosphodiester bonds. In some embodiments, a nucleic acid comprises a backbone that comprises both phosphodiester and non-phosphodiester bonds. For example, in some embodiments, a nucleic acid may comprise a backbone that comprises one or more phosphorothioate or 5'-N-phosphoramidite bonds and/or one or more peptide bonds, e.g., as in a "peptide nucleic acid." In some embodiments, a nucleic acid comprises one or more, or all, naturally occurring residues (e.g., adenine, cytosine, deoxyadenosine, deoxycytidine, deoxyguanosine, deoxythymidine, guanine, thymine, uracil). In some embodiments, a nucleic acid comprises one or more, or all, non-naturally occurring residues. In some embodiments, a non-naturally occurring residue comprises a nucleoside analog (e.g., 2-aminoadenosine, 2-thiothymidine, inosine, pyrrolopyrimidine, 3-methyladenosine, 5-methylcytidine, C-5 propynyl-cytidine, C-5 propynyl-uridine, 2-aminoadenosine, C5-bromouridine, C5-fluorouridine, C5-iodouridine, C5-propynyl-uridine, C5-propynyl-cytidine, C5-methylcytidine, 2-aminoadenosine, 7-deazaadenosine, 7-deazaguanosine, 8-oxoadenosine, 8-oxoguanosine, 6-O-methylguanine, 2-thiocytidine, bases methylated, intercalated bases and combinations thereof). In some embodiments, a non-naturally occurring residue comprises one or more modified sugars (e.g., 2'-fluororibose, ribose, 2'-deoxyribose, arabinose and hexose) relative to those of naturally occurring residues. In some embodiments, a nucleic acid has a nucleotide sequence that encodes a functional gene product such as an RNA or a polypeptide. In some embodiments, a nucleic acid has a nucleotide sequence that includes one or more introns. In some embodiments, a nucleic acid may be prepared by isolation from a natural source, by enzymatic synthesis (e.g., by complementary template-based polymerization,e.g. ,in vivo orin vitro) , by reproduction in a cell or recombinant system, or by chemical synthesis. In some embodiments, a nucleic acid has a length of at least 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 20, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1500, 2000, 2500, 3000, 3500, 4000, 4500, 5000, 5500, 6000, 6500, 7000, 7500, 8000, 8500, 9000, 9500, 10000, 10500, 11000, 11500, 12000, 12500, 13000, 13500, 14000, 14500, 15000, 15500, 16000, 16500, 17 000, 17,500, 18,000, 18,500, 19,000, 19,500 or 20,000 or more residues or nucleotides in length.
Nucléotide:Tel qu’utilisé ici, le terme « nucléotide » fait référence à sa signification reconnue dans le domaine. Lorsqu’un nombre de nucléotides est utilisé comme indication de taille, par exemple d’un polynucléotide, un certain nombre de nucléotides fait référence au nombre de nucléotides sur un seul brin, par exemple d’un polynucléotide.Nucleotide: As used herein, the term "nucleotide" refers to its recognized meaning in the art. When a number of nucleotides is used as an indication of size, e.g., of a polynucleotide, a number of nucleotides refers to the number of nucleotides on a single strand, e.g., of a polynucleotide.
Patient:Tel qu’utilisé ici, le terme « patient » fait référence à tout organisme souffrant ou risquant de souffrir d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection. Les patients typiques incluent les animaux (par exemple, les mammifères tels que les souris, les rats, les lapins, les primates non humains et/ou les humains). Dans certains modes de réalisation, un patient est un être humain. Dans certains modes de réalisation, un patient souffre ou est susceptible d’être atteint d’une ou de plusieurs maladies, troubles ou affections. Dans certains modes de réalisation, un patient présente un ou plusieurs symptômes d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection. Dans certains modes de réalisation, un patient a été diagnostiqué avec une ou plusieurs maladies, troubles ou affections. Dans certains modes de réalisation, une maladie, un trouble ou une affection qui peut être traité par les technologies fournies est ou comporte une infection par le HSV. Dans certains modes de réalisation, un patient reçoit ou a reçu une certaine thérapie pour diagnostiquer et/ou traiter une maladie, un trouble ou une affection. Dans certains modes de réalisation, un patient est un patient souffrant ou susceptible d’être atteint d’une infection par le HSV.Patient: As used herein, the term "patient" refers to any organism suffering from or at risk of suffering from a disease, disorder, or condition. Typical patients include animals (e.g., mammals such as mice, rats, rabbits, non-human primates, and/or humans). In some embodiments, a patient is a human. In some embodiments, a patient is suffering from or is at risk of suffering from one or more diseases, disorders, or conditions. In some embodiments, a patient is exhibiting one or more symptoms of a disease, disorder, or condition. In some embodiments, a patient has been diagnosed with one or more diseases, disorders, or conditions. In some embodiments, a disease, disorder, or condition that may be treated by the provided technologies is or includes an HSV infection. In some embodiments, a patient is receiving or has received a certain therapy to diagnose and/or treat a disease, disorder, or condition. In some embodiments, a patient is a patient suffering from or susceptible to HSV infection.
Lipide conjugué au PEG: Le terme « lipide conjugué au PEG » fait référence à une molécule comprenant une partie lipidique et une partie polyéthylène glycol.PEG-conjugated lipid : The term “PEG-conjugated lipid” refers to a molecule comprising a lipid portion and a polyethylene glycol portion.
Composition pharmaceutique:Tel qu’utilisé ici, le terme « composition pharmaceutique » fait référence à un agent actif, formulé avec un ou plusieurs supports pharmaceutiquement acceptables. Dans certains modes de réalisation, l’agent actif est présent dans une quantité de dose unitaire appropriée pour l’administration dans un schéma thérapeutique qui présente une probabilité statistiquement significative d’obtenir un effet thérapeutique prédéterminé lorsqu’il est administré à une population pertinente. Dans certains modes de réalisation, les compositions pharmaceutiques peuvent être spécialement formulées pour une administration parentérale, par exemple, par injection sous-cutanée, intramusculaire ou intraveineuse, comme par exemple une formulation de solution ou de suspension stérile.Pharmaceutical Composition: As used herein, the term "pharmaceutical composition" refers to an active agent, formulated with one or more pharmaceutically acceptable carriers. In some embodiments, the active agent is present in a unit dosage amount suitable for administration in a therapeutic regimen that has a statistically significant probability of achieving a predetermined therapeutic effect when administered to a relevant population. In some embodiments, the pharmaceutical compositions may be specially formulated for parenteral administration, e.g., by subcutaneous, intramuscular, or intravenous injection, such as, for example, a sterile solution or suspension formulation.
Quantité pharmaceutiquement efficace:Le terme « quantité pharmaceutiquement efficace » ou « quantité thérapeutiquement efficace » fait référence à la quantité qui permet d’obtenir une réaction ou un effet souhaité, seule ou associée à d’autres doses. Dans le cas du traitement d’une maladie particulière, une réaction souhaitée dans certains modes de réalisation concerne l’inhibition de l’évolution de la maladie. Dans certains modes de réalisation, une telle inhibition peut comprendre le ralentissement de la progression d’une maladie et/ou l’interruption ou l’inversion de la progression de la maladie. Dans certains modes de réalisation, une réaction souhaitée dans un traitement d’une maladie peut être ou comprendre le retard ou la prévention de l’apparition d’une maladie ou d’une affection. Une quantité efficace de compositions pharmaceutiques (par exemple, des compositions immunogènes, par exemple, des vaccins) décrites ici dépendra, par exemple, d’une maladie ou d’une affection à traiter, de la gravité d’une telle maladie ou affection, de paramètres individuels du patient, y compris, par exemple, l’âge, l’état physiologique, la taille et le poids, la durée du traitement, le type de thérapie d’accompagnement (si présente), la voie d’administration spécifique et des facteurs similaires. En conséquence, les doses de compositions pharmaceutiques (par exemple, des compositions immunogènes, par exemple, des vaccins) décrites ici peuvent dépendre de divers de ces paramètres. Dans le cas où une réaction chez un patient est insuffisante avec une dose initiale, des doses plus élevées (ou des doses effectivement plus élevées obtenues par une voie d’administration différente, plus localisée) peuvent être utilisées.Pharmaceutically Effective Amount: The term “pharmaceutically effective amount” or “therapeutically effective amount” refers to the amount that achieves a desired reaction or effect, alone or in combination with other doses. In the case of the treatment of a particular disease, a desired reaction in some embodiments relates to the inhibition of the progression of the disease. In some embodiments, such inhibition may include slowing the progression of a disease and/or halting or reversing the progression of the disease. In some embodiments, a desired reaction in a treatment of a disease may be or include the delaying or preventing the onset of a disease or condition. An effective amount of pharmaceutical compositions (e.g., immunogenic compositions, e.g., vaccines) described herein will depend on, for example, a disease or condition to be treated, the severity of such disease or condition, individual patient parameters, including, for example, age, physiological status, height and weight, duration of treatment, type of accompanying therapy (if present), specific route of administration, and similar factors. Accordingly, doses of pharmaceutical compositions (e.g., immunogenic compositions, e.g., vaccines) described herein may depend on various of these parameters. In the event that a response in a patient is insufficient with an initial dose, higher doses (or actually higher doses achieved by a different, more localized route of administration) may be used.
Séquence poly(A):Tel qu’utilisée ici, le terme « séquence poly(A) » ou « queue poly-A » fait référence à une séquence ininterrompue ou interrompue de résidus d’adénylate qui est généralement située à l’extrémité 3’ d’une molécule d’ARN. Les séquences poly(A) sont connues de l’homme du métier et peuvent suivre l’UTR 3’ dans les ARN décrits ici. Une séquence poly(A) ininterrompue est caractérisée par des résidus d’adénylate consécutifs. Dans la nature, une séquence poly(A) ininterrompue est typique. Les ARN décrits ici peuvent avoir une séquence poly(A) attachée à l’extrémité 3’ libre de l’ARN par une ARN polymérase indépendante de la matrice après transcription ou une séquence poly(A) codée par l’ADN et transcrite par une ARN polymérase dépendante de la matrice.Poly(A) Sequence: As used herein, the term "poly(A) sequence" or "poly-A tail" refers to an uninterrupted or interrupted sequence of adenylate residues that is generally located at the 3' end of an RNA molecule. Poly(A) sequences are known to those skilled in the art and may follow the 3' UTR in the RNAs described herein. An uninterrupted poly(A) sequence is characterized by consecutive adenylate residues. In nature, an uninterrupted poly(A) sequence is typical. The RNAs described herein may have a poly(A) sequence attached to the free 3' end of the RNA by a template-independent RNA polymerase after transcription or a poly(A) sequence encoded by DNA and transcribed by a template-dependent RNA polymerase.
Polypeptide:Tel qu’utilisé ici, le terme « polypeptide » fait référence à une chaîne polymère d’acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide possède une séquence d’acides aminés présente dans la nature. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide possède une séquence d’acides aminés qui n’est pas présente dans la nature. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide possède une séquence d’acides aminés qui est modifiée en cela qu’elle est conçue et/ou produite par l’action de la main de l’homme. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut comprendre des acides aminés naturels, des acides aminés non naturels ou les deux ou être constitué de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut comprendre uniquement des acides aminés naturels ou uniquement des acides aminés non naturels ou être constitué de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut comprendre des acides D aminés, des acides L aminés ou les deux. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut comprendre uniquement des acides aminés D. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut comprendre uniquement des acides L aminés. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut comporter un ou plusieurs groupes pendants ou d’autres modifications, par exemple, modifiant ou attachés à une ou à plusieurs chaînes latérales d’acides aminés, au niveau de l’extrémité N terminale du polypeptide, au niveau de l’extrémité C terminale du polypeptide, ou toute combinaison de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, de tels groupes pendants ou modifications comprennent l’acétylation, l’amidation, la lipidation, la méthylation, la pégylation, etc., y compris des combinaisons de celles-ci. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut être cyclique et/ou peut comprendre une partie cyclique. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide n’est pas cyclique et/ou ne comprend aucune partie cyclique. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide est linéaire. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide peut être ou comprendre un polypeptide agrafé. Dans certains modes de réalisation, le terme « polypeptide » peut être ajouté au nom d’un polypeptide, d’une activité ou d’une structure de référence ; dans de tels cas, il est utilisé ici pour désigner des polypeptides qui partagent l’activité ou la structure pertinente et peuvent donc être considérés comme étant des membres de la même classe ou famille de polypeptides. Pour chacune de ces classes, la présente description fournit et/ou l’homme du métier connaîtra sûrement des exemples de polypeptides au sein de la classe dont les séquences d’acides aminés et/ou les fonctions sont connues ; dans certains modes de réalisation, ces exemples de polypeptides sont des polypeptides de référence pour la classe ou la famille de polypeptides. Dans certains modes de réalisation, un membre d’une classe ou d’une famille de polypeptides présente une homologie ou une identité de séquence significative avec, partage un motif de séquence commun (par exemple, un élément de séquence caractéristique) avec, et/ou partage une activité commune (dans certains modes de réalisation à un niveau comparable ou dans une plage désignée) avec un polypeptide de référence de la classe ; dans certains modes de réalisation avec tous les polypeptides au sein de la classe). Par exemple, dans certains modes de réalisation, un polypeptide membre présente un degré global d’homologie ou d’identité de séquence avec un polypeptide de référence qui est d’au moins environ 30 à 40 %, et est souvent supérieur à environ 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus et/ou comporte au moins une région (par exemple, une région conservée qui peut dans certains modes de réalisation être ou comprendre un élément de séquence caractéristique) qui présente une identité de séquence très élevée, souvent supérieure à 90 %, voire 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 %. Une telle région conservée englobe généralement au moins 3 à 4 et souvent jusqu’à 20 acides aminés ou plus ; dans certains modes de réalisation, une région conservée englobe au moins un brin d’au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 acides aminés contigus ou plus. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide pertinent peut comprendre ou être constitué d’un fragment d’un polypeptide parent.Polypeptide: As used herein, the term "polypeptide" refers to a polymeric chain of amino acids. In some embodiments, a polypeptide has a naturally occurring amino acid sequence. In some embodiments, a polypeptide has an amino acid sequence that is not naturally occurring. In some embodiments, a polypeptide has an amino acid sequence that is modified in that it is designed and/or produced by human action. In some embodiments, a polypeptide may comprise or consist of naturally occurring amino acids, unnatural amino acids, or both. In some embodiments, a polypeptide may comprise or consist of only naturally occurring amino acids or only unnatural amino acids. In some embodiments, a polypeptide may comprise D-amino acids, L-amino acids, or both. In some embodiments, a polypeptide may comprise only D-amino acids. In some embodiments, a polypeptide may comprise only L-amino acids. In some embodiments, a polypeptide may comprise one or more pendant groups or other modifications, e.g., modifying or attached to one or more amino acid side chains, at the N-terminus of the polypeptide, at the C-terminus of the polypeptide, or any combination thereof. In some embodiments, such pendant groups or modifications include acetylation, amidation, lipidation, methylation, pegylation, etc., including combinations thereof. In some embodiments, a polypeptide may be cyclic and/or may comprise a cyclic portion. In some embodiments, a polypeptide is not cyclic and/or comprises no cyclic portion. In some embodiments, a polypeptide is linear. In some embodiments, a polypeptide may be or comprise a stapled polypeptide. In some embodiments, the term "polypeptide" may be appended to the name of a reference polypeptide, activity, or structure; in such cases, it is used herein to refer to polypeptides that share the relevant activity or structure and may therefore be considered members of the same polypeptide class or family. For each of these classes, the present disclosure provides and/or those skilled in the art will likely know exemplary polypeptides within the class whose amino acid sequences and/or functions are known; in some embodiments, these exemplary polypeptides are reference polypeptides for the polypeptide class or family. In some embodiments, a member of a class or family of polypeptides has significant sequence homology or identity with, shares a common sequence motif (e.g., a characteristic sequence element) with, and/or shares common activity (in some embodiments at a comparable level or within a designated range) with a reference polypeptide of the class; in some embodiments with all polypeptides within the class). For example, in some embodiments, a member polypeptide has an overall degree of homology or sequence identity with a reference polypeptide that is at least about 30-40%, and is often greater than about 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or more and/or includes at least one region (e.g., a conserved region which may in some embodiments be or include a characteristic sequence element) that has a very high sequence identity, often greater than 90%, or even 95%, 96%, 97%, 98%, or 99%. Such a conserved region generally encompasses at least 3-4 and often up to 20 or more amino acids; in some embodiments, a conserved region encompasses at least one strand of at least 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 or more contiguous amino acids. In some embodiments, a relevant polypeptide may comprise or consist of a fragment of a parent polypeptide.
Prévenir:Tel qu’utilisé ici, le terme « prévenir » ou « prévention », lorsqu’il est utilisé en relation avec la survenue d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection, fait référence à la réduction du risque de développer la maladie, le trouble et/ou l’affection et/ou au retard de l’apparition d’une ou de plusieurs caractéristiques ou symptômes de la maladie, du trouble ou de l’affection. La prévention peut être considérée comme complète lorsque l’apparition d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection a été retardée pendant une période de temps prédéfinie.Prevent: As used herein, the term “prevent” or “prevention,” when used in relation to the occurrence of a disease, disorder, and/or condition, refers to reducing the risk of developing the disease, disorder, and/or condition and/or delaying the onset of one or more features or symptoms of the disease, disorder, or condition. Prevention may be considered complete when the onset of a disease, disorder, or condition has been delayed for a predefined period of time.
Recombinant:Le terme « recombinant » dans le contexte de la présente invention signifie « fabriqué par génie génétique ». Dans certains modes de réalisation, une entité « recombinante » telle qu’un acide nucléique recombinant dans le contexte de la présente invention n’est pas présente à l’état naturel.Recombinant: The term “recombinant” in the context of the present invention means “made by genetic engineering.” In some embodiments, a “recombinant” entity such as a recombinant nucleic acid in the context of the present invention is not naturally occurring.
Référence:Tel qu’utilisé ici, le terme « référence » décrit une norme ou un témoin par rapport auquel on effectue une comparaison. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un agent, un animal, un individu, une population, un échantillon, une séquence ou une valeur d’intérêt est comparé à un agent, à un animal, à un individu, à une population, à un échantillon, à une séquence ou à une valeur de référence ou témoin. Dans certains modes de réalisation, une référence ou un témoin est testé et/ou déterminé sensiblement simultanément avec le test ou la détermination d’intérêt. Dans certains modes de réalisation, une référence ou un témoin est une référence ou un contrôle historique, éventuellement incorporé dans un support tangible. En règle générale, comme le comprendrait l’homme du métier, une référence ou un témoin est déterminé ou caractérisé dans des conditions ou des circonstances comparables à celles évaluées. L’homme du métier saura reconnaître quand des similitudes suffisantes sont présentes pour justifier un recours à une référence ou à un témoin possible particulier et/ou à une comparaison avec ces derniers.Reference: As used herein, the term "reference" describes a standard or control against which a comparison is made. For example, in some embodiments, an agent, animal, individual, population, sample, sequence, or value of interest is compared to a reference or control agent, animal, individual, population, sample, sequence, or value. In some embodiments, a reference or control is tested and/or determined substantially simultaneously with the test or determination of interest. In some embodiments, a reference or control is a historical reference or control, optionally embodied in a tangible medium. Generally, as would be understood by those skilled in the art, a reference or control is determined or characterized under conditions or circumstances comparable to those being evaluated. Those skilled in the art will recognize when sufficient similarities are present to warrant reliance on and/or comparison to a particular possible reference or control.
Acide ribonucléique (ARN):Tel qu’utilisé ici, le terme « ARN » fait référence à un polymère de ribonucléotides. Dans certains modes de réalisation, un ARN est à simple brin. Dans certains modes de réalisation, un ARN est à double brin. Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend à la fois des fragments simple brin et double brin. Dans certains modes de réalisation, un ARN peut comprendre une structure de squelette telle que décrite dans la définition de « Nucleic acid / Polynucléotide » ci-dessus. Un ARN peut être un ARN régulateur (par exemple, un ARNsi, un microARN, etc.) ou un ARN messager (ARNm). Dans certains modes de réalisation, un ARN est un ARNm. Dans certains modes de réalisation où un ARN est un ARNm, un ARN comprend généralement à son extrémité 3’ une région poly(A). Dans certains modes de réalisation où un ARN est un ARNm, un ARN comprend généralement à son extrémité 5’ une structure de coiffe reconnue dans le domaine, par exemple, pour la reconnaissance et la fixation d’un ARNm à un ribosome pour initier la traduction. Dans certains modes de réalisation, un ARN est un ARN synthétique. Les ARN synthétiques comportent les ARN synthétisés in vitro (par exemple, par des procédés de synthèse enzymatique et/ou par des procédés de synthèse chimique).Ribonucleic Acid (RNA): As used herein, the term "RNA" refers to a polymer of ribonucleotides. In some embodiments, an RNA is single-stranded. In some embodiments, an RNA is double-stranded. In some embodiments, an RNA comprises both single-stranded and double-stranded fragments. In some embodiments, an RNA may comprise a backbone structure as described in the definition of "Nucleic acid / Polynucleotide" above. An RNA may be a regulatory RNA (e.g., siRNA, microRNA, etc.) or a messenger RNA (mRNA). In some embodiments, an RNA is an mRNA. In some embodiments where an RNA is an mRNA, an RNA generally comprises at its 3' end a poly(A) region. In some embodiments where an RNA is an mRNA, an RNA generally comprises at its 5' end a cap structure recognized in the art, e.g., for recognition and attachment of an mRNA to a ribosome to initiate translation. In some embodiments, an RNA is a synthetic RNA. Synthetic RNAs include RNAs synthesized in vitro (e.g., by enzymatic synthesis methods and/or by chemical synthesis methods).
Ribonucléotide:Tel qu’utilisé ici, le terme « ribonucléotide » englobe les ribonucléotides non modifiés et les ribonucléotides modifiés. Par exemple, les ribonucléotides non modifiés comportent les bases purines adénine (A) et guanine (G) et les bases pyrimidiques cytosine (C) et uracile (U). Les ribonucléotides modifiés peuvent comporter une ou plusieurs modifications y compris, mais sans s’y limiter, par exemple, (a) des modifications d’extrémité, par exemple, des modifications d’extrémité 5’ (par exemple, phosphorylation, déphosphorylation, conjugaison, liaisons inversées, etc.), des modifications d’extrémité 3’ (par exemple, conjugaison, liaisons inversées, etc.), (b) des modifications de base, par exemple, le remplacement par des bases modifiées, des bases stabilisatrices, des bases déstabilisantes ou des bases qui s’apparient avec un répertoire élargi de partenaires, ou des bases conjuguées, (c) des modifications de sucre (par exemple, en position 2’ ou 4’) ou le remplacement du sucre, et (d) des modifications de liaison internucléosidique, y compris la modification ou le remplacement des liaisons phosphodiester. Le terme « ribonucléotide » englobe également les ribonucléotide triphosphates, comprenant les ribonucléotide triphosphates modifiés et non modifiés.Ribonucleotide: As used herein, the term "ribonucleotide" includes both unmodified and modified ribonucleotides. For example, unmodified ribonucleotides include the purine bases adenine (A) and guanine (G) and the pyrimidine bases cytosine (C) and uracil (U). The modified ribonucleotides may comprise one or more modifications including, but not limited to, for example, (a) end modifications, e.g., 5' end modifications (e.g., phosphorylation, dephosphorylation, conjugation, reverse linkages, etc.), 3' end modifications (e.g., conjugation, reverse linkages, etc.), (b) base modifications, e.g., replacement with modified bases, stabilizing bases, destabilizing bases, or bases that pair with an expanded repertoire of partners, or conjugated bases, (c) sugar modifications (e.g., at the 2' or 4' position) or sugar replacement, and (d) internucleoside linkage modifications, including modification or replacement of phosphodiester linkages. The term "ribonucleotide" also encompasses ribonucleotide triphosphates, including modified and unmodified ribonucleotide triphosphates.
Risque:Comme on le comprendra à partir du contexte, le « risque » d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection fait référence à la probabilité qu’un individu particulier développe la maladie, le trouble et/ou l’affection. Dans certains modes de réalisation, le risque est exprimé sous forme de pourcentage. Dans certains modes de réalisation, le risque est de 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 jusqu’à 100 %. Dans certains modes de réalisation, le risque est exprimé comme un risque relatif à un risque associé à un échantillon de référence ou à un groupe d’échantillons de référence. Dans certains modes de réalisation, un échantillon de référence ou un groupe d’échantillons de référence présentent un risque connu de maladie, de trouble, d’affection et/ou d’événement. Dans certains modes de réalisation, un échantillon de référence ou un groupe d’échantillons de référence proviennent d’individus comparables à un individu particulier. Dans certains modes de réalisation, le risque relatif est de 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou plus. Dans certains modes de réalisation, le risque peut refléter un ou plusieurs attributs génétiques, par exemple, qui peuvent prédisposer un individu au développement (ou non) d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection particulière. Dans certains modes de réalisation, le risque peut refléter un ou plusieurs événements ou attributs épigénétiques et/ou un ou plusieurs événements ou attributs liés au mode de vie ou à l’environnement.Risk: As will be understood from the context, the “risk” of a disease, disorder, and/or condition refers to the probability that a particular individual will develop the disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, the risk is expressed as a percentage. In some embodiments, the risk is 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 up to 100%. In some embodiments, the risk is expressed as a risk relative to a risk associated with a reference sample or group of reference samples. In some embodiments, a reference sample or group of reference samples has a known risk of the disease, disorder, condition, and/or event. In some embodiments, a reference sample or group of reference samples are derived from individuals comparable to a particular individual. In some embodiments, the relative risk is 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, or greater. In some embodiments, the risk may reflect one or more genetic attributes, for example, that may predispose an individual to developing (or not developing) a particular disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, the risk may reflect one or more epigenetic events or attributes and/or one or more lifestyle or environmental events or attributes.
Particule de lipoplexes d’ARN: Tel qu’utilisé ici, le terme « particule de lipoplexes d’ARN » fait référence à un complexe comprenant des liposomes, en particulier des liposomes cationiques, et des molécules d’ARN. Sans vouloir se limiter à une théorie particulière, les interactions électrostatiques entre les liposomes chargés positivement et l’ARN chargé négativement entraînent une complexation et une formation spontanée de particules lipoplexes d’ARN. Dans certains modes de réalisation, les liposomes chargés positivement peuvent comprendre un lipide cationique, tel que dans certains modes de réalisation DOTMA, et des lipides supplémentaires, tels que dans certains modes de réalisation DOPE. Dans un mode de réalisation, une particule de lipoplexes d’ARN est une nanoparticule.RNA Lipoplex Particle : As used herein, the term "RNA lipoplex particle" refers to a complex comprising liposomes, particularly cationic liposomes, and RNA molecules. While not intended to be limited to any particular theory, electrostatic interactions between positively charged liposomes and negatively charged RNA result in complexation and spontaneous formation of RNA lipoplex particles. In some embodiments, the positively charged liposomes may comprise a cationic lipid, such as in some DOTMA embodiments, and additional lipids, such as in some DOPE embodiments. In one embodiment, an RNA lipoplex particle is a nanoparticle.
Sélectif ou spécifique:Le terme « sélectif » ou « spécifique », lorsqu’il est utilisé ici en référence à un agent ayant une activité, est compris par l’homme du métier comme signifiant que l’agent fait la distinction entre des entités, des états ou des cellules cibles potentielles. Par exemple, dans certains modes de réalisation, on dit qu’un agent se lie « spécifiquement » à sa cible s’il se lie préférentiellement à cette cible en présence d’une ou de plusieurs cibles alternatives concurrentes. Dans de nombreux modes de réalisation, l’interaction spécifique dépend de la présence d’une caractéristique structurelle particulière de l’entité cible (par exemple, un épitope, une fente, un site de liaison). Il est entendu que la spécificité n’a pas besoin d’être absolue. Dans certains modes de réalisation, la spécificité peut être évaluée par rapport à celle d’une fraction de liaison à une cible pour une ou plusieurs autres entités cibles potentielles (par exemple, des concurrents). Dans certains modes de réalisation, la spécificité est évaluée par rapport à celle d’une fraction de liaison spécifique de référence. Dans certains modes de réalisation, la spécificité est évaluée par rapport à celle d’une fraction de liaison spécifique de référence.Selective or Specific: The term “selective” or “specific,” when used herein in reference to an agent having activity, is understood by those skilled in the art to mean that the agent discriminates between potential target entities, states, or cells. For example, in some embodiments, an agent is said to “specifically” bind to its target if it preferentially binds to that target in the presence of one or more competing alternative targets. In many embodiments, the specific interaction is dependent on the presence of a particular structural feature of the target entity (e.g., an epitope, a cleft, a binding site). It is understood that specificity need not be absolute. In some embodiments, specificity may be assessed relative to that of a target-binding moiety for one or more other potential target entities (e.g., competitors). In some embodiments, specificity is assessed relative to that of a reference specific binding moiety. In some embodiments, specificity is assessed relative to that of a reference specific binding moiety.
Stable:Tel qu’utilisé ici, le terme « stable » dans le contexte de la présente invention fait référence à une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) dans son ensemble et/ou à des composants de celle-ci répondant ou dépassant des critères d’acceptation prédéterminés. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique stable (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) ne présente aucun niveau inacceptable de croissance microbienne, et sensiblement pas de ou aucune décomposition ou dégradation du ou des composants de molécule biologique active. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique stable (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) fait référence à l’intégrité des molécules d’ARN maintenue au moins au-dessus de 90 % ou plus. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique stable (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) fait référence à au moins 90 % ou plus (y compris, par exemple, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, ou plus) de molécules d’ARN maintenues pour être encapsulées dans des nanoparticules lipidiques. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique stable (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) fait référence à une formulation qui reste capable de provoquer une réponse immunologique souhaitée lorsqu’elle est administrée à un sujet. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) reste stable pendant une période de temps spécifiée dans certaines conditions.Stable: As used herein, the term "stable" in the context of the present invention refers to a pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) as a whole and/or components thereof meeting or exceeding predetermined acceptance criteria. For example, in some embodiments, a stable pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) exhibits no unacceptable levels of microbial growth, and substantially no or no breakdown or degradation of the active biological molecule component(s). In some embodiments, a stable pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) refers to the integrity of the RNA molecules being maintained at least above 90% or more. In some embodiments, a stable pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) refers to at least 90% or more (including, for example, at least 95%, at least 96%, at least 97%, or more) of RNA molecules maintained to be encapsulated within lipid nanoparticles. In some embodiments, a stable pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) refers to a formulation that remains capable of eliciting a desired immunological response when administered to a subject. In some embodiments, a pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) remains stable for a specified period of time under certain conditions.
Sujet: Tel qu’utilisé ici, le terme « sujet » fait référence à un organisme devant recevoir une composition décrite ici, par exemple, à des fins expérimentales, diagnostiques, prophylactiques et/ou thérapeutiques. Les sujets typiques incluent les animaux (par exemple, les mammifères tels que les souris, les rats, les lapins, les primates non humains, les animaux domestiques, etc.) et les humains. Dans certains modes de réalisation, un sujet est un sujet humain. Dans certains modes de réalisation, un sujet souffre d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection (par exemple, une infection par le HSV). Dans certains modes de réalisation, un sujet est susceptible de souffrir d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection (par exemple, une infection par le HSV). Dans certains modes de réalisation, un sujet présente un ou plusieurs symptômes ou caractéristiques d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection (par exemple, une infection par le HSV). Dans certains modes de réalisation, un sujet présente un ou plusieurs symptômes non spécifiques d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection (par exemple, une infection par le HSV). Dans certains modes de réalisation, un sujet ne présente aucun symptôme ou aucune caractéristique d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection (par exemple, une infection par le HSV). Dans certains modes de réalisation, un sujet est une personne présentant une ou plusieurs caractéristiques de susceptibilité de souffrir ou de risque d’une maladie, d’un trouble ou d’une affection (par exemple, une infection par le HSV). Dans certains modes de réalisation, un sujet est un patient. Dans certains modes de réalisation, un sujet est un individu recevant et/ou ayant reçu un diagnostic et/ou une thérapie.Subject : As used herein, the term "subject" refers to an organism to be administered a composition described herein, for example, for experimental, diagnostic, prophylactic, and/or therapeutic purposes. Typical subjects include animals (e.g., mammals such as mice, rats, rabbits, non-human primates, domestic animals, etc.) and humans. In some embodiments, a subject is a human subject. In some embodiments, a subject is suffering from a disease, disorder, or condition (e.g., HSV infection). In some embodiments, a subject is likely to be suffering from a disease, disorder, or condition (e.g., HSV infection). In some embodiments, a subject exhibits one or more symptoms or characteristics of a disease, disorder, or condition (e.g., HSV infection). In some embodiments, a subject exhibits one or more non-specific symptoms of a disease, disorder, or condition (e.g., HSV infection). In some embodiments, a subject exhibits no symptoms or characteristics of a disease, disorder, or condition (e.g., HSV infection). In some embodiments, a subject is a person exhibiting one or more characteristics of susceptibility to or risk for a disease, disorder, or condition (e.g., HSV infection). In some embodiments, a subject is a patient. In some embodiments, a subject is an individual receiving and/or having received a diagnosis and/or therapy.
Souffrant de: Une personne qui « souffre » d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection a reçu un diagnostic et/ou présente un ou plusieurs symptômes d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection.Suffering from : A person who “suffers” from a disease, disorder and/or condition has been diagnosed with and/or exhibits one or more symptoms of a disease, disorder and/or condition.
Susceptible de souffrir de: Une personne qui est « susceptible de souffrir » d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection est une personne qui présente un risque plus élevé de développer la maladie, le trouble et/ou l’affection qu’une personne du grand public. Dans certains modes de réalisation, un individu qui est susceptible de souffrir d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection peut ne pas avoir été diagnostiqué comme ayant la maladie, le trouble et/ou l’affection. Dans certains modes de réalisation, un individu qui est susceptible de souffrir d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection peut présenter des symptômes de la maladie, du trouble et/ou de l’affection. Dans certains modes de réalisation, un individu qui est susceptible de souffrir d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection peut ne pas présenter des symptômes de la maladie, du trouble et/ou de l’affection. Dans certains modes de réalisation, un individu qui est susceptible de souffrir d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection développera la maladie, le trouble et/ou l’affection. Dans certains modes de réalisation, un individu qui est susceptible de souffrir d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection ne développera pas la maladie, le trouble et/ou l’affection.Likely to Suffer From : A person who is “likely to suffer from” a disease, disorder, and/or condition is a person who is at a higher risk of developing the disease, disorder, and/or condition than a person in the general public. In some embodiments, an individual who is likely to suffer from a disease, disorder, and/or condition may not have been diagnosed as having the disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, an individual who is likely to suffer from a disease, disorder, and/or condition may exhibit symptoms of the disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, an individual who is likely to suffer from a disease, disorder, and/or condition may not exhibit symptoms of the disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, an individual who is susceptible to a disease, disorder, and/or condition will develop the disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, an individual who is susceptible to a disease, disorder, and/or condition will not develop the disease, disorder, and/or condition.
Synthétique:Tel qu’utilisé ici, le terme « synthétique » fait référence à une entité qui est artificielle, ou qui est fabriquée avec une intervention humaine, ou qui résulte d’une synthèse plutôt que d’être naturelle. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un acide nucléique ou un polynucléotide synthétique fait référence à une molécule d’acide nucléique qui est synthétisée chimiquement, par exemple, dans certains modes de réalisation par synthèse en phase solide. Dans certains modes de réalisation, le terme « synthétique » fait référence à une entité fabriquée à l’extérieur de cellules biologiques. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un acide nucléique ou un polynucléotide synthétique fait référence à une molécule d’acide nucléique (par exemple, un ARN) qui est produite par transcriptionin vitroà l’aide d’une matrice.Synthetic: As used herein, the term "synthetic" refers to an entity that is artificial, or is manufactured with human intervention, or results from synthesis rather than being naturally occurring. For example, in some embodiments, a synthetic nucleic acid or polynucleotide refers to a nucleic acid molecule that is chemically synthesized, for example, in some embodiments by solid-phase synthesis. In some embodiments, the term "synthetic" refers to an entity manufactured outside of biological cells. For example, in some embodiments, a synthetic nucleic acid or polynucleotide refers to a nucleic acid molecule (e.g., RNA) that is produced byin vitro transcription using a template.
Thérapie:Le terme « thérapie » fait référence à l’administration ou à l'apport d’un agent ou à une intervention qui a un effet thérapeutique et/ou provoque un effet biologique et/ou pharmacologique souhaité (par exemple, dont il a été démontré qu’il ou elle est statistiquement susceptible d’avoir un tel effet lorsqu’il ou elle est administré(e) à une population concernée). Dans certains modes de réalisation, un agent thérapeutique ou une thérapie est toute substance qui peut être utilisée pour ralentir, améliorer, soulager, inhiber, prévenir, retarder l’apparition, réduire la gravité et/ou réduire l’incidence d’un ou de plusieurs symptômes ou caractéristiques d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection. Dans certains modes de réalisation, un agent thérapeutique ou une thérapie est une intervention médicale (par exemple, une chirurgie, une radiothérapie, une photothérapie) qui peut être effectuée pour ralentir, soulager, inhiber, présenter, retarder l’apparition, réduire la gravité et/ou réduire l’incidence d’un ou de plusieurs symptômes ou caractéristiques d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection.Therapy: The term “therapy” refers to the administration or delivery of an agent or intervention that has a therapeutic effect and/or causes a desired biological and/or pharmacological effect (e.g., has been shown to be statistically likely to have such an effect when administered to a relevant population). In some embodiments, a therapeutic agent or therapy is any substance that can be used to slow, ameliorate, alleviate, inhibit, prevent, delay the onset of, reduce the severity of, and/or reduce the incidence of one or more symptoms or characteristics of a disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, a therapeutic agent or therapy is a medical intervention (e.g., surgery, radiation therapy, phototherapy) that can be performed to slow, alleviate, inhibit, present, delay the onset of, reduce the severity of, and/or reduce the incidence of one or more symptoms or characteristics of a disease, disorder, and/or condition.
Région non traduite en trois prime: Tels qu’utilisés ici, les termes « région non traduite en trois prime » ou « 3’ UTR » font référence à une séquence d’une molécule d’ARN (par exemple, d’ARNm) qui commence après un codon d’arrêt d’une région codante d’une séquence de cadre de lecture ouvert. Dans certains modes de réalisation, l’3’ UTR commence immédiatement après un codon d’arrêt d’une région codante d’une séquence de cadre de lecture ouvert, par exemple, dans son contexte naturel. Dans certains modes de réalisation, l’3’ UTR ne commence pas immédiatement après un codon d’arrêt d’une région codante d’une séquence de cadre de lecture ouvert, par exemple, dans son contexte naturel.Three-Prime Untranslated Region : As used herein, the terms "three-prime untranslated region" or "3'UTR" refer to a sequence of an RNA (e.g., mRNA) molecule that begins after a stop codon of a coding region of an open reading frame sequence. In some embodiments, the 3' UTR begins immediately after a stop codon of a coding region of an open reading frame sequence, e.g., in its natural context. In some embodiments, the 3' UTR does not begin immediately after a stop codon of a coding region of an open reading frame sequence, e.g., in its natural context.
Niveau de seuil (par exemple, critères d’acceptation): Tel qu’utilisé ici, le terme « niveau de seuil » fait référence à un niveau utilisé comme référence pour obtenir des informations sur et/ou classer les résultats d’une mesure, par exemple, les résultats d’une mesure obtenue dans un test. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un niveau de seuil signifie une valeur mesurée dans un test qui définit la ligne de démarcation entre deux sous-ensembles d’une population (par exemple, un lot qui satisfait aux critères de contrôle qualité par rapport à un lot qui ne satisfait pas aux critères de contrôle qualité). Ainsi, une valeur égale ou supérieure au niveau seuil définit un sous-ensemble de la population, et une valeur inférieure au niveau seuil définit l’autre sous-ensemble de la population. Un niveau de seuil peut être déterminé sur la base d’un ou de plusieurs échantillons témoins ou sur une population d’échantillons témoins. Un niveau de seuil peut être déterminé avant, simultanément à ou après la mesure d’intérêt. Dans certains modes de réalisation, un niveau de seuil peut être une plage de valeurs.Threshold Level (e.g., Acceptance Criteria) : As used herein, the term "threshold level" refers to a level used as a reference to obtain information about and/or classify the results of a measurement, e.g., the results of a measurement obtained in a test. For example, in some embodiments, a threshold level means a value measured in a test that defines the dividing line between two subsets of a population (e.g., a lot that meets quality control criteria versus a lot that does not meet quality control criteria). Thus, a value equal to or greater than the threshold level defines one subset of the population, and a value less than the threshold level defines the other subset of the population. A threshold level may be determined based on one or more control samples or on a population of control samples. A threshold level may be determined before, concurrent with, or after the measurement of interest. In some embodiments, a threshold level may be a range of values.
Traiter:Tel qu’utilisé ici, le terme « traiter », « traitement » ou « traitant » fait référence à toute procédé utilisé pour ralentir, améliorer, soulager, inhiber, prévenir, retarder l’apparition, réduire la gravité et/ou réduire l’apparition d’un ou de plusieurs symptômes ou caractéristiques d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection, partiellement ou complètement. Le traitement peut être administré à un sujet qui ne présente pas de signes d’une maladie, d’un trouble et/ou d’une affection. Dans certains modes de réalisation, le traitement peut être administré à un sujet qui ne présente que des signes précoces de la maladie, du trouble et/ou de l’affection, par exemple dans le but de réduire le risque de développer une pathologie associée à la maladie, au trouble et/ou à l’affection. Dans certains modes de réalisation, le traitement peut être administré à un sujet à un stade ultérieur de la maladie, du trouble et/ou de l’affection.Treat: As used herein, the term “treat,” “treatment,” or “treating” refers to any method used to slow, ameliorate, alleviate, inhibit, prevent, delay the onset, reduce the severity, and/or reduce the occurrence of one or more symptoms or characteristics of a disease, disorder, and/or condition, partially or completely. The treatment may be administered to a subject who is not exhibiting signs of a disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, the treatment may be administered to a subject who is exhibiting only early signs of the disease, disorder, and/or condition, for example, for the purpose of reducing the risk of developing a pathology associated with the disease, disorder, and/or condition. In some embodiments, the treatment may be administered to a subject at a later stage of the disease, disorder, and/or condition.
Vaccination: Tel qu’utilisé ici, le terme « vaccination » fait référence à l’administration d’une composition destinée à générer une réponse immunitaire, par exemple à un agent associé à une maladie (par exemple, provoquant une maladie). Dans certains modes de réalisation, la vaccination peut être administrée avant, pendant et/ou après l’exposition à un agent associé à une maladie, et dans certains modes de réalisation, avant, pendant et/ou peu de temps après l’exposition à l’agent. Dans certains modes de réalisation, la vaccination comporte plusieurs administrations, espacées de manière appropriée dans le temps, d’une composition vaccinale. Dans certains modes de réalisation, la vaccination génère une réponse immunitaire à un agent infectieux.Vaccination : As used herein, the term "vaccination" refers to administering a composition intended to generate an immune response, e.g., to a disease-associated (e.g., disease-causing) agent. In some embodiments, the vaccination may be administered before, during, and/or after exposure to a disease-associated agent, and in some embodiments, before, during, and/or shortly after exposure to the agent. In some embodiments, the vaccination comprises multiple, appropriately spaced administrations of a vaccine composition. In some embodiments, the vaccination generates an immune response to an infectious agent.
Vaccin:Tel qu’utilisé ici, le terme « vaccin » fait référence à une composition qui induit une réponse immunitaire lors de son administration à un sujet. Dans certains modes de réalisation, une réponse immunitaire induite fournit une immunité protectrice.Vaccine: As used herein, the term “vaccine” refers to a composition that induces an immune response upon administration to a subject. In some embodiments, an induced immune response provides protective immunity.
Variante:Tel qu’utilisé ici dans le contexte des molécules, par exemple d’acides nucléiques, de protéines ou de petites molécules, le terme « variante » fait référence à une molécule qui présente une identité structurelle significative avec une molécule de référence, mais diffère structurellement de la molécule de référence, par exemple en présence ou en absence ou au niveau d’une ou de plusieurs fractions chimiques par rapport à l’entité de référence. Dans certains modes de réalisation, une variante diffère également fonctionnellement de sa molécule de référence. En général, la question de savoir si une molécule particulière est considérée à bon escient comme une « variante » d’une molécule de référence est basée sur son degré d’identité structurelle avec la molécule de référence. Comme le reconnaîtra aisément l’homme du métier, toute molécule de référence biologique ou chimique possède certains éléments structurels caractéristiques. Une variante, par définition, est une molécule distincte qui partage un ou plusieurs de ces éléments structurels caractéristiques, mais diffère dans au moins un aspect de la molécule de référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant peut différer d’un polypeptide ou d’un acide nucléique de référence en raison d’une ou de plusieurs différences dans la séquence d’acides aminés ou de nucléotides et/ou d’une ou de plusieurs différences dans les fractions chimiques (par exemple, les glucides, les lipides, les groupes phosphate) qui sont des composants covalents du polypeptide ou de l’acide nucléique (par exemple, qui sont attachés au squelette du polypeptide ou de l’acide nucléique). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant présente une identité de séquence globale avec un polypeptide ou un acide nucléique de référence qui est d’au moins 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 % ou 99 %. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant ne partage pas au moins un élément de séquence caractéristique avec un polypeptide ou un acide nucléique de référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique de référence a une ou plusieurs activités biologiques. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant partage une ou plusieurs des activités biologiques du polypeptide ou de l’acide nucléique de référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant est dépourvu d’une ou de plusieurs des activités biologiques du polypeptide ou de l’acide nucléique de référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant présente un niveau réduit d’une ou de plusieurs activités biologiques par rapport au polypeptide ou à l’acide nucléique de référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique d’intérêt est considéré comme étant une « variante » d’un polypeptide ou d’un acide nucléique de référence s’il possède une séquence d’acides aminés ou de nucléotides identique à celle de la référence, hormis pour un petit nombre de modifications de séquence à des positions particulières. Généralement, moins d’environ 20 %, environ 15 %, environ 10 %, environ 9 %, environ 8 %, environ 7 %, environ 6 %, environ 5 %, environ 4 %, environ 3 %, ou environ 2 % des résidus dans une variante sont substitués, insérés ou supprimés, par rapport à la référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant comprend environ 10, environ 9, environ 8, environ 7, environ 6, environ 5, environ 4, environ 3, environ 2 ou environ 1 résidus substitués par rapport à une référence. Souvent, un polypeptide ou un acide nucléique variant comprend un très petit nombre (par exemple, moins d’environ 5, environ 4, environ 3, environ 2 ou environ 1) de résidus fonctionnels substitués, insérés ou supprimés (c’est-à-dire des résidus qui participent à une activité biologique particulière) par rapport à la référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant ne comprend pas plus d’environ 5, environ 4, environ 3, environ 2 ou environ 1 ajout ou délétion, et, dans certains modes de réalisation, ne comprend aucun ajout ou aucune délétion, par rapport à la référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique variant comprend moins d’environ 25, environ 20, environ 19, environ 18, environ 17, environ 16, environ 15, environ 14, environ 13, environ 10, environ 9, environ 8, environ 7, environ 6, et généralement moins d’environ 5, environ 4, environ 3, ou environ 2 ajouts ou délétions par rapport à la référence. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide ou un acide nucléique de référence est un polypeptide ou un acide nucléique trouvé dans la nature.Variant: As used herein in the context of molecules, e.g., nucleic acids, proteins, or small molecules, the term “variant” refers to a molecule that exhibits significant structural identity with a reference molecule, but differs structurally from the reference molecule, e.g., in the presence or absence or in one or more chemical moieties relative to the reference entity. In some embodiments, a variant also differs functionally from its reference molecule. In general, whether a particular molecule is appropriately considered a “variant” of a reference molecule is based on its degree of structural identity with the reference molecule. As will be readily recognized by those skilled in the art, any biological or chemical reference molecule possesses certain characteristic structural elements. A variant, by definition, is a distinct molecule that shares one or more of these characteristic structural elements, but differs in at least one aspect from the reference molecule. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid may differ from a reference polypeptide or nucleic acid due to one or more differences in the amino acid or nucleotide sequence and/or one or more differences in chemical moieties (e.g., carbohydrates, lipids, phosphate groups) that are covalent components of the polypeptide or nucleic acid (e.g., that are attached to the backbone of the polypeptide or nucleic acid). In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid has an overall sequence identity to a reference polypeptide or nucleic acid that is at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, or 99%. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid does not share at least one characteristic sequence element with a reference polypeptide or nucleic acid. In some embodiments, a reference polypeptide or nucleic acid has one or more biological activities. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid shares one or more of the biological activities of the reference polypeptide or nucleic acid. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid lacks one or more of the biological activities of the reference polypeptide or nucleic acid. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid has a reduced level of one or more biological activities relative to the reference polypeptide or nucleic acid. In some embodiments, a polypeptide or nucleic acid of interest is considered a "variant" of a reference polypeptide or nucleic acid if it has an amino acid or nucleotide sequence identical to that of the reference, except for a small number of sequence changes at particular positions. Generally, less than about 20%, about 15%, about 10%, about 9%, about 8%, about 7%, about 6%, about 5%, about 4%, about 3%, or about 2% of the residues in a variant are substituted, inserted, or deleted, relative to the reference. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid comprises about 10, about 9, about 8, about 7, about 6, about 5, about 4, about 3, about 2, or about 1 residue substituted relative to a reference. Often, a variant polypeptide or nucleic acid comprises a very small number (e.g., less than about 5, about 4, about 3, about 2 or about 1) of substituted, inserted or deleted functional residues (i.e., residues that participate in a particular biological activity) relative to the reference. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid comprises no more than about 5, about 4, about 3, about 2 or about 1 addition or deletion, and, in some embodiments, comprises no additions or deletions, relative to the reference. In some embodiments, a variant polypeptide or nucleic acid comprises less than about 25, about 20, about 19, about 18, about 17, about 16, about 15, about 14, about 13, about 10, about 9, about 8, about 7, about 6, and generally less than about 5, about 4, about 3, or about 2 additions or deletions relative to the reference. In some embodiments, a reference polypeptide or nucleic acid is a polypeptide or nucleic acid found in nature.
Vecteur: Tel qu’utilisé ici, fait référence à une molécule d’acide nucléique capable de transporter un autre acide nucléique auquel il a été lié. Un type de vecteur est un « plasmide », qui fait référence à une boucle d’ADN double brin circulaire dans laquelle des segments d’ADN supplémentaires peuvent être ligaturés. Un autre type de vecteur est un vecteur viral, dans lequel des segments d’ADN supplémentaires peuvent être ligaturés dans le génome viral. Certains vecteurs sont capables de réplication autonome dans une cellule hôte dans laquelle ils sont introduits (par exemple, les vecteurs bactériens ayant une origine de réplication bactérienne et les vecteurs épisomiques de mammifères). D’autres vecteurs (par exemple, des vecteurs mammifères non épisomiques) peuvent être intégrés dans le génome d’une cellule hôte lors de leur introduction dans la cellule hôte et sont ainsi répliqués avec le génome de l’hôte. De plus, certains vecteurs sont capables de diriger l’expression des gènes auxquels ils sont liés de manière opérationnelle. De tels vecteurs sont appelés ici « vecteurs d’expression ». Dans certains modes de réalisation, des techniques connues peuvent être utilisées, par exemple, pour la génération ou la manipulation d’ADN recombinant, pour la synthèse d’oligonucléotides et pour la culture et la transformation de tissus (par exemple, l’électroporation, la lipofection). Les réactions enzymatiques et les techniques de purification peuvent être réalisées conformément aux spécifications du fabricant ou comme cela est couramment réalisé dans le domaine ou comme décrit ici. Les techniques et procédures précédents peuvent être généralement réalisés selon des procédés classiques bien connus dans le domaine et tels que décrits dans diverses références générales et plus spécifiques qui sont citées et discutées tout au long de la présente description. Voir par exemple, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4e éd., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY (2012)), qui est incorporé ici par référence à quelque fin que ce soit.Vector : As used herein, refers to a nucleic acid molecule capable of transporting another nucleic acid to which it has been linked. One type of vector is a “plasmid,” which refers to a circular double-stranded DNA loop into which additional DNA segments can be ligated. Another type of vector is a viral vector, in which additional DNA segments can be ligated into the viral genome. Some vectors are capable of autonomous replication in a host cell into which they are introduced (e.g., bacterial vectors with a bacterial origin of replication and mammalian episomal vectors). Other vectors (e.g., non-episomal mammalian vectors) can be integrated into the genome of a host cell upon introduction into the host cell and are thereby replicated along with the host genome. In addition, some vectors are capable of directing the expression of genes to which they are operably linked. Such vectors are referred to herein as “expression vectors.” In some embodiments, known techniques may be used, for example, for the generation or manipulation of recombinant DNA, for the synthesis of oligonucleotides, and for tissue culture and transformation (e.g., electroporation, lipofection). The enzymatic reactions and purification techniques may be performed according to the manufacturer's specifications or as commonly performed in the art or as described herein. The foregoing techniques and procedures may be generally performed according to standard methods well known in the art and as described in various general and more specific references that are cited and discussed throughout this disclosure. See, for example, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY (2012)), which is incorporated herein by reference for any purpose.
Toute la littérature et toute documentation similaire citées dans la présente demande, y compris, mais sans s’y limiter, les brevets, les demandes de brevet, les articles, les livres, les traités et les pages Web, quel que soit le format de cette littérature et de cette documentation similaire, sont expressément incorporés par référence dans leur intégralité. Dans le cas où l’une ou plusieurs des littératures incorporées et des documents similaires s’écartent de cette demande ou sont en contradiction avec cette dernière, y compris, mais sans s’y limiter, les termes définis, l’utilisation des termes, les techniques décrites ou similaires, cette demande prévaut. Les titres de section utilisés ici sont uniquement destinés à des fins d’organisation et ne doivent pas être interprétés comme limitant de quelque manière que ce soit le sujet décrit.All literature and similar documentation cited in this application, including, but not limited to, patents, patent applications, articles, books, treatises, and web pages, regardless of the format of such literature and similar documentation, are expressly incorporated by reference in their entirety. In the event that any one or more of the incorporated literature and similar documents deviate from or conflict with this application, including, but not limited to, terms defined, usage of terms, techniques described, or the like, this application shall control. The section headings used herein are for organizational purposes only and shall not be construed as limiting in any manner the subject matter described.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention concerne des technologies (par exemple, des compositions, des compositions pharmaceutiques, des compositions immunogènes, des vaccins et des procédés) qui peuvent être utilisées pour induire une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies dans la présente invention peuvent être utilisées pour atténuer les effets d’empreinte immunitaire et/ou induire une réponse immunitairede novoplus forte (par exemple, par rapport à d’autres approches de vaccination).In some embodiments, the present invention provides technologies (e.g., compositions, pharmaceutical compositions, immunogenic compositions, vaccines, and methods) that can be used to induce an immune response against SARS-CoV-2. In some embodiments, the technologies provided herein can be used to mitigate immune imprinting effects and/or induce a strongerde novo immune response (e.g., compared to other vaccination approaches).
La protéine de spicule (S) du SARS-CoV-2 peut être clivée protéolytiquement en sous-unités S1 (685 aa) et S2 (588 aa). La S1 du SARS-CoV-2 comprend un domaine de liaison au récepteur (RBD), qui facilite l’entrée du virus dans les cellules hôtes via le récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) de l’hôte.The SARS-CoV-2 spike (S) protein can be proteolytically cleaved into S1 (685 aa) and S2 (588 aa) subunits. The SARS-CoV-2 S1 includes a receptor-binding domain (RBD), which facilitates viral entry into host cells via the host angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor.
La présentation de la COVID-19 se présente généralement par une toux et de la fièvre, avec une radiographie thoracique montrant des opacités en verre dépoli ou des ombres en foyers. Cependant, de nombreux patients ne présentent ni fièvre ni modifications radiographiques, et les infections peuvent être asymptomatiques, ce qui est important pour contrôler la transmission. Chez les sujets symptomatiques, la progression de la maladie peut conduire à un syndrome de détresse respiratoire aiguë nécessitant une ventilation et à une défaillance multiviscérale ultérieure, voire au décès. Les symptômes courants chez les patients hospitalisés (par ordre de fréquence décroissante) comportent la fièvre, la toux sèche, l’essoufflement, la fatigue, les myalgies, les nausées/vomissements ou la diarrhée, les maux de tête, la faiblesse et la rhinorrhée. L’anosmie (perte de l’odorat) ou l’agueusie (perte du goût) peuvent être le seul symptôme présent chez environ 3 % des personnes atteintes de la COVID-19.The presentation of COVID-19 typically presents with cough and fever, with a chest radiograph showing ground-glass opacities or focal shadows. However, many patients do not present with fever or radiographic changes, and infections may be asymptomatic, which is important for controlling transmission. In symptomatic individuals, disease progression can lead to acute respiratory distress syndrome requiring ventilation and subsequent multiorgan failure or even death. Common symptoms in hospitalized patients (in order of decreasing frequency) include fever, dry cough, shortness of breath, fatigue, myalgias, nausea/vomiting or diarrhea, headache, weakness, and rhinorrhea. Anosmia (loss of smell) or ageusia (loss of taste) may be the only symptom present in approximately 3% of people with COVID-19.
La maladie peut toucher toutes les tranches d’âge, mais les taux de létalité (LFT) sont particulièrement élevés chez les personnes de plus de 60 ans. Les comorbidités sont également associées à une augmentation du taux de létalité, notamment les maladies cardiovasculaires, le diabète, l’hypertension et les maladies respiratoires chroniques. Les professionnels de la santé sont surreprésentés parmi les patients atteints de la COVID-19 en raison de leur exposition professionnelle à des patients infectés.The disease can affect all age groups, but case fatality rates (CFRs) are particularly high in people over 60 years of age. Comorbidities are also associated with an increased case fatality rate, including cardiovascular disease, diabetes, hypertension, and chronic respiratory disease. Healthcare workers are overrepresented among COVID-19 patients due to their occupational exposure to infected patients.
Dans la plupart des situations, un test moléculaire est utilisé pour détecter le SARS-CoV-2 et confirmer l’infection. Les procédés de test de réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse (RT-PCR) ciblant l’ARN viral du SARS-CoV-2 sont un procédé de diagnostic des cas suspects de COVID-19. Les échantillons à tester sont prélevés au niveau du nez et/ou de la gorge à l’aide d’un écouvillon.In most situations, a molecular test is used to detect SARS-CoV-2 and confirm infection. Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) testing methods targeting SARS-CoV-2 viral RNA are a diagnostic method for suspected cases of COVID-19. Samples to be tested are taken from the nose and/or throat using a swab.
Depuis la découverte initiale du SARS-CoV-2, un certain nombre de variants sont apparus dans le monde. L’émergence de ces nouveaux variants circulants du SARS-CoV-2 a soulevé d’importantes inquiétudes quant à l’efficacité géographique et temporelle des interventions vaccinales. L’émergence de variants d’Omicron (B.1.1.529), qui comprennent un certain nombre de mutations dans la protéine S, est particulièrement préoccupante. Comme utilisé ici, un variant du SARS-CoV-2 fait référence à un virus du SARS-CoV-2 qui a acquis une ou plusieurs mutations qui le différencient de la souche de Wuhan du SARS-CoV-2 qui est apparu pour la première fois en 2019. Les variants peuvent être identifiés par les virologues et/ou les organismes de santé à l’aide d’un système de classification approprié, notamment les systèmes de classification Pango ou NextClade, dont des exemples sont décrits ici.Since the initial discovery of SARS-CoV-2, a number of variants have emerged worldwide. The emergence of these new circulating SARS-CoV-2 variants has raised significant concerns about the geographic and temporal effectiveness of vaccine interventions. Of particular concern is the emergence of Omicron (B.1.1.529) variants, which include several mutations in the S protein. As used herein, a SARS-CoV-2 variant refers to a SARS-CoV-2 virus that has acquired one or more mutations that differentiate it from the Wuhan strain of SARS-CoV-2 that first emerged in 2019. Variants can be identified by virologists and/or healthcare organizations using an appropriate classification system, including the Pango or NextClade classification systems, examples of which are described herein.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention fait référence à un variant du SARS-CoV-2 qui est répandu et/ou se propage rapidement dans un territoire concerné. Dans certains modes de réalisation, de tels variants peuvent être identifiés sur la base de données accessibles au public (par exemple, des données fournies dans la base de données de l’Initiative GISAID : https://www.gisaid.org, et/ou des données fournies par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) (par exemple, telles que fournies à l’adresse https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants). Dans certains modes de réalisation, un tel variant fait référence à un variant décrit ici.In some embodiments, the present invention refers to a SARS-CoV-2 variant that is prevalent and/or rapidly spreading in a relevant territory. In some embodiments, such variants may be identified based on publicly available data (e.g., data provided in the GISAID Initiative database: https://www.gisaid.org, and/or data provided by the World Health Organization (WHO) (e.g., as provided at https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants). In some embodiments, such a variant refers to a variant described herein.
Le variant Omicron BA.1 a été signalé pour la première fois à l’OMS le 24 novembre 2021 et a été détecté en Afrique du Sud. Omicron et ses sous-lignées ont eu un impact majeur sur le paysage épidémiologique de la pandémie de COVID-19 depuis leur émergence initiale (Groupe consultatif technique de l’OMS sur l’évolution du virus SARS-CoV-2 (TAG-VE) : Classification d’Omicron (B.1.1.259) : Variant préoccupant du SARS-CoV-2 (2021) ; Siège de l’OMS (HQ), Programme OMS des situations d’urgence sanitaire, Renforcement de la réponse au variant Omicron du SARS-CoV-2 : Note d’information technique et actions prioritaires pour les États membres (2022)). Des altérations significatives de la glycoprotéine de spicule (S) du premier variant d’Omicron BA.1 ont entraîné la perte de nombreux épitopes d’anticorps neutralisants (M. Hoffmann et al., « The Omicron variant is highly resistant against antibody mediated neutralization: Implications for control of the COVID-19 pandemic », Cell 185, 447–456.e11 (2022)) et ont rendu le BA.1 capable d’échapper partiellement à l’immunité basée sur la souche sauvage du SARS-CoV-2 (Wuhan-Hu-1) précédemment établie (V. Servellita, et al., « Neutralizing immunity in vaccine breakthrough infections from the SARS-CoV-2 Omicron and Delta variants », Cell 185, 1539–1548.e5 (2022) ; Y. Cao et al., « Omicron escapes the majority of existing SARS-CoV-2 neutralizing antibodys », Nature 602, 657–663 (2022)).The Omicron BA.1 variant was first reported to WHO on 24 November 2021 and was detected in South Africa. Omicron and its sublineages have had a major impact on the epidemiological landscape of the COVID-19 pandemic since their initial emergence (WHO Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution (TAG-VE): Omicron classification (B.1.1.259): SARS-CoV-2 Variant of Concern (2021); WHO Headquarters (HQ), WHO Health Emergencies Programme, Strengthening the response to the SARS-CoV-2 Omicron variant: Technical brief and priority actions for Member States (2022)). Significant alterations in the spike (S) glycoprotein of the first Omicron BA.1 variant resulted in the loss of many neutralizing antibody epitopes (M. Hoffmann et al., “The Omicron variant is highly resistant against antibody mediated neutralization: Implications for control of the COVID-19 pandemic,” Cell 185, 447–456.e11 (2022)) and rendered BA.1 capable of partially evading previously established SARS-CoV-2 wild-type (Wuhan-Hu-1)-based immunity (V. Servellita, et al., “Neutralizing immunity in vaccine breakthrough infections from the SARS-CoV-2 Omicron and Delta variants,” Cell 185, 1539–1548.e5 (2022); Y. Cao et al., “Omicron escapes the majority of existing SARS-CoV-2 neutralizing antibodies,” Nature 602, 657–663 (2022)).
En conséquence, l’infection post-vaccinale des personnes vaccinées avec Omicron est plus fréquente qu’avec les variants préoccupants (VOC) précédents. Alors que le variant d’Omicron a BA.1 été supplanté par le variant BA.2 dans de nombreux pays du monde, d’autres variants tels que BA.1.1 et BA.3 ont temporairement et/ou localement pris de l’ampleur, mais ne sont pas devenus dominants à l’échelle mondiale (S. Xia et al., « Origin, virological features, immune evasion and intervention of SARS-CoV-2 Omicron sublineages. » Signal Transduct. Ther. Cible. Ther. 7, 241 (2022) ; H. Gruell et al., « SARS-CoV-2 Omicron sublineages exhibit distinct antibody escape patternes, Cell Host Microbe 7, 241 (2022).). Le BA.2.12.1 d’Omicron a ensuite supplanté le BA.2 pour devenir dominant aux États-Unis, tandis que le BA.4 et le BA.5 ont supplanté le BA.2 en Europe, dans certaines parties de l’Afrique et en Asie/Pacifique (H. Gruell et al., « SARS-CoV-2 Omicron sublineages showcase distinct antibody escape patterns », Cell Host Microbe 7, 241 (2022) ; Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Weekly COVID-19 country overview -Country overview report: Week 31 2022 (2022) ; J. Hadfield et al., « Nextstrain: Real-time tracking of pathogen evolution », Bioinformatics 34, 4121–4123 (2018)). Actuellement, Omicron BA.5 est dominant à l’échelle mondiale, y compris aux États-Unis (Centres de contrôle et de prévention des maladies). Suivi des données sur la COVID. Atlanta, GA : Département américain de la Santé et des Services sociaux, CDC ; 12 août 2022. https://covid.cdc.gov/coviddata-tracker (2022)).As a result, post-vaccination infection in individuals vaccinated with Omicron is more common than with previous variants of concern (VOCs). While the BA.1 Omicron variant has been supplanted by the BA.2 variant in many countries worldwide, other variants such as BA.1.1 and BA.3 have temporarily and/or locally gained momentum but have not become globally dominant (S. Xia et al., “Origin, virological features, immune evasion and intervention of SARS-CoV-2 Omicron sublineages.” Signal Transduct. Ther. Target. Ther. 7, 241 (2022); H. Gruell et al., “SARS-CoV-2 Omicron sublineages exhibit distinct antibody escape patterns,” Cell Host Microbe 7, 241 (2022).). Omicron BA.2.12.1 then outcompeted BA.2 to become dominant in the United States, while BA.4 and BA.5 outcompeted BA.2 in Europe, parts of Africa, and Asia/Pacific (H. Gruell et al., “SARS-CoV-2 Omicron sublineages showcase distinct antibody escape patterns,” Cell Host Microbe 7, 241 (2022); European Centre for Disease Prevention and Control, Weekly COVID-19 country overview -Country overview report: Week 31 2022 (2022); J. Hadfield et al., “Nextstrain: Real-time tracking of pathogen evolution,” Bioinformatics 34, 4121–4123 (2018)). Currently, Omicron BA.5 is dominant globally, including in the United States (Centers for Disease Control and Prevention). COVID data tracking. Atlanta, GA: U.S. Department of Health and Human Services, CDC; August 12, 2022. https://covid.cdc.gov/coviddata-tracker (2022)).
Omicron a acquis de nombreuses altérations (échanges, insertions ou délétions d’acides aminés) dans la glycoprotéine S, parmi lesquelles certaines sont partagées par tous les VOC d’Omicron tandis que d’autres sont spécifiques à une ou à plusieurs sous-lignées d’Omicron. D’un point de vue antigénique, le BA.2.12.1 présente une forte similitude avec le BA.2 mais pas avec le BA.1, tandis que le BA.4 et le BA.5 diffèrent considérablement de leur ancêtre le BA.2 et encore plus du BA.1, conformément à leur généalogie (AZ Mykytyn et al., « Antigenic cartography of SARS-CoV-2 reveals that Omicron BA.1 and BA.2 are antigenically distinct », Sci. Immunol. 7, eabq4450 (2022).). Les principales différences entre le BA.1 et les autres VOC d’Omicron incluent les Δ143–145, L212I ou ins214EPE dans le domaine N-terminal de la glycoprotéine S et le G446S ou G496S dans le domaine de liaison au récepteur (RBD). Les modifications des acides aminés T376A, D405N et R408S dans le RBD sont à leur tour communes au BA.2 et à ses descendants, mais ne se retrouvent pas dans le BA.1. De plus, certaines altérations sont spécifiques à des VOC individuels descendants du BA.2, notamment le L452Q pour le BA.2.12.1 ou le L452R et le F486V pour le BA.4 et le BA.5 (BA.4 et BA.5 codent pour la même séquence S). Il a été démontré que la plupart de ces altérations partagées et spécifiques au VOC jouent un rôle important dans l’échappement immunitaire des anticorps monoclonaux et des sérums polyclonaux dirigés contre la glycoprotéine S de type sauvage. En particulier, les altérations spécifiques au BA.4/BA.5 sont fortement impliquées dans l’échappement immunitaire de ces VOC (P. Wang et al., « Antibody resistance of SARS-CoV-2 variants B.1.351 and B.1.1.7. Nature 593, 130–135 (2021) ; Q. Wang et al., « Antibody evasion by SARS-CoV-2 Omicron subvariants BA.2.12.1, BA.4, & BA.5. Nature 608, 603–608 (2022)).Omicron has acquired numerous alterations (amino acid exchanges, insertions, or deletions) in the S glycoprotein, some of which are shared by all Omicron VOCs while others are specific to one or more Omicron sublineages. Antigenically, BA.2.12.1 shows high similarity to BA.2 but not to BA.1, while BA.4 and BA.5 differ considerably from their ancestor BA.2 and even more from BA.1, consistent with their genealogy (AZ Mykytyn et al., “Antigenic cartography of SARS-CoV-2 reveals that Omicron BA.1 and BA.2 are antigenically distinct,” Sci. Immunol. 7, eabq4450 (2022).). The main differences between BA.1 and other Omicron VOCs include Δ143–145, L212I, or ins214EPE in the N-terminal domain of the S glycoprotein and G446S or G496S in the receptor-binding domain (RBD). Amino acid changes T376A, D405N, and R408S in the RBD are in turn common to BA.2 and its descendants, but are not found in BA.1. In addition, some alterations are specific to individual BA.2 descendant VOCs, including L452Q for BA.2.12.1 or L452R and F486V for BA.4 and BA.5 (BA.4 and BA.5 encode the same S sequence). Most of these shared and VOC-specific alterations have been shown to play an important role in the immune escape of monoclonal antibodies and polyclonal sera against wild-type S glycoprotein. In particular, BA.4/BA.5-specific alterations are strongly involved in the immune escape of these VOCs (P. Wang et al., “Antibody resistance of SARS-CoV-2 variants B.1.351 and B.1.1.7. Nature 593, 130–135 (2021); Q. Wang et al., “Antibody evasion by SARS-CoV-2 Omicron subvariants BA.2.12.1, BA.4, & BA.5. Nature 608, 603–608 (2022)).
Dans certains modes de réalisation, un antigène utilisé comme décrit ici est ou comprend un fragment ou un domaine d’un polypeptide viral, ou un fragment antigénique de celui-ci. Dans certains modes de réalisation, un antigène utilisé comme décrit ici est un antigène attaché à la membrane (par exemple,un fragment antigénique de celui-ci fusionné avec une fraction associant la membrane, telle que par exemple, une fraction transmembranaire). Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique fournie (par exemple, une composition immunogène,par exemple, un vaccin) comprend ou délivre des séquences d’antigènes qui sont ou comprennent un ou plusieurs épitopes d’anticorps et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T CD4 et/ou de cellules T CD8.In some embodiments, an antigen used as described herein is or comprises a fragment or domain of a viral polypeptide, or an antigenic fragment thereof. In some embodiments, an antigen used as described herein is a membrane-attached antigen (e.g., an antigenic fragment thereof fused with a membrane-associating moiety, such as, for example, a transmembrane moiety). In some embodiments, a provided pharmaceutical composition (e.g. , an immunogenic composition,e.g. , a vaccine) comprises or delivers antigen sequences that are or comprise one or more antibody epitopes and/or one or more CD4 T cell epitopes and/or CD8 T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un antigène utilisé comme décrit ici comporte une ou plusieurs séquences de variant par rapport à un antigène de référence pertinent. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un site de clivage de protéase est supprimé ou bloqué ; en variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, un antigène tronqué de manière terminale est utilisé, et/ou une ou plusieurs mutations associées à un variant viral (par exemple, un variant préoccupant du SARS-CoV-2) sont présentes dans l’antigène.In some embodiments, an antigen used as described herein comprises one or more variant sequences relative to a relevant reference antigen. For example, in some embodiments, a protease cleavage site is deleted or blocked; alternatively or additionally, in some embodiments, a terminally truncated antigen is used, and/or one or more mutations associated with a viral variant (e.g., a SARS-CoV-2 variant of concern) are present in the antigen.
Dans certains modes de réalisation, un antigène utilisé comme décrit ici comporte un élément de multimérisation (par exemple, un élément de multimérisation hétérologue).In some embodiments, an antigen used as described herein comprises a multimerization element (e.g. , a heterologous multimerization element).
Dans certains modes de réalisation, un antigène utilisé comme décrit ici comporte un élément d’association membranaire (par exemple, un élément d’association membranaire homologue), tel qu’un domaine transmembranaire.In some embodiments, an antigen used as described herein comprises a membrane association element (e.g. , a homologous membrane association element), such as a transmembrane domain.
Dans certains modes de réalisation, un antigène utilisé comme décrit ici comporte un signal de sécrétion (par exemple, un signal de sécrétion homologue).In some embodiments, an antigen used as described herein comprises a secretion signal (e.g. , a homologous secretion signal).
Dans certains modes de réalisation, les séquences utilisées peuvent comprendre une ou plusieurs mutations associées à un variant viral (par exemple, un variant répandu et/ou qui est censé être hautement échappant au système immunitaire). Dans certains modes de réalisation, les séquences utilisées comprennent une ou plusieurs mutations associées à un variant préoccupant (par exemple, un variant préoccupant identifié par l’OMS). Dans certains modes de réalisation, les séquences utilisées comprennent une ou plusieurs mutations associées à un variant viral qui a été déterminé comme étant ou a été prédit comme étant hautement échappant au système immunitaire (par exemple, hautement échappant au système immunitaire par rapport à une réponse immunitaire développée chez des sujets ayant reçu un vaccin précédemment approuvé et/ou un variant viral précédemment répandu).In some embodiments, the sequences used may include one or more mutations associated with a viral variant (e.g. , a prevalent variant and/or one that is predicted to be highly immune evasive). In some embodiments, the sequences used include one or more mutations associated with a variant of concern (e.g., a variant of concern identified by the WHO). In some embodiments, the sequences used include one or more mutations associated with a viral variant that has been determined to be or has been predicted to be highly immune evasive (e.g., highly immune evasive relative to an immune response developed in subjects who received a previously approved vaccine and/or a previously prevalent viral variant).
La présente invention concerne, entre autres, certains antigènes du SARS-CoV-2 pour une utilisation pour induire une réponse immunogène. Dans certains modes de réalisation, un antigène du SARS-CoV-2 comprend des parties immunogènes d’un polypeptide de SARS-CoV-2 complet (par exemple, un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2, un sous-domaine S1 tronqué et/ou un RBD d’une protéine S du SARS-CoV-2) ou un variant de celui-ci. Dans certains modes de réalisation, ces antigènes sont délivrés sous forme d’antigènes protéiques pour induire une réponse immunogène. Dans certains modes de réalisation, de tels antigènes sont délivrés à l’aide d’ARN (par exemple, un ARNmod codant pour un domaine S1, un sous-domaine S1 tronqué et/ou un RBD d’une protéine S du SARS-CoV-2 et formulé dans des particules LNP) pour induire une réponse immunogène.The present invention relates, among other things, to certain SARS-CoV-2 antigens for use in inducing an immunogenic response. In some embodiments, a SARS-CoV-2 antigen comprises immunogenic portions of a full-length SARS-CoV-2 polypeptide (e.g., an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein, a truncated S1 subdomain, and/or an RBD of a SARS-CoV-2 S protein) or a variant thereof. In some embodiments, these antigens are delivered as protein antigens to induce an immunogenic response. In some embodiments, such antigens are delivered using RNA (e.g., a modRNA encoding an S1 domain, a truncated S1 subdomain, and/or an RBD of a SARS-CoV-2 S protein and formulated into LNP particles) to induce an immunogenic response.
Comme utilisé ici, une protéine S du SARS-CoV-2 complète comprenant une séquence de « type sauvage » ou de « Wuhan » a une séquence correspondant à celle de la première souche de SARS-CoV-2 détectée, composée de 1 273 acides aminés et ayant une séquence d’acides aminés selon SEQ ID NO : 1 :As used herein, a full-length SARS-CoV-2 S protein comprising a “wild-type” or “Wuhan” sequence has a sequence corresponding to that of the first detected SARS-CoV-2 strain, consisting of 1,273 amino acids and having an amino acid sequence according to SEQ ID NO: 1:
MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT (SEQ ID NO : 1)MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRV YSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNF RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS TPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVY STGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIK DFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQ NAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQ IITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT (SEQ ID NO: 1)
Sauf indication contraire, les numérotations de position dans une protéine S du SARS-CoV-2 données ici sont en relation avec la séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 1. Un homme du métier lisant la présente invention comprendra et sera en mesure de déterminer les positions correspondantes dans une séquence de variant de la protéine S du SARS-CoV-2 à partir des emplacements des positions fournies par rapport à la séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 1 (c’est-à-dire qu’un homme du métier ayant des positions par rapport à SEQ ID NO : 1, ou à un autre variant, sera en mesure de déterminer des positions correspondantes dans la séquence de protéine S d’un autre variant du SARS-CoV-2 ou d’un fragment de celui-ci). Un homme du métier comprendra également qu’un fragment d’une protéine S du SARS-CoV-2 qui comprend une ou plusieurs mutations d’un variant, comprend uniquement les mutations qui se situent dans la région du fragment. Par exemple, si un sous-domaine S1 tronqué comprend une séquence d’acides aminés correspondant aux acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO : 1 et comprend une ou plusieurs mutations d’un variant du SARS-CoV-2, un homme du métier comprendra que le sous-domaine S1 tronqué comprend uniquement les mutations situées dans la région correspondante du variant du SARS-CoV-2.Unless otherwise indicated, the position numberings in a SARS-CoV-2 S protein given herein are in relation to the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. A person skilled in the art reading the present invention will understand and be able to determine corresponding positions in a SARS-CoV-2 S protein variant sequence from the locations of the provided positions relative to the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 (i.e., a person skilled in the art having positions relative to SEQ ID NO: 1, or another variant, will be able to determine corresponding positions in the S protein sequence of another SARS-CoV-2 variant or fragment thereof). A person skilled in the art will also understand that a fragment of a SARS-CoV-2 S protein that includes one or more mutations of a variant, includes only those mutations that lie within the region of the fragment. For example, if a truncated S1 subdomain comprises an amino acid sequence corresponding to amino acids 20 to 528 of SEQ ID NO: 1 and comprises one or more mutations of a SARS-CoV-2 variant, a person skilled in the art will understand that the truncated S1 subdomain comprises only the mutations located in the corresponding region of the SARS-CoV-2 variant.
Dans des modes de réalisation spécifiques, une protéine de spicule (S) décrite ici ou un fragment de celle-ci peut être modifiée de manière à ce que la conformation de préfusion prototypique soit stabilisée. Certaines mutations qui stabilisent une confirmation de préfusion sont connues dans le domaine,par exemple, comme décrit dans WO 2021243122 A2 et Hsieh, Ching-Lin, et al. (« Structure-based design of prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spikes », Science 369.6510 (2020) : 1501-1505), dont le contenu est incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, une protéine S du SARS-CoV-2 peut être stabilisée en introduisant une ou plusieurs mutations de proline. Dans certains modes de réalisation, une protéine S du SARS-CoV-2 comprend une substitution de proline à des positions correspondant aux résidus 986 et/ou 987 de SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une protéine S du SARS-CoV-2 comprend une substitution de proline à une ou plusieurs positions correspondant aux résidus 817, 892, 899 et 942 de SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une protéine S du SARS-CoV-2 comprend une substitution de proline à des positions correspondant à chacun des résidus 817, 892, 899 et 942 de SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une protéine S du SARS-CoV-2 comprend une substitution de proline à des positions correspondant à chacun des résidus 817, 892, 899, 942, 986 et 987 de SEQ ID NO : 1.In specific embodiments, a spike (S) protein described herein or a fragment thereof may be modified such that the prototypical prefusion conformation is stabilized. Certain mutations that stabilize a prefusion conformation are known in the art,e.g. , as described in WO 2021243122 A2 and Hsieh, Ching-Lin, et al. (“Structure-based design of prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spikes,” Science 369.6510 (2020): 1501-1505), the contents of which are incorporated by reference herein in their entirety. In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein may be stabilized by introducing one or more proline mutations. In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein comprises a proline substitution at positions corresponding to residues 986 and/or 987 of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein comprises a proline substitution at one or more positions corresponding to residues 817, 892, 899 and 942 of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein comprises a proline substitution at positions corresponding to each of residues 817, 892, 899 and 942 of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, a SARS-CoV-2 S protein comprises a proline substitution at positions corresponding to each of residues 817, 892, 899, 942, 986 and 987 of SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, la stabilisation de la conformation de préfusion prototypique d’une protéine S du SARS-CoV-2 peut être obtenue en introduisant deux substitutions de proline consécutives aux résidus 986 et 987. Plus précisément, les variantes de protéines stabilisées par la protéine de spicule (S) sont obtenues de manière à ce que le résidu d’acide aminé en position 986 soit échangé par une proline et que le résidu d’acide aminé en position 987 soit également échangé par une proline. Dans un mode de réalisation, une variante de la protéine S du SARS-CoV-2 dans laquelle la conformation de préfusion prototypique est stabilisée comprend la séquence d’acides aminés représentée dans SEQ ID NO : 2 :In some embodiments, stabilization of the prototypical prefusion conformation of a SARS-CoV-2 S protein may be achieved by introducing two consecutive proline substitutions at residues 986 and 987. More specifically, the spike (S) protein-stabilized protein variants are achieved such that the amino acid residue at position 986 is exchanged with a proline and the amino acid residue at position 987 is also exchanged with a proline. In one embodiment, a SARS-CoV-2 S protein variant in which the prototypical prefusion conformation is stabilized comprises the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2:
MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYTMFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRV YSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNF RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS TPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVY STGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIK DFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQ NAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQ IITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT
(SEQ ID NO : 2)(SEQ ID NO: 2)
L’homme du métier connaît divers variants de spicule du SARS-COV-2 et/ou des ressources qui les documentent. Par exemple, les souches suivantes, leur séquences d’acides aminés de la protéine S du SARS-CoV-2 et, en particulier, leurs modifications par rapport à la séquence d’acides aminés de la protéine S du SARS-CoV-2 de type sauvage, par exemple, par rapport à SEQ ID NO : 1, sont utiles ici.Those skilled in the art are aware of various SARS-CoV-2 spike variants and/or resources documenting them. For example, the following strains, their SARS-CoV-2 S protein amino acid sequences, and in particular, their modifications relative to the wild-type SARS-CoV-2 S protein amino acid sequence, e.g., relative to SEQ ID NO: 1, are useful herein.
B.1.1.7 (« Variant préoccupant 202012/01 » (VOC-202012/01)B.1.1.7 (“Variant of concern 202012/01” (VOC-202012/01)
B.1.1.7 (« variant alpha ») est un variant du SARS-CoV-2 qui a été détecté pour la première fois en octobre 2020 au Royaume-Uni à partir d’un échantillon prélevé le mois précédent et qui a rapidement commencé à se propager à la mi-décembre. Il est corrélé à une augmentation significative du taux d’infection par la COVID-19 ; cette augmentation serait au moins en partie due à un changement du N501Y à l’intérieur du domaine de liaison au récepteur de la glycoprotéine de spicule, qui est nécessaire à la liaison à l’ACE2 dans les cellules humaines. B.1.1.7 est défini par 23 mutations : 13 mutations non synonymes, 4 délétions et 6 mutations synonymes (c’est-à-dire qu’ily a 17 mutations qui modifient les protéines et six qui ne le font pas). Les modifications de la protéine de spicule dans le B.1.1.7 comportent la délétion 69-70, la délétion 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A et D1118H.B.1.1.7 (“alpha variant”) is a SARS-CoV-2 variant that was first detected in October 2020 in the United Kingdom from a sample collected the previous month and rapidly began to spread in mid-December. It is correlated with a significant increase in the COVID-19 infection rate; this increase is thought to be at least partly due to a change in N501Y within the receptor-binding domain of the spike glycoprotein, which is required for binding to ACE2 in human cells. B.1.1.7 is defined by 23 mutations: 13 non-synonymous mutations, 4 deletions, and 6 synonymous mutations (i.e., there are 17 mutations that alter proteins and six that do not). Spike protein changes in B.1.1.7 include deletion 69-70, deletion 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, and D1118H.
B.1.351 (501.V2)B.1.351 (501.V2)
La lignée B.1.351 (« variant bêta »), familièrement connue sous le nom de variant sud-africain de la COVID-19, présente une transmissibilité accrue par rapport à la souche d’origine de Wuhan. Le variant B.1.351 est défini par de multiples modifications de la protéine de spicule, notamment : L18F, D80A, D215G, délétion 242-244, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G et A701V. Il existe trois mutations particulièrement intéressantes dans la région de spicule du génome B.1.351 : K417N, E484K, N501Y.The B.1.351 lineage (“beta variant”), colloquially known as the South African COVID-19 variant, exhibits increased transmissibility compared to the original Wuhan strain. The B.1.351 variant is defined by multiple changes in the spike protein, including: L18F, D80A, D215G, deletion 242-244, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G, and A701V. There are three particularly interesting mutations in the spike region of the B.1.351 genome: K417N, E484K, and N501Y.
B.1.1.298 (Cluster 5)B.1.1.298 (Cluster 5)
Le virus B.1.1.298 a été découvert dans le Jutland du Nord, au Danemark, et on pense qu’il a été transmis des visons aux humains via les élevages de visons. Plusieurs mutations différentes dans la protéine de spicule du virus ont été confirmées. Les mutations spécifiques comportent les délétions 69-70, Y453F, D614G, I692V, M1229I et éventuellement S1147L.The B.1.1.298 virus was discovered in North Jutland, Denmark, and is believed to have been transmitted from mink to humans via mink farms. Several different mutations in the virus's spike protein have been confirmed. Specific mutations include deletions 69-70, Y453F, D614G, I692V, M1229I, and possibly S1147L.
P.1 (B.1.1.248)P.1 (B.1.1.248)
La lignée B.1.1.248 (le « variant gamma »), connu sous le nom de variant brésilien ou du Brésil, est l’un des variants du SARS-CoV-2 qui a été nommé lignée P.1. P.1 présente un certain nombre de modifications de la protéine S (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F) et ressemble dans certaines positions clés du RBD (K417, E484, N501) au variant B.1.351 d’Afrique du Sud.The B.1.1.248 lineage (the “gamma variant”), known as the Brazilian or Brazil variant, is one of the SARS-CoV-2 variants that has been named the P.1 lineage. P.1 has several changes in the S protein (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F) and resembles the B.1.351 variant from South Africa in some key positions of the RBD (K417, E484, N501).
B.1.427/B.1.429 (CAL.20C)B.1.427/B.1.429 (CAL.20C)
La lignée B.1.427/B.1.429 (le « variant epsilon »), également connu sous le nom de CAL.20C, est définie par les modifications suivantes dans la protéine S : S13I, W152C, L452R et D614G, parmi lesquelles la modification L452R est particulièrement préoccupante. Le CDC a classé B.1.427/B.1.429 comme un « variant préoccupant ».The B.1.427/B.1.429 lineage (the “epsilon variant”), also known as CAL.20C, is defined by the following changes in the S protein: S13I, W152C, L452R, and D614G, of which the L452R change is of particular concern. The CDC has classified B.1.427/B.1.429 as a “variant of concern.”
B.1.525B.1.525
B.1.525 (« variant eta ») porte la même modification E484K que celle trouvée dans les variants P.1 et B.1.351, et porte également la même délétion ΔH69/ΔV70 que celle trouvée dans le B.1.1.7 et le B.1.1.298. Il porte également les modifications D614G, Q677H et F888L.B.1.525 (“eta variant”) carries the same E484K change found in the P.1 and B.1.351 variants, and also carries the same ΔH69/ΔV70 deletion found in B.1.1.7 and B.1.1.298. It also carries the D614G, Q677H, and F888L changes.
B.1.526B.1.526
B.1.526 (« variant iota ») a été détecté comme une lignée émergente d’isolats viraux dans la région de New York qui partage des mutations avec des variants précédemment signalés. Les ensembles de mutations de spicule les plus courants dans cette lignée sont L5F, T95I, D253G, E484K, D614G et A701V.B.1.526 (“iota variant”) was detected as an emerging lineage of viral isolates in the New York City area that shares mutations with previously reported variants. The most common spike mutation sets in this lineage are L5F, T95I, D253G, E484K, D614G, and A701V.
B.1.1.529B.1.1.529
Le virus B.1.529 (« variant Omicron ») a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021. Omicron se multiplie environ 70 fois plus vite que les variants Delta et est rapidement devenu la souche dominante du SARS-CoV-2 dans le monde. Depuis sa détection initiale, un certain nombre de sous-lignées d’Omicron sont apparues. Sont répertoriés ci-dessous les variants préoccupants actuels d’Omicron, ainsi que certaines mutations caractéristiques associées à la protéine S de chacune d’elles. La protéine S du BA.4 et BA.5 présente le même ensemble de mutations caractéristiques, c’est pourquoi le tableau ci-dessous comporte une seule ligne pour le « BA.4 ou BA.5 », et pourquoi la présente invention fait référence à une protéine S « BA.4/5 » dans certains modes de réalisation. De même, les protéines S des variants BA.4.6 et BF.7 d’Omicron présentent le même ensemble de mutations caractéristiques, c’est pourquoi le tableau ci-dessous comporte une seule ligne pour le « BA.4.6 ou BF.7 »).The B.1.529 virus (“Omicron variant”) was first detected in South Africa in November 2021. Omicron multiplies approximately 70 times faster than the Delta variants and has rapidly become the dominant strain of SARS-CoV-2 worldwide. Since its initial detection, a number of Omicron sublineages have emerged. Listed below are the current Omicron variants of concern, along with certain characteristic mutations associated with the S protein of each. The S protein of BA.4 and BA.5 has the same set of characteristic mutations, which is why the table below has a single row for “BA.4 or BA.5,” and why the present disclosure refers to a “BA.4/5” S protein in certain embodiments. Similarly, the S proteins of Omicron variants BA.4.6 and BF.7 have the same set of characteristic mutations, which is why the table below has only one row for "BA.4.6 or BF.7").
Le variant JN.1 est apparu en août 2023, au Luxembourg. Il s’agit d’un descendant du variant BA.2.86. Le variant BA.2.86 a initialement attiré l’attention des autorités sanitaires car il présentait un grand nombre de mutations de la protéine S par rapport aux variants précédents (~30 de plus que les autres variants circulant à l’époque). Cependant, le BA.2.86 n’a jamais dominé les variants du SARS-CoV-2 en circulation. Contrairement au BA.2.86, le variant JN.1 (et ses descendants) a la capacité de se transmettre efficacement entre humains, une capacité qui serait due à l’acquisition d’une mutation L455S dans la protéine S (position indiquée par rapport à SEQ ID NO : 1). Le JN.1 est rapidement devenu dominant parmi les variants du SARS-CoV-2, passant de moins de 5 % en novembre 2023 à 60 % des cas en janvier 2024. Depuis l’émergence initiale du variant JN.1, des descendants ont continué d’être identifiés, notamment les variants JN.1.2, JN.1.6, JN.1.7, KP.2, KP.3 et XEC, qui ont acquis d’autres mutations par rapport à JN.1, et qui sont censés augmenter davantage l’infectiosité et/ou la transmissibilité des variants du SARS-CoV-2.The JN.1 variant emerged in August 2023 in Luxembourg. It is a descendant of the BA.2.86 variant. The BA.2.86 variant initially attracted the attention of health authorities because it had a large number of mutations in the S protein compared to previous variants (~30 more than other variants circulating at the time). However, BA.2.86 never dominated the circulating SARS-CoV-2 variants. Unlike BA.2.86, the JN.1 variant (and its descendants) has the ability to transmit efficiently between humans, an ability that is believed to be due to the acquisition of an L455S mutation in the S protein (position shown relative to SEQ ID NO: 1). JN.1 rapidly became dominant among SARS-CoV-2 variants, increasing from less than 5% in November 2023 to 60% of cases by January 2024. Since the initial emergence of the JN.1 variant, progeny have continued to be identified, including JN.1.2, JN.1.6, JN.1.7, KP.2, KP.3, and XEC, which have acquired additional mutations relative to JN.1 and are expected to further increase the infectivity and/or transmissibility of SARS-CoV-2 variants.
Depuis l’émergence de JN.1, des descendants de JN.1 sont apparus et ont rapidement supplanté le variant JN.1. Ces descendants de JN.1 comportent des variants « SLip » (y compris, par exemple, JN.1.16), qui comportent les mutations L455S et F456L ; et des variants « FLiRT » (y compris, par exemple, le KS.1.1, le KP.2), qui comportent les mutations associées aux variants SLip et une mutation R346T supplémentaire. Les variants FLuQE (par exemple, le KP.3.3), à leur tour, sont des descendants des variants FLiRT et comportent les mêmes mutations plus une mutation Q493E supplémentaire. La position 455 a également continué à être un point chaud de mutation, « FLip » incluant les mutations L455F et F456L. Dans certains modes de réalisation, une protéine S ou un fragment de celle-ci comprend une ou plusieurs mutations associées à chacun des variants Slip, FLiRT, et/ou Flip.Since the emergence of JN.1, JN.1 descendants have emerged and rapidly supplanted the JN.1 variant. These JN.1 descendants include “SLip” variants (including, for example, JN.1.16), which carry the L455S and F456L mutations; and “FLiRT” variants (including, for example, KS.1.1, KP.2), which carry the mutations associated with the SLip variants and an additional R346T mutation. FLuQE variants (for example, KP.3.3), in turn, are descendants of the FLiRT variants and carry the same mutations plus an additional Q493E mutation. Position 455 has also continued to be a mutational hotspot, with “FLip” including the L455F and F456L mutations. In some embodiments, an S protein or fragment thereof comprises one or more mutations associated with each of the Slip, FLiRT, and/or Flip variants.
Le variant XEC est un hybride des variants KS.1.1 et KP.3.3. Une description de l’émergence du variant JN.1 et de ses descendants est fournie, par exemple, dans E. Topol, « Are We FLiRTing With A New Covid Wave? », 18 avril 2024, accessible sur erictopol.substack.com/p/are-we-flirting-with-a-new-covid ; et Sankaran, V. « New Covid XEC variant starting to spread in Europe – what we know », 4 septembre, Independent, accessible sur www.independent.co.uk/news/science/covid-variant-xec-europe-symptoms-b2613485.html.The XEC variant is a hybrid of the KS.1.1 and KP.3.3 variants. A description of the emergence of the JN.1 variant and its descendants is provided, for example, in E. Topol, “Are We FLiRTing With A New Covid Wave?”, April 18, 2024, available at erictopol.substack.com/p/are-we-flirting-with-a-new-covid; and Sankaran, V. “New Covid XEC variant starting to spread in Europe – what we know,” September 4, Independent, available at www.independent.co.uk/news/science/covid-variant-xec-europe-symptoms-b2613485.html.
Tableau 1 : Variants préoccupants d’Omicron et mutations caractéristiques
Dans certains modes de réalisation, les protéines S du SARS-CoV-2 décrites ici comprennent une ou plusieurs mutations (y compris, par exemple, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ou plus) caractéristiques d’un certain variant d’Omicron (par exemple, une ou plusieurs mutations d’un variant d’Omicron répertorié dans le tableau 1, par exemple, chacune des mutations associées à un variant XBB, JN.1, KP.2, ou XEC donné dans le tableau 1 ci-dessus).In some embodiments, the SARS-CoV-2 S proteins described herein comprise one or more mutations (including, for example, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 or more) characteristic of a certain Omicron variant (for example, one or more mutations of an Omicron variant listed in Table 1, for example, each of the mutations associated with a given XBB, JN.1, KP.2, or XEC variant in Table 1 above).
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant un fragment de la protéine S (par exemple, un RBD ou un polypeptide S1 tronqué (par exemple, la région correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1), ou un variant de celui-ci, dans lequel le fragment de la protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 ou plus) mutations associées à un variant du SARS-CoV-2 (par exemple, une ou plusieurs mutations associées à un variant du SARS-CoV-2 répertorié dans le tableau 1).In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising a fragment of the S protein (e.g., an RBD or a truncated S1 polypeptide (e.g., the region corresponding to amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1), or a variant thereof, wherein the fragment of the S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 or more) mutations associated with a SARS-CoV-2 variant (e.g., one or more mutations associated with a SARS-CoV-2 variant listed in Table 1).
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant un fragment de la protéine S (par exemple, un RBD ou un polypeptide S1 tronqué (par exemple, la région correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1), ou une variante de celle-ci, dans lequel le fragment de la protéine S comprend au moins 5 % (par exemple, au moins 5 %, 10 %, 155 , 20 %, 25 %, 30 %, 40 %, 45 %, 50 %, 55 %, 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 %) des mutations associées à un variant donné du SARS-CoV-2 dans la région du fragment de la protéine S. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une construction comprend au moins 5 % des mutations associées à un variant du SARS-CoV-2 dans la région correspondant aux acides aminés 1 à 528 de la protéine S.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising an S protein fragment (e.g., an RBD or a truncated S1 polypeptide (e.g., the region corresponding to amino acids 1-528 of SEQ ID NO: 1), or a variant thereof, wherein the S protein fragment comprises at least 5% (e.g., at least 5%, 10%, 155, 20%, 25%, 30%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, or 95%) of the mutations associated with a given SARS-CoV-2 variant in the S protein fragment region. For example, in some embodiments, a construct comprises at least 5% of the mutations associated with a SARS-CoV-2 variant in the region corresponding to amino acids 1-528 of SEQ ID NO: 1). 528 of protein S.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant un fragment de la protéine S (par exemple, un RBD ou un polypeptide S1 tronqué (par exemple, la région correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1), dans lequel le fragment de la protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23,24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 ou plus) mutations associées à un variant du SARS-CoV-2.In some embodiments, an RNA comprises a nucleotide sequence encoding a polypeptide comprising a fragment of the S protein (e.g., an RBD or a truncated S1 polypeptide (e.g., the region corresponding to amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1), wherein the fragment of the S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23,24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64 or more) mutations associated with a SARS-CoV-2 variant.
Dans certains modes de réalisation, l’ARN décrit ici code pour un fragment immunogène d'une protéine S du SARS-CoV-2 ou une variante de celle-ci comprenant une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant JN.1, JN.1.2, JN.1.6, KP.2, KP.3, XEC et/ou JN.1.7 (par exemple, une ou plusieurs mutations décrites ici). Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs mutations comportent une mutation à une position correspondant à la position 455 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, L455S). Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs mutations comportent des mutations à une position correspondant à la position 455 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, L455F). Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs mutations comportent une mutation à une position correspondant à la position 456 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, F456L). Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs mutations comportent des mutations à des positions correspondant à la position 455 et 456 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, F456L et L455F). Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs mutations comportent une mutation à une position correspondant à la position 346 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, R346T). Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs mutations comportent une mutation à une position correspondant à la position 1104 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, V1104L). Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs mutations comportent des mutations à des positions correspondant à la position 346 et 1104 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, R346T et V1104L).In some embodiments, the RNA described herein encodes an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein or a variant thereof comprising one or more mutations characteristic of a JN.1, JN.1.2, JN.1.6, KP.2, KP.3, XEC, and/or JN.1.7 variant (e.g. , one or more mutations described herein). In some embodiments, the one or more mutations comprise a mutation at a position corresponding to position 455 of SEQ ID NO: 1 (e.g., L455S). In some embodiments, the one or more mutations comprise mutations at a position corresponding to position 455 of SEQ ID NO: 1 (e.g., L455F). In some embodiments, the one or more mutations comprise a mutation at a position corresponding to position 456 of SEQ ID NO: 1 (e.g., F456L). In some embodiments, the one or more mutations comprise mutations at positions corresponding to position 455 and 456 of SEQ ID NO: 1 (e.g., F456L and L455F). In some embodiments, the one or more mutations comprise a mutation at a position corresponding to position 346 of SEQ ID NO: 1 (e.g., R346T). In some embodiments, the one or more mutations comprise a mutation at a position corresponding to position 1104 of SEQ ID NO: 1 (e.g., V1104L). In some embodiments, the one or more mutations comprise mutations at positions corresponding to position 346 and 1104 of SEQ ID NO: 1 (e.g., R346T and V1104L).
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant KP.2 comportent l’une ou plusieurs des mutations suivantes (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus de (par exemple, l’intégralité de) ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, et P1143L, où les mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant de KP.2 comportent R346T et V1104L, où les positions sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant de KP.2 comportent R346T, F456L et/ou V1104L, où les positions sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations characteristic of a KP.2 variant comprise one or more of the following mutations (e.g. , 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more of (e.g., all of) ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, and P1143L, where the mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a KP.2 variant comprise R346T and V1104L, where the positions are indicated relative to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a KP.2 variant comprise R346T, F456L and/or V1104L, where the positions are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant de KP.3 comportent l’une ou plusieurs des mutations suivantes (parexemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63. 64, 65 ou plus) (par exemple l’intégralité de) ins16MPLF, T19, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69/70, V127F, G142D, Δ144, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q493E, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, P1143L ou toute combinaison de celles-ci. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant KP.3 comportent le F456L, Q493E et/ou V1104L, les positions étant indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations characteristic of a KP.3 variant comprise one or more of the following mutations (e.g. , 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63. 64, 65 or more) (e.g. the whole of) ins16MPLF, T19, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69/70, V127F, G142D, Δ144, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q493E, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, P1143L or any combination thereof. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a KP.3 variant comprise F456L, Q493E and/or V1104L, the positions being indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant du XEC comportent l’une ou plusieurs des mutations suivantes (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 67 ou plus de (par exemple, l’intégralité de) ins16MPLF, T19I, R21T, T22N, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, P1143L, où les mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant du XEC comportent le T22N, F59S, F456L, Q493E, et/ou le V1104L où les positions sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations characteristic of a XEC variant comprise one or more of the following mutations (e.g. , 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 67 or more of (e.g., all of) ins16MPLF, T19I, R21T, T22N, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, P1143L, wherein the mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a XEC variant comprise T22N, F59S, F456L, Q493E, and/or V1104L where the positions are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23,24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66 ou plus) de la liste de mutations suivante : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R446T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456LN460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L ou M1229I. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52 ou plus) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R446T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456LN460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H.In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66 or more) from the following mutation list: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R446T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456LN460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L or M1229I. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52 or more) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R446T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456LN460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant de JN.1 comportent l’une ou plusieurs des mutations suivantes (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus de (par exemple, l’intégralité de) ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, ou toute combinaison de celles-ci, où les mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant du JN.1 comportent ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K et P1143L, par rapport à SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant de JN.1 comportent le L455S.In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1 variant comprise one or more of the following mutations (e.g. , 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more of (e.g., all of) ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L, or any combination thereof, wherein the mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1 variant comprise ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K and P1143L, relative to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1 variant comprise L455S.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S (par exemple, un RBD ou un polypeptide S1 tronqué décrit ici) ou un variant de celle-ci comprend une ou plusieurs mutations associées à un variant du JN.2. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs mutations (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23,24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus) de la liste de mutations suivante : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, et P1143L. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs mutations (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50 ou plus) de la liste de mutations suivante : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y et Y505H.In some embodiments, a fragment of an S protein (e.g., a truncated RBD or S1 polypeptide described herein) or a variant thereof comprises one or more mutations associated with a JN.2 variant. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more mutations (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more) from the following mutation list: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, and P1143L. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more mutations (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50 or more) from the following list of mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y and Y505H.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant du JN.1.2 comportent l’une ou plusieurs des mutations suivantes (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus de (par exemple, l’intégralité de) ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L et M1229I, où les mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant de JN.1.2 comportent le M1229I où la position est indiquée par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1.2 variant comprise one or more of the following mutations (e.g. , 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more of (e.g., all of) ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L and M1229I, where the mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1.2 variant comprise M1229I where the position is indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant JN.1.6 comportent l’une ou plusieurs des mutations suivantes(par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus (par exemple l’intégralité) des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, et P1143L, ou les mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant JN.1.6 comportent le R346T.In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1.6 variant comprise one or more of the following mutations(e.g. , 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more (e.g. all) of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, and P1143L, or the mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1. In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1.6 variant comprise R346T.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs mutations caractéristiques d’un variant JN.1.7 comportent l’une ou plusieurs des mutations suivantes (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus (par exemple l’intégralité de) : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L et E1150D, où les mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.In some embodiments, one or more mutations characteristic of a JN.1.7 variant comprise one or more of the following mutations (e.g. , 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more (e.g. all of): ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ211, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L and E1150D, where the mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S (par exemple, un RBD ou un polypeptide S1 tronqué décrit ici) ou un variant de celle-ci comprend une ou plusieurs mutations associées à un variant JN.6. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus de la liste de mutations suivante : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L et E1150D. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, ou plus des mutations suivantes : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H.In some embodiments, a fragment of an S protein (e.g., a truncated RBD or S1 polypeptide described herein) or a variant thereof comprises one or more mutations associated with a JN.6 variant. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more of the following mutation list: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, T572I, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L and E1150D. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, or more of the following mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145. F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S (par exemple, un RBD ou un polypeptide S1 tronqué décrit ici) ou une variante de celle-ci comprend une ou plusieurs mutations associées à un variant JN.6. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs mutations (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23,24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus) de la liste de mutations suivante : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, P1143L. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs mutations (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 ou plus) de la liste de mutations suivante : ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y et Y505H.In some embodiments, a fragment of an S protein (e.g., a truncated RBD or S1 polypeptide described herein) or a variant thereof comprises one or more mutations associated with a JN.6 variant. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more mutations (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more) from the following mutation list: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, V1104L, P1143L. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more mutations (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 or more) from the following list of mutations: ins16MPLF, T19I, R21T, Δ24-26, A27S, S50L, Δ69-70, V127F, G142D, Δ145, F157S, R158G, Δ201, L202I, V203G, L206F, H245N, A264D, I332V, G339H, R346T, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, L455S, F456L, N460K, S477N, T478K, N481K, Δ483, E484K, F486P, Q498R, N501Y and Y505H.
Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S (par exemple, un RBD ou un polypeptide S1 tronqué décrit ici) ou un variant de celle-ci comprend une ou plusieurs mutations associées à un variant XBB.1.5. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41 ou plus) de la liste de mutations suivante : T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H, N969K. Dans certains modes de réalisation, un fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 ou plus) de la liste de mutations suivante : T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y et Y505H.In some embodiments, a fragment of an S protein (e.g., a truncated RBD or S1 polypeptide described herein) or a variant thereof comprises one or more mutations associated with an XBB.1.5 variant. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41 or more) of the following list of mutations: T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H, N969K. In some embodiments, a fragment of an S protein comprises one or more (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33 or more) of the following list of mutations: T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ145, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y and Y505H.
Dans certains modes de réalisation, une protéine S codée par une molécule d’ARN comprend une majorité de mutations associées à une variante KP.2, KP.3 ou XEC et une ou plusieurs mutations supplémentaires. Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 ou plus de (par exemple, l’intégralité des) mutations associées à un variant KP.2, KP.3 ou XEC (par exemple, les mutations fournies ici) et une ou plusieurs mutations supplémentaires. Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant de JN.1 (par exemple, telle que décrite ici) et une ou plusieurs mutations supplémentaires. Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant JN.1 (par exemple, tel que décrit ici) et une ou plusieurs mutations supplémentaires associées à un descendant d’un variant JN.1 (par exemple, un descendant décrit ici). Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant JN.1 (par exemple, tel que décrit ici) et une ou plusieurs mutations supplémentaires associées avec une propagation accrue à un descendant d’un variant JN.1 (par exemple, un descendant décrit ici).In some embodiments, an S protein encoded by an RNA molecule comprises a majority of mutations associated with a KP.2, KP.3, or XEC variant and one or more additional mutations. In some embodiments, an S protein comprises 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 or more of (e.g., all of) the mutations associated with a KP.2, KP.3, or XEC variant (e.g. , the mutations provided herein) and one or more additional mutations. In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a JN.1 variant (e.g., as described herein) and one or more additional mutations. In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a JN.1 variant (e.g., as described herein) and one or more additional mutations associated with a descendant of a JN.1 variant (e.g., a descendant described herein). In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a JN.1 variant (e.g., as described herein) and one or more additional mutations associated with increased propagation to a descendant of a JN.1 variant (e.g., a descendant described herein).
Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant de JN.1 (par exemple, telle que décrite ici) et :In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a JN.1 variant (e.g., as described herein) and:
(a) une mutation à une position correspondant à la position 346 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, R346T) ;(a) a mutation at a position corresponding to position 346 of SEQ ID NO: 1 (e.g., R346T);
(b) une mutation à une position correspondant à la position 456 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, F456L) ;(b) a mutation at a position corresponding to position 456 of SEQ ID NO: 1 (e.g., F456L);
(c) des mutations aux positions correspondant aux positions 455 et 456 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, L455S et F456L) ;(c) mutations at positions corresponding to positions 455 and 456 of SEQ ID NO: 1 (e.g., L455S and F456L);
(d) une mutation à une position correspondant à la position 1104 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, V1104L).(d) a mutation at a position corresponding to position 1104 of SEQ ID NO: 1 (e.g., V1104L).
Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant de KP.2 et/ou de JN.1 et une ou plusieurs mutations supplémentaires. Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant de KP.2 et/ou de JN.1 et une mutation à une position correspondant à la position 493 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, Q493E).In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a variant of KP.2 and/or JN.1 and one or more additional mutations. In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a variant of KP.2 and/or JN.1 and a mutation at a position corresponding to position 493 of SEQ ID NO: 1 (e.g., Q493E).
Dans certains modes de réalisation, une protéine S d’un variant XEC comporte une majorité de mutations associées à un variant KP.2, KP.3 et/ou JN.1 et une ou plusieurs mutations supplémentaires. Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant KP.2, KP.3 et/ou JN.1 et une mutation à une position correspondant à la position 22 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, T22N). Dans certains modes de réalisation, une protéine S comprend une majorité de mutations associées à un variant KP.2, KP.3 et/ou JN.1 et une mutation à une position correspondant à la position 592 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, F592).In some embodiments, an S protein of an XEC variant comprises a majority of mutations associated with a KP.2, KP.3 and/or JN.1 variant and one or more additional mutations. In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a KP.2, KP.3 and/or JN.1 variant and a mutation at a position corresponding to position 22 of SEQ ID NO: 1 (e.g., T22N). In some embodiments, an S protein comprises a majority of mutations associated with a KP.2, KP.3 and/or JN.1 variant and a mutation at a position corresponding to position 592 of SEQ ID NO: 1 (e.g., F592).
Comme utilisé ici, chaque changement dans un acide aminé est compté comme une seule mutation. Par exemple, ins16MPLF serait compté comme 4 mutations.As used here, each change in an amino acid is counted as a single mutation. For example, ins16MPLF would be counted as 4 mutations.
Parties immunogènes de la protéine S du SARS-CoV-2Immunogenic parts of the SARS-CoV-2 S protein
Comme indiqué ailleurs dans la présente invention, dans certains modes de réalisation, les compositions décrites ici délivrent une partie immunogène d’une protéine S complète du SARS-CoV-2. Comme utilisé ici, «partieimmunogène d’une protéine S complète du SARS-CoV-2 » est synonyme de «fragmentimmunogène d’une protéine S complète du SARS-CoV-2) ».As noted elsewhere herein, in certain embodiments, the compositions described herein deliver an immunogenic portion of a full-length SARS-CoV-2 S protein. As used herein, "immunogenicportion of a full-length SARS-CoV-2 S protein" is synonymous with "immunogenicfragment of a full-length SARS-CoV-2 S protein."
Une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 est dépourvue de certaines caractéristiques présentes dans le polypeptide complet. Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 est dépourvue de régions de la protéine S autres que le RBD, le NTD ou le NTD et le RBD (où le peptide signal sécrétoire présent dans le NTD est éventuellement remplacé par un peptide signal sécrétoire hétérologue). Par exemple, dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 est dépourvue d’un domaine S2 complet. Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 est dépourvue de l’intégralité du domaine S2. Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 est dépourvue d’un domaine S2 complet, mais comprend certaines séquences qui peuvent améliorer l’immunogénicité et/ou la stabilité d’une partie immunogène (par exemple, dans certains modes de réalisation, une partie immunogène est dépourvue d’un domaine S2 complet mais conserve une séquence TM et éventuellement une séquence qui est adjacente de manière endogène en C-terminal à la séquence TM dans une protéine S du SARS-CoV-2).An immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein lacks certain features present in the full-length polypeptide. In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein lacks regions of the S protein other than the RBD, the NTD, or both the NTD and the RBD (wherein the secretory signal peptide present in the NTD is optionally replaced with a heterologous secretory signal peptide). For example, in some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein lacks a full-length S2 domain. In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein lacks the entire S2 domain. In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein lacks a complete S2 domain, but includes certain sequences that may enhance the immunogenicity and/or stability of an immunogenic portion (e.g., in some embodiments, an immunogenic portion lacks a complete S2 domain but retains a TM sequence and optionally a sequence that is endogenously adjacent C-terminally to the TM sequence in a SARS-CoV-2 S protein).
Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un domaine N-terminal (NTD) de la protéine S. Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine S. Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un domaine S1 de la protéine S ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celle-ci.In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein comprises an N-terminal domain (NTD) of the S protein. In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein comprises a receptor binding domain (RBD) of the S protein. In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein comprises an S1 domain of the S protein or a truncated S1 subdomain or a variant thereof.
Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un RBD et un NTD et omet d’autres caractéristiques du domaine S1, éventuellement dans lequel le peptide signal sécrétoire endogène dans le NTD est remplacé par un peptide signal sécrétoire hétérologue.In some embodiments, an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein comprises an RBD and an NTD and omits other features of the S1 domain, optionally wherein the endogenous secretory signal peptide in the NTD is replaced with a heterologous secretory signal peptide.
Les protéines S du SARS-CoV-2 sont bien caractérisées, et un homme du métier sera en mesure de déterminer quelles parties d’une séquence de protéines S correspondent aux parties immunogènes décrites ici (par exemple, quelles parties d’une séquence de protéines S correspondent aux domaines NTD, RBD, S1 et S2).The SARS-CoV-2 S proteins are well characterized, and one skilled in the art will be able to determine which portions of an S protein sequence correspond to the immunogenic portions described herein (e.g., which portions of an S protein sequence correspond to the NTD, RBD, S1, and S2 domains).
Dans certains modes de réalisation, un RBD comprend une partie de SEQ ID NO : 1 correspondant à la séquence d’acides aminés entre (i) environ l’acide aminé 317 à environ l’acide aminé 330 (inclus) de SEQ ID NO : 1, et (ii) environ l’acide aminé 528 et environ l’acide aminé 541 (inclus) de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un RBD correspond à environ la position 317 dans SEQ ID NO : 1, ou à un acide aminé correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un RBD correspond à environ la position 327 dans SEQ ID NO : 1, ou à un acide aminé correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un RBD correspond à environ la position 330 dans SEQ ID NO : 1, ou à un acide aminé correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu C-terminal d’un RBD correspond à environ la position 528 dans SEQ ID NO : 1, ou à un résidu correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu C-terminal d’un RBD correspond à environ la position 541 dans SEQ ID NO : 1, ou à un résidu correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un RBD correspond à un acide aminé compris entre les acides aminés 317 et 330 (inclus) de SEQ ID NO : 1 et le résidu C-terminal d’un RBD correspond à un acide aminé compris entre les acides aminés 528 et 541 (inclus) de SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, un RBD d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les résidus 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, les résidus 330 à 528 de SEQ ID NO : 1, les résidus 330 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou les résidus 330 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.In some embodiments, an RBD comprises a portion of SEQ ID NO: 1 corresponding to the amino acid sequence between (i) about amino acid 317 to about amino acid 330 (inclusive) of SEQ ID NO: 1, and (ii) about amino acid 528 to about amino acid 541 (inclusive) of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an RBD corresponds to about position 317 in SEQ ID NO: 1, or to a corresponding amino acid in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an RBD corresponds to about position 327 in SEQ ID NO: 1, or to a corresponding amino acid in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an RBD corresponds to about position 330 in SEQ ID NO: 1, or to a corresponding amino acid in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the C-terminal residue of an RBD corresponds to about position 528 in SEQ ID NO: 1, or to a corresponding residue in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the C-terminal residue of an RBD corresponds to about position 541 in SEQ ID NO: 1, or to a corresponding residue in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an RBD corresponds to an amino acid between amino acids 317 and 330 (inclusive) of SEQ ID NO: 1 and the C-terminal residue of an RBD corresponds to an amino acid between amino acids 528 and 541 (inclusive) of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, an RBD of a SARS-CoV-2 S protein comprises residues 327 to 528 of SEQ ID NO: 1, residues 330 to 528 of SEQ ID NO: 1, residues 330 to 541 of SEQ ID NO: 1, or residues 330 to 541 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing of an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
Dans certains modes de réalisation, un RBD du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : VRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO : 3), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 RBD comprises the amino acid sequence: VRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO: 3), or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un RBD du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : PNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO : 325), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 RBD comprises the amino acid sequence: PNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO: 325), or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un RBD du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : VRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO : 4), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 RBD comprises the amino acid sequence: VRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO: 4), or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un RBD du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : VRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNLAPFFTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSK (SEQ ID NO : 326), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 RBD comprises the amino acid sequence: VRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNLAPFFTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSK (SEQ ID NO: 326), or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un polypeptide de domaine N-terminal (« NTD ») (c’est-à-direun polypeptide qui comporte un polypeptide NTD de protéine de spicule, un fragment immunogène de celui-ci ou un variant de celui-ci,par exemple, comme décrit ici). Dans certains modes de réalisation, un NTD est dépourvu de peptide signal sécrétoire endogène du SARS-CoV-2, et un polypeptide comprend à la place un peptide signal sécrétoire hétérologue (c’est-à-dire un peptide signal sécrétoire qui ne provient pas d’une protéine S du SARS-CoV-2). Comme utilisé ici, un NTD englobe à la fois des domaines comprenant un peptide signal sécrétoire de protéine S du SARS-CoV-2, et des domaines dans lesquels le peptide signal sécrétoire de protéine S du SARS-CoV-2 a été remplacé par un peptide signal sécrétoire hétérologue.In some embodiments, an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein comprises an N-terminal domain ("NTD") polypeptide (i.e., a polypeptide that comprises a spike protein NTD polypeptide, an immunogenic fragment thereof, or a variant thereof,for example , as described herein). In some embodiments, an NTD lacks an endogenous SARS-CoV-2 secretory signal peptide, and a polypeptide instead comprises a heterologous secretory signal peptide (i.e., a secretory signal peptide that is not from a SARS-CoV-2 S protein). As used herein, an NTD encompasses both domains comprising a SARS-CoV-2 S protein secretory signal peptide, and domains in which the SARS-CoV-2 S protein secretory signal peptide has been replaced with a heterologous secretory signal peptide.
Dans certains modes de réalisation, un NTD comprend une partie de SEQ ID NO : 1 correspondant à la séquence d’acides aminés entre environ l’acide aminé 1 et environ l’acide aminé 20 de SEQ ID NO : 1, et environ l’acide aminé 302 à 318 (inclus) de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un RBD correspond à environ la position 317 dans SEQ ID NO : 1, ou à un acide aminé correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un NTD correspond à environ la position 1 dans SEQ ID NO : 1, ou à un acide aminé correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un NTD correspond à environ la position 14 de SEQ ID NO : 1, ou à un acide aminé correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu C-terminal d’un NTD correspond à environ la position 17 dans SEQ ID NO : 1, ou à un résidu correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu C-terminal d’un NTD correspond à environ la position 20 dans SEQ ID NO : 1, ou à un résidu correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu C-terminal d’un NTD correspond à environ la position 302 de SEQ ID NO : 1, ou à un résidu correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu C-terminal d’un NTD correspond à environ la position 303 dans SEQ ID NO : 1, ou à un résidu correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu C-terminal d’un NTD correspond à environ la position 318 dans SEQ ID NO : 1, ou à un résidu correspondant dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le résidu N-terminal d’un NTD correspond à un acide aminé compris entre les acides aminés 1 et 20 (inclus) de SEQ ID NO : 1 et le résidu C-terminal d’un NTD correspond à un acide aminé compris entre les acides aminés 302 à 318 (inclus) de SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, un NTD d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les résidus 1 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 1 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 1 à 303 de SEQ ID NO : 1, les résidus 14 à 318 de SEQ ID NO : 1, les résidus 14 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 14 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 14 à 303 de SEQ ID NO : 1, les résidus 14 à 318 de SEQ ID NO : 1, les résidus 17 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 17 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 17 à 303 de SEQ ID NO : 1, les résidus 17 à 318 de SEQ ID NO : 1, les résidus 20 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 20 à 302 de SEQ ID NO : 1, les résidus 20 à 303 de SEQ ID NO : 1, ou les résidus 20 à 318 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’une quelconque des régions précédentes d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.In some embodiments, an NTD comprises a portion of SEQ ID NO: 1 corresponding to the amino acid sequence between about amino acid 1 and about amino acid 20 of SEQ ID NO: 1, and about amino acid 302 to 318 (inclusive) of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an RBD corresponds to about position 317 in SEQ ID NO: 1, or a corresponding amino acid in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an NTD corresponds to about position 1 in SEQ ID NO: 1, or a corresponding amino acid in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an NTD corresponds to about position 14 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding amino acid in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the C-terminal residue of an NTD corresponds to about position 17 in SEQ ID NO: 1, or a corresponding residue in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the C-terminal residue of an NTD corresponds to about position 20 in SEQ ID NO: 1, or a corresponding residue in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the C-terminal residue of an NTD corresponds to about position 302 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding residue in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the C-terminal residue of an NTD corresponds to about position 303 in SEQ ID NO: 1, or to a corresponding residue in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the C-terminal residue of an NTD corresponds to about position 318 in SEQ ID NO: 1, or to a corresponding residue in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the N-terminal residue of an NTD corresponds to an amino acid between amino acids 1 and 20 (inclusive) of SEQ ID NO: 1 and the C-terminal residue of an NTD corresponds to an amino acid between amino acids 302 and 318 (inclusive) of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, an NTD of a SARS-CoV-2 S protein comprises residues 1 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 1 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 1 to 303 of SEQ ID NO: 1, residues 14 to 318 of SEQ ID NO: 1, residues 14 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 14 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 14 to 303 of SEQ ID NO: 1, residues 14 to 318 of SEQ ID NO: 1, residues 17 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 17 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 17 to 303 of SEQ ID NO: 1, residues 17 to 318 of SEQ ID NO: 1, residues 20 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 20 to 302 of SEQ ID NO: 1, residues 20 to 303 of SEQ ID NO: 1, or residues 20 to 318 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the preceding regions of an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
Dans certains modes de réalisation, un NTD comprend une séquence correspondant aux acides aminés 14 à 209, 14 à 303, 20 à 318 ou 20 à 302 de SEQ ID NO : 1, des variants de celle-ci, ou des fragments immunogènes ou des variants de ceux-ci.In some embodiments, an NTD comprises a sequence corresponding to amino acids 14-209, 14-303, 20-318, or 20-302 of SEQ ID NO: 1, variants thereof, or immunogenic fragments or variants thereof.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprenant une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant un polypeptide de NTD peut être administré en combinaison avec un ARN comprenant une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant un polypeptide RBD (par exemple, comme décrit ici). Par exemple, dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs ARN codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide RBD peuvent être administrés en combinaison avec un ou plusieurs ARN codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide NTD, dans lesquels l’un ou les plusieurs ARN codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide RBD et l’un ou les plusieurs ARN codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide NTD peuvent être formulés dans les mêmes nanoparticules ou dans des nanoparticules séparées.In some embodiments, an RNA comprising a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising an NTD polypeptide may be administered in combination with an RNA comprising a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising an RBD polypeptide (e.g. , as described herein). For example, in some embodiments, one or more RNAs encoding a polypeptide comprising an RBD polypeptide may be administered in combination with one or more RNAs encoding a polypeptide comprising an NTD polypeptide, wherein the one or more RNAs encoding a polypeptide comprising an RBD polypeptide and the one or more RNAs encoding a polypeptide comprising an NTD polypeptide may be formulated in the same nanoparticles or in separate nanoparticles.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide de NTD comprend une séquence fournie dans le tableau LXIV ci-dessous, un variant de celle-ci ou un fragment immunogène de celle-ci. Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN code pour un polypeptide comprenant un polypeptide NTD qui est représenté sur la
Dans certains modes de réalisation, un NTD du SARS-CoV-2 comprend SEQ ID NO : 643, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 NTD comprises SEQ ID NO: 643, or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un NTD du SARS-CoV-2 comprend SEQ ID NO : 644, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 NTD comprises SEQ ID NO: 644, or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un NTD du SARS-CoV-2 comprend SEQ ID NO : 645, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 NTD comprises SEQ ID NO: 645, or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un NTD du SARS-CoV-2 comprend SEQ ID NO : 646, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a SARS-CoV-2 NTD comprises SEQ ID NO: 646, or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les acides aminés 1 à 678 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les acides aminés 1 à 683 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les acides aminés 1 à 685 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.In some embodiments, an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises amino acids 1-678 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises amino acids 1-683 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises amino acids 1-685 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
Dans certains modes de réalisation, un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : MFVFLVLLPLVSSQCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPALPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYQKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKEGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLERDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPVDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQT (SEQ ID NO : 5), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: MFVFLVLLPLVSSQCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPALPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYQKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKEGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLERDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPVDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEV FNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYR VVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQT (SEQ ID NO: 5), or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQT (SEQ ID NO : 6), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFG EVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPY RVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQT (SEQ ID NO: 6), or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, une partie immunogène ou un fragment d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un sous-domaine S1 tronqué. ou un variant de celui-ci. Tel qu’utilisé ici, un « sous-domaine S1 tronqué » fait référence à un polypeptide comprenant le NTD et le RBD du domaine S1, où le NTD et le RBD sont reliés via un lieur endogène, et dans lequel au moins un acide aminé C-terminal du RBD dans le domaine S1 a été supprimé. Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué comprend un RBD à son extrémité C terminale (par exemple, un RBD tel que décrit ici). Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué comprend un NTD et un RBD, dans lequel le RBD est situé à l’extrémité C terminale du sous-domaine S1 tronqué, et le peptide signal sécrétoire endogène dans le NTD est éventuellement remplacé par un peptide signal sécrétoire hétérologue.In some embodiments, an immunogenic portion or fragment of a SARS-CoV-2 S protein comprises a truncated S1 subdomain or a variant thereof. As used herein, a “truncated S1 subdomain” refers to a polypeptide comprising the NTD and the RBD of the S1 domain, wherein the NTD and the RBD are joined via an endogenous linker, and wherein at least one amino acid C-terminal to the RBD in the S1 domain has been deleted. In some embodiments, a truncated S1 subdomain comprises an RBD at its C-terminus (e.g., an RBD as described herein). In some embodiments, a truncated S1 subdomain comprises an NTD and an RBD, wherein the RBD is located at the C-terminus of the truncated S1 subdomain, and the endogenous secretory signal peptide in the NTD is optionally replaced with a heterologous secretory signal peptide.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué comprend ou est constitué des acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, les acides aminés 14 à 528 ou 17 à 528 de SEQ ID NO : 1), ou d’une région correspondante dans une protéine S dans un variant du SARS-CoV-2, ou un variant de l’un ou l’autre des éléments précédents. Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué comprend ou est constitué des acides aminés 20 à 541 (par exemple, les acides aminés 14 à 541 ou 17 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou d’une région correspondante dans un variant du SARS-CoV-2, ou un variant de l'un ou l'autre des éléments précédents.In some embodiments, a truncated S1 subdomain comprises or consists of amino acids 20-528 of SEQ ID NO: 1 (e.g., amino acids 14-528 or 17-528 of SEQ ID NO: 1), or a corresponding region in an S protein in a SARS-CoV-2 variant, or a variant of either of the foregoing. In some embodiments, a truncated S1 subdomain comprises or consists of amino acids 20-541 (e.g., amino acids 14-541 or 17-541 of SEQ ID NO: 1), or a corresponding region in a SARS-CoV-2 variant, or a variant of either of the foregoing.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO : 362), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAA YYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK (SEQ ID NO: 362), or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF (SEQ ID NO : 363), ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, an S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYL QPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGD EVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF (SEQ ID NO: 363), or a sequence at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQ PRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLL KYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : VNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: VNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQP RTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : VNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: VNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLK YNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : TTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: TTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPR TFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : TTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: TTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYN ENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : QCVMPLFNLITTTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHLTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVFIKVCEFQFCNDPFLDVYHKNNKSWMESESGVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPIIGRDFPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALNRSYLTPGDSSSGWTAGAADYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNVTNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIKGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKHSGNYDYWYRSLRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCKGKGPNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: QCVMPLFNLITTTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHLTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVFIKVCEFQFCNDPFLDVYHKNNKSWMESESGVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPIIGRDFPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALNRSYLTPGDSSSGWTAGAADYYVGYLQP RTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNVTNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIKGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKHSGNYDYWYRSLRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCKGKGPNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend la séquence d’acides aminés : QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPALPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYQKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKEGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLERDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPVDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, ou une séquence au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 91 %, au moins 92 %, au moins 93 %, au moins 94 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % identique à celle-ci.In some embodiments, a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 S protein comprises the amino acid sequence: QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPALPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYQKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKEGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLERDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPVDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPR TFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPK, or a sequence that is at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical thereto.
Dans certains modes de réalisation, un domaine S2 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les acides aminés 679 à 1273 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un domaine S2 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les acides aminés 684 à 1273 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, un domaine S2 d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend les acides aminés 686 à 1273 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante dans une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.In some embodiments, an S2 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises amino acids 679-1273 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, an S2 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises amino acids 684-1273 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, an S2 domain of a SARS-CoV-2 S protein comprises amino acids 686-1273 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region in an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
Dans certains modes de réalisation, les compositions décrites ici délivrent une partie immunogène d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le variant est un variant préoccupant (par exemple, un variant dont on a prédit et/ou dont on a montré qu’il se propageait rapidement dans un territoire concerné,par exemple, tel qu’identifié par certaines agences de santé publique,par exemple, le Center for Disease Control and Prevention (CDC), Public Health England et le COVID-19 Genomics UK Consortium pour le Royaume-Uni, le Canadian COVID Genomics Network (CanCOGeN) et/ou l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS)). Dans certains modes de réalisation, il a été prédit qu’un variant avait une forte probabilité de devenir un variant préoccupant (par exemple, en utilisant des algorithmes basés sur des séquences qui prédisent la capacité d’un variant à échapper aux réponses immunitaires précédemment développées et/ou mesurent la « forme physique » d’un variant donné, comme décrit, par exemple, dans WO2022/235847 et WO2022/235853, dont le contenu de chacun est incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité). Dans certains modes de réalisation, un variant est un variant du SARS-CoV-2 décrit ici, ou un descendant de celui-ci.In some embodiments, the compositions described herein deliver an immunogenic portion of an S protein of a SARS-CoV-2 variant. In some embodiments, the variant is a variant of concern (e.g. , a variant that has been predicted and/or shown to spread rapidly in a relevant territory,e.g. , as identified by certain public health agencies,e.g. , the Center for Disease Control and Prevention (CDC), Public Health England and the COVID-19 Genomics UK Consortium for the United Kingdom, the Canadian COVID Genomics Network (CanCOGeN) and/or the World Health Organization (WHO)). In some embodiments, a variant has been predicted to have a high probability of becoming a variant of concern (e.g. , using sequence-based algorithms that predict a variant's ability to evade previously developed immune responses and/or measure the "fitness" of a given variant, as described, for example, in WO2022/235847 and WO2022/235853, the contents of each of which are incorporated by reference herein in their entirety). In some embodiments, a variant is a variant of SARS-CoV-2 described herein, or a descendant thereof.
Dans certains modes de réalisation, un RBD comprend des mutations associées à un variant décrit ici. Un homme du métier sera en mesure d’identifier quelles parties d’un variant donné correspondent aux parties immunogènes décrites ici.In some embodiments, an RBD comprises mutations associated with a variant described herein. One skilled in the art will be able to identify which portions of a given variant correspond to the immunogenic portions described herein.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend deux sous-domaines ou plus du SARS-CoV-2 (par exemple, deux domaines S1 ou plus, des sous-domaines S1 tronqués ou des RBD ou des variants de celui-ci). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend deux domaines de liaison au récepteur liés en tandem ou plus,par exemple, comme décrit dans Dai, Lianpan, et al. « A universal design of betacoronavirus vaccines against COVID-19, MERS, and SARS », Cell 182.3 (2020) : 722-733, et Han, Yuxuan,et al.« mRNA vaccines expressing homo-prototype/Omicron and hetero-chimeric RBD-dimers against SARS-CoV-2 », Cell Research 32.11 (2022) : 1022-1025, dont le contenu de chacun est incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, les deux sous-domaines ou plus proviennent du même variant du SARS-CoV-2 (par exemple, un variant décrit ici). Dans certains modes de réalisation, au moins deux des deux sous-domaines ou plus proviennent de différents variants du SARS-CoV-2 (par exemple, de différents variants préoccupants, de différents variants d’Omicron, d’un variant d’Omicron et d’un variant non-Omicron, ou d’une souche de Wuhan et d’un variant d’Omicron).In some embodiments, a polypeptide comprises two or more subdomains of SARS-CoV-2 (e.g. , two or more S1 domains, truncated S1 subdomains, or RBDs or variants thereof). In some embodiments, a polypeptide comprises two or more tandemly linked receptor binding domains,e.g. , as described in Dai, Lianpan, et al., “A universal design of betacoronavirus vaccines against COVID-19, MERS, and SARS,” Cell 182.3 (2020): 722-733, and Han, Yuxuan,et al., “mRNA vaccines expressing homo-prototype/Omicron and hetero-chimeric RBD-dimers against SARS-CoV-2,” Cell Research 32.11 (2022): 1022-1025, the contents of each of which are incorporated by reference herein in their entirety. In some embodiments, the two or more subdomains are from the same SARS-CoV-2 variant (e.g. , a variant described herein). In some embodiments, at least two of the two or more subdomains are from different SARS-CoV-2 variants (e.g. , different variants of concern, different Omicron variants, an Omicron variant and a non-Omicron variant, or a Wuhan strain and an Omicron variant).
Dans certains modes de réalisation, une construction d’antigène décrite ici comporte un signal sécrétoire,par exemple,qui est fonctionnel dans les cellules de mammifères. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire utilisé est un signal sécrétoire hétérologue (c’est-à-dire hétérologue par rapport à un antigène SARS-CoV-2 présent dans le même polypeptide). Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire utilisé est un signal sécrétoire homologue (c’est-à-dire un signal sécrétoire qui se trouve naturellement dans la même protéine qu’un antigène dans le même polypeptide, comportant par exemple les 16 ou 19 acides aminés N-terminaux d’une protéine S du SARS-CoV-2 lorsqu’il est attaché à un antigène d’une protéine S du SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire hétérologue comprend ou est constitué d’un signal sécrétoire non humain. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire hétérologue comprend ou est constitué d’un signal sécrétoire viral. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire viral comprend ou est constitué d’un signal sécrétoire HSV (par exemple, un signal sécrétoire HSV-1 ou HSV-2). Tel qu’utilisé ici, la référence à un « signal sécrétoire » dans le contexte d’un polypeptide est synonyme de « peptide signal sécrétoire ».In some embodiments, an antigen construct described herein comprises a secretory signal,for example, that is functional in mammalian cells. In some embodiments, a secretory signal used is a heterologous secretory signal (i.e., heterologous with respect to a SARS-CoV-2 antigen present in the same polypeptide). In some embodiments, a secretory signal used is a homologous secretory signal (i.e., a secretory signal that is naturally found in the same protein as an antigen in the same polypeptide, for example, comprising the N-terminal 16 or 19 amino acids of a SARS-CoV-2 S protein when attached to an antigen of a SARS-CoV-2 S protein). In some embodiments, a heterologous secretory signal comprises or consists of a non-human secretory signal. In some embodiments, a heterologous secretory signal comprises or consists of a viral secretory signal. In some embodiments, a viral secretory signal comprises or consists of an HSV secretory signal (e.g., an HSV-1 or HSV-2 secretory signal). As used herein, reference to a "secretory signal" in the context of a polypeptide is synonymous with "secretory signal peptide."
Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire comprend ou est constitué d’un signal sécrétoire du virus Ebola. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire du virus Ebola comprend ou est constitué d’un signal sécrétoire de glycoprotéine de spicule (SGP) du virus Ebola.In some embodiments, a secretory signal comprises or consists of an Ebola virus secretory signal. In some embodiments, an Ebola virus secretory signal comprises or consists of an Ebola virus spike glycoprotein (SGP) secretory signal.
Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire est caractérisé par une longueur d’environ 15 à 30 acides aminés.In some embodiments, a secretory signal is characterized by a length of about 15 to 30 amino acids.
Dans de nombreux modes de réalisation, un signal sécrétoire est positionné à l’extrémité N-terminale d’une construction d’antigène SARS-CoV-2 telle que décrite ici. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire permet de préférence le transport de la construction d’antigène SARS-CoV-2 à laquelle il est associé dans un compartiment cellulaire défini, de préférence une surface cellulaire, un réticulum endoplasmique (ER) ou un compartiment endosomal-lysosomal.In many embodiments, a secretory signal is positioned at the N-terminus of a SARS-CoV-2 antigen construct as described herein. In some embodiments, a secretory signal preferably enables transport of the SARS-CoV-2 antigen construct with which it is associated into a defined cellular compartment, preferably a cell surface, an endoplasmic reticulum (ER), or an endosomal-lysosomal compartment.
Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire est choisi parmi un peptide signal S1S2 (par exemple, aa 1-16 ou 1-19), un signal sécrétoire d’immunoglobuline (par exemple, aa 1 à 22), un peptide signal gD du HSV-1 ou HSV-2 (MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRSKY ; SEQ ID NO : 7), un peptide signal gD du HSV-2 (MGRLTSGVGTAALLVVAVGLRVVCA ; SEQ ID NO : 8) ; un peptide signal SPARC humain, un signal d’isoforme 1 de l’insuline humaine, un peptide signal d’albumine humaine,etc.L’homme du métier connaît d’autres signaux sécrétoires tels que, par exemple, ceux décrits dans le document WO2017/081082, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité (par exemple, SEQ ID NO : 1 à 1115 et 1728, ou des fragments variants de ceux-ci).In some embodiments, a secretory signal is selected from an S1S2 signal peptide (e.g., aa 1-16 or 1-19), an immunoglobulin secretory signal (e.g., aa 1-22), an HSV-1 or HSV-2 gD signal peptide (MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRSKY; SEQ ID NO: 7), an HSV-2 gD signal peptide (MGRLTSGVGTAALLVVAVGLRVVCA; SEQ ID NO: 8); a human SPARC signal peptide, a human insulin isoform 1 signal, a human albumin signal peptide,etc. Those skilled in the art will know of other secretory signals such as, for example, those described in WO2017/081082, which is incorporated herein by reference in its entirety (for example, SEQ ID NO: 1 to 1115 and 1728, or variant fragments thereof).
Dans certains modes de réalisation, une construction d’antigène du SARS-CoV-2 décrite ici ne comprend pas de signal sécrétoire.In some embodiments, a SARS-CoV-2 antigen construct described herein does not include a secretory signal.
Dans certains modes de réalisation, un peptide signal est un peptide signal IgG, tel qu’un peptide signal IgG kappa.In some embodiments, a signal peptide is an IgG signal peptide, such as an IgG kappa signal peptide.
Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire du SARS-CoV-2 comprend ou est constitué d’un signal sécrétoire de glycoprotéine D (gD) du HSV.In some embodiments, a SARS-CoV-2 secretory signal comprises or consists of an HSV glycoprotein D (gD) secretory signal.
Dans certains modes de réalisation, une séquence de construction de segment code pour un antigène qui peut comprendre ou être lié d’une autre manière à une séquence signal (par exemple,un signal sécrétoire), telle que celles répertoriées dansle tableau 2ou au moins une séquence présentant 1, 2, 3, 4 ou 5 différences d’acides aminés par rapport à celle-ci. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire tel que MFVFLVLLPLVSSQCVNLT (SEQ ID NO : 9), ou au moins une séquence présentant 1, 2, 3, 4 ou au plus 5 différences d’acides aminés par rapport à celui-ci est utilisé.In some embodiments, a segment construct sequence encodes an antigen that may comprise or otherwise be linked to a signal sequence (e.g., a secretory signal), such as those listed inTable 2 or at least one sequence having 1, 2, 3, 4, or 5 amino acid differences therefrom. In some embodiments, a secretory signal such as MFVFLVLLPLVSSQCVNLT (SEQ ID NO: 9), or at least one sequence having 1, 2, 3, 4, or at most 5 amino acid differences therefrom is used.
Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire est sélectionné à partir d’un peptide signal gI. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire tel que MPGRSLQGLAILGLWVCATGLVVR (SEQ ID NO : 10), ou au moins une séquence présentant 1, 2, 3, 4 ou tout au plus 5 différences d’acides aminés par rapport à celui-ci est utilisé. Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire tel que MPGRSLQGLAILGLWVCATGL (SEQ ID NO : 11), ou au moins une séquence présentant 1, 2, 3, 4 ou tout au plus 5 différences d’acides aminés par rapport à celui-ci est utilisé.In some embodiments, a secretory signal is selected from a gI signal peptide. In some embodiments, a secretory signal such as MPGRSLQGLAILGLWVCATGLVVR (SEQ ID NO: 10), or at least one sequence having 1, 2, 3, 4 or at most 5 amino acid differences therefrom is used. In some embodiments, a secretory signal such as MPGRSLQGLAILGLWVCATGL (SEQ ID NO: 11), or at least one sequence having 1, 2, 3, 4 or at most 5 amino acid differences therefrom is used.
Dans certains modes de réalisation, un antigène comprend un marqueur d’affinité (par exemple, une courte séquence qui peut se lier à un réactif d’affinité, et qui peut être utile, par exemple, pour la purification par affinité d’une protéine). Des marqueurs d’affinité appropriés sont connus dans le domaine et comportent par exemple un marqueur His (par exemple, HHHHHHHH) et un StrepTag® (par exemple, WSHPQFEK). Dans certains modes de réalisation, un marqueur d’affinité peut être inclus à l’extrémité N-terminale d’un antigène (par exemple, adjacent à un signal sécrétoire (auquel il est éventuellement relié via un lieur flexible)).In some embodiments, an antigen comprises an affinity tag (e.g., a short sequence that can bind to an affinity reagent, and which may be useful, for example, for affinity purification of a protein). Suitable affinity tags are known in the art and include, for example, a His-tag (e.g., HHHHHHHH) and a StrepTag® (e.g., WSHPQFEK). In some embodiments, an affinity tag may be included at the N-terminus of an antigen (e.g., adjacent to a secretory signal (to which it is optionally connected via a flexible linker)).
Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire est un signal répertorié dansle tableau 2et/oule tableau 3, ou un signal sécrétoire présentant 1, 2, 3, 4 ou 5 différences d’acides aminés par rapport à celui-ci (éventuellement, avec des modifications correspondantes dans une séquence nucléotidique correspondante fournie dans le tableau 3). Dans certains modes de réalisation, un signal sécrétoire est sélectionné parmi ceux inclus dans letableau 2ci-dessous et/ou ceux codés par les séquences dutableau 3ci-dessous.In some embodiments, a secretory signal is a signal listed inTable 2 and/orTable 3 , or a secretory signal having 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid differences therefrom (optionally, with corresponding changes in a corresponding nucleotide sequence provided in Table 3). In some embodiments, a secretory signal is selected from those included inTable 2 below and/or those encoded by the sequences inTable 3 below.
Dans certains modes de réalisation, un ARN (par exemple, un ARNm) code pour un polypeptide comprenant les acides aminés 20 à 292 de SEQ ID NO : 145 (ou des variantes de ceux-ci) et un signal sécrétoire du tableau 2.
In some embodiments, an RNA (e.g., an mRNA) encodes a polypeptide comprising amino acids 20 to 292 of SEQ ID NO: 145 (or variants thereof) and a secretory signal of Table 2.
Tableau 2 :Exemples de signaux sécrétoires
séquence nucléotidique optimisée
Variant 3
séquence nucléotidique optimisée
Variante 4
séquence nucléotidique optimisée
Variante 5
Variante 1
Variante 1
Variante 2
Variante 1
variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 2
Type sauvage
Variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 2
Variant 3
Variante 2
Variant 3
Variant 1
optimized nucleotide sequence
Variant 3
optimized nucleotide sequence
Variant 4
optimized nucleotide sequence
Variant 5
Variant 1
Variant 1
Variant 2
Variant 1
variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 2
Wild type
Variant 1
Variant 2
Variant 3
Variant 2
Variant 3
Variant 2
Variant 3
Variant 1
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici code pour un élément d’association membranaire (par exemple, un élément d’association membranaire homologue ou hétérologue). Dans certains modes de réalisation, une construction d’antigène SARS-CoV-2 telle que décrite ici comporte une région transmembranaire. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire utilisé est un domaine transmembranaire hétérologue (c’est-à-dire hétérologue par rapport à un antigène SARS-CoV-2 dans le même polypeptide que le domaine transmembranaire). Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire utilisé est un domaine transmembranaire homologue (c’est-à-dire un domaine transmembranaire qui se trouve naturellement dans la même protéine qu’un antigène dans le même polypeptide que le domaine transmembranaire, comportant par exemple un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2 lorsqu’elle est attachée à un antigène d’une protéine S du SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire hétérologue comprend ou est constitué d’un domaine transmembranaire non humain. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire hétérologue comprend ou est constitué d’un domaine transmembranaire viral.In some embodiments, an RNA described herein encodes a membrane association element (e.g., a homologous or heterologous membrane association element). In some embodiments, a SARS-CoV-2 antigen construct as described herein comprises a transmembrane region. In some embodiments, a transmembrane domain used is a heterologous transmembrane domain (i.e., heterologous to a SARS-CoV-2 antigen in the same polypeptide as the transmembrane domain). In some embodiments, a transmembrane domain used is a homologous transmembrane domain (i.e., a transmembrane domain that is naturally found in the same protein as an antigen in the same polypeptide as the transmembrane domain, e.g., comprising a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein when attached to an antigen of a SARS-CoV-2 S protein). In some embodiments, a heterologous transmembrane domain comprises or consists of a non-human transmembrane domain. In some embodiments, a heterologous transmembrane domain comprises or consists of a viral transmembrane domain.
Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire est située à l'extrémité N-terminale d’une construction SARS-CoV-2 (par exemple, N-terminale d’une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 et/ou C-terminale d’un peptide signal sécrétoire). Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire est située à l’extrémité C terminale d’une construction du SARS-CoV-2 (par exemple, à l’extrémité C-terminale d’une partie immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2, éventuellement, dans laquelle, à l’extrémité C adjacente au domaine transmembranaire, se trouve une séquence endogène adjacente à la membrane (par exemple, MTSCCSCLKGCCSCGSCC dans le cas du domaine transmembranaire du SARS-CoV-2)). Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire n’est pas située à l’extrémité N- terminale ou à l’extrémité C-terminale d’une construction de SARS-CoV-2 (c’est-à-dire qu’il s’agit d’une séquence interne).In some embodiments, a transmembrane region is located at the N-terminus of a SARS-CoV-2 construct (e.g., N-terminus of an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein and/or C-terminus of a secretory signal peptide). In some embodiments, a transmembrane region is located at the C-terminus of a SARS-CoV-2 construct (e.g., at the C-terminus of an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein, optionally, wherein, at the C-terminus adjacent to the transmembrane domain, there is an endogenous membrane-adjacent sequence (e.g., MTSCCSCLKGCCSCGSCC in the case of the SARS-CoV-2 transmembrane domain)). In some embodiments, a transmembrane region is not located at the N-terminus or C-terminus of a SARS-CoV-2 construct (i.e., it is an internal sequence).
Une séquence codante d’un élément transmembranaire (dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire) est généralement placée dans un cadre (c’est-à-dire dans le même cadre de lecture), en 5', en 3’ ou à l’intérieur de séquences codantes de séquences (par exemple, des séquences codant pour un ou plusieurs polypeptides) avec lesquelles elle doit être liée.A coding sequence for a transmembrane element (in some embodiments, a transmembrane domain) is generally placed in-frame (i.e., in the same reading frame), 5', 3', or within coding sequences of sequences (e.g., sequences encoding one or more polypeptides) with which it is to be linked.
Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire comprend ou est un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2 ou un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2 et une séquence adjacente à la membrane C-terminale (où la séquence adjacente à la membrane a éventuellement une troncature C-terminale (par exemple, une troncature C-terminale de 19 acides aminés ou de 37 acides aminés). Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire est un domaine transmembranaire hétérologue. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire hétérologue est un domaine transmembranaire de l’hémagglutinine (HA) du virus de la grippe, de l’enveloppe du VIH-1, du virus de l’anémie infectieuse équine (EIAV), du virus de la leucémie murine (MLV), du virus de la tumeur mammaire de la souris, de la protéine G du virus de la stomatite vésiculaire (VSV), du virus de la rage ou d’un récepteur à sept domaines transmembranaires.In some embodiments, a transmembrane region comprises or is a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein or a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein and a C-terminal membrane-flanking sequence (wherein the membrane-flanking sequence optionally has a C-terminal truncation (e.g., a 19 amino acid or 37 amino acid C-terminal truncation). In some embodiments, a transmembrane domain is a heterologous transmembrane domain. In some embodiments, a heterologous transmembrane domain is a transmembrane domain of influenza virus hemagglutinin (HA), HIV-1 envelope, equine infectious anemia virus (EIAV), murine leukemia virus (MLV), mouse mammary tumor virus, vesicular stomatitis virus (VSV) G protein, rage or a seven-transmembrane domain receptor.
Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire hétérologue ne comprend pas de région transmembranaire d’hémagglutinine. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire hétérologue comprend ou est constitué d’une région transmembranaire non humaine. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire hétérologue comprend ou est constituée d’une région transmembranaire virale. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire hétérologue comprend ou est constituée d’une région transmembranaire de HSV, par exemple, une région transmembranaire de HSV-1 ou de HSV-2. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire de HSV comprend ou est constituée d’une région transmembranaire de HSV gD, par exemple, comprenant ou étant constituée d’une séquence d’acides aminés de GLIAGAVGGSLLAALVICGIVYWMRRHTQKAPKRIRLPHIR (SEQ ID NO : 90).In some embodiments, a heterologous transmembrane region does not comprise a hemagglutinin transmembrane region. In some embodiments, a heterologous transmembrane domain comprises or consists of a non-human transmembrane region. In some embodiments, a heterologous transmembrane region comprises or consists of a viral transmembrane region. In some embodiments, a heterologous transmembrane region comprises or consists of an HSV transmembrane region, e.g., an HSV-1 or HSV-2 transmembrane region. In some embodiments, an HSV transmembrane region comprises or consists of an HSV gD transmembrane region, e.g., comprising or consisting of an amino acid sequence of GLIAGAVGGSLLAALVICGIVYWMRRHTQKAPKRIRLPHIR (SEQ ID NO: 90).
Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire hétérologue comprend ou est constituée d’une région transmembranaire humaine. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire humaine comprend ou est constituée d’une région d’une ancre glycosylphosphatidylinositol du facteur d’accélération de la dégradation humaine (hDAF-GPI). Dans certains modes de réalisation, une région d’ancre hDAF-GPI comprend ou est constituée d’une séquence d’acides aminés de PNKGSGTTSGTTRLLSGHTCFTLTGLLGTLVTMGLLT (SEQ ID NO : 92).In some embodiments, a heterologous transmembrane region comprises or consists of a human transmembrane region. In some embodiments, a human transmembrane region comprises or consists of a region of a human degradation accelerating factor glycosylphosphatidylinositol anchor (hDAF-GPI). In some embodiments, an hDAF-GPI anchor region comprises or consists of an amino acid sequence of PNKGSGTTSGTTRLLSGHTCFTLTGLLGTLVTMGLLT (SEQ ID NO: 92).
Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire utilisée est une région transmembranaire hétérologue.In some embodiments, a transmembrane region used is a heterologous transmembrane region.
Dans certains modes de réalisation, une construction décrite ici ne comprend pas de région transmembranaire.In some embodiments, a construct described herein does not include a transmembrane region.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire comporte une séquence qui est proximale à la membrane et C-terminale à une partie insérée dans la membrane d’une transmembrane dans sa protéine native. Dans certains modes de réalisation, une séquence C-terminale proximale à la membrane est endogènement C-terminale au domaine transmembranaire. Dans certains modes de réalisation, une construction décrite ici comprenant un domaine transmembranaire comprend une séquence C-terminale proximale à la membrane d’une protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, MTSCCSCLKGCCSCGSCC), par exemple, C-terminale au domaine transmembranaire.In some embodiments, a transmembrane domain comprises a sequence that is membrane-proximal and C-terminal to a membrane-inserted portion of a transmembrane in its native protein. In some embodiments, a membrane-proximal C-terminal sequence is endogenously C-terminal to the transmembrane domain. In some embodiments, a construct described herein comprising a transmembrane domain comprises a membrane-proximal C-terminal sequence of a SARS-CoV-2 S protein (e.g., MTSCCSCLKGCCSCGSCC), e.g., C-terminal to the transmembrane domain.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire peut induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation) et ne comprend pas de domaine de trimérisation soluble,par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4).In some embodiments, a transmembrane domain may induce multimerization (e.g. , trimerization) and does not include a soluble trimerization domain,e.g. , a fibritin T4 trimerization domain).
Entre autres choses, la présente invention fournit un aperçu selon lequel un domaine de multimérisation soluble (par exemple, un domaine de multimérisation qui ne comprend pas une région insérée dans la membrane) peut ne pas être nécessaire pour induire une réponse immunitaire à un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 qui est suffisante pour fournir une protection contre l’infection par le SARS-CoV-2 et/ou la maladie de la COVID si une région transmembranaire est incluse qui peut conduire à elle seule la multimérisation (par exemple, la trimérisation). La présente invention fournit spécifiquement un aperçu selon lequel le fait dene pasinclure une multimérisation soluble (par exemple, une trimérisation) peut offrir certains avantages par rapport à l’inclusion d’un domaine de multimérisation soluble. Par exemple, l’omission d’un domaine de multimérisation peut permettre d’obtenir un ARN plus court (par exemple, d’environ 100 pb si un domaine de trimérisation de la fibritine T4 est omise), et dans certains modes de réalisation, un tel ARN plus court peut présenter une thermostabilité et/ou une puissance accrues (mesurée par la réponse immunitaire induite par une masse donnée d’ARN) par rapport à un ARN de référence approprié (par exemple, un ARN qui est par ailleurs identique sauf qu’il comprend un domaine de multimérisation soluble). Sans vouloir être lié par la théorie, la présente invention fournit également un aperçu selon laquelle un sujet peut monter une réponse immunitaire contre un domaine de multimérisation exposé à un solvant (c’est-à-dire contre le domaine de multimérisation lui-même, en plus ou à la place d’une région antigénique fournie). Ainsi, en utilisant des domaines de multimérisation qui ne sont pas exposés au solvant ou qui ont une accessibilité réduite (par exemple, un domaine transmembranaire), une réponse immunitaire contre un domaine de multimérisation peut être réduite et/ou éliminée. La présente invention concerne également la découverte surprenante selon laquelle le fait de ne pas inclure un domaine de trimérisation de la fibritine T4 peut augmenter l’expression dans certains modes de réalisation, sans réduire pour autant l’immunogénicité. En outre, la présente invention démontre également que l’exclusion d’un domaine de trimérisation de la fibritine T4 peut améliorer l’expression des polypeptides.Among other things, the present invention provides insight that a soluble multimerization domain (e.g., a multimerization domain that does not include a membrane-inserted region) may not be necessary to induce an immune response to an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein that is sufficient to provide protection against SARS-CoV-2 infection and/or COVID disease if a transmembrane region is included that can drive multimerization (e.g., trimerization) on its own. The present invention specifically provides insight thatnot including soluble multimerization (e.g., trimerization) may provide certain advantages over including a soluble multimerization domain. For example, omission of a multimerization domain may result in a shorter RNA (e.g. , by about 100 bp if a T4 fibritin trimerization domain is omitted), and in some embodiments, such a shorter RNA may exhibit increased thermostability and/or potency (as measured by the immune response induced by a given mass of RNA) compared to a suitable reference RNA (e.g. , an RNA that is otherwise identical except that it includes a soluble multimerization domain). While not intended to be bound by theory, the present invention also provides insight that a subject may mount an immune response against a solvent-exposed multimerization domain (i.e., against the multimerization domain itself, in addition to or instead of a provided antigenic region). Thus, by using multimerization domains that are not exposed to solvent or have reduced accessibility (e.g. , a transmembrane domain), an immune response against a multimerization domain can be reduced and/or eliminated. The present invention also relates to the surprising discovery that not including a T4 fibritin trimerization domain can increase expression in certain embodiments, without reducing immunogenicity. Furthermore, the present invention also demonstrates that excluding a T4 fibritin trimerization domain can enhance polypeptide expression.
Les régions transmembranaires qui peuvent conduire à la trimérisation comportent,par exemple, celles décrites dans Fu, Qingshan et James J. Chou. « A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike », Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021) : 8543-8546, dont le contenu est par la présente incorporé par référence dans son intégralité. Des exemples de telles régions transmembranaires comportent également un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 (par exemple, un polypeptide comprenant : une séquence correspondant aux résidus 1207 à 1236 de SEQ ID NO : 1 ; EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC ; ou des fragments ou des variants de celui-ci) ; une région transmembranaire PIV5-F (par exemple, un polypeptide comprenant : une séquence correspondant aux résidus 480-517 du polypeptide PIV5-F ; une séquence correspondant aux résidus 485-517 du polypeptide PIV5-F ; ATTTSVLSIIAIALGSLGLILIILLSVVVWKTIVVA ; ou VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV ou un variant ou un fragment de celui-ci) ; ou une région transmembranaire HeV-F (par exemple, un polypeptide comprenant une séquence correspondant aux résidus 479-526 d’un polypeptide HeV-F ; les résidus 484-521 d’un polypeptide HeV-F ; VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV ; ou ISMLSMIILYVLSIAALCIGLITFISFVIVEKK ; ou des variants de ceux-ci ; ou des fragments de ceux-ci).Transmembrane regions that can lead to trimerization include,for example , those described in Fu, Qingshan, and James J. Chou. “A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike,” Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021): 8543-8546, the contents of which are hereby incorporated by reference in their entirety. Examples of such transmembrane regions also include a transmembrane domain of SARS-CoV-2 (e.g. , a polypeptide comprising: a sequence corresponding to residues 1207 to 1236 of SEQ ID NO: 1; EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC; or fragments or variants thereof); a PIV5-F transmembrane region (e.g. , a polypeptide comprising: a sequence corresponding to residues 480-517 of the PIV5-F polypeptide; a sequence corresponding to residues 485-517 of the PIV5-F polypeptide; ATTTSVLSIIAIALGSLGLILIILLSVVVWKTIVVA; or VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV or a variant or fragment thereof); or a HeV-F transmembrane region (e.g. , a polypeptide comprising a sequence corresponding to residues 479-526 of a HeV-F polypeptide; residues 484-521 of a HeV-F polypeptide; VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV; or ISMLSMIILYVLSIAALCIGLITFISFVIVEKK; or variants thereof; or fragments thereof).
Dans certains modes de réalisation, adjacente à un domaine transmembranaire, se trouve une région C-terminale proximale de la membrane d’une protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, un polypeptide comprenant une séquence qui correspond aux acides aminés 1237-1245 de SEQ ID NO : 1 ; ou à MTSCCSCLKGCCSCGSCC ou à une région correspondante de celle-ci d’un variant du SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un court segment d’une séquence proximale membranaire de la protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, une séquence d’acides aminés correspondant aux résidus 1209-1217 de SEQ ID NO : 1), C-terminal à (par exemple, immédiatement C-terminal à, ou relié par un lieur à) un domaine transmembranaire (par exemple, un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire fournie ici peut induire une proportion plus élevée de trimères par rapport à un polypeptide de référence approprié (par exemple, par rapport à un polypeptide comprenant une région transmembranaire qui ne peut pas induire de trimérisation et/ou un polypeptide décrit dans Fu, Qingshan et James J. Chou. « A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike », Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021) : 8543-8546), dont des exemples incluent les régions transmembranaires du SARS-CoV-2 comprenant des mutations à un ou plusieurs des I1221, I1225, L1229 et L1233 (par exemple, I1225Y (par exemple, EQYIKWPWYIWLGFIAGLYAIVMVTIMLCC) ou L1229Y) ; et une région transmembranaire VSV-G.In some embodiments, adjacent to a transmembrane domain is a membrane-proximal C-terminal region of a SARS-CoV-2 S protein (e.g. , a polypeptide comprising a sequence that corresponds to amino acids 1237-1245 of SEQ ID NO: 1; or to MTSCCSCLKGCCSCGSCC or a corresponding region thereof of a SARS-CoV-2 variant). In some embodiments, a polypeptide comprises a short segment of a membrane-proximal sequence of the SARS-CoV-2 S protein (e.g., an amino acid sequence corresponding to residues 1209-1217 of SEQ ID NO: 1), C-terminal to (e.g. , immediately C-terminal to, or connected by a linker to) a transmembrane domain (e.g. , a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein). In some embodiments, a transmembrane region provided herein may induce a higher proportion of trimers compared to a suitable reference polypeptide (e.g. , compared to a polypeptide comprising a transmembrane region that cannot induce trimerization and/or a polypeptide described in Fu, Qingshan, and James J. Chou. “A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike,” Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021): 8543-8546), examples of which include SARS-CoV-2 transmembrane regions comprising mutations at one or more of I1221, I1225, L1229, and L1233 (e.g. , I1225Y (e.g., EQYIKWPWYIWLGFIAGLYAIVMVTIMLCC) or L1229Y); and a VSV-G transmembrane region.
Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire est un domaine transmembranaire VSV-G. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire VSV-G peut offrir l’avantage d’induire la formation de particules de type viral (VLP) lorsqu’elle est attachée à des polypeptides immunogènes, ce qui peut encore améliorer l’immunogénicité d’une construction délivrée. Dans certains modes de réalisation, un domaine transmembranaire VSV-G comporte éventuellement une courte séquence proximale membranaire de VSV-G. Dans certains modes de réalisation un domaine transmembranaire VSV-G comportant une courte séquence proximale membranaire (par exemple, une partie signal d’un domaine actif proximal de membrane), comportent un polypeptide comprenant : IELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCIKLKHTKKRQIYTDIEMNRLGK ou FEHPHIQDAASQLPDDESLFFGDTGLSKNPIELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCI, des variants de ceux-ci, ou des fragments de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un domaine transmembranaire VSV-G, comprenant éventuellement également un domaine de multimérisation soluble (par exemple, une trimérisation). Un domaine transmembranaire VSV-G comprenant une courte séquence proximale à la membrane offre l’avantage de pouvoir induire la formation d’une particule de type viral (VLP), qui peut augmenter la valence et induire une réponse immunitaire plus forte contre tout antigène auquel elle est liée. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide VSV-G se trouve à l’extrémité C-terminale d’un polypeptide (dans lequel, si le polypeptide VSV-G comprend une séquence proximale à la membrane, la séquence proximale à la membrane est éventuellement C-terminale à la région transmembranaire VSV-G).In some embodiments, a transmembrane domain is a VSV-G transmembrane domain. In some embodiments, a VSV-G transmembrane domain may provide the advantage of inducing the formation of virus-like particles (VLPs) when attached to immunogenic polypeptides, which may further enhance the immunogenicity of a delivered construct. In some embodiments, a VSV-G transmembrane domain optionally comprises a short membrane proximal sequence of VSV-G. In some embodiments, a VSV-G transmembrane domain comprising a short membrane proximal sequence (e.g. , a signal portion of a membrane proximal active domain), comprises a polypeptide comprising: IELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCIKLKHTKKRQIYTDIEMNRLGK or FEHPHIQDAASQLPDDESLFFGDTGLSKNPIELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCI, variants thereof, or fragments thereof. In some embodiments, a polypeptide comprises a VSV-G transmembrane domain, optionally also comprising a soluble multimerization (e.g., trimerization) domain. A VSV-G transmembrane domain comprising a short membrane proximal sequence offers the advantage of being able to induce the formation of a virus-like particle (VLP), which can increase valency and induce a stronger immune response against any antigen to which it is bound. In some embodiments, a VSV-G polypeptide is at the C-terminus of a polypeptide (wherein, if the VSV-G polypeptide comprises a membrane-proximal sequence, the membrane-proximal sequence is optionally C-terminal to the VSV-G transmembrane region).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un complexe de tri endosomal requis pour le transport (ESCRT) et une région de liaison à la protéine X interagissant avec ALG-2 (ALIX) (appelées collectivement EABR), par exemple, comme décrit dans Hoffmann, Magnus AG, et al. « ESCRT recruitment onto SARS-CoV-2 spike induces virus-like particles that improve mRNA vaccines. » Cell 186.11 (2023) : 2380-2391, dont le contenu est incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, une séquence EABR comprend FNSSINNIHEMEIQLKDALEKNQQWLVYDQQREVYVKGLLAKIFELEKKTETAAHSLP. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprenant une séquence EABR comprend également une séquence EPM (par exemple, ALPGNPDHREMGETLPEEVGEYRQPSGGSVPVSPGPPSGLEPTSSSSPY). Dans certains modes de réalisation, une séquence EABR comprend LQSRPEPTAPPEESFRSGVETTTPPQKQEPIDKELYPLTSLRSLFGNDPSSQ. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprenant une séquence EABR comprend un domaine transmembranaire (par exemple, une transmembrane d’une protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, comme décrit ici, éventuellement avec une séquence proximale C-terminale). Un exemple de polypeptide comprenant un antigène SARS-CoV-2 et une séquence EABR est présenté dans la Fig. 25, et deux exemples de séquences polypeptidiques sont fournies dans le Tableau IV.In some embodiments, a polypeptide comprises an endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) and an ALG-2 interacting X protein binding region (ALIX) (collectively referred to as EABR), e.g., as described in Hoffmann, Magnus AG, et al. “ESCRT recruitment onto SARS-CoV-2 spike induces virus-like particles that improve mRNA vaccines.” Cell 186.11 (2023): 2380-2391, the contents of which are incorporated by reference herein in their entirety. In some embodiments, an EABR sequence comprises FNSSINNIHEMEIQLKDALEKNQQWLVYDQQREVYVKGLLAKIFELEKKTETAAHSLP. In some embodiments, a polypeptide comprising an EABR sequence also comprises an EPM sequence (e.g., ALPGNPDHREMGETLPEEVGEYRQPSGGSVPVSPGPPSGLEPTSSSSPY). In some embodiments, an EABR sequence comprises LQSRPEPTAPPEESFRSGVETTTPPQKQEPIDKELYPLTSLRSLFGNDPSSQ. In some embodiments, a polypeptide comprising an EABR sequence comprises a transmembrane domain (e.g., a transmembrane of a SARS-CoV-2 S protein (e.g., as described herein, optionally with a C-terminal proximal sequence). An exemplary polypeptide comprising a SARS-CoV-2 antigen and an EABR sequence is shown in Fig. 25, and two exemplary polypeptide sequences are provided in Table IV.
Des exemples de polypeptides codant pour l’ARN comprenant une région transmembranaire qui sont capables d’induire une trimérisation et qui sont dépourvus d’un domaine de trimérisation soluble sont fournis dans les tableaux V, VI, VII-X et XII de la présente invention. Des exemples d’ARN qui codent pour des polypeptides qui comprennent une région transmembranaire qui ne peut pas induire de trimérisation (ou qui entraînent une quantité proportionnellement plus faible de trimères par rapport aux constructions fournies dans les Tableaux V, VI, VII-X et XII de la présente invention,par exemple, environ 99 %, environ 95 %, environ 90 %, environ 80 %, environ 70 %, environ 60 %, environ 50 %, environ 40 %, environ 30 %, environ 20 %, environ 10 %, environ 5 %, environ 1 %, ou moins de trimère), sont présentés dans les Tableaux VII et XI de la présente invention.Examples of RNA-encoding polypeptides comprising a transmembrane region that are capable of inducing trimerization and that lack a soluble trimerization domain are provided in Tables V, VI, VII-X and XII of the present invention. Examples of RNAs that encode polypeptides that comprise a transmembrane region that cannot induce trimerization (or that result in a proportionally lower amount of trimers compared to the constructs provided in Tables V, VI, VII-X and XII of the present invention,e.g. , about 99%, about 95%, about 90%, about 80%, about 70%, about 60%, about 50%, about 40%, about 30%, about 20%, about 10%, about 5%, about 1%, or less trimer), are shown in Tables VII and XI of the present invention.
Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire est une région répertoriée dansle tableau 4ou une région transmembranaire présentant 1, 2, 3, 4 ou 5 différences d’acides aminés par rapport à celle-ci. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire est sélectionnée parmi celles incluses dans letableau 4ci-dessous, éventuellement codées par une séquence nucléotidique correspondante fournie dans letableau 5ci-dessous.
In some embodiments, a transmembrane region is a region listed inTable 4 or a transmembrane region having 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid differences therefrom. In some embodiments, a transmembrane region is selected from those included inTable 4 below, optionally encoded by a corresponding nucleotide sequence provided inTable 5 below.
Tableau 4 :Exemples de régions transmembranaires (séquences d’acides aminés)
Dans certains modes de réalisation, une construction de SARS-CoV-2 telle que décrite ici comporte une ou plusieurs régions de multimérisation (par exemple, une région de multimérisation hétérologue).In some embodiments, a SARS-CoV-2 construct as described herein comprises one or more multimerization regions (e.g., a heterologous multimerization region).
Dans certains modes de réalisation, une région de multimérisation hétérologue comprend une région de dimérisation, de trimérisation ou de tétramérisation.In some embodiments, a heterologous multimerization region comprises a dimerization, trimerization, or tetramerization region.
Dans certains modes de réalisation, une région de multimérisation est celle décrite dans WO2017/081082, qui est incorporée ici par référence dans son intégralité (par exemple,SEQ ID NO : 1116 à 1167, ou des fragments ou des variantes de celle-ci). Les exemples de régions de trimérisation et de tétramérisation comportent, mais sans s’y limiter, des fermetures à glissière à leucine modifiées, un domaine de trimérisation de la fibritine provenant du phage T4 d’entérobactéries, GCN4pll, GCN4-pll et p53.In some embodiments, a multimerization region is that described in WO2017/081082, which is incorporated herein by reference in its entirety (e.g., SEQ ID NO: 1116-1167, or fragments or variants thereof). Examples of trimerization and tetramerization regions include, but are not limited to, modified leucine zippers, a fibritin trimerization domain from Enterobacteriaceae phage T4, GCN4pll, GCN4-pll, and p53.
Dans certains modes de réalisation, une construction de SARS-CoV-2 fournie décrite ici est capable de former un complexe trimérique. Par exemple, une construction SARS-CoV-2 fournie peut comprendre une région de multimérisation permettant la formation d’un complexe multimérique, tel que par exemple un complexe trimérique d’une construction SARS-CoV-2 décrite ici. Dans certains modes de réalisation, une région de multimérisation permettant la formation d’un complexe multimérique comprend une région de trimérisation, par exemple, une région de trimérisation décrite ici. Dans certains modes de réalisation, une construction SARS-CoV-2 comporte une région de trimérisation « foldon » dérivée de la fibritine T4, (également appelée ici domaine de trimérisation de la fibritine T4 ou domaine de la fibritine en abrégé), par exemple, pour augmenter son immunogénicité. Dans certains modes de réalisation, une construction SARS-CoV-2 comporte une région de multimérisation comprenant ou constituée de la séquence d’acides aminés GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL (SEQ ID NO : 95). Dans certains modes de réalisation, une construction SARS-CoV-2 comporte une région de multimérisation comprenant ou constituée de la séquence d’acides aminés GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGRSLEVLFQGPG (SEQ ID NO : 96). Un exemple de séquence nucléotidique codant pour SEQ ID NO : 96 est GGCUAUAUCCCUGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUCAGAAAGGAUGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACCUUUCUGGGCAGAUCCCUGGAAGUGCUGUUUCAAGGCCCUGGC (SEQ ID NO : 97). Un exemple de séquence nucléotidique codant pour SEQ ID NO : 95 est GGCTATATCCCTGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTCAGAAAGGATGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTG (SEQ ID NO : 98).In some embodiments, a provided SARS-CoV-2 construct described herein is capable of forming a trimeric complex. For example, a provided SARS-CoV-2 construct may include a multimerization region enabling the formation of a multimeric complex, such as, for example, a trimeric complex of a SARS-CoV-2 construct described herein. In some embodiments, a multimerization region enabling the formation of a multimeric complex includes a trimerization region, e.g., a trimerization region described herein. In some embodiments, a SARS-CoV-2 construct includes a “foldon” trimerization region derived from T4 fibritin, (also referred to herein as a T4 fibritin trimerization domain or fibritin domain for short), e.g., to increase its immunogenicity. In some embodiments, a SARS-CoV-2 construct comprises a multimerization region comprising or consisting of the amino acid sequence GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL (SEQ ID NO: 95). In some embodiments, a SARS-CoV-2 construct comprises a multimerization region comprising or consisting of the amino acid sequence GYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGRSLEVLFQGPG (SEQ ID NO: 96). An example of a nucleotide sequence encoding SEQ ID NO: 96 is GGCUAUAUCCCUGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUCAGAAAGGAUGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACCUUUCUGGGCAGAUCCCUGGAAGUGCUGUUUCAAGGCCCUGGC (SEQ ID NO: 97). An example of a nucleotide sequence encoding SEQ ID NO: 95 is GGCTATATCCCTGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTCAGAAAAGGATGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTG (SEQ ID NO: 98).
Dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation est un domaine de multimérisation soluble (c’est-à-dire qu’il ne comprend pas de domaine transmembranaire). Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire est capable d’induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide décrit ici comprend un domaine transmembranaire qui est capable d’induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation), et est dépourvu d’un domaine de trimérisation soluble. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide décrit ici comprend une région transmembranaire qui est capable d’induire une multimérisation et comprend aussi un domaine de trimérisation soluble. L’inclusion d’un domaine de multimérisation peut fournir certains fragments immunogènes par rapport au même polypeptide dépourvu de domaine de multimérisation. Ces avantages comportent, par exemple, une stabilité structurelle accrue d’un antigène, un antigène avec une structure qui correspond plus étroitement à la structure d’un antigène endogène, et/ou une induction améliorée d’une réponse immunitaire.In some embodiments, a multimerization domain is a soluble multimerization domain (i.e., it does not include a transmembrane domain). In some embodiments, a transmembrane region is capable of inducing multimerization (e.g., trimerization). In some embodiments, a polypeptide described herein comprises a transmembrane domain that is capable of inducing multimerization (e.g., trimerization), and lacks a soluble trimerization domain. In some embodiments, a polypeptide described herein comprises a transmembrane region that is capable of inducing multimerization and also includes a soluble trimerization domain. The inclusion of a multimerization domain may provide certain immunogenic moieties relative to the same polypeptide lacking a multimerization domain. These advantages include, for example, increased structural stability of an antigen, an antigen with a structure that more closely matches the structure of an endogenous antigen, and/or enhanced induction of an immune response.
La présente invention concerne, entre autres, des approches permettant de produire des oligomères d’ordre supérieur (par exemple, des oligomères comprenant plus de 3 antigènes du SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, les polypeptides décrits ici peuvent induire des oligomères hautement multimériques (par exemple, des oligomères d’environ 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50 ou 60 antigènes de SARS-CoV-2 ou plus), générer une réponse immunitaire améliorée (par exemple, par rapport à une composition comprenant la même quantité d’ARN (en termes de masse ou de moles)) codant pour un polypeptide produisant un monomère ou un oligomère comprenant moins d’antigènes de SARS-CoV-2), et/ou peuvent présenter des polypeptides antigéniques dans une confirmation qui est préférée pour générer une réponse immunitaire.The present invention relates, among other things, to approaches for producing higher order oligomers (e.g. , oligomers comprising more than 3 SARS-CoV-2 antigens). In some embodiments, the polypeptides described herein may induce highly multimeric oligomers (e.g., oligomers of about 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50, or 60 or more SARS-CoV-2 antigens), generate an enhanced immune response (e.g. , compared to a composition comprising the same amount of RNA (in terms of mass or moles)) encoding a polypeptide producing a monomer or oligomer comprising fewer SARS-CoV-2 antigens), and/or may present antigenic polypeptides in a confirmation that is preferred for generating an immune response.
Dans certains modes de réalisation, un ARN peut coder pour un polypeptide comprenant deux régions antigéniques ou plus (par exemple, deux RBD ou plus, trois RBD ou plus, quatre RBD ou plus, ou cinq RBD ou plus),par exemple, comme décrit dans Gao et al., dont le contenu est incorporé par référence dans la présente invention dans son intégralité.In some embodiments, an RNA may encode a polypeptide comprising two or more antigenic regions (e.g. , two or more RBDs, three or more RBDs, four or more RBDs, or five or more RBDs),for example , as described in Gao et al., the contents of which are incorporated by reference into the present invention in their entirety.
Dans certains modes de réalisation, un ARN peut coder pour deux régions antigéniques ou plus (par exemple, peut coder pour un polypeptide comprenant deux polypeptides RBD ou plus), et comprendre également un domaine de multimérisation (par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4). Par exemple, dans certains modes de réalisation, un polypeptide fournit deux ou plusieurs (par exemple, 2, 3 ou 4) régions antigéniques (par exemple, des polypeptides RBD) et un domaine de multimérisation (par exemple, de trimérisation). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide fourni ici comprend deux polypeptides RBD et un domaine de trimérisation, de telle sorte qu’un oligomère comprenant six polypeptides RBD (un « trimère de dimères », où chaque « dimère » fait référence à un polypeptide comprenant deux polypeptides RBD) peut être formé. Dans certains modes de réalisation, un ARN code pour un polypeptide représenté sur la
Dans certains modes de réalisation, une multimérisation peut induire des oligomères hautement multivalents (par exemple, des oligomères comprenant 10 polypeptides antigéniques ou plus).In some embodiments, multimerization may induce highly multivalent oligomers (e.g., oligomers comprising 10 or more antigenic polypeptides).
Dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation peut induire la multimérisation de 10, 15, 20, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60 ou plus polypeptides antigéniques.In some embodiments, a multimerization domain can induce multimerization of 10, 15, 20, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60 or more antigenic polypeptides.
Dans certains modes de réalisation, les domaines de multimérisation sont sélectionnés de manière à réduire une réponse immunitaire générée contre le domaine de multimérisation lui-même. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation relativement petit est utilisé (par exemple, un domaine de multimérisation comprenant environ 100 acides aminés ou moins et/ou un domaine de multimérisation qui comprend moins de 20 % du total des acides aminés dans un polypeptide). De plus ou en variante, dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation est utilisé qui forme une structure oligomère dans laquelle (i) le domaine de multimérisation n’est pas librement accessible en solution, et/ou a une accessibilité au solvant réduite par rapport à un comparateur pertinent (par exemple, d’autres domaines de multimérisation couramment utilisés dans les vaccins commerciaux, par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4) ; et/ou (ii) la majorité de l’antigène est librement accessible en solution et/ou forme la majorité de la surface exposée au solvant d’un oligomère (par exemple, 50 % ou plus, 55 % ou plus, 60 % ou plus, 65 % ou plus, 70 % ou plus, 75 % ou plus, ou 80 % ou plus).In some embodiments, the multimerization domains are selected so as to reduce an immune response generated against the multimerization domain itself. For example, in some embodiments, a relatively small multimerization domain is used (e.g., a multimerization domain comprising about 100 amino acids or less and/or a multimerization domain that comprises less than 20% of the total amino acids in a polypeptide). Additionally or alternatively, in some embodiments, a multimerization domain is used that forms an oligomeric structure wherein (i) the multimerization domain is not freely accessible in solution, and/or has reduced solvent accessibility relative to a relevant comparator (e.g., other multimerization domains commonly used in commercial vaccines, e.g., a fibritin T4 trimerization domain); and/or (ii) the majority of the antigen is freely accessible in solution and/or forms the majority of the solvent-exposed surface area of an oligomer (e.g., 50% or more, 55% or more, 60% or more, 65% or more, 70% or more, 75% or more, or 80% or more).
Les domaines de multimérisation appropriés comportent par exemple, ceux décrits dans Lainšček, Duško et al. « A nanoscaffolded spike-RBD vaccine provides protection against SARS-CoV-2 with minimal anti-scaffold response », Vaccines 9.5 (2021) : 431 ; Joyce, M. Gordon et al. «SARS-CoV-2 ferritin nanoparticle vaccine elicit broad SARS coronavirus immunogenicity », Cell reports 37.12 (2021) ; Joyce, M. Gordon et al. «A SARS-CoV-2 ferritin nanoparticle vaccine elicits protective immune response in nonhuman primates », Science translational medicine 14.632 (2021) : eabi5735 ; Wang, Chong et al. « Novel chimeric virus-like particles displaying MERS-CoV receptor-binding domain induce specific humoral and cellular immune response in mice. » Antiviral research 140 (2017) : 55-61 ; Johnston, Sara C., et al. « A SARS-CoV-2 spike ferritin nanoparticle vaccine is protective and promotes a strong immunological response in the cynomolgus macaque coronavirus disease 2019 (COVID-19) Model », Vaccines 10.5 (2022) : 717 ; Zhang, Baoshan, et al. « A plateform incorporating trimeric antigens into self-assembling nanoparticles reveals SARS-CoV-2-spike nanoparticles to elicit substantially higher neutralizing responses than spike alone », Scientific reports 10.1 (2020) : 18149 ; Malhi, Harman, et al. « Immunization with a self-assembling nanoparticle vaccine displaying EBV gH/gL protects humanized mice against lethal viral challenge. » Cell Reports Medicine 3.6 (2022) ; et WO2022043449A1, dont le contenu de chacun est incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité.Suitable multimerization domains include, for example, those described in Lainšček, Duško et al. “A nanoscaffolded spike-RBD vaccine provides protection against SARS-CoV-2 with minimal anti-scaffold response,” Vaccines 9.5 (2021): 431; Joyce, M. Gordon et al. “SARS-CoV-2 ferritin nanoparticle vaccine elicits broad SARS coronavirus immunogenicity,” Cell reports 37.12 (2021); Joyce, M. Gordon et al. “A SARS-CoV-2 ferritin nanoparticle vaccine elicits protective immune response in nonhuman primates,” Science translational medicine 14.632 (2021): eabi5735; Wang, Chong et al. “Novel chimeric virus-like particles displaying MERS-CoV receptor-binding domain induce specific humoral and cellular immune response in mice.” » Antiviral research 140 (2017): 55-61; Johnston, Sara C., et al. “A SARS-CoV-2 spike ferritin nanoparticle vaccine is protective and promotes a strong immunological response in the cynomolgus macaque coronavirus disease 2019 (COVID-19) Model”, Vaccines 10.5 (2022): 717; Zhang, Baoshan, et al. “A platform incorporating trimeric antigens into self-assembling nanoparticles reveals SARS-CoV-2-spike nanoparticles to elicit substantially higher neutralizing responses than spike alone”, Scientific reports 10.1 (2020): 18149; Malhi, Harman, et al. “Immunization with a self-assembly nanoparticle vaccine displaying EBV gH/gL protects humanized mice against lethal viral challenge. » Cell Reports Medicine 3.6 (2022); and WO2022043449A1, the contents of each of which are incorporated by reference herein in their entirety.
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) décrite ici comprend une séquence nucléotidique qui code pour un domaine de multimérisation répertorié dans le tableau 14.In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) construct described herein comprises a nucleotide sequence that encodes a multimerization domain listed in Table 14.
Tableau 14 : Exemples de domaines de multimérisation
Dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation comprend un domaine de ferritine (par exemple, comme décrit dans le tableau II). Dans certains modes de réalisation, un domaine de multimérisation comprend un domaine de la ferritine qui a été modifié pour réduire l’auto-immunité (par exemple, comme décrit dans Kanekiyo, Masaru et al. « Rational design of an Epstein-Barr virus vaccine targeting the receptor-binding site », Cell 162.5 (2015) : 1090-1100, dont le contenu est incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité).In some embodiments, a multimerization domain comprises a ferritin domain (e.g., as described in Table II). In some embodiments, a multimerization domain comprises a ferritin domain that has been modified to reduce autoimmunity (e.g., as described in Kanekiyo, Masaru et al., “Rational design of an Epstein-Barr virus vaccine targeting the receptor-binding site,” Cell 162.5 (2015): 1090-1100, the contents of which are incorporated by reference herein in their entirety).
Dans certains modes de réalisation, une construction de SARS-CoV-2 décrite ici comporte un ou plusieurs lieurs. Dans certains modes de réalisation, un lieur est ou comprend 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 19, 20 ou plus acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un lieur n’est ou n’ comprend pas plus d’environ 30, 25, 20, 15, 10 acides aminés ou moins. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend 5 à 30 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend 5 à 20 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend 10 à 20 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend environ 5 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend environ 10 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend 15 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend environ 20 acides aminés.In some embodiments, a SARS-CoV-2 construct described herein comprises one or more linkers. In some embodiments, a linker is or comprises 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 19, 20 or more amino acids. In some embodiments, a linker is or comprises no more than about 30, 25, 20, 15, 10 or less amino acids. In some embodiments, a linker comprises 5 to 30 amino acids. In some embodiments, a linker comprises 5 to 20 amino acids. In some embodiments, a linker comprises 10 to 20 amino acids. In some embodiments, a linker comprises about 5 amino acids. In some embodiments, a linker comprises about 10 amino acids. In some embodiments, a linker comprises 15 amino acids. In some embodiments, a linker comprises about 20 amino acids.
Dans certains modes de réalisation, un lieur est un lieur flexible (par exemple, un lieur comprenant un résidu gly ou plus et un résidu ser ou plus). Dans certains modes de réalisation, un lieur est un lieur rigide. Dans certains modes de réalisation, un lieur est un lieur hélicoïdal. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend un site de reconnaissance de protéase et peut être clivé par une protéase. Dans certains modes de réalisation, ladite protéase est une protéase exprimée à la surface d’une cellule humaine. Un exemple d’une telle protéase est une furine protéase.In some embodiments, a linker is a flexible linker (e.g., a linker comprising one or more gly residues and one or more ser residues). In some embodiments, a linker is a rigid linker. In some embodiments, a linker is a helical linker. In some embodiments, a linker comprises a protease recognition site and is cleavable by a protease. In some embodiments, said protease is a protease expressed on the surface of a human cell. An example of such a protease is a furin protease.
Dans certains modes de réalisation, un lieur est un lieur flexible. Comme utilisé ici, un lieur flexible dans le contexte d’un polypeptide fait référence à une séquence d’acides aminés qui relie deux régions protéiques tout en permettant le mouvement et l’interaction entre les deux régions protéiques. Les lieurs flexibles comprennent souvent de petits acides aminés non polaires (par exemple, Gly) ou polaires (par exemple, Ser ou Thr), qui donnent une flexibilité du lieur.In some embodiments, a linker is a flexible linker. As used herein, a flexible linker in the context of a polypeptide refers to an amino acid sequence that connects two protein regions while allowing movement and interaction between the two protein regions. Flexible linkers often include small non-polar (e.g., Gly) or polar (e.g., Ser or Thr) amino acids, which provide flexibility to the linker.
Un lieur peut inclure n’importe quelle séquence d’acides aminés et n’est pas limité à des acides aminés particuliers. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend un acide aminé glycine (G) ou plus et/ou un acide aminé sérine (S) ou plus. Dans certains modes de réalisation, un lieur comporte des acides aminés sélectionnés sur la base d’un prédicteur de clivage pour générer des lieurs hautement clivables.A linker may include any amino acid sequence and is not limited to particular amino acids. In some embodiments, a linker comprises one or more glycine (G) amino acids and/or one or more serine (S) amino acids. In some embodiments, a linker comprises amino acids selected based on a cleavage predictor to generate highly cleavable linkers.
Dans certains modes de réalisation, un lieur décrit ici est un lieur rigide. Dans certains modes de réalisation, un lieur rigide comprend un ou plusieurs résidus Pro. Dans certains modes de réalisation, un lieur rigide comprend une ou plusieurs répétitions d’un motif PA, éventuellement lorsque le motif PA est répété pour atteindre une longueur totale de 10 à 40 acides aminés, 10 à 30 acides aminés, 10 à 20 acides aminés, 25 à 30 acides aminés, environ 5 acides aminés, environ 10 acides aminés ou environ 20 acides aminés.In some embodiments, a linker described herein is a rigid linker. In some embodiments, a rigid linker comprises one or more Pro residues. In some embodiments, a rigid linker comprises one or more repeats of a PA motif, optionally where the PA motif is repeated to achieve a total length of 10-40 amino acids, 10-30 amino acids, 10-20 amino acids, 25-30 amino acids, about 5 amino acids, about 10 amino acids, or about 20 amino acids.
Dans certains modes de réalisation, un lieur décrit ici est un lieur hélicoïdal. Dans certains modes de réalisation, un lieur hélicoïdal comprend une séquence d’acides aminés de AEAAAKEAAAKA, AEAAAKEAAAKEAAAKA, AEAAAKEAAAKEAAAKEAAAKA ou AEAAAKEAAAKEAAAKEAAAKEAAAKA, ou des séquences comprenant 1, 2, 3, 4 ou 5 modifications d’acides aminés à ces dernières.In some embodiments, a linker described herein is a helical linker. In some embodiments, a helical linker comprises an amino acid sequence of AEAAAKEAAAKA, AEAAAKEAAAKEAAAKA, AEAAAKEAAAKEAAAKEAAAKA or AEAAAKEAAAKEAAAKEAAAKEAAAKA, or sequences comprising 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid modifications thereto.
Dans certains modes de réalisation, un lieur est ou comprend S-G4-S-G4-S (SEQ ID NO : 99). Dans certains modes de réalisation, un lieur est ou comprend GSPGSGSGS (SEQ ID NO : 100). Dans certains modes de réalisation, un lieur est ou comprend GGSGGGGSGG (SEQ ID NO : 101). Dans certains modes de réalisation, un lieur est ou comprend GSGSGS (SEQ ID NO : 102). Dans certains modes de réalisation, un lieur est celui présenté dansle tableau 5. Dans certains modes de réalisation, un lieur est ou comprend une séquence telle que définie dans WO2017/081082, qui est incorporée ici par référence dans son intégralité (voir SEQ ID NO : 1509-1565, ou un fragment ou une variante de celle-ci).In some embodiments, a linker is or comprises SG4 -SG4 -S (SEQ ID NO: 99). In some embodiments, a linker is or comprises GSPGSGSGS (SEQ ID NO: 100). In some embodiments, a linker is or comprises GGSGGGGSGG (SEQ ID NO: 101). In some embodiments, a linker is or comprises GSGSGS (SEQ ID NO: 102). In some embodiments, a linker is as shown inTable 5. In some embodiments, a linker is or comprises a sequence as defined in WO2017/081082, which is incorporated herein by reference in its entirety (see SEQ ID NO: 1509-1565, or a fragment or variant thereof).
Dans certains modes de réalisation, une construction de SARS-CoV-2 décrite ici comprend un lieur entre une région C-terminale ou un fragment de celle-ci et une région transmembranaire.In some embodiments, a SARS-CoV-2 construct described herein comprises a linker between a C-terminal region or fragment thereof and a transmembrane region.
Des exemples de lieurs sont fournis dans letableau 5suivant :
Examples of linkers are provided in the followingTable 5 :
Tableau 5 :Exemples de lieur
Dans un mode de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) code pour un polypeptide comprenant (i) un RBD, un domaine S1 tronqué, et/ou un NTD, ou un variant de celui-ci et (ii) un ou plusieurs épitopes de cellules T d’un virus SARS-CoV-2 (par exemple, comme illustré dans la
Dans certains modes de réalisation, l’un ou les plusieurs épitopes de cellules T sont dérivés d’une protéine de SARS-CoV-2 qui n’est pas une protéine S de SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, l’un ou les plusieurs épitopes de cellules T sont dérivés d’une ou de plusieurs protéines du SARS-CoV-2 qui ne sont pas une protéine S du SARS-CoV-2 et qui se sont précédemment avérées être conservées et/ou comprendre un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, the one or more T cell epitopes are derived from a SARS-CoV-2 protein that is not a SARS-CoV-2 S protein. In some embodiments, the one or more T cell epitopes are derived from one or more SARS-CoV-2 proteins that are not a SARS-CoV-2 S protein and have previously been shown to be conserved and/or comprise a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un ou plusieurs peptides (par exemple, des peptides comprenant moins de 50, 40, 30, 20, 10 ou environ 10, environ 15, environ 20, environ 25, environ 30, environ 35, environ 40, environ 45 ou environ 50 acides aminés) qui se sont avérés précédemment comprendre un épitope de cellule T.In some embodiments, a polypeptide comprises one or more peptides (e.g., peptides comprising less than 50, 40, 30, 20, 10 or about 10, about 15, about 20, about 25, about 30, about 35, about 40, about 45 or about 50 amino acids) that have previously been shown to comprise a T cell epitope.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une ou plusieurs protéines parmi une protéine de nucléocapside (N) du SARS-CoV-2, une protéine NS9b, une protéine membranaire (M), une protéine ORF1ab, une protéine ORF3a, une protéine ORF9b ou NSP1-4, ou toute combinaison de celles-ci, ou un fragment de celui-ci qui s’est avéré précédemment inclure un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and one or more of a SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein, an NS9b protein, a membrane (M) protein, an ORF1ab protein, an ORF3a protein, an ORF9b or NSP1-4 protein, or any combination thereof, or a fragment thereof that has previously been shown to include a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une protéine de nucléocapside (N) du SARS-CoV-2 ou une région de celle-ci qui contient un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and a SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein or a region thereof that contains a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une protéine NS9b du SARS-CoV-2 ou une région de celle-ci qui contient un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and a SARS-CoV-2 NS9b protein or a region thereof that contains a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une protéine membranaire (M) du SARS-CoV-2 ou une région de celle-ci qui contient un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and a SARS-CoV-2 membrane (M) protein or region thereof that contains a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une protéine ORF1ab du SARS-CoV-2 ou une région de celle-ci qui contient un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and a SARS-CoV-2 ORF1ab protein or a region thereof that contains a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une protéine ORF3adu SARS-CoV-2 ou une région de celle-ci qui contient un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and a SARS-CoV-2 ORF3a protein or a region thereof that contains a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une protéine ORF9b du SARS-CoV-2 ou une région de celle-ci qui contient un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and a SARS-CoV-2 ORF9b protein or a region thereof that contains a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un NTD, un RBD et/ou un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et une protéine NSP1-4 du SARS-CoV-2 ou une région de celle-ci qui contient un certain nombre d’épitopes de cellules T.In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and a SARS-CoV-2 NSP1-4 protein or a region thereof that contains a number of T cell epitopes.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un sous-domaine NTD, RBD et/ou S1 tronqué ou un variant de ceux-ci et :In some embodiments, a polypeptide comprises a truncated NTD, RBD and/or S1 subdomain or a variant thereof and:
(i) une protéine N, une ou plusieurs régions de celle-ci, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de celle-ci et une protéine NS9b, une ou plusieurs régions de celle-ci, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de celle-ci ;(i) an N protein, one or more regions thereof, and/or one or more T cell epitopes thereof and an NS9b protein, one or more regions thereof, and/or one or more T cell epitopes thereof;
(ii) une protéine N, une ou plusieurs régions de celle-ci, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de celle-ci et une protéine M, une ou plusieurs régions de celle-ci, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de celle-ci ;(ii) an N protein, one or more regions thereof, and/or one or more T cell epitopes thereof and an M protein, one or more regions thereof, and/or one or more T cell epitopes thereof;
(iii) une protéine N, une protéine M et une protéine NS9b, ou une ou plusieurs régions, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de l’un quelconque des éléments précédents ;(iii) an N protein, an M protein and an NS9b protein, or one or more regions, and/or one or more T cell epitopes of any of the foregoing;
(iv) une protéine M, une protéine NSP2, NSP3, NSP1 et une protéine N, ou une ou plusieurs régions, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de l’un quelconque des éléments précédents ;(iv) an M protein, an NSP2, NSP3, NSP1 protein and an N protein, or one or more regions, and/or one or more T cell epitopes of any of the foregoing;
(v) une protéine NSP2, NSP1, NSP3, une protéine N, une protéine NSP4 et une protéine M, ou une ou plusieurs régions, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de l’un quelconque des éléments précédents ;(v) an NSP2, NSP1, NSP3, N protein, N protein, NSP4 protein and M protein, or one or more regions, and/or one or more T cell epitopes of any of the foregoing;
(vi) une protéine N, NSP1, NSP2, NSP3 et NSP4, ou une ou plusieurs régions, et/ou un ou plusieurs épitopes de cellules T de l’un quelconque des éléments précédents.(vi) an N protein, NSP1, NSP2, NSP3 and NSP4, or one or more regions, and/or one or more T cell epitopes of any of the foregoing.
Dans certains modes de réalisation, l’une ou les plusieurs régions d’une protéine SARS-CoV-2 qui n’est pas une protéine de SARS-CoV-2 et comprend un certain nombre d’épitopes de cellules T, et/ou l’un ou les plusieurs peptides comprenant un ou plusieurs épitopes de cellules T sont l’un de ceux décrits dans WO2021188969 ou WO2023049272A1, dont l’intégralité du contenu est incorporée par référence dans la présente description dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, un ARN (par exemple, un ARNm) code pour un polypeptide comprenant (i) un RBD et/ou un NTD, et/ou un sous-domaine S1 tronqué (par exemple, un polypeptide décrit ici, avec ou sans domaine transmembranaire ou domaine C-terminal qui peut être présent), et (ii) un polypeptide décrit dans WO2021188969 (par exemple, un polypeptide comprenant l’une quelconque des SEQ ID NO : RS C1p1full, RS C2p1full, RS C3p1full, RS C4p1full, RS C5p1full, RS C5p2, RS C5p2full, RS C6p1full, RS C6p2full, RS C6p2, RS C7p1full, RS C7p2, RS C8p1full, RS C8p2 ou RS C8p2full de WO2021/188969).In some embodiments, the one or more regions of a SARS-CoV-2 protein that is not a SARS-CoV-2 protein and comprises a number of T cell epitopes, and/or the one or more peptides comprising one or more T cell epitopes are one of those described in WO2021188969 or WO2023049272A1, the entire contents of which are incorporated by reference into this disclosure in their entirety. In some embodiments, an RNA (e.g., an mRNA) encodes a polypeptide comprising (i) an RBD and/or an NTD, and/or a truncated S1 subdomain (e.g., a polypeptide described herein, with or without a transmembrane domain or C-terminal domain that may be present), and (ii) a polypeptide described in WO2021188969 (e.g., a polypeptide comprising any of SEQ ID NOs: RS C1p1full, RS C2p1full, RS C3p1full, RS C4p1full, RS C5p1full, RS C5p2, RS C5p2full, RS C6p1full, RS C6p2full, RS C6p2, RS C7p1full, RS C7p2, RS C8p1full, RS C8p2, or RS C8p2full of WO2021/188969).
Des exemples de conceptions de polypeptides comprenant un polypeptide RBD attaché à des antigènes de cellules T supplémentaires sont présentés dans la
Dans de nombreux modes de réalisation, les compositions pharmaceutiques fournies (par exemple, les compositions immunogènes, par exemple, les vaccins) délivrent des antigènes tels que décrits ici en délivrant une construction d’acide nucléique,par exemple,dans de nombreux modes de réalisation, un ARN qui code pour un antigène ou plus tel que décrit ici et est exprimé chez le sujet lors de l’administration de la composition pharmaceutique (par exemple,la composition immunogène,par exemple,le vaccin).In many embodiments, the provided pharmaceutical compositions (e.g., immunogenic compositions, e.g., vaccines) deliver antigens as described herein by delivering a nucleic acid construct,e.g., in many embodiments, an RNA that encodes one or more antigens as described herein and is expressed in the subject upon administration of the pharmaceutical composition (e.g., immunogenic composition,e.g., vaccine).
La présente invention englobe, entre autres, la reconnaissance que l’administration d’acide nucléique, et en particulier d’ARN pour obtenir la délivrance (par exemple,par expression) d’antigène codé peut fournir une variété d’avantages par rapport à d’autres stratégies d’immunisation contre une infection par le SARS-CoV-2.The present invention encompasses, among other things, the recognition that administering nucleic acid, and in particular RNA to achieve delivery (e.g., by expression) of encoded antigen may provide a variety of advantages over other immunization strategies against SARS-CoV-2 infection.
La présente invention donne, entre autres, un aperçu selon lequel l’ARN peut être particulièrement utile et/ou efficace en tant qu’agent actif dans des compositions pharmaceutiques (par exemple, des compositions immunogènes, par exemple, des vaccins contre le SARS-CoV-2) pour diverses raisons, y compris spécifiquement le fait que l’ARN peut avoir une adjuvanticité intrinsèque. Comme indiqué ici, la capacité à induire des titres d’anticorps très élevés contre les protéines du SARS-CoV-2,par exemple,en particulier les antigènes du SARS-CoV-2 associés à un variant préoccupant avec un potentiel d’échappement immunitaire élevé.The present invention provides, among other things, insight that RNA may be particularly useful and/or effective as an active agent in pharmaceutical compositions (e.g., immunogenic compositions, e.g., SARS-CoV-2 vaccines) for various reasons, including specifically that RNA may have intrinsic adjuvanticity. As noted herein, the ability to induce very high antibody titers against SARS-CoV-2 proteins,e.g., particularly SARS-CoV-2 antigens associated with a variant of concern with high immune escape potential.
De plus, l’expérience avec les vaccins contre le SARS-CoV-2 a démontré que l’ARN actif peut également provoquer des réponses importantes et diverses des cellules T qui, en particulier lorsqu’elles sont combinées à une forte réponse des anticorps, représentent une combinaison de caractéristiques immunitaires censées maximiser potentiellement la probabilité de protection.Furthermore, experience with SARS-CoV-2 vaccines has demonstrated that active RNA can also elicit large and diverse T cell responses which, particularly when combined with a strong antibody response, represent a combination of immune features thought to potentially maximize the likelihood of protection.
Exemples de caractéristiques des polyribonucléotidesExamples of characteristics of polyribonucleotides
Les polyribonucléotides décrits ici codent pour une construction de SARS-CoV-2 ou plus décrites ici. Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides décrits ici peuvent comprendre une séquence nucléotidique qui code pour un 5’UTR d’intérêt et/ou un 3’ UTR d’intérêt. Dans certains modes de réalisation, les polynucléotides décrits ici peuvent comprendre une séquence nucléotidique qui code pour une queue polyA. Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides décrits ici peuvent comprendre une coiffe en 5’, qui peut être incorporée pendant la transcription, ou jointe à un polyribonucléotide après la transcription.The polyribonucleotides described herein encode one or more SARS-CoV-2 constructs described herein. In some embodiments, the polyribonucleotides described herein may comprise a nucleotide sequence that encodes a 5’UTR of interest and/or a 3’UTR of interest. In some embodiments, the polynucleotides described herein may comprise a nucleotide sequence that encodes a polyA tail. In some embodiments, the polyribonucleotides described herein may comprise a 5’ cap, which may be incorporated during transcription, or joined to a polyribonucleotide after transcription.
Une caractéristique structurelle des ARNm est la structure de la coiffe à l’extrémité cinq-prime (5’). L’ARNm eucaryote naturel comprend une coiffe 7-méthylguanosine liée à l’ARNm via un pont 5’ à 5’-triphosphate résultant en une structure coiffe0 (m7GpppN). Dans la plupart des ARNm eucaryotes et certains ARNm viraux, d’autres modifications peuvent se produire au niveau du groupe 2’-hydroxy (2’-OH) (par exemple, le groupe 2’-hydroxyle peut être méthylé pour former 2’-O-Me) du premier nucléotide et des suivants produisant respectivement les extrémités cinq-prime « coiffe1 » et « coiffe2 »). Diamond, et al., (2014)Cytokine & growth Factor Reviews, 25:543–550, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité, a rapporté que la coiffe0 ARNm ne peut pas être traduit aussi efficacement que le coiffe1 ARNm dans lequel le rôle de 2’-O-Me dans la position pénultième à l’extrémité 5’ de l’ARNm est déterminant. Il a été démontré que l’absence de 2’-O-met déclenche l’immunité innée et active la réponse IFN. Daffis, et al. (2010)Nature, 468:452 à 456 ; et Züst et al. (2011)Nature Immunology, 12:137 à 143, chacun d’entre eux étant incorporé ici par référence dans son intégralité.A structural feature of mRNAs is the cap structure at the five-prime (5') end. Natural eukaryotic mRNA includes a 7-methylguanosine cap linked to the mRNA via a 5' to 5'-triphosphate bridge resulting in a cap0 (m7GpppN) structure. In most eukaryotic mRNAs and some viral mRNAs, further modifications can occur at the 2'-hydroxy (2'-OH) group (e.g. , the 2'-hydroxyl group can be methylated to form 2'-O-Me) of the first and subsequent nucleotides producing the five-prime ends "cap1" and "cap2", respectively. Diamond, et al., (2014)Cytokine & growth Factor Reviews , 25:543–550, which is incorporated herein by reference in its entirety, reported that cap0 mRNA cannot be translated as efficiently as cap1 mRNA in which the role of 2'-O-Me in the penultimate position at the 5' end of the mRNA is critical. The absence of 2'-O-met has been shown to trigger innate immunity and activate the IFN response. Daffis, et al. (2010)Nature , 468:452–456; and Züst et al. (2011)Nature Immunology , 12:137–143, each of which is incorporated herein by reference in its entirety.
Le coiffage de l’ARN est bien étudié et est décrit, par exemple, dans Decroly E et al. (2012) Nature Reviews 10 : 51 à 65 ; et dans Ramanathan A. et al., (2016) Nucleic Acids Res ; 44(16) : 7511 à 7526, dont l’intégralité du contenu est incorporée par référence dans la présente. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe en 5’ qui peut être appropriée dans le contexte de la présente invention est une coiffe0 (méthylation de la première nucléobase, par exemple m7GpppN), coiffe1 (méthylation supplémentaire du ribose du nucléotide adjacent de m7GpppN), coiffe2 (méthylation supplémentaire du ribose du 2ème nucléotide en aval du m7GpppN), coiffe3 (méthylation supplémentaire du ribose du 3ème nucléotide en aval du m7GpppN), coiffe4 (méthylation supplémentaire du ribose du 4ème nucléotide en aval du m7GpppN), ARCA (« analogue de coiffe anti-inverse »), ARCA modifié (par exemple ARCA modifié par phosphothioate), inosine, N1-méthyl-guanosine, 2’-fluoro-guanosine, 7-déaza-guanosine, 8-oxo-guanosine, 2-amino-guanosine, LNA-guanosine et 2-azido-guanosine.RNA capping is well studied and is described, for example, in Decroly E et al. (2012) Nature Reviews 10:51-65; and in Ramanathan A. et al., (2016) Nucleic Acids Res; 44(16):7511-7526, the entire contents of which are incorporated by reference herein. For example, in some embodiments, a 5' cap structure that may be suitable in the context of the present invention is a cap0 (methylation of the first nucleobase, e.g., m7GpppN), cap1 (additional methylation of the ribose of the adjacent nucleotide of m7GpppN), cap2 (additional methylation of the ribose of the 2nd nucleotide downstream of m7GpppN), cap3 (additional methylation of the ribose of the 3rd nucleotide downstream of m7GpppN), cap4 (additional methylation of the ribose of the 4th nucleotide downstream of m7GpppN), ARCA ("anti-reverse cap analog"), modified ARCA (e.g., phosphothioate-modified ARCA), inosine, N1-methyl-guanosine, 2'-fluoro-guanosine, 7-deaza-guanosine, 8-oxo-guanosine, 2-amino-guanosine, LNA-guanosine and 2-azido-guanosine.
Le terme « coiffe en 5’ » tel qu’utilisé ici fait référence à une structure trouvée à l’extrémité 5’ d’un ARN,par exemple, l’ARNm, et comporte généralement un nucléotide de guanosine relié à un ARN,par exemple, l’ARNm, via une liaison 5’- à 5’-triphosphate (également appelée Gppp ou G(5’)ppp(5’)). Dans certains modes de réalisation, un nucléoside de guanosine inclus dans une coiffe en 5’ peut être modifié, par exemple, par méthylation à une ou plusieurs positions (par exemple, à la position 7) sur une base (guanine), et/ou par méthylation à une ou plusieurs positions d’un ribose. Dans certains modes de réalisation, un nucléoside de guanosine inclus dans une coiffe en 5’ comprend une méthylation 3’O au niveau d’un ribose (3’OMeG). Dans certains modes de réalisation, un nucléoside de guanosine inclus dans une coiffe en 5’ comprend une méthylation en position 7 de la guanine (m7G). Dans certains modes de réalisation, un nucléoside de guanosine inclus dans une coiffe en 5’ comprend une méthylation en position 7 de la guanine et une méthylation 3’ O au niveau d’un ribose (m7(3’OMeG)). Il sera entendu que la notation utilisée dans le paragraphe ci-dessus,par exemple, « (m27,3’-O)G » ou « m7(3’OMeG) », s’applique à d’autres structures décrites ici.The term "5'cap" as used herein refers to a structure found at the 5' end of an RNA,e.g. , mRNA, and generally comprises a guanosine nucleotide connected to an RNA,e.g. , mRNA, via a 5'- to 5'-triphosphate linkage (also referred to as Gppp or G(5')ppp(5')). In some embodiments, a guanosine nucleoside included in a 5' cap may be modified, e.g., by methylation at one or more positions (e.g. , at position 7) on a base (guanine), and/or by methylation at one or more positions of a ribose. In some embodiments, a guanosine nucleoside included in a 5' cap comprises 3'O methylation at a ribose (3'OMeG). In some embodiments, a guanosine nucleoside included in a 5' cap comprises a methylation at the 7-position of guanine (m7G). In some embodiments, a guanosine nucleoside included in a 5' cap comprises a methylation at the 7-position of guanine and a 3' O methylation at a ribose (m7(3'OMeG)). It will be understood that the notation used in the paragraph above,e.g. , "(m27,3'-O )G" or "m7(3'OMeG)", applies to other structures described herein.
Dans certains modes de réalisation, la fourniture d’un ARN avec une coiffe en 5’ décrite ici peut être obtenue par transcriptionin vitro, dans laquelle une coiffe en 5’ est exprimée de manière co-transcriptionnelle dans un brin d’ARN, ou peut être attachée à un ARN de manière post-transcriptionnelle à l’aide d’enzymes de coiffage. Dans certains modes de réalisation, le coiffage co-transcriptionnel avec une coiffe divulguée améliore l’efficacité de coiffage d’un ARN par rapport au coiffage co-transcriptionnel avec un comparateur de référence approprié. Dans certains modes de réalisation, l’amélioration de l’efficacité de coiffage peut augmenter l’efficacité de traduction et/ou le taux de traduction d’un ARN, et/ou augmenter l’expression d’un polypeptide codé. Dans certains modes de réalisation, les modifications apportées aux polynucléotides génèrent une structure de coiffe non hydrolysable qui peut, par exemple, empêcher le décoiffage et augmenter la demi-vie de l’ARN.In some embodiments, providing an RNA with a 5' cap described herein may be achieved byin vitro transcription, in which a 5' cap is co-transcriptionally expressed in an RNA strand, or may be attached to an RNA post-transcriptionally using capping enzymes. In some embodiments, co-transcriptional capping with a disclosed cap improves the capping efficiency of an RNA relative to co-transcriptional capping with a suitable reference comparator. In some embodiments, the improved capping efficiency may increase the translation efficiency and/or translation rate of an RNA, and/or increase the expression of an encoded polypeptide. In some embodiments, the modifications to the polynucleotides generate a non-hydrolyzable cap structure that may, for example, prevent decapping and increase the half-life of the RNA.
Dans certains modes de réalisation, une coiffe en 5’ utilisée est une structure coiffe0, coiffe1 ou coiffe2.Voir, par exemple, la
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une structure de coiffe0. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe0 comprend un nucléoside de guanosine méthylé en position 7 de la guanine ((m7)G). Dans certains modes de réalisation, une telle structure de coiffe0 est reliée à un ARN via une liaison 5’- à 5’-triphosphate et est également désignée ici par (m7)Gppp. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe0 comprend un nucléoside de guanosine méthylé en position 2’ du ribose de guanosine. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe0 comprend un nucléoside de guanosine méthylé à la position 3’ du ribose de guanine. Dans certains modes de réalisation, un nucléoside de guanosine inclus dans une coiffe en 5’ comprend une méthylation à la position 7 de la guanine et à la position 2’ du ribose ((m27,2’-O)G). Dans certains modes de réalisation, un nucléoside de guanosine inclus dans une coiffe en 5’ comprend une méthylation en position 7 de la guanine et en position 2’ du ribose ((m27,3’-O)G).In some embodiments, an RNA described herein comprises a cap0 structure. In some embodiments, a cap0 structure comprises a guanosine nucleoside methylated at the 7-position of guanine ((m7 )G). In some embodiments, such a cap0 structure is connected to an RNA via a 5'- to 5'-triphosphate linkage and is also referred to herein as (m7 )Gppp. In some embodiments, a cap0 structure comprises a guanosine nucleoside methylated at the 2'-position of the guanosine ribose. In some embodiments, a cap0 structure comprises a guanosine nucleoside methylated at the 3'-position of the guanine ribose. In some embodiments, a guanosine nucleoside included in a 5' cap comprises methylation at the 7-position of guanine and at the 2'-position of ribose ((m27,2'-O )G). In some embodiments, a guanosine nucleoside included in a 5' cap comprises methylation at the 7-position of guanine and at the 2'-position of ribose ((m27,3'-O )G).
Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe1 comprend un nucléoside de guanosine méthylé en position 7 de la guanine ((m7)G) et éventuellement méthylé en position 2’ ou 3’ du ribose, et un premier nucléotide méthylé en 2’O dans un ARN ((m2’-O)N1). Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe1 comprend un nucléoside de guanosine méthylé en position 7 de la guanine ((m7)G) et éventuellement méthylé en position 3’ du ribose, et un premier nucléotide méthylé en 2’O dans un ARN ((m2’-O)N1). Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe1 est reliée à un ARN via une liaison 5’- à 5’-triphosphate et est également désignée ici par exemple par ((m7)Gppp(2’-O)N1) ou (m27,3’-O)Gppp(2’-O)N1), où N1est tel que défini et décrit ici. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe1 comprend un second nucléotide, N2, qui est en position 2 et est choisi parmi A, G, C ou U, par exemple, (m7)Gppp(2’-O)N1pN2ou (m27,3’-O)Gppp(2’-O)N1pN2, où chacun de N1et N2est tel que défini et décrit ici.In some embodiments, a cap structure1 comprises a guanosine nucleoside methylated at the 7-position of guanine ((m7 )G) and optionally methylated at the 2' or 3' position of ribose, and a first nucleotide methylated at the 2'O in an RNA ((m2'-O )N1 ). In some embodiments, a cap structure1 comprises a guanosine nucleoside methylated at the 7-position of guanine ((m7 )G) and optionally methylated at the 3' position of ribose, and a first nucleotide methylated at the 2'O in an RNA ((m2'-O )N1 ). In some embodiments, a cap structure1 is connected to an RNA via a 5'- to 5'-triphosphate linkage and is also referred to herein, for example, as ((m7 )Gppp(2'-O )N1 ) or (m27,3'-O )Gppp(2'-O )N1 ), where N1 is as defined and described herein. In some embodiments, a cap structure1 comprises a second nucleotide, N2 , which is at position 2 and is selected from A, G, C, or U, for example, (m7 )Gppp(2'-O )N1 pN2 or (m27,3'-O )Gppp(2'-O )N1 pN2 , where each of N1 and N2 is as defined and described herein.
Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe2 comprend un nucléoside de guanosine méthylé en position 7 de la guanine ((m7)G) et éventuellement méthylé en position 2’ ou 3’ du ribose, et un premier et un second nucléotides méthylés en 2’O dans un ARN ((m2’-O)N1p(m2’-O)N2). Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe2 comprend un nucléoside de guanosine méthylé en position 7 de la guanine ((m7)G) et en position 3’ du ribose, et un premier et second nucléotide méthylés en 2’O dans un ARN. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe2 est reliée à un ARN via une liaison 5’- à 5’-triphosphate et est également désignée ici par exemple par ((m7)Gppp(2’-O)N1p(2’-O)N2) ou (m27,3’-O)Gppp(2’-O)N1p(2’-O)N2), où chaque N1et N2est défini et décrit ici.In some embodiments, a cap structure2 comprises a guanosine nucleoside methylated at the 7-position of guanine ((m7 )G) and optionally methylated at the 2' or 3' position of ribose, and a first and second nucleotide methylated at the 2'O position in an RNA ((m2'-O )N1 p(m2'-O )N2 ). In some embodiments, a cap structure2 comprises a guanosine nucleoside methylated at the 7-position of guanine ((m7 )G) and at the 3' position of ribose, and a first and second nucleotide methylated at the 2'O position in an RNA. In some embodiments, a cap structure2 is connected to an RNA via a 5'- to 5'-triphosphate linkage and is also referred to herein, for example, as ((m7 )Gppp(2'-O )N1 p(2'-O )N2 ) or (m27,3'-O )Gppp(2'-O )N1 p(2'-O )N2 ), where each N1 and N2 is defined and described herein.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe dinucléotidique. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe dinucléotidique comprenant N1, dans laquelle N1est tel que défini et décrit ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une coiffe dinucléotidique G*N1, dans laquelle N1est tel que défini ci-dessus et dans la présente description, et :
In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap structure. In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap structure comprising N1 , wherein N1 is as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap G*N1 , wherein N1 is as defined above and in this description, and:
G* comprend une structure de formule (I) :
G* comprises a structure of formula (I):
(I)(I)
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
dans laquelle
in which
chaque R2et R3est -OH ou -OCH3; et
each R2 and R3 is -OH or -OCH3 ; and
X est O ou S.X is O or S.
Dans certains modes de réalisation, R2est -OH. Dans certains modes de réalisation, R2est -OCH3. Dans certains modes de réalisation, R3est -OH. Dans certains modes de réalisation, R3est -OCH3. Dans certains modes de réalisation, R2est -OH et R3est -OH. Dans certains modes de réalisation, R2est -OH et R3est -CH3. Dans certains modes de réalisation, R2est -CH3et R3est -OH. Dans certains modes de réalisation, R2est -CH3et R3est -CH3.In some embodiments, R2 is -OH. In some embodiments, R2 is -OCH3 . In some embodiments, R3 is -OH. In some embodiments, R3 is -OCH3 . In some embodiments, R2 is -OH and R3 is -OH. In some embodiments, R2 is -OH and R3 is -CH3 . In some embodiments, R2 is -CH3 and R3 is -OH. In some embodiments, R2 is -CH3 and R3 is -CH3 .
Dans certains modes de réalisation, X est O. Dans certains modes de réalisation, X est S.In some embodiments, X is O. In some embodiments, X is S.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe0 dinucléotidique (par exemple, (m7)GpppN1, (m27,2’-O)GpppN1, (m27,3’-O)GpppN1, (m7)GppSpN1, (m27,2’-O)GppSpN1, ou (m27,3’-O)GppSpN1), où N1est tel que défini et décrit ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe0 dinucléotidique (par exemple, (m7)GpppN1, (m27,2’-O)GpppN1, (m27,3’-O)GpppN1, (m7)GppSpN1, (m27,2’-O)GppSpN1, ou (m27,3’-O)GppSpN1), dans laquelle N1est G. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe0 dinucléotidique (par exemple, (m7)GpppN1, (m27,2’-O)GpppN1, (m27,3’-O)GpppN1, (m7)GppSpN1, (m27,2’-O)GppSpN1, ou (m27,3’-O)GppSpN1), dans laquelle N1est A, U, ou C. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe1 dinucléotidique (par exemple, (m7)Gppp(m2’-O)N1, (m27,2’-O)Gppp(m2’-O)N1, (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)N1, (m7)GppSp(m2’-O)N1, (m27,2’-O)GppSp(m2’-O)N1, ou (m27,3’-O)GppSp(m2’-O)N1), dans laquelle N1est tel que défini et décrit ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est choisie dans le groupe constitué de (m7)GpppG (« Ecoiffe0 »), (m7)Gppp(m2’-O)G (« Ecoiffe »), (m27,3’-O)GpppG (« ARCA » ou « D1 »), et (m27,2’-O)GppSpG (« bêta-S-ARCA »). Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m7)GpppG (« Ecoiffe0 »), ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap structure (e.g. , (m7 )GpppN1 , (m27,2'-O )GpppN 1 , (m27,3'-O )GpppN1 , (m7 )GppSpN1 , (m27,2'-O )GppSpN 1, or (m27,3'-O )GppSpN1 ), where N1 is as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap structure (e.g. , (m7 )GpppN1 , (m27,2'-O )GpppN 1 , (m27,3'-O )GpppN1 , (m7 )GppSpN1 , (m27,2'-O )GppSpN1 , or (m27,3'-O )GppSpN1 ), wherein N1 is G. In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap structure (e.g. , (m7 )GpppN1 , (m27,2'-O )GpppN1 , (m27,3'-O )GpppN1 , (m7 )GppSpN1 , (m27,2'-O )GppSpN1 , or (m27,3'-O )GppSpN1 ), wherein N1 is A, U, or C. In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap1 structure (e.g. , (m7 )Gppp(m2'-O )N1 , (m27,2'-O )Gppp(m2'-O )N1 , (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )N1 , (m7 )GppSp(m2'-O )N1 , (m27,2'-O )GppSp(m2'-O )N1 , or (m27,3'-O )GppSp(m2'-O )N1 ), wherein N1 is as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is selected from the group consisting of (m7 )GpppG (“EcoCap0”), (m7 )Gppp(m2'-O )G (“EcoCap”), (m27,3'-O )GpppG (“ARCA” or “D1”), and (m27,2'-O )GppSpG (“beta-S-ARCA”). In some embodiments, the 5' cap is (m7 )GpppG (“EcoCap0”), having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m7)Gppp(m2’-O)G (“Ecoiffe1 »), ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m7 )Gppp(m2'-O )G (“Cap1”), having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m27,3’-O)GpppG (« ARCA » or « D1 »), ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m27,3'-O )GpppG (“ARCA” or “D1”), having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m27,2’-O)GppSpG (« bêta-S-ARCA »), ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m27,2'-O )GppSpG (“beta-S-ARCA”), having a structure:
ou un sel de celle-ci.etor a salt thereof.and
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe trinucléotidique. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe trinucléotidique comprenant N1pN2, dans laquelle N1et N2sont tels que définis et décrits ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une coiffe dinucléotidique G*N1pN2,dans laquelle N1et N2sont tels que définis ci-dessus et dans la présente description, et :
In some embodiments, the 5' cap is a trinucleotide cap structure. In some embodiments, the 5' cap is a trinucleotide cap structure comprising N1 pN2 , wherein N1 and N2 are as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap G*N1 pN2 , wherein N1 and N2 are as defined above and in this description, and:
G* comprend une structure de formule (I) :
G* comprises a structure of formula (I):
(I)
(I)
ou un sel de celle-ci, dans laquelle R2, R3, et X sont tels que définis et décrits ici.or a salt thereof, wherein R2 , R3 , and X are as defined and described herein.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe0 trinucléotidique (par exemple(m7)GpppN1pN2, (m27,2’-O)GpppN1pN2, ou (m27,3’-O)GpppN1pN2), ans laquelle N1et N2sont tels que définis et décrits ici). Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe1 trinucléotidique (par exemple, (m7)Gppp(m2’-O)N1pN2, (m27,2’-O)Gppp(m2’-O)N1pN2, (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)N1pN2), dans laquelle N1et N2sont tels que définis et décrits ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe2 trinucléotidique (par exemple, (m7)Gppp(m2’-O)N1p(m2’-O)N2, (m27,2’-O)Gppp(m2’-O)N1p(m2’-O)N2, (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)N1p(m2’-O)N2), dans laquelle N1et N2sont tels que définis et décrits ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est choisie dans le groupe constitué de (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)ApG (“CleanCap AG”, “CC413”), (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)GpG (“CleanCap GG”), (m7)Gppp(m2’-O)ApG, (m7)Gppp(m2’-O)GpG, (m27,3’-O)Gppp(m26,2’-O)ApG, et (m7)Gppp(m2’-O)ApU.In some embodiments, the 5' cap is a trinucleotide cap structure (e.g. , (m7 )GpppN1 pN2 , (m27,2'-O )GpppN1 pN2 , or (m27,3'-O )GpppN1 pN2 ), wherein N1 and N2 are as defined and described herein). In some embodiments, the 5' cap is a trinucleotide cap1 structure (e.g. , (m7 )Gppp(m2'-O )N1 pN2 , (m27,2'-O )Gppp(m2'-O )N1 pN2 , (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )N1 pN2 ), wherein N1 and N2 are as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is a trinucleotide cap2 structure (e.g. , (m7 )Gppp(m2'-O )N1 p(m2'-O )N2 , (m27,2'-O )Gppp(m2'-O )N1 p(m2'-O )N2 , (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )N1 p(m2'-O )N2 ), wherein N1 and N2 are as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is selected from the group consisting of (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )ApG (“CleanCap AG”, “CC413”), (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )GpG (“CleanCap GG”), (m7 )Gppp(m2'-O )ApG, (m7 )Gppp(m2'-O )GpG, (m27,3'-O )Gppp(m26,2'-O )ApG, and (m7 )Gppp(m2'-O )ApU.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)ApG (« CleanCap AG », « CC413 »), ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )ApG (“CleanCap AG”, “CC413”), having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)GpG (« CleanCap GG »), ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )GpG (“CleanCap GG”), having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m7)Gppp(m2’-O)ApG, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m7 )Gppp(m2'-O )ApG, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m7)Gppp(m2’-O)GpG, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m7 )Gppp(m2'-O )GpG, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m27,3’-O)Gppp(m26,2’-O)ApG, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m27,3'-O )Gppp(m26,2'-O )ApG, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m7)Gppp(m2’-O)ApU, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m7 )Gppp(m2'-O )ApU, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe tétranucléotidique. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe tétranucléotidique comprenant N1pN2pN3, dans laquelle N1, N2, et N3sont tels que définis et décrits ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe 5’ est une coiffe tétranucléotidique G*N1pN2pN3, où N1, N2, et N3sont tels que définis et décrits ici, et :
In some embodiments, the 5' cap is a tetranucleotide cap structure. In some embodiments, the 5' cap is a tetranucleotide cap structure comprising N1 pN2 pN3 , wherein N1 , N2 , and N3 are as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is a tetranucleotide cap G*N1 pN2 pN3 , wherein N1 , N2 , and N3 are as defined and described herein, and:
G* comprend une structure de formule (I) :
G* comprises a structure of formula (I):
(I)
(I)
ou un sel de celui-ci, dans laquelle R2, R3, et X sont tels que définis et décrits ici.or a salt thereof, wherein R2 , R3 , and X are as defined and described herein.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe0 tétranucléotidique (par exemple(m7)GpppN1pN2pN3, (m27,2’-O)GpppN1pN2pN3, ou (m27,3’-O)GpppN1N2pN3), dans laquelle N1, N2, et N3sont tels que définis et décrits ici). Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe1 tétranucléotidique (par exemple, (m7)Gppp(m2’-O)N1pN2pN3, (m27,2’-O)Gppp(m2’-O)N1pN2pN3, (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)N1pN2N3), dans laquelle N1, N2, et N3sont tels que décrits et définis ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe2 tétranucléotidiquepar exemple(m7)Gppp(m2’-O)N1p(m2’-O)N2pN3, (m27,2’-O)Gppp(m2’-O)N1p(m2’-O)N2pN3, (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)N1p(m2’-O)N2pN3), dans laquelle N1, N2, et N3sont tels que définis et décrits ici. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est choisie dans le groupe constitué de (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)Ap(m2’-O)GpG, (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)Gp(m2’-O)GpC, (m7)Gppp(m2’-O)Ap(m2’-O)UpA, et (m7)Gppp(m2’-O)Ap(m2’-O)GpG.In some embodiments, the 5' cap is a tetranucleotide cap structure (e.g. , (m7 )GpppN1 pN2 pN3 , (m27,2'-O )GpppN1 pN2 pN3 , or (m27,3'-O )GpppN1 N2 pN3 ), wherein N1 , N2 , and N3 are as defined and described herein). In some embodiments, the 5' cap is a tetranucleotide cap1 structure (e.g. , (m7 )Gppp(m2'-O )N1 pN2 pN3 , (m27,2'-O )Gppp(m2'-O )N1 pN2 pN3 , (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )N1 pN2 N3 ), wherein N1 , N2 , and N3 are as described and defined herein. In some embodiments, the 5' cap is a tetranucleotide cap structuree.g., (m7 )Gppp(m2'-O )N1 p(m2'-O )N2 pN3 , (m27,2'-O )Gppp(m2'-O )N1 p(m2'-O )N2 pN3 , (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )N1 p(m2'-O )N2 pN3 ), wherein N1 , N2 , and N3 are as defined and described herein. In some embodiments, the 5' cap is selected from the group consisting of (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )Ap(m2'-O )GpG, (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )Gp(m2'-O )GpC, (m7 )Gppp(m2'-O )Ap(m2'-O )UpA, and (m7 )Gppp(m2'-O )Ap(m2'-O )GpG.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)Ap(m2’-O)GpG, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )Ap(m2'-O )GpG, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m27,3’-O)Gppp(m2’-O)Gp(m2’-O)GpC, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m27,3'-O )Gppp(m2'-O )Gp(m2'-O )GpC, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m7)Gppp(m2’-O)Ap(m2’-O)UpA, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m7 )Gppp(m2'-O )Ap(m2'-O )UpA, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est (m7)Gppp(m2’-O)Ap(m2’-O)GpG, ayant une structure :
In some embodiments, the 5' cap is (m7 )Gppp(m2'-O )Ap(m2'-O )GpG, having a structure:
ou un sel de celle-ci.or a salt thereof.
Dans certains modes de réalisation, une 5’ UTR utilisée conformément à la présente invention comprend une séquence proximale de coiffe,par exemple, telle que décrite ici. Dans certains modes de réalisation, une séquence proximale de coiffe comprend une séquence adjacente à une coiffe en 5’. Dans certains modes de réalisation, une séquence proximale de coiffe comprend des nucléotides dans les positions +1, +2, +3, +4 et/ou +5 d’un polynucléotide d’ARN.In some embodiments, a 5' UTR used in accordance with the present invention comprises a cap-proximal sequence,e.g. , as described herein. In some embodiments, a cap-proximal sequence comprises a sequence adjacent to a 5' cap. In some embodiments, a cap-proximal sequence comprises nucleotides in positions +1, +2, +3, +4, and/or +5 of an RNA polynucleotide.
Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe comprend un ou plusieurs polynucléotides d’une séquence proximale de coiffe. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe comprend une coiffe de guanosine m7et un nucléotide +1 (N1) d’un polynucléotide d’ARN. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe comprend une coiffe de guanosine m7et un nucléotide +2 (N2) d’un polynucléotide d’ARN. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe comprend une coiffe de guanosine m7et des nucléotides +1 et +2 (N1et N2) d’un polynucléotide d’ARN. Dans certains modes de réalisation, une structure de coiffe comprend une coiffe de guanosine m7et des nucléotides +1, +2, et +3 (N1, N2, et N3) d’un polynucléotide d’ARN.In some embodiments, a cap structure comprises one or more polynucleotides of a cap-proximal sequence. In some embodiments, a cap structure comprises a guanosine m7 cap and a +1 nucleotide (N1 ) of an RNA polynucleotide. In some embodiments, a cap structure comprises a guanosine m7 cap and a +2 nucleotide (N2 ) of an RNA polynucleotide. In some embodiments, a cap structure comprises a guanosine m7 cap and nucleotides +1 and +2 (N1 and N2 ) of an RNA polynucleotide. In some embodiments, a cap structure comprises a guanosine m7 cap and nucleotides +1, +2, and +3 (N1 , N2 , and N3 ) of an RNA polynucleotide.
L’homme du métier, à la lecture de la présente invention, se rendra compte que, dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs résidus d’une séquence proximale de coiffe (par exemple, un ou plusieurs des résidus +1, +2, +3, +4 et/ou +5) peuvent être inclus dans un ARN du fait d’avoir été inclus dans une entité de coiffe (par exemple, une structure de coiffe1 ou de coiffe2, etc.) ; en variante, dans certains modes de réalisation, au moins certains des résidus dans une séquence proximale de coiffe peuvent être ajoutés par voie enzymatique (par exemple, par une polymérase telle qu’une T7 polymérase). Par exemple, dans certains modes de réalisation illustrés où une coiffe m27,3’-OGppp(m12’-O)ApG est utilisée, +1 (c’est-à-dire, N1) et +2 (c’est-à-dire, N2) sont les résidus (m12’-O)A et G de la coiffe, et +3, +4, et +5 sont ajoutés par polymérase (par exemple, T7 polymérase).Those skilled in the art, upon reading the present invention, will appreciate that, in some embodiments, one or more residues of a cap-proximal sequence (e.g. , one or more of residues +1, +2, +3, +4 and/or +5) may be included in an RNA by virtue of having been included in a cap entity (e.g. , a cap1 or cap2 structure, etc.); alternatively, in some embodiments, at least some of the residues in a cap-proximal sequence may be added enzymatically (e.g. , by a polymerase such as a T7 polymerase). For example, in some illustrated embodiments where an m27,3'-O Gppp(m12'-O )ApG cap is used, +1 (i.e., N1 ) and +2 (i.e., N2 ) are the (m12'-O )A and G residues of the cap, and +3, +4, and +5 are added by polymerase (e.g. , T7 polymerase).
Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe dinucléotidique, dans laquelle la séquence proximale de coiffe comprend N1de la coiffe en 5’, où N1est un nucléotide quelconque,par exempleA, C, G ou U. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe trinucléotidique (par exemple, les structures de coiffe trinucléotidiques décrites ci-dessus et dans la présente invention), dans laquelle la séquence proximale de coiffe comprend N1et N2de la coiffe en 5’, dans laquelle N1et N2sont indépendamment un nucléotide quelconque,par exempleA, C, G ou U. Dans certains modes de réalisation, la coiffe en 5’ est une structure de coiffe tétranucléotidique (par exemple, les structures de coiffe trinucléotidiques décrites ci-dessus et dans la présente invention), dans laquelle la séquence proximale de coiffe comprend N1, N2et N3de la coiffe en 5’, dans laquelle N1, N2et N3sont un nucléotide quelconque,par exempleA, C, G ou U.In some embodiments, the 5' cap is a dinucleotide cap structure, wherein the cap-proximal sequence comprises N1 of the 5' cap, where N1 is any nucleotide,e.g., A, C, G, or U. In some embodiments, the 5' cap is a trinucleotide cap structure (e.g. , the trinucleotide cap structures described above and herein), wherein the cap-proximal sequence comprises N1 and N2 of the 5' cap, where N1 and N2 are independently any nucleotide,e.g. , A, C, G, or U. In some embodiments, the 5' cap is a tetranucleotide cap structure (e.g. , the trinucleotide cap structures described above and herein), wherein the cap-proximal sequence comprises N1 , N2 , and N3 of the 5' cap, in which N1 , N2 and N3 are any nucleotide,for example A, C, G or U.
Dans certains modes de réalisation,par exemple, lorsque la coiffe en 5’ est une structure de coiffe dinucléotidique, une séquence proximale de coiffe comprend N1de la coiffe en 5’, et N2, N3, N4et N5, dans laquelle N1à N5correspondent aux positions +1, +2, +3, +4 et/ou +5 d’un polynucléotide d’ARN. Dans certains modes de réalisation, parexemple, lorsque la coiffe en 5’ est une structure de coiffe trinucléotidique, une séquence proximale de coiffe comprend N1et N2d’une coiffe en 5’, et N3, N4et N5, dans laquelle N1à N5correspondent aux positions +1, +2, +3, +4, et/ou +5 d’un polynucléotide d’ARN. Dans certains modes de réalisation,par exemple, lorsque la coiffe en 5’ est une structure de coiffe tétranucléotidique, une séquence proximale de coiffe comprend N1et N2et N3de la coiffe en 5’, N4et N5, dans laquelle N1à N5correspondent aux positions +1, +2, +3, +4 et/ou +5 d’un polynucléotide d’ARN.In some embodiments,for example , when the 5' cap is a dinucleotide cap structure, a cap-proximal sequence comprises N1 of the 5' cap, and N2 , N3 , N4 and N5 , wherein N1 to N5 correspond to positions +1, +2, +3, +4 and/or +5 of an RNA polynucleotide. In some embodiments, forexample , when the 5' cap is a trinucleotide cap structure, a cap-proximal sequence comprises N1 and N2 of a 5' cap, and N3 , N4 and N5 , wherein N1 to N5 correspond to positions +1, +2, +3, +4, and/or +5 of an RNA polynucleotide. In some embodiments,for example , when the 5' cap is a tetranucleotide cap structure, a cap proximal sequence comprises N1 and N2 and N3 of the 5' cap, N4 and N5 , wherein N1 to N5 correspond to positions +1, +2, +3, +4 and/or +5 of an RNA polynucleotide.
Dans certains modes de réalisation, N1est A. Dans certains modes de réalisation, N1est C. Dans certains modes de réalisation, N1est G. Dans certains modes de réalisation, N1est U. Dans certains modes de réalisation, N2est A. Dans certains modes de réalisation, N2est C. Dans certains modes de réalisation, N2est G. Dans certains modes de réalisation, N2est U. Dans certains modes de réalisation, N3est A. Dans certains modes de réalisation, N3est C. Dans certains modes de réalisation, N3est G. Dans certains modes de réalisation, N3est U. Dans certains modes de réalisation, N4est A. Dans certains modes de réalisation, N4est C. Dans certains modes de réalisation, N4est G. Dans certains modes de réalisation, N4est U. Dans certains modes de réalisation, N5est A. Dans certains modes de réalisation, N5est C. Dans certains modes de réalisation, N5est G. Dans certains modes de réalisation, N5est U. Il sera entendu que, chacun des modes de réalisation décrits ci-dessus et dans le présent document (par exemple, pour N1jusqu’à N5) peuvent être pris seuls ou en combinaison et/ou peuvent être combinés avec d’autres modes de réalisation de variables décrites ci-dessus et dans le présent document (par exemple, des coiffes en 5’).In some embodiments, N1 is A. In some embodiments, N1 is C. In some embodiments, N1 is G. In some embodiments, N1 is U. In some embodiments, N2 is A. In some embodiments, N2 is C. In some embodiments, N2 is G. In some embodiments, N2 is U. In some embodiments, N3 is A. In some embodiments, N 3 is C. In some embodiments, N3 is G. In some embodiments, N3 is U. In some embodiments, N4 is A. In some embodiments, N4 is C. In some embodiments, N4 is G. In some embodiments, N4 is U. In some embodiments, N5 is A. In some embodiments, N5 is C. In some embodiments, N5is G. In some embodiments, N5 is U. It will be understood that, each of the embodiments described above and herein (e.g., for N1 through N5 ) may be taken alone or in combination and/or may be combined with other embodiments of variables described above and herein (e.g., 5' caps).
Dans certains modes de réalisation, une séquence proximale de coiffe comprend A1et G2de la structure de Coiffe-1, et une séquence comprenant : A3A4U5(SEQ ID NO : 111) aux positions +3, +4 et +5 respectivement du polyribonucléotide.In some embodiments, a cap proximal sequence comprises A1 and G2 of the Cap-1 structure, and a sequence comprising: A3 A4 U5 (SEQ ID NO: 111) at positions +3, +4 and +5 respectively of the polyribonucleotide.
Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique (par exemple,un ADN, un ARN) utilisé conformément à la présente invention comprend une 5’-UTR. Dans certains modes de réalisation, une 5’-UTR peut comprendre une pluralité d’éléments de séquence distincts ; dans certains modes de réalisation, une telle pluralité peut être ou comprendre de multiples copies d’un ou de plusieurs éléments de séquence particuliers (par exemple,pouvant provenir d’une source particulière ou autrement connue sous le nom d’élément de séquence fonctionnel ou caractéristique). Dans certains modes de réalisation, une 5’ UTR comprend plusieurs éléments de séquence différents.In some embodiments, a nucleic acid (e.g., DNA, RNA) used in accordance with the present invention comprises a 5'-UTR. In some embodiments, a 5'-UTR may comprise a plurality of distinct sequence elements; in some embodiments, such a plurality may be or comprise multiple copies of one or more particular sequence elements (e.g., may be from a particular source or otherwise known as a functional or characteristic sequence element). In some embodiments, a 5' UTR comprises several different sequence elements.
Le terme « région non traduite » ou « UTR » est couramment utilisé dans le domaine pour désigner une région d’une molécule d’ADN qui est transcrite mais n’est pas traduite en une séquence d’acides aminés, ou pour désigner la région correspondante d’un polynucléotide d’ARN, tel qu’une molécule d’ARNm. Une région non traduite (UTR) peut être présente en 5’ (en amont) d’un cadre de lecture ouvert (5’-UTR) et/ou en 3’ (en aval) d’un cadre de lecture ouvert (3’-UTR). Tels qu’utilisés ici, les termes « région non traduite en cinq prime » ou « 5’ UTR » font référence à une séquence d’un polyribonucléotide entre l’extrémité 5’ du polyribonucléotide (par exemple, un site de démarrage de la transcription) et un codon de démarrage d’une région codante du polyribonucléotide. Dans certains modes de réalisation, « 5’ UTR » fait référence à une séquence d’un polyribonucléotide qui commence à l’extrémité 5’ du polyribonucléotide (par exemple, un site de démarrage de transcription) et se termine un nucléotide (nt) avant un codon de démarrage (généralement AUG) d’une région codante du polyribonucléotide, par exemple, dans son contexte naturel. Dans certains modes de réalisation, une 5’ UTR comprend une séquence Kozak. Une 5’-UTR est en aval de la coiffe en 5’ (si présente),par exemple,directement adjacente à la coiffe en 5’. Dans certains modes de réalisation, une 5’ UTR décrite ici comprend une séquence proximale de coiffe,par exemple, telle que définie et décrite ici. Dans certains modes de réalisation, une séquence proximale de coiffe comprend une séquence adjacente à une coiffe en 5’.The term "untranslated region" or "UTR" is commonly used in the art to refer to a region of a DNA molecule that is transcribed but not translated into an amino acid sequence, or to refer to the corresponding region of an RNA polynucleotide, such as an mRNA molecule. An untranslated region (UTR) may be present 5' (upstream) of an open reading frame (5'-UTR) and/or 3' (downstream) of an open reading frame (3'-UTR). As used herein, the terms "five-prime untranslated region" or "5'UTR" refer to a sequence of a polyribonucleotide between the 5' end of the polyribonucleotide (e.g., a transcription start site) and a start codon of a coding region of the polyribonucleotide. In some embodiments, "5'UTR" refers to a sequence of a polyribonucleotide that begins at the 5' end of the polyribonucleotide (e.g., a transcription start site) and ends one nucleotide (nt) before a start codon (typically AUG) of a coding region of the polyribonucleotide, e.g., in its natural context. In some embodiments, a 5' UTR comprises a Kozak sequence. A 5'-UTR is downstream of the 5' cap (if present),e.g., directly adjacent to the 5' cap. In some embodiments, a 5' UTR described herein comprises a cap-proximal sequence,e.g. , as defined and described herein. In some embodiments, a cap-proximal sequence comprises a sequence adjacent to a 5' cap.
Des exemples de 5’ UTR comportent une 5’ UTR d’alpha globine humaine (hAg) ou un fragment de celle-ci, une 5’ UTR du TEV ou un fragment de celui-ci, une 5’ UTR de HSP70 ou un fragment de celui-ci, ou une 5’ UTR de c-Jun ou un fragment de celui-ci. Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 5’ UTR de hAg ou un fragment de celui-ci.Examples of 5' UTRs include a human alpha globin (hAg) 5' UTR or a fragment thereof, a TEV 5' UTR or a fragment thereof, a HSP70 5' UTR or a fragment thereof, or a c-Jun 5' UTR or a fragment thereof. In some embodiments, an RNA described herein comprises a hAg 5' UTR or a fragment thereof.
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 5’ UTR ayant au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % d’identité avec une 5’ UTR avec la séquence AGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO : 112). Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une UTR 5’ ayant la séquence AGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO : 112).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 5' UTR having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identity to a 5' UTR with the sequence AGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO: 112). In some embodiments, an RNA described herein comprises a 5' UTR having the sequence AGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO: 112).
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 5’ UTR ayant au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % d’identité avec une 5’ UTR avec la séquence AACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO : 113) (hAg-Kozak/5’UTR). Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 5’ UTR ayant la séquence AACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO : 113) (hAg-Kozak/5’UTR).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 5' UTR having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identity to a 5' UTR with the sequence AACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO: 113) (hAg-Kozak/5'UTR). In some embodiments, an RNA described herein comprises a 5' UTR having the sequence AACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO: 113) (hAg-Kozak/5'UTR).
Dans certains modes de réalisation, un polynucléotide (par exemple,ADN, ARN) décrit ici comprend une séquence de polyadénylate (polyA),par exemple, telle que décrite ici. Dans certains modes de réalisation, une séquence de polyA est située en aval d’une 3’-UTR,par exemple, adjacente à une 3’-UTR.In some embodiments, a polynucleotide (e.g., DNA, RNA) described herein comprises a polyadenylate (polyA) sequence,e.g. , as described herein. In some embodiments, a polyA sequence is located downstream of a 3'-UTR,e.g. , adjacent to a 3'-UTR.
Tel qu’utilisée ici, le terme « séquence de poly(A) » ou « queue poly-A » fait référence à une séquence ininterrompue ou interrompue de résidus d’adénylate qui est généralement située à l’extrémité 3’ d’un polynucléotide d’ARN. Les séquences de poly(A) sont connues de l’homme du métier et peuvent suivre l’3’-UTR dans les ARN décrits ici. Une séquence de poly(A) ininterrompue est caractérisée par des résidus d’adénylate consécutifs. Dans la nature, une séquence poly(A) ininterrompue est typique. Dans certains modes de réalisation, les polynucléotides décrits ici comprennent une séquence de Poly(A) ininterrompue. Dans certains modes de réalisation, les polynucléotides décrits ici comprennent une séquence de Poly(A) interrompue. Dans certains modes de réalisation, les ARN décrits ici peuvent avoir une séquence de poly(A) attachée à l’extrémité 3’ libre de l’ARN par une ARN polymérase indépendante de la matrice après transcription ou une séquence de poly(A) codée par l’ADN et transcrite par une ARN polymérase dépendante de la matrice.As used herein, the term “poly(A) sequence” or “poly-A tail” refers to an uninterrupted or interrupted sequence of adenylate residues that is generally located at the 3’ end of an RNA polynucleotide. Poly(A) sequences are known to those skilled in the art and may follow the 3’-UTR in the RNAs described herein. An uninterrupted poly(A) sequence is characterized by consecutive adenylate residues. In nature, an uninterrupted poly(A) sequence is typical. In some embodiments, the polynucleotides described herein comprise an uninterrupted Poly(A) sequence. In some embodiments, the polynucleotides described herein comprise a interrupted Poly(A) sequence. In some embodiments, the RNAs described herein may have a poly(A) sequence attached to the free 3' end of the RNA by a template-independent RNA polymerase after transcription or a poly(A) sequence encoded by DNA and transcribed by a template-dependent RNA polymerase.
Il a été démontré qu’une séquence de poly(A) d’environ 120 nucléotides A a une influence bénéfique sur les niveaux d’ARN dans les cellules eucaryotes transfectées, ainsi que sur les niveaux de protéines traduites à partir d’un cadre de lecture ouvert présent en amont (5’) de la séquence poly(A) (Holtkamp et al., 2006, Blood, vol. 108, pp. 4009-4017, qui est incorporé ici par référence).A poly(A) sequence of approximately 120 nucleotides has been shown to beneficially influence RNA levels in transfected eukaryotic cells, as well as the levels of proteins translated from an open reading frame present upstream (5') of the poly(A) sequence (Holtkamp et al., 2006, Blood, vol. 108, pp. 4009-4017, which is incorporated herein by reference).
Dans certains modes de réalisation, une séquence de poly(A) conformément à la présente invention n’est pas limitée à une longueur particulière ; dans certains modes de réalisation, une séquence de poly(A) a n’importe quelle longueur. Dans certains modes de réalisation, une séquence de poly(A) comprend, est essentiellement constituée de, ou est constituée d’au moins 20, d’au moins 30, d’au moins 40, d’au moins 80 ou d’au moins 100 et jusqu’à 500, jusqu’à 400, jusqu’à 300, jusqu’à 200 ou jusqu’à 150 nucléotides A, et, en particulier, d’environ 120 nucléotides A. Dans ce contexte, « est essentiellement constituée de » signifie que la plupart des nucléotides dans la séquence poly(A), généralement au moins 75 %, au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % en nombre de nucléotides dans la séquence poly(A) sont des nucléotides A, mais permet que les nucléotides restants soient des nucléotides autres que des nucléotides A, tels que des nucléotides U (uridylate), des nucléotides G (guanylate) ou des nucléotides C (cytidylate). Dans ce contexte, « est constituée de » signifie que tous les nucléotides de la séquence poly(A), c’est-à-dire 100 % en nombre de nucléotides de la séquence poly(A), sont des nucléotides A. Le terme « nucléotide A » ou « A » fait référence à l’adénylate.In some embodiments, a poly(A) sequence according to the present invention is not limited to a particular length; in some embodiments, a poly(A) sequence is of any length. In some embodiments, a poly(A) sequence comprises, consists essentially of, or consists of at least 20, at least 30, at least 40, at least 80, or at least 100 and up to 500, up to 400, up to 300, up to 200, or up to 150 A nucleotides, and, in particular, about 120 A nucleotides. In this context, “consists essentially of” means that most of the nucleotides in the poly(A) sequence, typically at least 75%, at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% by number of nucleotides in the poly(A) sequence are A nucleotides, but allows the remaining nucleotides to be nucleotides other than A nucleotides, such as U (uridylate) nucleotides, G (guanylate) nucleotides, or C (cytidylate) nucleotides. In this context, "consists of" means that all nucleotides in the poly(A) sequence, i.e., 100% by number of nucleotides in the poly(A) sequence, are A nucleotides. The term "A nucleotide" or "A" refers to adenylate.
Dans certains modes de réalisation, une séquence poly(A) est attachée pendant la transcription de l’ARN, par exemple, pendant la préparation de l’ARN transcrit in vitro, sur la base d’une matrice d’ADN comprenant des nucléotides dT répétés (désoxythymidylate) dans le brin complémentaire du brin codant. La séquence d’ADN codant pour une séquence poly(A) (brin codant) est appelée cassette d poly(A).In some embodiments, a poly(A) sequence is attached during RNA transcription, for example, during preparation of in vitro transcribed RNA, based on a DNA template comprising repeated dT (deoxythymidylate) nucleotides in the strand complementary to the coding strand. The DNA sequence encoding a poly(A) sequence (coding strand) is referred to as a poly(A) cassette.
Dans certains modes de réalisation, la cassette de poly(A) présente dans le brin codant de l’ADN est essentiellement constituée de nucléotides dA, mais est interrompue par une séquence aléatoire des quatre nucléotides (dA, dC, dG et dT). Une telle séquence aléatoire peut avoir une longueur de 5 à 50, de 10 à 30 ou de 10 à 20 nucléotides. Une telle cassette est décrite dans le document WO 2016/005324 A1, incorporé par la présente par référence. Toute cassette de poly(A) décrite dans WO 2016/005324 A1, qui est incorporée ici par référence, peut être utilisée conformément à la présente invention. Une cassette de poly(A) qui est essentiellement constituée de nucléotides dA, mais qui est interrompue par une séquence aléatoire ayant une distribution égale des quatre nucléotides (dA, dC, dG, dT) et ayant une longueur de 5 à 50 nucléotides, par exemple, montre, au niveau de l’ADN, une propagation constante de l’ADN plasmidique dans E. coli et est toujours associée, au niveau de l’ARN, aux propriétés bénéfiques en ce qui concerne le soutien de la stabilité de l’ARN et l’efficacité de la traduction. Dans certains modes de réalisation, la séquence poly(A) contenue dans un polynucléotide d’ARN décrit ici est constituée essentiellement de nucléotides A, mais est interrompue par une séquence aléatoire des quatre nucléotides (A, C, G, U). Une telle séquence aléatoire peut avoir une longueur de 5 à 50, de 10 à 30 ou de 10 à 20 nucléotides.In some embodiments, the poly(A) cassette present in the coding strand of the DNA consists essentially of dA nucleotides, but is interrupted by a random sequence of the four nucleotides (dA, dC, dG and dT). Such a random sequence may be 5 to 50, 10 to 30 or 10 to 20 nucleotides in length. Such a cassette is described in WO 2016/005324 A1, which is hereby incorporated by reference. Any poly(A) cassette described in WO 2016/005324 A1, which is hereby incorporated by reference, may be used in accordance with the present invention. A poly(A) cassette that consists essentially of dA nucleotides, but is interrupted by a random sequence having an equal distribution of the four nucleotides (dA, dC, dG, dT) and having a length of 5 to 50 nucleotides, for example, shows, at the DNA level, a consistent spread of plasmid DNA in E. coli and is still associated, at the RNA level, with beneficial properties with respect to supporting RNA stability and translation efficiency. In some embodiments, the poly(A) sequence contained in an RNA polynucleotide described herein consists essentially of A nucleotides, but is interrupted by a random sequence of the four nucleotides (A, C, G, U). Such a random sequence may be 5 to 50, 10 to 30, or 10 to 20 nucleotides in length.
Dans certains modes de réalisation, aucun nucléotide autre que les nucléotides A ne flanque une séquence poly(A) à son extrémité 3’, c’est-à-dire que la séquence poly(A) n’est pas masquée ou suivie à son extrémité 3’ par un nucléotide autre que A.In some embodiments, no nucleotides other than A nucleotides flank a poly(A) sequence at its 3' end, i.e., the poly(A) sequence is not masked or followed at its 3' end by a nucleotide other than A.
Dans certains modes de réalisation, la séquence poly(A) peut comprendre au moins 20, au moins 30, au moins 40, au moins 80 ou au moins 100 et jusqu’à 500, jusqu’à 400, jusqu’à 300, jusqu’à 200 ou jusqu’à 150 nucléotides. Dans certains modes de réalisation, la séquence poly(A) peut être essentiellement constituée d’au moins 20, au moins 30, au moins 40, au moins 80 ou au moins 100 et jusqu’à 500, jusqu’à 400, jusqu’à 300, jusqu’à 200 ou jusqu’à 150 nucléotides. Dans certains modes de réalisation, la séquence poly(A) peut être constituée d’au moins 20, au moins 30, au moins 40, au moins 80 ou au moins 100 et jusqu’à 500, jusqu’à 400, jusqu’à 300, jusqu’à 200 ou jusqu’à 150 nucléotides. Dans certains modes de réalisation, la séquence poly(A) comprend au moins 100 nucléotides. Dans certains modes de réalisation, une séquence poly(A) comprend au moins 150 nucléotides. Dans certains modes de réalisation, une séquence poly(A) comprend au moins 120 nucléotides. Dans certains modes de réalisation, une séquence poly(A) comprend au moins 100 nucléotides.In some embodiments, the poly(A) sequence may comprise at least 20, at least 30, at least 40, at least 80 or at least 100 and up to 500, up to 400, up to 300, up to 200 or up to 150 nucleotides. In some embodiments, the poly(A) sequence may consist essentially of at least 20, at least 30, at least 40, at least 80 or at least 100 and up to 500, up to 400, up to 300, up to 200 or up to 150 nucleotides. In some embodiments, the poly(A) sequence may consist of at least 20, at least 30, at least 40, at least 80, or at least 100, and up to 500, up to 400, up to 300, up to 200, or up to 150 nucleotides. In some embodiments, the poly(A) sequence comprises at least 100 nucleotides. In some embodiments, a poly(A) sequence comprises at least 150 nucleotides. In some embodiments, a poly(A) sequence comprises at least 120 nucleotides. In some embodiments, a poly(A) sequence comprises at least 100 nucleotides.
Dans certains modes de réalisation, une queue poly A comprend un nombre spécifique d’adénosines, tel qu’environ 50 ou plus, environ 60 ou plus, environ 70 ou plus, environ 80 ou plus, environ 90 ou plus, environ 100 ou plus, environ 120, ou environ 150 ou environ 200. Dans certains modes de réalisation, une queue poly A d’une construction de segment peut comprendre 200 résidus A ou moins. Dans certains modes de réalisation, une queue poly A d’une construction de segment peut comprendre environ 200 résidus A. Dans certains modes de réalisation, une queue poly A d’une construction de segment peut comprendre 180 résidus A ou moins. Dans certains modes de réalisation, une queue poly A d’une construction de segment peut comprendre environ 180 résidus A. Dans certains modes de réalisation, une queue poly A peut comprendre 150 résidus ou moins.In some embodiments, a poly A tail comprises a specific number of adenosines, such as about 50 or more, about 60 or more, about 70 or more, about 80 or more, about 90 or more, about 100 or more, about 120, or about 150 or about 200. In some embodiments, a poly A tail of a segment construct may comprise 200 or fewer A residues. In some embodiments, a poly A tail of a segment construct may comprise about 200 A residues. In some embodiments, a poly A tail of a segment construct may comprise 180 or fewer A residues. In some embodiments, a poly A tail of a segment construct may comprise about 180 A residues. In some embodiments, a poly A tail may comprise 150 or fewer residues.
Dans certains modes de réalisation, l’ARN comprend une séquence poly(A) comprenant la séquence nucléotidique de AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO : 114), ou une séquence nucléotidique ayant au moins 99 %, 98 %, 97 %, 96 %, 95 %, 90 %, 85 %, ou 80 % d’identité avec la séquence nucléotidique de AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO : 114). Dans certains modes de réalisation, une queue poly(A) comprend une pluralité de résidus A interrompus par un lieur. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend la séquence nucléotidique GCATATGAC (SEQ ID NO : 115).In some embodiments, the RNA comprises a poly(A) sequence comprising the nucleotide sequence of AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 114), or a nucleotide sequence having at least 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, or 80% identity to the nucleotide sequence of AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 114). In some embodiments, a poly(A) tail comprises a plurality of A residues interrupted by a linker. In some embodiments, a linker comprises the nucleotide sequence GCATATGAC (SEQ ID NO: 115).
Dans certains modes de réalisation, l’ARN comprend une séquence poly(A) comprenant la séquence nucléotidique de AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO : 116), ou une séquence nucléotidique ayant au moins 99 %, 98 %, 97 %, 96 %, 95 %, 90 %, 85 %, ou 80 % d’identité avec la séquence nucléotidique de AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO : 116). Dans certains modes de réalisation, une queue poly(A) comprend une pluralité de résidus A interrompus par un lieur. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend la séquence nucléotidique GCAUAUGAC (SEQ ID NO : 117).In some embodiments, the RNA comprises a poly(A) sequence comprising the nucleotide sequence of AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 116), or a nucleotide sequence having at least 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, or 80% identity to the nucleotide sequence of AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO: 116). In some embodiments, a poly(A) tail comprises a plurality of A residues interrupted by a linker. In some embodiments, a linker comprises the nucleotide sequence GCAUAUGAC (SEQ ID NO: 117).
Dans certains modes de réalisation, un ARN utilisé conformément à la présente invention comprend une 3’-UTR.In some embodiments, an RNA used in accordance with the present invention comprises a 3'-UTR.
Tels qu’utilisés ici, les termes « région non traduite en trois prime », « région non traduite 3’ » ou « 3’ UTR » font référence à une séquence d’une molécule d’ARN (par exemple, d’ARNm) qui commence après un codon d’arrêt d’une région codante d’une séquence de cadre de lecture ouvert. Dans certains modes de réalisation, l’3’ UTR’ commence immédiatement après un codon d’arrêt d’une région codante d’une séquence de cadre de lecture ouvert, par exemple, dans son contexte naturel. Dans certains modes de réalisation, l’3’ UTR ne commence pas immédiatement après un codon d’arrêt d’une région codante d’une séquence de cadre de lecture ouvert, par exemple, dans son contexte naturel. Le terme « 3’-UTR » ne comporte de préférence pas la séquence poly(A). Ainsi, la 3’-UTR est en amont de la séquence poly(A) (si présente), par exemple directement adjacent à la séquence poly(A).As used herein, the terms “3’-untranslated region,” “3’-untranslated region,” or “3’ UTR” refer to a sequence of an RNA (e.g., mRNA) molecule that begins after a stop codon of a coding region of an open reading frame sequence. In some embodiments, the 3’ UTR begins immediately after a stop codon of a coding region of an open reading frame sequence, e.g., in its natural context. In some embodiments, the 3’ UTR does not begin immediately after a stop codon of a coding region of an open reading frame sequence, e.g., in its natural context. The term “3’-UTR” preferably does not include the poly(A) sequence. Thus, the 3’-UTR is upstream of the poly(A) sequence (if present), e.g., directly adjacent to the poly(A) sequence.
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR comprenant un élément F et/ou un élément I. Dans certains modes de réalisation, une 3’ UTR ou une séquence proximale de celle-ci comprend un site de restriction. Dans certains modes de réalisation, un site de restriction est un siteBamHI. Dans certains modes de réalisation, un site de restriction est un siteXhoI.In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR comprising an F element and/or an I element. In some embodiments, a 3' UTR or a proximal sequence thereof comprises a restriction site. In some embodiments, a restriction site is aBamHI site. In some embodiments, a restriction site is anXhoI site.
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN comprend un élément F. Dans certains modes de réalisation, une séquence d’élément F est une 3’-UTR d’un amplificateur amino-terminal de division (AES).In some embodiments, an RNA construct comprises an F element. In some embodiments, an F element sequence is a 3'-UTR of an amino-terminal enhancer of division (AES).
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR ayant au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % d’identité avec une 3’ UTR ayant la séquence CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACC (SEQ ID NO : 118). Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR avec la séquence CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACC (SEQ ID NO : 118).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identity to a 3' UTR having the sequence CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACC (SEQ ID NO: 118). In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR with the sequence CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACC (SEQ ID NO: 118).
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR ayant au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % d’identité avec une 3’ UTR ayant la séquence CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO : 119). Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR ayant la séquence CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO : 119).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identity to a 3' UTR having the sequence CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO: 119). In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR having the sequence CUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO: 119).
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR ayant au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % d’identité avec une 3’ UTR ayant la séquence CTCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO : 647).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identity to a 3' UTR having the sequence CTCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO: 647).
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR ayant la séquence CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO : 647).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR having the sequence CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACC (SEQ ID NO: 647).
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR ayant au moins 80 %, au moins 85 %, au moins 90 %, au moins 95 %, au moins 96 %, au moins 97 %, au moins 98 %, ou au moins 99 % d’identité avec une 3’ UTR ayant la séquence CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGC (SEQ ID NO : 648).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identity to a 3' UTR having the sequence CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGC (SEQ ID NO: 648).
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une 3’ UTR ayant la séquence CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGC (SEQ ID NO : 648).In some embodiments, an RNA described herein comprises a 3' UTR having the sequence CUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGC (SEQ ID NO: 648).
Dans certains modes de réalisation, une 3’UTR est un élément FI tel que décrit dans WO2017/060314, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité.In some embodiments, a 3'UTR is an FI element as described in WO2017/060314, which is incorporated herein by reference in its entirety.
Tableau 6 : Séquences de ARN040, un exemple de construction d’ARN codant pour un RBD trimérisé soluble (SP19-XBB.1.5_RBD-GS_Linker-Fibritin_long)Table 6: Sequences of ARN040, an example of an RNA construct encoding a soluble trimerized RBD (SP19-XBB.1.5_RBD-GS_Linker-Fibritin_long)
MFVFLVLLPLVSSQCVNLIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKL DSKPSGNYNYLYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKGSPGSGSGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGRSLEVLFQGPG
GGCAACTACAATTACCTGTACCGGCTGTTCCGGAAGTCCAAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCTCCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCTTGTAACGGCGTGGCAGGCCCCAACTGCTACAGCCCACTGCAGTCCTACGGCTTTAGGCCCACATACGGCGTGGGCCACCAGCCCTACAGAGTGGTGGTGCTGAGCTTCGAACTGCTGCATGCCCCTGCCACAGTGTGCGGCCCTAAGGGCTCTCCTGGTAGCGGATCTGGCAGCGGCTATATCCCTGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTCAGAAAGGATGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTGGGCAGATCCCTGGAAGTGCTGTTTCAAGGCCCTGGCTGATGAATGTTCGTGTTCCTGGTGCTGCTGCCTCTGGTGTCCAGCCAGTGTGTGAACCTGATCGTGCGGTTCCCCAATATCACCAATCTGTGCCCCTTCCACGAGGTGTTCAATGCCACCACCTTCGCCTCTGTGTACGCCTGGAACCGGAAGCGGATCAGCAATTGCGTGGCCGACTACTCCGTGATCTACAACTTCGCCCCCTTCTTCGCAT TCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGAACGACCTGTGCTTCACAAACGTGTACGCCGACAGCTTCGTGATCCGGGGAAACGAAGTGTCACAGATTGCCCCTGGACAGACAGGCAACATCGCCGACTACAACTACAAGCTGCCCGACGACTTCACCGGCTGTGTGATTGCCTGGAACAGCAACAAGCTGGACTCCAAACCCAGC
GGCAACTACAATTACCTGTACCGGCTGTTCCGGAAGTCCAAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCTCCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCTTGTAACGGCGTGGCAGGCCCCAACTGCTACAGCCCACTGCAGTCCTACGGCTTTAGGCCCACATACGGCGTGGGCCACCAGCCCTACAGAGTGGTGGTG CTGAGCTTCGAACTGCTGCATGCCCCTGCCACAGTGTGCGGCCCTAAGGGCTCTCCTGGTAGCGGATCTGGCAGCGGCTATATCCCTGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTCAGAAAGGATGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTGGGCAGATCCCTGGAAGTGCTGTTTCAAGGCCCTGGCTGATGA
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CAGTGCTGTACCAGGGCGTGAACTGTACCGAAGTGCCCGTGGCCATTCACGCCGATCAGCTGACACCTACATGGCGGGTGTACTCCACCGGCAGCAATGTGTTTCAGACCAGAGCCGGCTGTCTGATCGGAGCCGAGTACGTGAACAATAGCTACGAGTGCGACATCCCCATCGGCGCTGGAATCTGCGCCAGCTACCAGACACAGACAAAGAGCCACCGGAGAGCCAGAAG CGTGGCCAGCCAGAGCATCATTGCCTACACAATGTCTCTGGGCGCCGAGAACAGCGTGGCCTACTCCAACAACTCTATCGCTATCCCCACCAACTTCACCATCAGCGTGACCACAGAGATCCTGCCTGTGTCCATGACCAAGACCAGCGTGGACTGCACCATGTACATCTGCGGCGATTCCACCGAGTGCTCCAACCTGCTGCTGCAGTACGGCAGCTTCTGCACCCAGCTG
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TTTAAGAACCACACAAGCCCCGACGTGGACCTGGGCGATATCAGCGGAATCAATGCCAGCGTCGTGAACATCCAGAAAGAGATCGACCGGCTGAACGAGGTGGCCAAGAATCTGAACGAGAGCCTGATCGACCTGCAAGAACTGGGGAAGTACGAGCAGTACATCAAGTGGCCCTGGTAC ATCTGGCTGGGCTTTATCGCCGGACTGATTGCCATCGTGATGGTCACAATCATGCTGTGTTGCATGACCAGCTGCTGTAGCTGCCTGAAGGGCTGTTGTAGCTGTGGCAGCTGCTGCAAGTTCGACGAGGACGATTCTGAGCCCGTGCTGAAGGGCGTGAAACTGCACTACACATGATGA
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GATGGACAGCTGGTGCCGCCGCTTACTATGTGGGCTACCTGCAGCCTAGAACCTTCCTGCTGAAGTACAACGAGAACGGCACCATCACCGACGCCGTGGATTGTGCTCTGGATCCTCTGAGCGAGACAAAGTGCACCCTGAAGTCCTTCACCGTGGAAAAGGGCATCTACCAGACCAGCAACTTCCGGGTGCAGCCCACCGAATCCATCGT GCGGTTCCCCAATATCACCAATCTGTGCCCCTTCCACGAGGTGTTCAATGCCACCACCTTCGCCTCTGTGTACGCCTGGAACCGGAAGCGGATCAGCAATTGCGTGGCCGACTACTCCGTGATCTACAACTTCGCCCCCTTCTTCGCATTCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGAACGACCTGTGCTTCACAAACGTGTACGCC
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CAGCAGCGCCAACAACUGCACCUUCGAGUACGUGUCCCAGCCUUUCCUGAUGGACCUGGAAGGCAAGGAGGGCAACUUCAAGAACCUGCGCGAGUUCGUGUUUAAGAACAUCGACGGCUA CUUCAAGAUCUACAGCAAGCACACCCCUAUCAACCUCGAGCGGGAUCUGCCUCAGGGCUUCUCUGCUCUGGAACCCCUGGUGGAUCUGCCCAUCGGCAUCAACAUCACCCGGUUUCAGAC ACUGCUGGCCCUGCACAGAAGCUACCUGACACCUGUGGAUAGCAGCAGCGGAUGGACAGCUGGUGCCGCCGCUUACUAUUGGGGCUACCUGCAGCCUAGAACCUUCCUGCUGAAGUACAA CGAGAACGGCACCAUCACCGACGCCGUGGAUUGUGCUCUGGAUCCUCUGAGCGAGACAAAGUGCACCCUGAAGUCCUUCACCGUGGAAAAGGGCAUCUACCAGACCAGCAACUUCCGGGU
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CAGAATGTGCTGTACGAGAACCAGAAGCTGATCGCCAACCAGTTCAACAGCGCCATCGGCAAGATCCAGGACAGCCTGAGCAGCACAGCAAGCGCCCTGGGAAAGCTGCAGGACGTGGTCAACCA CAATGCCCAGGCACTGAACACCCTGGTCAAGCAGCTGTCCTCCAAGTTCGGCGCCATCAGCTCTGTGCTGAACGATATCCTGAGCAGACTGGACCCTCCTGAGGCCGAGGTGCAGATCGACAGACT GATCACAGGCAGACTGCAGAGCCTCCAGACATACGTGACCCAGCAGCTGATCAGAGCCGCCGAGATTAGAGCCTCTGCCAATCTGGCCGCCACCAAGATGTCTGAGTGTGTGCTGGGCCAGAGCAA GAGAGTGGACTTTTGCGGCAAGGGCTACCACCTGATGAGCTTCCCTCAGTCTGCCCCTCACGGCGTGGTGTTTCTGCACGTGACATATGTGCCCGCTCAAGAGAAGAATTTCACCACCGCTCCAGC
TGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGAT TAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
MFVFLVLLPLVSSQCVNLIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLFRKSKLK PFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKGSPGSGSGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGSGSGSEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC
DNA sequence encoding an RBD of XBB.1.5 comprising an N-terminal SP19 secretory signal and C-terminal fibritin and TM domains
ACAGCAACAAGCUGGACUCCAAACCCAGCGGCAACUACAAUUACCUGUACCGGCUGUUCCGGAAGUCCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCUCCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCUUGUAACGGCGUGGCAGGCCCCAACUGCUACAGCCCACUGCAGUCCUACGGCUUUAGGCCCACAUACGGCGUGGGCCACCAGCCCUACAGAGUGGUGGUGCUGAGCUUCGAACUGCUGCAUGCCCCUGCCACAGUGUGCGGCCCUAAGGGCUCUCCUGGUAGCGGAUCUGGCAGCGGCUAUAUCCCUGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUCAGAAAGGAUGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACCUUUCUGGGAAGCGGCAGCGGAUCUGAGCAGUACAUCAAGUGGCCCUGGUACAUCUGGCUGGGCUUUAUCGCCGGACUGAUUGCCAUCGUGAUGGUCACAAUCAUGCUGUGUUGCAUGACCAGCUGCUGUAGCUGCCUGAAGGGCUGUUGUAGCUGUGGCAGCUGCUGCUGAUGACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUAAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGUUCGUGUUCCUGGUGCUGCUGCCUCUGGUGUCCAGCCAGUGUGUGAACCUGAUCGUGCGGUUCCCCAAUAUCACCAAUCUGUGCCCCUUCCACGAGGUGUUCAAUGCCACCACCUUCGCCUCUGUGUACGCCUGGAACCGGAAGCGGAUCAGCAAUUGCGUGGC CGACUACUCCGUGAUCUACAACUUCGCCCCCUUCUUCGCAUUCAAGUGCUACGGCGUGUCCCCUACCAAGCUGAACGACCUGUGCUUCACAAACGUGUACGCCGACAGCUUCGUGAUCCGGGGAAACGAAGUGUCACAGAUUGCCCCUGGACAGACAGGCAACAUCGCCGACUACAACUACAAGCUGCCCGACGACUUCACCGGCUGUGUGAUUGCCUGGA
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CGGCGTGGCAGGCCCCAACTGCTACAGCCCACTGCAGTCCTACGGCTTTAGGCCCACATACGGCGTGGGCCACCAGCCCTACAGAGTGGTGGTGCTGAGCTTCGAACTGCTGCATGCCCCTGCCACAGTGTGCGGCCCTAAGAAA AGCACCAATCTCGTGAAGAACAAATGCGTGAACTTCAACTTCAACGGCCTGACCGGCACCGGCGTGCTGACAGAGAGCAACAAGAAGTTCCTGCCATTCCAGCAGTTTGGCCGGGATATCGCCGATACCACAGACGCCGTTAGAGA
TCCCCAGACACTGGAAATCCTGGACATCACCCCTTGCAGCTTCGGCGGAGTGTCTGTGATCACCCCTGGCACCAACACCAGCAATCAGGTGGCAGTGCTGTACCAGGGCGTGAACTGTACCGAAGTGCCCGTGGCCATTCACGCC GATCAGCTGACACCTACATGGCGGGTGTACTCCACCGGCAGCAATGTGTTTCAGACCAGAGCCGGCTGTCTGATCGGAGCCGAGTACGTGAACAATAGCTACGAGTGCGACATCCCCATCGGCGCTGGAATCTGCGCCAGCTACCA
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Au moins trois formats distincts utiles pour les compositions d’ARN (par exemple, les compositions pharmaceutiques) ont été développés, à savoir l’ARNm contenant de l’uridine non modifiée (ARNu), l’ARNm modifié par nucléoside (ARNmod) et l’ARNm auto-amplificateur (ARNsa). Chacune de ces plateformes présente des caractéristiques uniques. Chacune de ces plateformes présente des caractéristiques uniques. En général, dans les trois formats, l’ARN est coiffé, contient des cadres de lecture ouverts (ORF) flanqués de régions non traduites (UTR) et possède une queue polyA à l’extrémité 3’. Un ORF d’un vecteur ARNu et ARNmod code pour un agent anticorps ou un fragment de celui-ci. Un ARNsa possède plusieurs ORF.At least three distinct formats useful for RNA compositions (e.g., pharmaceutical compositions) have been developed, namely unmodified uridine-containing mRNA (uRNA), nucleoside-modified mRNA (modRNA), and self-amplifying mRNA (saRNA). Each of these platforms has unique characteristics. Each of these platforms has unique characteristics. Generally, in all three formats, the RNA is capped, contains open reading frames (ORFs) flanked by untranslated regions (UTRs), and has a polyA tail at the 3' end. An ORF of a uRNA and modRNA vector encodes an antibody agent or fragment thereof. A saRNA has multiple ORFs.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend uniquement des nucléotides non modifiés. Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend uniquement des nucléotides non modifiés et comprend n’importe quelle coiffe en 5’ décrite ici (y compris une coiffe en 5’ comprenant des modifications chimiques qui ne se produisent pas dans la nature).In some embodiments, an RNA comprises only unmodified nucleotides. In some embodiments, an RNA comprises only unmodified nucleotides and comprises any 5' cap described herein (including a 5' cap comprising chemical modifications that do not occur in nature).
Dans certains modes de réalisation, l’ARN décrit ici peut comprendre des nucléosides modifiés. Dans certains modes de réalisation, l’ARN comprend un nucléoside modifié à la place d’au moins une (par exemple, chaque) uridine.In some embodiments, the RNA described herein may comprise modified nucleosides. In some embodiments, the RNA comprises a modified nucleoside in place of at least one (e.g., each) uridine.
Le terme « uracile », tel qu’utilisé ici, décrit l’une des nucléobases qui peuvent être présentes dans l’acide nucléique de l’ARN. La structure de l’uracile est :
.The term "uracil," as used herein, describes one of the nucleobases that can be present in RNA nucleic acid. The structure of uracil is:
.
Le terme « uridine », tel qu’utilisé ici, décrit l’un des nucléosides qui peuvent être présents dans l’ARN. La structure de l’uridine est :
.The term "uridine," as used herein, describes one of the nucleosides that can be present in RNA. The structure of uridine is:
.
L’UTP (uridine 5’-triphosphate) a la structure suivante :
.UTP (uridine 5'-triphosphate) has the following structure:
.
Le pseudo-UTP (pseudouridine 5’-triphosphate) a la structure suivante :
.Pseudo-UTP (pseudouridine 5'-triphosphate) has the following structure:
.
La « pseudouridine » est un exemple de nucléoside modifié qui est un isomère de l’uridine, où l’uracile est attaché au cycle pentose via une liaison carbone-carbone au lieu d’une liaison glycosidique azote-carbone."Pseudouridine" is an example of a modified nucleoside that is an isomer of uridine, where uracil is attached to the pentose ring via a carbon-carbon bond instead of a nitrogen-carbon glycosidic bond.
Un autre exemple de nucléoside modifié est la N1-méthyl-pseudouridine (m1Ψ), qui a la structure :
.Another example of a modified nucleoside is N1-methyl-pseudouridine (m1Ψ), which has the structure:
.
Le N1-méthyl-pseudo-UTP a la structure suivante :
.N1-methyl-pseudo-UTP has the following structure:
.
Un autre exemple de nucléoside modifié est la 5-méthyl-uridine (m5U), qui a la structure :
.Another example of a modified nucleoside is 5-methyluridine (m5U), which has the structure:
.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs uridines dans un ARN décrit ici sont remplacées par un nucléoside modifié. Dans certains modes de réalisation, le nucléoside modifié est une uridine modifiée.In some embodiments, one or more uridines in an RNA described herein are replaced with a modified nucleoside. In some embodiments, the modified nucleoside is a modified uridine.
Dans certains modes de réalisation, l’ARN comprend un nucléoside modifié à la place d’au moins une uridine. Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend un nucléotide modifié à la place de chaque uridine.In some embodiments, the RNA comprises a modified nucleoside in place of at least one uridine. In some embodiments, an RNA comprises a modified nucleotide in place of each uridine.
Dans certains modes de réalisation, le nucléoside modifié est indépendamment choisi parmi la pseudouridine (ψ), la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) et la 5-méthyl-uridine (m5U). Dans certains modes de réalisation, le nucléoside modifié comprend de la pseudouridine (ψ). Dans certains modes de réalisation, le nucléoside modifié comprend de la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ). Dans certains modes de réalisation, le nucléoside modifié comprend de la 5-méthyl-uridine (m5U). Dans certains modes de réalisation, l’ARN peut comprendre plus d’un type de nucléoside modifié, et les nucléosides modifiés sont indépendamment sélectionnés parmi la pseudouridine (ψ), la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) et la 5-méthyl-uridine (m5U). Dans certains modes de réalisation, les nucléosides modifiés comprennent la pseudouridine (ψ) et la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ). Dans certains modes de réalisation, les nucléosides modifiés comprennent la pseudouridine (ψ) et 5-méthyl-uridine (m5U). Dans certains modes de réalisation, les nucléosides modifiés comprennent la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) et la 5-méthyl-uridine (m5U). Dans certains modes de réalisation, les nucléosides modifiés comprennent la pseudouridine (ψ), la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) et la 5-méthyl-uridine (m5U).In some embodiments, the modified nucleoside is independently selected from pseudouridine (ψ), N1-methyl-pseudouridine (m1ψ), and 5-methyl-uridine (m5U). In some embodiments, the modified nucleoside comprises pseudouridine (ψ). In some embodiments, the modified nucleoside comprises N1-methyl-pseudouridine (m1ψ). In some embodiments, the modified nucleoside comprises 5-methyl-uridine (m5U). In some embodiments, the RNA may comprise more than one type of modified nucleoside, and the modified nucleosides are independently selected from pseudouridine (ψ), N1-methyl-pseudouridine (m1ψ), and 5-methyl-uridine (m5U). In some embodiments, the modified nucleosides include pseudouridine (ψ) and N1-methyl-pseudouridine (m1ψ). In some embodiments, the modified nucleosides include pseudouridine (ψ) and 5-methyl-uridine (m5U). In some embodiments, the modified nucleosides include N1-methyl-pseudouridine (m1ψ) and 5-methyl-uridine (m5U). In some embodiments, the modified nucleosides include pseudouridine (ψ), N1-methyl-pseudouridine (m1ψ) and 5-methyl-uridine (m5U).
Dans certains modes de réalisation, le nucléoside modifié remplaçant une ou plusieurs, par exemple la totalité, de l’uridine dans l’ARN peut être l’un ou plusieurs parmi la 3-méthyl-uridine (m3U), la 5-méthoxy-uridine (mo5U), la 5-aza-uridine, la 6-aza-uridine, la 2-thio-5-aza-uridine, la 2-thio-uridine (s2U), la 4-thio-uridine (s4U), la 4-thio-pseudouridine, la 2-thio-pseudouridine, la 5-hydroxy-uridine (ho5U), la 5-aminoallyl-uridine, la 5-halogéno-uridine (par exemple, la 5-iodo-uridine ou la 5-bromo-uridine), l’acide uridine 5-oxyacétique (cmo5U), l’ester méthylique de l’acide uridine 5-oxyacétique (mcmo5U), la 5-carboxyméthyl-uridine (cm5U), 1-carboxyméthyl-pseudouridine, 5-carboxyhydroxyméthyl-uridine (chm5U), ester méthylique de 5-carboxyhydroxyméthyl-uridine (mchm5U), 5-méthoxycarbonylméthyl-uridine (mcm5U), 5-méthoxycarbonylméthyl-2-thio-uridine (mcm5s2U), 5-aminométhyl-2-thio-uridine (nm5s2U), 5-méthylaminométhyl-uridine (mnm5U), 1-éthyl-pseudouridine, 5-méthylaminométhyl-2-thio-uridine (mnm5s2U), 5-méthylaminométhyl-2-séléno-uridine (mnm5se2U), 5-carbamoylméthyl-uridine (ncm5U), 5-carboxyméthylaminométhyl-uridine (cmnm5U), 5-carboxyméthylaminométhyl-2-thio-uridine (cmnm5s2U), 5-propynyl-uridine, 1-propynyl-pseudouridine, 5-taurinométhyl-uridine (τm5U), 1-taurinométhyl-pseudouridine, 5-taurinométhyl-2-thio-uridine (τm5s2U), 1-taurinométhyl-4-thio-pseudouridine), 5-méthyl-2-thio-uridine (m5s2U), 1-méthyl-4-thio-pseudouridine (m1s4ψ), 4-thio-1-méthyl-pseudouridine, 3-méthyl-pseudouridine (m3ψ), 2-thio-1-méthyl-pseudouridine, 1-méthyl-1-déaza-pseudouridine, 2-thio-1-méthyl-1-déaza-pseudouridine, dihydrouridine (D), dihydropseudouridine, 5,6-dihydrouridine, 5-méthyl-dihydrouridine (m5D), 2-thio-dihydrouridine, 2-thio-dihydropseudouridine, 2-méthoxy-uridine, 2-méthoxy-4-thio-uridine, 4-méthoxy-pseudouridine, 4-méthoxy-2-thio-pseudouridine, N1-méthyl-pseudouridine, 3-(3-amino-3-carboxypropyl)uridine (acp3U), 1-méthyl-3-(3-amino-3-carboxypropyl)pseudouridine (acp3 ψ), 5-(isopenténylaminométhyl)uridine (inm5U), 5-(isopenténylaminométhyl)-2-thio-uridine (inm5s2U), α-thio-uridine, 2′-O-méthyl-uridine (Um), 5,2′-O-diméthyl-uridine (m5Um), 2′-O-méthyl-pseudouridine (ψm), 2-thio-2′-O-méthyl-uridine (s2Um), 5-méthoxycarbonylméthyl-2′-O-méthyl-uridine (mcm5Um), 5-carbamoylméthyl-2′-O-méthyl-uridine (ncm5Um), 5-carboxyméthylaminométhyl-2′-O-méthyl-uridine (cmnm5Um), 3,2′-O-diméthyl-uridine (m3Um), 5-(isopenténylaminométhyl)-2′-O-méthyl-uridine (inm5Um), 1-thio-uridine, désoxythymidine, 2′-F-ara-uridine, 2′-F-uridine, 2′-OH-ara-uridine, 5-(2-carbométhoxyvinyl) uridine, 5-[3-(1-E-propénylamino)uridine, ou tout autre uridine modifiée connue dans le domaine.In some embodiments, the modified nucleoside replacing one or more, e.g., all, of the uridine in the RNA may be one or more of 3-methyl-uridine (m3U), 5-methoxy-uridine (mo5U), 5-aza-uridine, 6-aza-uridine, 2-thio-5-aza-uridine, 2-thio-uridine (s2U), 4-thio-uridine (s4U), 4-thio-pseudouridine, 2-thio-pseudouridine, 5-hydroxy-uridine (ho5U), 5-aminoallyl-uridine, 5-halo-uridine (e.g., 5-iodo-uridine or 5-bromo-uridine), uridine 5-oxyacetic acid (cmo5U), uridine acid methyl ester 5-oxyacetic acid (mcmo5U), 5-carboxymethyl-uridine (cm5U), 1-carboxymethyl-pseudouridine, 5-carboxyhydroxymethyl-uridine (chm5U), 5-carboxyhydroxymethyl-uridine methyl ester (mchm5U), 5-methoxycarbonylmethyl-uridine (mcm5U), 5-methoxycarbonylmethyl-2-thio-uridine (mcm5s2U), 5-aminomethyl-2-thio-uridine (nm5s2U), 5-methylaminomethyl-uridine (mnm5U), 1-ethyl-pseudouridine, 5-methylaminomethyl-2-thio-uridine (mnm5s2U), 5-methylaminomethyl-2-seleno-uridine (mnm5se2U), 5-carbamoylmethyl-uridine (ncm5U), 5-carboxymethylaminomethyl-uridine (cmnm5U), 5-carboxymethylaminomethyl-2-thiouridine (cmnm5s2U), 5-propynyluridine, 1-propynylpseudouridine, 5-taurinomethyluridine (τm5U), 1-taurinomethylpseudouridine, 5-taurinomethyl-2-thiouridine (τm5s2U), 1-taurinomethyl-4-thiopseudouridine), 5-methyl-2-thiouridine (m5s2U), 1-methyl-4-thiopseudouridine (m1s4ψ), 4-thio-1-methylpseudouridine, 3-methylpseudouridine (m3ψ), 2-thio-1-methylpseudouridine, 1-methyl-1-deazapseudouridine, 2-thio-1-methyl-1-deazapseudouridine, dihydrouridine (D), dihydropseudouridine, 5,6-dihydrouridine, 5-methyl-dihydrouridine (m5D), 2-thio-dihydrouridine, 2-thio-dihydropseudouridine, 2-methoxy-uridine, 2-methoxy-4-thio-uridine, 4-methoxy-pseudouridine, 4-methoxy-2-thio-pseudouridine, N1-methyl-pseudouridine, 3-(3-amino-3-carboxypropyl)uridine (acp3U), 1-methyl-3-(3-amino-3-carboxypropyl)pseudouridine (acp3 ψ), 5-(isopentenylaminomethyl)uridine (inm5U), 5-(isopentenylaminomethyl)-2-thio-uridine (inm5s2U), α-thio-uridine, 2′-O-methyl-uridine (Um), 5,2′-O-dimethyl-uridine (m5Um), 2′-O-methyl-pseudouridine (ψm), 2-thio-2′-O-methyl-uridine (s2Um), 5-methoxycarbonylmethyl-2′-O-methyl-uridine (mcm5Um), 5-carbamoylmethyl-2′-O-methyl-uridine (ncm5Um), 5-carboxymethylaminomethyl-2′-O-methyl-uridine (cmnm5Um), 3,2′-O-dimethyl-uridine (m3Um), 5-(isopentenylaminomethyl)-2′-O-methyl-uridine (inm5Um), 1-thio-uridine, deoxythymidine, 2′-F-ara-uridine, 2′-F-uridine, 2′-OH-ara-uridine, 5-(2-carbomethoxyvinyl)uridine, 5-[3-(1-E-propenylamino)uridine, or any other modified uridine known in the art.
Dans certains modes de réalisation, un ARN comprend d’autres nucléosides modifiés ou comprend des nucléosides davantage modifiés, par exemple, de la cytidine modifiée. Par exemple, dans certains modes de réalisation, dans l’ARN, la 5-méthylcytidine remplace partiellement ou complètement, de préférence complètement, la cytidine. Dans certains modes de réalisation, l’ARN comprend de la 5-méthylcytidine et un ou plusieurs éléments choisis parmi la pseudouridine (ψ), la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) et la 5-méthyl-uridine (m5U). Dans certains modes de réalisation, l’ARN comprend de la 5-méthylcytidine et de la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ). Dans certains modes de réalisation, l’ARN comprend de la 5-méthylcytidine à la place de chaque cytidine et de la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) à la place de chaque uridine.In some embodiments, an RNA comprises other modified nucleosides or comprises further modified nucleosides, e.g., modified cytidine. For example, in some embodiments, in the RNA, 5-methylcytidine partially or completely, preferably completely, replaces cytidine. In some embodiments, the RNA comprises 5-methylcytidine and one or more members selected from pseudouridine (ψ), N1-methyl-pseudouridine (m1ψ), and 5-methyl-uridine (m5U). In some embodiments, the RNA comprises 5-methylcytidine and N1-methyl-pseudouridine (m1ψ). In some embodiments, the RNA comprises 5-methylcytidine in place of each cytidine and N1-methyl-pseudouridine (m1ψ) in place of each uridine.
Dans certains modes de réalisation de la présente invention, un ARN est un « ARN réplicon » ou simplement un « réplicon », en particulier un « ARN auto-réplicant » ou un « ARN auto-amplificateur ». Dans un mode de réalisation particulièrement préféré, l’ARN réplicon ou auto-réplicant est dérivé ou comprend des éléments dérivés d’un virus à ARN à simple brin (ss), en particulier un virus à ssARN à simple brin positif, tel qu’un alphavirus. Les alphavirus sont des représentants typiques des virus à ARN à brin positif. Les alphavirus se répliquent dans le cytoplasme des cellules infectées (pour une revue du cycle de vie des alphavirus, voir José et al., Future Microbiol., 2009, vol. 4, pp. 837–856, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité). La longueur totale du génome de nombreux alphavirus varie généralement entre 11 000 et 12 000 nucléotides, et l’ARN génomique possède généralement une coiffe en 5’ et une queue poly(A) en 3’. Le génome des alphavirus code pour des protéines non structurelles (impliquées dans la transcription, la modification et la réplication de l’ARN viral et dans la modification des protéines) et des protéines structurelles (formant la particule virale). Il existe généralement deux cadres de lecture ouverts (ORF) dans le génome. Les quatre protéines non structurelles (nsP1 à nsP4) sont généralement codées ensemble par un premier ORF commençant près de l’extrémité 5’ terminale du génome, tandis que les protéines structurelles des alphavirus sont codées ensemble par un deuxième ORF qui se trouve en aval du premier ORF et se prolonge près de l’extrémité 3’ terminale du génome. En règle générale, le premier ORF est plus grand que le deuxième, le rapport étant à peu près de 2:1. Dans les cellules infectées par un alphavirus, seule la séquence d’acide nucléique codant pour les protéines non structurelles est traduite à partir de l’ARN génomique, tandis que l’information génétique codant pour les protéines structurelles est traduisible à partir d’un transcrit sous-génomique, qui est une molécule d’ARN qui ressemble à l’ARN messager eucaryote (ARNm ; Gould et al., 2010, Antiviral Res., vol. 87 pp. 111–124, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité). Suite à l’infection, c’est-à-dire aux premiers stades du cycle de vie viral, l’ARN génomique à brin (+) agit directement comme un ARN messager pour la traduction du cadre de lecture ouvert codant pour la polyprotéine non structurale (nsP1234).In some embodiments of the present invention, an RNA is a “replicon RNA” or simply a “replicon,” in particular a “self-replicating RNA” or a “self-amplifying RNA.” In a particularly preferred embodiment, the replicon or self-replicating RNA is derived from or comprises elements derived from a single-stranded (ss) RNA virus, in particular a positive-sense single-stranded ssRNA virus, such as an alphavirus. Alphaviruses are typical representatives of positive-stranded RNA viruses. Alphaviruses replicate in the cytoplasm of infected cells (for a review of the life cycle of alphaviruses, see José et al., Future Microbiol., 2009, vol. 4, pp. 837–856, which is incorporated herein by reference in its entirety). The total genome length of many alphaviruses typically ranges between 11,000 and 12,000 nucleotides, and the genomic RNA usually has a 5' cap and a 3' poly(A) tail. The alphavirus genome encodes nonstructural proteins (involved in viral RNA transcription, modification, and replication, and protein modification) and structural proteins (forming the viral particle). There are usually two open reading frames (ORFs) in the genome. The four nonstructural proteins (nsP1 to nsP4) are usually encoded together by a first ORF beginning near the 5' terminus of the genome, whereas the structural proteins of alphaviruses are encoded together by a second ORF that lies downstream of the first ORF and extends near the 3' terminus of the genome. Typically, the first ORF is larger than the second, with a ratio of approximately 2:1. In alphavirus-infected cells, only the nucleic acid sequence encoding nonstructural proteins is translated from genomic RNA, whereas the genetic information encoding structural proteins is translatable from a subgenomic transcript, which is an RNA molecule that resembles eukaryotic messenger RNA (mRNA; Gould et al., 2010, Antiviral Res., vol. 87 pp. 111–124, which is incorporated herein by reference in its entirety). Following infection, i.e., in the early stages of the viral life cycle, the (+)-strand genomic RNA acts directly as a messenger RNA for the translation of the open reading frame encoding the nonstructural polyprotein (nsP1234).
Des vecteurs dérivés d’alphavirus ont été proposés pour la transmission d’informations génétiques étrangères dans des cellules ou des organismes cibles. Dans des approches simples, un premier ORF code pour une ARN polymérase dépendante de l’ARN dérivée d’un alphavirus (réplicase), qui, lors de la traduction, assure l’auto-amplification de l’ARN. Un deuxième ORF codant pour des protéines structurelles alphavirales est remplacé par un cadre de lecture ouvert codant pour une construction de HSV (HSV-1 et/ou HSV-2) décrite ici. Les systèmes de trans-réplication basés sur les alphavirus reposent sur des éléments de séquence nucléotidique d’alphavirus sur deux molécules d’acide nucléique distinctes : une molécule d’acide nucléique code pour une réplicase virale, et l’autre molécule d’acide nucléique est capable d’être répliquée par ladite réplicase en trans (d’où la désignation de système de trans-réplication). La trans-réplication nécessite la présence de ces deux molécules d’acide nucléique dans une cellule hôte donnée. La molécule d’acide nucléique capable d’être répliquée par la réplicase en trans doit comprendre certains éléments de séquence alphavirale pour permettre la reconnaissance et la synthèse d’ARN par la réplicase alphavirale.Alphavirus-derived vectors have been proposed for the transmission of foreign genetic information into target cells or organisms. In simple approaches, a first ORF encodes an alphavirus-derived RNA-dependent RNA polymerase (replicase), which, upon translation, ensures self-amplification of the RNA. A second ORF encoding alphaviral structural proteins is replaced by an open reading frame encoding an HSV construct (HSV-1 and/or HSV-2) described here. Alphavirus-based trans-replication systems rely on alphavirus nucleotide sequence elements on two separate nucleic acid molecules: one nucleic acid molecule encodes a viral replicase, and the other nucleic acid molecule is capable of being replicated by said replicase in trans (hence the designation trans-replication system). Trans-replication requires the presence of both nucleic acid molecules in a given host cell. The nucleic acid molecule capable of being replicated by the replicase in trans must include certain alphaviral sequence elements to enable recognition and RNA synthesis by the alphaviral replicase.
Les caractéristiques d’une plateforme d’uridine non modifiée peuvent comporter, par exemple, un ou plusieurs effets adjuvants intrinsèques, ainsi qu’une bonne tolérance et une bonne sécurité. Les caractéristiques de la plateforme d’uridine modifiée (par exemple,la pseudouridine) peuvent comporter un effet adjuvant réduit, une capacité d’activation du capteur immunitaire inné atténuée et donc une bonne tolérance et une bonne sécurité. Les caractéristiques d’une plateforme auto-amplificatrice peuvent comporter, par exemple, une longue durée d’expression des protéines, une bonne tolérance et une bonne sécurité, une probabilité plus élevée d’efficacité avec une très faible dose de vaccin.The characteristics of an unmodified uridine platform may include, for example, one or more intrinsic adjuvant effects, as well as good tolerability and safety. The characteristics of the modified uridine platform (e.g., pseudouridine) may include a reduced adjuvant effect, attenuated innate immune sensor activation capacity and thus good tolerability and safety. The characteristics of a self-amplifying platform may include, for example, a long duration of protein expression, good tolerability and safety, a higher probability of efficacy with a very low vaccine dose.
La présente invention concerne des constructions d’ARN particulières optimisées, par exemple, pour une meilleure préparation, une meilleure encapsulation, un meilleur niveau d’expression (et/ou une meilleure synchronisation),etc.Certains composants sont décrits ci-dessous, et certains modes de réalisation préférés sont illustrés ici.
The present invention relates to particular RNA constructs optimized, for example, for better preparation, better encapsulation, better expression level (and/or better synchronization),etc. Certain components are described below, and certain preferred embodiments are illustrated herein.
Séquences nucléotidiques optimisées codant pour les antigènesOptimized nucleotide sequences encoding antigens
Tel qu’utilisé ici, le terme « utilisé par codons » fait référence à la modification de codons dans une région codante d’une molécule d’acide nucléique (par exemple, un polyribonucléotide) pour refléter l’utilisation typique des codons d’un organisme hôte (par exemple, un sujet recevant une molécule d’acide nucléique (par exemple, un polyribonucléotide)) sans modifier de préférence la séquence d’acides aminés codée par la molécule d’acide nucléique. Dans le contexte de la présente invention, dans certains modes de réalisation, les régions codantes sont optimisées par codons pour une expression optimale chez un sujet à traiter à l’aide des molécules d’ARN décrites ici. Dans certains modes de réalisation, l’optimisation par codons peut être réalisée de telle sorte que les codons pour lesquels des ARNt fréquemment présents sont disponibles soient insérés à la place des « codons rares ». Dans certains modes de réalisation, l’optimisation par codons peut comporter l’augmentation de la teneur en guanosine/cytosine (G/C) d’une région codante de l’ARN décrit ici par rapport à la teneur en G/C de la séquence codante correspondante d’un ARN de type sauvage, dans laquelle la séquence d’acides aminés codée par l’ARN n’est de préférence pas modifiée par rapport à la séquence d’acides aminés.As used herein, the term “codon-utilized” refers to the modification of codons in a coding region of a nucleic acid molecule (e.g., a polyribonucleotide) to reflect the typical codon usage of a host organism (e.g., a subject receiving a nucleic acid molecule (e.g., a polyribonucleotide)) without preferably altering the amino acid sequence encoded by the nucleic acid molecule. In the context of the present invention, in some embodiments, the coding regions are codon-optimized for optimal expression in a subject to be treated using the RNA molecules described herein. In some embodiments, codon-optimization may be performed such that codons for which frequently occurring tRNAs are available are inserted in place of “rare codons.” In some embodiments, codon optimization may comprise increasing the guanosine/cytosine (G/C) content of a coding region of the RNA described herein relative to the G/C content of the corresponding coding sequence of a wild-type RNA, wherein the amino acid sequence encoded by the RNA is preferably not altered from the amino acid sequence.
Dans certains modes de réalisation, une séquence codante (également appelée « région codante ») est optimisée par codons pour l’expression chez le sujet à qui une composition (par exemple, une composition pharmaceutique) doit être administrée (par exemple,un humain). Ainsi, dans certains modes de réalisation, les séquences d’un tel polynucléotide (par exemple,un polyribonucléotide) peuvent différer des séquences de type sauvage codant pour l’antigène ou le fragment antigénique ou l’épitope pertinent de celui-ci, même lorsque la séquence d’acides aminés de l’antigène ou du fragment antigénique ou de l’épitope de celui-ci est de type sauvage.In some embodiments, a coding sequence (also referred to as a "coding region") is codon-optimized for expression in the subject to whom a composition (e.g., a pharmaceutical composition) is to be administered (e.g., a human). Thus, in some embodiments, the sequences of such a polynucleotide (e.g., a polyribonucleotide) may differ from wild-type sequences encoding the relevant antigen or antigenic fragment or epitope thereof, even when the amino acid sequence of the antigen or antigenic fragment or epitope thereof is wild-type.
Dans certains modes de réalisation, des stratégies d’optimisation de codons pour l’expression chez un sujet pertinent (par exemple,un humain), et même, dans certains cas, pour l’expression dans une cellule ou un tissu particulier.In some embodiments, strategies for optimizing codons for expression in a relevant subject (e.g., a human), and even, in some cases, for expression in a particular cell or tissue.
En général, comme on le comprend,l’optimisation des codons fait référence à un processus de modification d’une séquence d’acide nucléique pour une expression améliorée chez un sujet ou ses cellules d’intérêt en remplaçant au moins un codon (par exemple,environ ou plus d’environ 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50 codons ou plus) d’une séquence native par des codons qui sont plus fréquemment ou le plus fréquemment utilisés dans les gènes de ce sujet ou de ses cellules tout en conservant la séquence d’acides aminés native.In general, as understood, codon optimization refers to a process of modifying a nucleic acid sequence for enhanced expression in a subject or its cells of interest by replacing at least one codon (e.g., about or more than about 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50 or more codons) of a native sequence with codons that are more frequently or most frequently used in the genes of that subject or its cells while retaining the native amino acid sequence.
Différentes espèces présentent un biais particulier pour certains codons d’un acide aminé particulier. Sans vouloir être lié par une quelconque théorie, le biais de codons (différences dans l’utilisation des codons entre les organismes) est souvent corrélé à l’efficacité de la traduction de l’ARN messager (ARNm), qui est à son tour censée dépendre, entre autres, des propriétés des codons traduits et de la disponibilité de molécules particulières d’ARN de transfert (ARNt). La prédominance d’ARNt sélectionnés dans une cellule peut généralement être le reflet des codons les plus fréquemment utilisés dans la synthèse des peptides. En conséquence, les gènes peuvent être adaptés pour une expression génétique optimale dans un organisme donné en fonction de l’optimisation des codons. Les tableaux d’utilisation des codons sont disponibles, par exemple, dans la « Base de données d’utilisation des codons » disponible à l’adresse www.kazusa.orjp/codon/ et ces tableaux peuvent être adaptés de plusieurs manières. Des algorithmes informatiques permettant d’optimiser les codons d’une séquence particulière pour l’expression dans un sujet particulier ou ses cellules sont également disponibles, tels que Gene Forge (Aptagen ; Jacobus, PA).Different species exhibit a particular bias for certain codons of a particular amino acid. Without wishing to be bound by any theory, codon bias (differences in codon usage between organisms) is often correlated with the efficiency of messenger RNA (mRNA) translation, which in turn is thought to depend, among other things, on the properties of the translated codons and the availability of particular transfer RNA (tRNA) molecules. The predominance of selected tRNAs in a cell can generally be a reflection of the codons most frequently used in peptide synthesis. As a result, genes can be tailored for optimal gene expression in a given organism based on codon optimization. Codon usage tables are available, for example, in the “Codon Usage Database” available at www.kazusa.orjp/codon/ and these tables can be adapted in several ways. Computer algorithms to optimize codons of a particular sequence for expression in a particular subject or its cells are also available, such as Gene Forge (Aptagen; Jacobus, PA).
Dans certains modes de réalisation, un polynucléotide (par exemple,un polyribonucléotide) de la présente invention est optimisé par codons, dans lequel les codons dans le polynucléotide (par exemple,le polyribonucléotide) sont adaptés à l’utilisation de codons humains (ci-après dénommés « polynucléotide optimisé par codons humains »). Les codons codant pour le même acide aminé apparaissent à des fréquences différentes chez un sujet,par exempleun humain. En conséquence, dans certains modes de réalisation, la séquence codante d’un polynucléotide de la présente invention est modifiée de telle sorte que la fréquence des codons codant pour le même acide aminé corresponde à la fréquence naturelle de ce codon selon l’utilisation du codon humain,par exemple,comme indiqué dansle tableau 13. Par exemple, dans le cas de l’acide aminé Ala, la séquence codante de type sauvage est de préférence adaptée de manière à ce que le codon « GCC » soit utilisé avec une fréquence de 0,40, le codon « GCT » soit utilisé avec une fréquence de 0,28, le codon « GCA » soit utilisé avec une fréquence de 0,22 et le codon « GCG » soit utilisé avec une fréquence de 0,10, etc. (voirTableau 13). En conséquence, dans certains modes de réalisation, une telle procédure (comme illustrée pour Ala) est appliquée pour chaque acide aminé codé par la séquence codante d’un polynucléotide pour obtenir des séquences adaptées à l’utilisation du codon humain.
In some embodiments, a polynucleotide (e.g., a polyribonucleotide) of the present invention is codon-optimized, wherein the codons in the polynucleotide (e.g., the polyribonucleotide) are adapted to human codon usage (hereinafter referred to as a "human codon-optimized polynucleotide"). Codons encoding the same amino acid occur at different frequencies in a subject,e.g. , a human. Accordingly, in some embodiments, the coding sequence of a polynucleotide of the present invention is modified such that the frequency of codons encoding the same amino acid matches the natural frequency of that codon according to human codon usage,e.g., as shown inTable 13 . For example, in the case of the amino acid Ala, the wild-type coding sequence is preferably adapted such that the codon "GCC" is used with a frequency of 0.40, the codon "GCT" is used with a frequency of 0.28, the codon "GCA" is used with a frequency of 0.22, and the codon "GCG" is used with a frequency of 0.10, etc. (seeTable 13 ). Accordingly, in some embodiments, such a procedure (as illustrated for Ala) is applied for each amino acid encoded by the coding sequence of a polynucleotide to obtain sequences adapted for human codon usage.
Tableau 13 :Utilisation des codons humains avec les fréquences indiquées pour chaque acide aminé
cs
.
.
cs
.
.
Certaines stratégies d’optimisation de codons et/ou d’enrichissement G/C pour l’expression humaine sont décrites dans WO2002/098443, qui est incorporé par référence dans son intégralité dans le présent document. Dans certains modes de réalisation, une séquence codante peut être optimisée à l’aide d’une stratégie d’optimisation multiparamétrique. Dans certains modes de réalisation, les paramètres d’optimisation peuvent comporter des paramètres qui influencent l’expression des protéines, qui peuvent être, par exemple, impactés sur un niveau de transcription, un niveau d’ARNm et/ou un niveau de traduction. Dans certains modes de réalisation, des exemples de paramètres d’optimisation comportent, mais sans s’y limiter, des paramètres de niveau de transcription (comprenant, par exemple, la teneur en GC, les sites d’épissage consensus, les sites d’épissage cryptiques, les séquences SD, les boîtes TATA, les signaux de terminaison, les sites de recombinaison artificielle et leurs combinaisons) ; des paramètres de niveau d’ARNm (comprenant, par exemple, les motifs d’instabilité de l’ARN, les sites d’entrée ribosomique, les séquences répétitives et leurs combinaisons) ; des paramètres de niveau de traduction (comprenant, par exemple, l’utilisation des codons, les sites poly(A) prématurés, les sites d’entrée ribosomique, les structures secondaires et leurs combinaisons) ; ou des combinaisons de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, une séquence codante peut être optimisée par un algorithme GeneOptimizer tel que décrit dans Fath et al. « Multiparameter RNA and Codon Optimization: A Standardized Tool to Assess and Enhance Autologous Mammalian Gene Expression » PLoS ONE 6(3) : e17596 ; Rabb et al., qui est incorporé ici par référence dans son intégralité, « The GeneOptimizer Algorithm: using a sliding window approach to cope with the vast sequence space in multiparameter DNA sequence optimization » Systems and Synthetic Biology (2010) 4 : 215-225 ; et Graft et al. « Codon-optimized genes that enable increased heterologous expression in mammalian cells and elicit efficient immune responses in mice after vaccination of naked DNA » Methods Mol Med (2004) 94 : 197-210, dont l’intégralité du contenu de chacun est incorporé ici aux fins décrites ici. Dans certains modes de réalisation, une séquence de codage peut être optimisée par l’algorithme d’adaptation et d’optimisation d’Eurofins « GENEius » tel que décrit dans les notes d’application d’Eurofins : Logiciel d’adaptation et d’optimisation d’Eurofins « GENEius » par rapport à d’autres algorithmes d’optimisation, dont l’intégralité du contenu est incorporée par référence aux fins décrites dans la présente.Certain strategies for codon optimization and/or G/C enrichment for human expression are described in WO2002/098443, which is incorporated by reference in its entirety herein. In some embodiments, a coding sequence may be optimized using a multiparametric optimization strategy. In some embodiments, the optimization parameters may include parameters that influence protein expression, which may be, for example, impacted on a transcription level, an mRNA level, and/or a translation level. In some embodiments, examples of optimization parameters include, but are not limited to, transcription level parameters (including, for example, GC content, consensus splice sites, cryptic splice sites, SD sequences, TATA boxes, termination signals, artificial recombination sites, and combinations thereof); mRNA level parameters (including, for example, RNA instability motifs, ribosomal entry sites, repetitive sequences, and combinations thereof); translation level parameters (including, for example, codon usage, premature poly(A) sites, ribosomal entry sites, secondary structures, and combinations thereof); or combinations thereof. In some embodiments, a coding sequence may be optimized by a GeneOptimizer algorithm as described in Fath et al., “Multiparameter RNA and Codon Optimization: A Standardized Tool to Assess and Enhance Autologous Mammalian Gene Expression,” PLoS ONE 6(3):e17596; Rabb et al., which is incorporated herein by reference in its entirety, “The GeneOptimizer Algorithm: using a sliding window approach to cope with the vast sequence space in multiparameter DNA sequence optimization” Systems and Synthetic Biology (2010) 4:215-225; and Graft et al. “Codon-optimized genes that enable increased heterologous expression in mammalian cells and elicit efficient immune responses in mice after vaccination of naked DNA” Methods Mol Med (2004) 94:197-210, the entire contents of each of which are incorporated herein for the purposes described herein. In some embodiments, a coding sequence may be optimized by the Eurofins “GENEius” adaptation and optimization algorithm as described in the Eurofins Application Notes: Eurofins “GENEius” Adaptation and Optimization Software relative to other optimization algorithms, the entire contents of which are incorporated by reference for the purposes described herein.
Dans certains modes de réalisation, une séquence codante utilisée conformément à la présente invention présente une teneur en G/C qui est augmentée par rapport à une séquence codante pour une construction SARS-CoV-2 décrite ici. Dans certains modes de réalisation, la teneur en guanosine/cytidine (G/C) d’une région codante est modifiée par rapport à une séquence codante comparable pour la construction de SARS-CoV-2 décrite ici, mais la séquence d’acides aminés codée par le polyribonucléotide n’est pas modifiée.In some embodiments, a coding sequence used in accordance with the present invention has a G/C content that is increased relative to a coding sequence for a SARS-CoV-2 construct described herein. In some embodiments, the guanosine/cytidine (G/C) content of a coding region is altered relative to a comparable coding sequence for the SARS-CoV-2 construct described herein, but the amino acid sequence encoded by the polyribonucleotide is not altered.
Sans vouloir être lié par une théorie particulière, il est proposé que l’enrichissement en GC puisse améliorer la traduction d’une séquence de charge utile. En règle générale, les séquences ayant une teneur accrue en G (guanosine)/C (cytidine) sont plus stables que les séquences ayant une teneur accrue en A (adénosine)/U (uridine). Étant donné que plusieurs codons codent pour un même acide aminé (ce que l’on appelle dégénérescence du code génétique), on peut déterminer les codons les plus favorables à la stabilité (ce que l’on appelle l’utilisation alternative des codons). En fonction de l’acide aminé à coder par un polyribonucléotide, il existe différentes possibilités de modification de la séquence d’acide ribonucléique, par rapport à sa séquence de type sauvage. En particulier, les codons qui contiennent des nucléosides A et/ou U peuvent être modifiés en substituant ces codons par d’autres codons, qui codent pour les mêmes acides aminés mais ne contiennent pas de A et/ou U ou contiennent une teneur plus faible en nucléosides A et/ou U.Without wishing to be bound by any particular theory, it is proposed that GC enrichment may improve the translation of a payload sequence. As a general rule, sequences with increased G (guanosine)/C (cytidine) content are more stable than sequences with increased A (adenosine)/U (uridine) content. Since multiple codons code for the same amino acid (known as degeneracy of the genetic code), one can determine which codons are most favorable for stability (known as alternative codon usage). Depending on the amino acid to be encoded by a polyribonucleotide, there are different possibilities for modifying the ribonucleic acid sequence, compared to its wild-type sequence. In particular, codons that contain A and/or U nucleosides can be modified by substituting these codons with other codons, which code for the same amino acids but do not contain A and/or U or contain a lower content of A and/or U nucleosides.
Dans certains modes de réalisation, la teneur en G/C d’une région codante d’un polyribonucléotide décrit ici est augmentée d’au moins 1 %, d’au moins 2 %, d’au moins 3 %, d’au moins 4 %, d’au moins 5 %, d’au moins 6 %, voire plus par rapport à la teneur en G/C de la région codante avant l’optimisation de codons, par exemple, de l’ARN de type sauvage. Dans certains modes de réalisation, la teneur en G/C d’une région codante d’un polyribonucléotide décrit ici est augmentée d’au moins 1 %, d’au moins 2 %, d’au moins 3 %, d’au moins 4 %, d’au moins 5 %, d’au moins 6 %, voire plus par rapport à la teneur en G/C de la région codante avant l’optimisation de codons, par exemple, de l’ARN de type sauvage.In some embodiments, the G/C content of a coding region of a polyribonucleotide described herein is increased by at least 1%, at least 2%, at least 3%, at least 4%, at least 5%, at least 6%, or more, relative to the G/C content of the coding region prior to codon optimization of, e.g., wild-type RNA. In some embodiments, the G/C content of a coding region of a polyribonucleotide described herein is increased by at least 1%, at least 2%, at least 3%, at least 4%, at least 5%, at least 6%, or more, relative to the G/C content of the coding region prior to codon optimization of, e.g., wild-type RNA.
Dans certains modes de réalisation, la stabilité et l’efficacité de la traduction d’un polyribonucléotide peuvent incorporer un ou plusieurs éléments établis pour contribuer à la stabilité et/ou à l’efficacité de la traduction du polyribonucléotide ; des exemples de tels éléments sont décrits, par exemple, dans le document PCT/EP2006/009448 incorporé ici par référence. Dans certains modes de réalisation, pour augmenter l’expression d’un polyribonucléotide utilisé selon la présente invention, un polyribonucléotide peut être modifié dans la région codante, c’est-à-dire la séquence codant pour le peptide ou la protéine exprimé, sans modifier la séquence du peptide ou de la protéine exprimé, par exemple de manière à augmenter la teneur en GC pour augmenter la stabilité de l’ARN (par exemple, l’ARNm) et/ou pour effectuer une optimisation de codons et, ainsi, améliorer la traduction dans les cellules.In some embodiments, the stability and translation efficiency of a polyribonucleotide may incorporate one or more elements established to contribute to the stability and/or translation efficiency of the polyribonucleotide; examples of such elements are described, for example, in PCT/EP2006/009448 incorporated herein by reference. In some embodiments, to increase the expression of a polyribonucleotide used according to the present invention, a polyribonucleotide may be modified in the coding region, i.e., the sequence coding for the expressed peptide or protein, without changing the sequence of the expressed peptide or protein, for example, so as to increase the GC content to increase the stability of the RNA (e.g., mRNA) and/or to perform codon optimization and, thus, improve translation in cells.
Dans certains modes de réalisation, une séquence codante est optimisée pour une stabilité accrue (par exemple, une énergie libre minimale (MFE)) par rapport à une séquence de type sauvage. Une stabilité accrue peut fournir, par exemple, une durée de conservation améliorée des compositions pharmaceutiques (par exemple, un stockage à des températures plus élevées (par exemple, -4oC ou même à température ambiante) et/ou des périodes de temps plus longues) et une demi-vie accrue dans une cellule. Sans vouloir être lié par la théorie, le nombre de polypeptides traduits par molécule d’ARN est fonction à la fois du taux de traduction et de la demi-vie dans une cellule. Ainsi, dans certains modes de réalisation, une demi-vie d’ARN accrue peut entraîner un nombre accru de polypeptides produits par ARN et une réponse immunitaire améliorée.In some embodiments, a coding sequence is optimized for increased stability (e.g., minimum free energy (MFE)) relative to a wild-type sequence. Increased stability may provide, for example, improved shelf life of pharmaceutical compositions (e.g., storage at higher temperatures (e.g., -4° C or even room temperature) and/or longer periods of time) and increased half-life in a cell. While not intended to be bound by theory, the number of polypeptides translated per RNA molecule is a function of both the translation rate and the half-life in a cell. Thus, in some embodiments, increased RNA half-life may result in an increased number of polypeptides produced per RNA and an enhanced immune response.
Dans certains modes de réalisation, les séquences codantes qui ont été optimisées pour une stabilité améliorée peuvent différer des séquences de type sauvage codant pour un antigène pertinent ou un fragment antigénique ou un épitope de celui-ci, mais codent pour la même séquence d’acides aminés d’un antigène ou d’un fragment antigénique ou d’un épitope de celui-ci.In some embodiments, coding sequences that have been optimized for improved stability may differ from wild-type sequences encoding a relevant antigen or antigenic fragment or epitope thereof, but encode the same amino acid sequence of an antigen or antigenic fragment or epitope thereof.
Dans certains modes de réalisation, la stabilité de l’ARN peut être évaluée en mesurant ou en estimant la MFE, où les molécules d’ARN avec une MFE inférieure ont tendance à avoir une stabilité améliorée par rapport aux molécules d’ARN avec une MFE plus élevé. Les procédés de détermination et d’estimation de l’MFE sont bien connus dans le domaine et comportent, par exemple, des valeurs prédites in silico et des procédés expérimentaux en « laboratoire humide ».In some embodiments, RNA stability may be assessed by measuring or estimating MFE, where RNA molecules with lower MFE tend to have improved stability compared to RNA molecules with higher MFE. Methods for determining and estimating MFE are well known in the art and include, for example, in silico predicted values and “wet lab” experimental methods.
Des exemples de procédés de mesure expérimentale de la stabilité comportent, par exemple, des expériences de fusion, dans lesquelles la température est progressivement augmentée et l’état replié de l’ARN est surveillé à l’aide d’un procédé expérimental approprié (comprenant, par exemple, des mesures optiques, telles que des mesures de dimension critique (CD) ou UV). Des exemples de procédés expérimentaux pour déterminer la stabilité de l’ARN comportent également, par exemple, des tests d’expression dans lesquels l’ARN est transfecté dans des cellules (éventuellement avec et sans préincubation à différentes températures) et l’expression d’un polypeptide codé par l’ARN est évaluée, par exemple, comme décrit dans Mauger, David M., et al. « mRNA structure regulates protein expression through changes in functional half-life. » Actes de l’Académie nationale des sciences 116.48 (2019) : 24075-24083.Examples of methods for experimentally measuring stability include, for example, melting experiments, in which the temperature is gradually increased and the folded state of the RNA is monitored using a suitable experimental method (including, for example, optical measurements, such as critical dimension (CD) or UV measurements). Examples of experimental methods for determining RNA stability also include, for example, expression assays in which RNA is transfected into cells (optionally with and without preincubation at different temperatures) and the expression of a polypeptide encoded by the RNA is assessed, for example, as described in Mauger, David M., et al. “mRNA structure regulates protein expression through changes in functional half-life.” Proceedings of the National Academy of Sciences 116.48 (2019): 24075-24083.
Dans certains modes de réalisation, la stabilité de l’ARN peut être améliorée en augmentant la structure secondaire dans une séquence codante. Des exemples de procédés de prédiction de la structure secondaire de l’ARN sont bien connus dans le domaine et comportent, par exemple, la comparaison de séquences à des séquences dont la structure secondaire est connue (par exemple, comme décrit dans James, Bryan D., Gary J. Olsen et Norman R. Pace. « Phylogenetic comparative analysis of RNA secondary structure. » Methods in Enzymology. Vol. 180. Academic Press, 1989. 227-239; Pace, Norman R., Brian C. Thomas, et Carl R. Woese. « Probing RNA structure, function, and history by comparative analysis. » Cold Spring Harbor Monograph Series 37 (1999) : 113-142 ; et Woese, Carl R., et al. « Detailed analysis of the higher-order structure of 16S-like ribosomal ribonucleic acids. » Microbiological reviews 47.4 (1983) : 621-669), optimisant les structures avec le MFE le plus bas (par exemple, comme décrit dans Lück, Rupert, Gerhard Steger et Detlev Riesner. « Thermodynamic prediction of conserved secondary structure : application to the RRE element of HIV, the tRNA-like element of CMV and the mRNA of prion protein. » Journal of molecular biology 258.5 (1996) : 813-826 ; MATHEWS, DAVID H., et al. « Secondary structure model of the RNA recognized by the reverse transcriptase from the R2 retrotransposable element » Rna 3.1 (1997) : 1-16 ; et MATHEWS, DAVID H., et al. « Secondary structure model of the RNA recognized by the reverse transcriptase from the R2 retrotransposable element . » Rna 3.1 (1997) : 1-16 ; et Mathews, David H., et al. « Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure. » Journal of molecular biology 288.5 (1999) : 911-940.), et la prise en compte de certains paramètres d’énergie libre (par exemple, les paramètres d’énergie libre de Turner, par exemple, comme décrit dans Mathews, David H., et al. « Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure. » Journal of molecular biology 288.5 (1999) : 911-940. Plus récemment, des algorithmes basés sur l’apprentissage automatique et l’apprentissage profond ont également été développés pour aider à la prédiction de la structure secondaire de l’ARN. Des exemples de tels algorithmes d’apprentissage automatique et d’apprentissage profond sont décrits, par exemple, dans Sato, Kengo et Michiaki Hamada. « Recent trends in RNA informatics : a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery. » Briefings in Bioinformatics 24.4 (2023) : bbad186.In some embodiments, RNA stability may be improved by increasing secondary structure in a coding sequence. Examples of methods for predicting RNA secondary structure are well known in the art and include, for example, comparing sequences to sequences with known secondary structure (e.g., as described in James, Bryan D., Gary J. Olsen, and Norman R. Pace. “Phylogenetic comparative analysis of RNA secondary structure.” Methods in Enzymology. Vol. 180. Academic Press, 1989. 227-239; Pace, Norman R., Brian C. Thomas, and Carl R. Woese. “Probing RNA structure, function, and history by comparative analysis.” Cold Spring Harbor Monograph Series 37 (1999): 113-142; and Woese, Carl R., et al. “Detailed analysis of the higher-order structure of 16S-like ribosomal ribonucleic acids.” Microbiological reviews 47.4 (1983): 621-669), optimizing structures with MFE the lowest (for example, as described in Lück, Rupert, Gerhard Steger and Detlev Riesner. “Thermodynamic prediction of conserved secondary structure: application to the RRE element of HIV, the tRNA-like element of CMV and the mRNA of prion protein.” Journal of molecular biology 258.5 (1996): 813-826; MATHEWS, DAVID H., et al. “Secondary structure model of the RNA recognized by the reverse transcriptase from the R2 retrotransposable element” Rna 3.1 (1997): 1-16; and MATHEWS, DAVID H., et al. “Secondary structure model of the RNA recognized by the reverse transcriptase from the R2 retrotransposable element.” structure » Journal of molecular biology 288.5 (1999): 911-940.), and the consideration of certain free energy parameters (e.g., Turner free energy parameters, for example, as described in Mathews, David H., et al., “Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure.” Journal of molecular biology 288.5 (1999): 911-940. More recently, algorithms based on machine learning and deep learning have also been developed to assist in the prediction of RNA secondary structure. Examples of such machine learning and deep learning algorithms are described, for example, in Sato, Kengo, and Michiaki Hamada. “Recent trends in RNA informatics: a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery.” Briefings in Bioinformatics 24.4 (2023): bbad186.
Des algorithmes d’apprentissage automatique qui optimisent à la fois MFE et CAI ont également été développés, et dans certains modes de réalisation, les séquences codantes décrites ici peuvent être optimisées à l’aide de tels procédés. Des exemples d’algorithmes comportent, par exemple, DERNA (par exemple, comme décrit dans Gu, Xinyu, Yuanyuan Qi et Mohammed El-Kebir. « DERNA enables pareto optimal RNA design. » Journal of Computational Biology 31.3 (2024) : 179-196.) et LinearDesign (décrit, par exemple, dans Zhang, He, et al. « Algorithm for optimized mRNA design improves stability and immunogenicity. » Nature 621.7978 (2023): 396-403.)Machine learning algorithms that optimize both MFE and CAI have also been developed, and in some embodiments, the coding sequences described herein may be optimized using such methods. Exemplary algorithms include, for example, DERNA (e.g., as described in Gu, Xinyu, Yuanyuan Qi, and Mohammed El-Kebir. “DERNA enables pareto optimal RNA design.” Journal of Computational Biology 31.3 (2024): 179-196.) and LinearDesign (described, e.g., in Zhang, He, et al. “Algorithm for optimized mRNA design improves stability and immunogenicity.” Nature 621.7978 (2023): 396-403.)
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une séquence codante ayant une MFE qui est de 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 150 %, 200 %, 250 %, ou 300 % ou plus inférieure à une séquence codante de type sauvage correspondante. Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprend une séquence codante ayant une MFE qui est de 10 % à 300 %, 20 % à 300 %, 30 % à 300 %, 40 % à 300 %, 50 % à 300 %, 60 % à 300 %, 70 % à 300 %, 80 % à 300 %, 90 % à 300 %, 100 % à 300 %, 150 % à 300 %, 200 % à 300 %, ou 250 % à 300 % inférieure à une séquence de type sauvage correspondante.In some embodiments, an RNA described herein comprises a coding sequence having an MFE that is 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 250%, or 300% or more lower than a corresponding wild-type coding sequence. In some embodiments, an RNA described herein comprises a coding sequence having an MFE that is 10% to 300%, 20% to 300%, 30% to 300%, 40% to 300%, 50% to 300%, 60% to 300%, 70% to 300%, 80% to 300%, 90% to 300%, 100% to 300%, 150% to 300%, 200% to 300%, or 250% to 300% lower than a corresponding wild-type sequence.
Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici comprenant une séquence codante a été optimisé de telle sorte que l’expression est améliorée après incubation à une température élevée (par exemple, une température de -20oC ou plus, -4oC ou plus, 25oC ou plus, ou 37oC ou plus) par rapport à un ARN comprenant une séquence codante de type sauvage correspondante. Dans certains modes de réalisation, l’expression après incubation à une température élevée peut être évaluée, par exemple, en incubant 1 à 24, 2 à 24, 4 à 24, 8 à 24, 12 à 24, environ 1, environ 2, environ 3, environ 4, environ 5, environ 10, environ 12, environ 16 ou environ 24 heures, avant la transfection dans une cellule, puis en mesurant la production d’une protéine codée par la cellule. Dans certains modes de réalisation, l’expression est améliorée de 1,5 fois, 2 fois, 3 fois, 4 fois ou plus (par exemple, 1 à 20 fois, 1 à 15 fois, 1 à 10 fois, 2 à 10 fois, 5 à 10 fois, par rapport à un ARN comprenant une séquence codante de type sauvage correspondante. Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici a une température de fusion qui est augmentée d’au moins 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30oC ou plus par rapport à un ARN comprenant une séquence de type sauvage codant pour un antigène.In some embodiments, an RNA described herein comprising a coding sequence has been optimized such that expression is enhanced after incubation at an elevated temperature (e.g., a temperature of -20° C or greater, -4° C or greater, 25° C or greater, or 37° C or greater) relative to an RNA comprising a corresponding wild-type coding sequence. In some embodiments, expression after incubation at an elevated temperature can be assessed, for example, by incubating for 1 to 24, 2 to 24, 4 to 24, 8 to 24, 12 to 24, about 1, about 2, about 3, about 4, about 5, about 10, about 12, about 16, or about 24 hours, prior to transfection into a cell, and then measuring production of a protein encoded by the cell. In some embodiments, expression is enhanced 1.5-fold, 2-fold, 3-fold, 4-fold, or more (e.g., 1-20-fold, 1-15-fold, 1-10-fold, 2-10-fold, 5-10-fold, relative to an RNA comprising a corresponding wild-type coding sequence. In some embodiments, an RNA described herein has a melting temperature that is increased by at least 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, or 30o C or more relative to an RNA comprising a wild-type sequence coding for an antigen.
Dans certains modes de réalisation, un agent à administrer à un sujet, par exemple un acide nucléique, un polypeptide, une petite molécule, etc., est encapsulé dans une particule. Dans certains modes de réalisation, un agent de la présente invention est formulé dans (par exemple, encapsulé dans) une particule, comme décrit plus en détail ici. Dans certains modes de réalisation, une particule est une particule d’acide nucléique dans laquelle la particule d’acide nucléique comprend un acide nucléique (par exemple, de l’ADN et/ou de l’ARN) et un lipide cationique, un lipide ionisable cationiquement ou un polymère cationique.In some embodiments, an agent to be administered to a subject, e.g., a nucleic acid, a polypeptide, a small molecule, etc., is encapsulated within a particle. In some embodiments, an agent of the present invention is formulated within (e.g., encapsulated within) a particle, as described in more detail herein. In some embodiments, a particle is a nucleic acid particle wherein the nucleic acid particle comprises a nucleic acid (e.g., DNA and/or RNA) and a cationic lipid, a cationically ionizable lipid, or a cationic polymer.
Une « particule d’acide nucléique », telle qu’utilisée ici, fait référence à une particule qui englobe ou contient un acide nucléique, et fait partie d’une composition (par exemple, une composition pharmaceutique) comprenant de multiples particules d’acide nucléique, qui est utile pour (i) améliorer la stabilité de l’acide nucléique, par exemple, pendant le stockage, (ii) améliorer la biodistribution de l’acide nucléique ou délivrer un acide nucléique à un site cible d’intérêt (par exemple, une cellule, un tissu, un organe, etc.), et/ou (iii) faciliter l’absorption cellulaire de l’acide nucléique. Comme décrit ici, une particule d’acide nucléique peut être formée à partir de i) au moins un lipide cationique ou ionisable cationiquement ou un matériau de type lipide ; ii) au moins un polymère cationique tel que la polyéthylèneimine, la protamine ou un mélange de ceux-ci (c’est-à-dire un mélange de i) et ii)), et iii) un acide nucléique. Les particules d’acide nucléique décrites ici comportent des nanoparticules lipidiques (LNP), des lipoplexes (LPX), des liposomes et des polyplexes (PLX).A “nucleic acid particle,” as used herein, refers to a particle that encompasses or contains a nucleic acid, and is part of a composition (e.g., a pharmaceutical composition) comprising multiple nucleic acid particles, which is useful for (i) improving the stability of the nucleic acid, e.g., during storage, (ii) improving the biodistribution of the nucleic acid or delivering a nucleic acid to a target site of interest (e.g., a cell, tissue, organ, etc.), and/or (iii) facilitating cellular uptake of the nucleic acid. As described herein, a nucleic acid particle may be formed from i) at least one cationic or cationically ionizable lipid or lipid-like material; ii) at least one cationic polymer such as polyethyleneimine, protamine or a mixture thereof (i.e. a mixture of i) and ii)), and iii) a nucleic acid. The nucleic acid particles described herein include lipid nanoparticles (LNPs), lipoplexes (LPXs), liposomes and polyplexes (PLXs).
Les interactions électrostatiques entre les molécules chargées positivement telles que les polymères cationiques et les lipides cationiques et les acides nucléiques chargés négativement sont impliquées dans la formation des particules. Il en résulte une complexation et une formation spontanée de particules d’acide nucléique. Les caractéristiques d’une particule (par exemple, une nanoparticule) sont déterminées, au moins en partie, à partir des composants utilisés pour former la particule et du processus utilisé pour préparer la particule. Une description des différents types de particules et de leurs structures est fournie dansACS Nano2021, 15, 11, 16982–17015.Electrostatic interactions between positively charged molecules such as cationic polymers and cationic lipids and negatively charged nucleic acids are involved in particle formation. This results in complexation and spontaneous formation of nucleic acid particles. The characteristics of a particle (e.g., a nanoparticle) are determined, at least in part, from the components used to form the particle and the process used to prepare the particle. A description of the different types of particles and their structures is provided inACS Nano 2021, 15, 11, 16982–17015.
Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique décrite ici est une nanoparticule. Tel qu’utilisé dans la présente invention, le terme « nanoparticule » désigne une particule ayant un diamètre moyen adapté à l’administration parentérale et dont le diamètre est inférieur à 1 000 nm. Dans certains modes de réalisation, une composition comprenant des nanoparticules peut avoir une taille moyenne de nanoparticules (par exemple, diamètre moyen) d’environ 30 nm à environ 150 nm, d’environ 40 nm à environ 120 nm, d’environ 50 nm à environ 100 nm, ou d’environ 60 nm à environ 90 nm. Dans certains modes de réalisation, une composition comprenant des nanoparticules peut avoir une taille moyenne de nanoparticule (par exemple, diamètre moyen) d’environ 40 nm à environ 120 nm. Le terme « diamètre moyen » fait référence au diamètre hydrodynamique moyen des particules tel que mesuré par diffusion dynamique de la lumière laser (DLS) avec analyse des données à l’aide d’un algorithme approprié (par exemple, l’algorithme dit cumulant pour les échantillons monodispersés), qui fournit comme résultats la moyenne dite Z avec la dimension d’une longueur, et l’indice de polydispersité (PDI), qui est sans dimension (Koppel, D., J. Chem. Phys. 57, 1972, pp 4814-4820, ISO 13321). Ici, « diamètre moyen », « diamètre » ou « taille » des particules est utilisé comme synonyme de cette valeur de la moyenne Z.In some embodiments, a nucleic acid particle described herein is a nanoparticle. As used herein, the term "nanoparticle" refers to a particle having an average diameter suitable for parenteral administration and having a diameter of less than 1000 nm. In some embodiments, a composition comprising nanoparticles may have an average nanoparticle size (e.g., average diameter) of about 30 nm to about 150 nm, about 40 nm to about 120 nm, about 50 nm to about 100 nm, or about 60 nm to about 90 nm. In some embodiments, a composition comprising nanoparticles may have an average nanoparticle size (e.g., average diameter) of about 40 nm to about 120 nm. The term "mean diameter" refers to the average hydrodynamic diameter of particles as measured by dynamic laser light scattering (DLS) with data analysis using an appropriate algorithm (e.g., the so-called cumulant algorithm for monodisperse samples), which provides as results the so-called Z-mean with the dimension of a length, and the polydispersity index (PDI), which is dimensionless (Koppel, D., J. Chem. Phys. 57, 1972, pp. 4814-4820, ISO 13321). Here, "mean diameter", "diameter", or "size" of particles is used as a synonym for this Z-mean value.
Une composition comprenant des particules d’acide nucléique peut être caractérisée par son indice de polydispersité, c’est-à-dire l’uniformité relative des particules au sein d’une composition donnée. Par exemple, les compositions décrites ici peuvent présenter un indice de polydispersité (PDI) inférieur à environ 0,5, inférieur à environ 0,4, inférieur à environ 0,3 ou environ 0,2 ou moins desdites nanoparticules. Dans certains modes de réalisation, une composition comprenant des particules d’acide nucléique, telle que décrite ici, peut présenter un PDI inférieur à environ 0,3. À titre d’exemple, une composition comprenant des particules d’acide nucléique décrites ici peut présenter un PDI dans une plage d’environ 0,1 à environ 0,3, ou d’environ 0,2 à environ 0,3. L’indice de polydispersité d’une composition donnée peut être calculé à partir de mesures de diffusion dynamique de la lumière par l’analyse dite cumulante telle que mentionnée dans la définition du « diamètre moyen ». Sous certaines conditions préalables, il peut être considéré comme une mesure de la distribution de taille d’un ensemble de nanoparticules d’acide ribonucléique.A composition comprising nucleic acid particles may be characterized by its polydispersity index, i.e., the relative uniformity of the particles within a given composition. For example, the compositions described herein may have a polydispersity index (PDI) of less than about 0.5, less than about 0.4, less than about 0.3, or about 0.2 or less of said nanoparticles. In some embodiments, a composition comprising nucleic acid particles, as described herein, may have a PDI of less than about 0.3. For example, a composition comprising nucleic acid particles described herein may have a PDI in a range of about 0.1 to about 0.3, or about 0.2 to about 0.3. The polydispersity index of a given composition may be calculated from dynamic light scattering measurements by the so-called cumulant analysis as referred to in the definition of "average diameter." Under certain preconditions, it can be considered as a measure of the size distribution of an ensemble of ribonucleic acid nanoparticles.
Les particules d’acide nucléique décrites ici peuvent être caractérisées par un « rapport N/P », qui est le rapport molaire des groupes cationiques (azote) (le « N » dans N/P) dans le lipide ou le polymère cationique aux groupes anioniques (phosphate) (le « P » dans N/P) dans l’ARN. Il est entendu qu’un groupe cationique est un groupe qui est soit sous forme cationique permanente (par exemple, N+), soit un groupe qui est ionisable pour devenir cationique (par exemple, dans certaines conditions de pH). L’utilisation d’un seul nombre dans un rapport N/P (par exemple, un rapport N/P d’environ 5) est destinée à désigner ce nombre par rapport à 1, par exemple, un rapport N/P d’environ 4 est destiné à signifier environ 4:1. Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique (par exemple, une LNP d’ARN) décrite ici a un rapport N/P supérieur ou égal à 1, supérieur ou égal à 2, ou supérieur ou égal à 4. Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique (par exemple, une LNP d’ARN) décrite ici a un rapport N/P qui est inférieur à 24, inférieur à 18 ou inférieur à 12. Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique (par exemple, une LNP d’ARN) décrite ici a un rapport N/P qui est d’environ 2 à environ 24, d’environ 4 à environ 18, d’environ 4 à environ 12, ou d’environ 4 à environ 8. Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique (par exemple, une particule d’acide ribonucléique) décrite ici a un rapport N/P qui est d’environ 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12. Dans certains modes de réalisation, un rapport N/P pour une particule d’acide nucléique (par exemple, une LNP d’ARN) décrit ici est d’environ 6.The nucleic acid particles described herein may be characterized by an "N/P ratio," which is the molar ratio of cationic (nitrogen) groups (the "N" in N/P) in the cationic lipid or polymer to anionic (phosphate) groups (the "P" in N/P) in the RNA. It is understood that a cationic group is a group that is either in the permanent cationic form (e.g., N+ ) or a group that is ionizable to become cationic (e.g., under certain pH conditions). The use of a single number in an N/P ratio (e.g., an N/P ratio of about 5) is intended to mean that number relative to 1, e.g., an N/P ratio of about 4 is intended to mean about 4:1. In some embodiments, a nucleic acid particle (e.g., an RNA LNP) described herein has an N/P ratio of greater than or equal to 1, greater than or equal to 2, or greater than or equal to 4. In some embodiments, a nucleic acid particle (e.g., an RNA LNP) described herein has an N/P ratio that is less than 24, less than 18, or less than 12. In some embodiments, a nucleic acid particle (e.g., an RNA LNP) described herein has an N/P ratio that is from about 2 to about 24, from about 4 to about 18, from about 4 to about 12, or from about 4 to about 8. In some embodiments, a nucleic acid particle (e.g., a ribonucleic acid particle) described herein has an N/P ratio that is from about 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 or 12. In some embodiments, an N/P ratio for a nucleic acid particle (e.g., an RNA LNP) described herein is about 6.
Les particules d’acide nucléique décrites ici peuvent être préparées à l’aide d’une large gamme de procédés qui peuvent impliquer l’obtention d’un colloïde à partir d’au moins un lipide cationique ou ionisable cationiquement ou d’un matériau de type lipide et/ou d’au moins un polymère cationique et le mélange du colloïde avec de l’acide nucléique pour obtenir des particules d’acide nucléique. Tel qu’utilisé ici, un lipide « ionisable », par exemple un lipide « ionisable cationiquement », ou un polymère « ionisable », par exemple un polymère « ionisable cationiquement », est un lipide ou un polymère qui peut être, dans certains modes de réalisation, neutre à pH physiologique, mais qui est capable de devenir cationique (c’est-à-dire de devenir chargé positivement) à pH acide.The nucleic acid particles described herein may be prepared using a wide variety of methods that may involve obtaining a colloid from at least one cationic or cationically ionizable lipid or lipid-like material and/or at least one cationic polymer and mixing the colloid with nucleic acid to obtain nucleic acid particles. As used herein, an “ionizable” lipid, e.g., a “cationically ionizable” lipid, or an “ionizable” polymer, e.g., a “cationically ionizable” polymer, is a lipid or polymer that may be, in some embodiments, neutral at physiological pH, but is capable of becoming cationic (i.e., becoming positively charged) at acidic pH.
La présente invention concerne des particules comprenant un acide nucléique, au moins un lipide cationique ou ionisable cationiquement ou un matériau de type lipide, et/ou au moins un polymère cationique qui s’associent à l’acide nucléique pour former des particules d’acide nucléique (par exemple, des nanoparticules d’ARN) et des compositions comprenant de telles particules. Les particules d’acide nucléique (par exemple, les nanoparticules d’ARN) peuvent comprendre de l’acide nucléique qui est complexé par différentes interactions non covalentes (par exemple, électrostatique, liaison hydrogène, empilement pi, van der Waals, etc.) à la particule. Dans certains modes de réalisation, les particules décrites ici ne sont pas des particules virales, en particulier, elles ne sont pas des particules virales infectieuses, c’est-à-dire qu’elles ne sont pas capables d’infecter viralement des cellules.The present invention relates to particles comprising a nucleic acid, at least one cationic or cationically ionizable lipid or lipid-like material, and/or at least one cationic polymer that associate with the nucleic acid to form nucleic acid particles (e.g., RNA nanoparticles) and compositions comprising such particles. The nucleic acid particles (e.g., RNA nanoparticles) may comprise nucleic acid that is complexed by various non-covalent interactions (e.g., electrostatic, hydrogen bonding, pi stacking, van der Waals, etc.) to the particle. In some embodiments, the particles described herein are not viral particles, in particular, they are not infectious viral particles, i.e., they are not capable of virally infecting cells.
Dans une composition de particules d’acide nucléique (par exemple, une nanoparticule d’ARN), il est possible que chaque espèce d’acide nucléique soit formulée séparément sous la forme d’une formulation de particule d’acide nucléique individuelle. Dans ce cas, chaque formulation de particule d’acide nucléique individuelle comprendra une espèce d’acide nucléique. Dans certains modes de réalisation, une composition comprend plus d’une formulation de particules d’acide nucléique individuelles (par exemple, une nanoparticule d’ARN). Les compositions pharmaceutiques respectives sont appelées « formulations particulaires mixtes ». De telles formulations particulaires mixtes peuvent être obtenues en formant, séparément, des formulations de particules d’acide nucléique individuelles, et en les mélangeant pour produire une formulation comprenant une population mixte de particules contenant des acides nucléiques. En variante, différentes espèces d’acides nucléiques peuvent être formulées ensemble sous forme de « formulation particulaire combinée ». De telles formulations peuvent être obtenues en mélangeant une formulation combinée de différentes espèces d’acides nucléiques avec un agent de formation de particules, pour produire des particules qui comprennent plus d’une espèce d’acide nucléique.In a nucleic acid particle composition (e.g., an RNA nanoparticle), it is possible for each nucleic acid species to be formulated separately as an individual nucleic acid particle formulation. In this case, each individual nucleic acid particle formulation will comprise one nucleic acid species. In some embodiments, a composition comprises more than one individual nucleic acid particle formulation (e.g., an RNA nanoparticle). The respective pharmaceutical compositions are referred to as “mixed particulate formulations.” Such mixed particulate formulations may be obtained by separately forming individual nucleic acid particle formulations and mixing them to produce a formulation comprising a mixed population of nucleic acid-containing particles. Alternatively, different nucleic acid species may be formulated together as a “combined particulate formulation.” Such formulations can be obtained by mixing a combined formulation of different nucleic acid species with a particle-forming agent, to produce particles that comprise more than one nucleic acid species.
Nanoparticules lipidiques (LNP)Lipid nanoparticles (LNPs)
Dans certains modes de réalisation, une particule décrite ici est une nanoparticule lipidique (LNP). Les LNP sont apparues comme des véhicules particulièrement utiles pour l’administration d’acides nucléiques, par exemple comme décrit dansTheranostics, 2022 Oct 24;12(17) :7509-7531. Il est entendu qu’une LNP est structurellement distincte des autres nanoparticules précédemment utilisées pour l’administration d’acide nucléique, comme un liposome ou un lipoplexe. Les LNP, telles que décrites ici, ne comprennent généralement pas de bicouche (uni-lamellaire) ou une série concentrique de multiples bicouches (multi-lamellaires) séparées par des compartiments aqueux, enfermant un compartiment aqueux central. De plus, les LNP, telles que décrites ici, ne comprennent généralement pas de noyau ou de compartiment aqueux central. Les LNP telles que décrites ici comprennent généralement des acides nucléiques (par exemple, de l’ADN ou de l’ARN tel que l’ARNm) et des lipides formant une phase désordonnée non lamellaire. Les LNP telles que décrites ici peuvent être considérées comme des émulsions huile dans eau dans lesquelles les matériaux de noyau des LNP sont de préférence à l’état liquide et ont donc un point de fusion inférieur à la température corporelle.Voir, par exemple,ACS Nano2021, 15, 11, 16982–17015 ; Aldosari,et al.,Pharmaceutics, 2021, 13, 206.In some embodiments, a particle described herein is a lipid nanoparticle (LNP). LNPs have emerged as particularly useful vehicles for nucleic acid delivery, for example as described inTheranostics , 2022 Oct 24;12(17):7509-7531. It is understood that an LNP is structurally distinct from other nanoparticles previously used for nucleic acid delivery, such as a liposome or lipoplex. LNPs, as described herein, generally do not comprise a bilayer (uni-lamellar) or a concentric series of multiple bilayers (multi-lamellar) separated by aqueous compartments, enclosing a central aqueous compartment. In addition, LNPs, as described herein, generally do not comprise a core or central aqueous compartment. LNPs as described herein generally comprise nucleic acids (e.g., DNA or RNA such as mRNA) and lipids forming a non-lamellar disordered phase. LNPs as described herein can be viewed as oil-in-water emulsions in which the core materials of the LNPs are preferably in a liquid state and thus have a melting point below body temperature.See , e.g.,ACS Nano 2021, 15, 11, 16982–17015; Aldosari,et al. ,Pharmaceutics , 2021, 13, 206.
Les LNP décrites ici comprennent généralement quatre catégories de lipides en plus d’un agent d’acide nucléique (par exemple, de l’ADN ou de l’ARN tel que l’ARNm) : un lipide cationique ou ionisable cationiquement (généralement un lipide ionisable cationiquement), un lipide conjugué à un polymère, un lipide auxiliaire et un stéroïde. Un homme du métier comprendra que diverses combinaisons de ces quatre catégories de lipides peuvent être utilisées pour préparer des nanoparticules lipidiques pour une utilisation dans l’administration d’agents d’acide nucléique.The LNPs described herein generally comprise four categories of lipids in addition to a nucleic acid agent (e.g., DNA or RNA such as mRNA): a cationic or cationically ionizable lipid (generally a cationically ionizable lipid), a polymer-conjugated lipid, a helper lipid, and a steroid. One skilled in the art will understand that various combinations of these four categories of lipids can be used to prepare lipid nanoparticles for use in the delivery of nucleic acid agents.
(i) Lipides cationiques ou ionisables cationiquement(i) Cationic or cationically ionizable lipids
Comme décrit de manière générale ici, une particule d’acide nucléique comprend un acide nucléique et un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique ou ionisable cationiquement utile pour l’incorporation dans une particule d’acide nucléique est un lipide ayant un groupe de tête polaire et une queue aliphatique. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est un lipide dans lequel le groupe de tête polaire a une charge toujours positive (par exemple, comprenant un groupe ammonium quaternaire). Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est un lipide dans lequel, à un pH donné et dans le contexte d’une LNP, le lipide devient chargé positivement, par exemple à un pH inférieur au pH physiologique (par exemple, inférieur à un pH d’environ 7,4) ou à un pH neutre (par exemple, un pH d’environ 7 à 7,5), ou dans certains modes de réalisation, à un pH inférieur à 7 (par exemple, inférieur à 6). Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est un lipide comprenant un groupe de tête polaire qui comprend un ou plusieurs groupes amine tertiaire (ou groupe amine secondaire ou primaire) qui peuvent devenir chargés positivement. Les LNP comprennent généralement des lipides ionisables cationiquement.As generally described herein, a nucleic acid particle comprises a nucleic acid and a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a cationic or cationically ionizable lipid useful for incorporation into a nucleic acid particle is a lipid having a polar head group and an aliphatic tail. In some embodiments, a cationic lipid is a lipid in which the polar head group always has a positive charge (e.g., comprising a quaternary ammonium group). In some embodiments, a cationically ionizable lipid is a lipid wherein, at a given pH and in the context of an LNP, the lipid becomes positively charged, e.g., at a pH below physiological pH (e.g., below a pH of about 7.4) or neutral pH (e.g., a pH of about 7 to 7.5), or in some embodiments, at a pH below 7 (e.g., below 6). In some embodiments, a cationically ionizable lipid is a lipid comprising a polar headgroup that includes one or more tertiary amine groups (or secondary or primary amine groups) that can become positively charged. LNPs generally include cationically ionizable lipids.
Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 30 % en moles à environ 60 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 35 % en moles à environ 55 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 40 % en moles à environ 50 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 50 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 47,0, 47,1, 47,2, 47,3, 47,4, 47,5, 47,6, 47,7, 47,8, 47,9 ou 48,0 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 47,5 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement.In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 30 mol% to about 60 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 35 mol% to about 55 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 40 mol% to about 50 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 50 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 47.0, 47.1, 47.2, 47.3, 47.4, 47.5, 47.6, 47.7, 47.8, 47.9, or 48.0 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 47.5 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid.
Les lipides cationiques ou ionisables cationiquement appropriés sont facilement identifiés par l’homme du métier. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique ou un lipide ionisable cationiquement est celui fourni dans WO 2010/144740 ou WO 2012/016184, qui sont incorporés ici par référence dans leur intégralité. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est choisi parmi le chlorure de N-(2,3-dioléyloxypropyl)-N,N,N-triméthylammonium (DOTMA) ; le bromure de N,N-distéaryl-N,N-diméthylammonium (DDAB), le chlorure de N-(2,3-dioléyloxypropyl)-N,N,N-triméthylammonium (DOTAP), le chlorure de N,N-dioléyl-N,N-diméthylammonium (DODAC) ; le 3-(N-(N′,N′diméthylaminoéthane)-carbamoyl)cholestérol (DC-Chol) et le bromure de N-(1,2-dimyristyloxyprop-3-yl)-N,N-diméthyl-N-hydroxyéthylammonium (DMRIE). Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est choisi parmi le 1,2-dioléoyl-3-diméthylammonium propane (DODAP) ; la N,N-diméthyl-(2,3-dioléoyloxypropyl)amine (DODMA) ; et l’acide 4-(diméthylamino)-butanoïque, l’ester (10Z,13Z)-1-(9Z,12Z)-9,12-octadécadién-1-yl-10,13-nonadécadién-1-yle (DLin-MC3-DMA).Suitable cationic or cationically ionizable lipids are readily identified by those skilled in the art. In some embodiments, a cationic lipid or cationically ionizable lipid is that provided in WO 2010/144740 or WO 2012/016184, which are incorporated herein by reference in their entirety. For example, in some embodiments, a cationic lipid is selected from N-(2,3-dioleyloxypropyl)-N,N,N-trimethylammonium chloride (DOTMA); N,N-distearyl-N,N-dimethylammonium bromide (DDAB), N-(2,3-dioleyloxypropyl)-N,N,N-trimethylammonium chloride (DOTAP), N,N-dioleyl-N,N-dimethylammonium chloride (DODAC); 3-(N-(N′,N′dimethylaminoethane)-carbamoyl)cholesterol (DC-Chol) and N-(1,2-dimyristyloxyprop-3-yl)-N,N-dimethyl-N-hydroxyethylammonium bromide (DMRIE). In some embodiments, a cationically ionizable lipid is selected from 1,2-dioleoyl-3-dimethylammonium propane (DODAP); N,N-dimethyl-(2,3-dioleoyloxypropyl)amine (DODMA); and 4-(dimethylamino)-butanoic acid, (10Z,13Z)-1-(9Z,12Z)-9,12-octadecadien-1-yl-10,13-nonadecadien-1-yl ester (DLin-MC3-DMA).
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est un lipide décrit dans WO 2017/075531 ou WO 2018/081480, chacun d’entre eux étant incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est un lipide représenté par la formule CL-I :
CL-I
In some embodiments, a cationically ionizable lipid is a lipid described in WO 2017/075531 or WO 2018/081480, each of which is incorporated by reference herein in its entirety. In some embodiments, a cationically ionizable lipid is a lipid represented by the formula CL-I:
CL-I
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, dans lequel, tel qu’appliqué à la formule CL-I : l’un des L1ou L2est -O(C═O)-, -(C═O)O-, -C(═O)-, -O-, -S(O)x-, -S-S-, -C(═O)S-, -SC(═O)-, -NRaC(═O)-, -C(═O)NRa-, -NRaC(═O)NRa-, -OC(═O)NRa- ou -NRaC(═O)O-, et l’autre des L1ou L2est -O(C═O)-, -(C═O)O-, -C(═O)-, -O-, -S(O)x-, -S-S-, -C(═O)S-, -SC(═O)-, -NRaC(═O)-, -C(═O)NRa-, -NRaC(═O)NRa-, -OC(═O)NRa- ou -NRaC(═O)O- ou une liaison directe ; G1et G2sont chacun indépendamment un alkylène en C1-C12ou un alcénylène en C1-C12non substitué ; G3est un alkylène en C1-C24, un alcénylène en C1-C24, un cycloalkylène en C3-C8ou un cycloalcénylène en C3-C8; Raest H ou un alkyle en C1-C12; R1et R2sont chacun indépendamment un alkyle en C6-C24ou un alcényle en C6-C24; R3est H, OR5, CN, -C(═O)OR4, -OC(═O)R4ou -NR5C(═O)R4; R4est un alkyle en C1-C12; R5est H ou un alkyle en C1-C6; et x est 0, 1 ou 2.or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, as applied to formula CL-I: one of L1 or L2 is -O(C═O)-, -(C═O)O-, -C(═O)-, -O-, -S(O)x -, -SS-, -C(═O)S-, -SC(═O)-, -NRa C(═O)-, -C(═O)NRa -, -NRa C(═O)NRa -, -OC(═O)NRa - or -NRa C(═O)O-, and the other of L1 or L2 is -O(C═O)-, -(C═O)O-, -C(═O)-, -O-, -S(O)x -, -SS-, -C(═O)S-, -SC(═O)-, -NRa C(═O)-, -C(═O)NRa -, -NRa C(═O)NRa -, -OC(═O)NRa - or -NRa C(═O)O- or a direct bond; G1 and G2 are each independently C1 -C12 alkylene or unsubstituted C1 -C12 alkenylene; G3 is C1 -C24 alkylene, C1 -C24 alkenylene, C3 -C8 cycloalkylene or C3 -C8 cycloalkenylene; Ra is H or C1 -C12 alkyl; R1 and R2 are each independently C6 -C24 alkyl or C6 -C24 alkenyl; R3 is H, OR5 , CN, -C(═O)OR4 , -OC(═O)R4 or -NR5 C(═O)R4 ; R4 is C1 -C12 alkyl; R5 is H or C1 -C6 alkyl; and x is 0, 1 or 2.
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est le bis(2-hexyldécanoate) de ((4-hydroxybutyl)azanediyl)bis(hexane-6,1-diyle) (ALC-0315) ou le bis(2-butyloctanoate) de ((3-hydroxypropyl)azanediyl)bis(nonane-9,1-diyle) (ALC-366) :
Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 40 % en moles à environ 50 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 47,0, 47,1, 47,2, 47,3, 47,4, 47,5, 47,6, 47,7, 47,8, 47,9 ou 48,0 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 47,5 % en moles d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement.In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 40 mol% to about 50 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 47.0, 47.1, 47.2, 47.3, 47.4, 47.5, 47.6, 47.7, 47.8, 47.9, or 48.0 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 47.5 mol% of a cationic or cationically ionizable lipid.
Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est celui décrit dans WO 2017/049245, qui est incorporé par référence dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est représenté par la formule CL-II
CL-II
In some embodiments, a cationic lipid is that described in WO 2017/049245, which is incorporated by reference in its entirety. In some embodiments, a cationic lipid is represented by the formula CL-II
CL-II
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, dans lequel, appliqué à la formule CL-II : R1est choisi dans le groupe constitué par un alkyle en C5-30, un alcényle en C5-20, -R*YR’’, -YR’’, et -R’’M’R’ ; R2et R3sont indépendamment choisis dans le groupe constitué par H, un alkyle en C1-14, un alcényle en C2-14, -R*YR’’, -YR’’, et -R*OR’’, ou R2et R3, conjointement avec l’atome auquel ils sont attachés, forment un hétérocycle ou un carbocycle ; R4est choisi dans le groupe constitué par un carbocycle en C3-6, -(CH2)nQ, -(CH2)nCHQR, -CHQR, -CQR2et un alkyle en C1-6non substitué, où Q est choisi parmi un carbocycle, un hétérocycle, -OR, -O(CH2)nNR2, -C(O)OR, OC(O)R, -CX3, -CX2H, -CXH2, -CN, -NR2, -C(O)NR2, -NRC(O)R, -NRS(O)2R, -NRC(O)NR2, -NRC(S)NR2, -NRR8, -O(CH2)nOR, -NRC(═NR9)NR2, -NRC(═CHR9)NR2, -OC(O)NR2, -NRC(O)OR, -N(OR)C(O)R, -N(OR)S(O)2R, -N(OR)C(O)OR, -N(OR)C(O)NR2, -N(OR)C(S)NR2, N(OR)C(═NR9)NR2, -N(OR)C(═CHR9)NR2, -C(═NR9)NR2, -C(═NR9)R, -C(O)NROR et -CRNR2C(O)OR, et chaque n est indépendamment choisi parmi 1, 2, 3, 4 et 5 ; chaque R5est indépendamment choisi dans le groupe constitué par un alkyle en C1-3, un alcényle en C2-3et H ; chaque R6est indépendamment choisi dans le groupe constitué par un alkyle en C1-3, un alcényle en C2-3, et H ; M et M’ sont choisis indépendamment parmi -C(O)O-, -OC(O)-, -C(O)N(R’)-, -N(R’)C(O)-, -C(O)-, -C(S)-, -C(S)S-, -SC(S)-, -CH(OH)-, -P(O)(OR’)O-, -S(O)2-, -S-S-, un groupe aryle et un groupe hétéroaryle ; R7est choisi dans le groupe constitué par un alkyle en C1-3, un alcényle en C2-3, et H ; R8est choisi dans le groupe constitué par un carbocycle en C3-6et un hétérocycle ; R9est choisi dans le groupe constitué par H, CN, NO2, un alkyle en C1-6, -OR, -S(O)2R, -S(O)2NR2, un alcényle en C2-6, un carbocycle en C3-6et hétérocycle ; chaque R est choisi indépendamment dans le groupe constitué par un alkyle en C1-3, un alcényle en C2-3et H ; chaque R’ est choisi indépendamment dans le groupe constitué par un alkyle en C1-18, un alcényle en C2-18, -R*YR’’, -YR’’, et H ; chaque R’’ est choisi indépendamment dans le groupe constitué par un alkyle en C3-14et un alcényle en C3-14; chaque R* est indépendamment choisi dans le groupe constitué par un alkyle en C1-12et un alcényle en C2-12; chaque Y est indépendamment un carbocycle en C3-6; chaque X est indépendamment choisi dans le groupe constitué de F, Cl, Br et I ; et m est choisi parmi 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 et 13.or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, as applied to formula CL-II: R1 is selected from the group consisting of C5-30 alkyl, C5-20 alkenyl, -R*YR'', -YR'', and -R''M'R'; R2 and R3 are independently selected from the group consisting of H, C1-14 alkyl, C2-14 alkenyl, -R*YR'', -YR'', and -R*OR'', or R2 and R3 , together with the atom to which they are attached, form a heterocycle or a carbocycle; R4 is selected from the group consisting of C3-6 carbocycle, -(CH2 )n Q, -(CH2 )n CHQR, -CHQR, -CQR2 and unsubstituted C1-6 alkyl, wherein Q is selected from carbocycle, heterocycle, -OR, -O(CH2 )n NR2 , -C(O)OR, OC(O)R, -CX3 , -CX2 H, -CXH2 , -CN, -NR2 , -C(O)NR2 , -NRC(O)R, -NRS(O)2 R, -NRC(O)NR2 , -NRC(S)NR2 , -NRR8 , -O(CH2 )n OR, -NRC(═NR9 )NR2 , -NRC(═CHR9 )NR2 , -OC(O)NR2 , -NRC(O)OR, -N(OR)C(O)R, -N(OR)S(O)2 R, -N(OR)C(O)OR, -N(OR)C(O)NR2 , -N(OR)C(S)NR2 , N(OR)C(═NR9 )NR2 , -N(OR)C(═CHR9 )NR2 , -C(═NR9 )NR2 , -C(═NR9 )R, -C(O)NROR and -CRNR2 C(O)OR, and each n is independently selected from 1, 2, 3, 4 and 5; each R5 is independently selected from the group consisting of C1-3 alkyl, C2-3 alkenyl and H; each R6 is independently selected from the group consisting of C1-3 alkyl, C2-3 alkenyl, and H; M and M' are independently selected from -C(O)O-, -OC(O)-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -C(O)-, -C(S)-, -C(S)S-, -SC(S)-, -CH(OH)-, -P(O)(OR')O-, -S(O)2 -, -SS-, an aryl group and a heteroaryl group; R7 is selected from the group consisting of C1-3 alkyl, C2-3 alkenyl, and H; R8 is selected from the group consisting of a C3-6 carbocycle and a heterocycle; R9 is selected from the group consisting of H, CN, NO2 , C1-6 alkyl, -OR, -S(O)2 R, -S(O)2 NR2 , C2-6 alkenyl, C3-6 carbocycle and heterocycle; each R is independently selected from the group consisting of C1-3 alkyl, C2-3 alkenyl and H; each R' is independently selected from the group consisting of C1-18 alkyl, C2-18 alkenyl, -R*YR'', -YR'', and H; each R'' is independently selected from the group consisting of C3-14 alkyl and C3-14 alkenyl; each R* is independently selected from the group consisting of C1-12 alkyl and C2-12 alkenyl; each Y is independently a C3-6 carbocycle; each X is independently selected from the group consisting of F, Cl, Br and I; and m is selected from 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 and 13.
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable par voie cationique est le 8-{(2-hydroxyéthyl)[6-oxo-6-(undécyloxy)hexyl]amino}octanoate) d’heptadécan-9-yle (SM-102) :
SM-102In some embodiments, a cationically ionizable lipid is heptadecan-9-yl 8-{(2-hydroxyethyl)[6-oxo-6-(undecyloxy)hexyl]amino}octanoate (SM-102):
SM-102
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est un lipide décrit dans WO 2015/095340, qui est incorporé par référence dans le présent document dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est représenté par la formule CL-III
CL-III
In some embodiments, a cationically ionizable lipid is a lipid described in WO 2015/095340, which is incorporated by reference herein in its entirety. In some embodiments, a cationic lipid is represented by the formula CL-III
CL-III
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, dans lequel, par rapport à la formule CL-III : n et p sont chacun, indépendamment, 0, 1 ou 2 ; L1représente -OC(O)-, -C(O)O- ou une liaison ; R1est un hétérocyclyle, hétérocyclyle-alkyle en C1-8ou un hétérocyclyle-alcoxyle en C1-8, chacun d’entre eux pouvant être éventuellement substitué par 1, 2, 3, 4 ou 5 groupes, indépendamment choisis parmi un halogène, une formidamidine, un alkyle en C1-8, un cycloalkyle en C3-7, un cycloalkyl en C3-7-alkyle en C1-8, un hétérocyclyle, -[alkylène en (C1-C4)alkylène]v-N(R’)R’’, -O-[alkylène en (C1-C4)]v-N(R’)R’’ ou -N(H)-[alkylène en (C1-C4)]v-N(R’)R’’, où ledit alkylène en (C1-C4) est éventuellement substitué par un ou plusieurs groupes R ; v représente 0, 1, 2, 3 ou 4 ; R représente un hydrogène ou un alkyle en C1-8ou lorsque v représente 0 R est absent ; R’ et R’’, sont chacun, indépendamment, un hydrogène, un alkyle en C1-8; ou R’ et R’’ se combinent avec l’azote auquel ils sont liés, et comportent éventuellement un autre hétéroatome choisi parmi N, O et S, pour former un hétérocycle à 5-8 chaînons ou un hétéroaryle, éventuellement substitué par un alkyle en C1-8, un hydroxy ou un cycloalkyle en C1-8;
R2et R3sont chacun, indépendamment, un alkyle en C7-22, un alcényle en C12-22, un cycloalkyle en C3-8éventuellement substitué par 1, 2 ou 3 groupes alkyle en C1-8,
,
,
or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, with respect to formula CL-III: n and p are each, independently, 0, 1 or 2; L1 represents -OC(O)-, -C(O)O- or a bond; R1 is heterocyclyl, heterocyclyl-C1-8 alkyl or heterocyclyl-C1-8 alkoxyl, each of which may be optionally substituted with 1, 2, 3, 4 or 5 groups, independently selected from halogen, formidamidine, C1-8 alkyl, C3-7 cycloalkyl, C3-7 cycloalkyl-C1-8 alkyl, heterocyclyl, -[(C1 -C4 )alkylene]v -N(R')R'', -O-[(C1 -C4 )alkylene]v -N(R')R'' or -N(H)-[(C1 -C4 )alkylene]v -N(R')R'', wherein said (C1 -C4 )alkylene is optionally substituted with a or more R groups; v represents 0, 1, 2, 3 or 4; R represents hydrogen or C1-8 alkyl or when v represents 0 R is absent; R' and R'', are each, independently, hydrogen, C1-8 alkyl; or R' and R'' combine with the nitrogen to which they are attached, and optionally comprise another heteroatom selected from N, O and S, to form a 5-8 membered heterocycle or heteroaryl, optionally substituted by C1-8 alkyl, hydroxy or C1-8 cycloalkyl;
R2 and R3 are each, independently, C7-22 alkyl, C12-22 alkenyl, C3-8 cycloalkyl optionally substituted with 1, 2 or 3 C1-8 alkyl groups,
,
,
R4est choisi parmi l’hydrogène, un alkyle en C1-14,
.
R4 is selected from hydrogen, C1-14 alkyl,
.
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est représenté par
Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est celui décrit dans WO 2018/087753, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité.In some embodiments, a cationic lipid is that described in WO 2018/087753, which is incorporated herein by reference in its entirety.
Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est représenté par la formule CL-IV :
CL-IV
In some embodiments, a cationic lipid is represented by the formula CL-IV:
CL-IV
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, dans lequel, comme appliqué pour la formule CL-IV : Y représente O ou NH ; T représente C ou S ; W est une liaison, O, NH ou S ; R1est choisi dans le groupe constitué de : (a) NR4R5, dans lequel R4et R5sont chacun indépendamment un alkyle en C1-C4; ou R4et R5forment avec l’azote auquel ils sont attachés un cycle hétérocyclique ou hétéroaromatique à 5 ou 6 chaînons, contenant éventuellement un ou plusieurs hétéroatomes supplémentaires choisis dans le groupe constitué de O, N et S ; ou NR4R5représente un groupe guanidine (-NHC(=NH)NH2) ; (b) la chaîne latérale d’un acide aminé naturel ou non naturel ; et (c) un cycle hétérocyclique ou hétéroaromatique à 5 ou 6 chaînons contenant un ou plusieurs hétéroatomes choisis dans le groupe constitué de O, N et S ; R2et R3sont choisis dans le groupe constitué de : (a) alkyle en C10-C22; (b) un alcényle en C10-C22; (c) un alcynyle en C10-C22; (d) un (alkylène en C4-C10)-Z-alkyle en C4-C22; et (e) un (alkylène en C4-C10)-Z-alkyle en C4-C22; Z représente -O-C(=O)-, -C(=O)-O- ou -O- ; n représente 0, 1, 2, 3, 4, 5 ou 6 ; m représente 0 ou 1 ; p représente 0 ou 1 ; et z représente 0 ou 2.or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, as applied for formula CL-IV: Y represents O or NH; T represents C or S; W is a bond, O, NH or S; R1 is selected from the group consisting of: (a) NR4 R5 , wherein R4 and R5 are each independently C1 -C4 alkyl; or R4 and R5 together with the nitrogen to which they are attached form a 5- or 6-membered heterocyclic or heteroaromatic ring, optionally containing one or more additional heteroatoms selected from the group consisting of O, N and S; or NR4 R5 represents a guanidine group (-NHC(=NH)NH2 ); (b) the side chain of a naturally occurring or unnatural amino acid; and (c) a 5- or 6-membered heterocyclic or heteroaromatic ring containing one or more heteroatoms selected from the group consisting of O, N and S; R2 and R3 are selected from the group consisting of: (a) C10 -C22 alkyl; (b) C10 -C22 alkenyl; (c) C10 -C22 alkynyl; (d) C4 -C10 alkylene-Z-C 4 -C22 alkyl; and (e) C4 -C10 alkylene-Z-C4-C22 alkyl; Z represents -OC(=O)-, -C(=O)-O- or -O-; n represents 0, 1, 2, 3, 4, 5 or 6; m represents 0 or 1; p represents 0 or 1; and z represents 0 or 2.
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est choisi parmi :
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est celui décrit dans WO 2022/081750, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité.In some embodiments, a cationically ionizable lipid is that described in WO 2022/081750, which is incorporated herein by reference in its entirety.
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est un lipide représenté par la formule CL-V-1 :
CL-V-1
In some embodiments, a cationically ionizable lipid is a lipid represented by the formula CL-V-1:
CL-V-1
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, dans lequel, tel qu’appliqué à la formule CL-V-1 :
or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, as applied to formula CL-V-1:
chaque R1et chaque R2sont indépendamment choisis dans le groupe constitué par H, un alkyle en C1-C22éventuellement substitué, un alcényle en C2-C22éventuellement substitué, un alcynyle en C2-C22éventuellement substitué, un cycloalkyle en C3-C6éventuellement substitué, un hétérocycloalkyle en C4-C6éventuellement substitué, un alkylcycloalkyle en C4-C6éventuellement substitué, un aryle en C4-C6éventuellement substitué, un hétéroaryle en C3-C6éventuellement substitué, un aryloxy en C4-C8éventuellement substitué, un arylalkyle en C7-C10éventuellement substitué, un groupe hétéroarylalkyle en C5-C10éventuellement substitué, une amine éventuellement substituée ; ou R1et R2peuvent former ensemble un cycle hétérocycloalkyle ou hétéroaryle à 3-7 chaînons ; chaque R3, R4, R13et R14est indépendamment choisi dans le groupe constitué par un alkyle en C1-C22éventuellement substitué, un alcényle en C2-C22éventuellement substitué, un alcynyle en C2-C22éventuellement substitué ; chaque R5, R6, R7, R8, R9, R10, R15et R16est indépendamment choisi dans le groupe constitué par H, OH, halogéno, phényle, benzyle, alkyle en C1-C22éventuellement substitué, alcényle en C2-C22éventuellement substitué, alcynyle en C2-C22éventuellement substitué ; chacun de w, x, y et z représente indépendamment un entier de 0 à 10 ; chaque Q représente indépendamment un atome choisi parmi O, NH, NR1et S ; chacun des m représente un entier de 0 à 8, de préférence 0, 1 ou 2 ; et chacun des L1et L2est indépendamment choisi dans le groupe constitué par -C(=O)- ; -OC(=O)- ; -OC(=O)O- ; -C(=O)O- ; -C(=O)O(CR5R6R7)- ; -NH-C(=O)- ; -C(=O)NH- ; -SO- ; - SO2- ; -SO3- ; -NSO2- ; -SO2N- ; -NH(alkyle en (C1-C8))- ; -N(alkyle en (C1-C8))2- ; -NH(aryle en (C6))- ; -N((aryle en C6))2- ; -NHC(=O)NH- ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NH- ; -NHC(=O)NR1- ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NR1- ; -C(=O)R1- ; -CO(alkyle en (C1-C8))- ; -CO(aryle en (C6)aryle)- ; -CO2(alkyle en (C1-C8))- ; - CO2(aryle en (C6))- ; -SO2(alkyle en (C1-C8))- ; et -SO2(aryle en (C6))-.each R1 and each R2 are independently selected from the group consisting of H, optionally substituted C1 -C22 alkyl, optionally substituted C2 -C22 alkenyl, optionally substituted C2 -C22 alkynyl, optionally substituted C3 -C6 cycloalkyl, optionally substituted C4 -C6 heterocycloalkyl, optionally substituted C 4 -C 6 alkylcycloalkyl, optionally substituted C4 -C6 aryl, optionally substituted C3 -C6 heteroaryl, optionally substitutedC 4 -C 8aryloxy,optionally substituted C7 -C10 arylalkyl, optionally substituted C5 -C10 heteroarylalkyl, optionally substituted amine; or R1 and R2 together may form a 3-7 membered heterocycloalkyl or heteroaryl ring; each R3 , R4 , R13 and R14 is independently selected from the group consisting of optionally substituted C1 -C22 alkyl, optionally substituted C2 -C22 alkenyl, optionally substituted C2 -C22 alkynyl; each R5 , R6 , R7 , R8 , R9 , R10 , R15 and R16 is independently selected from the group consisting of H, OH, halogeno, phenyl, benzyl, optionally substituted C1 -C22 alkyl, optionally substituted C2 -C22 alkenyl, optionally substituted C2 -C22 alkynyl; each of w, x, y and z independently represents an integer from 0 to 10; each Q independently represents an atom selected from O, NH, NR1 and S; each of m represents an integer from 0 to 8, preferably 0, 1 or 2; and each of L1 and L2 is independently selected from the group consisting of -C(=O)- ; -OC(=O)- ; -OC(=O)O- ; -C(=O)O- ; -C(=O)O(CR5 R6 R7 )- ; -NH-C(=O)- ; -C(=O)NH- ; -SO- ; - SO2 - ; -SO3 - ; -NSO2 - ; -SO2 N- ; -NH((C1 -C8 )alkyl)- ; -N((C1 -C8 )alkyl)2 - ; -NH((C6 )aryl)- ; -N((C6 aryl))2 - ; -NHC(=O)NH- ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NH- ; -NHC(=O)NR1 - ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NR1 - ; -C(=O)R1 - ; -CO((C1 -C8 )alkyl)- ; -CO((C6 )arylaryl)- ; -CO2 ((C1 -C8 )alkyl)- ; -CO2 ((C6 )aryl)- ; -SO2 ((C1 -C8 )alkyl)- ; and -SO2 ((C6 )aryl)-.
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable cationiquement est un lipide représenté par la formule CL-V-2 :
CL-V-2
In some embodiments, a cationically ionizable lipid is a lipid represented by the formula CL-V-2:
CL-V-2
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de ces derniers, dans lequel, appliqué à CL-V-2 :
or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, as applied to CL-V-2:
chaque R1’, R1, R2, R11, et R12est indépendamment choisi dans le groupe constitué par H, un alkyle en C1-C22éventuellement substitué, un alcényle en C2-C22éventuellement substitué, un alcynyle en C2-C22éventuellement substitué, un cycloalkyle en C3-C6éventuellement substitué, un hétérocycloalkyle en C4-C6éventuellement substitué, un alkylcycloalkyle en C4-C6éventuellement substitué, un aryle en C4-C6éventuellement substitué, un hétéroaryle en C3-C6éventuellement substitué, un aryloxy en C4-C8éventuellement substitué, un arylalkyle en C7-C10éventuellement substitué, un groupe hétéroarylalkyle en C5-C10éventuellement substitué, une amine éventuellement substituée ; ou R1et R2peuvent former ensemble un cycle cycloalkyle ou hétérocycloalkyle ; si Q représente S ou O le R1attaché au S ou au O représente une paire d’électrons ; chaque R3et R4est indépendamment choisi dans le groupe constitué par un alkyle en C1-C22éventuellement substitué, un alcényle en C2-C22éventuellement substitué, un alcynyle en C2-C22éventuellement substitué ; chaque R5, R6, R7, R8, R9et R10, est indépendamment choisi dans le groupe constitué par H, OH, halogéno, phényle, benzyle, un alkyle en C1-C22éventuellement substitué, un alcényle en C2-C22éventuellement substitué, un alcynyle en C2-C22éventuellement substitué ; chacun de x, y et z représente indépendamment un entier de 0 à 10 ; G et Q sont chacun indépendamment un atome choisi parmi CH, O, N et S ; m et n sont chacun un nombre entier compris entre 0 et 8, et chacun des L1et L2est indépendamment choisi dans le groupe constitué par -C(=O)- ; -OC(=O)- ; -OC(=O)O- ; -C(=O)O- ; -C(=O)O(CR1R2R3)- ; -NH-C(=O)- ; -C(=O)NH- ; -SO-; -SO2- ; -SO3- ; -NSO2- ; -SO2N- ; -NH(alkyle en (C1-C8))- ; -N(alkyle en (C1-C8))2- ; -NH(aryle en (C6))- ; -N(aryle en (C6))2- ; -NHC(=O)NH- ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NH- ; -NHC(=O)NR1- ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NR1- ; -C(=O)R1- ; -CO(alkyle en (C1-C8))- ; -CO(aryle en (C6))- ; -CO2(alkyle en (C1-C8))- ; -CO2(aryle en (C6))- ; -SO2(alkyle en (C1-C8))- ; et -SO2(aryle en (C6))-.each R 1' , R1 , R2 , R11 , and R12 is independently selected from the group consisting of H, optionally substituted C1 -C22 alkyl, optionally substituted C2 -C22 alkenyl, optionally substituted C2 -C22 alkynyl, optionally substituted C3 -C6 cycloalkyl, optionally substituted C4 -C6 heterocycloalkyl, optionally substituted C4 -C6 alkylcycloalkyl, optionally substituted C4 -C 6 aryl, optionally substituted C 3-C6heteroaryl , optionally substituted C4 -C8 aryloxy, optionally substituted C7 -C10 arylalkyl, optionally substituted C5 -C10 heteroarylalkyl, an optionally substituted amine; or R1 and R2 together may form a cycloalkyl or heterocycloalkyl ring; if Q represents S or O the R1 attached to the S or O represents a pair of electrons; each R3 and R4 is independently selected from the group consisting of optionally substituted C1 -C22 alkyl, optionally substituted C2 -C22 alkenyl, optionally substituted C2 -C22 alkynyl; each R5 , R6 , R7 , R8 , R9 and R10 , is independently selected from the group consisting of H, OH, halogeno, phenyl, benzyl, optionally substituted C1 -C22 alkyl, optionally substituted C2 -C22 alkenyl, optionally substituted C2 -C22 alkynyl; each of x, y and z independently represents an integer from 0 to 10; G and Q are each independently an atom selected from CH, O, N and S; m and n are each an integer from 0 to 8, and each of L1 and L2 is independently selected from the group consisting of -C(=O)- ; -OC(=O)- ; -OC(=O)O- ; -C(=O)O- ; -C(=O)O(CR1 R2 R3 )- ; -NH-C(=O)- ; -C(=O)NH- ; -SO-; -SO2 - ; -SO3 - ; -NSO2 - ; -SO2 N- ; -NH((C1 -C8 )alkyl)- ; -N((C1 -C8 )alkyl)2 - ; -NH((C6 )aryl)- ; -N((C6 ) aryl)2 - ; -NHC(=O)NH- ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NH- ; -NHC(=O)NR1 - ; -NHC(=O)O- ; -OC(=O)NR1 - ; -C(=O)R1 - ; -CO((C1 -C8 ) alkyl)- ; -CO((C6 ) aryl)- ; -CO2 ((C1 -C8 ) alkyl)- ; -CO2 ((C6 ) aryl)- ; -SO2 ((C1 -C8 ) alkyl)- ; and -SO2 ((C6 ) aryl)-.
Dans certains modes de réalisation, un lipide ionisable par voie cationique est choisi parmi : le 3,3’-((2-(4-méthylpipérazin-1-yl)éthyl)azanediyl)dipropionate de di(heptadécan-9-yle) (BHD-C2C2-PipZ) ; le 3,3’-((2-(1-méthylpyrrolidin-2-yl)éthyl)azanediyl)dipropionate de bis(2-octyldodécyle) (BODD-C2C2-1Me-Pyr) ; le 3,3’-((2-(pyrrolidin-1-yl)éthyl)azanediyl)dipropionate de bis(2-octyldodécyle) (BODD-C2C2-Pyr) ; 3,3’-(((1-méthylpipéridin-3-yl)méthyl)azanediyl)dipropionate de bis(2-octyldodécyle) (BODD-C2C2-1Me-3PipD) ; le 3,3’-((2-(diméthylamino)éthyl)azanediyl)dipropionate de bis(2-octyldodécyle) (BODD-C2C2-DMA) ; le 3,3’-((4-(4-méthylpipérazin-1-yl)butyl)azanediyl)dipropionate de bis(2-octyldodécyle) (BODD-C2C4-PipZ) ; le 3,3’-((4-(pyrrolidin-1-yl)butyl)azanediyl)dipropionate de bis(2-octyldodécyle) (BODD-C2C4-Pyr) ; et le 3,3’-((4-(4-méthylpipérazin-1-yl)butyl)azanediyl)dipropionate de bis(2-hexyldécyl) (BHD-C2C4-PipZ).In some embodiments, a cationically ionizable lipid is selected from: di(heptadecan-9-yl) 3,3’-((2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethyl)azanediyl)dipropionate (BHD-C2C2-PipZ); bis(2-octyldodecyl) 3,3’-((2-(1-methylpyrrolidin-2-yl)ethyl)azanediyl)dipropionate (BODD-C2C2-1Me-Pyr); bis(2-octyldodecyl) 3,3’-((2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl)azanediyl)dipropionate (BODD-C2C2-Pyr); 3,3’-(((1-methylpiperidin-3-yl)methyl)azanediyl)dipropionate bis(2-octyldodecyl) (BODD-C2C2-1Me-3PipD); 3,3’-((2-(dimethylamino)ethyl)azanediyl)dipropionate bis(2-octyldodecyl) (BODD-C2C2-DMA); 3,3’-((4-(4-methylpiperazin-1-yl)butyl)azanediyl)dipropionate bis(2-octyldodecyl) (BODD-C2C4-PipZ); 3,3’-((4-(pyrrolidin-1-yl)butyl)azanediyl)dipropionate bis(2-octyldodecyl) (BODD-C2C4-Pyr); and bis(2-hexyldecyl) 3,3’-((4-(4-methylpiperazin-1-yl)butyl)azanediyl)dipropionate (BHD-C2C4-PipZ).
Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique (LNP) comprend un lipide cationique ou ionisable cationiquement choisi dans le groupe constitué de : BHD-C2C2-PipZ, BODD-C2C2-1Me-Pyr, ALC-0315, ALC-366, SM-102, HY-501, EA-405, HY-405, DODMA et Dlin-MC3-DMA. Dans certains modes de réalisation, une LNP comprend un lipide cationique ou ionisable cationiquement choisi dans le groupe constitué de : BHD-C2C2-PipZ ; BODD-C2C2-1Me-Pyr ; ALC-0315 ; SM-102 ; HY-501 et DODMA. Dans certains modes de réalisation, une LNP comprend environ 40 % en moles à environ 50 % en moles (par exemple, environ 47,5 % en moles) (par rapport à la quantité totale de lipides dans une LNP) d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement choisi dans le groupe constitué de : BHD-C2C2-PipZ ; BODD-C2C2-1Me-Pyr ; ALC-0315 ; ALC-0366 ; SM-102 ; HY-501 ; EA-405 ; HY-405 ; DODMA ; et Dlin-MC3-DMA. Dans certains modes de réalisation, une LNP comprend environ 40 % en moles à environ 50 % en moles (par exemple, environ 47,5 % en moles) (par rapport à la quantité totale de lipides dans une LNP) d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement choisi dans le groupe constitué de : BHD-C2C2-PipZ ; BODD-C2C2-1Me-Pyr ; ALC-0315 ; SM-102 ; HY-501 ; et DODMA.In some embodiments, a lipid nanoparticle (LNP) comprises a cationic or cationically ionizable lipid selected from the group consisting of: BHD-C2C2-PipZ, BODD-C2C2-1Me-Pyr, ALC-0315, ALC-366, SM-102, HY-501, EA-405, HY-405, DODMA and Dlin-MC3-DMA. In some embodiments, a LNP comprises a cationic or cationically ionizable lipid selected from the group consisting of: BHD-C2C2-PipZ; BODD-C2C2-1Me-Pyr; ALC-0315; SM-102; HY-501 and DODMA. In some embodiments, an LNP comprises about 40 mol% to about 50 mol% (e.g., about 47.5 mol%) (based on the total amount of lipids in an LNP) of a cationic or cationically ionizable lipid selected from the group consisting of: BHD-C2C2-PipZ; BODD-C2C2-1Me-Pyr; ALC-0315; ALC-0366; SM-102; HY-501; EA-405; HY-405; DODMA; and Dlin-MC3-DMA. In some embodiments, an LNP comprises about 40 mol% to about 50 mol% (e.g., about 47.5 mol%) (based on the total amount of lipids in an LNP) of a cationic or cationically ionizable lipid selected from the group consisting of: BHD-C2C2-PipZ; BODD-C2C2-1Me-Pyr; ALC-0315; SM-102; HY-501; and DODMA.
(ii) Lipides auxiliaires(ii) Auxiliary lipids
Comme décrit ici, les nanoparticules lipidiques de la présente invention comprennent un lipide auxiliaire. Dans certains modes de réalisation, un lipide auxiliaire est ou comprend des phosphatidylcholines, des phosphatidyléthanolamines, des phosphatidylglycérols, des acides phosphatidiques, des phosphatidylsérines ou de la sphingomyéline. Dans certains modes de réalisation, un lipide auxiliaire est un phospholipide. Dans certains modes de réalisation, un lipide auxiliaire est ou comprend la 1,2-distéaroyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (DSPC), la 1,2-dipalmitoyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (DPPC), la 1,2-dimyristoyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (DMPC), la 1-palmitoyl-2-oléoyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (POPC), la 1,2-dioléoyl-sn-glycéro-3-phosphocholine (DOPC), les phosphatidyléthanolamines telles que la 1,2-dioléoyl-sn-glycéro-3-phosphoéthanolamine (DOPE), la distéaroyl-phosphatidyléthanolamine (DSPE), les sphingomyélines, la N-palmitoyl-D-érythro-sphingosylphosphorylcholine (SM), la 1,2‑diacylglycéryl-3-O-4’-(N,N,N-triméthyl)-homosérine (DGTS), les céramides et leurs dérivés. Dans certains modes de réalisation, un lipide auxiliaire est choisi dans le groupe constitué de DSPC, DOPC, DMPC, DPPC, POPC, DOPE, DSPE et SM. Dans certains modes de réalisation, le lipide auxiliaire est choisi dans le groupe constitué de DSPC, DPPC, DMPC, DOPC, POPC, DOPE et SM. Dans certains modes de réalisation, le lipide auxiliaire est le DSPC.As described herein, the lipid nanoparticles of the present invention comprise an auxiliary lipid. In some embodiments, an auxiliary lipid is or comprises phosphatidylcholines, phosphatidylethanolamines, phosphatidylglycerols, phosphatidic acids, phosphatidylserines, or sphingomyelin. In some embodiments, an auxiliary lipid is a phospholipid. In some embodiments, an auxiliary lipid is or includes 1,2-distearoyl- sn-glycero-3-phosphocholine (DSPC), 1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DPPC), 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DMPC), 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (POPC), 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DOPC), phosphatidylethanolamines such as 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine (DOPE), distearoyl-phosphatidylethanolamine (DSPE), sphingomyelins, N-palmitoyl-D-erythro-sphingosylphosphorylcholine (SM), 1,2-diacylglyceryl-3-O-4'-(N,N,N-trimethyl)-homoserine (DGTS), ceramides and their derivatives. In some embodiments, an auxiliary lipid is selected from the group consisting of DSPC, DOPC, DMPC, DPPC, POPC, DOPE, DSPE and SM. In some embodiments, the auxiliary lipid is selected from the group consisting of DSPC, DPPC, DMPC, DOPC, POPC, DOPE and SM. In some embodiments, the auxiliary lipid is DSPC.
Les lipides auxiliaires peuvent être synthétiques ou d’origine naturelle. D’autres lipides auxiliaires appropriés pour une utilisation dans une nanoparticule lipidique sont décrits dans WO 2021/026358, WO 2017/075531 et WO 2018/081480, dont l’intégralité du contenu de chacun d’entre eux est incorporée ici par référence.The auxiliary lipids may be synthetic or naturally occurring. Other auxiliary lipids suitable for use in a lipid nanoparticle are described in WO 2021/026358, WO 2017/075531 and WO 2018/081480, the entire contents of each of which are incorporated herein by reference.
Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 5 à environ 15 % en moles d’un lipide auxiliaire. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 5 à environ 15 % en moles d’un phospholipide. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 8 à environ 12 % en moles d’un phospholipide. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 10 % en moles d’un phospholipide. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 5 à environ 15 % en moles de DSPC. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 8 à environ 12 % en moles de DSPC. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 10 % en moles de DSPC.In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 5 to about 15 mol% of an auxiliary lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 5 to about 15 mol% of a phospholipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 8 to about 12 mol% of a phospholipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 10 mol% of a phospholipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 5 to about 15 mol% of DSPC. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 8 to about 12 mol% of DSPC. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 10 mol% of DSPC.
(iii) Lipides conjugués à un polymère(iii) Lipids conjugated to a polymer
Comme décrit ici, les LNP de la présente invention comprennent un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère est un lipide conjugué au polyéthylène glycol (un « PEG-lipide »). Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est choisi parmi le diacylglycérol pégylé (PEG-DAG) tel que le 1-(monométhoxy-polyéthylène glycol)-2,3-dimyristoylglycérol (PEG-DMG) (par exemple, le 1,2-dimyristoyl-rac-glycéro-3-méthoxypolyéthylène glycol-2000 (PEG2000-DMG)), une phosphatidyléthanolamine pégylée (PEG-PE), un diacylglycérol succinate PEG (PEG-S-DAG) tel que le 4-O-(2’,3’-di(tétradécanoyloxy)propyl-1-O-(ω-méthoxy(polyéthoxy)éthyl)butanedioate (PEG-S-DMG), le 1,2-distéaroyl-sn-glycéro-3-phosphoéthanolamine-N-[amino(polyéthylène glycol)-2000] (DSPE-PEG2000 amine), un céramide pégylé (PEG-cer) ou un dialkoxypropylcarbamate de PEG tel que le ω-méthoxy(polyéthoxy)éthyl-N-(2,3-di(tétradécanoxy)propyl)carbamate et le 2,3-di(tétradécanoxy)propyl-Ν-(ω-méthoxy(polyéthoxy)éthyl)carbamate. Dans certains modes de réalisation, un groupe PEG qui fait partie d’un PEG-lipide a, en moyenne dans une composition comprenant une ou plusieurs molécules PEG-lipide, un poids moléculaire moyen en nombre (Mn) d’environ 2 000 g/mol.As described herein, the LNPs of the present invention comprise a lipid conjugated to a polymer. In some embodiments, a lipid conjugated to a polymer is a lipid conjugated to polyethylene glycol (a "PEG-lipid"). In some embodiments, a PEG-lipid is selected from pegylated diacylglycerol (PEG-DAG) such as 1-(monomethoxy-polyethylene glycol)-2,3-dimyristoylglycerol (PEG-DMG) (e.g., 1,2-dimyristoyl-rac-glycero-3-methoxypolyethylene glycol-2000 (PEG2000-DMG)), pegylated phosphatidylethanolamine (PEG-PE), PEG diacylglycerol succinate (PEG-S-DAG) such as 4-O-(2',3'-di(tetradecanoyloxy)propyl-1-O-(ω-methoxy(polyethoxy)ethyl)butanedioate (PEG-S-DMG), 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[amino(polyethylene glycol)-2000] (DSPE-PEG2000 amine), a pegylated ceramide (PEG-cer) or a PEG dialkoxypropylcarbamate such as ω-methoxy(polyethoxy)ethyl-N-(2,3-di(tetradecanoxy)propyl)carbamate and 2,3-di(tetradecanoxy)propyl-N-(ω-methoxy(polyethoxy)ethyl)carbamate. In some embodiments, a PEG group that is part of a PEG-lipid has, on average in a composition comprising one or more PEG-lipid molecules, a number average molecular weight (Mn ) of about 2,000 g/mol.
Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est le DMG-PEG. Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est le PEG2000-DMG :
In some embodiments, a PEG-lipid is DMG-PEG. In some embodiments, a PEG-lipid is PEG2000-DMG:
Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est fourni dans WO 2021/026358, WO 2017/075531 ou WO 2018/081480, chacun d’entre eux étant incorporé par référence dans son intégralité.In some embodiments, a PEG-lipid is provided in WO 2021/026358, WO 2017/075531 or WO 2018/081480, each of which is incorporated by reference in its entirety.
Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est un composé de formule PCL-I :
PCL-I
In some embodiments, a PEG-lipid is a compound of formula PCL-I:
PCL-I
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, dans lequel, tel qu’appliqué à la formule PGL-I, R8et R9sont chacun indépendamment aliphatiques en C10-C30, éventuellement interrompus par une ou plusieurs liaisons ester, et w est un entier de 30 à 60. Dans certains modes de réalisation, un composé de formule PCL-I est le 2-[(polyéthylène glycol)-2000]-N,N-ditétradécylacétamide (ALC-0159). Dans certains modes de réalisation, un composé de formule PCL-I est :
or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, as applied to formula PGL-I, R8 and R9 are each independently C10 -C30 aliphatic, optionally interrupted by one or more ester linkages, and w is an integer from 30 to 60. In some embodiments, a compound of formula PCL-I is 2-[(polyethylene glycol)-2000]-N,N-ditetradecylacetamide (ALC-0159). In some embodiments, a compound of formula PCL-I is:
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, où n’ est un entier d’environ 45 à environ 50.or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein n' is an integer from about 45 to about 50.
Dans certains modes de réalisation, le PEG-lipide est représenté par :
In some embodiments, the PEG-lipid is represented by:
où n a une valeur moyenne comprise entre 30 et 60. Dans certains modes de réalisation, n est égal à 50. Dans un mode de réalisation, le lipide conjugué au PEG (lipide pégylé) est le PEG2000-C-DMA qui désigne de préférence la 3-N-[(ω-méthoxy poly(éthylène glycol)2000)carbamoyl]-1,2-dimyristyloxy-propylamine (MPEG-(2 kDa)-C-DMA) ou le méthoxy-polyéthylène glycol-2,3-bis(tétradécyloxy) propylcarbamate (2000).where n has an average value between 30 and 60. In some embodiments, n is 50. In one embodiment, the PEG-conjugated lipid (PEGylated lipid) is PEG2000 -C-DMA which preferably denotes 3-N-[(ω-methoxy poly(ethylene glycol)2000)carbamoyl]-1,2-dimyristyloxy-propylamine (MPEG-(2 kDa)-C-DMA) or methoxy-polyethylene glycol-2,3-bis(tetradecyloxy) propylcarbamate (2000).
Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est choisi parmi PEG-DAG, PEG-PE, PEG-S-DAG, PEG2000-DMG, ALC-159, PEG2000-C-DMA PEG-S-DMG, PEG-cer et des combinaisons de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est l’ALC-0159 ou PEG2000-DMG. Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est ALC-0159. Dans certains modes de réalisation, un PEG-lipide est le PEG2000-DMG.In some embodiments, a PEG-lipid is selected from PEG-DAG, PEG-PE, PEG-S-DAG, PEG2000-DMG, ALC-159, PEG2000 -C-DMA PEG-S-DMG, PEG-cer, and combinations thereof. In some embodiments, a PEG-lipid is ALC-0159 or PEG2000-DMG. In some embodiments, a PEG-lipid is ALC-0159. In some embodiments, a PEG-lipid is PEG2000-DMG.
Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère est un lipide conjugué à la polysarcosine, également appelé ici lipide sarcosinylé ou pSar-lipide. Le terme « lipide sarcosinylé » désigne une molécule comprenant à la fois une partie lipidique et une partie polysarcosine (poly(N-méthylglycine)).In some embodiments, a polymer-conjugated lipid is a polysarcosine-conjugated lipid, also referred to herein as a sarcosinylated lipid or pSar-lipid. The term "sarcosinylated lipid" refers to a molecule comprising both a lipid moiety and a polysarcosine (poly(N-methylglycine)) moiety.
Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère est celui décrit dans le document WO 2024/028325, qui est incorporé ici par référence dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère est représenté par la formule PCL-II :
PCL-II
In some embodiments, a polymer-conjugated lipid is that described in WO 2024/028325, which is incorporated herein by reference in its entirety. In some embodiments, a polymer-conjugated lipid is represented by the formula PCL-II:
PCL-II
ou un sel pharmaceutiquement acceptable de celui-ci, dans lequel, appliqué à la formule PCL-II : X2et X1pris ensemble sont un amide éventuellement substitué, un thioamide éventuellement substitué, un ester ou un thioester ; Y est -CH2-, -(CH2)2- ou –(CH2)3- ; z est 2 à 24 ; et n est 1 à 100. Dans certains modes de réalisation de la formule PCL-II : (i) lorsque X1est -C(O)- alors X2est -NR1- ; (ii) lorsque X1est -NR1- alors X2est -C(O)- ; (iii) lorsque X1est -C(S)- alors X2est -NR1- ; (iv) lorsque X1est -NR1- alors X2est -C(S)- ; (v) lorsque X1est -C(O)- alors X2est -O- ; (vi) lorsque X1est -O- alors X2est -C(O)- ; (vii) lorsque X1est -C(S)- alors X2est -O- ; (viii) lorsque X1est -O- alors X2est -C(S)- ; (ix) lorsque X1est -C(O)- alors X2est -S- ; ou (x) lorsque X1est -S- alors X2est -C(O)- ; où R1est un hydrogène ou un alkyle en C1-8. Dans certains modes de réalisation de formule PCL-II : (i) lorsque X1est -C(O)- alors X2est -NR1- ; (ii) lorsque X1est -NR1- alors X2est -C(O)- ; (iii) lorsque X1est -C(S)- alors X2est -NR1- ; (iv) lorsque X1est -NR1- alors X2est -C(S)- ; (v) lorsque X1est -C(O)- alors X2est -O- ; ou (vi) lorsque X1est -O- alors X2est -C(O)- ; dans laquelle R1est un hydrogène ou un alkyle en C1-8.or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein, as applied to formula PCL-II: X2 and X1 taken together are an optionally substituted amide, an optionally substituted thioamide, an ester or a thioester; Y is -CH2 -, -(CH2 )2 - or -(CH2 )3 -; z is 2 to 24; and n is 1 to 100. In certain embodiments of formula PCL-II: (i) when X1 is -C(O)- then X2 is -NR1 -; (ii) when X1 is -NR1 - then X2 is -C(O)-; (iii) when X1 is -C(S)- then X2 is -NR1 -; (iv) when X1 is -NR1 - then X2 is -C(S)-; (v) when X1 is -C(O)- then X2 is -O-; (vi) when X1 is -O- then X2 is -C(O)-; (vii) when X1 is -C(S)- then X2 is -O-; (viii) when X1 is -O- then X2 is -C(S)-; (ix) when X1 is -C(O)- then X2 is -S-; or (x) when X1 is -S- then X2 is -C(O)-; where R1 is hydrogen or C1-8 alkyl. In certain embodiments of formula PCL-II: (i) when X1 is -C(O)- then X2 is -NR1 -; (ii) when X1 is -NR1 - then X2 is -C(O)-; (iii) when X1 is -C(S)- then X2 is -NR1 -; (iv) when X1 is -NR1 - then X2 is -C(S)-; (v) when X1 is -C(O)- then X2 is -O-; or (vi) when X1 is -O- then X2 is -C(O)-; wherein R1 is hydrogen or C1-8 alkyl.
Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère comprend des monomères d’acide 2-(2-(2-aminoéthoxy)éthoxy)acétique. Dans certains modes de réalisation, le polymère du lipide conjugué à un polymère est ou comprend du poly(acide 2-(2-(2-aminoéthoxy)éthoxy)acétique) (pAEEA) ou du poly(acide 2-(2-(2-méthylaminoéthoxy)éthoxy)acétique) (pMAEEA), ou un dérivé de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère comprend des monomères de l’unité PCL-II-1 :
PCL-II-1In some embodiments, a polymer-conjugated lipid comprises 2-(2-(2-aminoethoxy)ethoxy)acetic acid monomers. In some embodiments, the polymer of the polymer-conjugated lipid is or comprises poly(2-(2-(2-aminoethoxy)ethoxy)acetic acid) (pAEEA) or poly(2-(2-(2-methylaminoethoxy)ethoxy)acetic acid) (pMAEEA), or a derivative thereof. In some embodiments, a polymer-conjugated lipid comprises monomers of the PCL-II-1 unit:
PCL-II-1
Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère comprend 5 à 50, 5 à 25 ou 10 à 25 monomères de PCL-II-1. Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère comprend 14 à 17 monomères de PCL-II-1. Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère comprend 8 à 14 monomères de PCL-II-1 . Dans certains modes de réalisation, un lipide conjugué à un polymère est choisi dans le tableau ci-dessous :
Dans certains modes de réalisation, une LNP comprend un lipide conjugué à la polysarcosine ou à la pAEEA/pMAEEA, tel que décrit ici. Dans certains modes de réalisation, les particules d’acide nucléique (par exemple, des particules d’ADN ou d’ARN) décrites ici comprennent un lipide conjugué à la polysarcosine ou à un lipide conjugué à la pAEEA/pMAEEA et sont sensiblement exemptes de lipide pégylé (ou ne contiennent pas de lipide pégylé).In some embodiments, an LNP comprises a lipid conjugated to polysarcosine or pAEEA/pMAEEA, as described herein. In some embodiments, the nucleic acid particles (e.g., DNA or RNA particles) described herein comprise a lipid conjugated to polysarcosine or a lipid conjugated to pAEEA/pMAEEA and are substantially free of PEGylated lipid (or do not contain PEGylated lipid).
Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 0,5 à environ 5,0 % en moles d’un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 1,0 à environ 2,5 % en moles d’un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 1,5 à environ 2,0 % en moles d’un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 1,5 à environ 1,8 % en moles d’un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 1,5 % en moles à environ 1,8 % en moles (par rapport à la quantité totale de lipides dans une nanoparticule lipidique) d’un lipide conjugué à un polymère choisi dans le groupe constitué de : DSPE-AEEA14-AC ; VE-AEEA14-AC ; ALC-0159 et PEG2000-DMG. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 1,5 % en moles à environ 1,8 % en moles (par rapport à la quantité totale de lipides dans une nanoparticule lipidique) d’un lipide conjugué à un polymère choisi dans le groupe constitué de : DSPE-AEEA14-AC ; VE-AEEA14-AC et PEG2000-DMG. Dans certains modes de réalisation, un rapport molaire d’un lipide cationique ou ionisable cationiquement à un lipide conjugué à un polymère est d’environ 2:1 à environ 8:1.In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 0.5 to about 5.0 mol% of a polymer-conjugated lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 1.0 to about 2.5 mol% of a polymer-conjugated lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 1.5 to about 2.0 mol% of a polymer-conjugated lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 1.5 to about 1.8 mol% of a polymer-conjugated lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 1.5 mol% to about 1.8 mol% (based on the total amount of lipids in a lipid nanoparticle) of a polymer-conjugated lipid selected from the group consisting of: DSPE-AEEA14-AC; VE-AEEA14-AC; ALC-0159 and PEG2000-DMG. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 1.5 mol% to about 1.8 mol% (based on the total amount of lipids in a lipid nanoparticle) of a polymer-conjugated lipid selected from the group consisting of: DSPE-AEEA14-AC; VE-AEEA14-AC and PEG2000-DMG. In some embodiments, a molar ratio of a cationic or cationically ionizable lipid to a polymer-conjugated lipid is about 2:1 to about 8:1.
(iv) Stéroïdes(iv) Steroids
Comme décrit de manière générale ici, les nanoparticules lipidiques comprennent en outre un stéroïde. Dans certains modes de réalisation, un stéroïde est un stérol. Dans certains modes de réalisation, un stérol est le β-sitostérol, le stigmastérol, le cholestérol, le cholécalciférol, l’ergocalciférol, le calcipotriol, la botuline, le lupéol, l’acide ursolique, l’acide oléanolique, le cycloarténol, le lanostérol ou l’α-tocophérol. Dans certains modes de réalisation, un stérol est le cholestérol. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 39 à environ 49 % en moles d’un stéroïde. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 40 à environ 46 % en moles d’un stéroïde. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 40 à environ 44 % en moles d’un stéroïde.As generally described herein, the lipid nanoparticles further comprise a steroid. In some embodiments, a steroid is a sterol. In some embodiments, a sterol is β-sitosterol, stigmasterol, cholesterol, cholecalciferol, ergocalciferol, calcipotriol, botulin, lupeol, ursolic acid, oleanolic acid, cycloartenol, lanosterol, or α-tocopherol. In some embodiments, a sterol is cholesterol. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 39 to about 49 mol% of a steroid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 40 to about 46 mol% of a steroid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 40 to about 44 mol% of a steroid.
Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : environ 30 à environ 60 % en moles d’un lipide ionisable cationiquement ; environ 18,5 à environ 48,5 % en moles d’un stéroïde (par exemple, le cholestérol) ; environ 0 à environ 30 % en moles d’un lipide auxiliaire (par exemple, la DSPC) ; et environ 0 à environ 10 % en moles d’un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : environ 35 à environ 55 % en moles d’un lipide ionisable cationiquement ; environ 30 à environ 40 % en moles d’un stéroïde (par exemple, le cholestérol) ; environ 5 à environ 25 % en moles d’un lipide auxiliaire (par exemple, la DSPC) ; et environ 0 à environ 10 % en moles d’un lipide conjugué à un polymère. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : environ 40 à environ 50 % en moles d’un lipide ionisable cationiquement ; environ 30 à environ 45 % en moles d’un stéroïde (par exemple, le cholestérol) ; environ 5 à environ 15 % en moles d’un lipide auxiliaire (par exemple, la DSPC) ; et environ 1 à environ 2,5 % en moles d’un lipide conjugué à un polymère.In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: about 30 to about 60 mol% of a cationically ionizable lipid; about 18.5 to about 48.5 mol% of a steroid (e.g., cholesterol); about 0 to about 30 mol% of a helper lipid (e.g., DSPC); and about 0 to about 10 mol% of a polymer-conjugated lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: about 35 to about 55 mol% of a cationically ionizable lipid; about 30 to about 40 mol% of a steroid (e.g., cholesterol); about 5 to about 25 mol% of a helper lipid (e.g., DSPC); and about 0 to about 10 mol% of a polymer-conjugated lipid. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: about 40 to about 50 mol% of a cationically ionizable lipid; about 30 to about 45 mol% of a steroid (e.g., cholesterol); about 5 to about 15 mol% of an auxiliary lipid (e.g., DSPC); and about 1 to about 2.5 mol% of a polymer-conjugated lipid.
Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : 47,5 % en moles de dipropionate de di(heptadécan-9-yl) 3,3’-((2-(4-méthylpipérazin-1-yl)éthyl)azanediyle) (BHD-C2C2-PipZ) ; 10 % en moles de DSPC ; 40,7 % en moles de cholestérol ; et 1,8 % en moles de VE-AEEA14-AC. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : 47,5 % en moles de dipropionate de di(heptadécan-9-yl) 3,3’-((2-(4-méthylpipérazin-1-yl)éthyl)azanediyle) (BHD-C2C2-PipZ) ; 10 % en moles de DSPC ; 40,7 % en moles de cholestérol ; et 1,8 % en moles de PEG2000-DMG. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : environ 47,5 % en moles d’ALC-0315 ; environ 10 % en moles de DSPC ; environ 40,7 % en moles de cholestérol ; et environ 1,8 % en moles d’ALC-159. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : environ 47,5 % en moles d’ALC-366 ; environ 10 % en moles de DSPC ; environ 40,7 % en moles de cholestérol ; et environ 1,8 % en moles d’ALC-159. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend environ 50 % en moles de SM-102 ; environ 1,5 % en moles de PEG2000-DMG ; environ 10 % en moles de DSPC ; et environ 38,5 % en moles de cholestérol. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : 47,5 % en moles de dipropionate de bis(2-octyldodécyl) 3,3’-((2-(1-méthylpyrrolidin-2-yl)éthyl)azanediyle) (BODD-C2C2-1Me-Pyr) ; 10 % en moles de DSPC ; 40,7 % en moles de cholestérol ; et 1,8 % en moles de VE-AEEA14-AC. Dans certains modes de réalisation, une nanoparticule lipidique comprend : 47,5 % en moles de bis(2-octyldodécyl) 3,3’-((2-(1-méthylpyrrolidin-2-yl)éthyl)azanediyl)dipropionate (BODD-C2C2-1Me-Pyr) ; 10 % en moles de DSPC ; 40,7 % en moles de cholestérol ; et 1,8 % en moles de PEG2000-DMG.In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: 47.5 mol% di(heptadecan-9-yl) 3,3'-((2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethyl)azanediyl dipropionate) (BHD-C2C2-PipZ); 10 mol% DSPC; 40.7 mol% cholesterol; and 1.8 mol% VE-AEEA14-AC. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: 47.5 mol% di(heptadecan-9-yl) 3,3'-((2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethyl)azanediyl dipropionate) (BHD-C2C2-PipZ); 10 mol% DSPC; 40.7 mol% cholesterol; and 1.8 mol% PEG2000-DMG. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: about 47.5 mol% ALC-0315; about 10 mol% DSPC; about 40.7 mol% cholesterol; and about 1.8 mol% ALC-159. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: about 47.5 mol% ALC-366; about 10 mol% DSPC; about 40.7 mol% cholesterol; and about 1.8 mol% ALC-159. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises about 50 mol% SM-102; about 1.5 mol% PEG2000-DMG; about 10 mol% DSPC; and about 38.5 mol% cholesterol. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: 47.5 mol% bis(2-octyldodecyl) 3,3’-((2-(1-methylpyrrolidin-2-yl)ethyl)azanediyl) dipropionate (BODD-C2C2-1Me-Pyr); 10 mol% DSPC; 40.7 mol% cholesterol; and 1.8 mol% VE-AEEA14-AC. In some embodiments, a lipid nanoparticle comprises: 47.5 mol% bis(2-octyldodecyl) 3,3’-((2-(1-methylpyrrolidin-2-yl)ethyl)azanediyl)dipropionate (BODD-C2C2-1Me-Pyr); 10 mol% DSPC; 40.7 mol% cholesterol; and 1.8 mol% PEG2000-DMG.
(v) Préparation(v) Preparation
Des lipides et des nanoparticules lipidiques comprenant des acides nucléiques et leur procédé de préparation sont connus dans le domaine, notamment, par exemple, comme décrit dans les publications de brevets américains n° 2016/0009637, 2015/0273068, 2014/0200257, 2013/0338210, 2013/0245107, 2013/0123338, 2013/0017223, 2012/0183581, 2012/0027803, 2011/0311583, 2011/0216622, 2011/0117125, 2007/0042031, 2006/0083780, 2005/017054, 2004/0142025, 2007/0042031, 1999/009076 et Numéros de publication PCT WO 99/39741, WO 2018/081480, WO 2017/004143, WO 2017/075531, WO 2015/199952, WO 2013/086322, WO 2013/016058, WO 2013/086373, WO 2011/141705, WO 2022/016089, WO 2022/081752, dont les divulgations complètes sont incorporées par référence dans leur intégralité aux fins décrites dans le présent document.Lipids and lipid nanoparticles comprising nucleic acids and a method for preparing them are known in the art, including, for example, as described in U.S. Patent Publication Nos. 2016/0009637, 2015/0273068, 2014/0200257, 2013/0338210, 2013/0245107, 2013/0123338, 2013/0017223, 2012/0183581, 2012/0027803, 2011/0311583, 2011/0216622, 2011/0117125, 2007/0042031, 2006/0083780, 2005/017054, 2004/0142025, 2007/0042031, 1999/009076 and PCT Publication Numbers WO 99/39741, WO 2018/081480, WO 2017/004143, WO 2017/075531, WO 2015/199952, WO 2013/086322, WO 2013/016058, WO 2013/086373, WO 2011/141705, WO 2022/016089, WO 2022/081752, the complete disclosures of which are incorporated by reference in their entirety for the purposes described herein.
Par exemple, dans certains modes de réalisation, des lipides ionisables cationiquement, des lipides auxiliaires et des stéroïdes sont solubilisés dans un solvant organique tel que l’éthanol, à des rapports/pourcentages pondéraux ou molaires prédéterminés (par exemple, ceux décrits ici). Dans certains modes de réalisation, les nanoparticules lipidiques sont préparées selon un rapport pondéral lipide total/acide nucléique (par exemple, l’ARN) d’environ 10:1 à 50:1. Dans certains modes de réalisation, un tel acide nucléique (par exemple, l’ARN) peut être dilué à 0,1 à 1,0 mg/ml (par exemple, 0,4 mg/ml) dans un tampon acide, tel qu’un citrate ou un acétate, ayant un pH compris entre environ 4 et environ 6.For example, in some embodiments, cationically ionizable lipids, helper lipids, and steroids are solubilized in an organic solvent, such as ethanol, at predetermined weight or molar ratios/percentages (e.g., those described herein). In some embodiments, the lipid nanoparticles are prepared at a total lipid to nucleic acid (e.g., RNA) weight ratio of about 10:1 to 50:1. In some embodiments, such nucleic acid (e.g., RNA) may be diluted to 0.1 to 1.0 mg/ml (e.g., 0.4 mg/ml) in an acidic buffer, such as citrate or acetate, having a pH of about 4 to about 6.
Dans certains modes de réalisation, en utilisant une technique d’injection d’éthanol, une dispersion lipidique colloïdale comprenant des acides nucléiques (par exemple, des ARN) peut être formée comme suit : une solution d’éthanol comprenant des lipides, tels que des lipides cationiques, des lipides auxiliaires, des stéroïdes et des lipides conjugués à un polymère, est combinée avec, par exemple, injectée dans ou mélangée en continu avec, une solution aqueuse comprenant des acides nucléiques.In some embodiments, using an ethanol injection technique, a colloidal lipid dispersion comprising nucleic acids (e.g., RNA) may be formed as follows: an ethanol solution comprising lipids, such as cationic lipids, helper lipids, steroids, and polymer-conjugated lipids, is combined with, e.g., injected into or continuously mixed with, an aqueous solution comprising nucleic acids.
Dans certains modes de réalisation, des solutions de lipides et d’acides nucléiques (par exemple, d’ARN) peuvent être mélangées à température ambiante en pompant chaque solution (par exemple, une solution lipidique comprenant un lipide cationique, un lipide auxiliaire, du cholestérol, un lipide conjugué et tout autre additif) à des débits contrôlés dans une unité de mélange, par exemple, à l’aide de pompes à piston. Dans certains modes de réalisation, les débits d’une solution lipidique et d’une solution d’acide nucléique (par exemple, d’ARN) dans une unité de mélange sont maintenus à un rapport de 1:3. Lors du mélange, des particules d’acide nucléique-lipide se forment lorsque la solution lipidique éthanolique est diluée avec des acides nucléiques aqueux (par exemple, des ARN). La solubilité des lipides est diminuée, tandis que les lipides cationiques portant une charge positive interagissent avec l’acide nucléique chargé négativement (par exemple, l’ARN).In some embodiments, lipid and nucleic acid (e.g., RNA) solutions may be mixed at room temperature by pumping each solution (e.g., a lipid solution comprising a cationic lipid, an auxiliary lipid, cholesterol, a conjugated lipid, and any other additives) at controlled flow rates in a mixing unit, e.g., using piston pumps. In some embodiments, the flow rates of a lipid solution and a nucleic acid (e.g., RNA) solution in a mixing unit are maintained at a 1:3 ratio. Upon mixing, nucleic acid-lipid particles form when the ethanolic lipid solution is diluted with aqueous nucleic acids (e.g., RNA). The solubility of the lipids is decreased, while the cationic lipids bearing a positive charge interact with the negatively charged nucleic acid (e.g., RNA).
Dans certains modes de réalisation, une solution comprenant des nanoparticules lipidiques encapsulées dans un acide nucléique (par exemple, de l’ARN) peut être traitée par un ou plusieurs éléments parmi un ajustement de concentration, un échange de tampon, une formulation et/ou une filtration.In some embodiments, a solution comprising lipid nanoparticles encapsulated within a nucleic acid (e.g., RNA) may be processed by one or more of concentration adjustment, buffer exchange, formulation, and/or filtration.
LiposomesLiposomes
Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique est un liposome, dans laquelle le liposome comprend un lipide cationique et un acide nucléique. Les liposomes sont des particules à base de lipides qui comprennent une bicouche (uni-lamellaire) ou une série concentrique de plusieurs bicouches (multi-lamellaires) séparées par des compartiments aqueux, enfermant un noyau aqueux central qui encapsule l’agent à administrer (par exemple, un acide nucléique tel que l’ARN). Différents types de liposomes sont décrits, notamment des vésicules unilamellaires petites et grandes, des vésicules multilamellaires et des liposomes multivésiculaires. De nombreux procédés appropriés sont connus pour la préparation de liposomes (voir par exemple, Shah S, et al., Adv Drug Deliv Rev. 2020;154-155 :102-122), y compris par exemple, l’évaporation de solvant ou l’hydratation de film lipidique, la dispersion de solvant ou l’évaporation en phase inverse, éventuellement suivie de procédés pour manipuler la taille des liposomes, tels que par exemple, la sonication, l’homogénéisation et l’extrusion. Des exemples de liposomes pouvant convenir à l’administration d’acide nucléique (par exemple, d’ARN) sont décrits dans les demandes PCT de publication n° WO 2012/006378, WO 2013/006825, WO 2019/077053 et WO 2022/069632, chacune d’entre elles étant incorporée ici par référence dans son intégralité.In some embodiments, a nucleic acid particle is a liposome, wherein the liposome comprises a cationic lipid and a nucleic acid. Liposomes are lipid-based particles that comprise a bilayer (unilamellar) or a concentric series of multiple bilayers (multilamellar) separated by aqueous compartments, enclosing a central aqueous core that encapsulates the agent to be delivered (e.g., a nucleic acid such as RNA). Various types of liposomes are described, including small and large unilamellar vesicles, multilamellar vesicles, and multivesicular liposomes. Many suitable methods are known for the preparation of liposomes (see, e.g., Shah S, et al., Adv Drug Deliv Rev. 2020;154-155:102-122), including, e.g., solvent evaporation or lipid film hydration, solvent dispersion or reverse-phase evaporation, optionally followed by methods for manipulating the size of the liposomes, such as, e.g., sonication, homogenization, and extrusion. Examples of liposomes suitable for nucleic acid (e.g., RNA) delivery are described in PCT Publication Nos. WO 2012/006378, WO 2013/006825, WO 2019/077053, and WO 2022/069632, each of which is incorporated herein by reference in its entirety.
Dans certains modes de réalisation, les liposomes peuvent être formés à partir d’un ou plusieurs lipides choisis parmi les lipides neutres, les phospholipides, le cholestérol et/ou les lipides cationiques. Dans certains modes de réalisation, les liposomes peuvent comprendre un ou plusieurs phospholipides et éventuellement du cholestérol. Les phospholipides appropriés pour la formation de liposomes comprennent DSPC, DPPC, DMPC, DOPC, DOPE et DSPE. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique destiné à être utilisé dans un liposome est choisi parmi le 1,2-dioléoyl-3-diméthylammonium propane (DODAP), la N,N-diméthyl-(2,3-dioléoyloxypropyl)amine (DODMA), le chlorure de N-(2,3-dioléyloxypropyl)-N,N,N-triméthylammonium (DOTMA) ; le bromure de N,N-distéaryl-N,N-diméthylammonium (DDAB), le chlorure de N-(2,3-dioléoyloxypropyl)-N,N,N-triméthylammonium (DOTAP), l’acide 4-(diméthylamino)butanoïque et l’ester de (10Z,13Z)-1-(9Z,12Z)-9,12-octadécadién-1-yl-10,13-nonadécadién-1-yle (Dlin-MC3-DMA). Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique destiné à être utilisé dans un liposome est choisi parmi DOTMA et DOTAP. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique est le DOTMA.In some embodiments, the liposomes may be formed from one or more lipids selected from neutral lipids, phospholipids, cholesterol, and/or cationic lipids. In some embodiments, the liposomes may comprise one or more phospholipids and optionally cholesterol. Suitable phospholipids for liposome formation include DSPC, DPPC, DMPC, DOPC, DOPE, and DSPE. In some embodiments, a cationic lipid for use in a liposome is selected from 1,2-dioleoyl-3-dimethylammonium propane (DODAP), N,N-dimethyl-(2,3-dioleoyloxypropyl)amine (DODMA), N-(2,3-dioleyloxypropyl)-N,N,N-trimethylammonium chloride (DOTMA); N,N-distearyl-N,N-dimethylammonium bromide (DDAB), N-(2,3-dioleoyloxypropyl)-N,N,N-trimethylammonium chloride (DOTAP), 4-(dimethylamino)butanoic acid and (10Z,13Z)-1-(9Z,12Z)-9,12-octadecadien-1-yl-10,13-nonadecadien-1-yl ester (Dlin-MC3-DMA). In some embodiments, a cationic lipid for use in a liposome is selected from DOTMA and DOTAP. In some embodiments, a cationic lipid is DOTMA.
Dans certains modes de réalisation, un liposome peut également comprendre un lipide supplémentaire. Dans certains modes de réalisation, un lipide supplémentaire est un lipide neutre. Comme utilisé ici, un « lipide neutre » fait référence à un lipide ayant une charge nette de zéro. Des exemples de lipides neutres appropriés comportent, mais sans s’y limiter, la 1,2-di-(9Z-octadécénoyl)-glycéro-3-phosphoéthanolamine (DOPE), la 1,2-dioléoyl-glycéro-3-phosphocholine (DOPC), la diacylphosphatidylcholine, la diacylphosphatidyléthanolamine, la céramide, la sphingomyéline, la céphaline, le cholestérol et le cérébroside. Dans des modes de réalisation spécifiques, le deuxième lipide est le DOPE, le cholestérol et/ou le DOPC.In some embodiments, a liposome may also comprise an additional lipid. In some embodiments, an additional lipid is a neutral lipid. As used herein, a “neutral lipid” refers to a lipid having a net charge of zero. Examples of suitable neutral lipids include, but are not limited to, 1,2-di-(9Z-octadecenoyl)-glycero-3-phosphoethanolamine (DOPE), 1,2-dioleoyl-glycero-3-phosphocholine (DOPC), diacylphosphatidylcholine, diacylphosphatidylethanolamine, ceramide, sphingomyelin, cephalin, cholesterol, and cerebroside. In specific embodiments, the second lipid is DOPE, cholesterol, and/or DOPC.
Lipoplexes (LPX)Lipoplexes (LPX)
Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique est un lipoplexe, dans laquelle le lipoplexe comprend un lipide cationique et un acide nucléique. Les particules de lipoplexes (LPX) peuvent être préparées en mélangeant des liposomes avec de l’acide nucléique (par exemple, de l’ARN, où les particules de lipoplexes comprenant de l’ARN sont appelées « particules de lipoplexes d’ARN »). Les particules de LPX d’ARN se forment généralement spontanément à partir d’interactions électrostatiques entre des liposomes chargés positivement et de l’ARN chargé négativement, et ont généralement une structure multilamellaire. Les LPX (par exemple, les LPX d’ARN) comprennent généralement un ou plusieurs lipides cationiques et éventuellement un ou plusieurs lipides supplémentaires. Des exemples de lipoplexes qui conviennent à l’administration d’acide nucléique (par exemple, d’ARN), ainsi que des procédés de préparation, sont décrits dans la demande PCT n° de publication WO 2019/077053 et WO 2022/069632, chacune étant incorporée ici par référence dans son intégralité.In some embodiments, a nucleic acid particle is a lipoplex, wherein the lipoplex comprises a cationic lipid and a nucleic acid. Lipoplex particles (LPXs) may be prepared by mixing liposomes with nucleic acid (e.g., RNA, where lipoplex particles comprising RNA are referred to as “RNA lipoplex particles”). RNA LPX particles generally form spontaneously from electrostatic interactions between positively charged liposomes and negatively charged RNA, and generally have a multilamellar structure. LPXs (e.g., RNA LPXs) generally comprise one or more cationic lipids and optionally one or more additional lipids. Examples of lipoplexes suitable for nucleic acid (e.g., RNA) delivery, as well as methods of preparation, are described in PCT Application Publication Nos. WO 2019/077053 and WO 2022/069632, each of which is incorporated herein by reference in its entirety.
Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique pour une utilisation dans un LPX est choisi parmi DODAP, DODMA, DOTMA, DDAB, DOTAP et Dlin-MC3-DMA. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique pour une utilisation dans un lipoplexe est choisi parmi DOTMA et DOTAP. Dans certains modes de réalisation, un lipide cationique pour une utilisation dans un lipoplexe est le DOTMA. Dans certains modes de réalisation, un lipoplexe comprend également un lipide supplémentaire. Dans certains modes de réalisation, un lipide supplémentaire est un lipide neutre. Tel qu’utilisé ici, un « lipide neutre » fait référence à un lipide ayant une charge nette de zéro. Des exemples de lipides neutres appropriés comprennent, sans s’y limiter, le DOPE, le DOPC, la diacylphosphatidylcholine, la diacylphosphatidyléthanolamine, la céramide, la sphingomyéline, la céphaline, le cholestérol et le cérébroside. Dans des modes de réalisation spécifiques, le deuxième lipide est le DOPE, le cholestérol et/ou le DOPC.In some embodiments, a cationic lipid for use in an LPX is selected from DODAP, DODMA, DOTMA, DDAB, DOTAP, and Dlin-MC3-DMA. In some embodiments, a cationic lipid for use in a lipoplex is selected from DOTMA and DOTAP. In some embodiments, a cationic lipid for use in a lipoplex is DOTMA. In some embodiments, a lipoplex also comprises an additional lipid. In some embodiments, an additional lipid is a neutral lipid. As used herein, a “neutral lipid” refers to a lipid having a net charge of zero. Examples of suitable neutral lipids include, but are not limited to, DOPE, DOPC, diacylphosphatidylcholine, diacylphosphatidylethanolamine, ceramide, sphingomyelin, cephalin, cholesterol, and cerebroside. In specific embodiments, the second lipid is DOPE, cholesterol and/or DOPC.
Dans certains modes de réalisation, le lipoplexe peut être préparé en préparant d’abord des liposomes par injection d’une solution des lipides (par exemple, le DOTMA et la DOPE) dans l’éthanol dans de l’eau ou une phase aqueuse appropriée pour former un colloïde de liposome. Le lipoplexe ensuite être préparé en mélangeant le colloïde de liposome avec une solution comprenant de l’acide nucléique (par exemple, de l’ARN). Dans un mode de réalisation, les particules d’ARN LPX comprennent du DOTMA et de la DOPE dans un rapport molaire d’environ 10:0 à 1:9, d’environ 4:1 à 1:2, d’environ 3:1 à environ 1:1 ou d’environ 2:1. Dans un mode de réalisation, le rapport des charges positives (par exemple, dans le DOTMA) aux charges négatives (par exemple, dans l’ARN), dans les particules de LPX d’ARN, est d’environ 1:2 à 1,9:2, ou d’environ 1,3:2,0. Les particules de LPX d’ARN peuvent avoir un diamètre moyen compris entre environ 200 et environ 800 nm, par exemple entre environ 300 nm et environ 500 nm.In some embodiments, the lipoplex may be prepared by first preparing liposomes by injecting a solution of the lipids (e.g., DOTMA and DOPE) in ethanol into water or a suitable aqueous phase to form a liposome colloid. The lipoplex may then be prepared by mixing the liposome colloid with a solution comprising nucleic acid (e.g., RNA). In one embodiment, the LPX RNA particles comprise DOTMA and DOPE in a molar ratio of about 10:0 to 1:9, about 4:1 to 1:2, about 3:1 to about 1:1, or about 2:1. In one embodiment, the ratio of positive charges (e.g., in DOTMA) to negative charges (e.g., in RNA) in the RNA LPX particles is about 1:2 to 1.9:2, or about 1.3:2.0. The RNA LPX particles may have an average diameter of about 200 to about 800 nm, for example, about 300 nm to about 500 nm.
Particules à base de polymère (Polyplexes) et autres systèmes de distributionPolymer-based particles (Polyplexes) and other delivery systems
Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique décrite ici est une particule à base de polymère (c’est-à-dire un polyplexe, PLX). Dans certains modes de réalisation, une particule d’acide nucléique est une particule de polyplexe et comprend un polymère cationique et un acide nucléique. Des exemples de particules de polyplexes qui conviennent à l’administration d’acide nucléique (par exemple, d’ARN) sont décrits dans la demande selon le PCT n° de publication WO 2021/001417, qui est incorporée ici par référence dans son intégralité. Les particules de polyplexes d’acide nucléique se forment généralement spontanément à partir d’interactions électrostatiques entre un polymère cationique chargé positivement (par exemple, le PEI) et un acide nucléique chargé négativement (par exemple, l’ARN). Dans certains modes de réalisation, une particule de polyplexe peut également comprendre un ou plusieurs lipides, auquel cas elle peut être appelée lipopolyplexe (LPLX). Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est un polymère polycationique, par exemple un polymère ayant un ou plusieurs groupes cationiques ou ionisables cationiquement. Dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs groupes cationiques ou ionisables comprennent un atome d’azote. Les polymères cationiques utiles pour préparer les complexes décrits ici peuvent être des homopolymères, des hétéropolymères ou des copolymères séquencés.In some embodiments, a nucleic acid particle described herein is a polymer-based particle (i.e., a polyplex, PLX). In some embodiments, a nucleic acid particle is a polyplex particle and comprises a cationic polymer and a nucleic acid. Examples of polyplex particles suitable for nucleic acid (e.g., RNA) delivery are described in PCT Publication No. WO 2021/001417, which is incorporated herein by reference in its entirety. Nucleic acid polyplex particles generally form spontaneously from electrostatic interactions between a positively charged cationic polymer (e.g., PEI) and a negatively charged nucleic acid (e.g., RNA). In some embodiments, a polyplex particle may also comprise one or more lipids, in which case it may be referred to as a lipopolyplex (LPLX). In some embodiments, a cationic polymer is a polycationic polymer, e.g., a polymer having one or more cationic or cationically ionizable groups. In some embodiments, one or more cationic or ionizable groups comprise a nitrogen atom. Cationic polymers useful for preparing the complexes described herein may be homopolymers, heteropolymers, or block copolymers.
Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est la poly(éthylènimine), la poly(propylènimine), le polybrène, la polyallylamine, la polyvinylamine, la polyamidoamine, la poly-L-lysine, la poly-L-arginine, la poly-L-histidine, le poly(méthacrylate de 2-aminoéthyle), ou un sel pharmaceutiquement acceptable de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est un homopolymère. Il est entendu qu’un polymère cationique décrit ici peut être linéaire ou ramifié. Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est linéaire. Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est la poly(éthylèneimine).In some embodiments, a cationic polymer is poly(ethylenimine), poly(propylenimine), polybrene, polyallylamine, polyvinylamine, polyamidoamine, poly-L-lysine, poly-L-arginine, poly-L-histidine, poly(2-aminoethyl methacrylate), or a pharmaceutically acceptable salt thereof. In some embodiments, a cationic polymer is a homopolymer. It is understood that a cationic polymer described herein may be linear or branched. In some embodiments, a cationic polymer is linear. In some embodiments, a cationic polymer is poly(ethyleneimine).
Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est un hétéropolymère (par exemple, un hétéropolymère linéaire) comprenant des copolymères de l’un ou plusieurs parmi la poly(éthylènimine), la poly(propylènimine), le polybrène, la polyallylamine, la polyvinylamine, la polyamidoamine, la poly-L-lysine, la poly-L-arginine, la poly-L-histidine et le poly(méthacrylate de 2-aminoéthyle), ou un sel pharmaceutiquement acceptable de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est un hétéropolymère comprenant de la poly(éthylèneimine) et de la poly(propylèneimine).In some embodiments, a cationic polymer is a heteropolymer (e.g., a linear heteropolymer) comprising copolymers of one or more of poly(ethylenimine), poly(propylenimine), polybrene, polyallylamine, polyvinylamine, polyamidoamine, poly-L-lysine, poly-L-arginine, poly-L-histidine, and poly(2-aminoethyl methacrylate), or a pharmaceutically acceptable salt thereof. In some embodiments, a cationic polymer is a heteropolymer comprising poly(ethyleneimine) and poly(propyleneimine).
Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique comporte entre 250 et 2 000 unités monomères répétitives (par exemple entre 1 500 et 2 000 unités monomères répétitives). Dans certains modes de réalisation, un polymère cationique est un polymère décrit ici, ayant un poids moléculaire moyen en nombre (Mn) d’environ 600 Daltons (Da) à environ 400 000 Da (par exemple d’environ 20 000 à environ 120 000 Da).In some embodiments, a cationic polymer has between 250 and 2,000 repeating monomer units (e.g., between 1,500 and 2,000 repeating monomer units). In some embodiments, a cationic polymer is a polymer described herein, having a number average molecular weight (Mn ) of about 600 Daltons (Da) to about 400,000 Da (e.g., about 20,000 to about 120,000 Da).
Dans certains modes de réalisation, un complexe comprend un polymère cationique et un acide nucléique, dans lequel le polymère cationique est ou comprend un dérivé de polyamine (par exemple, un dérivé de polyamine carboxylé). Des dérivés de polyamine appropriés pour l’administration d’acides nucléiques, tels que l’ARN, sont décrits dans WO 2014/053245 et WO 2014/056590, tous deux incorporés ici par référence dans leur intégralité.In some embodiments, a complex comprises a cationic polymer and a nucleic acid, wherein the cationic polymer is or comprises a polyamine derivative (e.g., a carboxylated polyamine derivative). Polyamine derivatives suitable for delivery of nucleic acids, such as RNA, are described in WO 2014/053245 and WO 2014/056590, both of which are incorporated herein by reference in their entirety.
Dans certains modes de réalisation, un dérivé de polyamine comprend : une fraction polyamine comprenant une pluralité de groupes amino ; une pluralité de substituants carboxylés comprenant un groupe carboxyle lié par l’intermédiaire d’un lieur hydrophobe à des groupes amino de ladite fraction polyamine,dans lequel chacun desdits substituants carboxylés comprend de 6 à 40 atomes de carbone, de préférence de 6 à 20 atomes de carbone, et plus préférablement de 8 à 16 atomes de carbone, et chacun desdits lieurs hydrophobes peuvent comprendre de 1 à 3 hétéroatomes choisis parmi O, N et S ; et une pluralité de substituants hydrophobes liés à des groupes amino de ladite fraction polyamine, dans lequel chacun desdits substituants hydrophobes comprend au moins 2 atomes de carbone, de préférence de 6 à 40 atomes de carbone, et peuvent comprendre de 1 à 3 hétéroatomes choisis parmi O, N et S à condition que ledit substituant hydrophobe ait au moins 6 atomes de carbone.In some embodiments, a polyamine derivative comprises: a polyamine moiety comprising a plurality of amino groups; a plurality of carboxyl substituents comprising a carboxyl group linked via a hydrophobic linker to amino groups of said polyamine moiety, wherein each of said carboxyl substituents comprises from 6 to 40 carbon atoms, preferably from 6 to 20 carbon atoms, and more preferably from 8 to 16 carbon atoms, and each of said hydrophobic linkers may comprise from 1 to 3 heteroatoms selected from O, N and S; and a plurality of hydrophobic substituents linked to amino groups of said polyamine moiety, wherein each of said hydrophobic substituents comprises at least 2 carbon atoms, preferably from 6 to 40 carbon atoms, and may comprise from 1 to 3 heteroatoms selected from O, N and S provided that said hydrophobic substituent has at least 6 carbon atoms.
Dans certains modes de réalisation, un dérivé de polyamine qui est utile ici comme véhicule d’administration pour les polyanions est un dérivé de polyalkylènimine (par exemple, de polyéthylènimine) ayant un ou plusieurs substituants carboxyalkyle comprenant de 6 à 40 atomes de carbone, et un ou plusieurs substituants hydrophobes choisis parmi les substituants hydrocarbonés ayant au moins 2 atomes de carbone, de préférence de 6 à 40 atomes de carbone, dans lequel chacun desdits substituants hydrophobes peut être ou comprendre un groupe alkyle et/ou chacun desdits substituants hydrophobes peut être ou comprendre un groupe aryle.In some embodiments, a polyamine derivative that is useful herein as a delivery vehicle for the polyanions is a polyalkylenimine (e.g., polyethylenimine) derivative having one or more carboxyalkyl substituents comprising from 6 to 40 carbon atoms, and one or more hydrophobic substituents selected from hydrocarbon substituents having at least 2 carbon atoms, preferably from 6 to 40 carbon atoms, wherein each of said hydrophobic substituents may be or comprise an alkyl group and/or each of said hydrophobic substituents may be or comprise an aryl group.
Dans certains modes de réalisation, le dérivé de polyamine a (i) une fraction polyéthylèneimine linéaire de 2 à 500 kDa (en termes de poids moléculaire moyen en nombre), ou (ii) une fraction polyéthylèneimine ramifiée de 0,5 à 200 kDa (en termes de poids moléculaire moyen en nombre) ; et les substituants carboxylés ont de 10 à 16 atomes de carbone et sont des acides n-alkylcarboxyliques et les substituants hydrophobes ont de 1 à 12 atomes de carbone et sont des alkyles, de préférence des n-alkyles, et/ou des alkylarylalkyles. D’autres polymères appropriés comprennent, par exemple, Viromer®et jetPEI®(Polyplus). D’autres polymères ou lipidoïdes appropriés utiles pour l’administration d’acides nucléiques, tels que l’ARN, sont décrits dans WO 2014/207231, WO 2016/097377 et WO 2024/042236, qui sont tous incorporés ici par référence dans leur intégralité. D’autres systèmes d’administration adaptés à l’administration d’acide nucléique (par exemple, d’ARN), qui sont basés sur des composés oligosaccharidiques, sont décrits dans WO 2023/067121, WO 2023/067123, WO 2023/067124, WO 2023/067125 et WO 2023/067126, qui sont tous incorporés ici par référence dans leur intégralité.In some embodiments, the polyamine derivative has (i) a linear polyethyleneimine moiety of 2 to 500 kDa (in terms of number average molecular weight), or (ii) a branched polyethyleneimine moiety of 0.5 to 200 kDa (in terms of number average molecular weight); and the carboxylated substituents have from 10 to 16 carbon atoms and are n-alkylcarboxylic acids and the hydrophobic substituents have from 1 to 12 carbon atoms and are alkyl, preferably n-alkyl, and/or alkylarylalkyl. Other suitable polymers include, for example, Viromer® and jetPEI® (Polyplus). Other suitable polymers or lipidoids useful for the delivery of nucleic acids, such as RNA, are described in WO 2014/207231, WO 2016/097377 and WO 2024/042236, all of which are incorporated herein by reference in their entirety. Other delivery systems suitable for nucleic acid (e.g., RNA) delivery, which are based on oligosaccharide compounds, are described in WO 2023/067121, WO 2023/067123, WO 2023/067124, WO 2023/067125 and WO 2023/067126, all of which are incorporated herein by reference in their entirety.
La présente invention concerne des compositions, par exemple des compositions pharmaceutiques, comprenant un ou plusieurs polyribonucléotides tels que décrits ici.The present invention relates to compositions, e.g., pharmaceutical compositions, comprising one or more polyribonucleotides as described herein.
Dans certains modes de réalisation, les formulations pharmaceutiques comprennent un agent actif et un ou plusieurs excipients ou supports.In some embodiments, the pharmaceutical formulations comprise an active agent and one or more excipients or carriers.
Dans certains modes de réalisation, un agent actif peut être ou comprendre un antigène du SARS-CoV-2 ou un fragment antigénique ou un épitope de celui-ci, tel que décrit ici. Ainsi, dans certains modes de réalisation, un agent actif est un polypeptide ou une pluralité de polypeptides. Dans certains modes de réalisation, un agent actif polypeptidique comprend une pluralité d’antigènes du SARS-CoV-2 (par exemple,provenant d’une seule souche ou variant du SARS-CoV-2 ou d’une pluralité de souches ou variants différents du SARS-CoV-2) protéines). Dans certains modes de réalisation, un agent actif polypeptidique est ou comprend au moins un peptide qui représente un antigène SARS-CoV-2 distinct. Dans certains modes de réalisation, un agent actif polypeptidique comporte au moins un peptide qui est ou comprend un antigène ou un fragment antigénique ou un épitope d’une protéine du SARS-CoV-2 ; dans certains de ces modes de réalisation, l’agent actif polypeptidique ne comporte aucune protéine du SARS-CoV-2 complète.In some embodiments, an active agent may be or comprise a SARS-CoV-2 antigen or an antigenic fragment or epitope thereof, as described herein. Thus, in some embodiments, an active agent is a polypeptide or a plurality of polypeptides. In some embodiments, a polypeptide active agent comprises a plurality of SARS-CoV-2 antigens (e.g., from a single SARS-CoV-2 strain or variant or from a plurality of different SARS-CoV-2 strains or variants) proteins. In some embodiments, a polypeptide active agent is or comprises at least one peptide that represents a distinct SARS-CoV-2 antigen. In some embodiments, a polypeptide active agent comprises at least one peptide that is or comprises an antigen or an antigenic fragment or epitope of a SARS-CoV-2 protein; in some of these embodiments, the polypeptide active agent comprises no full-length SARS-CoV-2 protein.
Dans certains modes de réalisation, un agent actif peut être ou comprendre une population cellulaire – par exemple une population de cellules qui exprime (par exemple,en interne, sur sa surface et/ou par sécrétion) au moins un antigène tel que décrit ici.In some embodiments, an active agent may be or comprise a cell population—for example, a population of cells that expresses (for example, internally, on its surface, and/or by secretion) at least one antigen as described herein.
Dans certains modes de réalisation, un agent actif est un polynucléotide qui code (ou est complémentaire d’un polynucléotide qui code) pour un antigène du SARS-CoV-2 tel que décrit ici. Dans certains de ces modes de réalisation, un polynucléotide est monocaténaire ; dans d’autres modes de réalisation, un polynucléotide est bicaténaire. Dans certains modes de réalisation, un agent actif polynucléotidique est l’ADN (par exemple,un vecteur viral d’ADN, tel qu’un vecteur adénoviral, viral adéno-associé, baculoviral, poxviral [par exemple,viral de la vaccine]) ; dans certains modes de réalisation, un agent actif polynucléotidique est l’ARN (par exemple,un vecteur lentiviral ou, plus préférablement, une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) telle que décrite ici).In some embodiments, an active agent is a polynucleotide that encodes (or is complementary to a polynucleotide that encodes) a SARS-CoV-2 antigen as described herein. In some such embodiments, a polynucleotide is single-stranded; in other embodiments, a polynucleotide is double-stranded. In some embodiments, a polynucleotide active agent is DNA (e.g., a DNA viral vector, such as an adenoviral, adeno-associated viral, baculoviral, poxviral [e.g., vaccinia viral] vector); in some embodiments, a polynucleotide active agent is RNA (e.g., a lentiviral vector or, more preferably, an RNA (e.g., mRNA) construct as described herein).
Dans de nombreux modes de réalisation, un agent actif polynucléotidique est l’ARN et est fourni et/ou utilisé dans une composition lipidique telle qu’une préparation de lipoplexe ou, de préférence, une préparation de LNP.In many embodiments, a polynucleotide active agent is RNA and is provided and/or used in a lipid composition such as a lipoplex preparation or, preferably, an LNP preparation.
Dans certains modes de réalisation, une formulation fournie est une formulation liquide. Dans certains modes de réalisation, une formulation fournie est un solide (par exemple,une formulation congelée). Dans certains modes de réalisation, une formulation fournie est une formulation sèche.In some embodiments, a provided formulation is a liquid formulation. In some embodiments, a provided formulation is a solid (e.g., a frozen formulation). In some embodiments, a provided formulation is a dry formulation.
Les formulations pharmaceutiques peuvent également comprendre un excipient pharmaceutiquement acceptable, qui, tel qu’utilisé ici, comporte l’un quelconque ou tous les solvants, milieux de dispersion, diluants ou autres véhicules liquides, auxiliaires de dispersion ou de suspension, agents tensioactifs, agents isotoniques, agents épaississants ou émulsifiants, conservateurs, liants solides, lubrifiants et analogues, adaptés à la forme posologique particulière souhaitée. Remington’s The Science and Practice of Pharmacy, 21e édition, AR Gennaro (Lippincott, Williams & Wilkins, Baltimore, MD, 2006 ; incorporé ici par référence) décrit divers excipients utilisés dans la formulation de compositions pharmaceutiques et des techniques connues pour leur préparation. Sauf dans la mesure où un excipient conventionnel est incompatible avec une substance ou ses dérivés, par exemple en produisant un effet biologique indésirable ou en interagissant par ailleurs de manière délétère avec tout autre composant de la composition pharmaceutique, son utilisation est considérée comme relevant du champ d’application de la présente invention.Pharmaceutical formulations may also include a pharmaceutically acceptable excipient, which, as used herein, includes any or all solvents, dispersing media, diluents or other liquid vehicles, dispersing or suspending aids, surfactants, isotonic agents, thickening or emulsifying agents, preservatives, solid binders, lubricants, and the like, suitable for the particular dosage form desired. Remington’s The Science and Practice of Pharmacy, 21st ed., A.R. Gennaro (Lippincott, Williams & Wilkins, Baltimore, MD, 2006; incorporated herein by reference) describes various excipients used in formulating pharmaceutical compositions and known techniques for their preparation. Except to the extent that a conventional excipient is incompatible with a substance or its derivatives, e.g., by producing an undesirable biological effect or otherwise interacting deleteriously with any other component of the pharmaceutical composition, its use is considered to be within the scope of the present invention.
Dans certains modes de réalisation, un excipient est approuvé pour une utilisation chez l’homme et pour un usage vétérinaire. Dans certains modes de réalisation, un excipient est approuvé par la Food and Drug Administration des États-Unis. Dans certains modes de réalisation, un excipient est de qualité pharmaceutique. Dans certains modes de réalisation, un excipient répond aux normes de la Pharmacopée des États-Unis (USP), de la Pharmacopée européenne (EP), de la Pharmacopée britannique et/ou de la Pharmacopée internationale.In some embodiments, an excipient is approved for human use and for veterinary use. In some embodiments, an excipient is approved by the United States Food and Drug Administration. In some embodiments, an excipient is pharmaceutical grade. In some embodiments, an excipient meets the standards of the United States Pharmacopoeia (USP), the European Pharmacopoeia (EP), the British Pharmacopoeia, and/or the International Pharmacopoeia.
Les excipients pharmaceutiquement acceptables utilisés dans la préparation de compositions pharmaceutiques comportent, mais sans s’y limiter, des diluants inertes, des agents de dispersion et/ou de granulation, des agents tensioactifs et/ou des émulsifiants, des agents désintégrants, des agents liants, des conservateurs, des agents tampons, des agents lubrifiants et/ou des huiles. De tels excipients peuvent éventuellement être inclus dans des formulations pharmaceutiques. Des excipients tels que du beurre de cacao et des cires pour suppositoires, des agents colorants, des agents d’enrobage, des agents édulcorants, aromatisants et/ou parfumants peuvent être présents dans la composition, selon le jugement du formulateur.Pharmaceutically acceptable excipients used in the preparation of pharmaceutical compositions include, but are not limited to, inert diluents, dispersing and/or granulating agents, surfactants and/or emulsifiers, disintegrating agents, binding agents, preservatives, buffering agents, lubricating agents and/or oils. Such excipients may optionally be included in pharmaceutical formulations. Excipients such as cocoa butter and suppository waxes, coloring agents, glazing agents, sweetening, flavoring and/or perfuming agents may be present in the composition, at the formulator's discretion.
Des considérations générales sur la formulation et/ou la préparation d’agents pharmaceutiques peuvent être trouvées, par exemple, dans Remington : The Science and Practice of Pharmacy 21e éd., Lippincott Williams & Wilkins, 2005 (incorporé ici par référence).General considerations on the formulation and/or preparation of pharmaceutical agents can be found, for example, in Remington: The Science and Practice of Pharmacy 21st ed., Lippincott Williams & Wilkins, 2005 (incorporated herein by reference).
Dans certains modes de réalisation, les compositions pharmaceutiques fournies ici peuvent être formulées avec un ou plusieurs supports ou diluants pharmaceutiquement acceptables ainsi que tout autre adjuvant et excipient connu conformément à des techniques conventionnelles telles que celles décrites dans Remington : The Science and Practice of Pharmacy 21e éd., Lippincott Williams & Wilkins, 2005 (incorporé ici par référence).In certain embodiments, the pharmaceutical compositions provided herein may be formulated with one or more pharmaceutically acceptable carriers or diluents as well as any other known adjuvants and excipients in accordance with conventional techniques such as those described in Remington: The Science and Practice of Pharmacy 21st ed., Lippincott Williams & Wilkins, 2005 (incorporated herein by reference).
Les compositions pharmaceutiques décrites dans la présente invention peuvent être administrées par des procédés appropriés connus dans le domaine. Comme le comprendra un homme du métier, la voie et/ou le mode d’administration peuvent dépendre d’un certain nombre de facteurs, y compris,par exemple, mais sans s’y limiter, la stabilité et/ou la pharmacocinétique et/ou la pharmacodynamique des compositions pharmaceutiques décrites dans la présente invention.The pharmaceutical compositions described in the present invention may be administered by suitable methods known in the art. As will be understood by one skilled in the art, the route and/or mode of administration may depend on a number of factors, including,for example , but not limited to, the stability and/or pharmacokinetics and/or pharmacodynamics of the pharmaceutical compositions described in the present invention.
Dans certains modes de réalisation, les compositions pharmaceutiques décrites ici sont formulées pour une administration parentérale, ce qui comporte des modes d’administration autres que l’administration entérale et topique, généralement par injection, et comporte, sans limitation, l’injection et la perfusion intraveineuses, intramusculaires, intra-artérielles, intradermiques, sous-cutanées, sous-épidermiques ou intra-articulaires. Dans des modes de réalisation préférés, les compositions pharmaceutiques décrites ici sont formulées pour une administration intraveineuse, intramusculaire ou sous-cutanée. Dans des modes de réalisation particulièrement préférés, les compositions pharmaceutiques décrites ici sont formulées pour une administration intramusculaire.In certain embodiments, the pharmaceutical compositions described herein are formulated for parenteral administration, which includes modes of administration other than enteral and topical administration, generally by injection, and includes, without limitation, intravenous, intramuscular, intraarterial, intradermal, subcutaneous, subepidermal, or intraarticular injection and infusion. In preferred embodiments, the pharmaceutical compositions described herein are formulated for intravenous, intramuscular, or subcutaneous administration. In particularly preferred embodiments, the pharmaceutical compositions described herein are formulated for intramuscular administration.
Dans certains modes de réalisation, les compositions pharmaceutiques décrites ici sont formulées pour une administration intraveineuse. Dans certains modes de réalisation, les excipients pharmaceutiquement acceptables qui peuvent être utiles pour une administration intraveineuse comportent des solutions ou dispersions aqueuses stériles et des poudres stériles pour la préparation de solutions ou dispersions injectables stériles.In some embodiments, the pharmaceutical compositions described herein are formulated for intravenous administration. In some embodiments, pharmaceutically acceptable excipients that may be useful for intravenous administration include sterile aqueous solutions or dispersions and sterile powders for preparing sterile injectable solutions or dispersions.
Les compositions thérapeutiques doivent généralement être stériles et stables dans les conditions de préparation et de stockage. La composition peut être formulée sous forme de solution, de microémulsion, de nanoparticules lipidiques ou d’une autre structure ordonnée adaptée à une concentration élevée en médicament. Le support peut être un solvant ou un milieu de dispersion contenant, par exemple, de l’eau, de l’éthanol, un polyol (par exemple, du glycérol, du propylène glycol et du polyéthylène glycol liquide, etc.), et des mélanges appropriés de ceux-ci. Une fluidité adéquate peut être maintenue, par exemple, grâce à l’utilisation de tensioactifs. Dans de nombreux cas, il sera préférable d’inclure dans la composition des agents isotoniques, par exemple des sucres, des polyalcools tels que le mannitol, le sorbitol ou le chlorure de sodium. Dans certains modes de réalisation, une absorption prolongée des compositions injectables peut être obtenue en incluant dans la composition un agent qui retarde l’absorption, par exemple des sels monostéarate et de la gélatine.Therapeutic compositions generally must be sterile and stable under the conditions of preparation and storage. The composition may be formulated as a solution, microemulsion, lipid nanoparticles, or other ordered structure suitable for high drug concentration. The carrier may be a solvent or dispersion medium containing, for example, water, ethanol, a polyol (for example, glycerol, propylene glycol, and liquid polyethylene glycol, etc.), and suitable mixtures thereof. Adequate fluidity may be maintained, for example, through the use of surfactants. In many cases, it will be preferable to include in the composition isotonic agents, for example, sugars, polyalcohols such as mannitol, sorbitol, or sodium chloride. In some embodiments, prolonged absorption of the injectable compositions may be achieved by including in the composition an agent that delays absorption, for example, monostearate salts and gelatin.
Des solutions injectables stériles peuvent être préparées en incorporant le composé actif dans la quantité requise dans un solvant approprié avec un ou une combinaison d’ingrédients énumérés ci-dessus, selon les besoins, suivi d’une stérilisation et/ou d’une microfiltration. Dans certains modes de réalisation, des compositions pharmaceutiques peuvent être préparées comme décrit dans la présente invention et/ou selon des procédés connus dans le domaine. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique comprend l’ALC-0315 ; l’ALC-0159 ; le DSPC ; le cholestérol ; le saccharose ; le NaCl ; le KCl ; le Na2HPO4; le KH2PO4; de l’eau pour l’injection. Dans certains modes de réalisation, une solution saline normale (NaCl isotonique à 0,9 %) est utilisée comme diluant.Sterile injectable solutions may be prepared by incorporating the active compound in the required amount into a suitable solvent with one or a combination of ingredients listed above, as required, followed by sterilization and/or microfiltration. In some embodiments, pharmaceutical compositions may be prepared as described herein and/or according to methods known in the art. In some embodiments, a pharmaceutical composition comprises ALC-0315; ALC-0159; DSPC; cholesterol; sucrose; NaCl; KCl; Na2 HPO4 ; KH2 PO4 ; water for injection. In some embodiments, normal saline (0.9% isotonic NaCl) is used as a diluent.
Ces compositions peuvent également contenir des adjuvants tels que des conservateurs, des agents mouillants, des agents émulsifiants et des agents dispersants. La prévention de la présence de micro-organismes peut être assurée à la fois par des procédures de stérilisation et par l’inclusion de divers agents antibactériens et antifongiques, par exemple, le parabène, le chlorobutanol, l’acide phénol sorbique, et analogues. Il peut également être souhaitable d’inclure des agents isotoniques, tels que des sucres, du chlorure de sodium et analogues dans les compositions pharmaceutiques décrites ici. De plus, une absorption prolongée de la forme pharmaceutique injectable peut être provoquée par l’inclusion d’agents qui retardent l’absorption tels que le monostéarate d’aluminium et la gélatine.These compositions may also contain adjuvants such as preservatives, wetting agents, emulsifying agents, and dispersing agents. Prevention of the presence of microorganisms may be achieved both by sterilization procedures and by the inclusion of various antibacterial and antifungal agents, for example, paraben, chlorobutanol, phenol sorbic acid, and the like. It may also be desirable to include isotonic agents, such as sugars, sodium chloride, and the like in the pharmaceutical compositions described herein. In addition, prolonged absorption of the injectable dosage form may be brought about by the inclusion of agents that delay absorption such as aluminum monostearate and gelatin.
Les formulations de compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent être préparées par tout procédé connu ou développé ultérieurement dans le domaine de la pharmacologie. En général, de tels procédés préparatoires comportent l’étape consistant à associer un ou plusieurs principes actifs à un diluant ou à un autre excipient et/ou à un ou plusieurs autres ingrédients accessoires, puis, si nécessaire et/ou souhaitable, à façonner et/ou à conditionner le produit dans une unité à dose unique ou à doses multiples souhaitée.The pharmaceutical composition formulations described herein may be prepared by any method known or hereinafter developed in the art of pharmacology. In general, such preparatory methods include the step of bringing into association one or more active ingredients with a diluent or other excipient and/or one or more other accessory ingredients and then, if necessary and/or desirable, shaping and/or packaging the product into a desired single-dose or multi-dose unit.
Une composition pharmaceutique conforme à la présente invention peut être préparée, conditionnée et/ou vendue en vrac, sous forme de dose unitaire unique et/ou sous forme de pluralité de doses unitaires uniques. Tel qu’utilisé ici, une « dose unitaire » est une quantité discrète de la composition pharmaceutique comprenant une quantité prédéterminée d’au moins un produit d’ARN produit à l’aide d’un système et/ou d’un procédé décrit ici.A pharmaceutical composition according to the present invention may be prepared, packaged and/or sold in bulk, as a single unit dose and/or as a plurality of single unit doses. As used herein, a "unit dose" is a discrete amount of the pharmaceutical composition comprising a predetermined amount of at least one RNA product produced using a system and/or method described herein.
Les quantités relatives de polyribonucléotides encapsulés dans des nanoparticules lipidiques, d’un excipient pharmaceutiquement acceptable et/ou de tout ingrédient supplémentaire dans une composition pharmaceutique peuvent varier en fonction du sujet à traiter, des cellules cibles, des maladies ou des troubles, et peuvent également dépendre de la voie par laquelle la composition doit être administrée.The relative amounts of lipid nanoparticle-encapsulated polyribonucleotides, a pharmaceutically acceptable excipient, and/or any additional ingredients in a pharmaceutical composition may vary depending on the subject to be treated, the target cells, diseases, or disorders, and may also depend on the route by which the composition is to be administered.
Dans certains modes de réalisation, les compositions pharmaceutiques décrites dans la présente invention sont formulées sous des formes posologiques pharmaceutiquement acceptables par des procédés classiques connus de l’homme du métier. Les niveaux de dosage réels des principes actifs (par exemple, des polyribonucléotides encapsulés dans des nanoparticules lipidiques) dans les compositions pharmaceutiques décrites dans la présente invention peuvent être modifiés de manière à obtenir une quantité du principe actif qui est efficace pour obtenir la réponse thérapeutique souhaitée pour un patient, une composition et un mode d’administration particuliers, sans être toxique pour le patient. Le niveau de dosage sélectionné dépendra d’une variété de facteurs pharmacocinétiques, y compris l’activité des compositions particulières de la présente invention utilisées, la voie d’administration, le moment de l’administration, le taux d’excrétion du composé particulier utilisé, la durée du traitement, d’autres médicaments, composés et/ou matériaux utilisés en combinaison avec les compositions particulières utilisées, l’âge, le sexe, le poids, l’état, la santé générale et les antécédents médicaux du patient traité, ainsi que d’autres facteurs bien connus dans le domaine médical.In certain embodiments, the pharmaceutical compositions described herein are formulated into pharmaceutically acceptable dosage forms by conventional methods known to those skilled in the art. The actual dosage levels of the active ingredients (e.g., polyribonucleotides encapsulated in lipid nanoparticles) in the pharmaceutical compositions described herein may be varied to provide an amount of the active ingredient that is effective to achieve the desired therapeutic response for a particular patient, composition, and mode of administration, without being toxic to the patient. The dosage level selected will depend on a variety of pharmacokinetic factors, including the activity of the particular compositions of the present invention used, the route of administration, the time of administration, the rate of excretion of the particular compound used, the duration of treatment, other drugs, compounds and/or materials used in combination with the particular compositions used, the age, sex, weight, condition, general health and medical history of the patient being treated, as well as other factors well known in the medical art.
Un médecin ayant des compétences ordinaires dans le domaine peut facilement déterminer et prescrire la quantité efficace de la composition pharmaceutique requise. Par exemple, un médecin pourrait commencer à administrer des doses de principes actifs (par exemple, des polyribonucléotides encapsulés dans des nanoparticules lipidiques) utilisés dans la composition pharmaceutique à des niveaux inférieurs à ceux requis pour obtenir l’effet thérapeutique souhaité et augmenter progressivement la dose jusqu’à ce que l’effet souhaité soit obtenu.A physician with ordinary skill in the field can easily determine and prescribe the effective amount of the required pharmaceutical composition. For example, a physician could start administering doses of active ingredients (e.g., polyribonucleotides encapsulated in lipid nanoparticles) used in the pharmaceutical composition at levels lower than those required to achieve the desired therapeutic effect and gradually increase the dose until the desired effect is achieved.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique est formulée (par exemple, mais sans s’y limiter, pour une administration intraveineuse, intramusculaire ou sous-cutanée) pour délivrer une dose d’environ 5 mg d’ARN/kg.In some embodiments, a pharmaceutical composition is formulated (e.g., but not limited to, for intravenous, intramuscular, or subcutaneous administration) to deliver a dose of about 5 mg RNA/kg.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique décrite ici peut également comprendre un ou plusieurs additifs, par exemple, dans certains modes de réalisation, qui peuvent améliorer la stabilité d’une telle composition dans certaines conditions. Des exemples d’additifs peuvent comporter, mais sans toutefois s’y limiter, des sels, des substances tampons, des conservateurs et des supports. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique peut également comporter un cryoprotecteur (par exemple, du saccharose) et/ou une solution tamponnée aqueuse, qui peut dans certains modes de réalisation comporter un ou plusieurs sels, y compris, par exemple, des sels de métaux alcalins ou des sels de métaux alcalino-terreux tels que, par exemple, des sels de sodium, des sels de potassium et/ou des sels de calcium.In some embodiments, a pharmaceutical composition described herein may also include one or more additives, e.g., in some embodiments, that may enhance the stability of such a composition under certain conditions. Examples of additives may include, but are not limited to, salts, buffering substances, preservatives, and carriers. For example, in some embodiments, a pharmaceutical composition may also include a cryoprotectant (e.g., sucrose) and/or an aqueous buffered solution, which may in some embodiments include one or more salts, including, e.g., alkali metal salts or alkaline earth metal salts such as, e.g., sodium salts, potassium salts, and/or calcium salts.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique fournie ici est une dispersion de nanoparticules d’ARN-lipide stériles, sans conservateur, dans un tampon aqueux pour une administration intraveineuse ou intramusculaire.In some embodiments, a pharmaceutical composition provided herein is a dispersion of sterile, preservative-free RNA-lipid nanoparticles in an aqueous buffer for intravenous or intramuscular administration.
Bien que les descriptions de compositions pharmaceutiques fournies ici soient principalement destinées à des compositions pharmaceutiques qui sont adaptées à l’administration aux humains, l’homme du métier comprendra que de telles compositions sont généralement adaptées à l’administration à des animaux de toutes sortes. La modification de compositions pharmaceutiques adaptées à l’administration aux humains afin de rendre les compositions adaptées à l’administration à divers animaux est bien connue, et le pharmacologue vétérinaire normalement qualifié peut concevoir et/ou réaliser une telle modification avec une expérimentation simplement ordinaire, voire aucune.Although the descriptions of pharmaceutical compositions provided herein are primarily directed to pharmaceutical compositions that are suitable for administration to humans, those skilled in the art will understand that such compositions are generally suitable for administration to animals of all kinds. Modification of pharmaceutical compositions suitable for administration to humans to make the compositions suitable for administration to various animals is well known, and the ordinarily skilled veterinary pharmacologist can devise and/or effect such modification with merely ordinary experimentation, if any.
Sans vouloir être lié par une quelconque théorie particulière, il est proposé que la capacité à induire des cellules T CD8+puisse être importante pour l’efficacité d’une composition pour le traitement d’une infection par le SARS-CoV-2 (par exemple, une composition pharmaceutique, une composition immunogène ou un vaccin). En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, une réponse d’anticorps robuste peut être requise pour l’efficacité. Dans certains modes de réalisation, il se peut que les deux soient nécessaires ou utiles.Without intending to be bound by any particular theory, it is proposed that the ability to induce CD8+ T cells may be important for the efficacy of a composition for treating SARS-CoV-2 infection (e.g., a pharmaceutical composition, an immunogenic composition, or a vaccine). Alternatively or additionally, in some embodiments, a robust antibody response may be required for efficacy. In some embodiments, both may be necessary or useful.
Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies (par exemple, des compositions et/ou des schémas posologiques, etc.) sont caractérisées par une capacité à induire (par exemple,lorsqu’elles sont administrées à un système modèle et/ou à un humain, par exemple par administration parentérale telle que par administration intramusculaire) une réponse immunitaire caractérisée par des cellules T CD8+ciblant un ou plusieurs antigènes du SARS-CoV-2 décrits ici. Autrement dit, dans certains modes de réalisation, les technologies fournies sont caractérisées en ce que, lorsqu’elles sont administrées (par exemple,par administration parentérale telle que par administration intramusculaire) à un organisme (par exemple, un organisme modèle ou un organisme animal ou humain ayant besoin de protection), les technologies fournies induisent des cellules T CD8+ ciblant un ou plusieurs antigènes du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies sont caractérisées en ce qu’elles induisent une plus grande réponse des cellules T CD8+par rapport à un ou à plusieurs antigènes du SARS-CoV-2 et/ou induisent une réponse des cellules T CD8+avec une diversité plus large (par exemple, avec une liaison détectable et/ou significative à un plus grand nombre d’antigènes de cellules T différents) que celle observée pour les vaccins non ARN, par exemple, un vaccin non ARN contre le SARS-CoV-2 décrit ici.In some embodiments, the provided technologies (e.g., compositions and/or dosage regimens, etc.) are characterized by an ability to induce (e.g., when administered to a model system and/or a human, e.g., by parenteral administration such as intramuscular administration) an immune response characterized by CD8+ T cells targeting one or more SARS-CoV-2 antigens described herein. That is, in some embodiments, the provided technologies are characterized in that, when administered (e.g., by parenteral administration such as intramuscular administration) to an organism (e.g., a model organism or an animal or human organism in need of protection), the provided technologies induce CD8+ T cells targeting one or more SARS-CoV-2 antigens. In some embodiments, the provided technologies are characterized by inducing a greater CD8+ T cell response to one or more SARS-CoV-2 antigens and/or inducing a CD8+ T cell response with broader diversity (e.g., with detectable and/or significant binding to a greater number of different T cell antigens) than that observed for non-RNA vaccines, e.g., a non-RNA SARS-CoV-2 vaccine described herein.
Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies sont caractérisées en ce qu’elles induisent des cellules T gamma-delta. Comme le sait l’homme du métier, les cellules T gamma-delta ne représentent généralement qu’une petite fraction (par exemple, jusqu’à environ 5 %) d’une population globale de cellules T dans un organisme. Les cellules T gamma-delta expriment des chaînes TCR codées par les loci des gènes gamma et delta ; les sous-ensembles de cellules T gamma-delta sont définis par l’inclusion de segments TCR V-(D)-J invariants et sont spécifiques au tissu ou au contexte. Les cellules T gamma-delta sécrètent des cytokines effectrices particulières d’une manière spécifique au sous-type et au contexte. Souvent, les cellules T gamma-delta expriment certains marqueurs (par exemple, les récepteurs Fc gamma RIII/CD16 et de type Toll qui sont souvent associés aux cellules tueuses naturelles et/ou aux cellules présentatrices d’antigènes. Les cellules T gamma-delta sont généralement dépourvues de CD4 et de CD8.In some embodiments, the provided technologies are characterized by inducing gamma-delta T cells. As known to those skilled in the art, gamma-delta T cells generally represent only a small fraction (e.g., up to about 5%) of an overall T cell population in an organism. Gamma-delta T cells express TCR chains encoded by the gamma and delta gene loci; gamma-delta T cell subsets are defined by the inclusion of invariant V-(D)-J TCR segments and are tissue- or context-specific. Gamma-delta T cells secrete particular effector cytokines in a subtype- and context-specific manner. Often, gamma-delta T cells express certain markers (e.g., Fc gamma RIII/CD16 and Toll-like receptors) that are often associated with natural killer cells and/or antigen-presenting cells. Gamma-delta T cells typically lack CD4 and CD8.
Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies sont caractérisées en ce qu’elles induisent des anticorps polyclonaux à haute affinité.In some embodiments, the provided technologies are characterized by inducing high affinity polyclonal antibodies.
Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies sont caractérisées en ce qu’elles induisent des titres d’anticorps à un niveau qui fournit une réponse protectrice suffisante contre le SARS-CoV-2, lorsqu’elles sont administrées à une population concernée.In some embodiments, the provided technologies are characterized by inducing antibody titers at a level that provides a sufficient protective response against SARS-CoV-2, when administered to a relevant population.
Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies sont caractérisées en ce qu’elles induisent une protection stérile,par exemplelorsqu’elles sont évaluées dans un système modèle tel qu’un mode souris.In some embodiments, the provided technologies are characterized by inducing sterile protection,for example when evaluated in a model system such as a mouse.
Dans certains modes de réalisation, les technologies fournies sont caractérisées en ce qu’elles induisent une réponse des cellules T auxiliaires CD4+ et/ou des réponses de mémoire des cellules T CD8+ (par exemple,en favorisant le développement et/ou l’expansion des cellules T CD8+ mémoire.In some embodiments, the provided technologies are characterized by inducing CD4+ helper T cell responses and/or CD8+ memory T cell responses (e.g., by promoting the development and/or expansion of memory CD8+ T cells.
Dans certains modes de réalisation, les compositions fournies sont évaluées comme décrit ici, par exemple pour l’intégrité de l’ARN, la stabilité, le niveau, l’efficacité de coiffage, la traduisibilité de l’ARN, etc. et/ou pour une ou plusieurs propriétés d’une composition (par exemple, une préparation de LNP) telles que, par exemple, la capacité à induire une réponse d’anticorps, une réponse des cellules T, une réponse des cellules T avec des caractéristiques particulières (par exemple, le niveau d’anticorps contre un ou plusieurs antigènes, la persistance d’un tel niveau, la diversité des anticorps provoqués, le type et/ou la diversité de la réponse des cellules T, etc.In some embodiments, the provided compositions are evaluated as described herein, e.g., for RNA integrity, stability, level, capping efficiency, RNA translatability, etc. and/or for one or more properties of a composition (e.g., an LNP preparation) such as, e.g., the ability to induce an antibody response, a T cell response, a T cell response with particular characteristics (e.g., the level of antibodies against one or more antigens, the persistence of such level, the diversity of antibodies elicited, the type and/or diversity of the T cell response, etc.
Dans certains modes de réalisation, les formulations fournies sont identifiées et/ou caractérisées par rapport à une ou à plusieurs activités ou caractéristiques, y compris, par exemple, le niveau d’expression, la nature de la réponse immunitaire, le niveau de protection (par exemple,contre le défi, l’impact sur la charge virale, l’impact sur la santé et/ou la survie), l’immunogénicité (par exemple,l’évaluation des réponses aux cytokines, le phénotypage de la réponse immunitaire, l’épuisement et/ou la protection des cellules T), la sérologie et/ou les réponses des anticorps fonctionnels. Dans certains modes de réalisation, l’évaluation des compositions fournies peut être effectuée dans un modèle animal. Dans de nombreux modes de réalisation, l’évaluation des compositions fournies dans un ou plusieurs systèmes humains est souhaitable. Dans certains modes de réalisation, des évaluations in vitro sont effectuées dans des systèmes humains. Pour ne donner que quelques exemples, dans certains modes de réalisation, la présentation d’un ou de plusieurs antigènes fournis ou de fragments antigéniques ou d’épitopes de ceux-ci par des cellules dendritiques humaines pour stimuler les cellules T humaines est évaluée in vitro. En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, la liaison in vitro de sérums provenant d’humains infectés à des antigènes fournis est évaluée.In some embodiments, the provided formulations are identified and/or characterized with respect to one or more activities or characteristics, including, for example, level of expression, nature of the immune response, level of protection (e.g., against challenge, impact on viral load, impact on health and/or survival), immunogenicity (e.g., assessment of cytokine responses, phenotyping of the immune response, T cell exhaustion and/or protection), serology, and/or functional antibody responses. In some embodiments, evaluation of the provided compositions may be performed in an animal model. In many embodiments, evaluation of the provided compositions in one or more human systems is desirable. In some embodiments, in vitro evaluations are performed in human systems. To provide only a few examples, in some embodiments, the presentation of one or more provided antigens or antigenic fragments or epitopes thereof by human dendritic cells to stimulate human T cells is assessed in vitro. Alternatively or additionally, in some embodiments, the in vitro binding of sera from infected humans to provided antigens is assessed.
Dans certains modes de réalisation, des évaluations in vivo sont effectuées dans des systèmes humains. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs essais sur l’homme sont réalisés. Dans de tels essais, des humains en bonne santé (par exemple, des volontaires, qui ont généralement subi des procédures de dépistage et/ou de consentement) sont traités avec une composition fournie (par exemple, une composition immunostimulatrice, par exemple, une composition vaccinale) et sont ensuite inoculés avec SAARS-CoV-2, et surveillés cliniquement pour évaluer le niveau de protection, par exemple, contre une infection établie et/ou une maladie symptomatique ou grave. En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, les sujets sont surveillés pour leur réactivité (par exemple, leur réactivité accrue) à une thérapie anti-SARS-CoV-2 particulière connue ou potentielle.In some embodiments, in vivo evaluations are performed in human systems. For example, in some embodiments, one or more human trials are performed. In such trials, healthy humans (e.g., volunteers, who have typically undergone screening and/or consent procedures) are treated with a provided composition (e.g., an immunostimulatory composition, e.g., a vaccine composition) and are subsequently inoculated with SAARS-CoV-2, and clinically monitored to assess the level of protection, e.g., against established infection and/or symptomatic or severe disease. Alternatively or additionally, in some embodiments, the subjects are monitored for responsiveness (e.g., increased responsiveness) to a particular known or potential anti-SARS-CoV-2 therapy.
Dans certains modes de réalisation, une composition fournie (par exemple, une composition immunostimulatrice, par exemple, une composition de vaccin) fournit une protection significative (par exemple, au moins environ 60 %, 65 %, 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 % ou plus) contre une ou plusieurs d’une infection établie, d’une maladie symptomatique et/ou d’une maladie grave. Dans certains modes de réalisation, une composition fournie (par exemple, une composition immunostimulatrice, par exemple, une composition de vaccin) offre une réactivité considérablement accrue à la thérapie, par exemple comme cela peut être évalué par un ou plusieurs parmi un début retardé, une réduction de la gravité et/ou une résolution plus rapide d’un ou de plusieurs symptômes ou caractéristiques de l’infection.
In some embodiments, a provided composition (e.g., an immunostimulatory composition, e.g., a vaccine composition) provides significant protection (e.g., at least about 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% or greater) against one or more of established infection, symptomatic disease, and/or severe disease. In some embodiments, a provided composition (e.g., an immunostimulatory composition, e.g., a vaccine composition) provides significantly increased responsiveness to therapy, e.g., as may be assessed by one or more of delayed onset, reduced severity, and/or more rapid resolution of one or more symptoms or features of the infection.
VII.Populations de patientsVII.Patient populations
Dans certains aspects, les technologies de la présente invention sont utilisées à des fins thérapeutiques et/ou prophylactiques. Dans certains modes de réalisation, les technologies de la présente invention sont utilisées dans le traitement et/ou la prophylaxie d’une infection par le SARS-CoV-2. Les objectifs prophylactiques de la présente invention comprennent la prophylaxie pré-exposition et/ou la prophylaxie post-exposition.In some aspects, the technologies of the present invention are used for therapeutic and/or prophylactic purposes. In some embodiments, the technologies of the present invention are used in the treatment and/or prophylaxis of SARS-CoV-2 infection. Prophylactic purposes of the present invention include pre-exposure prophylaxis and/or post-exposure prophylaxis.
Dans certains modes de réalisation, les technologies de la présente invention sont utilisées dans le traitement et/ou la prophylaxie d’un trouble lié à une infection par le SARS-CoV-2. Un trouble lié à une telle infection par le SARS-CoV-2 comprend, par exemple, un symptôme typique et/ou une complication d’une infection par le SARS-CoV-2.In some embodiments, the technologies of the present invention are used in the treatment and/or prophylaxis of a disorder related to SARS-CoV-2 infection. A disorder related to such SARS-CoV-2 infection includes, for example, a typical symptom and/or complication of SARS-CoV-2 infection.
Dans certains modes de réalisation, les compositions fournies (par exemple,qui sont ou comprennent des antigènes du SARS-CoV-2) peuvent être utiles pour détecter et/ou caractériser une ou plusieurs caractéristiques d’une réponse immunitaire anti-SARS-CoV-2 (par exemple,en détectant la liaison à un antigène fourni par le sérum d’un sujet infecté).In some embodiments, the provided compositions (e.g., which are or comprise SARS-CoV-2 antigens) may be useful for detecting and/or characterizing one or more features of an anti-SARS-CoV-2 immune response (e.g., by detecting binding to an antigen provided by the serum of an infected subject).
Dans certains modes de réalisation, les compositions fournies (par exemple,qui sont ou comprennent des antigènes du SARS-CoV-2) sont utiles pour produire des anticorps contre un ou plusieurs antigènes inclus dans celles-ci ; de tels anticorps peuvent eux-mêmes être utiles, par exemple pour la détection ou le traitement du SARS-CoV-2 ou d’une infection par celui-ci.In some embodiments, the provided compositions (e.g., which are or include SARS-CoV-2 antigens) are useful for producing antibodies against one or more antigens included therein; such antibodies may themselves be useful, e.g., for the detection or treatment of SARS-CoV-2 or infection therewith.
La présente invention concerne l’utilisation d’acides nucléiques codants (par exemple,l’ADN ou l’ARN) pour produire des antigènes codés et/ou l’utilisation de constructions d’ADN pour produire de l’ARN.The present invention relates to the use of encoding nucleic acids (e.g., DNA or RNA) to produce encoded antigens and/or the use of DNA constructs to produce RNA.
Dans certains modes de réalisation, les technologies de la présente invention sont utilisées dans une population de sujets non limitée ; dans certains modes de réalisation, les technologies de la présente invention sont utilisées dans des populations de sujets particulières.In some embodiments, the technologies of the present invention are used in an unlimited subject population; in some embodiments, the technologies of the present invention are used in particular subject populations.
Dans certains modes de réalisation, une population de sujets comprend une population adulte. Dans certains modes de réalisation, une population adulte comprend des sujets âgés d’environ 19 ans à environ 60 ans (par exemple,environ 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 ou 60 ans).In some embodiments, a subject population comprises an adult population. In some embodiments, an adult population comprises subjects aged from about 19 years to about 60 years (e.g., about 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, or 60 years).
Dans certains modes de réalisation, une population de sujets comprend une population âgée. Dans certains modes de réalisation, une population âgée comprend des sujets âgés d’environ 60 ans, d’environ 70 ans ou plus (par exemple,environ 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 ou 100 ans).In some embodiments, a subject population comprises an elderly population. In some embodiments, an elderly population comprises subjects about 60 years old, about 70 years old or older (e.g., about 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, or 100 years old).
Dans certains modes de réalisation, une population de sujets comprend une population pédiatrique. Dans certains modes de réalisation, une population pédiatrique comprend des sujets âgés d’environ 18 ans ou moins. Dans certains de ces modes de réalisation, une population pédiatrique comprend des sujets âgés d’environ 1 an à environ 18 ans (par exemple,1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 ou 18 ans).In some embodiments, a subject population comprises a pediatric population. In some embodiments, a pediatric population comprises subjects about 18 years of age or younger. In some of these embodiments, a pediatric population comprises subjects about 1 year of age to about 18 years of age (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, or 18 years of age).
Dans certains modes de réalisation, une population de sujets comprend une population de nouveau-nés. Dans certains modes de réalisation, une population de nouveau-nés comprend des sujets âgés d’environ 12 mois ou moins (par exemple,12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 mois ou moins). Dans certains modes de réalisation, les populations de sujets à traiter avec les technologies décrites ici comportent des nourrissons (par exemple,environ 12 mois ou moins) dont les mères n’ont pas reçu les technologies décrites ici pendant la grossesse. Dans certains modes de réalisation, les populations de sujets à traiter avec les technologies décrites ici peuvent comporter des femmes enceintes ; dans certains modes de réalisation, les nourrissons dont les mères ont été traitées pendant la grossesse avec les technologies décrites (par exemple,qui ont reçu au moins une dose, ou en variante seulement qui ont reçu les deux doses), ne sont pas vaccinés pendant les premières semaines, mois, voire années (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 semaines ou plus, ou 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 mois ou plus, ou 1, 2, 3, 4, 5 ans ou plus) après la naissance. En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, les nourrissons dont les mères ont été traitées pendant la grossesse avec les technologies décrites (par exemple,qui ont reçu au moins une dose, ou en variante seulement qui ont reçu les deux doses), reçoivent une dose réduite traitée avec les technologies décrites (par exemple, des doses plus faibles et/ou un plus petit nombre d’administrations -par exemple, des rappels - et/ou une exposition totale plus faible sur une période de temps donnée) après la naissance, par exemple pendant les premières semaines, mois, voire années (par exemple, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 semaines ou plus, ou 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 mois ou plus, ou 1, 2, 3, 4, 5 ans ou plus) après la naissance ou peuvent nécessiter une vaccination réduite (par exemple, des doses plus faibles et/ou un nombre plus petit d’administrations - par exemple, des rappels - sur une période de temps donnée). Dans certains modes de réalisation, les compositions telles que fournies ici sont administrées à des populations de sujets qui n’incluent pas les femmes enceintes.In some embodiments, a subject population comprises a neonate population. In some embodiments, a neonate population comprises subjects about 12 months of age or younger (e.g., 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 month or younger). In some embodiments, subject populations to be treated with the technologies described herein comprise infants (e.g., about 12 months of age or younger) whose mothers did not receive the technologies described herein during pregnancy. In some embodiments, subject populations to be treated with the technologies described herein may comprise pregnant women; in some embodiments, infants whose mothers were treated during pregnancy with the disclosed technologies (e.g., who received at least one dose, or alternatively only who received both doses), are not vaccinated during the first weeks, months, or even years (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 weeks or more, or 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 months or more, or 1, 2, 3, 4, 5 years or more) after birth. Alternatively or additionally, in some embodiments, infants whose mothers were treated during pregnancy with the described technologies (e.g., who received at least one dose, or alternatively only who received both doses), receive a reduced dose treated with the described technologies (e.g. , lower doses and/or a smaller number of administrations -e.g. , boosters - and/or lower total exposure over a given period of time) after birth, e.g., during the first weeks, months, or even years (e.g., 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 weeks or more, or 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 months or more, or 1, 2, 3, 4, 5 years or more) after birth or may require reduced vaccination (e.g., lower doses and/or a smaller number of administrations - e.g., boosters - over a given period of time). In some embodiments, the compositions as provided herein are administered to subject populations that do not include pregnant women.
Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est ou comprend des enfants âgés de 6 semaines à 17 mois.In some embodiments, a subject population is or includes children aged 6 weeks to 17 months.
Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 18 ans ou plus. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 18 ans ou plus et de moins de 65 ans. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de moins de 12 ans. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 5 ans ou plus. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 5 ans à moins de 12 ans. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 12 ans à moins de 18 ans. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 16 ans ou plus. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 12 ans à moins de 16 ans. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 6 mois ou plus. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 2 ans ou plus. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 6 mois à moins de 5 ans. Dans certains modes de réalisation, une population de sujets est âgée de 2 ans à moins de 5 ans.In some embodiments, a subject population is 18 years of age or older. In some embodiments, a subject population is 18 years of age or older and younger than 65 years of age. In some embodiments, a subject population is younger than 12 years of age. In some embodiments, a subject population is 5 years of age or older. In some embodiments, a subject population is 5 years of age to younger than 12 years of age. In some embodiments, a subject population is 12 years of age to younger than 18 years of age. In some embodiments, a subject population is 16 years of age or older. In some embodiments, a subject population is 12 years of age to younger than 16 years of age. In some embodiments, a subject population is 6 months of age or older. In some embodiments, a subject population is 2 years of age or older. In some embodiments, a subject population is 6 months of age to younger than 5 years of age. In some embodiments, a subject population is between the ages of 2 and less than 5 years old.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique fournie (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) peut être administrée en combinaison avec (c’est-à-dire de sorte que le ou les sujets soient simultanément exposés aux deux) une autre composition pharmaceutique (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) ou une intervention thérapeutique, par exemple, pour traiter ou prévenir une infection par le SARS-CoV-2, ou une autre maladie, un autre trouble ou une autre affection.In some embodiments, a provided pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) may be administered in combination with (i.e., such that the subject(s) are simultaneously exposed to both) another pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) or a therapeutic intervention, e.g., to treat or prevent SARS-CoV-2 infection, or another disease, disorder, or condition.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique fournie (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) peut être administrée avec un vaccin protéique, un vaccin à ADN, un vaccin à ARN, un vaccin cellulaire, un vaccin conjugué, etc. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs doses d’une composition pharmaceutique fournie (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) peuvent être administrées conjointement avec (par exemple, en une seule visite) un autre vaccin ou une autre thérapie.In some embodiments, a provided pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) may be administered with a protein vaccine, a DNA vaccine, an RNA vaccine, a cellular vaccine, a conjugate vaccine, etc. In some embodiments, one or more doses of a provided pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) may be administered in conjunction with (e.g., in a single visit) another vaccine or therapy.
Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique fournie (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) peut être administrée à des sujets qui ont été exposés, ou pensent avoir été exposés, au SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique fournie (par exemple, une composition immunogène, par exemple, un vaccin) peut être administrée à des sujets qui ne présentent pas de symptômes d’infection par le SARS-CoV-2.In some embodiments, a provided pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) may be administered to subjects who have been exposed, or believe they have been exposed, to SARS-CoV-2. In some embodiments, a provided pharmaceutical composition (e.g., an immunogenic composition, e.g., a vaccine) may be administered to subjects who do not exhibit symptoms of SARS-CoV-2 infection.
La présente invention concerne, entre autres, des constructions d’ADN, par exemple qui peuvent coder pour une ou plusieurs constructions d’ARN décrites ici, ou des composants de celles-ci. Dans certains modes de réalisation, des constructions d’ADN fournies et/ou utilisées conformément à la présente invention sont comprises dans un vecteur.The present invention relates, inter alia, to DNA constructs, for example, which may encode one or more RNA constructs described herein, or components thereof. In certain embodiments, DNA constructs provided and/or used in accordance with the present invention are included in a vector.
Des exemples non limitatifs d’un vecteur comportent des vecteurs plasmidiques, des vecteurs cosmidiques, des vecteurs phagiques tels que le phage lambda, des vecteurs viraux tels que des vecteurs rétroviraux, adénoviraux ou baculoviraux, ou des vecteurs chromosomiques artificiels tels que des chromosomes artificiels bactériens (BAC), des chromosomes artificiels de levure (YAC) ou des chromosomes artificiels P1 (PAC). Dans certains modes de réalisation, un vecteur est un vecteur d’expression. Dans certains modes de réalisation, un vecteur est un vecteur de clonage. En général, un vecteur est une construction d’acide nucléique qui peut recevoir ou se lier d’une autre manière à un élément d’acide nucléique d’intérêt (par exemple, une construction qui est ou code pour une charge utile, ou qui confère une fonctionnalité particulière, etc.)Non-limiting examples of a vector include plasmid vectors, cosmid vectors, phage vectors such as lambda phage, viral vectors such as retroviral, adenoviral, or baculoviral vectors, or artificial chromosomal vectors such as bacterial artificial chromosomes (BACs), yeast artificial chromosomes (YACs), or P1 artificial chromosomes (PACs). In some embodiments, a vector is an expression vector. In some embodiments, a vector is a cloning vector. In general, a vector is a nucleic acid construct that can receive or otherwise bind to a nucleic acid element of interest (e.g., a construct that is or encodes a payload, or that confers a particular functionality, etc.)
Les vecteurs d’expression, qui peuvent être des vecteurs plasmidiques ou viraux ou d’autres vecteurs, comportent généralement une séquence d’intérêt exprimable (par exemple, une séquence codante) qui est fonctionnellement liée à un ou à plusieurs éléments de contrôle (par exemple, des promoteurs, des amplificateurs, des terminateurs de transcription, etc.). En règle générale, ces éléments de contrôle sont sélectionnés pour être exprimés dans un système d’intérêt. Dans certains modes de réalisation, un système est ex vivo (par exemple, un système de transcriptionin vitro) ; dans certains modes de réalisation, un système estin vivo(par exemple, une cellule ou un tissu bactérien, de levure, de plante, d’insecte, de poisson, de vertébré, de mammifère, etc.).Expression vectors, which may be plasmid or viral or other vectors, generally comprise an expressible sequence of interest (e.g., a coding sequence) that is operably linked to one or more control elements (e.g., promoters, enhancers, transcription terminators, etc.). Typically, these control elements are selected to be expressed in a system of interest. In some embodiments, a system is ex vivo (e.g., anin vitro transcription system); in some embodiments, a system isin vivo (e.g., a bacterial, yeast, plant, insect, fish, vertebrate, mammalian cell or tissue, etc.).
Les vecteurs de clonage sont généralement utilisés pour modifier, manipuler et/ou dupliquer (par exemple, par réplicationin vivo, par exemple dans un système simple tel que des bactéries ou des levures, ou in vitro, par exemple par amplification telle que la réaction en chaîne par polymérase ou un autre processus d’amplification). Dans certains modes de réalisation, un vecteur de clonage peut être dépourvu de signaux d’expression.Cloning vectors are generally used to modify, manipulate, and/or duplicate (e.g., byin vivo replication, e.g., in a simple system such as bacteria or yeast, or in vitro, e.g., by amplification such as the polymerase chain reaction or other amplification process). In some embodiments, a cloning vector may lack expression signals.
Dans de nombreux modes de réalisation, un vecteur peut comporter un ou des éléments de réplication tels que des sites de liaison d’amorce et/ou une ou des origines de réplication. Dans de nombreux modes de réalisation, un vecteur peut comporter des sites d’insertion ou de modification tels que des sites de reconnaissance d’endonucléase de restriction et/ou des sites de liaison d’ARN guide, etc.In many embodiments, a vector may comprise one or more replication elements such as primer binding sites and/or one or more origins of replication. In many embodiments, a vector may comprise insertion or modification sites such as restriction endonuclease recognition sites and/or guide RNA binding sites, etc.
Dans certains modes de réalisation, un vecteur est un vecteur viral (par exemple, un vecteur AAV). Dans certains modes de réalisation, un vecteur est un vecteur non viral. Dans certains modes de réalisation, un vecteur est un plasmide.In some embodiments, a vector is a viral vector (e.g., an AAV vector). In some embodiments, a vector is a non-viral vector. In some embodiments, a vector is a plasmid.
L’homme du métier connaît une variété de technologies utiles pour la production de polynucléotides recombinants (par exemple, ADN ou ARN) tels que décrits ici. Par exemple, la digestion par restriction, la transcription inverse, l’amplification (par exemple par réaction en chaîne par polymérase), l’assemblage de Gibson, etc., sont des outils et des technologies bien établis et utiles. En variante ou en complément, certains acides nucléiques peuvent être préparés ou assemblés par synthèse chimique et/ou enzymatique. Dans certains modes de réalisation, une combinaison de procédés connus est utilisée pour préparer un polynucléotide recombinant.Those skilled in the art are aware of a variety of technologies useful for the production of recombinant polynucleotides (e.g., DNA or RNA) as described herein. For example, restriction digestion, reverse transcription, amplification (e.g., by polymerase chain reaction), Gibson assembly, etc., are well-established and useful tools and technologies. Alternatively or in addition, certain nucleic acids may be prepared or assembled by chemical and/or enzymatic synthesis. In some embodiments, a combination of known methods is used to prepare a recombinant polynucleotide.
Dans certains modes de réalisation, le ou les polynucléotides de la présente invention sont inclus dans une construction d’ADN (par exemple, un vecteur) susceptible d’être transcrite et/ou traduite.In some embodiments, the polynucleotide(s) of the present invention are included in a DNA construct (e.g., a vector) capable of being transcribed and/or translated.
Dans certains modes de réalisation, un vecteur d’expression comprend un polynucléotide qui code pour des protéines et/ou des polypeptides de la présente invention liés de manière opérationnelle à une ou plusieurs séquences qui contrôlent l’expression (par exemple, des promoteurs, des signaux de démarrage, des signaux d’arrêt, des signaux de polyadénylation, des activateurs, des répresseurs, etc.). Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs séquences qui contrôlent l’expression sont sélectionnées pour atteindre un niveau d’expression souhaité. Dans certains modes de réalisation, plusieurs séquences contrôlant l’expression (par exemple, des promoteurs) sont utilisées. Dans certains modes de réalisation, plusieurs séquences qui contrôlent l’expression (par exemple, des promoteurs) sont utilisées pour atteindre un niveau d’expression souhaité d’une pluralité de polynucléotides qui codent pour une pluralité de protéines et/ou de polypeptides. Dans certains modes de réalisation, une pluralité de protéines et/ou de polypeptides recombinants sont exprimés à partir du même vecteur (par exemple, un vecteur bi-cistronique, un vecteur tri-cistronique, un vecteur multi-cistronique). Dans certains modes de réalisation, une pluralité de polypeptides sont exprimés, chacun d’entre eux étant exprimé à partir d’un vecteur distinct.In some embodiments, an expression vector comprises a polynucleotide that encodes proteins and/or polypeptides of the present invention operably linked to one or more expression control sequences (e.g., promoters, start signals, stop signals, polyadenylation signals, activators, repressors, etc.). In some embodiments, one or more expression control sequences are selected to achieve a desired level of expression. In some embodiments, multiple expression control sequences (e.g., promoters) are used. In some embodiments, multiple expression control sequences (e.g., promoters) are used to achieve a desired level of expression of a plurality of polynucleotides that encode a plurality of proteins and/or polypeptides. In some embodiments, a plurality of recombinant proteins and/or polypeptides are expressed from the same vector (e.g., a bi-cistronic vector, a tri-cistronic vector, a multi-cistronic vector). In some embodiments, a plurality of polypeptides are expressed, each of which is expressed from a separate vector.
Dans certains modes de réalisation, un vecteur d’expression comprenant un polynucléotide de la présente invention est utilisé pour produire un ARN et/ou une protéine et/ou un polypeptide dans une cellule hôte. Dans certains modes de réalisation, une cellule hôte peut êtrein vitro(par exemple, une lignée cellulaire) – par exemple une cellule ou une lignée cellulaire (par exemple, des cellules rénales embryonnaires humaines (cellules HEK), des cellules ovariennes de hamster chinois, etc.) adaptée à la production de polynucléotides de la présente invention et de protéines et/ou de polypeptides codés par lesdits polynucléotides.In some embodiments, an expression vector comprising a polynucleotide of the present invention is used to produce an RNA and/or a protein and/or a polypeptide in a host cell. In some embodiments, a host cell may bein vitro (e.g., a cell line) – for example, a cell or cell line (e.g., human embryonic kidney cells (HEK cells), Chinese hamster ovary cells, etc.) suitable for the production of polynucleotides of the present invention and proteins and/or polypeptides encoded by said polynucleotides.
Dans certains modes de réalisation, un vecteur d’expression est un vecteur d’expression d’ARN. Dans certains modes de réalisation, un vecteur d’expression d’ARN comprend une matrice de polynucléotide utilisée pour produire un ARN dans un mélange enzymatique acellulaire. Dans certains modes de réalisation, un vecteur d’expression d’ARN comprenant une matrice polynucléotidique est linéarisé enzymatiquement avant la transcriptionin vitro. Dans certains modes de réalisation, une matrice de polynucléotide est générée par PCR sous forme de matrice de polynucléotide linéaire. Dans certains modes de réalisation, un polynucléotide linéarisé est mélangé à des enzymes adaptées à la synthèse d’ARN, au coiffage et/ou à la purification d’ARN. Dans certains modes de réalisation, l’ARN résultant est adapté à la production de protéines codées par l’ARN.In some embodiments, an expression vector is an RNA expression vector. In some embodiments, an RNA expression vector comprises a polynucleotide template used to produce RNA in a cell-free enzyme mixture. In some embodiments, an RNA expression vector comprising a polynucleotide template is enzymatically linearized prior toin vitro transcription. In some embodiments, a polynucleotide template is generated by PCR as a linear polynucleotide template. In some embodiments, a linearized polynucleotide is mixed with enzymes suitable for RNA synthesis, capping, and/or RNA purification. In some embodiments, the resulting RNA is suitable for production of RNA-encoded proteins.
Une variété de procédés sont connus dans le domaine pour introduire un vecteur d’expression dans des cellules hôtes. Dans certains modes de réalisation, un vecteur peut être introduit dans des cellules hôtes à l’aide d’une transfection. Dans certains modes de réalisation, la transfection est réalisée, par exemple, à l’aide d’une transfection au phosphate de calcium, d’une lipofection ou d’une transfection médiée par la polyéthylèneimine. Dans certains modes de réalisation, un vecteur peut être introduit dans des cellules hôtes à l’aide d’une transduction.A variety of methods are known in the art for introducing an expression vector into host cells. In some embodiments, a vector may be introduced into host cells using transfection. In some embodiments, transfection is performed, for example, using calcium phosphate transfection, lipofection, or polyethyleneimine-mediated transfection. In some embodiments, a vector may be introduced into host cells using transduction.
Dans certains modes de réalisation, des cellules hôtes transformées sont cultivées après l’introduction d’un vecteur dans une cellule hôte pour permettre l’expression desdits polynucléotides recombinants. Dans certains modes de réalisation, des cellules hôtes transformées sont cultivées pendant au moins 12 heures, 16 heures, 20 heures, 24 heures, 28 heures, 32 heures, 36 heures, 40 heures, 44 heures, 48 heures, 52 heures, 56 heures, 60 heures, 64 heures, 68 heures, 72 heures ou plus. Les cellules hôtes transformées sont cultivées dans des conditions de croissance (par exemple, température, niveaux de dioxyde de carbone, milieu de croissance) conformément aux exigences d’une cellule hôte sélectionnée. Un homme du métier reconnaîtrait que les conditions de culture pour les cellules hôtes sélectionnées sont bien connues dans le domaine.In some embodiments, transformed host cells are cultured after introduction of a vector into a host cell to allow expression of said recombinant polynucleotides. In some embodiments, transformed host cells are cultured for at least 12 hours, 16 hours, 20 hours, 24 hours, 28 hours, 32 hours, 36 hours, 40 hours, 44 hours, 48 hours, 52 hours, 56 hours, 60 hours, 64 hours, 68 hours, 72 hours or longer. The transformed host cells are cultured under growth conditions (e.g., temperature, carbon dioxide levels, growth medium) in accordance with the requirements of a selected host cell. One skilled in the art would recognize that the culture conditions for the selected host cells are well known in the art.
Dans certains modes de réalisation, les technologies de la présente invention peuvent être administrées à des sujets selon un schéma posologique particulier. Dans certains modes de réalisation, un schéma posologique peut impliquer une administration unique ; dans certains modes de réalisation, un schéma posologique peut comprendre une ou plusieurs administrations de « rappel » après l’administration initiale. Dans certains modes de réalisation, les doses initiales et de rappel sont de quantité identique ; dans d’autres modes de réalisation, elles diffèrent. Dans certains modes de réalisation, deux doses de rappel ou plus sont administrées. Dans certains modes de réalisation, une pluralité de doses sont administrées à intervalles réguliers. Dans certains modes de réalisation, les périodes de temps entre les doses deviennent plus longues. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs doses ultérieures sont administrées si un événement clinique particulier (par exemple,une réduction des niveaux d’anticorps neutralisants) ou situationnel (par exemple,le développement local d’une nouvelle souche) survient ou est détecté.In some embodiments, the technologies of the present invention may be administered to subjects according to a particular dosing regimen. In some embodiments, a dosing regimen may involve a single administration; in some embodiments, a dosing regimen may include one or more "booster" administrations after the initial administration. In some embodiments, the initial and booster doses are the same amount; in other embodiments, they differ. In some embodiments, two or more booster doses are administered. In some embodiments, a plurality of doses are administered at regular intervals. In some embodiments, the time periods between doses become longer. In some embodiments, one or more subsequent doses are administered if a particular clinical (e.g., a reduction in neutralizing antibody levels) or situational (e.g., local development of a new strain) event occurs or is detected.
Dans certains modes de réalisation, des compositions pharmaceutiques administrées (par exemple, des compositions immunogènes, par exemple, des vaccins) comprenant des constructions d’ARN qui codent pour un ou plusieurs antigènes du SARS-CoV-2 sont administrées dans des doses d’ARN d’environ 0,1 µg à environ 300 µg, d’environ 0,5 µg à environ 200 µg, ou d’environ 1 µg à environ 100 µg, telles qu’environ 1 µg, environ 3 µg, environ 10 µg, environ 30 µg, environ 50 µg ou environ 100 µg. Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARNsa est administrée à une dose inférieure (par exemple,2, 4, 5, 10 fois ou plus) à celle d’une construction d’ARNmod ou d’ARNu.In some embodiments, administered pharmaceutical compositions (e.g., immunogenic compositions, e.g., vaccines) comprising RNA constructs that encode one or more SARS-CoV-2 antigens are administered in RNA doses of about 0.1 µg to about 300 µg, about 0.5 µg to about 200 µg, or about 1 µg to about 100 µg, such as about 1 µg, about 3 µg, about 10 µg, about 30 µg, about 50 µg, or about 100 µg. In some embodiments, an ssRNA construct is administered at a lower dose (e.g., 2, 4, 5, 10 times or more) than a modRNA or uRNA construct.
Dans certains modes de réalisation, une première dose de rappel est administrée dans un délai d’environ six mois après la dose initiale, et de préférence dans un délai d’environ 5, 4, 3, 2 ou 1 mois. Dans certains modes de réalisation, une première dose de rappel est administrée dans une période de temps qui commence environ 1, 2, 3 ou 4 semaines après la première dose, et se termine environ 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 semaines après la première dose (par exemple,entre environ 1 et environ 12 semaines après la première dose, ou entre environ 2 ou 3 semaines et environ 5 et 6 semaines après la première dose, ou environ 3 semaines ou environ 4 semaines après la première dose).In some embodiments, a first booster dose is administered within about six months after the initial dose, and preferably within about 5, 4, 3, 2, or 1 month. In some embodiments, a first booster dose is administered within a time period that begins about 1, 2, 3, or 4 weeks after the first dose, and ends about 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, or 12 weeks after the first dose (e.g., between about 1 and about 12 weeks after the first dose, or between about 2 or 3 weeks and about 5 or 6 weeks after the first dose, or about 3 weeks or about 4 weeks after the first dose).
Dans certains modes de réalisation, une pluralité de doses de rappel (par exemple,2, 3 ou 4) sont administrées dans les 6 mois suivant la première dose, ou dans les 12 mois suivant la première dose.In some embodiments, a plurality of booster doses (e.g., 2, 3, or 4) are administered within 6 months of the first dose, or within 12 months of the first dose.
Dans certains modes de réalisation, 3 doses ou moins sont nécessaires pour obtenir une vaccination efficace (par exemple,supérieure à 60 %, et dans certains modes de réalisation supérieure à environ 70 %, environ 75 %, environ 80 %, environ 85 %, environ 90 % ou plus) de réduction du risque d’infection ou de maladie grave. Dans certains modes de réalisation, pas plus de deux doses sont nécessaires. Dans certains modes de réalisation, une seule dose est suffisante. Dans certains modes de réalisation, une dose d’ARN est d’environ 60 µg ou moins, 50 µg ou moins, 40 µg ou moins, 30 µg ou moins, 20 µg ou moins, 10 µg ou moins, 5 µg ou moins, 2,5 µg ou moins, ou 1 µg ou moins. Dans certains modes de réalisation, une dose d’ARN est d’environ 0,25 µg, d’au moins 0,5 µg, d’au moins 1 µg, d’au moins 2 µg, d’au moins 3 µg, d’au moins 4 µg, d’au moins 5 µg, d’au moins 10 µg, d’au moins 20 µg, d’au moins 30 µg ou d’au moins 40 µg. Dans certains modes de réalisation, une dose d’ARN peut être administrée par dose, soit environ 0,25 µg à 60 µg, 0,5 µg à 55 µg, 1 µg à 50 µg, 5 µg à 40 µg, ou 10 µg à 30 µg. Dans certains modes de réalisation, la dose d’ARN est d’environ 30 µg. Dans certains modes de réalisation, au moins deux de ces doses sont administrées. Par exemple, une deuxième dose peut être administrée environ 21 jours après l’administration de la première dose. Dans certains modes de réalisation, une première dose de rappel est administrée environ un mois après une dose initiale. Dans certains de ces modes de réalisation, au moins un rappel supplémentaire est administré à un ou plusieurs intervalles d’un mois. Dans certains modes de réalisation, après 2 ou 3 rappels, un intervalle plus long est introduit et aucun rappel supplémentaire n’est administré pendant au moins 6, 9, 12, 18, 24 mois ou plus. Dans certains modes de réalisation, un seul rappel supplémentaire est administré après environ 18 mois. Dans certains modes de réalisation, aucun rappel supplémentaire n’est requis, sauf si, par exemple, un changement important dans la situation clinique ou environnementale est observé.In some embodiments, 3 or fewer doses are required to achieve effective vaccination (e.g., greater than about 60%, and in some embodiments greater than about 70%, about 75%, about 80%, about 85%, about 90% or more) reduction in the risk of infection or severe disease. In some embodiments, no more than two doses are required. In some embodiments, a single dose is sufficient. In some embodiments, a dose of RNA is about 60 µg or less, 50 µg or less, 40 µg or less, 30 µg or less, 20 µg or less, 10 µg or less, 5 µg or less, 2.5 µg or less, or 1 µg or less. In some embodiments, a dose of RNA is about 0.25 µg, at least 0.5 µg, at least 1 µg, at least 2 µg, at least 3 µg, at least 4 µg, at least 5 µg, at least 10 µg, at least 20 µg, at least 30 µg, or at least 40 µg. In some embodiments, a dose of RNA may be administered per dose, which is about 0.25 µg to 60 µg, 0.5 µg to 55 µg, 1 µg to 50 µg, 5 µg to 40 µg, or 10 µg to 30 µg. In some embodiments, the RNA dose is about 30 µg. In some embodiments, at least two such doses are administered. For example, a second dose may be administered about 21 days after the first dose is administered. In some embodiments, a first booster dose is administered about one month after an initial dose. In some of these embodiments, at least one additional booster is administered at one or more one-month intervals. In some embodiments, after 2 or 3 boosters, a longer interval is introduced and no additional boosters are administered for at least 6, 9, 12, 18, 24 months or more. In some embodiments, only one additional booster is administered after about 18 months. In some embodiments, no additional boosters are required unless, for example, a significant change in the clinical or environmental situation is observed.
Dans certains modes de réalisation, les compositions décrites ici sont fournies à des sujets précédemment infectés par le SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, les compositions décrites ici sont fournies sous forme de dose de rappel à un sujet ayant déjà reçu une ou plusieurs doses (par exemple, une partie d’un schéma posologique d’amorçage, un schéma posologique complet ou un schéma posologique complet) d’un vaccin contre le SARS-CoV-2 (par exemple, un vaccin contre le SARS-CoV-2 délivrant une protéine S du SARS-CoV-2 complète et/ou un vaccin contre le SARS-CoV-2 approuvé commercialement). Des exemples de vaccins contre le SARS-CoV-2 comportent un vaccin BNT162b2, un vaccin à ARNm-1273, un vaccin Ad26.CoV2.S, un vaccin ChAdxOx1, un vaccin NVX-CoV2373, un vaccin CvnCoV, un vaccin GAM-COVID0Vac, un vaccin CoronaVac, un vaccin BBIBP-CorV, un vaccin Ad5-nCoV, un vaccin zf2001, un vaccin SCB-2019, ou d’autres vaccins à ARN (par exemple, à ARNm) ou à adénovecteur approuvés, etc. Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs doses d’une composition décrite ici sont administrées à des sujets qui ont reçu une ou plusieurs doses (par exemple, un régime complet) d’un vaccin contre le SARS-CoV-2 et ont été exposés et/ou infectés par le SARS-CoV-2.In some embodiments, the compositions described herein are provided to subjects previously infected with SARS-CoV-2. In some embodiments, the compositions described herein are provided as a booster dose to a subject who has already received one or more doses (e.g., part of a priming regimen, a full regimen, or a full regimen) of a SARS-CoV-2 vaccine (e.g., a SARS-CoV-2 vaccine delivering a full SARS-CoV-2 S protein and/or a commercially approved SARS-CoV-2 vaccine). Exemplary SARS-CoV-2 vaccines include a BNT162b2 vaccine, an mRNA-1273 vaccine, an Ad26.CoV2.S vaccine, a ChAdxOx1 vaccine, an NVX-CoV2373 vaccine, a CvnCoV vaccine, a GAM-COVID0Vac vaccine, a CoronaVac vaccine, a BBIBP-CorV vaccine, an Ad5-nCoV vaccine, a zf2001 vaccine, an SCB-2019 vaccine, or other approved RNA (e.g., mRNA) or adenovector vaccines, etc. In some embodiments, one or more doses of a composition described herein are administered to subjects who have received one or more doses (e.g., a full regimen) of a SARS-CoV-2 vaccine and have been exposed to and/or infected with SARS-CoV-2.
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici est conçue de manière à comprendre peu (par exemple, aucun) d’épitopes de cellules B conservés par rapport à un vaccin contre le SARS-CoV-2 administré précédemment (par exemple, le premier vaccin contre le SARS-CoV-2 administré à un sujet), une souche ou un variant du SARS-CoV-2 qui était auparavant répandu dans une population pertinente (par exemple, une souche ou un variant du SARS-CoV-2 par lequel un sujet a été précédemment infecté ou par lequel il avait une forte probabilité d’être infecté). Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici est administrée à un sujet ayant reçu précédemment un vaccin qui délivre une protéine S complète d’un variant de Wuhan. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici est administrée à un sujet ayant reçu précédemment un vaccin qui délivre une protéine S complète d’un variant d’Omicron (par exemple, un variant Omicron BA.1 ou BA.4/5).In some embodiments, a composition described herein is designed to include few (e.g., none) conserved B cell epitopes relative to a previously administered SARS-CoV-2 vaccine (e.g., the first SARS-CoV-2 vaccine administered to a subject), a SARS-CoV-2 strain or variant that was previously prevalent in a relevant population (e.g., a SARS-CoV-2 strain or variant with which a subject was previously infected or had a high likelihood of becoming infected). In some embodiments, a composition described herein is administered to a subject previously administered a vaccine that delivers a full-length S protein of a Wuhan variant. In some embodiments, a composition described herein is administered to a subject previously administered a vaccine that delivers a full-length S protein of an Omicron variant (e.g., an Omicron BA.1 or BA.4/5 variant).
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici comprend ou est co-administrée avec un ou plusieurs vaccins contre une maladie non-SARS-CoV-2 (par exemple, une maladie virale non-SARS-COV-2 et/ou une maladie respiratoire). Dans certains modes de réalisation, la maladie respiratoire non SARS-CoV-2 est un coronavirus, un virus de la grippe, un virus pneumoviridae ou un virus paramyxoviridae. Dans certains modes de réalisation, le virus pneumoviridae est un virus respiratoire syncytial (VRS) ou un métapneumovirus. Dans certains modes de réalisation, le métapneumovirus est un métapneumovirus humain (hMPV). Dans certains modes de réalisation, le virus paramyxoviridae est un virus parainfluenza ou un henipavirus. Dans certains modes de réalisation, le parainfluenzavirus est le PIV3. Dans certains modes de réalisation, le coronavirus non-SAR-CoV-2 est un bêtacoronavirus (par exemple, le SARS-CoV-1). Dans certains modes de réalisation, le coronavirus non-SARS-CoV-2 est un Merbecovirus (par exemple, un virus MERS-CoV).In some embodiments, a composition described herein comprises or is co-administered with one or more vaccines against a non-SARS-CoV-2 disease (e.g., a non-SARS-CoV-2 viral disease and/or a respiratory disease). In some embodiments, the non-SARS-CoV-2 respiratory disease is a coronavirus, an influenza virus, a pneumoviridae virus, or a paramyxoviridae virus. In some embodiments, the pneumoviridae virus is a respiratory syncytial virus (RSV) or a metapneumovirus. In some embodiments, the metapneumovirus is a human metapneumovirus (hMPV). In some embodiments, the paramyxoviridae virus is a parainfluenza virus or a henipavirus. In some embodiments, the parainfluenzavirus is PIV3. In some embodiments, the non-SARS-CoV-2 coronavirus is a betacoronavirus (e.g., SARS-CoV-1). In some embodiments, the non-SARS-CoV-2 coronavirus is a Merbecovirus (e.g., a MERS-CoV virus).
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici comprend ou est co-administrée avec un vaccin contre le VRS (par exemple, un vaccin contre le VRS A ou le VRS B). Dans certains modes de réalisation, le vaccin contre le VRS comprend une protéine de fusion du VRS (F), une protéine de fixation du VRS (G), une petite protéine hydrophobe du VRS (SH), une protéine de matrice du VRS (M), une nucléoprotéine du VRS (N), une protéine M2-1 du VRS, une grande polymérase du VRS (L) et/ou une phosphoprotéine du VRS (P), ou une partie immunogène d’un variant immunogène de celles-ci, ou un acide nucléique (par exemple, de l’ARN), codant pour l’un quelconque de ceux-ci.In some embodiments, a composition described herein comprises or is co-administered with an RSV vaccine (e.g., an RSV A or RSV B vaccine). In some embodiments, the RSV vaccine comprises an RSV fusion protein (F), an RSV attachment protein (G), an RSV small hydrophobic protein (SH), an RSV matrix protein (M), an RSV nucleoprotein (N), an RSV M2-1 protein, an RSV large polymerase (L), and/or an RSV phosphoprotein (P), or an immunogenic portion of an immunogenic variant thereof, or a nucleic acid (e.g., RNA), encoding any of these.
De nombreux vaccins contre le VRS sont connus dans le domaine, chacun d’entre eux pouvant être combiné avec (par exemple, coadministré avec ou coformulé avec) une composition décrite dans la présente invention. Voir, par exemple, la liste des vaccins contre le VRS fournie sur le site Web de PATH, une organisation mondiale de santé (voir https://www.path.org/resources/rsv-vaccine-and-mab-snapshot/), ainsi que dans Mazur, Natalie I., et al, « The respiratory syncytial virus vaccine landscape: lessons from the graveyard and promising candidates », The Lancet Infectious Diseases 18.10 (2018) : e295-e311, dont le contenu de chacun est incorporé par référence dans le présent document. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut être combinée avec un vaccin contre le VRS qui a été précédemment publié (par exemple, un vaccin contre le VRS décrit sur la page Web PATH liée à celle ci-dessus, ou dans Mazur et al.). Dans certains modes de réalisation, une composition décrite peut être combinée avec un vaccin vivant atténué ou chimérique (par exemple, rBCG-N-hRSV (développé par Ponteificia Universidad Catolica de Chile), RSV D46 cp ΔM202 (développé par Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), RSV LID ΔM2-2 1030s (développé par Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), RSV ΔNS2 Δ1313/I1314L (développé par Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), RSV D46 ΔNS2 N ΔM2-2 HindIII (développé par Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH) ou RSV LID ΔM2-2 1030s (développé par Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), MV-012-968 (développé par Meissa Vaccines), SP0125 (développé par Sanofi), blb201 (développé par Blue Lake), CodaVax™-RSV (développé par Cadagenix), RSVDeltaG (développé par Intravacc) ou SeVRSV (développé par SIHPL et l’hôpital St. Jude), un vaccin à base de particules (par exemple, nanoparticule RSV F (développée par Novavax) ou SynGEM (développé par Mucosis), Icosavzx (développé par IVX-121) ou V-306 (développé par Virometix)), un vaccin sous-unitaire (par exemple, GSK RSV F (développé par GSK), Arexvy (développé par GSK), DPX-RSV (développé par l’Université Dalousie, Immunovaccine et VIB), RSV F DS-Cav1 (développé par NIH/NIAID/VRC), MEDI-7510 (développé par MedImmune), RSVpreF (développé par Pfizer), ADV110 (développé par Advaccine), VN-0200 (développé par Daiichi Sankyo, Inc.)), un vaccin vectoriel (par exemple, MVA-BN RSV (développé par Banarian Nordic), VXA-RSVf oral (développé par Vaxart), Ad26.RSV.pref (développé par Janssen), ChAd155-RSV (développé par GSK) Immunovaccine, DPX-RSV (développé par VIB) ou DS-Cav1 (développé par NIH/NIAID/VRC) ou un vaccin à acide nucléique (par exemple, un vaccin à ARNm développé par CureVac (actuellement sans nom) ou mARN-1345 (développé par Moderna), ou SP0274 (développé par Sanofi)).Many RSV vaccines are known in the art, each of which may be combined with (e.g., co-administered with or co-formulated with) a composition described herein. See, e.g., the list of RSV vaccines provided on the website of PATH, a global health organization (see https://www.path.org/resources/rsv-vaccine-and-mab-snapshot/), as well as Mazur, Natalie I., et al., “The respiratory syncytial virus vaccine landscape: lessons from the graveyard and promising candidates,” The Lancet Infectious Diseases 18.10 (2018): e295-e311, the contents of each of which are incorporated by reference herein. In some embodiments, a composition described herein may be combined with an RSV vaccine that has been previously published (e.g., an RSV vaccine described on the PATH webpage linked to above, or in Mazur et al.). In some embodiments, a described composition may be combined with a live attenuated or chimeric vaccine (e.g., rBCG-N-hRSV (developed by Ponteificia Universidad Catolica de Chile), RSV D46 cp ΔM202 (developed by Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), RSV LID ΔM2-2 1030s (developed by Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), RSV ΔNS2 Δ1313/I1314L (developed by Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), RSV D46 ΔNS2 N ΔM2-2 HindIII (developed by Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH) or RSV LID ΔM2-2 1030s (developed by Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH), MV-012-968 (developed by Meissa Vaccines), SP0125 (developed by Sanofi), blb201 (developed by Blue Lake), CodaVax™-RSV (developed by Cadagenix), RSVDeltaG (developed by Intravacc) or SeVRSV (developed by SIHPL and St. Jude Hospital), a particle-based vaccine (e.g., nanoparticle RSV F (developed by Novavax) or SynGEM (developed by Mucosis), Icosavzx (developed by IVX-121) or V-306 (developed by Virometix)), a subunit vaccine (e.g., GSK RSV F (developed by GSK), Arexvy (developed by GSK), DPX-RSV (developed by Dalousie University, Immunovaccine and VIB), RSV F DS-Cav1 (developed by NIH/NIAID/VRC), MEDI-7510 (developed by MedImmune), RSVpreF (developed by Pfizer), ADV110 (developed by Advaccine), VN-0200 (developed by Daiichi Sankyo, Inc.)), a vector vaccine (e.g., MVA-BN RSV (developed by Banarian Nordic), oral VXA-RSVf (developed by Vaxart), Ad26.RSV.pref (developed by Janssen), ChAd155-RSV (developed by GSK) Immunovaccine, DPX-RSV (developed by VIB) or DS-Cav1 (developed by NIH/NIAID/VRC) or a nucleic acid vaccine (e.g., an mRNA vaccine developed by CureVac (currently unnamed) or mRNA-1345 (developed by Moderna), or SP0274 (developed by Sanofi)).
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici comprend ou est co-administrée avec un vaccin contre le VRS qui délivre une protéine F stabilisée par préfusion (par exemple, un vaccin contre le VRS décrit dans WO2017109629A1, WO2022023896A1, WO2022023895A1 et/ou WO2022070129A1, dont le contenu est incorporé par référence dans son intégralité).In some embodiments, a composition described herein comprises or is co-administered with an RSV vaccine that delivers a prefusion-stabilized F protein (e.g., an RSV vaccine described in WO2017109629A1, WO2022023896A1, WO2022023895A1 and/or WO2022070129A1, the contents of which are incorporated by reference in their entirety).
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici comprend ou est co-administrée avec un vaccin contre la grippe. Dans certains modes de réalisation, le vaccin contre la grippe est un vaccin contre le virus alpha-grippal, un virus bétaïne-grippal, un virus gamma-grippal ou un vaccin contre le virus delta-grippal. Dans certains modes de réalisation, le vaccin est un vaccin contre le virus de la grippe A, un virus de la grippe B, un virus de la grippe C ou un vaccin contre le virus de la grippe D. Dans certains modes de réalisation, le vaccin contre le virus de la grippe A comprend une hémagglutinine choisie parmi H1, H2, H3, H4, H5, H6, H7, H8, H9, H10, H11, H12, H13, H14, H15, H16, H17 et H18, ou une partie ou variante immunogène de celle-ci, ou un acide nucléique (par exemple, ARN) codant pour l’une quelconque de celles-ci. Dans certains modes de réalisation, le vaccin contre la grippe A comprend ou code pour une neuraminidase (NA) choisie parmi N1, N2, N3, N4, N5, N6, N7, N8, N9, N10 et N11, ou une partie ou variante immunogène de celle-ci, ou un acide nucléique (par exemple, ARN) codant pour l’un quelconque de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, le vaccin contre la grippe comprend au moins une hémagglutinine (HA) du virus de la grippe, une neuraminidase (NA), une nucléoprotéine (NP), une protéine matricielle 1 (M1), une protéine matricielle 2 (M2), une protéine non structurale 1 (NS1), une protéine non structurale 2 (NS2), une protéine d’exportation nucléaire (NEP), une protéine acide polymérase (PA), une protéine basique polymérase PB1, PB1-F2 et/ou une protéine basique polymérase 2 (PB2), ou une partie ou variante immunogène de celles-ci, ou un acide nucléique (par exemple, ARN) codant l’un quelconque de ceux-ci.In some embodiments, a composition described herein comprises or is co-administered with an influenza vaccine. In some embodiments, the influenza vaccine is an alpha influenza virus vaccine, a betaine influenza virus, a gamma influenza virus, or a delta influenza virus vaccine. In some embodiments, the vaccine is an influenza A virus vaccine, an influenza B virus, an influenza C virus, or an influenza D virus vaccine. In some embodiments, the influenza A virus vaccine comprises a hemagglutinin selected from H1, H2, H3, H4, H5, H6, H7, H8, H9, H10, H11, H12, H13, H14, H15, H16, H17, and H18, or an immunogenic portion or variant thereof, or a nucleic acid (e.g., RNA) encoding any of these. In some embodiments, the influenza A vaccine comprises or encodes a neuraminidase (NA) selected from N1, N2, N3, N4, N5, N6, N7, N8, N9, N10 and N11, or an immunogenic portion or variant thereof, or a nucleic acid (e.g., RNA) encoding any of these. In some embodiments, the influenza vaccine comprises at least one of influenza virus hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), nucleoprotein (NP), matrix protein 1 (M1), matrix protein 2 (M2), non-structural protein 1 (NS1), non-structural protein 2 (NS2), nuclear export protein (NEP), polymerase acidic protein (PA), polymerase basic protein PB1, PB1-F2 and/or polymerase basic protein 2 (PB2), or an immunogenic portion or variant thereof, or a nucleic acid (e.g., RNA) encoding any of these.
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut être combinée (par exemple, co-formulée ou co-administrée avec) un vaccin contre la grippe approuvé commercialement. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut être combinée avec un virus de la grippe inactivé (par exemple, Fluzone®, Fluzone quadrivalent® à dose élevée, Fluzone quadrivalent®, Fluzone intradermique quadrivalent®, Fluzone quadrivalent hémisphère sud®, Fluad®, Fluad quadrivalent®, Afluria Quardivalent®, Fluarix Quadrivalent®, FluLaval Quadrivalent® ou Flucelvax Quadrivalent®), un vaccin antigrippal recombinant (par exemple, Flublok quadrivalent®), un vaccin antigrippal vivant atténué (par exemple, FluMist Quadrivalent®), un vaccin antigrippal sans adjuvant, un vaccin antigrippal avec adjuvant ou un vaccin sous-unitaire ou fractionné.In some embodiments, a composition described herein may be combined (e.g., co-formulated or co-administered with) a commercially approved influenza vaccine. In some embodiments, a composition described herein may be combined with an inactivated influenza virus (e.g., Fluzone®, Fluzone Quadrivalent® High Dose, Fluzone Quadrivalent®, Fluzone Intradermal Quadrivalent®, Fluzone Quadrivalent Southern Hemisphere®, Fluad®, Fluad Quadrivalent®, Afluria Quardivalent®, Fluarix Quadrivalent®, FluLaval Quadrivalent®, or Flucelvax Quadrivalent®), a recombinant influenza vaccine (e.g., Flublok Quadrivalent®), a live attenuated influenza vaccine (e.g., FluMist Quadrivalent®), an unadjuvanted influenza vaccine, an adjuvanted influenza vaccine, or a subunit or split vaccine.
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut être combinée (par exemple, co-formulée ou co-administrée avec) un ou plusieurs ARN codant pour un polypeptide antigénique d’un virus de la grippe. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici peut être combinée avec un ou plusieurs ARN codant pour un polypeptide antigénique d’un virus de la grippe décrit dans WO2024/086575, dont le contenu est incorporé par référence ici dans son intégralité.In some embodiments, a composition described herein may be combined (e.g., co-formulated or co-administered with) one or more RNAs encoding an antigenic polypeptide of an influenza virus. In some embodiments, a composition described herein may be combined with one or more RNAs encoding an antigenic polypeptide of an influenza virus described in WO2024/086575, the contents of which are incorporated by reference herein in their entirety.
Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici comprend ou est co-administrée avec deux ou plusieurs vaccins contre des maladies non-SARS-CoV-2 (par exemple, deux ou plusieurs des maladies non-SARS-CoV-2 décrites ci-dessus). Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici comprend ou est co-administrée avec un vaccin contre la grippe et un vaccin contre le VRS.In some embodiments, a composition described herein comprises or is co-administered with two or more vaccines against non-SARS-CoV-2 diseases (e.g., two or more of the non-SARS-CoV-2 diseases described above). In some embodiments, a composition described herein comprises or is co-administered with an influenza vaccine and an RSV vaccine.
Dans certains modes de réalisation, une composition fournie ici et un ou plusieurs vaccins contre des maladies non liées au SARS-CoV-2 sont administrés à des moments différents. Dans certains modes de réalisation, une composition fournie ici est administrée en même temps qu’un ou plusieurs vaccins injectables contre des maladies non liées au SARS-CoV-2. Dans certains de ces modes de réalisation, une composition fournie ici et l’un ou les plusieurs vaccins injectables sont administrés à différents sites d’injection. Dans certains modes de réalisation, une composition fournie ici est co-formulée avec un ou plusieurs vaccins contre une autre maladie (par exemple, un vaccin contre la grippe, un vaccin contre le VRS ou un vaccin contre la grippe et le VRS). Dans certains modes de réalisation, de telles coformulations sont fournies sous forme de dose de rappel régulièrement administrée contre les variants préoccupants actuels (par exemple, sous forme de dose de rappel annuelle).In some embodiments, a composition provided herein and one or more vaccines against diseases unrelated to SARS-CoV-2 are administered at different times. In some embodiments, a composition provided herein is administered concurrently with one or more injectable vaccines against diseases unrelated to SARS-CoV-2. In some such embodiments, a composition provided herein and the one or more injectable vaccines are administered at different injection sites. In some embodiments, a composition provided herein is co-formulated with one or more vaccines against another disease (e.g., an influenza vaccine, an RSV vaccine, or an influenza and RSV vaccine). In some embodiments, such co-formulations are provided as a regularly administered booster dose against current variants of concern (e.g., as an annual booster dose).
Dans un mode de réalisation, une composition décrite ici comprend ou est coadministrée avec une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) avec un ou plusieurs épitopes de cellules T du SARS-CoV-2 ou de l’ARN codant pour ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici est co-administrée avec un ou plusieurs épitopes de cellules T, ou de l’ARN codant pour ceux-ci, dérivés d’une protéine M, d’une protéine N et/ou d’une protéine ORF1ab du SARS-CoV-2, par exemple, des épitopes de cellules T ou de l’ARN décrits dans WO2021188969 ou WO2023049272A1, dont le contenu de chacun est incorporé par référence dans la présente invention dans son intégralité. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici (par exemple, un ARN codant pour un RBD, un NTD, un sous-domaine S1 tronqué et/ou un domaine S1 du SARS-CoV-2) est co-administrée avec une construction de chaîne T décrite dans WO2021188969 ou WO2023049272A1 (par exemple, un ARN (i) codant pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : RS C7p2full de WO2021/188969 et/ou comprenant SEQ ID NO : RS C7n2 ou RS C7n2full de WO2021/188969, ou (ii) comprenant RS n3, RS C7n3full, RS n4 ou RSC7n4full de WO2023049272A1). Dans certains modes de réalisation, l’ARN décrit ici et une construction de chaîne en T décrite dans WO2021188969 ou WO2023049272A1 sont administrés dans une combinaison allant jusqu’à environ 100 ug d’ARN au total. Dans certains modes de réalisation, les sujets reçoivent au moins 2 doses d’ARN décrit dans la présente invention (par exemple, dans certains modes de réalisation à 30 µg par dose) en combinaison avec une construction de chaîne T (par exemple, un ARN codant pour SEQ ID NO : RS C7p2full de WO2021/188969),par exemple, chaque dose d’une combinaison d’ARN décrit dans la présente invention et d’un ARN codant pour SEQ ID NO : RS C7p2full jusqu’à environ 100 ug d’ARN au total, les deux doses étant administrées, par exemple, à au moins 4 semaines ou plus (comprenant, par exemple, au moins 5 semaines, au moins 6 semaines, au moins 7 semaines, au moins 8 semaines, au moins 9 semaines, au moins 10 semaines, au moins 11 semaines, ou au moins 12 semaines, ou plus) d’intervalle l’une de l’autre. Dans certains modes de réalisation, les sujets reçoivent au moins 3 doses d’ARN décrit dans la présente invention (par exemple, dans certains modes de réalisation à 30 ug chacune) en combinaison avec une construction de chaîne en T (par exemple, un ARN codant pour SEQ ID NO : RS C7p2full de WO2021/188969), par exemple, chaque dose d’une combinaison d’ARN décrit dans la présente invention et d’un ARN codant pour SEQ ID NO : RS C7p2full jusqu’à environ 100 ug d’ARN au total, les première et deuxième doses et les deuxième et troisième doses étant chacune administrées indépendamment à au moins 4 semaines ou plus (comprenant, par exemple, au moins 5 semaines, au moins 6 semaines, au moins 7 semaines, au moins 8 semaines, au moins 9 semaines, au moins 10 semaines, au moins 11 semaines ou au moins 12 semaines ou plus) d’intervalle l’une de l’autre. Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici et la construction de chaîne en T peuvent être co-administrées sous forme de formulations séparées (par exemple, des formulations administrées le même jour à des sites d’injection séparés). Dans certains modes de réalisation, une composition décrite ici et la construction de chaîne en T peuvent être co-administrées sous forme de co-formulation (par exemple, une formulation comprenant l’ARN décrit ici et la construction de chaîne en T sous forme de formulations LNP distinctes ou sous forme de formulations LNP comprenant à la fois une construction de chaîne en T et l’ARN décrit ici).In one embodiment, a composition described herein comprises or is co-administered with an RNA (e.g., mRNA) construct with one or more SARS-CoV-2 T cell epitopes or RNA encoding the same. In some embodiments, a composition described herein is co-administered with one or more T cell epitopes, or RNA encoding the same, derived from a SARS-CoV-2 M protein, N protein, and/or ORF1ab protein, e.g., T cell epitopes or RNA described in WO2021188969 or WO2023049272A1, the contents of each of which are incorporated by reference herein in their entirety. In some embodiments, a composition described herein (e.g., an RNA encoding an RBD, an NTD, a truncated S1 subdomain, and/or an S1 domain of SARS-CoV-2) is co-administered with a T-chain construct described in WO2021188969 or WO2023049272A1 (e.g., an RNA (i) encoding a polypeptide comprising SEQ ID NO: RS C7p2full of WO2021/188969 and/or comprising SEQ ID NO: RS C7n2 or RS C7n2full of WO2021/188969, or (ii) comprising RS n3, RS C7n3full, RS n4, or RSC7n4full of WO2023049272A1). In some embodiments, the RNA described herein and a T-chain construct described in WO2021188969 or WO2023049272A1 are administered in a combination of up to about 100 µg of RNA in total. In some embodiments, subjects receive at least 2 doses of RNA described herein (e.g. , in some embodiments at 30 µg per dose) in combination with a T-chain construct (e.g. , an RNA encoding SEQ ID NO: RS C7p2full of WO2021/188969),e.g. , each dose of a combination of RNA described herein and an RNA encoding SEQ ID NO: RS C7p2full up to about 100 µg of RNA in total, with both doses administered, for example, at least 4 weeks or more (including, for example, at least 5 weeks, at least 6 weeks, at least 7 weeks, at least 8 weeks, at least 9 weeks, at least 10 weeks, at least 11 weeks, or at least 12 weeks, or more) apart from each other. In some embodiments, subjects receive at least 3 doses of RNA described herein (e.g., in some embodiments at 30 µg each) in combination with a T-chain construct (e.g., an RNA encoding SEQ ID NO: RS C7p2full of WO2021/188969), e.g., each dose of a combination of RNA described herein and an RNA encoding SEQ ID NO: RS C7p2full up to about 100 µg of RNA in total, wherein the first and second doses and the second and third doses are each administered independently at least 4 weeks or more (including, for example, at least 5 weeks, at least 6 weeks, at least 7 weeks, at least 8 weeks, at least 9 weeks, at least 10 weeks, at least 11 weeks, or at least 12 weeks or more) apart from each other. In some embodiments, a composition described herein and the T-chain construct may be co-administered as separate formulations (e.g., formulations administered on the same day at separate injection sites). In some embodiments, a composition described herein and the T-chain construct may be co-administered as a co-formulation (e.g., a formulation comprising the RNA described herein and the T-chain construct as separate LNP formulations or as LNP formulations comprising both a T-chain construct and the RNA described herein).
Dans certains modes de réalisation, une composition comprenant ou coadministrée avec un ARN codant pour un ou plusieurs épitopes de cellules T du SARS-CoV-2 (par exemple, un ARN codant pour la SEQ ID NO : RS C7p2full de WO2021/188969) fournit une réponse immunitaire caractérisée par l’un quelconque des critères énumérés ci-dessous :
Dans certains modes de réalisation, la coadministration ou la combinaison d’une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) décrite ici et d’un ARN codant pour un ou plusieurs épitopes de cellules T du SARS-CoV-2 produit un profil de réactogénicité analogue à celui d’un comparateur pertinent, avec des taux absolus de fièvre et de frissons qui sont inférieurs ou égaux à ceux induits par un comparateur pertinent ou au plus 11 à 20 % supérieurs à ceux d’un comparateur pertinent.In some embodiments, coadministration or combination of an RNA construct (e.g., mRNA) described herein and an RNA encoding one or more SARS-CoV-2 T cell epitopes produces a reactogenicity profile analogous to that of a relevant comparator, with absolute rates of fever and chills that are less than or equal to those induced by a relevant comparator or at most 11-20% greater than those induced by a relevant comparator.
Des comparateurs pertinents pour évaluer la coadministration d’une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) décrite ici et d’un ARN codant pour un ou plusieurs épitopes de cellules T du SARS-CoV-2 sont des compositions d’ARN (par exemple, ARNsa ou ARNm) qui délivrent (i) un polypeptide S du SARS-CoV-2, ou un variant ou un fragment immunogène de celui-ci, et (ii) un polypeptide comprenant un ou plusieurs épitopes de cellules T. Dans certains modes de réalisation, le comparateur comprend un seul ARN codant à la fois pour (i) le polypeptide S du SARS-CoV-2 ou un fragment immunogène ou un variant de celui-ci et (ii) un polypeptide comprenant un ou plusieurs épitopes de cellules T du SARS-CoV-2 (par exemple, un ARNsa codant pour un polypeptide comprenant ces deux régions ou un ARNsa qui peut exprimer ces polypeptides séparément). Des comparateurs pertinents sont connus dans le domaine et comportent, par exemple, ceux décrits dans Palmer, Christine D., et al. « GRT-R910 : a self-amplifying mRNA SARS-CoV-2 vaccine boosts immunity for ≥ 6 months in previously-vaccinated older adults. » Nature Communications 14.1 (2023): 3274 ; « Presentations at IDWeek 2023 Highlight Potentially Differentiated Immunogenicity of Gritstone bio’s Next Generation COVID-19 Vaccine », un communiqué de presse de Gritstone Bio, publié le 11 octobre 2023 et disponible à l’adresse https://ir.gritstonebio.com/news-releases/news-release-details/presentations-idweek-2023-highlight-potentially-differentiated. Les données d’essais cliniques relatives à un comparateur pertinent peuvent également être trouvées dans les publications référencées dans la section précédente et/ou dans les publications relatives aux références d’essais cliniques NCT05148962 et NCT05435027. Dans certains modes de réalisation, un comparateur pertinent est le GRT-R910, GRT-R914 et/ou le GRT-R912.Relevant comparators for evaluating the co-administration of an RNA construct (e.g., mRNA) described herein and an RNA encoding one or more SARS-CoV-2 T cell epitopes are RNA compositions (e.g., saRNA or mRNA) that deliver (i) a SARS-CoV-2 S polypeptide, or an immunogenic variant or fragment thereof, and (ii) a polypeptide comprising one or more T cell epitopes. In some embodiments, the comparator comprises a single RNA encoding both (i) the SARS-CoV-2 S polypeptide or an immunogenic fragment or variant thereof and (ii) a polypeptide comprising one or more SARS-CoV-2 T cell epitopes (e.g., a saRNA encoding a polypeptide comprising both of these regions or a saRNA that can express these polypeptides separately). Relevant comparators are known in the field and include, for example, those described in Palmer, Christine D., et al. “GRT-R910: a self-amplifying mRNA SARS-CoV-2 vaccine boosts immunity for ≥ 6 months in previously-vaccinated older adults.” Nature Communications 14.1 (2023): 3274; “Presentations at IDWeek 2023 Highlight Potentially Differentiated Immunogenicity of Gritstone bio’s Next Generation COVID-19 Vaccine,” a Gritstone Bio press release, published October 11, 2023, and available at https://ir.gritstonebio.com/news-releases/news-release-details/presentations-idweek-2023-highlight-potentially-differentiated. Clinical trial data relating to a relevant comparator can also be found in the publications referenced in the previous section and/or in the publications relating to clinical trial references NCT05148962 and NCT05435027. In some embodiments, a relevant comparator is GRT-R910, GRT-R914 and/or GRT-R912.
Dans un mode de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, ARNm) code pour un polypeptide comprenant (i) un RBD et/ou un NTD, et (ii) un ou plusieurs épitopes de cellules T d’un virus SARS-CoV-2 (par exemple, comme illustré dans la
Dans certains modes de réalisation, les populations à traiter avec les compositions décrites ici (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm)) peuvent inclure certaines populations avec un groupe sanguin dont on a déterminé qu’il pouvait être plus sensible à l’infection par le SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, les populations à traiter avec les compositions (par exemple, les compositions d’ARN (par exemple, l’ARNm)) décrites ici peuvent inclure des sujets immunodéprimés (par exemple, ceux atteints du VIH/SIDA ; les patients cancéreux (par exemple, recevant un traitement antitumoral) ; les patients qui prennent certains médicaments immunosuppresseurs (par exemple, les patients transplantés, les patients cancéreux, etc.) ; les maladies auto-immunes ou d’autres affections physiologiques susceptibles de justifier un traitement immunosuppresseur (par exemple, dans les 3 mois, dans les 6 mois ou plus) ; et les personnes atteintes de maladies héréditaires qui affectent le système immunitaire (par exemple, l’agammaglobulinémie congénitale, le déficit congénital en IgA)). Dans certains modes de réalisation, les populations à traiter avec des compositions (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm)) décrites ici peuvent comporter celles atteintes d’une maladie infectieuse. Par exemple, dans certains modes de réalisation, les populations à traiter avec des compositions (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm)) décrites ici peuvent comporter celles infectées par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et/ou un virus de l’hépatite (par exemple, VHB, VHC). Dans certains modes de réalisation, les populations à traiter avec des compositions (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm) décrites ici peuvent comporter celles présentant des affections sous-jacentes. Des exemples de telles affections médicales sous-jacentes peuvent comporter, mais sans s’y limiter, l’hypertension, les maladies cardiovasculaires, le diabète, les maladies respiratoires chroniques, par exemple les maladies pulmonaires chroniques, l’asthme, etc., le cancer et d’autres maladies chroniques telles que, par exemple, le lupus, la polyarthrite rhumatoïde, les maladies chroniques du foie, les maladies rénales chroniques (par exemple, stade 3 ou pire, telles que, dans certains modes de réalisation, caractérisées par un débit de filtration glomérulaire (DFG) inférieur à 60 ml/min/1,73 m2). Dans certains modes de réalisation, les populations à traiter avec des compositions (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm)) décrites ici peuvent comporter des sujets en surpoids ou obèses, par exemple, comprenant spécifiquement ceux ayant un indice de masse corporelle (IMC) supérieur à environ 30 kg/m2. Dans certains modes de réalisation, les populations à traiter avec des compositions (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm) décrites ici peuvent comporter des sujets qui ont reçu un diagnostic antérieur de COVID-19 ou une preuve d’infection actuelle ou antérieure par le SARS-CoV-2, par exemple, sur la base d’une sérologie ou d’un prélèvement nasal. Dans certains modes de réalisation, les populations à traiter comprennent les blancs et/ou les non-hispaniques/non-latinos.In some embodiments, populations to be treated with the compositions described herein (e.g., RNA (e.g., mRNA) compositions) may include certain populations with a blood type that has been determined to be more susceptible to SARS-CoV-2 infection. In some embodiments, populations to be treated with the compositions (e.g., RNA compositions (e.g., mRNA)) described herein may include immunocompromised subjects (e.g., those with HIV/AIDS; cancer patients (e.g., receiving anti-tumor treatment); patients taking certain immunosuppressive medications (e.g., transplant patients, cancer patients, etc.); autoimmune diseases or other physiological conditions that may warrant immunosuppressive treatment (e.g., within 3 months, within 6 months or more); and individuals with inherited diseases that affect the immune system (e.g., congenital agammaglobulinemia, congenital IgA deficiency)). In some embodiments, populations to be treated with compositions (e.g., RNA compositions (e.g., mRNA)) described herein may include those with an infectious disease. For example, in some embodiments, populations to be treated with compositions (e.g., RNA (e.g., mRNA) compositions) described herein may include those infected with human immunodeficiency virus (HIV) and/or a hepatitis virus (e.g., HBV, HCV). In some embodiments, populations to be treated with compositions (e.g., RNA (e.g., mRNA) compositions) described herein may include those with underlying medical conditions. Examples of such underlying medical conditions may include, but are not limited to, hypertension, cardiovascular disease, diabetes, chronic respiratory disease, e.g., chronic lung disease, asthma, etc., cancer, and other chronic diseases such as, e.g., lupus, rheumatoid arthritis, chronic liver disease, chronic kidney disease (e.g., stage 3 or worse, such as, in some embodiments, characterized by a glomerular filtration rate (GFR) of less than 60 ml/min/1.73 m2). In some embodiments, populations to be treated with compositions (e.g., RNA (e.g., mRNA) compositions) described herein may include overweight or obese subjects, e.g., including specifically those with a body mass index (BMI) greater than about 30 kg/m2. In some embodiments, populations to be treated with compositions (e.g., RNA compositions (e.g., mRNA) described herein may include subjects who have received a prior diagnosis of COVID-19 or evidence of current or prior SARS-CoV-2 infection, e.g., based on serology or nasal swab testing. In some embodiments, populations to be treated include white and/or non-Hispanic/non-Latino individuals.
Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que fournie ici est administrée et/ou évaluée chez un ou plusieurs sujets dont on a déterminé qu’ils ne présentaient pas de preuve d’infection antérieure et/ou d’infection actuelle avant l’administration ; dans certains modes de réalisation, la preuve d’une infection antérieure et/ou d’une infection actuelle peut être ou comporter la preuve d’un virus intact, ou de tout acide nucléique viral, protéine virale, lipide viral, etc. présent chez le sujet (par exemple, dans un échantillon biologique de celui-ci, tel que du sang, des cellules, du mucus et/ou du tissu), et/ou la preuve de la réponse immunitaire d’un sujet à celui-ci. Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que fournie ici est administrée et/ou évaluée chez un ou plusieurs sujets dont on a déterminé qu’ils ne présentaient pas de preuve d’infection antérieure et/ou d’infection actuelle avant l’administration ; dans certains modes de réalisation, la preuve d’une infection antérieure et/ou d’une infection actuelle peut être ou comporter la preuve d’un virus intact, ou de tout acide nucléique viral, protéine virale, lipide viral, etc. présent chez le sujet (par exemple, dans un échantillon biologique de celui-ci, tel que du sang, des cellules, du mucus et/ou du tissu), et/ou la preuve de la réponse immunitaire d’un sujet à celui-ci. Dans certains modes de réalisation, un sujet est considéré comme ayant une infection antérieure sur la base d’un résultat positif au test d’anticorps de liaison N ou d’un résultat positif au test d’amplification d’acide nucléique (NAAT) le jour de la dose 1.In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as provided herein is administered and/or evaluated in one or more subjects who have been determined not to have evidence of prior infection and/or current infection prior to administration; in some embodiments, the evidence of prior infection and/or current infection may be or include evidence of intact virus, or any viral nucleic acid, viral protein, viral lipid, etc. present in the subject (e.g., in a biological sample thereof, such as blood, cells, mucus, and/or tissue), and/or evidence of a subject's immune response thereto. In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as provided herein is administered and/or evaluated in one or more subjects who have been determined not to have evidence of prior infection and/or current infection prior to administration; in some embodiments, evidence of prior infection and/or current infection may be or include evidence of intact virus, or any viral nucleic acid, viral protein, viral lipid, etc. present in the subject (e.g., in a biological sample thereof, such as blood, cells, mucus, and/or tissue), and/or evidence of a subject's immune response thereto. In some embodiments, a subject is considered to have a prior infection based on a positive N-binding antibody test result or a positive nucleic acid amplification test (NAAT) result on dose day 1.
Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) décrite ici peut être délivrée à un ganglion lymphatique drainant d’un sujet en ayant besoin, par exemple, pour l’amorçage d’un vaccin. Dans certains modes de réalisation, une telle administration peut être effectuée par administration intramusculaire d’une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm) fournie.In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) described herein may be delivered to a draining lymph node of a subject in need thereof, e.g., for vaccine priming. In some embodiments, such delivery may be effected by intramuscular administration of a provided RNA (e.g., mRNA) composition.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs compositions (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm)) décrites ici peuvent être administrées selon un régime établi pour produire des anticorps neutralisants dirigés contre un polypeptide de spicule du SARS-CoV-2 et/ou une partie immunogène de celui-ci (par exemple, le RBD) tel que mesuré dans le sérum d’un sujet qui atteint ou dépasse un niveau de référence (par exemple, un niveau de référence déterminé sur la base d’une infection humaine par le SARS-CoV-2/sérums de convalescence de la COVID-19) pendant une période de temps et/ou l’induction d’une réponse immunitaire à médiation cellulaire (par exemple, une réponse des cellules T contre le SARS-CoV-2), comprenant, par exemple, dans certains modes de réalisation, l’induction de cellules T qui reconnaissent au moins un ou plusieurs épitopes restreints au CMH (par exemple, restreints à la classe I du CMH) dans un polypeptide de spicule du SARS-CoV-2 et/ou une partie immunogène de celui-ci (par exemple, le RBD) pendant une période de temps. Dans certains de ces modes de réalisation, la période de temps peut être d’au moins 2 mois, 3 mois, au moins 4 mois, au moins 5 mois, au moins 6 mois, au moins 7 mois, au moins 8 mois, au moins 9 mois, au moins 10 mois, au moins 11 mois, au moins 12 mois ou plus.In some embodiments, one or more compositions (e.g., RNA (e.g., mRNA) compositions) described herein may be administered according to an established regimen to produce neutralizing antibodies against a SARS-CoV-2 spike polypeptide and/or an immunogenic portion thereof (e.g., the RBD) as measured in the serum of a subject that meets or exceeds a baseline level (e.g., a baseline level determined based on human SARS-CoV-2 infection/COVID-19 convalescent sera) for a period of time and/or inducing a cell-mediated immune response (e.g., a T cell response against SARS-CoV-2), including, for example, in some embodiments, inducing T cells that recognize at least one or more MHC-restricted (e.g., MHC class I-restricted) epitopes in a SARS-CoV-2 spike polypeptide. and/or an immunogenic portion thereof (e.g., the RBD) for a period of time. In some of these embodiments, the period of time may be at least 2 months, 3 months, at least 4 months, at least 5 months, at least 6 months, at least 7 months, at least 8 months, at least 9 months, at least 10 months, at least 11 months, at least 12 months, or longer.
Dans certains modes de réalisation (par exemple, dans certains modes de réalisation d’évaluation de l’efficacité), on détermine qu’un sujet a subi une infection liée à la COVID-19 si un ou plusieurs des éléments suivants sont établis : détection de l’acide nucléique du SARS-CoV-2 dans un échantillon du sujet, détection d’anticorps qui reconnaissent spécifiquement le SARS-CoV-2 (par exemple, une protéine de spicule du SARS-CoV-2), un ou plusieurs symptômes d’une infection liée à la COVID-19, et des combinaisons de ceux-ci. Dans certains de ces modes de réalisation, la détection de l’acide nucléique du SARS-CoV-2 peut impliquer, par exemple, un test NAAT sur un échantillon prélevé par écouvillonnage dans les cornets moyens. Dans certains de ces modes de réalisation, la détection d’anticorps pertinents peut impliquer un test sérologique d’un échantillon de sang ou d’une partie de celui-ci. Dans certains de ces modes de réalisation, les symptômes d’une infection liée à la COVID-19 peuvent être ou comporter les symptômes suivants : de la fièvre, de la toux nouvelle ou accrue, un essoufflement nouveau ou accru, des frissons, des douleurs musculaires nouvelles ou accrues, une nouvelle perte de goût ou d’odorat, un mal de gorge, de la diarrhée, des vomissements et des combinaisons de ceux-ci. Dans certains de ces modes de réalisation, les symptômes d’une infection liée à la COVID-19 peuvent être ou comporter les symptômes suivants : de la fièvre, de la toux nouvelle ou accrue, un essoufflement nouveau ou accru, des frissons, des douleurs musculaires nouvelles ou accrues, une nouvelle perte de goût ou d’odorat, des maux de gorge, de la diarrhée, des vomissements, de la fatigue, des maux de tête, une congestion nasale ou le nez qui coule, des nausées et des combinaisons de ceux-ci. Dans certains de ces modes de réalisation, il est déterminé qu’un sujet a subi une infection liée à la COVID-19 si ce sujet a à la fois subi un tel symptôme et a également reçu un test positif pour l’acide nucléique ou les anticorps du SARS-CoV-2, ou les deux. Dans certains de ces modes de réalisation, il est déterminé qu’un sujet a subi une infection liée à la COVID-19 si ce sujet a à la fois subi un tel symptôme et a également reçu un test positif pour l’acide nucléique du SARS-CoV-2. Dans certains de ces modes de réalisation, il est déterminé qu’un sujet a subi une infection liée à la COVID-19 si ce sujet a à la fois subi un tel symptôme et a également reçu un test positif pour les anticorps du SARS-CoV-2.In some embodiments (e.g., in some efficacy assessment embodiments), a subject is determined to have experienced a COVID-19 infection if one or more of the following are established: detection of SARS-CoV-2 nucleic acid in a sample from the subject, detection of antibodies that specifically recognize SARS-CoV-2 (e.g., a SARS-CoV-2 spike protein), one or more symptoms of a COVID-19 infection, and combinations thereof. In some of these embodiments, the detection of SARS-CoV-2 nucleic acid may involve, for example, a NAAT test on a sample collected by swab from the middle turbinates. In some of these embodiments, the detection of relevant antibodies may involve a serological test of a blood sample or a portion thereof. In some of these embodiments, symptoms of a COVID-19 infection may be or include the following symptoms: fever, new or increased cough, new or increased shortness of breath, chills, new or increased muscle aches, new loss of taste or smell, sore throat, diarrhea, vomiting, and combinations thereof. In some of these embodiments, symptoms of a COVID-19 infection may be or include the following symptoms: fever, new or increased cough, new or increased shortness of breath, chills, new or increased muscle aches, new loss of taste or smell, sore throat, diarrhea, vomiting, fatigue, headache, nasal congestion or runny nose, nausea, and combinations thereof. In some of these embodiments, a subject is determined to have experienced a COVID-19 infection if the subject has both experienced such a symptom and also tested positive for SARS-CoV-2 nucleic acid or antibodies, or both. In some of these embodiments, a subject is determined to have experienced a COVID-19 infection if the subject has both experienced such a symptom and also tested positive for SARS-CoV-2 nucleic acid. In some of these embodiments, a subject is determined to have experienced a COVID-19 infection if the subject has both experienced such a symptom and also tested positive for SARS-CoV-2 antibodies.
Dans certains modes de réalisation, un effet de traitement conféré par une ou plusieurs compositions (par exemple, des compositions d’ARN (par exemple, d’ARNm)) décrites ici peut être caractérisé par (i) un niveau d’anticorps de liaison anti-S1 du SARS-CoV-2 supérieur à un seuil prédéterminé ; (ii) un niveau d’anticorps de liaison anti-RBD du SARS-CoV-2 supérieur à un seuil prédéterminé ; et/ou (iii) un titre neutralisant sérique du SARS-CoV-2 supérieur à un niveau seuil, par exemple, au départ, 1 mois, 3 mois, 6 mois, 9 mois, 12 mois, 18 mois et/ou 24 mois après la fin de la vaccination. Dans certains modes de réalisation, les niveaux d’anticorps de liaison anti-S1 et/ou d’anticorps de liaison anti-RBD et/ou les titres neutralisants sériques peuvent être caractérisés par une concentration moyenne géométrique (GMC), un titre moyen géométrique (GMT) ou une augmentation moyenne géométrique des titres d’anticorps (GMFR).In some embodiments, a treatment effect conferred by one or more compositions (e.g., RNA (e.g., mRNA) compositions) described herein may be characterized by (i) a level of anti-SARS-CoV-2 S1 binding antibodies above a predetermined threshold; (ii) a level of anti-SARS-CoV-2 RBD binding antibodies above a predetermined threshold; and/or (iii) a serum SARS-CoV-2 neutralizing titer above a threshold level, e.g., at baseline, 1 month, 3 months, 6 months, 9 months, 12 months, 18 months, and/or 24 months after completion of vaccination. In some embodiments, the levels of anti-S1 binding antibodies and/or anti-RBD binding antibodies and/or serum neutralizing titers may be characterized by a geometric mean concentration (GMC), a geometric mean titer (GMT) or a geometric mean increase in antibody titers (GMFR).
Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici peut être expédiée, stockée et/ou utilisée dans un récipient (tel qu’un flacon ou une seringue), par exemple un récipient en verre (tel qu’un flacon ou une seringue en verre), qui, dans certains modes de réalisation, peut être un récipient à dose unique ou un récipient multidose (par exemple, peut être agencé et construit pour contenir, et/ou dans certains modes de réalisation peut contenir, une dose unique ou plusieurs doses d’un produit à administrer). Dans certains modes de réalisation, un récipient multidose (tel qu’un flacon ou une seringue multidose) peut être agencé et construit pour contenir, et/ou peut contenir 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 doses ou plus ; dans certains modes de réalisation particuliers, il peut être conçu pour contenir et/ou peut contenir 5 doses. Dans certains modes de réalisation, un récipient à dose unique ou multidose (tel qu’un flacon ou une seringue à dose unique ou multidose) peut être agencé et construit pour contenir et/ou peut contenir un volume ou une quantité supérieure au nombre indiqué de doses, par exemple, afin de permettre une certaine perte lors du transfert et/ou de l’administration. Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici peut être expédiée, stockée et/ou utilisée dans un récipient en verre sans conservateur (par exemple, un flacon ou une seringue en verre sans conservateur, par exemple, un flacon ou une seringue en verre sans conservateur à dose unique ou multidose). Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici peut être expédiée, stockée et/ou utilisée dans un récipient en verre sans conservateur (par exemple, un flacon ou une seringue en verre sans conservateur, par exemple, un flacon ou une seringue en verre sans conservateur à dose unique ou multidose) qui contient un liquide congelé, par exemple, dans certains modes de réalisation, 0,45 ml de liquide congelé (par exemple, comprenant 5 doses). Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée, expédiée, stockée et/ou utilisée peut être maintenue à une température inférieure à la température ambiante, à ou en dessous de 4 °C, à ou en dessous de 0 °C, à ou en dessous de -20 °C, à ou en dessous de -60 °C, à ou en dessous de -70 °C, à ou en dessous de -80 °C, à ou en dessous de -90 °C, etc. Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée, expédiée, stockée et/ou utilisée peut être maintenue à une température comprise entre -80C et -60C et dans certains modes de réalisation protégée de la lumière. Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée, expédiée, stockée et/ou utilisée peut être maintenue à une température inférieure à environ 25°C, et dans certains modes de réalisation protégée de la lumière. Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée, expédiée, stockée et/ou utilisée peut être maintenue à une température inférieure à environ 5°C (par exemple à environ 4°C), et dans certains modes de réalisation protégée de la lumière. Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite ici et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée, expédiée, stockée et/ou utilisée peut être maintenue à une température inférieure à environ -20°C, et dans certains modes de réalisation protégée de la lumière. Dans certains modes de réalisation, (par exemple, la composition d’ARN (par exemple, l’ARNm)) telle que décrite ici et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée, expédiée, stockée et/ou utilisée peut être maintenu à une température supérieure à environ -60°C (par exemple, dans certains modes de réalisation à ou au-dessus d’environ -20°C, et dans certains modes de réalisation à ou au-dessus d’environ 4 à 5°C, dans les deux cas éventuellement inférieure à environ 25 °C), et dans certains modes de réalisation protégé de la lumière, ou autrement sans étapes affirmatives (par exemple, mesures de refroidissement) prises pour atteindre une température de stockage sensiblement inférieure à environ -20 °C.In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein may be shipped, stored, and/or used in a container (such as a vial or syringe), e.g., a glass container (such as a glass vial or syringe), which in some embodiments may be a single-dose container or a multi-dose container (e.g., may be arranged and constructed to contain, and/or in some embodiments may contain, a single dose or multiple doses of a product to be administered). In some embodiments, a multi-dose container (such as a multi-dose vial or syringe) may be arranged and constructed to contain, and/or may contain 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 or more doses; in some particular embodiments, it may be configured to contain and/or may contain 5 doses. In some embodiments, a single-dose or multi-dose container (such as a single-dose or multi-dose vial or syringe) may be arranged and constructed to contain and/or may contain a volume or quantity greater than the indicated number of doses, e.g., to allow for some loss during transfer and/or administration. In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein may be shipped, stored, and/or used in a preservative-free glass container (e.g., a preservative-free glass vial or syringe, e.g., a single-dose or multi-dose preservative-free glass vial or syringe). In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein may be shipped, stored, and/or used in a preservative-free glass container (e.g., a preservative-free glass vial or syringe, e.g., a single-dose or multi-dose preservative-free glass vial or syringe) that contains a frozen liquid, e.g., in some embodiments, 0.45 mL of frozen liquid (e.g., comprising 5 doses). In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed, shipped, stored, and/or used may be maintained at a temperature below room temperature, at or below 4°C, at or below 0°C, at or below -20°C, at or below -60°C, at or below -70°C, at or below -80°C, at or below -90°C, etc. In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed, shipped, stored, and/or used may be maintained at a temperature between -80°C and -60°C and in some embodiments protected from light. In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed, shipped, stored, and/or used may be maintained at a temperature below about 25° C, and in some embodiments protected from light. In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed, shipped, stored, and/or used may be maintained at a temperature below about 5° C (e.g., about 4° C), and in some embodiments protected from light. In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed, shipped, stored, and/or used may be maintained at a temperature below about -20° C, and in some embodiments protected from light. In some embodiments, (e.g., the RNA composition (e.g., mRNA)) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed, shipped, stored, and/or used may be maintained at a temperature above about -60° C (e.g., in some embodiments at or above about -20° C, and in some embodiments at or above about 4-5° C, in both cases optionally below about 25°C), and in some embodiments protected from light, or otherwise without affirmative steps (e.g., cooling measures) taken to achieve a storage temperature substantially below about -20°C.
Dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite dans la présente invention et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée est expédiée, stockée et/ou utilisée conjointement avec et/ou dans le contexte d’un matériau ou d’un récipient de protection thermique et/ou d’un matériau de réglage de température. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) telle que décrite dans la présente invention et/ou un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel elle est disposée est expédiée, stockée et/ou utilisée conjointement avec de la glace et/ou de la glace sèche et/ou avec un matériau isolant. Dans certains modes de réalisation particuliers, un récipient (par exemple, un flacon ou une seringue) dans lequel une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) est disposée est positionné dans un plateau ou un autre dispositif de retenue et est en outre mis en contact avec (ou autrement en présence de) un matériau de réglage de température (par exemple, de la glace et/ou de la neige carbonique) et/ou un matériau isolant. Dans certains modes de réalisation, plusieurs récipients (par exemple, plusieurs flacons ou seringues tels que des flacons ou seringues à usage unique ou à usage multiple tels que décrits ici) dans lesquels une composition fournie (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) est disposée sont colocalisés (par exemple, dans un plateau, un support, une boîte, etc. commun) et conditionnés avec (ou autrement en présence de) un matériau de réglage de température (par exemple, de la glace et/ou de la neige carbonique) et/ou un matériau isolant. Pour ne donner qu’un exemple, dans certains modes de réalisation, plusieurs récipients (par exemple, plusieurs flacons ou seringues tels que des flacons ou seringues à usage unique ou à usage multiple tels que décrits ici) dans lesquels une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) est disposée sont positionnés dans un plateau ou un support commun, et plusieurs de ces plateaux ou supports sont empilés dans un carton qui est entouré d’un matériau de réglage de température (par exemple, de la neige carbonique) dans un emballage d’expédition thermique (par exemple, isolé). Dans certains modes de réalisation, le matériau de réglage de la température est réapprovisionné périodiquement (par exemple, dans les 24 heures suivant l’arrivée sur un site, et/ou toutes les 2 heures, 4 heures, 6 heures, 8 heures, 10 heures, 12 heures, 14 heures, 16 heures, 18 heures, 20 heures, 22 heures, 1 jour, 2 jours, 3 jours, 4 jours, 5 jours, 6 jours, 7 jours, 8 jours, 9 jours, 10 jours, etc.). De préférence, la ré-entrée dans un expéditeur thermique devrait être peu fréquente et, de façon souhaitable, ne devrait pas se produire plus de deux fois par jour. Dans certains modes de réalisation, un expéditeur thermique est refermé dans un délai de 5, 4, 3, 2 ou 1 minute, ou moins, après avoir été ouvert. Dans certains modes de réalisation, une composition fournie (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) qui a été stockée dans un expéditeur thermique pendant une période de temps, éventuellement dans une plage de température particulière, reste utile. Par exemple, dans certains modes de réalisation, si un expéditeur thermique tel que décrit ici contenant une composition fournie (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) est ou a été maintenu (par exemple, stocké) à une température dans une plage d’environ 15 °C à environ 25 °C, la composition (par exemple, la composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) peut être utilisée jusqu’à 10 jours ; c’est-à-dire que, dans certains modes de réalisation, une composition (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) qui a été maintenue dans un expéditeur thermique, lequel expéditeur thermique est à une température dans une plage d’environ 15 °C à environ 25 °C, pendant une période ne dépassant pas 10 jours est administrée à un sujet. En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, si une composition fournie (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) est ou a été maintenue (par exemple, stockée) dans un expéditeur thermique, lequel expéditeur thermique a été maintenu (par exemple, stocké) à une température dans une plage d’environ 15 °C à environ 25 °C, elle peut être utilisée jusqu’à 10 jours ; c’est-à-dire que, dans certains modes de réalisation, une composition fournie (par exemple, une composition d’ARN (par exemple, d’ARNm)) qui a été maintenue dans un expéditeur thermique, lequel expéditeur thermique a été maintenu à une température dans une plage d’environ 15 °C à environ 25 °C pendant une période ne dépassant pas 10 jours est administrée à un sujet.In some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed is shipped, stored, and/or used in conjunction with and/or in the context of a thermally protective material or container and/or a temperature-controlling material. For example, in some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) as described herein and/or a container (e.g., a vial or syringe) in which it is disposed is shipped, stored, and/or used in conjunction with ice and/or dry ice and/or an insulating material. In some particular embodiments, a container (e.g., a vial or syringe) in which a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) is disposed is positioned in a tray or other retaining device and is further contacted with (or otherwise in the presence of) a temperature-adjusting material (e.g., ice and/or dry ice) and/or an insulating material. In some embodiments, multiple containers (e.g., multiple vials or syringes such as single-use or multiple-use vials or syringes as described herein) in which a provided composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) is disposed are co-located (e.g., in a common tray, holder, box, etc.) and packaged with (or otherwise in the presence of) a temperature-adjusting material (e.g., ice and/or dry ice) and/or an insulating material. To provide just one example, in some embodiments, multiple containers (e.g., multiple vials or syringes such as single-use or multiple-use vials or syringes as described herein) in which a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) is disposed are positioned in a common tray or holder, and multiple such trays or holders are stacked in a carton that is surrounded by a temperature-controlling material (e.g., dry ice) in a thermal (e.g., insulated) shipping container. In some embodiments, the temperature control material is replenished periodically (e.g., within 24 hours of arrival at a site, and/or every 2 hours, 4 hours, 6 hours, 8 hours, 10 hours, 12 hours, 14 hours, 16 hours, 18 hours, 20 hours, 22 hours, 1 day, 2 days, 3 days, 4 days, 5 days, 6 days, 7 days, 8 days, 9 days, 10 days, etc.). Preferably, re-entry into a thermal shipper should be infrequent and desirably should not occur more than twice per day. In some embodiments, a thermal shipper is resealed within 5, 4, 3, 2, or 1 minute, or less, after being opened. In some embodiments, a provided composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) that has been stored in a thermal shipper for a period of time, possibly within a particular temperature range, remains useful. For example, in some embodiments, if a thermal shipper as described herein containing a provided composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) is or has been maintained (e.g., stored) at a temperature within a range of about 15°C to about 25°C, the composition (e.g., the RNA (e.g., mRNA) composition) may be used for up to 10 days; that is, in some embodiments, a composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) that has been maintained in a thermal shipper, which thermal shipper is at a temperature in a range of about 15°C to about 25°C, for a period of no more than 10 days is administered to a subject. Alternatively or additionally, in some embodiments, if a provided composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) is or has been maintained (e.g., stored) in a thermal shipper, which thermal shipper has been maintained (e.g., stored) at a temperature in a range of about 15°C to about 25°C, it may be used for up to 10 days; that is, in some embodiments, a provided composition (e.g., an RNA (e.g., mRNA) composition) that has been maintained in a thermal shipper, which thermal shipper has been maintained at a temperature in a range of about 15°C to about 25°C for a period of no more than 10 days is administered to a subject.
Des polyribonucléotides individuels peuvent être produits par des procédés connus dans le domaine. Par exemple, dans certains modes de réalisation, des polyribonucléotides peuvent être produits par transcriptionin vitro, par exemple, à l’aide d’une matrice d’ADN. Un ADN plasmidique utilisé comme matrice pour la transcriptionin vitropour générer un polyribonucléotide décrit ici entre également dans le cadre de la présente invention.Individual polyribonucleotides may be produced by methods known in the art. For example, in some embodiments, polyribonucleotides may be produced byin vitro transcription, e.g., using a DNA template. Plasmid DNA used as a template forin vitro transcription to generate a polyribonucleotide described herein is also within the scope of the present invention.
Une matrice d’ADN est utilisée pour la synthèse d’ARNin vitroen présence d’une ARN polymérase appropriée (par exemple, une ARN polymérase recombinante telle qu’une T7 ARN polymérase T7) avec des ribonucléotides triphosphates (par exemple, ATP, CTP, GTP, UTP). Dans certains modes de réalisation, des polyribonucléotides (par exemple, ceux décrits ici) peuvent être synthétisés en présence de ribonucléotides triphosphates modifiés. À titre d’exemple uniquement, dans certains modes de réalisation, la pseudouridine (ψ), la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) ou la 5-méthyl-uridine (m5U) peut être utilisée pour remplacer l’uridine triphosphate (UTP). Dans certains modes de réalisation, la pseudouridine (ψ) peut être utilisée pour remplacer l’uridine triphosphate (UTP). Dans certains modes de réalisation, la N1-méthyl-pseudouridine (m1ψ) peut être utilisée pour remplacer l’uridine triphosphate (UTP). Dans certains modes de réalisation, la 5-méthyl-uridine (m5U) peut être utilisée pour remplacer l’uridine triphosphate (UTP).A DNA template is used forin vitro RNA synthesis in the presence of a suitable RNA polymerase (e.g. , a recombinant RNA polymerase such as T7 RNA polymerase) with ribonucleotide triphosphates (e.g. , ATP, CTP, GTP, UTP). In some embodiments, polyribonucleotides (e.g. , those described herein) may be synthesized in the presence of modified ribonucleotide triphosphates. By way of example only, in some embodiments, pseudouridine (ψ), N1-methyl-pseudouridine (m1ψ), or 5-methyl-uridine (m5U) may be used to replace uridine triphosphate (UTP). In some embodiments, pseudouridine (ψ) may be used to replace uridine triphosphate (UTP). In some embodiments, N1-methyl-pseudouridine (m1ψ) may be used to replace uridine triphosphate (UTP). In some embodiments, 5-methyl-uridine (m5U) may be used to replace uridine triphosphate (UTP).
Comme cela apparaîtra clairement pour l’homme du métier, lors de la transcriptionin vitro, une ARN polymérase (par exemple, telle que décrite et/ou utilisée ici) traverse généralement au moins un fragment d’une matrice d’ADN simple brin dans la direction 3’→ 5’ pour produire un ARN complémentaire monocaténaire dans la direction 5’→ 3’.As will be apparent to those skilled in the art, duringin vitro transcription, an RNA polymerase (e.g. , as described and/or used herein) typically traverses at least one fragment of a single-stranded DNA template in the 3'→5' direction to produce a single-stranded complementary RNA in the 5'→3' direction.
Dans certains modes de réalisation où un polyribonucléotide comprend une queue polyA, l’homme du métier se rendra compte qu’une telle queue polyA peut être codée dans une matrice d’ADN,par exemple, en utilisant une amorce de PCR à queue appropriée, ou elle peut être ajoutée à un polyribonucléotide après transcriptionin vitro,par exemple, par traitement enzymatique (par exemple, en utilisant une poly(A) polymérase telle qu’une poly(A) polymérased’E. coli). Des queues poly(A) appropriées sont décrites ci-dessus. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une queue poly(A) comprend une séquence nucléotidique de AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA (SEQ ID NO : 114). Dans certains modes de réalisation, une queue poly(A) comprend une pluralité de résidus A interrompus par un lieur. Dans certains modes de réalisation, un lieur comprend la séquence nucléotidique GCATATGAC (SEQ ID NO : 115).In some embodiments where a polyribonucleotide comprises a polyA tail, those skilled in the art will appreciate that such a polyA tail may be encoded in a DNA template,e.g. , using a suitably tailed PCR primer, or it may be added to a polyribonucleotide afterin vitro transcription,e.g. , by enzymatic treatment (e.g. , using a poly(A) polymerase such asan E. coli poly(A) polymerase). Suitable poly(A) tails are described above. For example, in some embodiments, a poly(A) tail comprises a nucleotide sequence of AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAA ... In some embodiments, a poly(A) tail comprises a plurality of A residues interrupted by a linker. In some embodiments, a linker comprises the nucleotide sequence GCATATGAC (SEQ ID NO: 115).
Dans certains modes de réalisation, l’homme du métier se rendra compte que l’ajout d’une coiffe en 5’ à un ARN (par exemple, un ARN (par exemple, un ARNm)) peut faciliter la reconnaissance et la fixation de l’ARN à un ribosome pour initier la traduction et améliorer l’efficacité de la traduction. L’homme du métier se rendra compte également qu’une coiffe en 5’ peut également protéger un produit d’ARN de la dégradation médiée par l’exonucléase en 5’ et augmente ainsi la demi-vie. Des procédés de coiffage sont connus dans le domaine ; l’homme du métier se rendra compte que dans certains modes de réalisation, le coiffage peut être effectué après transcriptionin vitroen présence d’un système de coiffage (par exemple, un système de coiffage à base d’enzymes tel que,par exemple, les enzymes de coiffage du virus de la vaccine). Dans certains modes de réalisation, une coiffe peut être introduite pendant la transcriptionin vitro, avec une pluralité de ribonucléotide triphosphate de telle sorte qu’une coiffe soit incorporée dans un polyribonucléotide pendant la transcription (également connu sous le nom de coiffage co-transcriptionnel). Dans certains modes de réalisation, une procédure de GTP alimentée par lots avec de multiples ajouts au cours de la réaction peut être utilisée pour maintenir une faible concentration de GTP afin de coiffer efficacement l’ARN. Les coiffes en 5’ appropriées sont décrites ci-dessus. Par exemple, dans certains modes de réalisation, une coiffe en 5’ comprend m7(3’OMeG)(5’)ppp(5’)(2’OMeA)pG.In some embodiments, those skilled in the art will appreciate that adding a 5' cap to an RNA (e.g. , an RNA (e.g., an mRNA)) can facilitate recognition and binding of the RNA to a ribosome to initiate translation and improve translation efficiency. Those skilled in the art will also appreciate that a 5' cap can also protect an RNA product from 5' exonuclease-mediated degradation and thus increase half-life. Methods of capping are known in the art; those skilled in the art will appreciate that in some embodiments, capping can be performed afterin vitro transcription in the presence of a capping system (e.g. , an enzyme-based capping system such as,for example , vaccinia virus capping enzymes). In some embodiments, a cap may be introduced duringin vitro transcription, with a plurality of ribonucleotide triphosphates such that a cap is incorporated into a polyribonucleotide during transcription (also known as co-transcriptional capping). In some embodiments, a batch-fed GTP procedure with multiple additions during the reaction may be used to maintain a low concentration of GTP to efficiently cap the RNA. Suitable 5' caps are described above. For example, in some embodiments, a 5' cap comprises m7(3'OMeG)(5')ppp(5')(2'OMeA)pG.
Après la transcription de l’ARN, une matrice d’ADN est digérée. Dans certains modes de réalisation, la digestion peut être réalisée à l’aide de DNase I dans des conditions appropriées.Following transcription of the RNA, a DNA template is digested. In some embodiments, the digestion may be performed using DNase I under appropriate conditions.
Dans certains modes de réalisation, des polyribonucléotides transcrits in vitro peuvent être fournis dans une solution tamponnée, par exemple, dans un tampon tel que HEPES, une solution tampon au phosphate, une solution tampon au citrate, une solution tampon à l’acétate ; dans certains modes de réalisation, une telle solution peut être tamponnée à un pH dans une plage de, par exemple, environ 6,5 à environ 7,5 ; dans certains modes de réalisation, environ 7,0. Dans certains modes de réalisation, la production de polyribonucléotides peut également comprendre l’une ou plusieurs des étapes suivantes : purification, mélange, filtration et/ou remplissage.In some embodiments, in vitro transcribed polyribonucleotides may be provided in a buffered solution, e.g., in a buffer such as HEPES, phosphate buffer solution, citrate buffer solution, acetate buffer solution; in some embodiments, such a solution may be buffered to a pH in a range of, e.g., about 6.5 to about 7.5; in some embodiments, about 7.0. In some embodiments, production of polyribonucleotides may also include one or more of the following steps: purification, mixing, filtration, and/or filling.
Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides peuvent être purifiés (par exemple, dans certains modes de réalisation après une réaction de transcriptionin vitro), par exemple, pour éliminer des composants utilisés ou formés au cours de la production, comme,par exemple, des protéines, des fragments d’ADN et/ou des nucléotides. Diverses purifications d’acides nucléiques connues dans le domaine peuvent être utilisées conformément à la présente invention. Certaines étapes de purification peuvent être ou comporter, par exemple, l’une ou plusieurs d’une précipitation, d’unechromatographie sur colonne (y compris,par exemple, mais sans s’y limiter, la chromatographie d’interaction anionique, cationique, hydrophobe (HIC)), d’une purification sur substrat solide (par exemple, purification sur billes magnétiques). Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides peuvent être purifiés à l’aide d’une purification sur billes magnétiques, qui dans certains modes de réalisation peut être ou comprendre une chromatographie sur billes magnétiques. Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides peuvent être purifiés à l’aide d’une chromatographie d’interaction hydrophobe (HIC) et/ou d’une diafiltration. Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides peuvent être purifiés à l’aide d’HIC suivie d’une diafiltration.In some embodiments, the polyribonucleotides may be purified (e.g. , in some embodiments after anin vitro transcription reaction), for example, to remove components used or formed during production, such as,for example , proteins, DNA fragments, and/or nucleotides. Various nucleic acid purifications known in the art may be used in accordance with the present invention. Some purification steps may be or include, for example, one or more of precipitation, column chromatography (including,for example , but not limited to, anionic, cationic, hydrophobic interaction chromatography (HIC)), solid substrate purification (e.g. , magnetic bead purification). In some embodiments, the polyribonucleotides may be purified using magnetic bead purification, which in some embodiments may be or include magnetic bead chromatography. In some embodiments, the polyribonucleotides may be purified using hydrophobic interaction chromatography (HIC) and/or diafiltration. In some embodiments, the polyribonucleotides may be purified using HIC followed by diafiltration.
Dans certains modes de réalisation, l’ARNdb peut être obtenu en tant que produit secondaire lors de la transcriptionin vitro. Dans certains de ces modes de réalisation, une seconde étape de purification peut être réalisée pour éliminer la contamination par l’ARNdb. Par exemple, dans certains modes de réalisation, des matériaux cellulosiques (par exemple, la cellulose microcristalline) peuvent être utilisés pour éliminer la contamination par l’ARNdb, par exemple dans certains modes de réalisation dans un format chromatographique. Dans certains modes de réalisation, des matériaux cellulosiques (par exemple, la cellulose microcristalline) peuvent être prétraités pour inactiver une contamination potentielle par la RNase, par exemple dans certains modes de réalisation par autoclavage suivi d’une incubation avec une solution basique aqueuse,par exemple, NaOH. Dans certains modes de réalisation, des matériaux cellulosiques peuvent être utilisés pour purifier des polyribonucléotides selon des procédés décrits dans le document WO 2017/182524, dont l’intégralité du contenu est incorporée ici par référence.In some embodiments, dsRNA may be obtained as a side product duringin vitro transcription. In some of these embodiments, a second purification step may be performed to remove dsRNA contamination. For example, in some embodiments, cellulosic materials (e.g. , microcrystalline cellulose) may be used to remove dsRNA contamination, e.g., in some embodiments in a chromatographic format. In some embodiments, cellulosic materials (e.g. , microcrystalline cellulose) may be pretreated to inactivate potential RNase contamination, e.g., in some embodiments by autoclaving followed by incubation with an aqueous basic solution,e.g. , NaOH. In some embodiments, cellulosic materials may be used to purify polyribonucleotides according to methods described in WO 2017/182524, the entire contents of which are incorporated herein by reference.
Dans certains modes de réalisation, un lot de polyribonucléotides peut être traité ultérieurement par une ou plusieurs étapes de filtration et/ou de concentration. Par exemple, dans certains modes de réalisation, le ou les polyribonucléotides, par exemple, après élimination de la contamination par l’ARNdb, peuvent être également soumis à une diafiltration (par exemple, dans certains modes de réalisation par filtration à flux tangentiel), par exemple, pour ajuster la concentration de polyribonucléotides à une concentration d’ARN souhaitable et/ou pour échanger un tampon contre un tampon de substance médicamenteuse.In some embodiments, a batch of polyribonucleotides may be further processed by one or more filtration and/or concentration steps. For example, in some embodiments, the one or more polyribonucleotides, e.g., after removal of dsRNA contamination, may also be subjected to diafiltration (e.g. , in some embodiments by tangential flow filtration), e.g., to adjust the polyribonucleotide concentration to a desirable RNA concentration and/or to exchange a buffer for a drug substance buffer.
Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides peuvent être traités par filtration de 0,2 µm avant d’être versés dans des récipients appropriés.In some embodiments, the polyribonucleotides may be treated by 0.2 µm filtration before being filled into suitable containers.
Dans certains modes de réalisation, des polyribonucléotides et des compositions de ceux-ci peuvent être fabriqués conformément à un procédé tel que décrit dans la présente invention, ou tel que connu par ailleurs dans le domaine.In certain embodiments, polyribonucleotides and compositions thereof may be made in accordance with a method as described herein, or as otherwise known in the art.
Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides et leurs compositions peuvent être fabriqués à grande échelle. Par exemple, dans certains modes de réalisation, un lot de polyribonucléotides peut être fabriqué à une échelle supérieure à 1 g, supérieure à 2 g, supérieure à 3 g, supérieure à 4 g, supérieure à 5 g, supérieure à 6 g, supérieure à 7 g, supérieure à 8 g, supérieure à 9 g, supérieure à 10 g, supérieure à 15 g, supérieure à 20 g, ou plus.In some embodiments, the polyribonucleotides and compositions thereof may be manufactured on a large scale. For example, in some embodiments, a batch of polyribonucleotides may be manufactured on a scale greater than 1 g, greater than 2 g, greater than 3 g, greater than 4 g, greater than 5 g, greater than 6 g, greater than 7 g, greater than 8 g, greater than 9 g, greater than 10 g, greater than 15 g, greater than 20 g, or greater.
Dans certains modes de réalisation, le contrôle qualité de l’ARN peut être effectué et/ou surveillé à tout moment pendant le processus de production de polyribonucléotides et/ou de compositions les comprenant. Par exemple, dans certains modes de réalisation, les paramètres de contrôle qualité de l’ARN, comprenant un ou plusieurs éléments parmi l’identité de l’ARN (par exemple, la séquence, la longueur et/ou la nature de l’ARN), l’intégrité de l’ARN, la concentration d’ARN, la matrice d’ADN résiduelle et l’ARNdb résiduel, peuvent être évalués et/ou surveillés après chaque étape ou certaines étapes d’un processus de fabrication de polyribonucléotides,par exemple, après la transcriptionin vitro, et/ou chaque étape de purification.In some embodiments, RNA quality control may be performed and/or monitored at any time during the process of producing polyribonucleotides and/or compositions comprising them. For example, in some embodiments, RNA quality control parameters, including one or more of RNA identity (e.g. , RNA sequence, length, and/or nature), RNA integrity, RNA concentration, residual DNA template, and residual dsRNA, may be assessed and/or monitored after each step or certain steps of a polyribonucleotide manufacturing process,e.g. , afterin vitro transcription, and/or each purification step.
Dans certains modes de réalisation, la stabilité des polyribonucléotides (par exemple, produits par transcriptionin vitro) et/ou des compositions comprenant des polyribonucléotides peut être évaluée dans diverses conditions de stockage de test, par exemple, à température ambiante par rapport au réfrigérateur ou à des températures inférieures à zéro sur une période de temps (par exemple, au moins 3 mois, au moins 6 mois, au moins 9 mois, au moins 12 mois ou plus). Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides (par exemple, ceux décrits ici) et/ou les compositions de ceux-ci peuvent être stockés de manière stable à une température de réfrigérateur (par exemple, d’environ 4C à environ 10C) pendant au moins 1 mois ou plus, y compris au moins 2 mois, au moins 3 mois, au moins 4 mois, au moins 5 mois, au moins 6 mois, au moins 7 mois, au moins 8 mois, au moins 9 mois, au moins 10 mois, au moins 11 mois, ou au moins 12 mois ou plus. Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides (par exemple, ceux décrits ici) et/ou les compositions de ceux-ci peuvent être stockés de manière stable à une température inférieure à zéro (par exemple, à -20C ou moins) pendant au moins 1 mois ou plus, y compris au moins 2 mois, au moins 3 mois, au moins 4 mois, au moins 5 mois, au moins 6 mois, au moins 7 mois, au moins 8 mois, au moins 9 mois, au moins 10 mois, au moins 11 mois, ou au moins 12 mois ou plus. Dans certains modes de réalisation, les polyribonucléotides (par exemple, ceux décrits ici) et/ou les compositions de ceux-ci peuvent être stockés de manière stable à température ambiante (par exemple, à environ 25 °C) pendant au moins 1 mois ou plus.In some embodiments, the stability of the polyribonucleotides (e.g. , produced byin vitro transcription) and/or compositions comprising polyribonucleotides may be evaluated under various test storage conditions, e.g., at room temperature versus refrigerator or subzero temperatures over a period of time (e.g. , at least 3 months, at least 6 months, at least 9 months, at least 12 months or more). In some embodiments, the polyribonucleotides (e.g. , those described herein) and/or compositions thereof may be stably stored at refrigerator temperature (e.g. , from about 4°C to about 10°C) for at least 1 month or longer, including at least 2 months, at least 3 months, at least 4 months, at least 5 months, at least 6 months, at least 7 months, at least 8 months, at least 9 months, at least 10 months, at least 11 months, or at least 12 months or longer. In some embodiments, the polyribonucleotides (e.g. , those described herein) and/or compositions thereof may be stably stored at subzero temperature (e.g. , at -20°C or below) for at least 1 month or more, including at least 2 months, at least 3 months, at least 4 months, at least 5 months, at least 6 months, at least 7 months, at least 8 months, at least 9 months, at least 10 months, at least 11 months, or at least 12 months or more. In some embodiments, the polyribonucleotides (e.g. , those described herein) and/or compositions thereof may be stably stored at room temperature (e.g. , at about 25°C) for at least 1 month or more.
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs évaluations peuvent être utilisées pendant la fabrication, ou une autre préparation ou utilisation de polyribonucléotides (par exemple, comme test de libération).In some embodiments, one or more assays may be used during the manufacture, or other preparation or use of polyribonucleotides (e.g. , as a release assay).
Dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs paramètres de contrôle qualité peuvent être évalués pour déterminer si les polyribonucléotides décrits ici satisfont ou dépassent les critères d’acceptation (par exemple, pour une formulation ultérieure et/ou une libération pour distribution). Dans certains modes de réalisation, ces paramètres de contrôle qualité peuvent inclure, mais sans toutefois s’y limiter, l’intégrité de l’ARN, la concentration en ARN, la matrice d’ADN résiduel et/ou l’ARNdb résiduel. Certains procédés d’évaluation de la qualité de l’ARN sont connus dans le domaine ; par exemple, l’homme du métier reconnaîtra que dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs tests analytiques peuvent être utilisés pour l’évaluation de la qualité de l’ARN. Des exemples de tels tests analytiques particuliers peuvent comporter, mais sans toutefois s’y limiter, l’électrophorèse sur gel, l’absorption UV et/ou le test PCR.In some embodiments, one or more quality control parameters may be evaluated to determine whether the polyribonucleotides described herein meet or exceed acceptance criteria (e.g. , for further formulation and/or release for distribution). In some embodiments, such quality control parameters may include, but are not limited to, RNA integrity, RNA concentration, residual DNA template, and/or residual dsRNA. Certain methods for assessing RNA quality are known in the art; for example, those skilled in the art will recognize that in some embodiments, one or more analytical tests may be used for the assessment of RNA quality. Examples of such particular analytical tests may include, but are not limited to, gel electrophoresis, UV absorption, and/or PCR testing.
Dans certains modes de réalisation, un lot de polyribonucléotides peut être évalué pour une ou plusieurs caractéristiques telles que décrites ici afin de déterminer la ou les prochaines étapes d’action. Par exemple, un lot de polyribonucléotides peut être désigné pour une ou plusieurs étapes supplémentaires de préparation et/ou de formulation et/ou de distribution si l’évaluation de la qualité de l’ARN indique qu’un tel lot de polyribonucléotides satisfait aux critères d’acceptation pertinents ou les dépasse. Dans le cas contraire, une action alternative peut être entreprise (par exemple, l’élimination du lot) si un tel lot de polyribonucléotides ne répond pas aux critères d’acceptation ou ne les dépasse pas.In some embodiments, a batch of polyribonucleotides may be evaluated for one or more characteristics as described herein to determine the next action step(s). For example, a batch of polyribonucleotides may be designated for one or more additional preparation and/or formulation and/or distribution steps if the RNA quality assessment indicates that such batch of polyribonucleotides meets or exceeds the relevant acceptance criteria. Otherwise, an alternative action may be taken (e.g. , batch disposal) if such batch of polyribonucleotides does not meet or exceed the acceptance criteria.
Dans certains modes de réalisation, un lot de polyribonucléotides qui satisfont aux résultats d’évaluation peut être utilisé pour une ou plusieurs étapes supplémentaires de préparation et/ou de formulation et/ou de distribution.In some embodiments, a batch of polyribonucleotides that meet the evaluation results may be used for one or more additional preparation and/or formulation and/or distribution steps.
L’expert dans le domaine connaît une variété de techniques qui peuvent être utilisées pour produire des ARN tels que décrits ici, y compris la synthèse chimique ou enzymatique (par exemple,par polymérisation). Dans de nombreux modes de réalisation, l’ARN est produit par transcription,par exemplepar transcriptionin vivoouin vitro. En effet, l’un des avantages de l’ARN en tant qu’agent actif destiné à être utilisé dans des compositions pharmaceutiques (par exemple, des compositions immunogènes, par exemple, des vaccins) ou dans d’autres contextes thérapeutiques est sa production facile par transcriptionin vitro. En particulier, étant donné que des ajustements relativement modestes aux processus de préparation peuvent souvent optimiser la production de séquences apparentées, la présente invention enseigne que les modalités d’ARN sont particulièrement souhaitables pour une utilisation en tant qu’agents actifs dans des compositions pharmaceutiques (par exemple, des compositions immunogènes, par exemple, des vaccins). De plus, la présente invention fournit une indication particulière selon laquelle l’ARN est particulièrement utile en tant qu’agent actif dans les vaccins contre le SARS-CoV-2, car, entre autres avantages, il permet une adaptation facile (par exemple,une modification de séquence) à des souches et/ou des antigènes émergents ou pertinents localement (par exemple,permettant la personnalisation des séquences d’antigènes à la lumière, par exemple, des souches circulantes et/ou de la diversité des allèles HLA au sein des populations concernées (par exemple,dans une géographie/région particulière). De plus, la production d’ARN ne nécessite qu’une seule plateforme de développement et de préparation, quels que soient les antigènes pathogènes codés. Ainsi, l’ARN peut permettre une fabrication rapide, rentable et en grand volume ainsi qu’un stockage flexible (stockage à long terme de bibliothèques de faible volume de plasmides congelés et d’ARN non formulé, qui peuvent être rapidement formulés et distribués). En particulier dans le cas d’une infection par le SARS-CoV-2, où le moment de l’administration (par exemple, l’administration du vaccin) par rapport à la saison et/ou à l’incidence de l’épidémie peut avoir un impact important sur l’efficacité, une telle capacité de stockage et de reconstitution rapide peut s’avérer un avantage important par rapport aux stratégies alternatives.One skilled in the art is familiar with a variety of techniques that can be used to produce RNAs as described herein, including chemical or enzymatic synthesis (e.g., by polymerization). In many embodiments, the RNA is produced by transcription,for example , byin vivo orin vitro transcription. Indeed, one of the advantages of RNA as an active agent for use in pharmaceutical compositions (e.g., immunogenic compositions, e.g., vaccines) or other therapeutic settings is its easy production byin vitro transcription. In particular, because relatively modest adjustments to preparation processes can often optimize the production of related sequences, the present invention teaches that RNA modalities are particularly desirable for use as active agents in pharmaceutical compositions (e.g., immunogenic compositions, e.g., vaccines). Furthermore, the present invention provides a particular indication that RNA is particularly useful as an active agent in SARS-CoV-2 vaccines, since, among other advantages, it allows for easy adaptation (e.g., sequence modification) to emerging or locally relevant strains and/or antigens (e.g., allowing for the customization of antigen sequences in light of, e.g., circulating strains and/or HLA allele diversity within relevant populations (e.g., in a particular geography/region). Moreover, RNA production requires only a single development and preparation platform, regardless of the encoded pathogen antigens. Thus, RNA can allow for rapid, cost-effective, and high-volume manufacturing as well as flexible storage (long-term storage of low-volume libraries of frozen plasmids and unformulated RNA, which can be rapidly formulated and distributed). Particularly in the case of SARS-CoV-2 infection, where the timing of administration (e.g., (e.g., vaccine administration) relative to season and/or outbreak incidence can have a significant impact on efficacy, such rapid storage and reconstitution capacity may prove a significant advantage over alternative strategies.
En règle générale, l’ARN est transcritin vitroà partir d’une matrice d’ADN linéarisé (par exemple,par digestion de restriction) ou amplifié (par exemple,amplifié par PCR). L’homme du métier connaît une variété de promoteurs utiles pour diriger la synthèse d’ARN par une transcription d’une matrice d’ADN, par exemple par une ARN polymérase dépendante de l’ADN telle que, par exemple, l’ARN polymérase T7, T3, SP6 ou Syn5.Typically, RNA is transcribedin vitro from a linearized (e.g., by restriction digestion) or amplified (e.g., PCR amplified) DNA template. Those skilled in the art know a variety of promoters useful for directing RNA synthesis by transcription of a DNA template, for example, by a DNA-dependent RNA polymerase such as, for example, T7, T3, SP6, or Syn5 RNA polymerase.
Une réaction de transcriptionin vitrotypique comportera une matrice d’ADN, des rNTP pour les quatre bases (c’est-à-direl’adénine, la cytosine, la guanine et l’uracile), éventuellement un analogue de coiffe, l’ARN polymérase pertinente et des tampons et/ou des sels appropriés. Dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs inhibiteurs de ribonucléase (RNase) et/ou une pyrophosphatase peuvent être inclus.A typicalin vitro transcription reaction will include a DNA template, rNTPs for the four bases (i.e., adenine, cytosine, guanine, and uracil), optionally a cap analog, the relevant RNA polymerase, and appropriate buffers and/or salts. In some embodiments, one or more ribonuclease (RNase) inhibitors and/or a pyrophosphatase may be included.
Dans certains modes de réalisation, les rNTP utilisés dans une réaction de transcriptionin vitrocomportent un ou plusieurs analogues de nucléotides. Dans certains modes de réalisation, un analogue nucléotidique est le 2-amino-6-chloropurine-riboside-5’-triphosphate, le 2-aminopurine-riboside-5’-triphosphate ; le 2-aminoadénosine-5’-triphosphate, le 2’-amino-2’-désoxycytidine-triphosphate, le 2-thiocytidine-5’-triphosphate, le 2-thiouridine-5’-triphosphate, le 2’-fluorothymidine-5’-triphosphate, le 2’-0-méthyl-inosine-5’-triphosphate, le 4-thiouridine-5’-triphosphate, le 5-aminoallylcytidine-5’-triphosphate, le 5-aminoallyluridine-5’-triphosphate, le 5-bromocytidine-5’-triphosphate, le 5-bromouridine-5’-triphosphate, le 5-bromo-2’-désoxycytidine-5’-triphosphate, le 5-bromo-2’-désoxyuridine-5’-triphosphate, le 5-iodocytidine-5’-triphosphate, le 5-iodo-2’-désoxycytidine-5’-triphosphate, le 5-iodouridine-5’-triphosphate, le 5-iodo-2’-désoxyuridine-5’-triphosphate, le 5-méthylcytidine-5’-triphosphate, le 5-méthyluridine-5’-triphosphate, le 5-propylnyl-2’-désoxycytidine-5’-triphosphate, le 5-propylnyl-2’-désoxyuridine-5’-triphosphate, le 6-azacytidine-5’-triphosphate, le 6-azauridine-5’-triphosphate, le 6-chloropurineriboside-5’-triphosphate, le 7-déazaadénosine-5’-triphosphate, le 7-déazaguanosine-5’-triphosphate, le 8-azaadénosine-5’-triphosphate, le 8-azidoadénosine-5’-triphosphate, le benzimidazole-riboside-5’-triphosphate, le N1-méthyladénosine-5’-triphosphate, le N1-méthylguanosine-5’-triphosphate, le N6-méthyladénosine-5’-triphosphate, le 06-méthylguanosine-5’-triphosphate, le pseudouridine-5’-triphosphate, ou le puromycine-5’-triphosphate, le xanthosine-5’-triphosphate. Une préférence particulière est donnée aux nucléotides pour les modifications de base choisis dans le groupe de nucléotides à base modifiée constitué du 5-méthylcytidine-5’-triphosphate, du 7-déazaguanosine-5’-triphosphate, du 5-bromocytidine-5’-triphosphate et du pseudouridine-5’-triphosphate, du ribonucléoside de pyridin-4-one, de la 5-aza-uridine, de la 2-thio-5-aza-uridine, de la 2-thiouridine, de la 4-thio-pseudouridine, de la 2-thio-pseudouridine, de la 5-hydroxyuridine, de la 3-méthyluridine, de la 5-carboxyméthyl-uridine, de la 1-carboxyméthyl-pseudouridine, de la 5-propynyl-uridine, de la 1-propynyl-pseudouridine, de la 5-taurinométhyluridine, de la 1-taurinométhyl-pseudouridine, de la 5-taurinométhyl-2-thio-uridine, de la 1-taurinométhyl-4-thio-uridine, de la 5-méthyl-uridine, de la 1-méthyl-pseudouridine, de la 4-thio-1-méthyl-pseudouridine, de la 2-thio-1-méthyl-pseudouridine, de la 1-méthyl-1-déaza-pseudouridine, de la 2-thio-1-méthyl-1-déaza-pseudouridine, de la dihydrouridine, de la dihydropseudouridine, de la 2-thio-dihydrouridine, de la 2-thio-dihydropseudouridine, de la 2-méthoxyuridine, de la 2-méthoxy-4-thio-uridine, de la 4-méthoxy-pseudouridine et de la 4-méthoxy-2-thio-pseudouridine, de la 5-aza-cytidine, pseudoisocytidine, de la 3-méthyl-cytidine, de la N4-acétylcytidine, de la 5-formylcytidine, de la N4-méthylcytidine, de la 5-hydroxyméthylcytidine, de la 1-méthyl-pseudoisocytidine, de la pyrrolo-cytidine, de la pyrrolo-pseudoisocytidine, de la 2-thio-cytidine, de la 2-thio-5-méthyl-cytidine, de la 4-thio-pseudoisocytidine, de la 4-thio-1-méthyl-pseudoisocytidine, de la 4-thio-1-méthyl-1-déaza-pseudoisocytidine, de la 1-méthyl-1-déaza-pseudoisocytidine, de la zébularine, de la 5-aza-zébularine, de la 5-méthyl-zébularine, de la 5-aza-2-thio-zébularine, de la 2-thio-zébularine, de la 2-méthoxy-cytidine, de la 2-méthoxy-5-méthyl-cytidine, de la 4-méthoxy-pseudoisocytidine et de la 4-méthoxy-1 -méthyl-pseudoisocytidine, de la 2-aminopurine, de la 2, 6-diaminopurine, de la 7-déaza-adénine, de la 7-déaza-8-aza-adénine, de la 7-déaza-2-aminopurine, de la 7-déaza-8-aza-2-aminopurine, de la 7-déaza-2, de la 6-diaminopurine, de la 7-déaza-8-aza-2,6-diaminopurine, de la 1-méthyladénosine, de la N6-méthyladénosine, de la N6-isopentényladénosine, de la N6-(cis-hydroxyisopentényl)adénosine, de la 2-méthylthio-N6-(cis-hydroxyisopentényl)adénosine, de la N6-glycinylcarbamoyladénosine, de la N6-thréonylcarbamoyladénosine, de la 2-méthylthio-N6-thréonyl carbamoyladénosine, de la N6,N6-diméthyladénosine, de la 7-méthyladénine, de la 2-méthylthio-adénine et de la 2-méthoxy-adénine, de l’inosine, de la 1-méthyl-inosine, de la wyosine, de la wybutosine, de la 7-déaza-guanosine, de la 7-déaza-8-aza-guanosine, de la 6-thio-guanosine, de la 6-thio-7-déaza-guanosine, de la 6-thio-7-déaza-8-aza-guanosine, de la 7-méthyl-guanosine, de la 6-thio-7-méthyl-guanosine, de la 7-méthylinosine, de la 6-méthoxy-guanosine, de la 1-méthylguanosine, de la N2-méthylguanosine, de la N2,N2-diméthylguanosine, de la 8-oxo-guanosine, de la 7-méthyl-8-oxo-guanosine, de la 1 -méthyl-6-thio-guanosine, de la N2-méthyl-6-thio-guanosine et de la N2,N2-diméthyl-6-thio-guanosine, de la 5’-0-(1-thiophosphate)-adénosine, de la 5’-0-(1-thiophosphate)-cytidine, de la 5’-0-(1-thiophosphate)-guanosine, de la 5’-0-(1-thiophosphate)-uridine, de la 5’-0-(1-thiophosphate)-pseudo-uridine, de la 6-aza-cytidine, de la 2-thio-cytidine, de l’alpha-thio-cytidine, de la pseudo-iso-cytidine, de la 5-aminoallyl-uridine, de la 5-iodo-uridine, de la N1-méthyl-pseudo-uridine, de la 5,6-dihydrouridine, de l’alpha-thio-uridine, de la 4-thio-uridine, de la 6-aza-uridine, de la 5-hydroxy-uridine, de la désoxy-thymidine, de la 5-méthyl-uridine, de la pyrrolo-cytidine, de l’inosine, de l’alpha-thio-guanosine, de la 6-méthyl-guanosine, de la 5-méthyl-cytidine, de la 8-oxo-guanosine, de la 7-déaza-guanosine, de la N1-méthyl-adénosine, de la 2-amino-6-chloro-purine, de la N6-méthyl-2-amino-purine, de la pseudo-iso-cytidine, de la 6-chloro-purine, de la N6-méthyl-adénosine, de l’alpha-thio-adénosine, de la 8-azido-adénosine, de la 7-déaza-adénosine, de la pseudouridine, de la N1-méthylpseudouridine, de la N1-éthylpseudouridine, de la 2-thiouridine, de la 4’-thiouridine, de la 5-méthylcytosine, de la 5-méthyluridine, de la 2-thio-1-méthyl-1-déaza-pseudouridine, de la 2-thio-1-méthyl-pseudouridine, de la 2-thio-5-aza-uridine, de la 2-thio-dihydropseudouridine, de la 2-thio-dihydrouridine, de la 2-thio-pseudouridine, de la 4-méthoxy-2-thio-pseudouridine, de la 4-méthoxy-pseudouridine, de la 4-thio-1-méthyl-pseudouridine, de la 4-thio-pseudouridine, de la 5-aza-uridine, de la dihydropseudouridine, de la 5-méthoxyuridine et de la 2’-0-méthyl uridine, ou une combinaison de ceux-ci.In some embodiments, the rNTPs used in anin vitro transcription reaction comprise one or more nucleotide analogs. In some embodiments, a nucleotide analog is 2-amino-6-chloropurine-riboside-5'-triphosphate, 2-aminopurine-riboside-5'-triphosphate;2-aminoadenosine-5'-triphosphate,2'-amino-2'-deoxycytidine-triphosphate,2-thiocytidine-5'-triphosphate,2-thiouridine-5'-triphosphate,2'-fluorothymidine-5'-triphosphate,2'-0-methyl-inosine-5'-triphosphate,4-thiouridine-5'-triphosphate,5-aminoallylcytidine-5'-triphosphate,5-aminoallyluridine-5'-triphosphate,5-bromocytidine-5'-triphosphate,5-bromouridine-5'-triphosphate,5-bromo-2'-deoxycytidine-5'-triphosphate,5-bromo-2'-deoxyuridine-5'-triphosphate,5-iodocytidine-5'-triphosphate, the 5-iodo-2'-deoxycytidine-5'-triphosphate, 5-iodouridine-5'-triphosphate, 5-iodo-2'-deoxyuridine-5'-triphosphate, 5-methylcytidine-5'-triphosphate, 5-methyluridine-5'-triphosphate, 5-propylnyl-2'-deoxycytidine-5'-triphosphate, 5-propylnyl-2'-deoxyuridine-5'-triphosphate, 6-azacytidine-5'-triphosphate, 6-azauridine-5'-triphosphate, 6-chloropurineriboside-5'-triphosphate, 7-deazaadenosine-5'-triphosphate, 7-deazaguanosine-5'-triphosphate, 8-azaadenosine-5'-triphosphate, 8-azidoadenosine-5'-triphosphate, benzimidazole-riboside-5'-triphosphate, N1-methyladenosine-5'-triphosphate, N1-methylguanosine-5'-triphosphate, N6-methyladenosine-5'-triphosphate, O6-methylguanosine-5'-triphosphate, pseudouridine-5'-triphosphate, or puromycin-5'-triphosphate, xanthosine-5'-triphosphate. Particular preference is given to nucleotides for base modifications selected from the group of base-modified nucleotides consisting of 5-methylcytidine-5'-triphosphate, 7-deazaguanosine-5'-triphosphate, 5-bromocytidine-5'-triphosphate and pseudouridine-5'-triphosphate, pyridin-4-one ribonucleoside, 5-aza-uridine, 2-thio-5-aza-uridine, 2-thiouridine, 4-thio-pseudouridine, 2-thio-pseudouridine, 5-hydroxyuridine, 3-methyluridine, 5-carboxymethyl-uridine, 1-carboxymethyl-pseudouridine, 5-propynyl-uridine, 1-propynyl-pseudouridine, 5-taurinomethyluridine, 1-taurinomethyl-pseudouridine, 5-taurinomethyl-2-thiouridine, 1-taurinomethyl-4-thiouridine, 5-methyluridine, 1-methyl-pseudouridine, 4-thio-1-methyl-pseudouridine, 2-thio-1-methyl-pseudouridine, 1-methyl-1-deaza-pseudouridine, 2-thio-1-methyl-1-deaza-pseudouridine, dihydrouridine, dihydropseudouridine, 2-thio-dihydrouridine, 2-thio-dihydropseudouridine, 2-methoxyuridine, 2-methoxy-4-thiouridine, 4-methoxy-pseudouridine and 4-methoxy-2-thio-pseudouridine, 5-aza-cytidine, pseudoisocytidine, 3-methyl-cytidine, N4-acetylcytidine, 5-formylcytidine, N4-methylcytidine, 5-hydroxymethylcytidine, 1-methyl-pseudoisocytidine, pyrrolo-cytidine, pyrrolo-pseudoisocytidine, 2-thio-cytidine, 2-thio-5-methyl-cytidine, 4-thio-pseudoisocytidine, 4-thio-1-methyl-pseudoisocytidine, 4-thio-1-methyl-1-deaza-pseudoisocytidine, 1-methyl-1-deaza-pseudoisocytidine, zebularine, 5-aza-zebularine, 5-methyl-zebularine, 5-aza-2-thio-zebularine, 2-thio-zebularine, 2-methoxy-cytidine, 2-methoxy-5-methyl-cytidine, 4-methoxy-pseudoisocytidine and 4-methoxy-1-methyl-pseudoisocytidine, 2-aminopurine, 2, 6-diaminopurine, 7-deaza-adenine, 7-deaza-8-aza-adenine, 7-deaza-2-aminopurine, 7-deaza-8-aza-2-aminopurine, 7-deaza-2, 6-diaminopurine, 7-deaza-8-aza-2,6-diaminopurine, 1-methyladenosine, N6-methyladenosine, N6-isopentenyladenosine, N6-(cis-hydroxyisopentenyl)adenosine, 2-methylthio-N6-(cis-hydroxyisopentenyl)adenosine, N6-glycinylcarbamoyladenosine, N6-threonylcarbamoyladenosine, 2-methylthio-N6-threonyl carbamoyladenosine, N6,N6-dimethyladenosine, 7-methyladenine, 2-methylthio-adenine and 2-methoxy-adenine, inosine, 1-methyl-inosine, wyosine, wybutosine, 7-deaza-guanosine, 7-deaza-8-aza-guanosine, 6-thio-guanosine, 6-thio-7-deaza-guanosine, 6-thio-7-deaza-8-aza-guanosine, 7-methyl-guanosine, 6-thio-7-methyl-guanosine, 7-methylinosine, 6-methoxy-guanosine, 1-methylguanosine, N2-methylguanosine, N2,N2-dimethylguanosine, 8-oxo-guanosine, 7-methyl-8-oxo-guanosine, 1-methyl-6-thio-guanosine, N2-methyl-6-thio-guanosine and N2,N2-dimethyl-6-thio-guanosine, 5'-O-(1-thiophosphate)-adenosine, 5'-O-(1-thiophosphate)-cytidine, 5'-O-(1-thiophosphate)-guanosine, 5'-O-(1-thiophosphate)-uridine, 5'-O-(1-thiophosphate)-pseudo-uridine, 6-aza-cytidine, 2-thio-cytidine, alpha-thio-cytidine, pseudo-iso-cytidine, 5-aminoallyl-uridine, 5-iodo-uridine, N1-methyl-pseudo-uridine, 5,6-dihydrouridine, alpha-thio-uridine, 4-thio-uridine, 6-aza-uridine, 5-hydroxy-uridine, deoxy-thymidine, 5-methyl-uridine, pyrrolo-cytidine, inosine, alpha-thio-guanosine, 6-methyl-guanosine, 5-methyl-cytidine, 8-oxo-guanosine, 7-deaza-guanosine, N1-methyl-adenosine, 2-amino-6-chloro-purine, N6-methyl-2-amino-purine, pseudo-iso-cytidine, 6-chloro-purine, N6-methyl-adenosine, alpha-thio-adenosine, 8-azido-adenosine, 7-deaza-adenosine, pseudouridine, N1-methylpseudouridine, N1-ethylpseudouridine, 2-thiouridine, 4'-thiouridine, 5-methylcytosine, 5-methyluridine, 2-thio-1-methyl-1-deaza-pseudouridine, 2-thio-1-methyl-pseudouridine, 2-thio-5-aza-uridine, 2-thio-dihydropseudouridine, 2-thio-dihydrouridine, 2-thio-pseudouridine, 4-methoxy-2-thio-pseudouridine, 4-methoxy-pseudouridine, 4-thio-1-methyl-pseudouridine, 4-thio-pseudouridine, 5-aza-uridine, dihydropseudouridine, 5-methoxyuridine and 2'-O-methyl uridine, or a combination thereof.
Dans certains modes de réalisation, un ou des analogues d’uridine sont utilisés. Dans certains modes de réalisation, aucune uridine naturelle n’est utilisée. Ainsi, dans certains modes de réalisation, 100 % de l’uracile dans une séquence présente une modification chimique (par rapport à l’uridine) ; dans de nombreux modes de réalisation, en position 5. Dans des modes de réalisation particuliers, la pseudouridine est utilisée.In some embodiments, one or more uridine analogs are used. In some embodiments, no natural uridine is used. Thus, in some embodiments, 100% of the uracil in a sequence has a chemical modification (relative to uridine); in many embodiments, at the 5-position. In particular embodiments, pseudouridine is used.
Dans des modes de réalisation particuliers, les analogues de nucléotides utilisés comprennent la pseudouridine, la N1-méthylpseudouridine, la 5-méthylcytosine, la méthoxyuridine et des combinaisons de celles-ci.In particular embodiments, the nucleotide analogs used include pseudouridine, N1-methylpseudouridine, 5-methylcytosine, methoxyuridine, and combinations thereof.
Dans certains modes de réalisation, quatre rNTP sont utilisés dans des concentrations équimolaires dans des réactions de transcriptionin vitro; dans certains modes de réalisation, elle ne sont pas équimolaires. Par exemple, dans certains modes de réalisation, la concentration initiale d’un ou de plusieurs rNTP au début d’une réactionin vitroest à une concentration relativement plus faible et, dans certains modes de réalisation, peut être complétée par une ou plusieurs « alimentations » au fil du temps pendant la réaction. Dans certains modes de réalisation particuliers, le rGTP est alimenté au fil du temps (de sorte que la réaction IVT est un procédé de « alimentation par lotsde G »). En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation particuliers, le rUTP est alimenté au fil du temps (de sorte que la réaction IVT est un procédé en mode « alimentation par lots de U » ou « alimentation par lots de G/U »).In some embodiments, four rNTPs are used in equimolar concentrations inin vitro transcription reactions; in some embodiments, they are not equimolar. For example, in some embodiments, the initial concentration of one or more rNTPs at the start of anin vitro reaction is at a relatively lower concentration and, in some embodiments, may be supplemented by one or more "feeds" over time during the reaction. In some particular embodiments, rGTP is fed over time (such that the IVT reaction is a "G-batch feed" method). Alternatively or additionally, in some particular embodiments, rUTP is fed over time (such that the IVT reaction is a "U-batch feed" or "G/U-batch feed" method).
Dans certains modes de réalisation, une ou plusieurs des concentrations de rNTP, de sel, de métal, de pH, de température, etc.sont ajustées pour la production d’une construction d’ARN particulière afin d’optimiser, par exemple, l’un ou plusieurs parmi les éléments suivants : l’intégrité de l’ARN, l’efficacité de coiffage, le niveau de contaminant (par exemple,RNAdb), le niveau de transcription intacte (par exemple,par rapport à la concentration d’ADN matrice dans la réaction),etc.In some embodiments, one or more of the concentrations of rNTP, salt, metal, pH, temperature, etc. are adjusted for the production of a particular RNA construct to optimize, for example, one or more of the following: RNA integrity, capping efficiency, level of contaminant (e.g., dsRNA), level of intact transcription (e.g., relative to the concentration of template DNA in the reaction),etc.
Dans certains modes de réalisation, des exemples de réactifs utilisés dans la transcriptionin vitrod’ARN comportent : une matrice d’ADN (ADN plasmidique linéarisé ou produit de PCR) avec une séquence de promoteur qui a une affinité de liaison élevée pour son ARN polymérase respective telle que les ARN polymérases codées par les bactériophages (T7, T3, SP6 ou Syn5) ; des ribonucléotides triphosphates (NTP) pour les quatre bases (adénine, cytosine, guanine et uracile) ; éventuellement, un analogue de coiffe tel que défini dans la présente invention (par exemple, m7G(5’)ppp(5’)G (m7G)) ; éventuellement, d’autres nucléotides modifiés tels que définis dans la présente invention ; une ARN polymérase dépendante de l’ADN capable de se lier à la séquence de promoteur dans la matrice d’ADN (par exemple, l’ARN polymérase T7, T3, SP6 ou Syn5) ; éventuellement, un inhibiteur de ribonucléase (RNase) pour inactiver toute RNase potentiellement contaminante ; éventuellement, une pyrophosphatase pour dégrader le pyrophosphate, qui peut inhiber la transcription de l’ARN in vitro ; le MgCl2, qui fournit des ions Mg2+ comme cofacteur pour la polymérase ; un tampon (TRIS ou HEPES) pour maintenir une valeur de pH appropriée, qui peut également contenir des antioxydants (par exemple l’OTT), et/ou des polyamines telles que la spermidine à des concentrations optimales, par exemple un système tampon comprenant du TRIS-Citrate tel que décrit dans W02017/109161.In some embodiments, exemplary reagents used inin vitro transcription of RNA comprise: a DNA template (linearized plasmid DNA or PCR product) with a promoter sequence that has high binding affinity for its respective RNA polymerase such as bacteriophage-encoded RNA polymerases (T7, T3, SP6, or Syn5); ribonucleotide triphosphates (NTPs) for the four bases (adenine, cytosine, guanine, and uracil); optionally, a cap analog as defined herein (e.g., m7G(5')ppp(5')G (m7G)); optionally, other modified nucleotides as defined herein; a DNA-dependent RNA polymerase capable of binding to the promoter sequence in the DNA template (e.g., T7, T3, SP6, or Syn5 RNA polymerase); optionally, a ribonuclease (RNase) inhibitor to inactivate any potentially contaminating RNase; optionally, a pyrophosphatase to degrade pyrophosphate, which can inhibit RNA transcription in vitro; MgCl2, which provides Mg2+ ions as a cofactor for the polymerase; a buffer (TRIS or HEPES) to maintain an appropriate pH value, which may also contain antioxidants (e.g. OTT), and/or polyamines such as spermidine at optimal concentrations, e.g. a buffer system comprising TRIS-Citrate as described in WO2017/109161.
Dans le contexte de la production d’ARN, dans certains modes de réalisation, il peut être souhaitable de fournir de l’ARN de qualité GMP. Dans certains modes de réalisation, l’ARN de qualité GMP peut être produit à l’aide d’un procédé de préparation approuvé par les autorités réglementaires. Dans certains modes de réalisation, la production d’ARN est réalisée selon les bonnes pratiques de préparation (BPP) actuelles, mettant en œuvre diverses étapes de contrôle qualité au niveau de l’ADN et/ou de l’ARN, par exemple, dans certains modes de réalisation selon les étapes de qualité décrites dans WO2016/180430. Dans certains modes de réalisation, l’ARN de la présente invention est un ARN de niveau BPP.In the context of RNA production, in some embodiments, it may be desirable to provide GMP-grade RNA. In some embodiments, the GMP-grade RNA may be produced using a preparation method approved by regulatory authorities. In some embodiments, the RNA production is carried out according to current Good Preparation Practices (GPP), implementing various quality control steps at the DNA and/or RNA level, for example, in some embodiments according to the quality steps described in WO2016/180430. In some embodiments, the RNA of the present invention is a GPP-level RNA.
MODES DE RÉALISATION ÉNUMÉRÉSEMBODIMENTS LISTED
1. Un ARN comprenant une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide, dans lequel le polypeptide comprend un fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 ou un variant de celle-ci.1. An RNA comprising a nucleotide sequence that encodes a polypeptide, wherein the polypeptide comprises an immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein or a variant thereof.
2. L’ARN selon le mode de réalisation 1, dans lequel le fragment immunogène comprend un domaine de liaison au récepteur (RBD).2. The RNA according to embodiment 1, wherein the immunogenic fragment comprises a receptor binding domain (RBD).
3. L’ARN selon le mode de réalisation 1 ou 2, dans lequel le RBD comprend les acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 330 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, ou les acides aminés 330 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents d’un variant du SARS-CoV-2.3. The RNA according to embodiment 1 or 2, wherein the RBD comprises amino acids 327 to 528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 330 to 528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 327 to 528 of SEQ ID NO: 1, or amino acids 330 to 541 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing of a SARS-CoV-2 variant.
4. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 3, dans lequel le fragment immunogène comprend un domaine N-terminal (NTD).4. The RNA according to any one of embodiments 1 to 3, wherein the immunogenic fragment comprises an N-terminal domain (NTD).
5. L’ARN selon le mode de réalisation 4, dans lequel le NTD comprend les acides aminés 14 à 209, 14 à 303, 20 à 318 ou 20 à 302 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.5. The RNA according to embodiment 4, wherein the NTD comprises amino acids 14 to 209, 14 to 303, 20 to 318 or 20 to 302 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing of an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
6. L’ARN selon le mode de réalisation 1 à 5, dans lequel le fragment immunogène comprend un domaine S1 d’une protéine S du SARS-CoV-2, ou un fragment immunogène de celle-ci.6. The RNA according to embodiment 1 to 5, wherein the immunogenic fragment comprises an S1 domain of a SARS-CoV-2 S protein, or an immunogenic fragment thereof.
7. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 6, dans lequel le fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 comprend un RBD et un NTD d’une protéine S du SARS-CoV-2.7. The RNA according to any one of embodiments 1 to 6, wherein the immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein comprises an RBD and an NTD of a SARS-CoV-2 S protein.
8. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 7, dans lequel le fragment immunogène d’une protéine S du SARS-CoV-2 est un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci.8. The RNA according to any one of embodiments 1 to 7, wherein the immunogenic fragment of a SARS-CoV-2 S protein is a truncated S1 subdomain or a variant thereof.
9. L’ARN selon le mode de réalisation 8, où un RBD se trouve à l’extrémité C terminale du sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci (par exemple, dans lequel le RBD comprend les acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, 330 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 327 à 528 de SEQ ID NO : 1, ou les acides aminés 330 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque des éléments précédents d’un variant du SARS-CoV-2).9. The RNA of embodiment 8, wherein an RBD is located at the C-terminus of the truncated S1 subdomain or a variant thereof (e.g., wherein the RBD comprises amino acids 327-528 of SEQ ID NO: 1, 330-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 327-528 of SEQ ID NO: 1, or amino acids 330-541 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of the foregoing of a SARS-CoV-2 variant).
10 L’ARN selon le mode de réalisation 8, dans lequel le polypeptide comprend les acides aminés 14 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 17 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO 1, les acides aminés 14 à 541 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 17 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou les acides aminés 20 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou une région correspondante de l’un quelconque de ceux-ci provenant d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.10 The RNA according to embodiment 8, wherein the polypeptide comprises amino acids 14 to 528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 17 to 528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 20 to 528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 14 to 541 of SEQ ID NO: 1, amino acids 17 to 541 of SEQ ID NO: 1, or amino acids 20 to 541 of SEQ ID NO: 1, or a corresponding region of any of these from an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
11. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 10, dans lequel le polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire (par exemple, un peptide signal sécrétoire d’une protéine virale), éventuellement dans lequel le peptide signal sécrétoire se trouve à l’extrémité N-terminale du polypeptide.11. The RNA of any one of embodiments 1 to 10, wherein the polypeptide comprises a secretory signal peptide (e.g., a secretory signal peptide of a viral protein), optionally wherein the secretory signal peptide is at the N-terminus of the polypeptide.
12. L’ARN selon la revendication 11, dans lequel le peptide signal sécrétoire est un peptide signal sécrétoire d’une protéine S du SARS-CoV-2.12. The RNA according to claim 11, wherein the secretory signal peptide is a secretory signal peptide of an S protein of SARS-CoV-2.
13. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 11, dans lequel le peptide signal sécrétoire est un peptide signal sécrétoire hétérologue.13. The RNA according to any one of embodiments 1 to 11, wherein the secretory signal peptide is a heterologous secretory signal peptide.
14 L’ARN selon la revendication 13, dans lequel le peptide signal sécrétoire hétérologue est un peptide signal sécrétoire d’une protéine virale qui n’est pas une protéine S du SARS-CoV-2.14 The RNA of claim 13, wherein the heterologous secretory signal peptide is a secretory signal peptide of a viral protein that is not a SARS-CoV-2 S protein.
15. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 14, dans lequel le polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire qui comprend (i) une séquence d’acides aminés qui est répertoriée dans le tableau 2 ou le tableau XXXI ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à une séquence d’acides aminés qui est répertoriée dans le tableau 2 ou le tableau XXXI, et/ou (ii) dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui est répertoriée dans le tableau 3 ou le tableau XXXI ou une séquence nucléotidique qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à une séquence d’acides aminés qui est répertoriée dans le tableau 2 ou à une séquence du tableau XXXI répertoriée dans le tableau 3 et/ou le tableau XXXI.15. The RNA of any one of embodiments 1 to 14, wherein the polypeptide comprises a secretory signal peptide that comprises (i) an amino acid sequence that is listed in Table 2 or Table XXXI or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to an amino acid sequence that is listed in Table 2 or Table XXXI, and/or (ii) wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that is listed in Table 3 or Table XXXI or a nucleotide ...iii) wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that is listed in Table 3 or Table XXXI or a nucleotide sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to an amino acid sequence that is listed in Table 2 or Table XXXI, and/or (iv) wherein the RNA %, 98%, 99% or more identical to an amino acid sequence that is listed in Table 2 or to a sequence of Table XXXI listed in Table 3 and/or Table XXXI.
16. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 15, dans lequel la séquence de polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP24-Q7PUJ5_ANOGA (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant une séquence d’acides aminés de MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO : 22) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO : 22)).16. The RNA according to any one of embodiments 1 to 15, wherein the polypeptide sequence comprises a secretory signal peptide SP24-Q7PUJ5_ANOGA (e.g., a secretory signal peptide comprising an amino acid sequence of MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO: 22) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO: 22)).
17. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 15, dans lequel la séquence de polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP24-SP18-HEMA_CVBM (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant la séquence d’acides aminés de MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO : 391) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO : 391).17. The RNA according to any one of embodiments 1 to 15, wherein the polypeptide sequence comprises a secretory signal peptide SP24-SP18-HEMA_CVBM (e.g., a secretory signal peptide comprising the amino acid sequence of MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO: 391) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO: 391).
18. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 15, dans lequel la séquence de polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP25-GD_HHV1K (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant une séquence d’acides aminés de MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12).18. The RNA according to any one of embodiments 1 to 15, wherein the polypeptide sequence comprises a secretory signal peptide SP25-GD_HHV1K (e.g., a secretory signal peptide comprising an amino acid sequence of MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12).
19. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 15, dans lequel la séquence de polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP32-GBD_HHV1K (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant la séquence d’acides aminés de MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO : 38) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO : 38).19. The RNA according to any one of embodiments 1 to 15, wherein the polypeptide sequence comprises a secretory signal peptide SP32-GBD_HHV1K (e.g., a secretory signal peptide comprising the amino acid sequence of MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO: 38) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO: 38).
20. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 15, dans lequel la séquence de polypeptide comprend un peptide signal sécrétoire SP20-A7U881_HHV2 (par exemple, un peptide signal sécrétoire comprenant la séquence d’acides aminés de MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO : 366) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO : 366).20. The RNA according to any one of embodiments 1 to 15, wherein the polypeptide sequence comprises a secretory signal peptide SP20-A7U881_HHV2 (e.g., a secretory signal peptide comprising the amino acid sequence of MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO: 366) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO: 366).
21. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 20, dans lequel le polypeptide comprend une région transmembranaire (comportant un domaine transmembranaire).21. The RNA according to any one of embodiments 1 to 20, wherein the polypeptide comprises a transmembrane region (comprising a transmembrane domain).
22. L’ARN selon le mode de réalisation 16, dans lequel la région transmembranaire (comportant un domaine transmembranaire) est une région transmembranaire d’une protéine virale.22. The RNA according to embodiment 16, wherein the transmembrane region (comprising a transmembrane domain) is a transmembrane region of a viral protein.
23. L’ARN selon le mode de réalisation 21 ou 22, dans lequel la région transmembranaire (comportant un domaine transmembranaire) est une région transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2 (comportant un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 ; par exemple, dans lequel le domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC, ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC).23. The RNA according to embodiment 21 or 22, wherein the transmembrane region (comprising a transmembrane domain) is a transmembrane region of the SARS-CoV-2 S protein (comprising a SARS-CoV-2 transmembrane domain; for example, wherein the transmembrane domain comprises an amino acid sequence of EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC, or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC).
24. L’ARN selon le mode de réalisation 21 ou 22, dans lequel la région transmembranaire (comportant un domaine transmembranaire) est une région transmembranaire hétérologue.24. The RNA according to embodiment 21 or 22, wherein the transmembrane region (comprising a transmembrane domain) is a heterologous transmembrane region.
25. L’ARN selon le mode de réalisation 24, dans lequel la région transmembranaire hétérologue est une région transmembranaire d’une protéine virale de non-SARS-CoV-2.25. The RNA according to embodiment 24, wherein the heterologous transmembrane region is a transmembrane region of a non-SARS-CoV-2 viral protein.
26. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 21 à 25, dans lequel la région transmembranaire est capable d’induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation).26. The RNA of any one of embodiments 21 to 25, wherein the transmembrane region is capable of inducing multimerization (e.g., trimerization).
27. L’ARN selon le mode de réalisation 21, dans lequel la région transmembranaire (comportant un domaine transmembranaire) comprend une région transmembranaire (comportant un domaine transmembranaire) qui est répertoriée dans le tableau 4 (par exemple, comprenant une séquence d’acides aminés fournie dans le tableau 4 ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à une séquence d’acides aminés répertoriée dans le tableau 4) et/ou dans lequel la région transmembranaire (comportant le domaine transmembranaire) est codée par une séquence nucléotidique qui est répertoriée dans le tableau 5 ou au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à une séquence nucléotidique répertoriée dans le tableau 5).27. The RNA according to embodiment 21, wherein the transmembrane region (comprising a transmembrane domain) comprises a transmembrane region (comprising a transmembrane domain) that is listed in Table 4 (e.g., comprising an amino acid sequence provided in Table 4 or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to an amino acid sequence listed in Table 4) and/or wherein the transmembrane region (comprising the transmembrane domain) is encoded by a nucleotide sequence that is listed in Table 5 or at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to a nucleotide sequence listed in Table 5).
28. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 21 à 27, dans lequel le polypeptide comprend, adjacente en C-terminal au domaine transmembranaire, une séquence qui est endogènement en C-terminal au domaine transmembranaire et adjacente à la membrane.28. The RNA of any one of embodiments 21 to 27, wherein the polypeptide comprises, C-terminally adjacent to the transmembrane domain, a sequence which is endogenously C-terminal to the transmembrane domain and adjacent to the membrane.
29. L’ARN selon le mode de réalisation 28, dans lequel la séquence qui est endogènement C-terminale au domaine transmembranaire et adjacente à la membrane plasmique est MTSCCSCLKGCCSCGSCC, ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MTSCCSCLKGCCSCGSCC.29. The RNA of embodiment 28, wherein the sequence that is endogenously C-terminal to the transmembrane domain and adjacent to the plasma membrane is MTSCCSCLKGCCSCGSCC, or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MTSCCSCLKGCCSCGSCC.
30. L’ARN selon le mode de réalisation 21, dans lequel le domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 90.30. The RNA according to embodiment 21, wherein the transmembrane domain comprises an amino acid sequence of SEQ ID NO: 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 90.
31. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 30, dans lequel le polypeptide comprend un domaine de multimérisation soluble (par exemple, un domaine de trimérisation, par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4).31. The RNA of any one of embodiments 1 to 30, wherein the polypeptide comprises a soluble multimerization domain (e.g., a trimerization domain, e.g., a fibritin T4 trimerization domain).
32. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 31, dans lequel le polypeptide ne comprend pas un domaine de multimérisation soluble (par exemple, un domaine de trimérisation, par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4).32. The RNA of any one of embodiments 1 to 31, wherein the polypeptide does not comprise a soluble multimerization domain (e.g., a trimerization domain, e.g., a fibritin T4 trimerization domain).
33. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 30 ou 32, dans lequel le polypeptide comprend une région transmembranaire qui peut induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation), et le polypeptide est dépourvu de domaine peptidique soluble.33. The RNA of any one of embodiments 1 to 30 or 32, wherein the polypeptide comprises a transmembrane region that can induce multimerization (e.g., trimerization), and the polypeptide lacks a soluble peptide domain.
34. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 33, dans lequel le polypeptide comprend :34. The RNA according to any one of embodiments 1 to 33, wherein the polypeptide comprises:
(1) un fragment d’un polypeptide S1 (par exemple, les acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 1 à 541 de SEQ ID NO : 1 ou une région correspondante d’un variant du SARS-CoV-2) ;(1) a fragment of an S1 polypeptide (e.g., amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 1 to 541 of SEQ ID NO: 1 or a corresponding region of a SARS-CoV-2 variant);
(2) un peptide signal sécrétoire (par exemple, un peptide signal sécrétoire SP24-Q7PUJ5_ANOGA, SP24-SP18-HEMA_CVBM, SP25-GD_HHV1K, SP32-GD_HHV1K ou SP20-A7U881_HHV2 décrit ici) ; et(2) a secretory signal peptide (e.g., a secretory signal peptide SP24-Q7PUJ5_ANOGA, SP24-SP18-HEMA_CVBM, SP25-GD_HHV1K, SP32-GD_HHV1K or SP20-A7U881_HHV2 described herein); and
(3) un domaine transmembranaire (par exemple, un domaine transmembranaire viral, un domaine transmembranaire d’une protéine S du coronavirus, un domaine transmembranaire d’une protéine HA du virus de la grippe ou un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2).(3) a transmembrane domain (e.g., a viral transmembrane domain, a transmembrane domain of a coronavirus S protein, a transmembrane domain of an influenza virus HA protein, or a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein).
35. L’ARN selon le mode de réalisation 34, dans lequel l’orientation N-terminale vers C-terminale du polypeptide est : (peptide signal sécrétoire)-(fragment d’un polypeptide S1)-(domaine transmembranaire).35. The RNA according to embodiment 34, wherein the N-terminal to C-terminal orientation of the polypeptide is: (secretory signal peptide)-(fragment of an S1 polypeptide)-(transmembrane domain).
36. L’ARN selon le mode de réalisation 35, dans lequel (1) le peptide signal sécrétoire et le fragment d’un polypeptide S1 ; et/ou (2) le fragment d’un polypeptide S1 et le domaine transmembranaire sont reliés l’un à l’autre par un lieur (par exemple, un lieur artificiel, un lieur flexible, un lieur flexible comprenant une séquence GS).36. The RNA according to embodiment 35, wherein (1) the secretory signal peptide and the fragment of an S1 polypeptide; and/or (2) the fragment of an S1 polypeptide and the transmembrane domain are connected to each other by a linker (e.g., an artificial linker, a flexible linker, a flexible linker comprising a GS sequence).
37. L’ARN selon le mode de réalisation 36, dans lequel la séquence GS comprend une séquence fournie dans le tableau 5.37. The RNA according to embodiment 36, wherein the GS sequence comprises a sequence provided in Table 5.
38. L’ARN selon le mode de réalisation 37, dans lequel la séquence GS comprend au moins 5, au moins 10, au moins 15 ou au moins 20 acides aminés (par exemple, des acides aminés G ou S).
38. The RNA according to embodiment 37, wherein the GS sequence comprises at least 5, at least 10, at least 15 or at least 20 amino acids (e.g., G or S amino acids).
39. L’ARN selon le mode de réalisation 37, dans lequel la séquence GS comprend la séquence (G4S)1, (G4S)2, (G4S)3ou (G4S)4.
39. The RNA according to embodiment 37, wherein the GS sequence comprises the sequence (G4S)1, (G4S)2 , (G4S)3 or (G4S)4 .
40. L’ARN selon le mode de réalisation 36, dans lequel le fragment d’un polypeptide S1 et le domaine transmembranaire sont reliés via un lieur flexible qui comprend 10 à 20 acides aminés (par exemple, environ 15 acides aminés).40. The RNA of embodiment 36, wherein the fragment of an S1 polypeptide and the transmembrane domain are connected via a flexible linker that comprises 10 to 20 amino acids (e.g., about 15 amino acids).
41. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 40, dans lequel le fragment d’une protéine S est adapté à une souche ou à un variant du SARS-CoV-2 (par exemple, un variant Omicron, un variant XBB.1.5, un variant JN.1, un variant KP.2, un variant XEC et/ou tout variant décrit dans la présente invention).41. The RNA according to any one of embodiments 1 to 40, wherein the fragment of an S protein is adapted to a strain or variant of SARS-CoV-2 (e.g., an Omicron variant, an XBB.1.5 variant, a JN.1 variant, a KP.2 variant, an XEC variant and/or any variant described herein).
42. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 41, dans lequel le polypeptide comprend :42. The RNA according to any one of embodiments 1 to 41, wherein the polypeptide comprises:
(a) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, et un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 ;(a) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, and a transmembrane domain of SARS-CoV-2;
(b) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD ;(b) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, and an HSV-1 gD secretory signal peptide;
(c) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, un domaine transmembranaire, et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD.(c) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, a transmembrane domain, and an HSV-1 gD secretory signal peptide.
(d) un sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci, un domaine transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2 et un peptide signal sécrétoire ; ou(d) a truncated S1 subdomain or a variant thereof, a transmembrane domain of the SARS-CoV-2 S protein and a secretory signal peptide; or
(e) un sous-domaine S1 tronqué, ou un variant de celui-ci, un domaine transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2, et un peptide signal sécrétoire HSV-1 gD .(e) a truncated S1 subdomain, or a variant thereof, a transmembrane domain of the SARS-CoV-2 S protein, and an HSV-1 gD secretory signal peptide.
43. L’ARN selon le mode de réalisation 41A, dans lequel :43. The RNA according to embodiment 41A, wherein:
(a) le sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci comprend (i) les acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO : 1 (notamment, par exemple, les acides aminés 1 à 528, 14 à 528, 17 à 528 et 50 à 528), ou une séquence d’une région correspondante d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2 ou (ii) les acides aminés 20 à 541 de SEQ ID NO : 1 (comprenant, par exemple, les acides aminés 1 à 541, 14 à 541, 17 à 541 et 20 à 541), ou une séquence d’une région correspondante d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2 ;(a) the truncated S1 subdomain or a variant thereof comprises (i) amino acids 20 to 528 of SEQ ID NO: 1 (including, for example, amino acids 1 to 528, 14 to 528, 17 to 528 and 50 to 528), or a sequence of a corresponding region of an S protein of a SARS-CoV-2 variant or (ii) amino acids 20 to 541 of SEQ ID NO: 1 (including, for example, amino acids 1 to 541, 14 to 541, 17 to 541 and 20 to 541), or a sequence of a corresponding region of an S protein of a SARS-CoV-2 variant;
(b) le peptide signal sécrétoire comprend une séquence d’acides aminés de MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG, ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12) ; et/ou(b) the secretory signal peptide comprises an amino acid sequence of MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG, or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12); and/or
(c) le domaine transmembranaire comprend une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 90.(c) the transmembrane domain comprises an amino acid sequence of SEQ ID NO: 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 90.
44. L’ARN selon le mode de réalisation 42 ou 43, dans lequel le polypeptide comprend une transmembrane, l’orientation N-terminale vers C-terminale du polypeptide est (peptide signal sécrétoire)-(sous-domaine S1 tronqué)-(domaine transmembranaire), et le sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et la transmembrane sont reliés via une séquence qui comprend un lieur GS, éventuellement dans lequel le lieur GS comprend environ 10 à 20 résidus (par exemple, environ 15 ou environ 20 résidus).44. The RNA of embodiment 42 or 43, wherein the polypeptide comprises a transmembrane, the N-terminal to C-terminal orientation of the polypeptide is (secretory signal peptide)-(truncated S1 subdomain)-(transmembrane domain), and the truncated S1 subdomain or a variant thereof and the transmembrane are connected via a sequence that comprises a GS linker, optionally wherein the GS linker comprises about 10 to 20 residues (e.g., about 15 or about 20 residues).
45. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 156 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 156 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 158 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 158 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 155, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 155.45. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 156 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 156; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 158 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 158; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 155, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 155.
46. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 161 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 161 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 163 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 163 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 160, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 160.46. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 161 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 161; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 163 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 163; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 160, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 160.
47. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 166 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 166 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 168 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : [168 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 165, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 165.47. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 166 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 166; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 168 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: [168; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 165, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 165.
48. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 171 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 171 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 173 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 173 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 170, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 170.48. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 171 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 171; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 173 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 173; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 170, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 170.
49. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 176 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 176 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 178 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 178 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 175, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 175.49. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 176 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 176; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 178 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 178; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 175, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 175.
50. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 181 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 181 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 183 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 183 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 180, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 180.50. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 181 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 181; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 183 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 183; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 180, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 180.
51. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 186 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 186 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 188 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 188 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 185, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 185.51. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 186 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 186; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 188 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 188; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 185, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 185.
52. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 191 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 191 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 193 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 193 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 190, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 190.52. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 191 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 191; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 193 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 193; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 190, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 190.
53. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 196 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 196 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 198 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 198 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 195, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 195.53. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 196 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 196; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 198 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 198; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 195, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 195.
54. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 201 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 201 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 203 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 203 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 200, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 200.54. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 201 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 201; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 203 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 203; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 200, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 200.
55. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 211 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 211 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 213 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 213 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 210, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 210.55. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 211 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 211; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 213 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 213; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 210, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 210.
56. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 221 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 221 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 223 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 223 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 220, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 220.56. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 221 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 221; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 223 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 223; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 220, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 220.
57. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 226 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 226 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 228 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 228 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 225, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 225.57. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 226 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 226; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 228 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 228; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 225, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 225.
58. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 231 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 231 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 233 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 233 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 230, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 230.58. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 231 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 231; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 233 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 233; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 230, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 230.
59. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 236 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 236 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 238 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 238 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 235, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 235.59. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 236 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 236; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 238 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 238; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 235, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 235.
60. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 241 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 241 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 243 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 243 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 240, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 240.60. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 241 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 241; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 243 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 243; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 240, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 240.
61. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 246 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 246 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 248 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 248 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 245, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 245.61. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 246 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 246; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 248 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 248; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 245, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 245.
62. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 251 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 251 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 253 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 253 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 250, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 250.62. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 251 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 251; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 253 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 253; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 250, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 250.
63. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 256 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 256 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 258 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 258 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 255, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 255.63. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 256 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 256; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 258 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 258; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 255, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 255.
64. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 261 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 261 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 263 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 263 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 260, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 260.64. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 261 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 261; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 263 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 263; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 260, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 260.
65. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 266 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 266 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 268 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 268 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 265, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 265.65. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 266 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 266; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 268 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 268; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 265, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 265.
66. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 271 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 271 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 273 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 273 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 270, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 270.66. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 271 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 271; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 273 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 273; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 270, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 270.
67. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 276 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 276 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 278 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 278 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 275, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 275.67. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 276 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 276; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 278 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 278; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 275, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 275.
68. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 281 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 281 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 283 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 283 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 280, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 280.68. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 281 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 281; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 283 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 283; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 280, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 280.
69. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 286 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 286 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 288 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 288 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 285, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 285.69. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 286 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 286; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 288 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 288; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 285, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 285.
70. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 291 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 291 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 293 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 293 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 290, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 290.70. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 291 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 291; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 293 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 293; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 290, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 290.
71. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 296 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 296 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 298 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 298 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 295, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 295.71. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 296 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 296; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 298 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 298; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 295, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 295.
72. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 301 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 301 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 303 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 303 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 300, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 300.72. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 301 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 301; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 303 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 303; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 300, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 300.
73. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 306 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 306 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 308 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 308 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 305, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 305.73. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 306 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 306; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 308 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 308; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 305, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 305.
74. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 311 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 311 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 313 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 313 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 310, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 310.74. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 311 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 311; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 313 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 313; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 310, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 310.
75. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 321 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 321 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 323 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 323 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 320, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 320.75. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 321 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 321; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 323 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 323; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 320, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 320.
76. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 44, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 650 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 650 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 652 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 652 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 649, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 649.76. The RNA according to any one of embodiments 1 to 44, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 650 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 650; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 652 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 652; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 649, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 649.
77. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 76 dans lequel le polypeptide comprend également un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine du SARS-CoV-2 qui n’est pas une protéine S.77. The RNA of any one of embodiments 1 to 76 wherein the polypeptide also comprises one or more T cell epitopes from a SARS-CoV-2 protein that is not an S protein.
78. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 77, dans lequel le polypeptide comprend également un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine du SARS-CoV-2 qui n’est pas une protéine S, éventuellement dans lequel le polypeptide comprend un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine de nucléocapside (N) du SARS-CoV-2, d’une protéine NS9b, d’une protéine membranaire (M), d’une protéine ORF1ab, d’une protéine ORF3a, d’une protéine ORF9b ou de NSP1-4, ou de toute combinaison de celles-ci.78. The RNA of any one of embodiments 1 to 77, wherein the polypeptide also comprises one or more T cell epitopes from a SARS-CoV-2 protein that is not an S protein, optionally wherein the polypeptide comprises one or more T cell epitopes from a SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein, an NS9b protein, a membrane (M) protein, an ORF1ab protein, an ORF3a protein, an ORF9b protein or NSP1-4, or any combination thereof.
79. L’ARN selon le mode de réalisation 78, dans lequel le polypeptide comprend :79. The RNA according to embodiment 78, wherein the polypeptide comprises:
(i) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NS9b ;(i) one or more T cell epitopes from an N protein and one or more T cell epitopes from an NS9b protein;
(ii) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ;(ii) one or more T cell epitopes from an N protein and one or more T cell epitopes from an M protein;
(iii) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ; et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NS9b ;(iii) one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an M protein; and one or more T cell epitopes from an NS9b protein;
(iv) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP3, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP1 et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N ;(iv) one or more T cell epitopes from an M protein, one or more T cell epitopes from NSP2, one or more T cell epitopes from NSP3, one or more T cell epitopes from NSP1 and one or more T cell epitopes from an N protein;
(v) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP1, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP3, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP4, et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ;(v) one or more T cell epitopes from an NSP2 protein, one or more T cell epitopes from an NSP1 protein, one or more T cell epitopes from an NSP3 protein, one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an NSP4 protein, and one or more T cell epitopes from an M protein;
(vi) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP1, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP3, et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP4.(vi) one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an NSP1 protein, one or more T cell epitopes from an NSP2 protein, one or more T cell epitopes from an NSP3 protein, and one or more T cell epitopes from NSP4.
80. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel l’ARN comprend une coiffe en 5’, une séquence proximale de coiffe, une séquence 5’ UTR, une séquence 3’ UTR et une séquence polyA.80. The RNA of any one of the preceding embodiments, wherein the RNA comprises a 5' cap, a cap-proximal sequence, a 5' UTR sequence, a 3' UTR sequence, and a polyA sequence.
81. L’ARN selon le mode de réalisation 80, dans lequel :81. The RNA according to embodiment 80, wherein:
(i) la coiffe en 5’ comprend une structure de Coiffe-1 ;(i) the 5’ cap comprises a Cap-1 structure;
(ii) la séquence 5’-UTR comprend une 5’-UTR modifiée de l’alpha-globine humaine ;(ii) the 5’-UTR sequence comprises a modified 5’-UTR of human alpha-globin;
(iii) la séquence 3’-UTR comprend une première séquence de l’amplificateur amino terminal de l’ARN messager divisé (AES) et une seconde séquence de l’ARN ribosomique 12S codé mitochondrial ;(iii) the 3’-UTR sequence comprises a first sequence of the amino terminal enhancer of split messenger RNA (AES) and a second sequence of mitochondrially encoded 12S ribosomal RNA;
(iv) une séquence polyA comprend au moins 100 nucléotides A ; ou(iv) a polyA sequence comprises at least 100 A nucleotides; or
(v) une combinaison de l’un quelconque des éléments (i) à (iv).(v) a combination of any of (i) to (iv).
82. L’ARN selon le mode de réalisation 80 ou 81, dans lequel la coiffe en 5’ comprenant une structure Coiffe-1, et la structure de Coiffe-1 comprend m7(3’OMeG)(5’)ppp(5’)(2’OMeA1)pG2, dans lequel A1 est la position +1 de l’ARN, et G2 est la position +2 de l’ARN.
82. The RNA according to embodiment 80 or 81, wherein the 5' cap comprises a Cap-1 structure, and the Cap-1 structure comprises m7(3'OMeG)(5')ppp(5')(2'OMeA1)pG2, wherein A1 is position +1 of the RNA, and G2 is position +2 of the RNA.
83. L’ARN selon le mode de réalisation 82, dans lequel la séquence proximale de coiffe comprend A1et G2de la structure coiffe-1, et une séquence comprenant : A3N4N5aux positions +3, +4 et +5 respectivement de l’ARN, dans lequel N4et N5sont chacun indépendamment sélectionnés parmi A, G, C et U.
83. The RNA of embodiment 82, wherein the cap-proximal sequence comprises A1 and G2 of the cap-1 structure, and a sequence comprising: A3 N4 N5 at positions +3, +4 and +5 respectively of the RNA, wherein N4 and N5 are each independently selected from A, G, C and U.
84. L’ARN selon le mode de réalisation 80 à 83, dans lequel la séquence polyA comprend une séquence interrompue de nucléotides A, éventuellement dans lequel la séquence interrompue comprend 30 nucléotides d’adénine suivis de 70 nucléotides d’adénine, dans lequel les 30 nucléotides d’adénine et les 70 nucléotides d’adénine sont séparés par une séquence de liaison.84. The RNA according to embodiment 80 to 83, wherein the polyA sequence comprises an interrupted sequence of A nucleotides, optionally wherein the interrupted sequence comprises 30 adenine nucleotides followed by 70 adenine nucleotides, wherein the 30 adenine nucleotides and the 70 adenine nucleotides are separated by a linker sequence.
85. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 73 à 84, dans lequel la séquence 5’-UTR comprend SEQ ID NO : 112 ou 113, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 112 ou 113.85. The RNA of any one of embodiments 73 to 84, wherein the 5'-UTR sequence comprises SEQ ID NO: 112 or 113, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 112 or 113.
86. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 80 à 85, dans lequel la séquence 3’-UTR comprend SEQ ID NO : 118 ou 647, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 118, 647 ou 648.86. The RNA of any one of embodiments 80 to 85, wherein the 3'-UTR sequence comprises SEQ ID NO: 118 or 647, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 118, 647 or 648.
87. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 80 à 86, dans lequel la séquence de queue PolyA interrompue comprend SEQ ID NO : 114, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 114.87. The RNA of any one of embodiments 80 to 86, wherein the interrupted PolyA tail sequence comprises SEQ ID NO: 114, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 114.
88. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 80 à 87, dans lequel la séquence à l’extrémité 5’ de la séquence 3’UTR (par exemple, la séquence immédiatement adjacente à une séquence codant pour un polypeptide antigénique) est CUCGAG ou GGAUCCGAU.88. The RNA of any one of embodiments 80-87, wherein the sequence at the 5' end of the 3'UTR sequence (e.g., the sequence immediately adjacent to a sequence encoding an antigenic polypeptide) is CUCGAG or GGAUCCGAU.
89. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel l’ARN est un ARNoa, un ARN auto-amplificateur, un ARN trans-amplificateur (ARNta) ou un ARNm.89. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the RNA is a RNAoA, a self-amplifying RNA, a trans-amplifying RNA (tRNA), or an mRNA.
90. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel l’ARN est un ARN non modifié ou dans lequel l’ARN comprend une ou plusieurs uridines modifiées à la place d’une ou de plusieurs uridines.90. The RNA of any one of the preceding embodiments, wherein the RNA is unmodified RNA or wherein the RNA comprises one or more modified uridines in place of one or more uridines.
91. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel l’ARN comprend une seule uridine modifiée à la place de chaque uridine.91. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the RNA comprises a single modified uridine in place of each uridine.
92. L’ARN selon le mode de réalisation 90 ou 91, dans lequel l’uridine modifiée est la N1-méthyl-pseudouridine.92. The RNA according to embodiment 90 or 91, wherein the modified uridine is N1-methyl-pseudouridine.
93. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la séquence nucléotidique codant pour une protéine S du SARS-CoV-2 est codée par une séquence optimisée par codons (par exemple, optimisée par codons pour l’expression dans des cellules humaines) et/ou qui a une teneur en G/C qui est augmentée par rapport à une séquence codante de type sauvage.93. The RNA of any one of the preceding embodiments, wherein the nucleotide sequence encoding a SARS-CoV-2 S protein is encoded by a codon-optimized sequence (e.g., codon-optimized for expression in human cells) and/or has a G/C content that is increased relative to a wild-type coding sequence.
94. Une composition comprenant un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 93.94. A composition comprising an RNA according to any one of embodiments 1 to 93.
95. La composition selon le mode de réalisation 94, dans laquelle l’ARN est formulé dans une nanoparticule.95. The composition according to embodiment 94, wherein the RNA is formulated into a nanoparticle.
96. La composition selon le mode de réalisation 85, dans laquelle la nanoparticule est une nanoparticule lipidique, un polyplexe (PLX), un polyplexe lipidé (LPLX), un liposome ou une nanoparticule de polysaccharide.96. The composition according to embodiment 85, wherein the nanoparticle is a lipid nanoparticle, a polyplex (PLX), a lipidated polyplex (LPLX), a liposome or a polysaccharide nanoparticle.
97. La composition selon le mode de réalisation 96, dans laquelle la nanoparticule est une nanoparticule lipidique.97. The composition according to embodiment 96, wherein the nanoparticle is a lipid nanoparticle.
98. La composition selon le mode de réalisation 97, dans laquelle la nanoparticule lipidique comprend un lipide ionisable cationiquement, un stérol, un lipide neutre et un lipide conjugué à un polymère.98. The composition according to embodiment 97, wherein the lipid nanoparticle comprises a cationically ionizable lipid, a sterol, a neutral lipid and a polymer-conjugated lipid.
99. La composition selon le mode de réalisation 98, dans laquelle le lipide conjugué à un polymère comprend un lipide conjugué à un PEG.99. The composition according to embodiment 98, wherein the polymer-conjugated lipid comprises a PEG-conjugated lipid.
100. La composition selon le mode de réalisation 94 à 99, dans laquelle l’ARN est encapsulé dans une nanoparticule lipidique (LNP), de préférence dans laquelle la LNP comprend des rapports molaires de 20 à 60 % de lipide cationique ionisable, de 5 à 25 % de lipide neutre, de 25 à 55 % de stérol et de 0,5 à 15 % de lipide modifié par PEG.100. The composition according to embodiment 94 to 99, wherein the RNA is encapsulated in a lipid nanoparticle (LNP), preferably wherein the LNP comprises molar ratios of 20 to 60% ionizable cationic lipid, 5 to 25% neutral lipid, 25 to 55% sterol and 0.5 to 15% PEG-modified lipid.
101. La composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 95 à 100, dans laquelle les nanoparticules ont un diamètre moyen d’environ 50 à 150 nm.101. The composition according to any one of embodiments 95 to 100, wherein the nanoparticles have an average diameter of about 50 to 150 nm.
102. La composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 94 à 104, comprenant un cryoprotecteur, éventuellement dans laquelle le cryoprotecteur est ou comprend du saccharose.
102. The composition according to any one of embodiments 94 to 104, comprising a cryoprotectant, optionally wherein the cryoprotectant is or comprises sucrose.
103. La composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 94 à 102, comprenant une solution tamponnée aqueuse, dans laquelle la solution tamponnée aqueuse comprend éventuellement un ou plusieurs éléments parmi la base Tris, Tris HCl, NaCl, KCl, Na2HPO4et KH2PO4.
103. The composition according to any one of embodiments 94 to 102, comprising an aqueous buffered solution, wherein the aqueous buffered solution optionally comprises one or more of Tris base, Tris HCl, NaCl, KCl, Na2 HPO4 and KH2 PO4 .
104. La composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 94 à 103, comprenant environ 10 mM de tampon Tris et environ 10 % de saccharose.104. The composition according to any one of embodiments 94 to 103, comprising about 10 mM Tris buffer and about 10% sucrose.
105. Une composition pharmaceutique comprenant (i) un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 93 ou une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 94 à 104 et (ii) un excipient pharmaceutiquement acceptable.105. A pharmaceutical composition comprising (i) an RNA according to any one of embodiments 1 to 93 or a composition according to any one of embodiments 94 to 104 and (ii) a pharmaceutically acceptable excipient.
106. La composition pharmaceutique selon le mode de réalisation 105, dans laquelle la composition pharmaceutique est formulée sous la forme d’une formulation multidose dans un flacon, d’une formulation unidose dans un flacon ou d’une seringue préremplie.106. The pharmaceutical composition according to embodiment 105, wherein the pharmaceutical composition is formulated as a multi-dose formulation in a vial, a unit-dose formulation in a vial, or a pre-filled syringe.
107. La composition pharmaceutique selon les modes de réalisation 105 ou 106, formulée pour fournir une dose d’environ 100 µg ou moins (par exemple, environ 90 µg ou moins) d’ARN total.107. The pharmaceutical composition according to embodiments 105 or 106, formulated to provide a dose of about 100 µg or less (e.g., about 90 µg or less) of total RNA.
108. La composition pharmaceutique selon le mode de réalisation 107, formulée pour fournir une dose d’environ 90 µg, environ 60 µg, environ 30 µg, environ 25 µg, environ 20 µg, environ 10 µg, environ 6 µg, environ 5 µg ou environ 3 µg d’ARN total.108. The pharmaceutical composition according to embodiment 107, formulated to provide a dose of about 90 µg, about 60 µg, about 30 µg, about 25 µg, about 20 µg, about 10 µg, about 6 µg, about 5 µg or about 3 µg of total RNA.
109. Un procédé comprenant l’administration d’un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 94, d’une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 95 à 104, ou d’une composition pharmaceutique selon l’un quelconque des modes de réalisation 105 à 108 à un sujet.109. A method comprising administering an RNA according to any one of embodiments 1-94, a composition according to any one of embodiments 95-104, or a pharmaceutical composition according to any one of embodiments 105-108 to a subject.
110. Le procédé selon le mode de réalisation 109, dans lequel :110. The method according to embodiment 109, wherein:
(i) le sujet est âgé de 12 ans ou plus, et le procédé comprend l’administration de 30 µg d’ARN,(i) the subject is 12 years of age or older, and the method comprises administering 30 µg of RNA,
(ii) le sujet est âgé de 5 ans à moins de 12 ans, et le procédé comprend l’administration de 10 µg d’ARN, ou(ii) the subject is aged between 5 and less than 12 years, and the method comprises administering 10 µg of RNA, or
(iii) le sujet est âgé de 6 mois à moins de 5 ans, et le procédé comprend l’administration de 3 µg d’ARN.(iii) the subject is aged 6 months to less than 5 years, and the method comprises administering 3 µg of RNA.
111. La procédé selon le mode de réalisation 109 ou 110, dans lequel la composition est administrée dans un volume d’environ 200 µl à environ 300 µl.111. The method of embodiment 109 or 110, wherein the composition is administered in a volume of about 200 µl to about 300 µl.
112. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 111, dans lequel le sujet n’a pas reçu auparavant de vaccin contre le SARS-CoV-2 et/ou dans lequel il n’a pas été précédemment déterminé que le sujet a été infecté par le SARS-CoV-2 (par exemple, comme déterminé à l’aide d’un test PCR ou antigénique).112. The method of any one of embodiments 109-111, wherein the subject has not previously received a SARS-CoV-2 vaccine and/or wherein the subject has not previously been determined to have been infected with SARS-CoV-2 (e.g., as determined using a PCR or antigen test).
113. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 112, dans lequel le procédé comprend l’administration d’une dose unique de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique au sujet.113. The method of any one of embodiments 109 to 112, wherein the method comprises administering a single dose of the RNA, composition, or pharmaceutical composition to the subject.
114. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 113, dans lequel le procédé comprend l’administration de deux doses ou plus de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique au sujet, dans lequel éventuellement les deux doses sont administrées à environ 21 jours d’intervalle.114. The method of any one of embodiments 109 to 113, wherein the method comprises administering two or more doses of the RNA, composition, or pharmaceutical composition to the subject, wherein optionally the two doses are administered about 21 days apart.
115. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 114, dans lequel l’ARN, une composition ou une composition pharmaceutique décrite ici est administré trois fois à un sujet, dans lequel éventuellement la première et la deuxième dose sont administrées à environ 21 jours d’intervalle, et la troisième dose est administrée environ 28 jours après la deuxième dose.115. The method of any one of embodiments 109-114, wherein the RNA, composition, or pharmaceutical composition described herein is administered three times to a subject, wherein optionally the first and second doses are administered about 21 days apart, and the third dose is administered about 28 days after the second dose.
116. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 113 à 115, comprenant l’administration d’une dose supplémentaire de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique, au moins environ 2 mois après la première dose de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique (par exemple, 2 à 12 mois, 2 à 10 mois, 2 à 8 mois, environ 2 mois, environ 3 mois, environ 4 mois, environ 5 mois ou environ 6 mois).116. The method of any one of embodiments 113-115, comprising administering an additional dose of the RNA, composition, or pharmaceutical composition at least about 2 months after the first dose of the RNA, composition, or pharmaceutical composition (e.g., 2-12 months, 2-10 months, 2-8 months, about 2 months, about 3 months, about 4 months, about 5 months, or about 6 months).
117. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 113 à 116, dans lequel le sujet a été préalablement exposé à un antigène du SARS-CoV-2 (par exemple, par vaccination et/ou par infection).117. The method according to any one of embodiments 113 to 116, wherein the subject has been previously exposed to a SARS-CoV-2 antigen (e.g., by vaccination and/or by infection).
118. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 117, dans lequel le sujet a reçu au préalable une ou plusieurs doses d’un vaccin contre le SARS-CoV-2.118. The method according to any one of embodiments 109 to 117, wherein the subject has previously received one or more doses of a SARS-CoV-2 vaccine.
119. Le procédé selon le mode de réalisation 118, dans lequel le sujet a reçu au préalable un schéma posologique complet d’un vaccin contre le SARS-CoV-2.119. The method according to embodiment 118, wherein the subject has previously received a complete dosage regimen of a SARS-CoV-2 vaccine.
120. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 119, dans lequel le sujet a reçu au préalable une première dose et une seconde dose d’un vaccin qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 complète (par exemple, une composition comprenant de l’ARN formulé par LNP codant pour une protéine S du SARS-CoV-2), dans lequel la première dose et la seconde dose ont été administrées à environ 21 jours d’intervalle, et dans lequel éventuellement le sujet a reçu au préalable comme dose de rappel un vaccin monovalent ou bivalent qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 d’un ou de plusieurs variants (par exemple, (i) une protéine S d’une souche de Wuhan et une protéine S d’une souche Omicron BA.4/5, (ii) une protéine S d’un variant XBB.1.5, (iii) une protéine S d’un variant KP.2, et/ou (iv) une protéine S d’un variant JN.1).120. The method of any one of embodiments 109 to 119, wherein the subject has previously received a first dose and a second dose of a vaccine that delivers a full-length SARS-CoV-2 S protein (e.g., a composition comprising LNP-formulated RNA encoding a SARS-CoV-2 S protein), wherein the first dose and the second dose were administered about 21 days apart, and wherein optionally the subject has previously received as a booster dose a monovalent or bivalent vaccine that delivers a SARS-CoV-2 S protein of one or more variants (e.g., (i) an S protein of a Wuhan strain and an S protein of an Omicron BA.4/5 strain, (ii) an S protein of an XBB.1.5 variant, (iii) an S protein of a KP.2 variant, and/or (iv) an S protein of a JN.1 variant).
121. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 120, comprenant également l’administration d’un ou plusieurs vaccins contre une maladie non liée au SARS-CoV-2, dans lequel l’un ou les plusieurs vaccins comprennent éventuellement un vaccin contre le VRS, un vaccin contre la grippe ou une combinaison de ceux-ci.121. The method of any one of embodiments 109 to 120, further comprising administering one or more vaccines against a disease unrelated to SARS-CoV-2, wherein the one or more vaccines optionally comprise an RSV vaccine, an influenza vaccine, or a combination thereof.
122. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 121, dans lequel le procédé entraîne l’induction d’une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2 chez le sujet.122. The method according to any one of embodiments 109 to 121, wherein the method results in the induction of an immune response against SARS-CoV-2 in the subject.
123. Le procédé selon le mode de réalisation 122, dans lequel la réponse immunitaire comprend une réponse des cellules B.123. The method of embodiment 122, wherein the immune response comprises a B cell response.
124. Le procédé ou mode de réalisation 123, dans lequel la réponse des cellules B comprend la production d’anticorps dirigés contre un ou plusieurs virus SARS-CoV-2.124. Method or embodiment 123, wherein the B cell response comprises the production of antibodies directed against one or more SARS-CoV-2 viruses.
125. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 122 à 124, dans lequel la réponse immunitaire comprend une réponse des cellules T, éventuellement dans lequel la réponse des cellules T comprend une réponse des cellules T CD4+ et/ou une réponse des cellules T CD8+.125. The method of any one of embodiments 122 to 124, wherein the immune response comprises a T cell response, optionally wherein the T cell response comprises a CD4+ T cell response and/or a CD8+ T cell response.
126. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 125, dans lequel le procédé est un procédé de prévention ou de réduction des risques d’être infecté par un virus SARS-CoV-2 et/ou de traitement d’une infection par le SARS-CoV-2.126. The method according to any one of embodiments 109 to 125, wherein the method is a method of preventing or reducing the risks of being infected with a SARS-CoV-2 virus and/or of treating a SARS-CoV-2 infection.
127. Un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 93, une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 94 à 104, ou une composition pharmaceutique selon l’un quelconque des modes de réalisation 95 à 108, pour une utilisation pour induire une réponse immunitaire chez un sujet.127. An RNA according to any one of embodiments 1 to 93, a composition according to any one of embodiments 94 to 104, or a pharmaceutical composition according to any one of embodiments 95 to 108, for use in inducing an immune response in a subject.
128. L’ARN, composition ou composition pharmaceutique selon le mode de réalisation 127, dans lequel l’utilisation comprend la mise en œuvre conformément au procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 126.128. The RNA, composition or pharmaceutical composition according to embodiment 127, wherein the use comprises carrying out according to the method according to any one of embodiments 109 to 126.
129. Utilisation d’un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 93, d’une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 94 à 104, ou d’une composition pharmaceutique selon l’un quelconque des modes de réalisation 95 à 108, destiné à la préparation d’un médicament pour induire une réponse immunitaire chez un sujet.129. Use of an RNA according to any one of embodiments 1 to 93, a composition according to any one of embodiments 94 to 104, or a pharmaceutical composition according to any one of embodiments 95 to 108, for the preparation of a medicament for inducing an immune response in a subject.
130. L’utilisation selon le mode de réalisation 129, dans laquelle le médicament est formulé pour être administré au sujet conformément au procédé de l’un quelconque des modes de réalisation 109 à 126.130. The use according to embodiment 129, wherein the medicament is formulated to be administered to the subject in accordance with the method of any one of embodiments 109 to 126.
131. L’utilisation selon le mode de réalisation 130, dans laquelle le procédé est un procédé d’induction d’une réponse immunitaire à un coronavirus chez un sujet, et dans laquelle le procédé comprend l’administration de l’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation131. The use according to embodiment 130, wherein the method is a method of inducing an immune response to a coronavirus in a subject, and wherein the method comprises administering the RNA according to any one of the embodiments
132. Un procédé selon la fabrication d’un ARN, comprenant la transcription in vitro de l’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 1 à 94.132. A method of manufacturing an RNA, comprising in vitro transcription of the RNA according to any one of embodiments 1 to 94.
133. Un ARN comprenant une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide comprenant :133. An RNA comprising a nucleotide sequence coding for a polypeptide comprising:
(i) un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine S du SARS-CoV-2 ou d’un variant de celui-ci ;(i) a truncated S1 subdomain of an S protein of SARS-CoV-2 or a variant thereof;
(ii) un peptide signal sécrétoire hétérologue ; et(ii) a heterologous secretory signal peptide; and
(iii) un domaine transmembranaire homologue,(iii) a homologous transmembrane domain,
dans lequel l’orientation N-terminale vers C-terminale du sous-domaine S1 tronqué ou d'un variant de celui-ci, du peptide signal sécrétoire hétérologue et du domaine transmembranaire homologue est (peptide signal sécrétoire)-(sous-domaine S1 tronqué)-(domaine transmembranaire).wherein the N-terminal to C-terminal orientation of the truncated S1 subdomain or a variant thereof, the heterologous secretory signal peptide and the homologous transmembrane domain is (secretory signal peptide)-(truncated S1 subdomain)-(transmembrane domain).
134. L’ARN selon le mode de réalisation 133, dans lequel le sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci comprend les acides aminés 20 à 528 de SEQ ID NO : 1 (par exemple, les acides aminés 14 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 17 à 528 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 14 à 541 de SEQ ID NO : 1, les acides aminés 17 à 541 de SEQ ID NO : 1, ou les acides aminés 20 à 541 de SEQ ID NO : 1), ou une région correspondante de ceux-ci d’une protéine S d’un variant du SARS-CoV-2.134. The RNA of embodiment 133, wherein the truncated S1 subdomain or a variant thereof comprises amino acids 20-528 of SEQ ID NO: 1 (e.g., amino acids 14-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 17-528 of SEQ ID NO: 1, amino acids 14-541 of SEQ ID NO: 1, amino acids 17-541 of SEQ ID NO: 1, or amino acids 20-541 of SEQ ID NO: 1), or a corresponding region thereof of an S protein of a SARS-CoV-2 variant.
135. L’ARN selon le mode de réalisation 133 ou 134, dans lequel le peptide signal sécrétoire comprend :135. The RNA according to embodiment 133 or 134, wherein the secretory signal peptide comprises:
(i) une séquence d’acides aminés de MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO : 22) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO : 22) ;(i) an amino acid sequence of MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO: 22) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MCRGLSAVLILLVSLSAQLHVVVG (SEQ ID NO: 22);
(ii) une séquence d’acides aminés de MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO : 391) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO : 391) ;(ii) an amino acid sequence of MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO: 391) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MFLLLRFVLVSCIIGSLG (SEQ ID NO: 391);
(iii) une séquence d’acides aminés de MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO : 12) ;(iii) an amino acid sequence of MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MGGAAARLGAVILFVVIVGLHGVRG (SEQ ID NO: 12);
(iv) une séquence d’acides aminés de MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO : 38) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO : 38).(iv) an amino acid sequence of MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO: 38) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MHQGAPSWGRRWFVVWALLGLTLGVLVASAAP (SEQ ID NO: 38).
(v) une séquence d’acides aminés de MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO : 366) ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO : 366).(v) an amino acid sequence of MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO: 366) or an amino acid sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to MARGAGLVFFVGVWVVSCLA (SEQ ID NO: 366).
136. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 135, dans lequel le domaine transmembranaire comprend :136. The RNA according to any one of embodiments 133 to 135, wherein the transmembrane domain comprises:
(i) une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 90 ; ou(i) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 90 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCC), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 90; or
(ii) une séquence d’acides aminés de SEQ ID NO : 89 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT), ou une séquence d’acides aminés qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 % ou 95 % identique à SEQ ID NO : 89.(ii) an amino acid sequence of SEQ ID NO: 89 (EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT), or an amino acid sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90% or 95% identical to SEQ ID NO: 89.
137. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 136, dans lequel le polypeptide ne comprend pas un domaine de multimérisation soluble (par exemple, un domaine de trimérisation, par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4).137. The RNA of any one of embodiments 133-136, wherein the polypeptide does not comprise a soluble multimerization domain (e.g., a trimerization domain, e.g., a fibritin T4 trimerization domain).
138. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 137, dans lequel le sous-domaine S1 tronqué ou un variant de celui-ci et le domaine transmembranaire sont reliés l’un à l’autre par un lieur flexible, le lieur flexible comprenant environ 10 à environ 20 acides aminés (par exemple, environ 15 acides aminés).
138. The RNA of any one of embodiments 133-137, wherein the truncated S1 subdomain or a variant thereof and the transmembrane domain are joined to each other by a flexible linker, the flexible linker comprising about 10 to about 20 amino acids (e.g., about 15 amino acids).
139. L’ARN selon le mode de réalisation 138, dans lequel le lieur flexible comprend une séquence (G4S)2, (G4S)3ou (G4S)4.
139. The RNA according to embodiment 138, wherein the flexible linker comprises a (G4S)2 , (G4S)3 or (G4S)4 sequence.
140. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 139, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 236 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 236 ; (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 238 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 238 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 235, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 235.140. The RNA of any one of embodiments 133 to 139, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 236 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 236; (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 238 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 238; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 235, or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 235.
141. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 139, dans lequel l’ARN comprend (i) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 328 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 328 (ii) la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 330 ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 330 ; et/ou (iii) comprend une séquence nucléotidique qui code pour un polypeptide comprenant SEQ ID NO : 327 ; ou une séquence qui est au moins à 70 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, ou 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 327.141. The RNA of any one of embodiments 133 to 139, wherein the RNA comprises (i) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 328 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 328 (ii) the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 330 or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 330; and/or (iii) comprises a nucleotide sequence that encodes a polypeptide comprising SEQ ID NO: 327; or a sequence that is at least 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% or more identical to SEQ ID NO: 327.
142. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 141, dans lequel le fragment d’une protéine S comprend une ou plusieurs mutations d’un variant du SARS-CoV-2 (par exemple, une ou plusieurs mutations dans la protéine S d’un variant décrit ici, par exemple, une ou plusieurs mutations associées à un variant répertorié dans le tableau 1, y compris le variant JN.1, KP.2 ou XEC, ou un descendant de celui-ci.142. The RNA of any one of embodiments 133 to 141, wherein the fragment of an S protein comprises one or more mutations of a SARS-CoV-2 variant (e.g., one or more mutations in the S protein of a variant described herein, e.g., one or more mutations associated with a variant listed in Table 1, including the JN.1, KP.2, or XEC variant, or a descendant thereof.
143. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 142, dans lequel le polypeptide comprend également un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine du SARS-CoV-2 qui n’est pas une protéine S.143. The RNA of any one of embodiments 133 to 142, wherein the polypeptide also comprises one or more T cell epitopes from a SARS-CoV-2 protein that is not an S protein.
144. ARN selon le mode de réalisation 143, dans lequel le polypeptide comprend un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine de nucléocapside (N) du SARS-CoV-2, d’une protéine NS9b, d’une protéine membranaire (M), d’une protéine ORF1ab, d’une protéine ORF3a, d’une protéine ORF9b ou d’une NSP1-4, ou de toute combinaison de celles-ci.144. RNA according to embodiment 143, wherein the polypeptide comprises one or more T cell epitopes from a SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein, an NS9b protein, a membrane (M) protein, an ORF1ab protein, an ORF3a protein, an ORF9b protein or an NSP1-4, or any combination thereof.
145. L’ARN selon le mode de réalisation 143 ou 144, dans lequel le polypeptide comprend :145. The RNA according to embodiment 143 or 144, wherein the polypeptide comprises:
(i) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NS9b ;(i) one or more T cell epitopes from an N protein and one or more T cell epitopes from an NS9b protein;
(ii) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ;(ii) one or more T cell epitopes from an N protein and one or more T cell epitopes from an M protein;
(iii) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ; et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NS9b ;(iii) one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an M protein; and one or more T cell epitopes from an NS9b protein;
(iv) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP3, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP1 et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N ;(iv) one or more T cell epitopes from an M protein, one or more T cell epitopes from NSP2, one or more T cell epitopes from NSP3, one or more T cell epitopes from NSP1 and one or more T cell epitopes from an N protein;
(v) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP1, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP3, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP4, et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine M ;(v) one or more T cell epitopes from an NSP2 protein, one or more T cell epitopes from an NSP1 protein, one or more T cell epitopes from an NSP3 protein, one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an NSP4 protein, and one or more T cell epitopes from an M protein;
(vi) un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine N, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP1, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP2, un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant d’une protéine NSP3, et un ou plusieurs épitopes de cellules T provenant de NSP4.(vi) one or more T cell epitopes from an N protein, one or more T cell epitopes from an NSP1 protein, one or more T cell epitopes from an NSP2 protein, one or more T cell epitopes from an NSP3 protein, and one or more T cell epitopes from NSP4.
146. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 145, dans lequel l’ARN comprend une coiffe en 5’, une séquence proximale de coiffe, une séquence 5’ UTR, une séquence 3’ UTR et une séquence polyA.146. The RNA of any one of embodiments 133-145, wherein the RNA comprises a 5' cap, a cap-proximal sequence, a 5' UTR sequence, a 3' UTR sequence, and a polyA sequence.
147. L’ARN selon le mode de réalisation 146, dans lequel :147. The RNA according to embodiment 146, wherein:
(i) la coiffe en 5’ comprend une structure de Coiffe-1 ;(i) the 5’ cap comprises a Cap-1 structure;
(ii) la séquence 5’-UTR comprend une 5’-UTR modifié de l’alpha-globine humaine ;(ii) the 5’-UTR sequence comprises a modified 5’-UTR of human alpha-globin;
(iii) la séquence 3’-UTR comprend une première séquence de l’amplificateur amino terminal de l’ARN messager divisé (AES) et une seconde séquence de l’ARN ribosomique 12S codé mitochondrial ;(iii) the 3’-UTR sequence comprises a first sequence of the amino terminal enhancer of split messenger RNA (AES) and a second sequence of mitochondrially encoded 12S ribosomal RNA;
(iv) une séquence polyA comprend au moins 100 nucléotides A ; ou(iv) a polyA sequence comprises at least 100 A nucleotides; or
(v) un ARN comprend une combinaison de l’un quelconque des éléments (i) à (iv).(v) an RNA comprises a combination of any of (i) to (iv).
148. L’ARN selon le mode de réalisation 146 ou 147, dans lequel la coiffe en 5’ comprenant une structure de Coiffe-1, et la structure de coiffe-1 comprend m7(3’OMeG)(5’)ppp(5’)(2’OMeA1)pG2, dans lequel A1 est la position +1 de l’ARN, et G2 est la position +2 de l’ARN.
148. The RNA according to embodiment 146 or 147, wherein the 5' cap comprises a Cap-1 structure, and the Cap-1 structure comprises m7(3'OMeG)(5')ppp(5')(2'OMeA1)pG2, wherein A1 is position +1 of the RNA, and G2 is position +2 of the RNA.
149. L’ARN selon le mode de réalisation 148, dans lequel la séquence proximale de coiffe comprend A1et G2de la structure de coiffe 1, et une séquence comprenant : A3N4N5aux positions +3, +4 et +5 respectivement de l’ARN, dans lequel N4et N5sont chacun indépendamment sélectionnés parmi A, G, C et U.
149. The RNA of embodiment 148, wherein the cap-proximal sequence comprises A1 and G2 of cap structure 1, and a sequence comprising: A3 N4 N5 at positions +3, +4 and +5 respectively of the RNA, wherein N4 and N5 are each independently selected from A, G, C and U.
150. L’ARN selon le mode de réalisation 146 à 149, dans lequel la séquence polyA comprend une séquence interrompue de nucléotides A, éventuellement dans lequel la séquence interrompue comprend 30 nucléotides d’adénine suivis de 70 nucléotides d’adénine, dans lequel les 30 nucléotides d’adénine et les 70 nucléotides d’adénine sont séparés par une séquence de liaison.150. The RNA of embodiment 146-149, wherein the polyA sequence comprises an interrupted sequence of A nucleotides, optionally wherein the interrupted sequence comprises 30 adenine nucleotides followed by 70 adenine nucleotides, wherein the 30 adenine nucleotides and the 70 adenine nucleotides are separated by a linker sequence.
151. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 146 à 150, dans lequel la séquence 5’-UTR comprend SEQ ID NO : 112 ou 113, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 112 ou 113.151. The RNA of any one of embodiments 146 to 150, wherein the 5'-UTR sequence comprises SEQ ID NO: 112 or 113, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 112 or 113.
152. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 146 à 151, dans lequel la séquence 3’-UTR comprend SEQ ID NO : 119, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 119.152. The RNA of any one of embodiments 146 to 151, wherein the 3'-UTR sequence comprises SEQ ID NO: 119, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 119.
153. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 146 à 152, dans lequel la séquence de queue PolyA interrompue comprend SEQ ID NO : 114, ou une séquence qui est au moins à 70 %, 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou plus identique à SEQ ID NO : 114.153. The RNA of any one of embodiments 146 to 152, wherein the interrupted PolyA tail sequence comprises SEQ ID NO: 114, or a sequence that is at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 96%, 97%, 98%, 99% or more identical to SEQ ID NO: 114.
154. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 146 à 153, dans lequel la séquence à l’extrémité 5’ de la séquence 3’UTR (par exemple, la séquence immédiatement adjacente à une séquence codant pour un polypeptide antigénique) est CUCGAG ou GGAUCCGAU.154. The RNA of any one of embodiments 146-153, wherein the sequence at the 5' end of the 3'UTR sequence (e.g., the sequence immediately adjacent to a sequence encoding an antigenic polypeptide) is CUCGAG or GGAUCCGAU.
155. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 154, dans lequel l’ARN est un ARNoa, un ARN transamplificateur (ARNta) ou un ARNm.155. The RNA according to any one of embodiments 133 to 154, wherein the RNA is an RNAoa, a transamplifying RNA (tRNA) or an mRNA.
156. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 155, dans lequel l’ARN est un ARN non modifié ou dans lequel l’ARN comprend une ou plusieurs uridines modifiées à la place d’une ou de plusieurs uridines.156. The RNA of any one of embodiments 133 to 155, wherein the RNA is unmodified RNA or wherein the RNA comprises one or more modified uridines in place of one or more uridines.
157. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 156, dans lequel l’ARN comprend une seule uridine modifiée à la place de chaque uridine.157. The RNA of any one of embodiments 133 to 156, wherein the RNA comprises a single modified uridine in place of each uridine.
158. L’ARN selon le mode de réalisation 156 ou 157, dans lequel l’uridine modifiée est la N1-méthyl-pseudouridine.158. The RNA according to embodiment 156 or 157, wherein the modified uridine is N1-methyl-pseudouridine.
159. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 158, dans lequel la séquence nucléotidique codant pour une protéine S du SARS-CoV-2 est codée par une séquence optimisée par codons (par exemple, optimisée par codons pour l’expression dans des cellules humaines) et/ou qui a une teneur en G/C qui est augmentée par rapport à une séquence codante de type sauvage.159. The RNA of any one of embodiments 133 to 158, wherein the nucleotide sequence encoding a SARS-CoV-2 S protein is encoded by a codon-optimized sequence (e.g., codon-optimized for expression in human cells) and/or has a G/C content that is increased relative to a wild-type coding sequence.
160. Une composition comprenant un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 159.160. A composition comprising an RNA according to any one of embodiments 133 to 159.
161. Composition selon le mode de réalisation 160, dans laquelle l’ARN est formulé dans une nanoparticule.161. Composition according to embodiment 160, wherein the RNA is formulated into a nanoparticle.
162. La composition selon le mode de réalisation 160, dans laquelle la nanoparticule est une nanoparticule lipidique, un polyplexe (PLX), un polyplexe lipidé (LPLX), un liposome ou une nanoparticule de polysaccharide.162. The composition according to embodiment 160, wherein the nanoparticle is a lipid nanoparticle, a polyplex (PLX), a lipidated polyplex (LPLX), a liposome or a polysaccharide nanoparticle.
163. La composition selon le mode de réalisation 161 ou 162, dans laquelle l’ARN est entièrement ou partiellement encapsulé dans la nanoparticule.163. The composition according to embodiment 161 or 162, wherein the RNA is fully or partially encapsulated in the nanoparticle.
164. La composition selon le mode de réalisation 163, dans laquelle l’ARN est entièrement encapsulé dans la nanoparticule lipidique.164. The composition according to embodiment 163, wherein the RNA is fully encapsulated in the lipid nanoparticle.
165. La composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 160 à 164, comprenant un cryoprotecteur, éventuellement dans laquelle le cryoprotecteur est ou comprend du saccharose.
165. The composition according to any one of embodiments 160 to 164, comprising a cryoprotectant, optionally wherein the cryoprotectant is or comprises sucrose.
166. Composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 160 à 165, comprenant une solution tamponnée aqueuse, la solution tamponnée aqueuse comprenant éventuellement un ou plusieurs éléments parmi la base Tris, Tris HCl, NaCl, KCl, Na2HPO4et KH2PO4.
166. A composition according to any one of embodiments 160 to 165, comprising an aqueous buffered solution, the aqueous buffered solution optionally comprising one or more of Tris base, Tris HCl, NaCl, KCl, Na2 HPO4 and KH2 PO4 .
167. La composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 160 à 166, comprenant environ 10 mM de tampon Tris et environ 10 % de saccharose.167. The composition according to any one of embodiments 160 to 166, comprising about 10 mM Tris buffer and about 10% sucrose.
168. La composition pharmaceutique comprenant (i) un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 128 à 152 ou une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 153 à 160 et (ii) un excipient pharmaceutiquement acceptable.168. The pharmaceutical composition comprising (i) an RNA according to any one of embodiments 128 to 152 or a composition according to any one of embodiments 153 to 160 and (ii) a pharmaceutically acceptable excipient.
169. La composition pharmaceutique selon le mode de réalisation 167, dans laquelle la composition pharmaceutique est formulée sous la forme d’une formulation multidose dans un flacon, d’une formulation unidose dans un flacon ou d’une seringue préremplie.169. The pharmaceutical composition according to embodiment 167, wherein the pharmaceutical composition is formulated as a multi-dose formulation in a vial, a unit-dose formulation in a vial, or a pre-filled syringe.
170. La composition pharmaceutique selon les modes de réalisation 168 ou 169, formulée pour fournir une dose d’environ 100 µg ou moins (par exemple, environ 90 µg ou moins) d’ARN total.170. The pharmaceutical composition according to embodiments 168 or 169, formulated to provide a dose of about 100 µg or less (e.g., about 90 µg or less) of total RNA.
171. La composition pharmaceutique selon le mode de réalisation 170, formulée pour fournir une dose d’environ 90 µg, environ 60 µg, environ 30 µg, environ 25 µg, environ 20 µg, environ 10 µg, environ 6 µg, environ 5 µg ou environ 3 µg d’ARN total.171. The pharmaceutical composition according to embodiment 170, formulated to provide a dose of about 90 µg, about 60 µg, about 30 µg, about 25 µg, about 20 µg, about 10 µg, about 6 µg, about 5 µg or about 3 µg of total RNA.
172. Un procédé comprenant l’administration d’un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 135 à 159, d’une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 160 à 167, ou d’une composition pharmaceutique selon l’un quelconque des modes de réalisation 168 à 171 à un sujet.172. A method comprising administering an RNA according to any one of embodiments 135-159, a composition according to any one of embodiments 160-167, or a pharmaceutical composition according to any one of embodiments 168-171 to a subject.
173. Le procédé selon le mode de réalisation 172, dans lequel :173. The method according to embodiment 172, wherein:
(i) le sujet est âgé de 12 ans ou plus, et le procédé comprend l’administration de 30 µg d’ARN,(i) the subject is 12 years of age or older, and the method comprises administering 30 µg of RNA,
(ii) le sujet est âgé de 5 ans à moins de 12 ans, et le procédé comprend l’administration de 10 µg d’ARN, ou(ii) the subject is aged between 5 and less than 12 years, and the method comprises administering 10 µg of RNA, or
(iii) le sujet est âgé de 6 mois à moins de 5 ans, et le procédé comprend l’administration de 3 µg d’ARN.(iii) the subject is aged 6 months to less than 5 years, and the method comprises administering 3 µg of RNA.
174. Le procédé selon le mode de réalisation 172 ou 173, dans lequel la composition est administrée dans un volume d’environ 200 µl à environ 300 µl.174. The method according to embodiment 172 or 173, wherein the composition is administered in a volume of about 200 µl to about 300 µl.
175. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 174, dans lequel le sujet n’a pas reçu auparavant de vaccin contre le SARS-CoV-2 et/ou dans lequel il n’a pas été précédemment déterminé que le sujet a été infecté par le SARS-CoV-2 (par exemple, comme déterminé à l’aide d’un test PCR ou antigénique).175. The method of any one of embodiments 172-174, wherein the subject has not previously received a SARS-CoV-2 vaccine and/or wherein the subject has not previously been determined to have been infected with SARS-CoV-2 (e.g., as determined using a PCR or antigen test).
176. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 175, dans lequel le procédé comprend l’administration d’une dose unique de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique au sujet.176. The method of any one of embodiments 172 to 175, wherein the method comprises administering a single dose of the RNA, composition, or pharmaceutical composition to the subject.
177. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 176, dans lequel le procédé comprend l’administration de deux doses ou plus de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique au sujet, éventuellement dans lequel les deux doses sont administrées à environ 21 jours d’intervalle.177. The method of any one of embodiments 172 to 176, wherein the method comprises administering two or more doses of the RNA, composition, or pharmaceutical composition to the subject, optionally wherein the two doses are administered about 21 days apart.
178. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 177, dans lequel l’ARN, la composition ou la composition pharmaceutique est administré trois fois à un sujet, éventuellement dans lequel la première et la deuxième dose sont administrées à environ 21 jours d’intervalle, et la troisième dose est administrée environ 28 jours après la deuxième dose.178. The method of any one of embodiments 172-177, wherein the RNA, composition, or pharmaceutical composition is administered three times to a subject, optionally wherein the first and second doses are administered about 21 days apart, and the third dose is administered about 28 days after the second dose.
179. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 178, comprenant l’administration d’une dose supplémentaire de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique, au moins environ 2 mois après la première dose de l’ARN, de la composition ou de la composition pharmaceutique (par exemple, 2 à 12 mois, 2 à 10 mois, 2 à 8 mois, environ 2 mois, environ 3 mois, environ 4 mois, environ 5 mois ou environ 6 mois).179. The method of any one of embodiments 172-178, comprising administering an additional dose of the RNA, composition, or pharmaceutical composition at least about 2 months after the first dose of the RNA, composition, or pharmaceutical composition (e.g., 2-12 months, 2-10 months, 2-8 months, about 2 months, about 3 months, about 4 months, about 5 months, or about 6 months).
180. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 179, dans lequel le sujet a été préalablement exposé à un antigène du SARS-CoV-2 (par exemple, par vaccination et/ou par infection).180. The method of any one of embodiments 172 to 179, wherein the subject has been previously exposed to a SARS-CoV-2 antigen (e.g., by vaccination and/or infection).
181. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 180, dans lequel le sujet a reçu au préalable une ou plusieurs doses d’un vaccin contre le SARS-CoV-2.181. The method according to any one of embodiments 172 to 180, wherein the subject has previously received one or more doses of a SARS-CoV-2 vaccine.
182. Le procédé selon le mode de réalisation 181, dans lequel le sujet a reçu au préalable un schéma posologique complet d’un vaccin contre le SARS-CoV-2.182. The method according to embodiment 181, wherein the subject has previously received a complete dosage regimen of a SARS-CoV-2 vaccine.
183. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 et 183, dans lequel le un sujet a reçu au préalable une première dose et une seconde dose d’un vaccin qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 complète (par exemple, une composition comprenant de l’ARN formulé dans des LNP codant pour une protéine S du SARS-CoV-2), dans lequel la première dose et la seconde dose sont été administrées à environ 21 jours d’intervalle, et éventuellement dans lequel le sujet a reçu au préalable comme dose de rappel un vaccin monovalent ou bivalent qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 d’un ou de plusieurs variants (par exemple, (i) une protéine S d’une souche de Wuhan et une protéine S d’une souche Omicron BA.4/5, (ii) une protéine S d’un variant XBB.1.5, (iii) une protéine S d’un variant KP.2, et/ou (iv) une protéine S d’un variant JN.1).183. The method of any one of embodiments 172 and 183, wherein the subject has previously received a first dose and a second dose of a vaccine that delivers a full-length SARS-CoV-2 S protein (e.g., a composition comprising RNA formulated into LNPs encoding a SARS-CoV-2 S protein), wherein the first dose and the second dose were administered about 21 days apart, and optionally wherein the subject has previously received as a booster dose a monovalent or bivalent vaccine that delivers a SARS-CoV-2 S protein of one or more variants (e.g., (i) an S protein of a Wuhan strain and an S protein of an Omicron BA.4/5 strain, (ii) an S protein of an XBB.1.5 variant, (iii) an S protein of a KP.2 variant, and/or (iv) an S protein of a JN.1 variant).
184. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 183, comprenant également l’administration d’un ou de plusieurs vaccins contre une maladie non liée au SARS-CoV-2, dans lequel l’un ou les plusieurs vaccins comprennent éventuellement un vaccin contre le VRS, un vaccin contre la grippe ou une combinaison de ceux-ci.184. The method of any one of embodiments 172 to 183, further comprising administering one or more vaccines against a disease not related to SARS-CoV-2, wherein the one or more vaccines optionally comprise an RSV vaccine, an influenza vaccine, or a combination thereof.
185. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 184, dans lequel le procédé entraîne l’induction d’une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2 chez le sujet, éventuellement dans lequel la réponse immunitaire comprend la production d’anticorps dirigés contre un ou plusieurs virus SARS-CoV-2 et/ou une réponse des cellules T (par exemple, une réponse des cellules T CD4+ et/ou une réponse des cellules T CD8+).185. The method of any one of embodiments 172 to 184, wherein the method results in the induction of an immune response against SARS-CoV-2 in the subject, optionally wherein the immune response comprises the production of antibodies directed against one or more SARS-CoV-2 viruses and/or a T cell response (e.g., a CD4+ T cell response and/or a CD8+ T cell response).
186. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 185, dans lequel le procédé est un procédé de prévention d’une infection par le SARS-CoV-2, de réduction du risque d’infection par le SARS-CoV-2, de prévention ou de réduction du risque des symptômes délétères associés à l’infection par le SARS-CoV-2 (qui peuvent entraîner, par exemple, un risque réduit d’hospitalisation), d’augmentation du risque de souffrir d’une infection asymptomatique par le SARS-CoV-2, et/ou de traitement d’une infection par le SARS-CoV-2.186. The method of any one of embodiments 172 to 185, wherein the method is a method of preventing SARS-CoV-2 infection, reducing the risk of SARS-CoV-2 infection, preventing or reducing the risk of deleterious symptoms associated with SARS-CoV-2 infection (which may result in, for example, a reduced risk of hospitalization), increasing the risk of suffering asymptomatic SARS-CoV-2 infection, and/or treating SARS-CoV-2 infection.
187. Un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 159, une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 160 à 167, ou une composition pharmaceutique selon l’un quelconque des modes de réalisation 168 à 171, destiné à être utilisé pour induire une réponse immunitaire chez un sujet.187. An RNA according to any one of embodiments 133-159, a composition according to any one of embodiments 160-167, or a pharmaceutical composition according to any one of embodiments 168-171, for use in inducing an immune response in a subject.
188. L’ARN, la composition ou la composition pharmaceutique selon le mode de réalisation 187, dans lequel l’utilisation comprend la mise en œuvre conformément au procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 188.188. The RNA, composition or pharmaceutical composition according to embodiment 187, wherein the use comprises performing according to the method according to any one of embodiments 172 to 188.
189. L’utilisation d’un ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 159, d’une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation 160 à 167, ou d’une composition pharmaceutique selon l’un quelconque des modes de réalisation 168 à 171, destiné à la préparation d’un médicament pour induire une réponse immunitaire chez un sujet.189. The use of an RNA according to any one of embodiments 133 to 159, a composition according to any one of embodiments 160 to 167, or a pharmaceutical composition according to any one of embodiments 168 to 171, for the preparation of a medicament for inducing an immune response in a subject.
190. L’utilisation selon le mode de réalisation 189, dans laquelle le médicament est formulé pour être administré au sujet conformément au procédé de l’un quelconque des modes de réalisation 172 à 186.190. The use according to embodiment 189, wherein the medicament is formulated to be administered to the subject in accordance with the method of any one of embodiments 172 to 186.
191. Un procédé selon la fabrication d’un ARN, comprenant la transcription in vitro de l’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 133 à 159.191. A method of manufacturing an RNA, comprising in vitro transcription of the RNA according to any one of embodiments 133 to 159.
192. Un ARN comprenant une séquence nucléotidique qui code pour un variant de la protéine de spicule (S) du SARS-CoV-2, ou une partie immunogène de celle-ci,192. An RNA comprising a nucleotide sequence that encodes a variant of the SARS-CoV-2 spike (S) protein, or an immunogenic portion thereof,
dans lequel une réponse immunitaire des cellules B mémoires a été établie à une protéine S du SARS-CoV-2 de référence, etin which a memory B cell immune response was established to a reference SARS-CoV-2 S protein, and
dans lequel le variant de protéine S du SARS-CoV-2 ou la partie immunogène de celle-ci a une séquence d’acides aminés qui diffère de celle du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 de référence en ce qu’elle a été modifiée pour réduire l’activation de la réponse immunitaire des cellules B mémoires par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2.wherein the SARS-CoV-2 S protein variant or immunogenic portion thereof has an amino acid sequence that differs from that of the reference SARS-CoV-2 S protein variant in that it has been modified to reduce the activation of the memory B cell immune response compared to the SARS-CoV-2 S protein.
193. Un ARN comprenant une séquence nucléotidique qui code pour un variant d’une protéine de spicule (S) du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) dont la séquence d’acides aminés est modifiée de telle sorte qu’au moins un épitope de cellule B mémoire présent dans une protéine S du SARS-CoV-2 de référence a été modifié de telle sorte que la puissance d’activation des cellules B mémoire du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou de la partie immunogène de celle-ci) a été réduite par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 de référence.193. An RNA comprising a nucleotide sequence that encodes a variant of a SARS-CoV-2 spike (S) protein (or an immunogenic portion thereof) whose amino acid sequence is modified such that at least one memory B cell epitope present in a reference SARS-CoV-2 S protein has been modified such that the memory B cell activation potency of the SARS-CoV-2 S protein variant (or immunogenic portion thereof) has been reduced compared to the reference SARS-CoV-2 S protein.
194. L’ARN selon le mode de réalisation 193, dans lequel, un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) a une séquence d’acides aminés qui est au moins identique à 80 % à celle d’une protéine S du SARS-CoV-2 de référence (ou à la séquence d’acides aminés de la partie correspondante d’une protéine S du SARS-CoV-2 de référence).194. The RNA according to embodiment 193, wherein a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) has an amino acid sequence that is at least 80% identical to that of a reference SARS-CoV-2 S protein (or to the amino acid sequence of the corresponding portion of a reference SARS-CoV-2 S protein).
195. L’ARN selon le mode de réalisation 193 ou 194, dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) ne comprend pas plus de 50 % des épitopes de cellules B mémoires présents dans la protéine S du SARS-CoV-2 de référence.195. The RNA according to embodiment 193 or 194, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) comprises no more than 50% of the memory B cell epitopes present in the reference SARS-CoV-2 S protein.
196. Un ARN comprenant une séquence nucléotidique qui code pour un variant de la protéine de spicule (S) du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci), dans lequel la séquence d’acides aminés du variant de la protéine S ou de la partie immunogène de celle-ci a été modifiée par un procédé comprenant une étape d’élimination des épitopes de cellules B mémoires présents dans une protéine S du SARS-CoV-2 de référence.196. An RNA comprising a nucleotide sequence that encodes a SARS-CoV-2 spike (S) protein variant (or an immunogenic portion thereof), wherein the amino acid sequence of the S protein variant or immunogenic portion thereof has been modified by a method comprising a step of removing memory B cell epitopes present in a reference SARS-CoV-2 S protein.
197. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la protéine S variante du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend peu d’épitopes de cellules B mémoires de la protéine S du SARS-CoV-2 de référence.197. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the SARS-CoV-2 variant S protein (or an immunogenic portion thereof) comprises few memory B cell epitopes of the reference SARS-CoV-2 S protein.
198. L’ARN selon le mode de réalisation 197, dans lequel l’un ou les plusieurs épitopes de cellules B mémoires dans la protéine S du SARS-CoV-2 de référence ont été identifiés par des études de liaison d’anticorps (par exemple, des études caractérisant des anticorps produits par des sujets ayant reçu un vaccin qui délivre la protéine S du SARS-CoV-2 de référence et/ou infectés par un virus comprenant la protéine S du SARS-CoV-2 de référence).198. The RNA of embodiment 197, wherein one or more memory B cell epitopes in the reference SARS-CoV-2 S protein have been identified by antibody binding studies (e.g., studies characterizing antibodies produced by subjects receiving a vaccine that delivers the reference SARS-CoV-2 S protein and/or infected with a virus comprising the reference SARS-CoV-2 S protein).
199. L’ARN selon le mode de réalisation 197 ou 198, dans lequel l’un ou les plusieurs épitopes de cellules B mémoires comprennent ou sont constitués d’épitopes non neutralisants.199. The RNA of embodiment 197 or 198, wherein the one or more memory B cell epitopes comprise or consist of non-neutralizing epitopes.
200 L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 197 à 199, dans lequel l’un ou les plusieurs épitopes de cellules B mémoires comprennent ou sont constitués d’épitopes non neutralisants et d’épitopes neutralisants.200 The RNA of any one of embodiments 197-199, wherein the one or more memory B cell epitopes comprise or consist of non-neutralizing epitopes and neutralizing epitopes.
201. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 197 à 200, dans lequel la protéine S variante du SARS-CoV-2 comprend 10 ou moins (par exemple, 5 ou moins, 4 ou moins, 3 ou moins, 2 ou moins, un ou moins, ou aucun) épitopes de cellules B mémoires conservés.201. The RNA of any one of embodiments 197-200, wherein the SARS-CoV-2 variant S protein comprises 10 or fewer (e.g., 5 or fewer, 4 or fewer, 3 or fewer, 2 or fewer, one or fewer, or none) conserved memory B cell epitopes.
202. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou la partie immunogène de celle-ci a été modifiée de manière à être dépourvu de régions de la protéine S du SARS-CoV-2 de référence qui comprennent un nombre élevé ou une densité élevée d’épitopes de cellules B mémoires conservés.202. The RNA of any one of the preceding embodiments, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant or immunogenic portion thereof has been modified to lack regions of the reference SARS-CoV-2 S protein that comprise a high number or density of conserved memory B cell epitopes.
203. L’ARN selon le mode de réalisation 202, dans lequel les épitopes de cellules B mémoires conservés sont des épitopes non neutralisants.203. The RNA according to embodiment 202, wherein the conserved memory B cell epitopes are non-neutralizing epitopes.
204. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la protéine S variante du SARS-CoV-2 ou la partie immunogène de celle-ci a été modifiée pour être dépourvue de régions qui ne sont pas mutées fréquemment dans les variants du SARS-CoV-2 échappant au système immunitaire.204. The RNA of any preceding embodiment, wherein the SARS-CoV-2 variant S protein or immunogenic portion thereof has been modified to lack regions that are not frequently mutated in immune-evading SARS-CoV-2 variants.
205. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la partie immunogène d’un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ne comprend pas de domaine S2.205. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant does not comprise an S2 domain.
206. L’ARN selon le mode de réalisation 205, dans lequel la partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprend ou est constituée du domaine S1 ou du domaine de liaison au récepteur (RBD).206. The RNA according to embodiment 205, wherein the immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant comprises or consists of the S1 domain or the receptor binding domain (RBD).
207. L’ARN selon le mode de réalisation 206, dans lequel la partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ne comprend pas le domaine N-terminal (NTD).207. The RNA according to embodiment 206, wherein the immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant does not include the N-terminal domain (NTD).
208. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 204 à 207, dans lequel la partie immunogène d’un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprend ou est constituée du RBD.208. The RNA of any one of embodiments 204 to 207, wherein the immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant comprises or consists of the RBD.
209. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence provient d’une souche ou d’un variant qui était auparavant répandu ou qui est actuellement répandu dans une population de sujets concernée.209. The RNA of any one of the preceding embodiments, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is from a strain or variant that was previously prevalent or is currently prevalent in a relevant subject population.
210. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence a été précédemment délivrée par un vaccin.210. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein has been previously delivered by a vaccine.
211. L’ARN selon le mode de réalisation 210, dans lequel le vaccin est un vaccin approuvé commercialement, un vaccin à base de protéines, un vaccin à ARN ou toute combinaison de ceux-ci.211. The RNA of embodiment 210, wherein the vaccine is a commercially approved vaccine, a protein-based vaccine, an RNA vaccine, or any combination thereof.
212. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence est une protéine S de Wuhan.212. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is a Wuhan S protein.
213. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence est une protéine S d’Omicron BA.4/5.213. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is an Omicron BA.4/5 S protein.
214. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend une ou plusieurs mutations associées à un variant du SARS-CoV-2 qui a un potentiel d’échappement immunitaire élevé (par exemple, un variant préoccupant).
214. The RNA of any preceding embodiment, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) comprises one or more mutations associated with a SARS-CoV-2 variant that has high immune escape potential (e.g., a variant of concern).
215. L’ARN selon le mode de réalisation 114, dans lequel il a été déterminé que le variant du SARS-CoV-2 avait un potentiel d’échappement immunitaire élevé à l’aide d’un testin vitro(par exemple, un test de neutralisation virale), d’une analysein silico(par exemple, une analyse de séquence et/ou des simulations de dynamique moléculaire), et/ou sur la base de taux d’infection et/ou de taux de croissance.
215. The RNA of embodiment 114, wherein the SARS-CoV-2 variant was determined to have high immune escape potential using anin vitro assay (e.g. , a virus neutralization assay),in silico analysis (e.g., sequence analysis and/or molecular dynamics simulations), and/or based on infection rates and/or growth rates.
216. L’ARN selon le mode de réalisation 114, dans lequel le variant du SARS-CoV-2 est un variant d’Omicron.216. The RNA according to embodiment 114, wherein the SARS-CoV-2 variant is an Omicron variant.
217. L’ARN selon le mode de réalisation 116, dans lequel le variant d’Omicron est un variant XBB (par exemple, un variant XBB.1 ou XBB.1.5) ou un variant BQ.1.217. The RNA according to embodiment 116, wherein the Omicron variant is an XBB variant (e.g., an XBB.1 or XBB.1.5 variant) or a BQ.1 variant.
218. L’ARN selon le mode de réalisation 117, dans lequel la ou les mutations associées à un variant XBB.1.5 sont T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H et N969K, où les positions de la ou des mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.218. The RNA according to embodiment 117, wherein the mutation(s) associated with an XBB.1.5 variant are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, Q954H and N969K, where the positions of the mutation(s) are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
219. L’ARN selon le mode de réalisation 117, dans lequel une séquence nucléotidique code pour une protéine S du SARS-CoV-2, comprenant un RBD, et dans lequel l’une ou les plusieurs mutations associées à un variant XBB.1.5 sont G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, et Y505H, où les positions de l’une ou des plusieurs mutations sont indiquées par rapport à SEQ ID NO : 1.219. The RNA of embodiment 117, wherein a nucleotide sequence encodes a SARS-CoV-2 S protein, comprising an RBD, and wherein the one or more mutations associated with an XBB.1.5 variant are G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, and Y505H, wherein the positions of the one or more mutations are indicated relative to SEQ ID NO: 1.
220. L’ARN selon le mode de réalisation 117, dans lequel une séquence nucléotidique code pour une protéine S du SARS-CoV-2 comprenant un domaine S1, et dans lequel l’une ou les plusieurs mutations associées à un variant XBB.1.5 sont T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H,220. The RNA according to embodiment 117, wherein a nucleotide sequence encodes a SARS-CoV-2 S protein comprising an S1 domain, and wherein one or more mutations associated with an XBB.1.5 variant are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H,
221. L’ARN selon le mode de réalisation 117, dans lequel une séquence nucléotidique code pour une protéine S du SARS-CoV-2, comprenant un domaine S1, et dans lequel l’une ou les plusieurs mutations associées à un variant XBB.1.5 sont T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K,221. The RNA according to embodiment 117, wherein a nucleotide sequence encodes a S protein of SARS-CoV-2, comprising an S1 domain, and wherein one or more mutations associated with an XBB.1.5 variant are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K,
222. L’ARN selon le mode de réalisation 117, dans lequel la séquence nucléotidique code pour une protéine S du SARS-CoV-2, comprenant un domaine S1, et dans lequel l’une ou les plusieurs mutations associées à un variant XBB.1.5 sont T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y,222. The RNA according to embodiment 117, wherein the nucleotide sequence encodes a SARS-CoV-2 S protein, comprising an S1 domain, and wherein the one or more mutations associated with an XBB.1.5 variant are T19I, Δ24-26, A27S, V83A, G142D, Δ144, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y,
223. L’ARN selon l’un des modes de réalisation 117 à 119, dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2, comprenant une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 3.223. The RNA according to one of embodiments 117 to 119, wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant, comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 3.
224. L’ARN selon le mode de réalisation 117 ou 120, dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène d’un variant de protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 5.224. The RNA according to embodiment 117 or 120, wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of a SARS-CoV-2 S protein variant comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 5.
225. L’ARN selon l’un des modes de réalisation précédents, dans lequel la protéine S variante du SARS-CoV-2 comprend un signal sécrétoire.225. The RNA according to one of the preceding embodiments, wherein the SARS-CoV-2 variant S protein comprises a secretory signal.
226. L’ARN selon le mode de réalisation 225, dans lequel le signal sécrétoire est un signal sécrétoire homologue.226. The RNA of embodiment 225, wherein the secretory signal is a homologous secretory signal.
227. L’ARN du mode de réalisation 225, dans lequel le signal sécrétoire est un signal sécrétoire homologue.227. The RNA of embodiment 225, wherein the secretory signal is a homologous secretory signal.
228. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 225 à 227, dans lequel le signal sécrétoire est présent dans la partie N-terminale de la protéine S du SARS-CoV-2 ou dans la partie immunogène de celle-ci (par exemple, au niveau de l’extrémité N-terminale).228. The RNA according to any one of embodiments 225 to 227, wherein the secretory signal is present in the N-terminal portion of the SARS-CoV-2 S protein or in the immunogenic portion thereof (e.g., at the N-terminus).
229. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 226 à 228, dans lequel le signal sécrétoire est un signal sécrétoire de protéine S du SARS-CoV-2, un signal sécrétoire gD2, un signal sécrétoire gD1, un signal sécrétoire gB1, un signal sécrétoire gI2, un signal sécrétoire gE2, un signal sécrétoire Eboz ou un signal sécrétoire HLA-DR.229. The RNA according to any one of embodiments 226 to 228, wherein the secretory signal is a SARS-CoV-2 S protein secretory signal, a gD2 secretory signal, a gD1 secretory signal, a gB1 secretory signal, a gI2 secretory signal, a gE2 secretory signal, an Eboz secretory signal or an HLA-DR secretory signal.
230. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de la protéine S du SARS-CoV-2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 15.230. The RNA according to embodiment 229, wherein the secretory signal of the SARS-CoV-2 S protein comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 15.
231. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire du SARS-CoV-2 comprend une séquence qui est au moins à qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 9.231. The RNA according to embodiment 229, wherein the SARS-CoV-2 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 9.
232. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire du SARS-CoV-2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 16.232. The RNA according to embodiment 229, wherein the SARS-CoV-2 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 16.
233. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de gD2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 8.233. The RNA according to embodiment 229, wherein the gD2 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 8.
234. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de gD2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 13234. The RNA according to embodiment 229, wherein the gD2 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 13
235. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de gD1 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 12235. The RNA according to embodiment 229, wherein the gD1 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 12
236. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de gB1 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 37.236. The RNA according to embodiment 229, wherein the gB1 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 37.
237. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de gC2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 35.237. The RNA according to embodiment 229, wherein the gC2 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 35.
238. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de gl2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 11.238. The RNA according to embodiment 229, wherein the gl2 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 11.
239. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de gE2 comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 38.239. The RNA according to embodiment 229, wherein the gE2 secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 38.
240. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de EboZ comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 39.240. The RNA according to embodiment 229, wherein the EboZ secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 39.
241. L’ARN selon le mode de réalisation 229, dans lequel le signal sécrétoire de HLA-DR comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 40.241. The RNA according to embodiment 229, wherein the HLA-DR secretory signal comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 40.
242. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend un domaine de multimérisation.242. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) comprises a multimerization domain.
243. L’ARN selon le mode de réalisation 242, dans lequel le domaine de multimérisation se trouve dans la région C-terminale (par exemple, au niveau de l’extrémité C-terminale).243. The RNA of embodiment 242, wherein the multimerization domain is in the C-terminal region (e.g., at the C-terminus).
244. L’ARN selon le mode de réalisation 242 ou 243, dans lequel le domaine de multimérisation est un domaine de la fibritine.244. The RNA according to embodiment 242 or 243, wherein the multimerization domain is a fibritin domain.
245. L’ARN selon le mode de réalisation 244, dans lequel le domaine de la fibritine comprend une séquuence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 95.245. The RNA of embodiment 244, wherein the fibritin domain comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 95.
246. L’ARN selon le mode de réalisation 244, dans lequel le domaine de la fibritine comprend une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 96.246. The RNA according to embodiment 244, wherein the fibritin domain comprises a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 96.
247. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) comprend un domaine transmembranaire (TM).247. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) comprises a transmembrane (TM) domain.
248. L’ARN selon le mode de réalisation 247, dans lequel le domaine TM est un domaine TM homologue.248. The RNA according to embodiment 247, wherein the TM domain is a homologous TM domain.
249. L’ARN selon le mode de réalisation 247, dans lequel le domaine TM est un domaine TM hétérologue.249. The RNA according to embodiment 247, wherein the TM domain is a heterologous TM domain.
250. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 247 à 249, dans lequel le domaine TM est présent dans la partie C-terminale du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou dans la partie immunogène de celle-ci (par exemple, au niveau de l’extrémité C-terminale).250. The RNA according to any one of embodiments 247 to 249, wherein the TM domain is present in the C-terminal portion of the SARS-CoV-2 S protein variant or in the immunogenic portion thereof (e.g., at the C-terminus).
251. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 250, dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celui-ci) comprend un domaine de multimérisation et un domaine TM dans la partie C-terminal du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou dans la partie immunogène de celle-ci, dans lequel le domaine TM est C-terminal par rapport au domaine de multimérisation (par exemple, le domaine TM est à l’extrémité C-terminale du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 variant ou de la partie immunogène de celui-ci et le domaine de multimérisation est adjacent au domaine TM (par exemple, directement adjacent au domaine TM et/ou relié au domaine TM via un lieur GS)).251. The RNA according to any one of embodiments 250, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) comprises a multimerization domain and a TM domain in the C-terminal portion of the SARS-CoV-2 S protein variant or in the immunogenic portion thereof, wherein the TM domain is C-terminal to the multimerization domain (e.g., the TM domain is at the C-terminus of the SARS-CoV-2 S protein variant or the immunogenic portion thereof and the multimerization domain is adjacent to the TM domain (e.g., directly adjacent to the TM domain and/or connected to the TM domain via a GS linker)).
252. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 247 à 251, dans lequel le TM est un domaine TM de la protéine S du SARS-CoV-2 ou un domaine TM de la grippe.252. The RNA according to any one of embodiments 247 to 251, wherein the TM is a TM domain of the SARS-CoV-2 S protein or an influenza TM domain.
253. L’ARN selon le mode de réalisation 252, dans lequel le domaine TM du SARS-CoV-2 comprend une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 89253. The RNA according to embodiment 252, wherein the TM domain of SARS-CoV-2 comprises an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 89
254. L’ARN selon le mode de réalisation 252, dans lequel le domaine TM du SARS-CoV-2 comprend une séquence d’acides aminés qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 90.254. The RNA according to embodiment 252, wherein the TM domain of SARS-CoV-2 comprises an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 90.
255. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 254, dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 120.255. The RNA of any one of embodiments 192 to 254, wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant comprising a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 120.
256. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 255, dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 130.256. The RNA of any one of embodiments 192 to 255, wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant comprising a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 130.
257. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 255, dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 135.257. The RNA of any one of embodiments 192 to 255, wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant comprising a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 135.
258. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 255, dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 145.258. The RNA of any one of embodiments 192 to 255, wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant comprising a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 145.
259. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 225, dans lequel l’ARN comprend une séquence nucléotidique qui code pour une partie immunogène du variant de la protéine S du SARS-CoV-2 comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 150.259. The RNA of any one of embodiments 192 to 225, wherein the RNA comprises a nucleotide sequence that encodes an immunogenic portion of the SARS-CoV-2 S protein variant comprising a sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO: 150.
260. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation, dans lequel la séquence nucléotidique qui code pour le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celui-ci) est optimisée par codons pour l’expression chez des sujets mammifères.260. The RNA of any embodiment, wherein the nucleotide sequence that encodes the SARS-CoV-2 S protein variant (or an immunogenic portion thereof) is codon-optimized for expression in mammalian subjects.
261. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la séquence nucléotidique qui code pour un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celui-ci) est optimisée par codons pour l’expression chez des sujets humains.261. The RNA of any one of the preceding embodiments, wherein the nucleotide sequence that encodes a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) is codon-optimized for expression in human subjects.
262. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel la séquence nucléotidique codant pour un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celui-ci) a une teneur en G/C enrichie par rapport à la séquence de type sauvage.262. The RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the nucleotide sequence encoding a variant of the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) has an enriched G/C content compared to the wild-type sequence.
263. L’ARN selon le mode de réalisation 262, dans lequel la teneur en G/C est augmentée d’au moins environ 5 %, d’au moins environ 10 %, d’au moins environ 15 %, d’au moins environ 20 %, d’au moins environ 25 %, d’au moins environ 30 %, d’au moins environ 35 %, d’au moins environ 40 %, d’au moins environ 45 %, ou d’au moins environ 50 %.263. The RNA of embodiment 262, wherein the G/C content is increased by at least about 5%, at least about 10%, at least about 15%, at least about 20%, at least about 25%, at least about 30%, at least about 35%, at least about 40%, at least about 45%, or at least about 50%.
264. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, comprenant une 3’ UTR ou une 5’ UTR hétérologue.264. The RNA according to any of the preceding embodiments, comprising a heterologous 3' UTR or 5' UTR.
265. L’ARN selon le mode de réalisation 264, dans lequel la 5’ UTR hétérologue comprend ou est constituée d’une 5’-UTR d’alpha-globine humaine modifiée.265. The RNA of embodiment 264, wherein the heterologous 5' UTR comprises or consists of a modified human alpha-globin 5'-UTR.
266. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 264 ou 265, dans lequel la 3’ UTR hétérologue comprend ou est constituée d’une première séquence provenant de l’amplificateur amino terminal de l’ARN messager divisé (AES) et d’une seconde séquence provenant de l’ARN ribosomique 12S codé mitochondrial.266. The RNA of any one of embodiments 264 or 265, wherein the heterologous 3' UTR comprises or consists of a first sequence from the amino terminal enhancer of split messenger RNA (AES) and a second sequence from mitochondrially encoded 12S ribosomal RNA.
267. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, comprenant une séquence poly(A).267. The RNA according to any of the preceding embodiments, comprising a poly(A) sequence.
268. L’ARN selon le mode de réalisation 267, dans lequel la séquence poly(A) a une longueur d’environ 100 à 150 nucléotides.268. The RNA of embodiment 267, wherein the poly(A) sequence is about 100 to 150 nucleotides in length.
269. L’ARN selon le mode de réalisation 267 ou 268, dans lequel la séquence poly(A) est une séquence poly(A) rompue.269. The RNA of embodiment 267 or 268, wherein the poly(A) sequence is a disrupted poly(A) sequence.
270. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, comprenant une coiffe en 5’.270. The RNA according to any of the preceding embodiments, comprising a 5' cap.
271. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 270, comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 122 ou 124.271. The RNA according to any one of embodiments 192 to 270, comprising a sequence which is at least 80% identical to SEQ ID NO: 122 or 124.
272. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 270, comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 131 ou 133.272. The RNA according to any one of embodiments 192 to 270, comprising a sequence which is at least 80% identical to SEQ ID NO: 131 or 133.
273. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 270, comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 136 ou 138.273. The RNA according to any one of embodiments 192 to 270, comprising a sequence which is at least 80% identical to SEQ ID NO: 136 or 138.
274. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 270, comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 146 ou 148.274. The RNA according to any one of embodiments 192 to 270, comprising a sequence which is at least 80% identical to SEQ ID NO: 146 or 148.
275. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 270, comprenant une séquence qui est au moins à 80 % identique à SEQ ID NO : 151 ou 153.275. The RNA according to any one of embodiments 192 to 270, comprising a sequence which is at least 80% identical to SEQ ID NO: 151 or 153.
276. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel l’ARN est un ARN non modifié.276. The RNA of any of the preceding embodiments, wherein the RNA is unmodified RNA.
277. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 275, comprenant un ou plusieurs nucléotides modifiés.277. The RNA according to any one of embodiments 192 to 275, comprising one or more modified nucleotides.
278. L’ARN selon le mode de réalisation 277, dans lequel le nucléotide modifié est la pseudouridine (par exemple, la N1-méthyl-pseudouridine).278. The RNA of embodiment 277, wherein the modified nucleotide is pseudouridine (e.g., N1-methyl-pseudouridine).
279. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 277 ou 278, dans lequel l’ARN comprend une uridine modifiée à la place de chaque uridine.279. The RNA of any one of embodiments 277 or 278, wherein the RNA comprises a modified uridine in place of each uridine.
280. L’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation précédents, dans lequel l’ARN est un ARN auto-amplificateur ou un ARN trans-amplificateur.280. The RNA of any one of the preceding embodiments, wherein the RNA is a self-amplifying RNA or a trans-amplifying RNA.
281. Une composition comprenant l’ARN selon l'un quelconque des modes de réalisation précédents, dans laquelle l’ARN est entièrement ou partiellement encapsulé dans des nanoparticules lipidiques (LNP), des polyplexes (PLX), des polyplexes lipidés (LPLX), des particules d’oligo- ou de polysaccharide, ou des liposomes.281. A composition comprising RNA according to any of the preceding embodiments, wherein the RNA is fully or partially encapsulated in lipid nanoparticles (LNPs), polyplexes (PLXs), lipidated polyplexes (LPLXs), oligo- or polysaccharide particles, or liposomes.
282. La composition selon le mode de réalisation 281, dans laquelle l’ARN est entièrement ou partiellement encapsulé dans des LNP.282. The composition according to embodiment 281, wherein the RNA is fully or partially encapsulated in LNPs.
283. La composition selon le mode de réalisation 281, dans laquelle les LNP comprennent un lipide ionisable cationiquement, un lipide neutre, un stérol et un lipide conjugué.283. The composition according to embodiment 281, wherein the LNPs comprise a cationically ionizable lipid, a neutral lipid, a sterol and a conjugated lipid.
284. La composition selon le mode de réalisation 283, dans lequel les LNP comprennent d’environ 40 à environ 50 pour cent en moles du lipide ionisable cationiquement ; d’environ 5 à environ 15 pour cent en moles du lipide neutre ; d’environ 35 à environ 45 pour cent en moles du stérol ; et d’environ 1 à environ 10 pour cent en moles du lipide PEG.284. The composition according to embodiment 283, wherein the LNPs comprise from about 40 to about 50 mole percent of the cationically ionizable lipid; from about 5 to about 15 mole percent of the neutral lipid; from about 35 to about 45 mole percent of the sterol; and from about 1 to about 10 mole percent of the PEG lipid.
285. Un procédé d’induction d’une réponse immunitaire, comprenant l’administration de l’ARN selon l’un quelconque des modes de réalisation 192 à 280, ou selon la composition de l’un quelconque des modes de réalisation 281 à 284 à un sujet.285. A method of inducing an immune response, comprising administering the RNA of any one of embodiments 192-280, or the composition of any one of embodiments 281-284 to a subject.
286. Un procédé d’induction d’une réponse immunitaire chez un sujet qui a été précédemment exposé à une protéine S du SARS-CoV-2 de référence, le procédé comprenant :286. A method of inducing an immune response in a subject who has been previously exposed to a reference SARS-CoV-2 S protein, the method comprising:
l’administration au sujet d’un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou d’une partie immunogène de celui-ci,administration to a subject of a variant of the SARS-CoV-2 S protein or an immunogenic part thereof,
dans lequel une réponse immunitaire des cellules B mémoires a été établie à une protéine S du SARS-CoV-2 de référence, etin which a memory B cell immune response was established to a reference SARS-CoV-2 S protein, and
dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou la partie immunogène de celui-ci a une séquence d’acides aminés qui diffère de celle de la protéine S du SARS-CoV-2 de référence en ce qu’elle a été modifiée pour réduire l’activation de la réponse immunitaire des cellules B mémoires.wherein the SARS-CoV-2 S protein variant or immunogenic portion thereof has an amino acid sequence that differs from that of the reference SARS-CoV-2 S protein in that it has been modified to reduce the activation of the memory B cell immune response.
287. Le procédé selon le mode de réalisation 286, dans lequel le sujet a précédemment reçu une ou plusieurs doses d’un ou de plusieurs vaccins délivrant la protéine S du SARS-CoV-2 de référence.287. The method according to embodiment 286, wherein the subject has previously received one or more doses of one or more vaccines delivering the reference SARS-CoV-2 S protein.
288. Le procédé selon le mode de réalisation 286 ou 287, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence est une protéine S du SARS-CoV-2 de Wuhan.288. The method according to embodiment 286 or 287, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is a Wuhan SARS-CoV-2 S protein.
289. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 285 à 288, dans lequel la réponse immunitaire comprend une réponse immunitaire des cellules B naïves.289. The method of any one of embodiments 285 to 288, wherein the immune response comprises a naive B cell immune response.
290. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 295 à 289, dans lequel la réponse immunitaire comprend une réponse immunitaire réduite des cellules B mémoire ou la réponse immunitaire ne comprend pas de réponse immunitaire des cellules B mémoires.290. The method of any one of embodiments 295-289, wherein the immune response comprises a reduced memory B cell immune response or the immune response does not comprise a memory B cell immune response.
291. Un procédé de préparation d’une composition immunogène comprenant :291. A process for preparing an immunogenic composition comprising:
(a) la fourniture d’une protéine S du SARS-CoV-2 de référence, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence provient d’une souche ou d’un variant (par exemple, une souche ou un variant qui a déjà été répandu et/ou qui a déjà été administré sous forme de vaccin) du SARS-CoV-2,(a) the provision of a reference SARS-CoV-2 S protein, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is derived from a strain or variant (e.g., a strain or variant that has already been released and/or that has already been administered as a vaccine) of SARS-CoV-2,
(b) la détermination d’une protéine S du SARS-CoV-2 variant ou d’une partie immunogène de celui-ci de la protéine S du SARS-CoV-2 de référence qui comprend un nombre réduit d’épitopes de cellules B mémoires par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 de référence ; et(b) determining a variant SARS-CoV-2 S protein or an immunogenic portion thereof of the reference SARS-CoV-2 S protein that comprises a reduced number of memory B cell epitopes compared to the reference SARS-CoV-2 S protein; and
(c) la production d’une composition immunogène qui délivre le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou d’une partie immunogène de celle-ci.(c) producing an immunogenic composition that delivers the SARS-CoV-2 S protein variant or an immunogenic portion thereof.
292. Le procédé selon le mode de réalisation 291, dans lequel le variant de la protéine S du SARS-CoV-2 ou une partie immunogène de celui-ci comprend une séquence qui correspond à une partie immunogène de la protéine S du SARS-CoV-2 de référence.292. The method according to embodiment 291, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant or an immunogenic portion thereof comprises a sequence that corresponds to an immunogenic portion of the reference SARS-CoV-2 S protein.
293. Le procédé selon le mode de réalisation 291 ou 292, dans lequel la variante de la protéine S du SARS-CoV-2 variant comprend une ou plusieurs mutations au niveau d’un ou de plusieurs épitopes de cellules B de l’antigène de référence.
293. The method according to embodiment 291 or 292, wherein the SARS-CoV-2 S protein variant comprises one or more mutations at one or more B cell epitopes of the reference antigen.
294.Le procédé d’évaluation, de prédiction ou de caractérisation de la capacité d’une composition immunogène qui délivre une protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) à induire l’activation de cellules B mémoires chez un sujet ou une population de sujets, le procédé comprenant la détermination du nombre d’épitopes de cellules B mémoires présents dans la protéine S du SARS-CoV-2 (ou une partie immunogène de celle-ci) par rapport à un antigène de référence.
294. The method of evaluating, predicting or characterizing the ability of an immunogenic composition that delivers a SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) to induce the activation of memory B cells in a subject or population of subjects, the method comprising determining the number of memory B cell epitopes present in the SARS-CoV-2 S protein (or an immunogenic portion thereof) relative to a reference antigen.
295. Le procédé selon le mode de réalisation 294, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence provient d’une souche ou d’un variant à laquelle le sujet a été exposé et/ou à laquelle une grande partie de la population a été exposée.295. The method according to embodiment 294, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is from a strain or variant to which the subject has been exposed and/or to which a large portion of the population has been exposed.
296. Un procédé de production d’un vaccin personnalisé contre le SARS-CoV-2 pour un sujet, le procédé comprenant les étapes consistant à :296. A method of producing a personalized SARS-CoV-2 vaccine for a subject, the method comprising the steps of:
(a) déterminer une protéine S du SARS-CoV-2 de référence à laquelle un sujet a déjà été exposé ;(a) determine a reference SARS-CoV-2 S protein to which a subject has already been exposed;
(b) déterminer un variant de la protéine S du SARS-CoV-2 qui comprend moins d’épitopes de cellules B mémoire par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 de référence ; et(b) determining a variant of the SARS-CoV-2 S protein that includes fewer memory B cell epitopes compared to the reference SARS-CoV-2 S protein; and
(c) produire une composition immunogène qui délivre la protéine S du variant SARS-CoV-2.(c) producing an immunogenic composition that delivers the S protein of the SARS-CoV-2 variant.
297. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 294 à 297, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence provient d’une souche ou d’un variant à laquelle le sujet a été exposé pour la première fois et/ou qui était d’abord répandu dans la population de sujets.297. The method of any one of embodiments 294 to 297, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is from a strain or variant to which the subject was first exposed and/or which was first prevalent in the subject population.
298. Le procédé selon l’un quelconque des modes de réalisation 294 à 297, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence est une protéine S du SARS-CoV-2 de Wuhan ou une protéine S du SARS-CoV-2 d’Omicron BA.4/5.298. The method according to any one of embodiments 294 to 297, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is a Wuhan SARS-CoV-2 S protein or an Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S protein.
299. Le procédé selon le mode de réalisation 296, dans lequel la protéine S du SARS-CoV-2 de référence provient d’une souche ou d’un variant contre lequel un sujet a été précédemment vacciné ou est délivrée par un ou plusieurs vaccins qu’une proportion significative de la population (par exemple, au moins environ 10 %, au moins environ 15 %, au moins environ 20 %, au moins environ 25 %, au moins environ 30 %, au moins environ 35 %, au moins environ 40 %, au moins environ 45 %, au moins environ 50 %, au moins environ 55 %, ou au moins environ 60 %) a précédemment reçus.299. The method of embodiment 296, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is from a strain or variant against which a subject has been previously vaccinated or is delivered by one or more vaccines that a significant proportion of the population (e.g., at least about 10%, at least about 15%, at least about 20%, at least about 25%, at least about 30%, at least about 35%, at least about 40%, at least about 45%, at least about 50%, at least about 55%, or at least about 60%) has previously received.
300. Le procédé selon le mode de réalisation 299, dans lequel le vaccin précédemment administré au sujet ou à une proportion significative de la population était un vaccin de première génération.300. The method according to embodiment 299, wherein the vaccine previously administered to the subject or a significant proportion of the population was a first generation vaccine.
301. Le procédé selon le mode de réalisation 299, dans lequel une protéine S du SARS-CoV-2 de référence provient d’une souche ou d’un variant du SARS-CoV-2 qui était auparavant répandu ou qui est actuellement répandu dans un territoire concerné.301. The method according to embodiment 299, wherein a reference SARS-CoV-2 S protein is from a strain or variant of SARS-CoV-2 that was previously prevalent or is currently prevalent in a relevant territory.
302. Le procédé selon le mode de réalisation 299, dans lequel la protéine S du SARS-CoV- 2 de référence provient d’un variant qui est devenu répandu pour la première fois dans un territoire concerné.302. The method according to embodiment 299, wherein the reference SARS-CoV-2 S protein is from a variant that first became prevalent in a relevant territory.
Le présent exemple décrit certaines constructions d’ARN (par exemple, d’ARNm) améliorées codant pour un polypeptide de domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de spicule du coronavirus (par exemple, le SARS-CoV-2) (c’est-à-direun polypeptide qui comporte un domaine de liaison au récepteur de la protéine de spicule, ou un variant de celui-ci,par exemple, comme décrit ici).
This example describes certain improved RNA (e.g., mRNA) constructs encoding a coronavirus (e.g. , SARS-CoV-2) spike protein receptor binding domain (RBD) polypeptide (i.e., a polypeptide that comprises a spike protein receptor binding domain, or a variant thereof,e.g. , as described herein).
Optimisation par codonsCodon optimization
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN améliorée (par exemple, d’ARNm) fournie est optimisée par codons par rapport à un acide nucléique de référence codant pour le même polypeptide que celui codé par la construction d’ARN améliorée (par exemple, d’ARNm).In some embodiments, a provided improved RNA (e.g., mRNA) construct is codon-optimized relative to a reference nucleic acid encoding the same polypeptide as encoded by the improved RNA (e.g., mRNA) construct.
Des exemples de séquences optimisées par codons sont fournis dans les tableaux I à IV, sur les pages suivantes.Examples of codon-optimized sequences are provided in Tables I-IV on the following pages.
Tableau I : Séquences alternatives d’un exemple de construction d’ARN codant pour un RBD ancré à la membrane, trimérisé (SP19-XBB.1.5_RBD-GS_Linker-Fibritin_Short-GS_Linker-TM(delta19))Table I: Alternative sequences of an example RNA construct encoding a membrane-anchored, trimerized RBD (SP19-XBB.1.5_RBD-GS_Linker-Fibritin_Short-GS_Linker-TM(delta19))
SEQ ID NO
SEQ ID NO
CCCUACCAAGCUGAACGACCUGUGCUUCACCAACGUGUACGCCGACAGCUUCGUGAUCCGGGGCAAUGAGGUGUCCCAGAUUGCCCCUGGACAGACCGGCAAUAUCGCCGAUUACAACUACAAGCUGCCCGACGACUUCACCGGCUGUGUGAUUGCCUGGAACAGCAACAAGCUGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACUACAACUACCUGUACCGGCUGUUCAGAAAGAGCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCAGCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCCUGCAAUGGCGUGGCAGGCCCUAACUGUUAUAGCCCACUGCAGAGCUACGGCUUCAGACCCACAUACGGCGUUGGCCACCAGCCUUACAGAGUGGUGGUGCUGUCCUUCGAG
CUGCUGCAUGCUCCUGCCACAGUGUGUGGCCCUAAGGGCUCUCCUGGUAGCGGAUCUGGCAGCGGCUAUAUCCCUGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUCAGAAAGGAUGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACCUUUCUCGGAAGCGGCUCUGGCUCCGAGCAGUACAUUAAGUGGCCCUGGUACAUCUGGCUGGGCUUUAUCGCCGGACUGAUCGCCAUCGUGAUGGUCACAAUCAUGCUGUGCUGCAUGACCAGCUGCUGUAGCUGCCUGAAGGGCUGUUGUAGCUGUGGCAGCUGUUGCUGAUGACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUAAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGUUCGUGUUCCUGGUGCUGCUGCCUCUGGUGUCCAGCCAGUGUGUGAAUCUGAUCGUGCGGUUCCCCAACAUCACCAAUCUGUGC CCCUUCCACGAGGUGUUCAACGCCACCACAUUCGCCUCUGUGUACGCCUGGAACCGGAAGCGGAUCAGCAAUUGCGUGGCCGACUACAGCGUGAUCUACAACUUCGCCCCAUUCUUCGCCUUCAAGUGCUACGGCGUGUC
CCCUACCAAGCUGAACGACCUGUGCUUCACCAACGUGUACGCCGACAGCUUCGUGAUCCGGGGCAAUGAGGUGUCCCAGAUUGCCCCUGGACAGACCGGCAAUAUCGCCGAUUACAACUACAAGCUGCCCGACGACUUCACCGGCUGUGUGAUUGCCUGGAACAGCAACAAGCUGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACUACA ACUACCUGUACCGGCUGUUCAGAAAGAGCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCAGCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCCUGCAAUGGCGUGGCAGGCCCUAACUGUUAUAGCCCACUGCAGAGCUACGGCUUCAGACCCACAUACGGCGUUGGCCACCAGCCUUACAGAGUGGUGGUGCUGUCCUUCGAG
CCTGTGCTTCACCAACGTGTACGCCGACAGCTTCGTGATCCGGGGCAATGAGGTGTCCCAGATTGCCCCTGGACAGACCGGCAATATCGCCGATTACAACTACAAGCTGCCCGACGACTTCACCGGCTGTGTGATTGCCTGGAACAGCAACAAGCTGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACTACAACTACCTGTACCGGCTGTTCAGAAAGAGCAAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCAGCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCCTGCAATGGCGTGGCAGGCCCTAACTGTTATAGCCCACTGCAGAGCTACGGCTTCAGACCCACATACGGCGTTGGCCACCAGCCTTACAGAGTGGTGGTGCTGTCCTTCGAGCTGCTGCATGCTCCTGCCACAGTGTGTGGCCCTAAGGGCT
CTCCTGGTAGCGGATCTGGCAGCGGCTATATCCCTGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTCAGAAAGGATGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTCGGAAGCGGCTCTGGCTCCGAGCAGTACATTAAGTGGCCCTGGTACATCTGGCTGGGCTTTATCGCCGGACTGATCGCCATCGTGATGGTCACAATCATGCTGTGCTGCATGACCAGCTGCTGTAGCTGCCTGAAGGGCTGTTGTAGCTGTGGCAGCTGTTGCTGATGACTCGAGCTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACCATGTTCGTGTTCCTGGTGCTGCTGCCTCTGGTGTCCAGCCAGTGTGTGAATCTGATCGTGCGGTTCCCCAACATCACCAATCTGTGCCCCTTCCAC GAGGTGTTCAACGCCACCACATTCGCCTCTGTGTACGCCTGGAACCGGAAGCGGATCAGCAATTGCGTGGCCGACTACAGCGTGATCTACAACTTCGCCCCATTCTTCGCCTTCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGAACGA
CCTGTGCTTCACCAACGTGTACGCCGACAGCTTCGTGATCCGGGGCAATGAGGTGTCCCAGATTGCCCCTGGACAGACCGGCAATATCGCCGATTACAACTACAAGCTGCCCGACGACTTCACCGGCTGTGTGATTGCCTGGAACAGCAACAAGCTGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACTACAACTACCTGTACCGGCTGTTCAGAAAGAGC AAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCAGCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCCTGCAATGGCGTGGCAGGCCCTAACTGTTATAGCCCACTGCAGAGCTACGGCTTCAGACCCACATACGGCGTTGGCCACCAGCCTTACAGAGTGGTGGTGCTGTCCTTCGAGCTGCTGCATGCTCCTGCCACAGTGTGTGGCCCTAAGGGCT
SEQ ID NO
SEQ ID NO
CCAGCGGCAACTACAACTACCTGTACCGGCTGTTCAGAAAGAGCAAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCAGCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCCTGCAATGGCGTGGCAGGCCCTAACTGTTATAGCCCACTGCAGAGCTACGGCTTCAGACCCACATACGGCGTTGGCCACCAGCCTTACAGAGTGGTGGTGCTGTCCTTCGAGCTGCTGCATGCTCCTGCCACAGTGTGTGGCCCTAAGGGCTCTCCTGGTAGCGGATCTGGCAGCGGCTATATCCCTGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTCAGAAAGGATGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTCGGAAGCGGCTCTGGCTCCGAGCAGTACATTAAGTGGCCCTGGTACATCTGGCTGGGCTTTATCGCCGGACTGATCGCCATCGTGATGGTCACAATCATGCTGTGCTGCATGACCAGCTGCTGTAGCTGCCTGAAGGGCTGTTGTAGCTGTGGCAGCTGTTGCTGATGACTCGAGCTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACCATGTTCGTGTTTCTGGTGCTGCTGCCTCTGGTGTCCAGCCAGTGTGTGAATCTGATCGTGCGGTTCCCCAACATCACCAATCTGTGCCCCTTCCACGAGGTGTTCAACGCCACCACATTCGCCTCTGTGTACGCCTGGAACCGGAAGCGGATCAGCAATTGCGTGGCCGACTACAGCGT GATCTACAACTTCGCCCCATTCTTCGCCTTCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGAACGACCTGTGCTTCACCAACGTGTACGCCGACAGCTTCGTGATCCGGGGCAATGAGGTGTCCCAGATTGCCCCTGGACAGACCGGCAATATCGCCGATTACAACTACAAGCTGCCCGACGACTTCACCGGCTGTGTGATTGCCTGGAACAGCAACAAGCTGGACAGCAAGC
UUCCUGAAGCCCCUAGAGAUGGACAAGCUUACGUUCGGAAGGAUGGGGAAUGGGUGUUGCUGUCCACUUUCCUUGGUAGUGGCAGUGGAUCUGAGCAGUACAUCAAAUGGCCUUGGUACAUUUGGCUUGGCUUCAUCGCUGGACUGAUUGCUAUCGUGAUGGUGACCAUAAUGCUCUGUUGCAUGACCAGCUGUUGCAGUUGUCUCAAAGGAUGCUGUAGCUGUGGAAGCUGUUGCUGAUGACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAG
UCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
UUCCUGAAGCCCCUAGAGAUGGACAAGCUUACGUUCGGAAGGAUGGGGAAUGGGUGUUGCUGUCCACUUUCCUUGGUAGUGGCAGUGGAUCUGAGCAGUACAUCAAAUGGCCUUGGUACAUUUGGCUUGGCUUCAUCGCUGGACUGAUUGCU AUCGUGAUGGUGACCAUAAUGCUCUGUUGCAUGACCAGCUGUUGCAGUUGUCUCAAAGGAUGCUGUAGCUGUGGAAGCUGUUGCUGAUGACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAG
UCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUU UAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
CATAGCCGACTACAACTACAAGCTCCCAGATGACTTCACAGGATGCGTGATTGCCTGGAATAGCAACAAGCTGGATTCCAAACCATCAGGCAATTACAACTATCTGTATAGGCTCTTTCGGAAGTCCAAACTGAAGCCCTTTGAGCGAGACATCTCTACAGAGATCTATCAGGCAGGGAACAAGCCATGCAATGGTGTAGCTGGTCCCAACTGTTACAGCCCCTTGCAGTCTTACGGCTTTAGACCAACATATGGCGTAGGGCACCAACCGTATAGGGTGGTGGTCTTGAGCTTTGAACTGCTGCATGCCCCTGCTACCGTTTGTGGGCCCAAAGGGAGCCCAGGTAGTGGCTCTGGGTCTGGGTACATTCCTGAAGCCCCTAGAGATGGACAAGCTTACGTTCGGAAGGATGGGGAATGGGTGTTGCTGTCCACTTTCCTTGGTAGTGGCAGTGGATCTGAGCAGTACATCAAATGGCCTTGGTACATTTGGCTTGGCTTCATCGCTGGACTGATTGCTATCGTGATGGTGACCATAATGCTC
TGTTGCATGACCAGCTGTTGCAGTTGTCTCAAAGGATGCTGTAGCTGTGGAAGCTGTTGCTGATGACTCGAGCTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACCATGTTCGTCTTTCTGGTTCTGCTGCCTCTTGTATCCTCTCAGTGTGTGAATCTCATTGTGCGTTTCCCCAACATCACCAATCTGTGCCCCTTTCACGAGGTCTTTAACGCGACTACGTTCGCATCAGTCTACGCGTGG AATCGCAAACGCATTAGCAATTGCGTCGCAGACTATTCAGTGATCTACAACTTTGCCCCTTTCTTTGCCTTCAAGTGCTATGGCGTTTCCCCAACCAAGCTGAATGATCTGTGCTTCACTAACGTCTATGCCGACTCCTTCGTGATAAGAGGCAATGAGGTGTCACAGATCGCACCGGGACAGACAGGCAA
TGTTGCATGACCAGCTGTTGCAGTTGTCTCAAAGGATGCTGTAGCTGTGGAAGCTGTTGCTGATGACTCGAGCTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAAC GCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
CAACGCCACCACUUUCGCCAGCGUGUACGCCUGGAAUAGAAAGAGAAUCAGCAACUGCGUGGCCGACUACAGCGUGAUCUAUAAUUUCGCUCCAUUCUUCGCUUUCAAGUGCUACGGCGUUAGCCCCACCAAGCUGAACGACCUGUGUUUUACCAACGUGUACGCUGAUAGCUUCGUGAUCCGCGGAAACGAGGUGUCCCAGAUCGCUCCAGGCCAGACCGGCAACAUCGCAGAUUACAACUAUAAGCUUCCUGACGACUUCACAGGCUGCGUGAUUGCCUGGAACUCCAACAAGCUGGACUCUAAGCCCAGCGGCAAUUACAACUACCUGUACCGGCUGUUCCGGAAAAGCAAGCUCAAGCCUUUCGAAAGAGACAUCAGCACCGAGAUCUACCAGGCCGGAAACAAACCCUGCAACGGAGUGGCCGGCCCUAAUUG
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GUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUAAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGUUCGUGUUUCUGGUCCUGCUGCCUCUGGUGUCCAGCCAGUGCGUGAACCUGAUCGUGAGAUUCCCUAACAUUACAAACCUGUGCCCAUUUCACGAGGUGUU
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En variante ou en plus, dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN améliorée (par exemple, d’ARNm) fournie code pour un polypeptide de domaine de liaison au récepteur de protéine de spicule qui comporte un domaine transmembranaire qui peut induire une multimérisation (par exemple, une trimérisation) et ne comporte pas de domaine de trimérisation soluble (par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4). Dans certains modes de réalisation particuliers, une telle construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) améliorée fournie correspond à une construction BNT162b3 de référence (par exemple, ayant une séquence nucléotidique telle que définie dans les Tableaux 6, 8, 9, 11 ou 11A, et/ou telle que représentée dans la
La présente invention fournit, entre autres, une indication selon laquelle un domaine de multimérisation soluble (par exemple, un domaine de multimérisation qui ne comprend pas une région insérée dans la membrane) peut ne pas être nécessaire pour induire une réponse immunitaire à un polypeptide RBD qui soit suffisante pour fournir une protection contre l’infection par le SARS-CoV-2 et/ou la maladie de la COVID si une région transmembranaire (par exemple, un domaine transmembranaire) est incluse qui peut conduire à elle seule la multimérisation (par exemple, la trimérisation). La présente invention fournit spécifiquement une indication selon laquelle le fait de ne pas inclure un domaine de multimérisation soluble (par exemple, de trimérisation) peut raccourcir une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) (par exemple, d’environ 100 pb si un domaine de trimérisation de la fibritine T4 est omis), et dans certains modes de réalisation, un tel ARN plus court (par exemple, ARNm) peut présenter une thermostabilité et/ou une puissance accrues (telle que mesurée par la réponse immunitaire induite par une masse donnée d’ARN (par exemple, ARNm)) par rapport à un ARN de référence approprié (par exemple, ARNm) (par exemple, un ARN (par exemple, ARNm) qui est par ailleurs identique sauf qu’il comprend un domaine de multimérisation soluble). Sans vouloir être lié par la théorie, la présente invention fournit aussi l’indication qu’un sujet peut monter une réponse immunitaire contre un domaine de multimérisation exposé à un solvant (c’est-à-dire contre le domaine de multimérisation lui-même, en plus ou à la place d’une région antigénique fournie). Ainsi, en utilisant des domaines de multimérisation qui ne sont pas exposés au solvant ou qui ont une accessibilité réduite (par exemple, un domaine transmembranaire), une réponse immunitaire contre un domaine de multimérisation peut être réduite et/ou éliminée.The present invention provides, among other things, an indication that a soluble multimerization domain (e.g., a multimerization domain that does not include a membrane-inserted region) may not be necessary to induce an immune response to an RBD polypeptide that is sufficient to provide protection against SARS-CoV-2 infection and/or COVID disease if a transmembrane region (e.g., a transmembrane domain) is included that can drive multimerization (e.g., trimerization) on its own. The present invention specifically provides an indication that not including a soluble multimerization (e.g., trimerization) domain may shorten an RNA (e.g., mRNA) construct (e.g. , by about 100 bp if a T4 fibritin trimerization domain is omitted), and in some embodiments, such a shorter RNA (e.g., mRNA) may exhibit increased thermostability and/or potency (as measured by the immune response induced by a given mass of RNA (e.g., mRNA)) relative to a suitable reference RNA (e.g., mRNA) (e.g. , an RNA (e.g., mRNA) that is otherwise identical except that it includes a soluble multimerization domain). Without wishing to be bound by theory, the present invention also provides the indication that a subject can mount an immune response against a multimerization domain exposed to a solvent (i.e., against the multimerization domain itself, in addition to or instead of a provided antigenic region). Thus, by using multimerization domains that are not exposed to the solvent or that have reduced accessibility (e.g. , a transmembrane domain), an immune response against a multimerization domain can be reduced and/or eliminated.
Les régions transmembranaires (par exemple, les domaines transmembranaires) qui peuvent conduire à la trimérisation sont connues dans le domaine et comportent,par exemple, celles décrites dans Fu, Qingshan et James J. Chou. « A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike », Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021) : 8543-8546, dont le contenu est par la présente incorporé par référence dans son intégralité. Des exemples de telles régions transmembranaires (ex : domaines transmembranaires) comportent également un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 (par exemple, un polypeptide comprenant : une séquence correspondant aux résidus 1207 à 1236 de SEQ ID NO : 1 ; EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC ; ou des fragments ou des variants de celui-ci) ; une région transmembranaire PIV5-F (par exemple, un polypeptide comprenant : une séquence correspondant aux résidus 480 à 517 du polypeptide PIV5-F ; une séquence correspondant aux résidus 485 à 517 du polypeptide PIV5-F ; ATTTSVLSIIAIALGSLGLILIILLSVVVWKTIVVA ; ou VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV ou un variant ou un fragment de celui-ci) ; ou une région transmembranaire HeV-F (par exemple, un polypeptide comprenant une séquence correspondant aux résidus 479 à 526 d’un polypeptide HeV-F ; les résidus 484 à 521 d’un polypeptide HeV-F ; VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV ; ou ISMLSMIILYVLSIAALCIGLITFISFVIVEKK ; ou des variants de ceux-ci ; ou des fragments de ceux-ci).Transmembrane regions (e.g., transmembrane domains) that can lead to trimerization are known in the art and include,for example , those described in Fu, Qingshan, and James J. Chou. “A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike,” Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021): 8543-8546, the contents of which are hereby incorporated by reference in their entirety. Examples of such transmembrane regions (e.g., transmembrane domains) also include a transmembrane domain of SARS-CoV-2 (e.g. , a polypeptide comprising: a sequence corresponding to residues 1207 to 1236 of SEQ ID NO: 1; EQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCC; or fragments or variants thereof); a PIV5-F transmembrane region (e.g. , a polypeptide comprising: a sequence corresponding to residues 480 to 517 of the PIV5-F polypeptide; a sequence corresponding to residues 485 to 517 of the PIV5-F polypeptide; ATTTSVLSIIAIALGSLGLILIILLSVVVWKTIVVA; or VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV or a variant or fragment thereof); or a HeV-F transmembrane region (e.g. , a polypeptide comprising a sequence corresponding to residues 479 to 526 of a HeV-F polypeptide; residues 484 to 521 of a HeV-F polypeptide; VLSIIAIALGSLGLILIILLSVVV; or ISMLSMIILYVLSIAALCIGLITFISFVIVEKK; or variants thereof; or fragments thereof).
Dans certains modes de réalisation, adjacente à un domaine transmembranaire, se trouve une région C-terminale proximale de la membrane d’une protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, un polypeptide comprenant une séquence qui correspond aux acides aminés 1237 à 1245 de SEQ ID NO : 1 ; ou à MTSCCSCLKGCCSCGSCC). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un court segment d’une séquence proximale membranaire de la protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, une séquence d’acides aminés correspondant aux résidus 1209 à 1217 de SEQ ID NO : 1), C-terminal à (par exemple, immédiatement C-terminal à, ou relié par un lieur à) un domaine transmembranaire (par exemple, un domaine transmembranaire d’une protéine S du SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire fournie ici peut induire une proportion plus élevée de trimères par rapport à un polypeptide de référence approprié (par exemple, par rapport à un polypeptide comprenant une région transmembranaire qui ne peut pas induire de trimérisation et/ou un polypeptide décrit dans Fu, Qingshan et James J. Chou. « A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike », Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021) : 8543-8546), dont des exemples comportent les régions transmembranaires du SARS-CoV-2 comprenant des mutations à un ou à plusieurs des I1221, I1225, L1229 et L1233 (par exemple, I1225Y (par exemple, EQYIKWPWYIWLGFIAGLYAIVMVTIMLCC) ou L1229Y) ; et une région transmembranaire VSV-G. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire VSV-G peut offrir l’avantage d’induire la formation de particules de type viral (VLP) lorsqu’elle est attachée à des polypeptides immunogènes, ce qui peut encore améliorer l’immunogénicité d’une construction délivrée. Dans certains modes de réalisation, une région transmembranaire VSV-G comporte éventuellement une courte séquence proximale membranaire de VSV-G. Des exemples de domaines transmembranaires VSV-G comportant une courte séquence proximale membranaire (par exemple, une partie signal d’un domaine actif proximal de membrane), comportent un polypeptide comprenant : IELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCIKLKHTKKRQIYTDIEMNRLGK ou FEHPHIQDAASQLPDDESLFFGDTGLSKNPIELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCI, des variants de ceux-ci, ou des fragments de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprend un domaine transmembranaire VSV-G, comprenant éventuellement également un domaine de multimérisation soluble (par exemple, une trimérisation). Une région transmembranaire VSV-G comprenant une courte séquence proximale à la membrane offre l’avantage de pouvoir induire la formation d’une particule de type viral (VLP), qui peut augmenter la valence et induire une réponse immunitaire plus forte contre tout antigène auquel elle est liée. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide VSV-G se trouve à l’extrémité C-terminale d’un polypeptide (dans lequel, si le polypeptide VSV-G comprend une séquence proximale à la membrane, la séquence proximale à la membrane est éventuellement C-terminale au domaine transmembranaire VSV-G).In some embodiments, adjacent to a transmembrane domain is a membrane-proximal C-terminal region of a SARS-CoV-2 S protein (e.g. , a polypeptide comprising a sequence that corresponds to amino acids 1237-1245 of SEQ ID NO: 1; or to MTSCCSCLKGCCSCGSCC). In some embodiments, a polypeptide comprises a short segment of a membrane-proximal sequence of the SARS-CoV-2 S protein (e.g., an amino acid sequence corresponding to residues 1209-1217 of SEQ ID NO: 1), C-terminal to (e.g. , immediately C-terminal to, or connected by a linker to) a transmembrane domain (e.g. , a transmembrane domain of a SARS-CoV-2 S protein). In some embodiments, a transmembrane region provided herein may induce a higher proportion of trimers compared to a suitable reference polypeptide (e.g. , compared to a polypeptide comprising a transmembrane region that cannot induce trimerization and/or a polypeptide described in Fu, Qingshan, and James J. Chou. “A trimeric hydrophobic zipper mediates the intramembrane assembly of SARS-CoV-2 spike,” Journal of the American Chemical Society 143.23 (2021): 8543-8546), examples of which include SARS-CoV-2 transmembrane regions comprising mutations at one or more of I1221, I1225, L1229, and L1233 (e.g. , I1225Y (e.g., EQYIKWPWYIWLGFIAGLYAIVMVTIMLCC) or L1229Y); and a VSV-G transmembrane region. In some embodiments, a VSV-G transmembrane region may provide the advantage of inducing the formation of virus-like particles (VLPs) when attached to immunogenic polypeptides, which may further enhance the immunogenicity of a delivered construct. In some embodiments, a VSV-G transmembrane region optionally comprises a short membrane proximal sequence of VSV-G. Exemplary VSV-G transmembrane domains comprising a short membrane proximal sequence (e.g. , a signal portion of a membrane proximal active domain), comprise a polypeptide comprising: IELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCIKLKHTKKRQIYTDIEMNRLGK or FEHPHIQDAASQLPDDESLFFGDTGLSKNPIELVEGWFSSWKSSIASFFFIIGLIIGLFLVLRVGIHLCI, variants thereof, or fragments thereof. In some embodiments, a polypeptide comprises a VSV-G transmembrane domain, optionally also comprising a soluble multimerization (e.g., trimerization) domain. A VSV-G transmembrane region comprising a short membrane-proximal sequence provides the advantage of being able to induce the formation of a virus-like particle (VLP), which can increase valency and induce a stronger immune response against any antigen to which it is bound. In some embodiments, a VSV-G polypeptide is at the C-terminus of a polypeptide (wherein, if the VSV-G polypeptide comprises a membrane-proximal sequence, the membrane-proximal sequence is optionally C-terminal to the VSV-G transmembrane domain).
Des exemples de constructions d’ARN améliorées (par exemple, d’ARNm), comprenant des régions transmembranaires (par exemple, des domaines transmembranaires) capables d’induire une trimérisation, et qui sont dépourvus d’un domaine de trimérisation soluble, sont fournis dans les tableaux V, VI, VII-X et XII, sur les pages suivantes. Des constructions d’ARN de référence appropriées (par exemple, d’ARNm), qui codent pour des polypeptides qui comprennent des régions transmembranaires qui ne peuvent pas induire de trimérisation (ou qui entraînent une quantité proportionnellement plus faible de trimères par rapport aux constructions fournies dans les Tableaux V, VI, VII-X à X et XII,par exemple, environ 99 %, environ 95 %, environ 90 %, environ 80 %, environ 70 %, environ 60 %, environ 50 %, environ 40 %, environ 30 %, environ 20 %, environ 10 %, environ 5 %, environ 1 %, ou moins de trimère), sont présentés dans les Tableaux VII et XI, sur les pages suivantes.
Examples of improved RNA constructs (e.g., mRNAs), comprising transmembrane regions (e.g., transmembrane domains) capable of inducing trimerization, and which lack a soluble trimerization domain, are provided in Tables V, VI, VII-X and XII, on the following pages. Suitable reference RNA (e.g., mRNA) constructs, which encode polypeptides that include transmembrane regions that cannot induce trimerization (or that result in a proportionally lower amount of trimers compared to the constructs provided in Tables V, VI, VII-X to X and XII,e.g. , about 99%, about 95%, about 90%, about 80%, about 70%, about 60%, about 50%, about 40%, about 30%, about 20%, about 10%, about 5%, about 1%, or less trimer), are shown in Tables VII and XI, on the following pages.
Tableau V : Séquences d’un exemple de construction d’ARN codant pour un RBD ancré à la membrane et dépourvu de domaine de trimérisation soluble (SP19-RBD(XBB.1.5)-(G4S)4_Linker-TM(delta19))Table V: Sequences of an example RNA construct encoding a membrane-anchored RBD lacking a soluble trimerization domain (SP19-RBD(XBB.1.5)-(G4S)4_Linker-TM(delta19))
CAGAUUGCCCCUGGACAGACCGGCAAUAUCGCCGAUUACAACUACAAGCUGCCCGACGACUUCACCGGCUGUGUGAUUGCCUGGAACAGCAACAAGCUGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACUACAACUACCUGUACCGGCUGUUCAGAAAGAGCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCAGCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCCUGCAAUGGCGUGGCAGGCCCUAACUGUUAUAGCCCACUGCAGAGCUACGGCUUCAGACCCACAUACGGCGUUGGCCACCAGCCUUACAGAGUGGUGGUGCUGUCCUUCGAGCUGCUGCAUGCUCCUGCCACAGUGUGUGGACCUAAAGGCGGCGGAGGAUCUGGCGGAGGUGGAAGCGGAGGCGGAGGAAGCGGUGGCGGCGGAUCUGAGCAGUAUAUCAAGUGGCCCUGGUACAUCUGGCUGGGCUUUAUCGCCGGACUGAUCGCCAUCGUGAUGGUCACAAUCAUGCUGUGCUGCAUGACCAGCUGCUGUAGCUGCCUGAAGGGCUGUUGUAGCUGUGGCAGCUGUUGCUGAUGACUCGAGCUGGUACUGCAUGCACGCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCCACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCACACCCUGGAGCUAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUAAACUAGUAUUCUUCUGGUCCCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACCAUGUUCGUGUUCCUGGUGCUGCUGCCUCUGGUGUCCAGCCAGUGUGUGAAUCUGAUCGUGCGGUUCCCCAACAUCACCAAUCUGUGCCCCUUCCACGAGGUGUUCAACGCCACCACAUUCGCCUC UGUGUACGCCUGGAACCGGAAGCGGAUCAGCAAUUGCGUGGCCGACUACAGCGUGAUCUACAACUUCGCCCCAUUCUUCGCCUUCAAGUGCUACGGCGUGUCCCCUACCAAGCUGAACGACCUGUGCUUCACCAACGUGUACGCCGACAGCUUCGUGAUCCGGGGCAAUGAGGUGUCC
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TGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAAACTAGTATTCTTCTGGTCCCCACAGACTCAGAGAGAACCCGCCACCATGTTCGTGTTCCTGGTGCTGCTGCCTCTGGTGTCCAGCCAGTGTGTGAATCTGATCGTGCGGTTCCCCAACATCACCAATCTGTGCCCCTTCC ACGAGGTGTTCAACGCCACCACATTCGCCTCTGTGTACGCCTGGAACCGGAAGCGGATCAGCAATTGCGTGGCCGACTACAGCGTGATCTACAACTTCGCCCCATTCTTCGCCTTCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGA
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GTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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GCCTGGAACAGCAACAAGCTGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACTACAACTACCTGTACCGGCTGTTCAGAAAGAGCAAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCAGCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCCTGCAATGGCGTGGCAGGCCCTAACTGTTATAGCCCACTGCAGAGCTACGGCTTCAGACCCACATACGGCGTTGGCCACCAGCCTTACAGAGTGGTGGTGCTGTCCTTCGAGCTGCTGCATGCTCCTGCCACAGTGTGTGGACCTAAAGGCGGCGGAGGATCTGGCGGAGGTGGAAGCGGAGGCGGTGGATCTATTGAGCTGGTGGAAGGCTGGTTCAGCAGCTGGAAGTCCTCTATCGCCAGCTTCTTCTTCATCATCGGCCTGATTATCGGCCTGTTTCTGGTCCTGAGAGTGGGCATCCACCTGTGCATCAAGCTGAAACACACCAAGAAGCGGCAGATCTACACCGACATCGAGATGAACCGGCTGGGCAAGATGTTCGTGTTCCTGGTGCTGCTGCCTCTGGTGTCCAGCCAGTGTGTGAATCTGATCGTGCGGTTCCCCAACATCACCAATCTGTGCCCCTTCCACGAGGTGTTCAACGCCACCACATTCGCCTCTGTGTACGCCTGGAACCGGAAGCGGATCAGCAATTGCGTGGCCGACTACAGCGTGATCTACAACT TCGCCCCATTCTTCGCCTTCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGAACGACCTGTGCTTCACCAACGTGTACGCCGACAGCTTCGTGATCCGGGGCAATGAGGTGTCCCAGATTGCCCCTGGACAGACCGGCAATATCGCCGATTACAACTACAAGCTGCCCGACGACTTCACCGGCTGTGTGATT
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361
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CCGCCGCTTACTATGTGGGCTACCTGCAGCCTAGAACCTTCCTGCTGAAGTACAACGAGAACGGCACCATCACCGACGCCGTGGATTGTGCTCTGGATCCTCTGAGCGAGACAAAGTGCACCCTGAAGTCCTTCACCGTGGAAAAGGGCATCTACCAGACCAGCAACTTCCGGGTGCAGCCCACCGAATCCATCGTGCGGTTCCCCAATATCACCAATCTGTGCCCCTTCCACGAGGTGTTCAATGCCACCACCTTCGCCTCTGTGTACGCCTGGAACCGGAAGCGGATCAGCAATTGCGTGGCCGACTACTCCGTGATCTACAACTTCGCCCCCTTCTTCGCATTCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGAACGACCTGTGCTTCACAAACGTGTACGCCGACAGCTTCGTGATCCGGGGAAACGAAGTGTCACAGATTGCCCCTGGACAGACAGGCAACATCGCCGACTACAACTACAAGCTGCCCGAC
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Le présent exemple fournit également des stratégies pour produire des oligomères d’ordre supérieur (par exemple, des oligomères comprenant plus de 3 antigènes de SARS-CoV-2). Dans certains modes de réalisation, les domaines de construction décrits ici dans la présente section peuvent induire des oligomères hautement multimériques (par exemple, des oligomères d’environ 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50 ou 60 antigènes de SARS-CoV-2 ou plus), générer une réponse immunitaire améliorée (par exemple, par rapport à une composition comprenant la même quantité d’ARN (ex : mARN) (en termes de masse ou de moles)) codant pour un polypeptide produisant un monomère ou un oligomère comprenant moins d’antigènes de SARS-CoV-2), et/ou peuvent présenter des polypeptides antigéniques auxquels ils sont fixés dans une confirmation qui est préférée pour générer une réponse immunitaire.The present example also provides strategies for producing higher order oligomers (e.g. , oligomers comprising more than 3 SARS-CoV-2 antigens). In some embodiments, the construct domains described herein in this section may induce highly multimeric oligomers (e.g., oligomers of about 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50, or 60 or more SARS-CoV-2 antigens), generate an enhanced immune response (e.g. , compared to a composition comprising the same amount of RNA (e.g., mRNA) (in terms of mass or moles)) encoding a polypeptide producing a monomer or oligomer comprising fewer SARS-CoV-2 antigens), and/or may present antigenic polypeptides to which they are attached in a confirmation that is preferred for generating an immune response.
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple d’ARNm) peut coder pour un polypeptide comprenant deux régions antigéniques ou plus (par exemple, deux RBD ou plus, trois RBD ou plus, quatre RBD ou plus, ou cinq RBD ou plus),par exemple, comme décrit dans Gao et al., dont le contenu est incorporé par référence dans la présente invention dans son intégralité.In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) construct may encode a polypeptide comprising two or more antigenic regions (e.g. , two or more RBDs, three or more RBDs, four or more RBDs, or five or more RBDs),for example , as described in Gao et al., the contents of which are incorporated by reference herein in their entirety.
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple d’ARNm) peut coder pour deux régions antigéniques ou plus (par exemple, peut coder pour un polypeptide comprenant deux polypeptides RBD ou plus), et comprendre également un domaine de multimérisation (par exemple, un domaine de trimérisation de la fibritine T4). Par exemple, dans certains modes de réalisation, un polypeptide fournit deux ou plusieurs (par exemple, 2, 3 ou 4) régions antigéniques (par exemple, des polypeptides RBD) et un domaine de multimérisation (par exemple, de trimérisation). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide fourni ici comprend deux polypeptides RBD et un domaine de trimérisation, de telle sorte qu’un oligomère comprenant six polypeptides RBD (un « trimère de dimères », où chaque « dimère » fait référence à un polypeptide comprenant deux polypeptides RBD) peut être formé. Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple d’ARNm) code pour un polypeptide représenté sur la
Des exemples de constructions permettant d’obtenir des oligomères d’ordre supérieur sont fournis dans les tableaux XIII à XVIII ci-dessous.Examples of constructions to obtain higher order oligomers are provided in Tables XIII to XVIII below.
Tableau XV : Séquences d’un exemplaire de construction d’ARN codant pour un « trimère de dimères » d’un RBD soluble (SP19-RBD(XBB.1.5) -GS_Linker(courte)-Fibritin(courte)-GS_Linker(courte)-RBD(XBB.1.5)Table XV: Sequences of a copy of an RNA construct encoding a “trimer of dimers” of a soluble RBD (SP19-RBD(XBB.1.5) -GS_Linker(short)-Fibritin(short)-GS_Linker(short)-RBD(XBB.1.5)
CGGCUUCAGACCCACAUACGGCGUUGGCCACCAGCCUUACAGAGUGGUGGUGCUGUCCUUCGAGCUGCUGCAUGCUCCUGCCACAGUGUGUGGCCCUAAAGGCUCUGGCGGCAGCGGCUAUAUUCCCGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUUAGAAAGGACGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACAUUUCUCGGCAGCGGACCUAAUAUCACAAACCUGUGUCCUUUUCACGAAGUCUUUAAUGCCACCACCUUUGCCAGCGUCUACGCUUGGAAUAGGAAGAGGAUCUCUAACUGCGUGGCAGAUUACUCCGUCAUCUACAAUUUUGCUCCGUUCUUUGCCUUUAAAUGUUAUGGCGUCAGCCCCACGAAACUCAACGAUCUGUGUUUUACGAAUGUCUACGCCGACUCCUUUGUCAUUCGGGGAAACGAAGUGUCUCAGAUCGCUCCCGGCCAGACAGGGAACAUUGCCGACUAUAAUUACAAGCUCCCGGAUGAUUUCACGGGAUGCGUGAUCGCUUGGAACUCCAACAAACUGGAUUCCAAGCCUUCCGGGAAUUACAAUUACCUCUAUCGCCUGUUCCGGAAGUCCAAGCUCAAGCCUUUUGAGAGAGACAUCUCCACAGAAAUCUACCAGGCUGGGAACAAACCUUGUAACGGCGUGGCCGGACCAAACUGCUACUCUCCACUGCAGUCUUACGGCUUUCGGCCCACCUAUGGCGUGGGGCAUCAGCCCUAUAGAGUGGUCGUUCUGAGUUUCGAACUCCUGCACGCCCCAGCUACCGUGUGUGGACCAAAAUGAUGAAUGUUCGUGUUUCUGGUGCUGCUGCCUCUGGUGUCCAGCCAGUGUGUGAAUCUGAUCCCCAACAUCACCAAUCUGUGCCCCUUCCACGAGGUGUUCAACGCCACCACAUUCGCCUCUGUGUACGCCUGGAACCGGAAGCGGAUCAGCAAUUGCGUGGCCGACUACAGCGUGAUCUACAACUUCGCCCCAUUCUUCGCCUUCAAGUGCUACGGCGUGUCCCCUACCAAGCUGAACGACCUGUGCUUCACCAACGUGUACGCCGACAGCUUCGUGAUCCGGGGCAAUGAGGUGUCCCAGAUUGCCCCUGGACAGACCGGCAAUAUCGCCGAUUACAACUACAAGCUGCCCGACGACUUCACCGGCUGUGUGAUUGCCUGGAACAGCAACAAGCUGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACUACAACUACCUGUACCGGCUGUUCAGAAAGAGCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCAGCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCCUGCAAUGGCGUGGCAGGCCCUAACUGUUAUAGCCCACUGCAGAGCUA
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GGGACAUCAGCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCCUGCAAUGGCGUGGCAGGCCCUAACUGUUAUAGCCCACUGCAGAGCUACGGCUUCAGACCCACAUACGGCGUUGGCCACCAGCCUUACAGAGUGGUGGUGCUGUCCUUCGAGCUGCUGCAUGCUCCUGCCACAGUGUGUGGACCUAAAGGCGGCGGAGGAUCUGGCGGAGGUGGAAGCGGAGGCGGUGGCUC UGGAUAUAUUCCCGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUUAGAAAGGACGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACCUUUCUGGGCAGAUCCCUGGAAGUGCUGUUUCAAGGACCAG GCGGAGGCGGAGGAAGUGGUGGCGGCGGUUCUGGUGGCGGUGGAUCUGUCAGAUUCCCGAAUAUUACCAACCUGUGUCCGUUUCACGAAGUCUUUAAUGCCACCACCUUUGCCAGC
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GGCGGAGGAAGTGGTGGCGGCGGTTCTGGTGGCGGTGGATCTGTCAGATTCCCGAATATTACCAACCTGTGTCCGTTTCACGAAGTCTTTAATGCCACCACCTTTGCCAGCGTCTACGCTTGGAATAGGAAGAGGATCTCTAACTGCGTGGCAGATTACTCCGTCATCTACAATTTTGCTCCGTTCTTTGCCTTTAAATGTTATGGCGTCAGCCCCACGAAACTCAACGATCTGTGTTTTACGAATGTCTACGCCGACTCCTTTGTCATTCGGGGAAACGAAGTGTCTCAGATCGCTCCCGGCCAGACAGGGAACATTGCCGACTATAA
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TGATTGCCTGGAACAGCAACAAGCTGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACTACAACTACCTGTACCGGCTGTTCAGAAAGAGCAAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCAGCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCCTGCAATGGCGTGGCAGGCCCTAACTGTTATAGCCCACTGCAGAGCTACGGCTTCAGACCCACATACGGCGTTGGCCACCAGCCTTA CAGAGTGGTGGTGCTGTCCTCTGAGCTGCTGCATGCTCCTGCCACAGTGTGTGGACCTAAAGGCGCGGAGGATCTGGCGGAGGTGGAAGCGGAGGCGGTGGCTCTGGATATATTCCCGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTTAGAAAGGACGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTGGGCAGATCCCTGGAAGTGCTGTTTCAAGGACCAGGCGGA
GGCGGAGGAAGTGGTGGCGGCGGTTCTGGTGGCGGTGGATCTGTCAGATTCCCGAATATTACCAACCTGTGTCCGTTTCACGAAGTCTTTAATGCCACCACCTTTGCCAGCGTCTACGCTTGGAATAGGAAGAGGATCTCTAACTGCGTGGCAGATTACTCCGT CATCTACAATTTTGCTCCGTTCTTTGCCTTTAAATGTTATGGCGTCAGCCCCACGAAACTCAACGATCTGTGTTTTACGAATGTCTACGCCGACTCCTTTGTCATTCGGGGAAACGAAGTGTCTCAGATCGCTCCCGGCCAGACAGGGAACATTGCCGACTATAA
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CGGCAATATCGCCGATTACAACTACAAGCTGCCCGACGACTTCACCGGCTGTGTGATTGCCTGGAACAGCAACAAGCTGGACAGCAAGCCCAGCGGCAACTACAACTACCTGTACCGGCTGTTCAGAAAGAGCAAGCTGAAGCCCTTCGAGCGGGACATCAGCACCGAGATCTATCAGGCCGGCAACAAGCCCTGCAATGGCGTGGCAGGCCCTAACTGTTATAGCCCACTGCAGAGCTACGGCTTCAGACCCACATACGGCGTTGGCCACCAGCCTTACAGAGTGGTGGTGCTGTCCTTCGAGCTGCTGCATGCTCCTGCCACAGTGTGTGGACCTAAAGGCGGCGGAGGATCTGGCGGAGGTGGAAGCGGAGGCGGTGGCTCTGGATATATTCCCGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTTAGAAAGGACGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTGGGCAGATCCCTGGAAGTGCTGTTTCAAGGACCAGGCGGAGGCGGAGGAAGTGGTGGCGGCGGTTCTGGTGGCGGTGGATCTGTCAGATTCCCGAATATTACCAACCTGTGTCCGTTT
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ATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTA ACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Le présent exemple décrit certains ARN améliorés (par exemple, l’ARNm) codant pour un polypeptide de domaine N-terminal (« NTD ») de protéine de spicule du coronavirus (par exemple, SARS-CoV-2) (c’est-à-direun polypeptide qui comporte un polypeptide NTD de protéine de spicule, un fragment immunogène de celui-ci, ou un variant de celui-ci,par exemple, comme décrit ici), éventuellement en plus d’autres régions d’antigène de coronavirus (par exemple, un ou plusieurs polypeptides NTD supplémentaires et/ou un ou plusieurs polypeptides RBD supplémentaires).This example describes certain enhanced RNAs (e.g., mRNA) encoding a coronavirus (e.g. , SARS-CoV-2) spike protein N-terminal domain ("NTD") polypeptide (i.e., a polypeptide that comprises a spike protein NTD polypeptide, an immunogenic fragment thereof, or a variant thereof,e.g. , as described herein), optionally in addition to other coronavirus antigen regions (e.g., one or more additional NTD polypeptides and/or one or more additional RBD polypeptides).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide de NTD comprend une séquence correspondant aux acides aminés 14 à 209, 14 à 303, 20 à 318 ou 20 à 302 de SEQ ID NO : 1, des variants de celle-ci, ou des fragments immunogènes ou des variants de ceux-ci.In some embodiments, an NTD polypeptide comprises a sequence corresponding to amino acids 14-209, 14-303, 20-318, or 20-302 of SEQ ID NO: 1, variants thereof, or immunogenic fragments or variants thereof.
Dans certains modes de réalisation, un ARN (par exemple, un ARNm) codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide de NTD peut être administré en combinaison avec un ARN (par exemple, un ARNm) codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide RBD (par exemple, tel que décrit ici). Par exemple, dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs ARN (par exemple, un ARNm) codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide de RBD peuvent être administrés en combinaison avec un ou plusieurs ARN (par exemple un ARNm) codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide de NTD, dans lequel l’un ou les plusieurs ARN codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide de RBD et l’un ou les plusieurs ARN codant pour un polypeptide comprenant un polypeptide de NTD peuvennt être formulés dans les mêmes nanoparticules ou dans des nanoparticules séparées.In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) encoding a polypeptide comprising an NTD polypeptide may be administered in combination with an RNA (e.g., mRNA) encoding a polypeptide comprising an RBD polypeptide (e.g. , as described herein). For example, in some embodiments, one or more RNAs (e.g., mRNA) encoding a polypeptide comprising an RBD polypeptide may be administered in combination with one or more RNAs (e.g., mRNA) encoding a polypeptide comprising an NTD polypeptide, wherein the one or more RNAs encoding a polypeptide comprising an RBD polypeptide and the one or more RNAs encoding a polypeptide comprising an NTD polypeptide may be formulated in the same or separate nanoparticles.
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide de NTD comprend une séquence fournie dans le tableau XIII ci-dessous, un variant de celle-ci ou un fragment immunogène de celle-ci. Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple d’ARNm) code pour un polypeptide comprenant un polypeptide de NTD qui est représenté sur la
Dans certains modes de réalisation , un ARN (par exemple, un ARNm) code pour un polypeptide de NTD comprenant un signal sécrétoire, un domaine transmembranaire et/ou un domaine de multimérisation (par exemple, comme décrit ici).In some embodiments, an RNA (e.g., an mRNA) encodes an NTD polypeptide comprising a secretory signal, a transmembrane domain, and/or a multimerization domain (e.g. , as described herein).
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) code pour un polypeptide présenté dans le tableau XIV ci-dessous, un variant de celui-ci ou un fragment immunogène de celui-ci.In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) construct encodes a polypeptide shown in Table XIV below, a variant thereof, or an immunogenic fragment thereof.
Tableau XIX : Exemples de polypeptides codés exemplaires comprenant un polypeptide de NTDTable XIX: Examples of Exemplary Encoded Polypeptides Comprising an NTD Polypeptide
En variante ou en plus, une construction d’ARN améliorée fournie (par exemple, d’ARNm) peut coder pour un polypeptide comprenant un RBD et un NTD. Dans certains modes de réalisation, un ARN fourni (par exemple, un ARNm) code pour un polypeptide comprenant un RBD et un NTD et dépourvu d’autres régions de la protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, dépourvu d’un domaine S2, de régions intermédiaires du domaine S1, etc.), en dehors de celles éventuellement incluses pour exprimer/sécréter/afficher le NTD et le RBD (par exemple, un signal sécrétoire, une région transmembranaire (par exemple, un domaine transmembranaire), un domaine de multimérisation,etc.).Alternatively or additionally, a provided improved RNA construct (e.g., mRNA) may encode a polypeptide comprising an RBD and an NTD. In some embodiments, a provided RNA (e.g., mRNA) encodes a polypeptide comprising an RBD and an NTD and lacking other regions of the SARS-CoV-2 S protein (e.g. , lacking an S2 domain, intervening regions of the S1 domain, etc.), aside from those optionally included to express/secrete/display the NTD and RBD (e.g. , a secretory signal, a transmembrane region (e.g., a transmembrane domain), a multimerization domain,etc. ).
Dans certains modes de réalisation, un ARN (par exemple, un ARNm) codant pour un NTD peut être administré en combinaison avec un ARN (par exemple, un ARNm) codant pour un RBD (par exemple, comme décrit ici). Par exemple, dans certains modes de réalisation, un ou plusieurs ARN (par exemple, des ARNm) codant pour un RBD peuvent être administrés en combinaison avec un ou plusieurs ARN (par exemple, des ARNm) codant pour un NTD, dans lequel l’un ou les plusieurs ARN (par exemple, des ARNm) codant pour un RBD et l’un ou les plusieurs ARN (par exemple, des ARNm) codant pour un NTD peuvent être formulés dans les mêmes nanoparticules ou dans des nanoparticules séparées. Dans certains modes de réalisation, dans lequel l’un ou les plusieurs ARN (par exemple, les ARNm) codant pour un NTD et le ou les ARN (par exemple, les ARNm) codant pour un RBD codent chacun pour un polypeptide comprenant les mêmes séquences non antigéniques mises à part (par exemple, les mêmes domaines qui sont inclus pour exprimer, sécréter et/ou afficher des parties antigéniques du polypeptide (par exemple, le même signal sécrétoire, le même domaine de multimérisation, les mêmes lieurs, les mêmes régions transmembranaires (par exemple, les mêmes domaines transmembranaires),etc.). Dans certains modes de réalisation, le NTD et le RBD proviennent de la même souche ou variant du SARS-CoV-2. Dans certains modes de réalisation, le NTD et le RBD proviennent de différentes souches ou variants du SARS-CoV-2.In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) encoding an NTD may be administered in combination with an RNA (e.g., mRNA) encoding an RBD (e.g. , as described herein). For example, in some embodiments, one or more RNAs (e.g., mRNAs) encoding an RBD may be administered in combination with one or more RNAs (e.g., mRNAs) encoding an NTD, wherein the one or more RNAs (e.g., mRNAs) encoding an RBD and the one or more RNAs (e.g., mRNAs) encoding an NTD may be formulated in the same nanoparticles or in separate nanoparticles. In some embodiments, wherein the one or more RNAs (e.g., mRNAs) encoding an NTD and the one or more RNAs (e.g., mRNAs) encoding an RBD each encode a polypeptide comprising the same non-antigenic sequences apart (e.g. , the same domains that are included to express, secrete, and/or display antigenic portions of the polypeptide (e.g., the same secretory signal, the same multimerization domain, the same linkers, the same transmembrane regions (e.g., the same transmembrane domains),etc. ). In some embodiments, the NTD and the RBD are from the same strain or variant of SARS-CoV-2. In some embodiments, the NTD and the RBD are from different strains or variants of SARS-CoV-2.
Dans certains modes de réalisation, une composition comprend : (i) une ou plusieurs constructions d’ARN (par exemple, d’ARNm) codant pour un polypeptide comprenant un RBD et (ii) une ou plusieurs constructions d’ARN (par exemple, d’ARNm) codant pour un polypeptide qui comprend un NTD, où chacun du RBD et du NTD sont ancrés à la membrane. Dans certains modes de réalisation, chacun des RBD et NTD ancrés à la membrane comprend la même région transmembranaire (par exemple, un domaine transmembranaire). Dans certains modes de réalisation, chacun des RBD et NTD ancrés à la membrane comprend différentes régions transmembranaires (par exemple, des domaines transmembranaires (par exemple, comme décrit ici)), de telle sorte que la majorité (par exemple, tous) des trimères RBD et NTD sont homogènes (c’est-à-dire, comprennent uniquement des NTD ou uniquement des RBD).In some embodiments, a composition comprises: (i) one or more RNA (e.g., mRNA) constructs encoding a polypeptide comprising an RBD and (ii) one or more RNA (e.g., mRNA) constructs encoding a polypeptide that comprises an NTD, wherein each of the RBD and NTD are membrane-anchored. In some embodiments, each of the membrane-anchored RBDs and NTDs comprises the same transmembrane region (e.g., a transmembrane domain). In some embodiments, each of the membrane-anchored RBDs and NTDs comprises different transmembrane regions (e.g., transmembrane domains (e.g. , as described herein)), such that the majority (e.g. , all) of the RBD and NTD trimers are homogeneous (i.e. , comprise only NTDs or only RBDs).
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, ARNm) peut coder pour un polypeptide comprenant deux ou plusieurs NTD (par exemple, 2, 3, 4 ou 5 NTD ou plus). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprenant deux ou plusieurs NTD comprend aussi un domaine de multimérisation, de sorte que des multimères d’ordre supérieur peuvent être formés (par exemple, dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) code pour un polypeptide comprenant deux ou trois NTD et un domaine de trimérisation, de sorte que, lorsque la construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) est exprimée, un « trimère de dimères » ou un « trimère de trimères » est formé).In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) construct may encode a polypeptide comprising two or more NTDs (e.g., 2, 3, 4, or 5 or more NTDs). In some embodiments, a polypeptide comprising two or more NTDs also comprises a multimerization domain, such that higher-order multimers may be formed (e.g. , in some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) construct encodes a polypeptide comprising two or three NTDs and a trimerization domain, such that when the RNA (e.g., mRNA) construct is expressed, a "trimer of dimers" or a "trimer of trimers" is formed).
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) peut coder pour un polypeptide comprenant un ou plusieurs NTD et un ou plusieurs RBD. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprenant un ou plusieurs RBD et un ou plusieurs NTD comprend aussi un domaine de multimérisation, de telle sorte qu’une multivalence peut être augmentée (par exemple, dans certains modes de réalisation, un ARN (par exemple, un ARNm) code pour un polypeptide comprenant un ou deux NTD et un ou deux RBD et un domaine de trimérisation, de telle sorte que, lorsque la construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) est exprimée, un trimère de polypeptides peut être formé, où chaque polypeptide dans le trimère comprend un RBD et un NTD) ; ou un trimère de polypeptides peut être formé, où chacun des polypeptides trimérisés comprend : deux RBD et un NTD ; deux NTD et un RBD ; ou deux RBD et deux NTD) est formé.In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) construct may encode a polypeptide comprising one or more NTDs and one or more RBDs. In some embodiments, a polypeptide comprising one or more RBDs and one or more NTDs also comprises a multimerization domain, such that multivalency may be increased (e.g. , in some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) encodes a polypeptide comprising one or two NTDs and one or two RBDs and a trimerization domain, such that when the RNA (e.g., mRNA) construct is expressed, a trimer of polypeptides may be formed, where each polypeptide in the trimer comprises one RBD and one NTD); or a trimer of polypeptides may be formed, where each of the trimerized polypeptides comprises: two RBDs and one NTD; two NTDs and one RBD; or two RBDs and two NTDs) is formed.
Dans certains modes de réalisation, une construction d’ARN (par exemple, d’ARNm) décrite ici code pour un polypeptide comprenant un NTD et un RBD. Dans certains modes de réalisation, le NTD et le RBD sont reliés via un lieur hétérologue (par exemple, un lieur ne fixe pas naturellement un NTD et un RBD dans une protéine S du SARS-CoV-2 (par exemple, un lieur décrit ici). Dans certains modes de réalisation, un ARN décrit ici code pour un polypeptide comprenant un polypeptide S1 tronqué ou un variant de celui-ci, de sorte que le NTD et le RBD sont reliés via un lieur homologue (c’est-à-direun lieur qui relie naturellement un RBD et un NTD dans une protéine SARS-COV-2). Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprenant un polypeptide S1 tronqué ou un variant de celui-ci et un lieur homologue comprend une séquence correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1. Dans certains modes de réalisation, un polypeptide comprenant un lieur homologue comprend une séquence correspondant aux acides aminés 1 à 541 de SEQ ID NO : 1.In some embodiments, an RNA (e.g., mRNA) construct described herein encodes a polypeptide comprising an NTD and an RBD. In some embodiments, the NTD and RBD are joined via a heterologous linker (e.g. , a linker that does not naturally link an NTD and an RBD in a SARS-CoV-2 S protein (e.g. , a linker described herein). In some embodiments, an RNA described herein encodes a polypeptide comprising a truncated S1 polypeptide or a variant thereof, such that the NTD and the RBD are joined via a homologous linker (i.e., a linker that naturally links an RBD and an NTD in a SARS-CoV-2 protein). In some embodiments, a polypeptide comprising a truncated S1 polypeptide or a variant thereof and a homologous linker comprises a sequence corresponding to amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1. In some embodiments, a polypeptide comprising a homologous linker comprises a sequence corresponding to amino acids 1 to 541 of SEQ ID NO: 1.
Des exemples de séquences pour un ARN codant pour un polypeptide comprenant deux NTD et une séquence de trimérisation sont présentés dans les tableaux XX à XXII, sur les pages suivantes.Examples of sequences for an RNA encoding a polypeptide comprising two NTDs and a trimerization sequence are shown in Tables XX to XXII, on the following pages.
Des exemples de séquences pour un ARN codant pour un polypeptide comprenant un RBD et un NTD (avec ou sans domaine de trimérisation) sont présentés dans les tableaux XXIII à LXV.Examples of sequences for an RNA encoding a polypeptide comprising an RBD and an NTD (with or without a trimerization domain) are shown in Tables XXIII to LXV.
Tableau XX : Séquences d’un exemple de construction d’ARN codant pour un « trimère de dimères » du NTD soluble (SP19-NTD-GS_Linker(longue)-Fibritin(longue)-GS_Linker(longue)-NTD
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UAUUUCAAAAUCUAUUCCAAGCACACGCCGAUUAACCUUGUCAGAGAUCUCCCACAGGGCUUUAGCGCCCUGGAACCUCUUGUCGACCUGCCUAUUGGGAUCAAUAUCACCAGAUUCCAGACUCUGCUCGCUCUGCACCGGUCCUAUCUGACUCCCGGCGAUUCUUCUUCUGGAUGGACUGCAGGCGCCGCUGCCUAUUACGUGGGAUAUCUGCAGCCCCGGACAUUUCUGCUCAAGUAUAAUGAGAAUGGGACGAUCACAGAUGCCGUGGACUGCGCUCUCGAUCCCCUGUCCGAGACUAAGUGUACUCUGAAAAGCUUCACAGUCGAGAAGGGGAUCUAUCAAACCUCCAACUUCUGAUGA
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TAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTT AGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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GUGUACAGCACGCCAACAACUGCACCUUCGAGUACGUGUCCCAGCCUUUCCUGAUGGACCUGGAAGGCAAAGAGGGCAACUUCAAGAACCUGCGCGAGUUCGUGUUUAAGAACAUCGACGGCUACUUCAAGAUCUACAGCAAGCACACCCCUAUCAACCUGGAACGGGAUCUGCCUCAGGGCUUCUCUGCUCUGGAACCCCUGGUGGAUCUGCCCA UCGGCAUCAACAUCACCCGGUUUCAGACACUGCUGGCCCUGCACCGGUCUUACCUGACACCUGUGGAUAGCAGCAGCGGAUGGACAGCUGGCGCCGCUGCUUACUACGUGGGAUACCUCCAGCCUCGGACCUUCCUGCUGAAGUACAACGAGAACGGCACCAUCACCGACGCCGUGGAUUGUGCCCUUGAUCCUCUGAGCGAGACAAAGUGCACCCUG
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CAACGAGAACGGCACCATCACCGACGCCGTGGATTGTGCCCTTGATCCTCTGAGCGAGACAAAGTGCACCCTGAAGTCCTTCACCGTGGAAAAGGGCATCTACCAGACCAGCAACTTCCGGGTGCAGCCCACCGAATCCATCGTGCGGTTCCCCAATATCACCAATCTGTGCCCCTTCCACGAGGTGTTCAATGCCACCACATTCGCCA GCGTGTACGCCTGGAACAGAAAGAGAATCAGCAACTGCGTGGCCGACTACAGCGTGATCTACAACTTCGCCCCATTCTTCGCCTTCAAGTGCTACGGCGTGTCCCCTACCAAGCTGAACGACCTGTGCTTCACCAATGTGTACGCCGACAGCTTCGTGATCCGGGGCAATGAGGTGTCCCAGATTGCCCCTGGACAGACCGGCAATATCG
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CCUGUACCGGCUGUUCCGGAAGUCCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCUCCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCUUGUAACGGCGUGGCAGGCCCCAACUGCUACAGCCCACUGCAG UCCUACGGCUUUAGGCCCAAUACGGCGUGGGCCACCAGCCCUACAGAGUGGUGGUGCUGAGCUUCGAACUGCUGCAUGCCCCUGCCACAGUGUGCGGCCCUAAGGGCUCUCCUGGUAGCGGAUCUG GCAGCGGCUAUAUCCCUGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUCAGAAAGGAUGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACCUUUCUCGGAAGCGGCUCUGGCUCCGAGCAGUACAUUAAGUGGCCCUG GUACAUCUGGCUGGGCUUUAUCGCCGGACUGAUCGCCAUCGUGAUGGUCACAAUCAUGCUGUGCUGCAUGACCAGCUGCUGUAGCUGCCUGAAGGGCUGUUGUAGCUGUGGCAGCUGUUGCUGAUGA
ATCAAAGTGTGCGAGTTCCAGTTCTGCAACGACCCCTTCCTGGACGTCTACCAGAAGAACAACAAGAGCTGGATGGAAAGCGAGTTCCGGGTGTACAGCAGCGCCAACAACTGCACCTTCGAGTACGTGTCCCAGCCTTTCCTGATGGACCTGGAAGGCAAGGAGGGCAACTTCAAGAACCTGCGCGAGTTCGTGTTTAAGAAC ATCGACGGCTACTTCAAGATCTACAGCAAGCACACCCCTAATAACCTCGAGCGGGATCTGCCTCAGGGCTTCTCTGCTCTGGAACCCCTGGTGGATCTGCCCATCGGCATCAACATCACCCGGTTTCAGACACTGCTGGCCCTGCACAGAAGCTACCTGACACCTGTGGATAGCAGCAGCGGATGGACAGCTGGTGCCGCCGCTT
CCGACCTCGGGTCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAA CTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACACCCTGGAGCTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCATATGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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GCAGCGGCTATATCCCTGAGGCTCCTAGAGATGGCCAGGCCTACGTCAGAAAGGATGGCGAGTGGGTCCTGCTGAGCACCTTTCTCGGAAGCGGCTCTGGCTCCGAGCAGTACATTAAGTGGCCCTG GTACATCTGGCTGGGCTTTATCGCCGGACTGATCGCCATCGTGATGGTCACAATCATGCTGTGCTGCATGACCAGCTGCTGTAGCTGCCTGAAGGGCTGTTGTAGCTGTGGCAGCTGTTGCTGATGA
GUGCUACGGCGUGUCCCCUACCAAGCUGAACGACCUGUGCUUCACAAACGUGUACGCCGACAGCUUCGUGAUCCGGGGAAACGAAGUGUCACAGAUUGCCCCUGGACAGACAGGCAA CAUCGCCGACUACAACUACAAGCUGCCCGACGACUUCACCGGCUGUGUGAUUGCCUGGAACAGCAACAAGCUGGACUCCAAACCCAGCGGCAACUACAAUUACCUGUACCGGCUGUUC CGGAAGUCCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCUCCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCUUGUAACGGCGUGGCAGGCCCCAACUGCUACAGCCCACUGCAGUCCUACG GCUUUAGGCCCAAUACGGCGUGGGCCACCAGCCCUACAGAGUGGUGGUGCUGAGCUUCGAACUGCUGCAUGCCCCUGCCACAGUGUGCGGCCCUAAGGGCUCUCCUGGUAGCGGAUC
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GCCCGACGACUUCACCGGCUGUGUGAUUGCCUGGAACAGCAACAAGCUGGACUCCAACCCAGCGGCAACUACAAUUACCUGUACCGGCUGUUCCGGAAGUCCAAGCUGAAGCCCUUCGAGCGGGACAUCUCCACCGAGAUCUAUCAGGCCGGCAACAAGCCUUGUAACGGCGUGGCAGGCCCCAACUGCUACAGCCCACUGCAGUCCUACGGC UUUAGGCCCACAAUACGGCGUGGGCCACCAGCCCUACAGAGUGGUGGUGCUGAGCUUCGAACUGCUGCAUGCCCCUGCCACAGUGUGCGGCCCUAAGGGCUCUCCUGGUAGCGGAUCUGGCAGCGGCUAUAUCCCUGAGGCUCCUAGAGAUGGCCAGGCCUACGUCAGAAAGGAUGGCGAGUGGGUCCUGCUGAGCACCUUUCUCGGAAGCGGCU
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Le présent exemple décrit un exemple de testin vitropour tester l’expression de candidats vaccins (par exemple, des constructions d’ARN (par exemple, d’ARNm) décrites ici). Dans certains modes de réalisation, le test décrit dans le présent exemple peut être utilisé pour prédire si un antigène codé par un candidat vaccin s’exprimera bien lorsque le candidat est administré à un sujet. Dans certains modes de réalisation, le test décrit dans le présent exemple peut être utilisé pour identifier un candidat vaccin préféré. Dans certains modes de réalisation, le test décrit dans le présent exemple peut être utilisé pour identifier des candidats vaccins qui devraient être testés dans d’autres expériences (par exemple, des expériences sur des souris). Dans certains modes de réalisation, le test décrit dans le présent exemple peut être utilisé pour identifier des caractéristiques qui entraînent une expression améliorée d’un antigène (par exemple, des signaux sécrétoires particuliers, des domaines de multimérisation, des régions transmembranaires (par exemple, des domaines transmembranaires), des séquences d’antigènes, des séquences nucléotidiques, etc.), et qui peuvent être particulièrement avantageuses pour une utilisation dans la conception de vaccins (par exemple, la conception de vaccins contre le SARS-CoV-2). Le test décrit dans le présent exemple mesure l’expression extracellulaire du RBD (c’est-à-dire l’expression de l’antigène ancré à la membrane exposé à l’environnement extracellulaire) et peut donc être un test utile pour prédire l’immunogénicité d’un candidat vaccin (par exemple, l’immunogénicité des cellules B).This example describes an exemplaryin vitro assay for testing the expression of vaccine candidates (e.g., RNA constructs (e.g., mRNA) described herein). In some embodiments, the assay described in this example may be used to predict whether an antigen encoded by a vaccine candidate will be expressed well when the candidate is administered to a subject. In some embodiments, the assay described in this example may be used to identify a preferred vaccine candidate. In some embodiments, the assay described in this example may be used to identify vaccine candidates that should be tested in further experiments (e.g., mouse experiments). In some embodiments, the assay described in this example may be used to identify features that result in enhanced expression of an antigen (e.g., particular secretory signals, multimerization domains, transmembrane regions (e.g., transmembrane domains), antigen sequences, nucleotide sequences, etc.), and which may be particularly advantageous for use in vaccine design (e.g., design of vaccines against SARS-CoV-2). The assay described in this example measures extracellular expression of the RBD (i.e., expression of membrane-anchored antigen exposed to the extracellular environment) and may therefore be a useful assay for predicting the immunogenicity of a vaccine candidate (e.g., B cell immunogenicity).
La
Un exemple de flux de travail expérimental est illustré dans la
La
La Fig. 12(A) montre le signal de fond des cellules incubées avec seulement le 2eanticorps (pas d’ACE2 ou de 1eanticorps). Comme le montre la Fig. 12(A), la fluorescence de fond était très variable entre les différents échantillons. Pour tenir compte de cette variabilité, la fluorescence de fond a été soustraite lors de la comparaison de différents candidats vaccins. La Fig. 12(B) montre l’expression de différentes constructions lorsque les cellules ont été incubées avec l’ACE2 et sondées à l’aide d’un 2eanticorps de souris. Étonnamment, tous les signaux sécrétoires testés ont montré une expression extracellulaire améliorée du RBD par rapport au signal sécrétoire de la protéine S native du SARS-CoV-2 (aa 1-19). Un tel résultat est surprenant car il a déjà été démontré que le signal sécrétoire de la protéine S fonctionne bien dans le contexte de la protéine S complète et du NTD (données non présentées). Sans vouloir être liés par la théorie, les inventeurs émettent l’hypothèse que ce résultat inattendu pourrait être causé par la jonction artificielle entre le signal sécrétoire et le RBD, qui pourrait interférer avec le clivage du signal sécrétoire et l’expression de surface du RBD. La Fig. 13 montre une répétition de l’expérience. Une fois encore, une grande variabilité du signal de fond a été observée (comme le montre la Fig. 13(A)), mais elle pourrait être corrigée par soustraction. Le signal sécrétoire du SARS-CoV-2 a entraîné une expression de RBD pire que celle de toutes les autres constructions testées. La Fig. 14 montre les résultats d’une expérience de criblage, dans laquelle un anticorps qui se lie au RBD a été utilisé plutôt que l’ACE2, et un anticorps humain a été utilisé comme 2eanticorps. Comme le montre la Fig. 14(A), une fluorescence de fond réduite a été observée avec cette combinaison de réactifs par rapport aux résultats présentés dans les Fig. 12 et 13. La fluorescence de fond a de nouveau été soustraite. Comme le montre la Fig. 14(B), le signal sécrétoire du SARS-CoV-2 s’est à nouveau avéré entraîner une expression plus faible que tout autre signal sécrétoire testé. La Fig. 16 montre les données de cytométrie de flux des 5 constructions les plus exprimées. La
Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique (par exemple, l’ARN) décrit ici comprend une séquence nucléotidique fournie dans le tableau XXXI et/ou code pour un polypeptide comprenant, en tant que séquence N-terminale, une séquence d’acides aminés fournie dans le tableau XXXI. Dans certains modes de réalisation, un acide nucléique (par exemple, l’ARN) décrit ici comprend une séquence nucléotidique fournie dans la
In some embodiments, a nucleic acid (e.g., RNA) described herein comprises a nucleotide sequence provided in Table XXXI and/or encodes a polypeptide comprising, as an N-terminal sequence, an amino acid sequence provided in Table XXXI. In some embodiments, a nucleic acid (e.g., RNA) described herein comprises a nucleotide sequence provided in Table XXXI.
Tableau XXXI : Autres signaux sécrétoires
Le présent exemple fournit des données issues d’une expérience conçue pour tester l’effet de différents peptides signaux sécrétoires hétérologues sur l’expression (i) de polypeptides comprenant un RBD d’une protéine S du SARS-CoV-2 et (ii) de polypeptides comprenant un sous-domaine S1 de la protéine S (dans le présent exemple, une région correspondant aux acides aminés 14 à 528 de SEQ ID NO : 1). Le présent exemple fournit des données montrant que des peptides signaux sécrétoires hétérologues peuvent améliorer l’expression des deux types de polypeptides et fournit également certains peptides signaux sécrétoires hétérologues qui peuvent entraîner une expression de constructions particulièrement améliorée.This example provides data from an experiment designed to test the effect of different heterologous secretory signal peptides on the expression of (i) polypeptides comprising an RBD of a SARS-CoV-2 S protein and (ii) polypeptides comprising an S1 subdomain of the S protein (in this example, a region corresponding to amino acids 14 to 528 of SEQ ID NO: 1). This example provides data showing that heterologous secretory signal peptides can enhance the expression of both types of polypeptides and also provides certain heterologous secretory signal peptides that can result in particularly enhanced expression of constructs.
Dans le présent exemple, des lignées cellulaires ont été transfectées avec un acide nucléique codant pour les polypeptides d’intérêt, et l’expression à la surface cellulaire du RBD codé ou du sous-domaine S1 tronqué a ensuite été mesurée à l’aide d’un agent de liaison approprié (dans le présent exemple, une protéine ACE2 marquée). Des procédés appropriés pour réaliser ce protocole de criblage comportent, par exemple, ceux décrits dans l’exemple 3 précédent.In the present example, cell lines were transfected with a nucleic acid encoding the polypeptides of interest, and cell surface expression of the encoded RBD or truncated S1 subdomain was then measured using a suitable binding agent (in the present example, a labeled ACE2 protein). Suitable methods for carrying out this screening protocol include, for example, those described in Example 3 above.
Dans le présent exemple, les peptides signaux sécrétoires suivants ont été testés pour leur effet sur l’expression d’un polypeptide comprenant un RBD ancré à la membrane.
Dans le présent exemple, les peptides signaux sécrétoires suivants ont été testés pour leur effet sur l’expression d’un polypeptide comprenant un fragment de polypeptide S1 ancré à la membrane (comprenant une région correspondant aux acides aminés 14 à 528 de SEQ ID NO : 1).
Des exemples de séquences pour les peptides signaux sécrétoires ci-dessus peuvent être trouvés dans les tableaux 2, 3 et XXXI et dans la
Les données d’expression sont fournies dans les
La
There
Exemple 5 : Test de l’effet d’un domaine de trimérisation sur l’expression de l’antigène et l’immunogénicitéExample 5: Testing the effect of a trimerization domain on antigen expression and immunogenicity
Le présent exemple fournit des résultats d’études in vitro et in vivo testant l’effet d’un domaine de trimérisation sur l’expression et l’immunogénicité d’un fragment d’une protéine S du SARS-CoV-2. Les résultats fournis dans le présent exemple montrent, de manière surprenante, que l’omission d’un domaine de trimérisation (le domaine de trimérisation de la fibritine dans le présent exemple) peut améliorer l’expression sans affecter l’immunogénicité.This example provides results from in vitro and in vivo studies testing the effect of a trimerization domain on the expression and immunogenicity of a fragment of a SARS-CoV-2 S protein. The results provided in this example show, surprisingly, that omitting a trimerization domain (the fibritin trimerization domain in this example) can improve expression without affecting immunogenicity.
Des acides nucléiques codant pour des polypeptides comprenant un fragment du sous-domaine S1 (dans le présent exemple, un fragment correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1) ont été transfectés dans une lignée cellulaire, et les lignées cellulaires ont ensuite été criblées pour l’expression à la surface cellulaire du sous-domaine S1 à l’aide d’un agent approprié (ACE2 marquée dans le présent exemple). Un exemple de protocole pour réaliser cette expérience de criblage est fourni dans l’exemple 3. Les constructions particulières testées dans le présent exemple sont fournies ci-dessous :
Comme le montre la figure 185(A), l’inclusion d’un domaine de trimérisation de la fibritine (comme dans la construction ARN008) s’est avérée étonnamment diminuer l’expression du fragment de sous-domaine S1, tandis que l’omission d’un domaine de trimérisation de la fibritine (comme dans la construction ARN017) s’est avérée augmenter l’expression.As shown in Figure 185(A), inclusion of a fibritin trimerization domain (as in construct ARN008) was found to surprisingly decrease expression of the S1 subdomain fragment, while omission of a fibritin trimerization domain (as in construct ARN017) was found to increase expression.
Étant donné que la suppression du domaine de trimérisation de la fibritine améliorait l’expression in vitro, une expérience sur la souris a ensuite été réalisée pour tester si l’omission du domaine de trimérisation de la fibritine affectait l’immunogénicité dans une construction comprenant un fragment du sous-domaine S1 et la région transmembranaire (par exemple, le domaine transmembranaire) de la protéine S du SARS-CoV-2. Dans l’expérience sur la souris, les souris ont reçu (1) un témoin négatif, (2) de l’ARN008 ou (3) de l’ARN017.Since deletion of the fibritin trimerization domain enhanced in vitro expression, a mouse experiment was then performed to test whether omission of the fibritin trimerization domain affected immunogenicity in a construct comprising a fragment of the S1 subdomain and the transmembrane region (e.g., the transmembrane domain) of the SARS-CoV-2 S protein. In the mouse experiment, mice received (1) a negative control, (2) RNA008, or (3) RNA017.
Des protocoles appropriés pour vacciner les souris et mesurer les titres d’anticorps sont fournis,par exemple, dans les exemples précédents. Dans le présent exemple, des souris naïves au vaccin ont reçu 0,5 µg d’ARN formulé dans des LNP. Des échantillons de sérum ont été prélevés 7, 14, 21 et 28 jours après la vaccination et les titres neutralisants ont été déterminés à l’aide d’un test de neutralisation de pseudovirus. Les résultats sont présentés dans la Fig. 18(B). Comme le montre la Fig. 18(B), l’élimination du domaine de trimérisation de la fibritine d’une construction (comme dans l’ARN017) comprenant un fragment S1 d’une protéine S n’a pas interféré avec l’immunogénicité. La découverte selon laquelle un domaine de trimérisation n’était pas nécessaire pour induire une réponse immunitaire était surprenante, étant donné que la protéine S endogène est présente dans un état trimérisé. La suppression d’un domaine de trimérisation de la fibritine T4 offre des avantages non liés à l’expression, notamment, par exemple, la suppression d’un antigène potentiel dans le domaine de trimérisation de la fibritine T4 (dont l’inclusion, par exemple, pourrait conduire à des réponses immunitaires non productives et/ou contribuer à l’activation des cellules B mémoires qui peuvent contribuer à l’empreinte immunitaire et interférer avec la génération d’une réponse de novo).
Suitable protocols for vaccinating mice and measuring antibody titers are provided,for example , in the previous examples. In the present example, vaccine-naïve mice received 0.5 µg of RNA formulated in LNPs. Serum samples were collected 7, 14, 21, and 28 days after vaccination, and neutralizing titers were determined using a pseudovirus neutralization assay. The results are shown in Fig. 18(B). As shown in Fig. 18(B), removal of the fibritin trimerization domain from a construct (as in ARN017) comprising an S1 fragment of an S protein did not interfere with immunogenicity. The finding that a trimerization domain was not required to induce an immune response was surprising, given that endogenous S protein is present in a trimerized state. Deletion of a T4 fibritin trimerization domain provides non-expression-related benefits, including, for example, the removal of a potential antigen in the T4 fibritin trimerization domain (the inclusion of which, for example, could lead to non-productive immune responses and/or contribute to the activation of memory B cells that may contribute to immune imprinting and interfere with the generation of a de novo response).
Exemple 6 : Test de l’effet de différents domaines transmembranaires sur l’expression de l’antigèneExample 6: Testing the effect of different transmembrane domains on antigen expression
Le présent exemple fournit les résultats d’une expérience dans laquelle des polypeptides codant pour l’ARN comprenant différents domaines transmembranaires ont été créés et criblés pour l’expression in vitro. Comme le montrent les données fournies dans le présent exemple, plusieurs domaines transmembranaires hétérologues peuvent être utilisés pour l’expression d’antigène à la surface cellulaire.This example provides the results of an experiment in which RNA-encoding polypeptides comprising different transmembrane domains were created and screened for in vitro expression. As shown by the data provided in this example, multiple heterologous transmembrane domains can be used for antigen expression at the cell surface.
Des acides nucléiques codant pour des polypeptides identiques les uns aux autres, à l’exception de la région transmembranaire, ont été créés et transfectés dans une lignée cellulaire. Les cellules ont ensuite été criblées pour l’expression à la surface cellulaire d’un fragment de la protéine S codée par l’acide nucléique transfecté à l’aide d’un agent de liaison approprié (dans le présent exemple, la protéine ACE2 marquée). Des procédés appropriés pour réaliser ces expériences sont fournis, par exemple, dans l’exemple 3.Nucleic acids encoding polypeptides identical to each other except for the transmembrane region were created and transfected into a cell line. The cells were then screened for cell surface expression of a fragment of the S protein encoded by the transfected nucleic acid using a suitable linker (in this example, the labeled ACE2 protein). Suitable methods for performing these experiments are provided, for example, in Example 3.
Les domaines transmembranaires répertoriés ci-dessous ont été criblés dans le présent exemple pour leur effet sur l’expression d’un fragment d’un polypeptide S1 :
Les séquences d’acides aminés et de nucléotides pour les domaines transmembranaires ci-dessus peuvent être trouvées dans la présente invention (voir tableau 4).The amino acid and nucleotide sequences for the above transmembrane domains can be found in the present invention (see Table 4).
Les résultats d’une expérience initiale sont présentés dans les figures 19(A) et (B). Comme le montre la Fig. 19(A), chaque domaine transmembranaire testé a permis l’expression à la surface cellulaire d’un fragment du sous-domaine S1. Parmi les constructions testées, le domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 était parmi les domaines transmembranaires les plus performants, avec seulement 4 des 21 domaines transmembranaires testés fournissant des améliorations modestes de l’expression par rapport au domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 (voir la Fig. 19(B), qui montre les 5 constructions les plus performantes ; l'ARN017 correspond à une construction comprenant le TMD du SARS-CoV-2). Une autre expérience répétée a été réalisée, dont les résultats sont présentés dans les figures 19(C) et 19(D). L’expérience répétée a confirmé que chacun des domaines transmembranaires testés permettait l’expression à la surface cellulaire du fragment S1 du SARS-CoV-2 (voir Fig. 19(C)) et que le domaine transmembranaire du SARS-CoV-2 était parmi les domaines transmembranaires les plus performants testés (voir Fig. 19(D)). Dans l’expérience répétée, aucune amélioration significative de l’expression n’a été observée lors de la comparaison de l’expression des polypeptides comprenant le domaine transmembranaire de la protéine S du SARS-CoV-2 à ceux comprenant d’autres domaines transmembranaires les plus performants.The results of an initial experiment are presented in Figures 19(A) and (B). As shown in Fig. 19(A), each transmembrane domain tested enabled cell surface expression of a fragment of the S1 subdomain. Among the constructs tested, the SARS-CoV-2 transmembrane domain was among the best-performing transmembrane domains, with only 4 of the 21 transmembrane domains tested providing modest improvements in expression compared to the SARS-CoV-2 transmembrane domain (see Fig. 19(B), which shows the 5 best-performing constructs; ARN017 corresponds to a construct comprising the SARS-CoV-2 TMD). Another replicate experiment was performed, the results of which are presented in Figures 19(C) and 19(D). The repeated experiment confirmed that each of the tested transmembrane domains enabled cell surface expression of the SARS-CoV-2 S1 fragment (see Fig. 19(C)) and that the SARS-CoV-2 transmembrane domain was among the best-performing transmembrane domains tested (see Fig. 19(D)). In the repeated experiment, no significant improvement in expression was observed when comparing the expression of polypeptides comprising the SARS-CoV-2 S protein transmembrane domain to those comprising other best-performing transmembrane domains.
Des données d’immunogénicité chez la souris pour des constructions comprenant un TMD d’une protéine de la grippe (ARN038), une protéine du SARS-CoV-2 (ARN036), un VSV-G (ARN037) ont également été collectées, en plus d’une construction comprenant une séquence EABR (ARN039). Le protocole expérimental présenté dans la
Mouse immunogenicity data for constructs comprising a TMD of an influenza protein (ARN038), a SARS-CoV-2 protein (ARN036), a VSV-G (ARN037) were also collected, in addition to a construct comprising an EABR sequence (ARN039). The experimental protocol presented in the
Exemple 7 : Immunogénicité de différents fragments de protéine S chez la sourisExample 7: Immunogenicity of different fragments of protein S in mice
L’expérience décrite dans le présent exemple a testé l’immunogénicité de différents fragments de la protéine S du SARS-CoV-2. En particulier, le présent exemple a testé l’immunogénicité de l’ARN formulé dans des LNP codant pour la protéine S complète (construction d’ARN041), un polypeptide comprenant le RBD (construction d’ARN040), un polypeptide comprenant le NTD lié au RBD via un lieur artificiel (construction d’ARN038), et un polypeptide comprenant un fragment du sous-domaine S1 (comprenant la région correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1 ; construction d’ARN035) (constructions décrites dans les exemples 4 à 6). Dans chaque cas, la protéine S du SARS-CoV-2 ou le fragment de celle-ci comprenait des régions de la protéine S du variant XBB.1.5.The experiment described in this example tested the immunogenicity of different fragments of the SARS-CoV-2 S protein. In particular, this example tested the immunogenicity of RNA formulated into LNPs encoding the full-length S protein (RNA construct041), a polypeptide comprising the RBD (RNA construct040), a polypeptide comprising the NTD linked to the RBD via an artificial linker (RNA construct038), and a polypeptide comprising a fragment of the S1 subdomain (comprising the region corresponding to amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1; RNA construct035) (constructs described in examples 4 to 6). In each case, the SARS-CoV-2 S protein or fragment thereof included regions of the S protein of the XBB.1.5 variant.
Un aperçu du protocole expérimental utilisé dans le présent exemple est fourni dans la
Les titres d’anticorps neutralisants sont présentés dans les figures 21(A) à (F). Comme le montre la Fig. 21(F), au 7e jour, les souris ayant reçu l’ARN038 ont montré les titres neutralisants les plus élevés. Au fil du temps, cependant, les titres de neutralisation induits par l’ARN035 ont augmenté et au jour 21 (avant le rappel), les titres de neutralisation chez les souris ayant reçu l’ARN038 étaient à peu près les mêmes que ceux des souris ayant reçu l’ARN035. Au jour 28 (7 jours après le rappel), les souris ayant reçu l’ARN038 se sont à nouveau révélées avoir les titres de neutralisation les plus élevés, mais au jour 35 (14 jours après le rappel et le dernier point dans le temps ayant fait l’objet d’un prélèvement), la différence entre l’ARN038 et l’ARN035 semblait à nouveau se réduire et il était attendu qu’à des points dans le temps plus longs, les titres de neutralisation dans les deux groupes seraient au moins à peu près égaux.Neutralizing antibody titers are shown in Figures 21(A) to (F). As shown in Fig. 21(F), at day 7, mice receiving ARN038 showed the highest neutralizing titers. Over time, however, ARN035-induced neutralizing titers increased, and at day 21 (before the boost), neutralizing titers in mice receiving ARN038 were approximately the same as those in mice receiving ARN035. At day 28 (7 days post-boost), mice receiving ARN038 were again found to have the highest neutralization titers, but at day 35 (14 days post-boost and the last time point sampled), the difference between ARN038 and ARN035 appeared to be reduced again, and it was expected that at longer time points, neutralization titers in the two groups would be at least approximately equal.
Ces résultats démontrent que, bien que les titres de neutralisation étaient initialement plus élevés chez les souris ayant reçu de l’ARN codant pour un antigène NTD et RBD relié via un lieur artificiel (« NTD-GS-RBD »), au fil du temps, les titres de neutralisation induits par un ARN codant pour un fragment du sous-domaine S1 (comprenant le NTD et le RBD reliés via une séquence endogène) ont augmenté à un rythme plus rapide, de sorte qu’environ 3 semaines après la vaccination, les titres de neutralisation induits par un ARN codant pour le polypeptide NTD-GS-RBD étaient comparables à ceux induits par le fragment du sous-domaine S1. Il a été constaté que les fragments du sous-domaine NTD-GS-RBD et S1 induisent des réponses de neutralisation supérieures à celles induites par l’ARN codant pour la protéine S complète et le RBD seul. Les réponses des cellules T se sont avérées largement comparables entre la protéine S complète, l’ARN038 et l’ARN035, l’ARN035 suscitant le nombre moyen de points IFNg+ le plus élevé (données non présentées).These results demonstrate that, although neutralization titers were initially higher in mice receiving RNA encoding an NTD and RBD antigen joined via an artificial linker (“NTD-GS-RBD”), over time, neutralization titers induced by an RNA encoding a fragment of the S1 subdomain (comprising the NTD and RBD joined via an endogenous sequence) increased at a faster rate, such that approximately 3 weeks after vaccination, neutralization titers induced by an RNA encoding the NTD-GS-RBD polypeptide were comparable to those induced by the S1 subdomain fragment. Both the NTD-GS-RBD and S1 subdomain fragments were found to induce neutralization responses greater than those induced by RNA encoding the full-length S protein and the RBD alone. T cell responses were found to be largely comparable between full-length S protein, RNA038, and RNA035, with RNA035 eliciting the highest mean number of IFNg+ spots (data not shown).
Exemple 8 : Données d’immunogénicité supplémentaires chez la souris démontrant des titres de neutralisation améliorés fournis par les constructions fournies iciExample 8: Additional mouse immunogenicity data demonstrating enhanced neutralization titers provided by the constructs provided herein
Une autre expérience sur la souris a été réalisée pour tester si les différentes caractéristiques polypeptidiques qui s’étaient avérées entraîner une expression et/ou une immunogénicité améliorées de manière isolée entraîneraient une immunogénicité améliorée lorsqu’elles étaient testées en combinaison. En particulier, le présent exemple a testé l’immunogénicité de constructions comprenant (1) le NTD et le RBD de la protéine S (soit reliés via un lieur artificiel (appelé « NTD-GS-RBD » dans le présent exemple) soit avec un lieur natif), et (2) un peptide signal sécrétoire amélioré (en particulier, le peptide signal sécrétoire GD_HHV1K). Les constructions spécifiques testées sont indiquées dans la
La
Les figures 23(A) à 23(F) fournissent les titres de neutralisation pour chacun des groupes de souris. Comme observé dans l’exemple 9, un ARN codant pour un polypeptide comprenant le NTD et le RBD de la protéine S reliés via un lieur artificiel (ARN038) a montré des titres de neutralisation élevés à des points dans le temps précoces, mais au fil du temps, les titres de neutralisation induits par les deux ARN codant pour un fragment du sous-domaine S1 (comprenant la région correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1 dans le présent exemple) ont augmenté à un rythme plus rapide. Au jour 21, les titres de neutralisation induits par les deux ARN codant pour un fragment du sous-domaine S1 ont dépassé ceux induits par l’ARN codant pour un polypeptide comprenant un NTD et un RBD liés via un lieur artificiel. Les titres de neutralisation supérieurs ont persisté jusqu’au jour 34 (le dernier jour de l’étude). Les titres de neutralisation induits par l’ARN codant pour une construction NTD-GS-RBD se sont avérés analogues à ceux induits par l’ARN codant pour un polypeptide comprenant le RBD seul (ARN003 ; voir l’exemple 4). Au jour 34, les titres neutralisants produits par l’ARN codant pour un fragment du domaine S1 (c’est-à-dire un sous-domaine S1 tronqué) étaient 3 fois plus élevés que ceux induits par l’ARN codant pour un polypeptide comprenant le NTD et le RBD liés via un lieur artificiel.Figures 23(A) to 23(F) provide the neutralization titers for each of the groups of mice. As observed in Example 9, an RNA encoding a polypeptide comprising the NTD and RBD of protein S joined via an artificial linker (RNA038) showed high neutralization titers at early time points, but over time, the neutralization titers induced by the two RNAs encoding a fragment of the S1 subdomain (comprising the region corresponding to amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1 in the present example) increased at a faster rate. By day 21, the neutralization titers induced by the two RNAs encoding a fragment of the S1 subdomain exceeded those induced by the RNA encoding a polypeptide comprising an NTD and an RBD joined via an artificial linker. The higher neutralizing titers persisted until day 34 (the last day of the study). Neutralizing titers induced by RNA encoding an NTD-GS-RBD construct were found to be analogous to those induced by RNA encoding a polypeptide comprising the RBD alone (RNA003; see Example 4). At day 34, neutralizing titers produced by RNA encoding a fragment of the S1 domain (i.e., a truncated S1 subdomain) were 3-fold higher than those induced by RNA encoding a polypeptide comprising the NTD and RBD linked via an artificial linker.
Ces résultats démontrent que plusieurs domaines transmembranaires peuvent être utilisés pour ancrer les antigènes du SARS-CoV-2 à la surface cellulaire. Les résultats démontrent aussi que l’utilisation d’un ARN codant pour un fragment du sous-domaine S1 (par exemple, un fragment correspondant aux acides aminés 1 à 528 de SEQ ID NO : 1) peut induire des titres neutralisants plus élevés et plus persistants par rapport à l’ARN codant pour un polypeptide comprenant NTD et RBD liés via un lieur artificiel et/ou à l’ARN codant pour un polypeptide comprenant un RBD seul.These results demonstrate that multiple transmembrane domains can be used to anchor SARS-CoV-2 antigens to the cell surface. The results also demonstrate that the use of an RNA encoding a fragment of the S1 subdomain (e.g., a fragment corresponding to amino acids 1 to 528 of SEQ ID NO: 1) can induce higher and more persistent neutralizing titers compared to RNA encoding a polypeptide comprising NTD and RBD linked via an artificial linker and/or RNA encoding a polypeptide comprising an RBD alone.
Exemple 9 : Données d’immunogénicité supplémentaires chez la souris démontrant des titres de neutralisation améliorés fournis par les constructions fournies iciExample 9: Additional mouse immunogenicity data demonstrating enhanced neutralization titers provided by the constructs provided herein
Le présent exemple fournit des données d’immunogénicité supplémentaires chez la souris testant l’immunogénicité des compositions d’ARN formulées dans des LNP fournies ici. Les compositions d’ARN spécifiques testées dans la présente expérience sont présentées dans la
Comme le montre la
Des échantillons de sérum ont été testés pour les titres de neutralisation. Les résultats sont présentés dans les figures 25(A) à (E). Comme le montrent les figures 25(A) à (E), l’ARN017 (voir exemple 6) a induit les titres de neutralisation les plus élevés, suivi de l’ARN035 (voir exemple 5). La différence entre les polypeptides codés par l’ARN017 et l’ARN035 était matérialisée par (1) le remplacement du peptide signal sécrétoire de la protéine S par un peptide signal sécrétoire artificiel (SP25-GD_HHV1K) et par (2) l’omission du domaine de trimérisation de la fibritine. La réponse de neutralisation améliorée induite par l’ARN017 par rapport à l’ARN035 est cohérente avec les résultats in vitro et in vivo décrits dans les exemples précédents et confirme que les deux caractéristiques peuvent être combinées pour produire un ARN avec une immunogénicité considérablement améliorée. De manière significative, comme le montre la Fig. 25(D), 28 jours après la vaccination, les titres de neutralisation induits par l’ARN017 étaient> 5 foissupérieurs à ceux induits par le produit BNT162b2 original (comprenant l’ARN codant pour la protéine S complète). Cette amélioration des titres de neutralisation est remarquable et devrait entraîner des améliorations significatives de l’efficacité, de la protection et/ou de la neutralisation croisée. Il est également remarquable que des titres de neutralisation aussi élevés aient été obtenus chez des souris naïves au vaccin ayant reçu une seule dose de vaccin (par rapport aux deux doses actuellement recommandées pour tous les vaccins à ARN approuvés commercialement aux États-Unis pour l’administration à des sujets naïfs au vaccin).
Serum samples were tested for neutralization titers. The results are shown in Figures 25(A) to (E). As shown in Figures 25(A) to (E), RNA017 (see Example 6) induced the highest neutralization titers, followed by RNA035 (see Example 5). The difference between the polypeptides encoded by RNA017 and RNA035 was evidenced by (1) replacement of the S protein secretory signal peptide with an artificial secretory signal peptide (SP25-GD_HHV1K) and (2) omission of the fibritin trimerization domain. The enhanced neutralization response induced by RNA017 compared to RNA035 is consistent with the in vitro and in vivo results described in the previous examples and confirms that both features can be combined to produce an RNA with significantly improved immunogenicity. Significantly, as shown in Fig. 25(D), 28 days after vaccination, neutralization titers induced by ARN017 were>5-fold higher than those induced by the original BNT162b2 product (comprising the RNA encoding the full-length S protein). This improvement in neutralization titers is remarkable and is expected to result in significant improvements in efficacy, protection, and/or cross-neutralization. It is also remarkable that such high neutralization titers were obtained in vaccine-naïve mice that received a single dose of vaccine (compared to the two doses currently recommended for all RNA vaccines commercially approved in the United States for administration to vaccine-naïve subjects).
Exemple 10 : Données d’immunogénicité supplémentaires chez la souris démontrant des titres de neutralisation améliorés fournis par les constructions fournies iciExample 10: Additional mouse immunogenicity data demonstrating enhanced neutralization titers provided by the constructs provided herein
Le présent exemple fournit des données d’immunogénicité supplémentaires chez la souris testant l’immunogénicité des compositions d’ARN formulées dans des LNP fournies ici. Les compositions d’ARN spécifiques testées dans la présente expérience sont présentées dans la
Les titres de neutralisation sont fournis dans les Fig. 27(A) à (E). Les titres de neutralisation confirment que l’incorporation d’un peptide signal sécrétoire optimisé permet une antigénicité améliorée (comme en témoignent les titres de neutralisation améliorés générés par les constructions ARN008 et ARN017 au jour 35 par rapport à la construction ARN036). Les résultats confirment également qu’un domaine de trimérisation de la fibritine n’est pas nécessaire pour générer une réponse immunitaire (comme le démontrent les titres de neutralisation comparables induits par l’ARN008 et l’ARN017). Au jour 35, une différence statistiquement significative dans les titres de neutralisation a été observée entre l’ARN008 et l’ARN017 par rapport à la construction BNT162b2 d’origine (ARN041).Neutralization titers are provided in Fig. 27(A) to (E). The neutralization titers confirm that the incorporation of an optimized secretory signal peptide allows for enhanced antigenicity (as evidenced by the enhanced neutralization titers generated by constructs ARN008 and ARN017 at day 35 compared to construct ARN036). The results also confirm that a fibritin trimerization domain is not required to generate an immune response (as demonstrated by the comparable neutralization titers induced by ARN008 and ARN017). At day 35, a statistically significant difference in neutralization titers was observed between ARN008 and ARN017 compared to the original BNT162b2 construct (ARN041).
Les Fig. 27(F) et (G) montrent les mêmes données que la Fig. 27(F) et les données d’une expérience répétée, mais montre uniquement les titres de neutralisation produits par l’ARN le plus performant (ARN017) et le BNT162b2 d’origine (ARN041). Comme le montre la
Fig. 27(F) and (G) show the same data as Fig. 27(F) and data from a repeated experiment, but only shows the neutralization titers produced by the best-performing RNA (RNA017) and the original BNT162b2 (RNA041). As shown in
Exemple 11 : Données d’immunogénicité supplémentaires chez la souris démontrant l’effet d’économie de dose fourni par les constructions d’ARN décrites iciExample 11: Additional mouse immunogenicity data demonstrating the dose-sparing effect provided by the RNA constructs described herein
Le présent exemple fournit les résultats d’une expérience confirmant que les constructions décrites ici présentent un effet d’économie de dose. Les compositions d’ARN spécifiques testées dans la présente expérience étaient ARN041 (codant pour une protéine S complète d’un variant XBB.1.5 du SARS-CoV-2) et ARN 017 (codant pour un polypeptide comprenant un sous-domaine S1 tronqué d’un variant XBB.1.5 du SARS-CoV-2, un peptide signal sécrétoire hétérologue (SP25-GD_HHV1K) et un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2).This example provides the results of an experiment confirming that the constructs described herein exhibit a dose-sparing effect. The specific RNA compositions tested in the present experiment were RNA041 (encoding a full-length S protein of a SARS-CoV-2 XBB.1.5 variant) and RNA017 (encoding a polypeptide comprising a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 XBB.1.5 variant, a heterologous secretory signal peptide (SP25-GD_HHV1K), and a SARS-CoV-2 transmembrane domain).
Des souris naïves au vaccin ont reçu une dose unique d’ARN formulé dans des LNP, comprenant 0,4, 0,1 ou 0,025 µg d’ARN041 ou d’ARN017. Des échantillons de sérum ont été prélevés 7, 14, 21, 28 et 35 jours après l’administration d’ARN formulé dans des LNP, et les titres de neutralisation contre un variant XBB.1.5 du SARS-CoV-2 ont été mesurés à l’aide d’un test de neutralisation de pseudovirus.Vaccine-naïve mice received a single dose of LNP-formulated RNA, comprising 0.4, 0.1, or 0.025 µg of RNA041 or RNA017. Serum samples were collected 7, 14, 21, 28, and 35 days after LNP-formulated RNA administration, and neutralization titers against a SARS-CoV-2 XBB.1.5 variant were measured using a pseudovirus neutralization assay.
Les résultats sont présentés dans les Figs. 32(A) à (F). Semblables aux expériences précédentes, les titres de neutralisation induits par une construction codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN017 ici) ont continué à augmenter beaucoup plus longtemps que l’ARN codant pour une protéine S complète, avec l’augmentation la plus significative des titres de neutralisation produits pour l’ARN017 observée entre les jours 14 et 35, tandis que les titres de neutralisation avaient largement atteint un plateau pour l’ARN041 à partir du jour 14 environ.The results are shown in Fig. 32(A) to (F). Similar to previous experiments, neutralization titers induced by a construct encoding a truncated S1 subdomain (RNA017 here) continued to increase for much longer than RNA encoding a full-length S protein, with the most significant increase in neutralization titers produced for RNA017 observed between days 14 and 35, while neutralization titers had largely plateaued for RNA041 by approximately day 14.
Des signes clairs d’un effet d’économie de dose sont apparus après le 21e jour. Au jour 35, la dose de 0,4 µg d’ARN017 avait entraîné des titres environ 6 fois plus élevés que ceux induits par l’ARN041. Les deux doses plus faibles d’ARN017 (0,1 µg et même 0,025 µg) ont également provoqué une réponse de neutralisation robuste chez toutes les souris, tandis que l’ARN041 n’a induit une réponse détectable que chez 2/5 souris ayant reçu 0,1 µg, et chez aucune souris ayant reçu 0,025 µg d’ARN. Au jour 35, les titres de neutralisation induits par 0,1 µg d’ARN017 étaient comparables à ceux induits par 0,4 µg d’ARN041, et 0,025 µg d’ARN017 avait induit des titres de neutralisation supérieurs à ceux induits par 0,1 µg d’ARN041.Clear signs of a dose-sparing effect appeared after day 21. By day 35, the 0.4 µg dose of ARN017 had resulted in titers approximately 6-fold higher than those induced by ARN041. The two lower doses of ARN017 (0.1 µg and even 0.025 µg) also elicited a robust neutralization response in all mice, whereas ARN041 induced a detectable response in only 2/5 mice receiving 0.1 µg, and in no mice receiving 0.025 µg of RNA. At day 35, neutralization titers induced by 0.1 µg ARN017 were comparable to those induced by 0.4 µg ARN041, and 0.025 µg ARN017 had induced neutralization titers higher than those induced by 0.1 µg ARN041.
Ces données confirment que l’ARN017 et d’autres ARN codant pour un polypeptide ayant une conception similaire (c’est-à-dire comprenant un sous-domaine S1 tronqué (acides aminés 14 à 528), un peptide signal sécrétoire hétérologue (SP25-GD_HHV1K) et un domaine transmembranaire SARS-CoV-2) fournissent un effet d’économie de dose. Les résultats suggèrent aussi que d’autres constructions d’ARN qui induisent des titres de neutralisation plus élevés que l’ARN codant pour une protéine S complète à la même concentration d’ARN présenteraient également un effet d’économie de dose.These data confirm that RNA017 and other RNAs encoding a polypeptide with a similar design (i.e., comprising a truncated S1 subdomain (amino acids 14 to 528), a heterologous secretory signal peptide (SP25-GD_HHV1K), and a SARS-CoV-2 transmembrane domain) provide a dose-sparing effect. The results also suggest that other RNA constructs that induce higher neutralization titers than RNA encoding a full-length S protein at the same RNA concentration would also exhibit a dose-sparing effect.
Exemple 12 : Données d’immunogénicité supplémentaires chez la souris démontrant des titres de neutralisation plus élevés et une neutralisation croisée améliorée fournis par les constructions décrites iciExample 12: Additional mouse immunogenicity data demonstrating higher neutralization titers and enhanced cross-neutralization provided by the constructs described herein
Le présent exemple fournit les résultats d’une expérience confirmant que les constructions décrites ici induisent des titres de neutralisation plus élevés contre de variants correspondants et une neutralisation croisée plus large par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète. Les compositions spécifiques d’ARN testées dans la présente expérience étaient :
Des souris naïves au vaccin ont reçu une dose unique de chacun des ARN, formulés sous forme de LNP. Des échantillons de sérum ont été prélevés 7, 14, 21, 28 et 35 jours après l’administration d’un vaccin, et les titres de neutralisation ont été collectés.Vaccine-naïve mice received a single dose of each RNA, formulated as LNPs. Serum samples were collected 7, 14, 21, 28, and 35 days after vaccine administration, and neutralization titers were collected.
Les résultats sont présentés dans les figures 33(A) à (G). Au jour 35, on a constaté que chacun des ARN codant pour un fragment de la protéine S du SARS-CoV-2 induisait des titres de neutralisation similaires ou supérieurs contre un variant XBB.1.5 par rapport à un ARN codant pour une protéine S complète. En particulier, il a été constaté qu’un TMD du SARS-CoV-2 et le codage d’un sous-domaine S1 tronqué, à la fois séparément et ensemble, induisent des titres de neutralisation plus élevés par rapport à l’ARN codant pour une protéine SARS-CoV-2 complète.The results are presented in Figures 33(A) to (G). At day 35, each of the RNAs encoding a fragment of the SARS-CoV-2 S protein was found to induce similar or higher neutralization titers against an XBB.1.5 variant compared to an RNA encoding a full-length S protein. In particular, a SARS-CoV-2 TMD and coding for a truncated S1 subdomain, both separately and together, were found to induce higher neutralization titers compared to RNA encoding a full-length SARS-CoV-2 protein.
La Fig. 33(G) fournit des titres de neutralisation contre un panel de pseudovirus SARS-CoV-2 adaptés à des variants induits par (1) l’ARN codant pour une partie S complète (ARN041) et (2) l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué, un peptide signal sécrétoire hétérologue et un domaine transmembranaire du SARS-CoV-2. Comme le montre la Fig. 23(G), et comme on peut le constater dans d’autres expériences décrites ici, les titres de neutralisation contre un pseudovirus adapté à XBB.1.5 ont été grandement améliorés pour l’ARN017 par rapport à l’ARN041 (augmentation d’environ 9 fois des titres de neutralisation). Les titres de neutralisation se sont également avérés considérablement augmentés pour le BA.4/5 (augmentation > 10 fois), démontrant que les compositions d’ARN décrites ici induisent une neutralisation croisée plus large des variants du SARS-CoV-2 par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète.
Fig. 33(G) provides neutralization titers against a panel of SARS-CoV-2 pseudoviruses adapted to variants induced by (1) RNA encoding a full-length S portion (RNA041) and (2) RNA encoding a truncated S1 subdomain, a heterologous secretory signal peptide, and a transmembrane domain of SARS-CoV-2. As shown in Fig. 23(G), and as can be seen in other experiments described here, neutralization titers against an XBB.1.5-adapted pseudovirus were greatly enhanced for RNA017 compared to RNA041 (approximately 9-fold increase in neutralization titers). Neutralization titers were also found to be significantly increased for BA.4/5 (>10-fold increase), demonstrating that the RNA compositions described here induce broader cross-neutralization of SARS-CoV-2 variants compared to RNA encoding a full-length S protein.
Exemple 13 : les constructions d’ARN décrites ici entraînent une expression d’antigène amélioréeExample 13: The RNA constructs described here result in enhanced antigen expression
L’ARN décrit ici a été transfecté dans des cellules et l’expression des polypeptides codés a été mesurée en marquant les cellules avec la protéine ACE2 marquée par fluorescence. Les constructions testées et les mesures d’expression collectées sont présentées dans les Fig. 28(A) à (E) et Fig. 34(A) à (G).The RNA described here was transfected into cells and the expression of the encoded polypeptides was measured by labeling the cells with fluorescently labeled ACE2 protein. The constructs tested and the expression measurements collected are shown in Fig. 28(A) to (E) and Fig. 34(A) to (G).
Comme le montre la Fig. 28(A), le remplacement du peptide signal sécrétoire de la protéine S du SARS-CoV-2 par un signal sécrétoire hétérologue entraîne une amélioration de l’expression d’antigène. Il a été constaté qu’un certain nombre de signaux sécrétoires hétérologues entraînaient une amélioration de l’expression d’antigène, les signaux sécrétoires les plus performants entraînant une amélioration de l’expression d’environ 4 fois par rapport aux polypeptides comprenant un signal sécrétoire de la protéine S du SARS-CoV-2.As shown in Fig. 28(A), replacing the SARS-CoV-2 S protein secretory signal peptide with a heterologous secretory signal results in enhanced antigen expression. A number of heterologous secretory signals were found to result in enhanced antigen expression, with the best-performing secretory signals resulting in approximately 4-fold enhanced expression compared to polypeptides comprising a SARS-CoV-2 S protein secretory signal.
La Fig. 28(B) montre que l’omission d’un domaine de multimérisation (foldon T4 dans la présente expérience) peut améliorer l’expression d’antigène. L’exclusion d’un domaine de multimérisation offre l’avantage supplémentaire d’éviter l’induction d’une réponse immunitaire contre une séquence non pertinente pour la maladie (le domaine de multimérisation).Fig. 28(B) shows that omission of a multimerization domain (foldon T4 in the present experiment) can enhance antigen expression. Exclusion of a multimerization domain offers the additional advantage of avoiding induction of an immune response against a disease-irrelevant sequence (the multimerization domain).
La Fig. 28(C) montre que l’optimisation de la séquence de liaison peut améliorer l’expression des polypeptides. En particulier, il a été observé que l’inclusion d’un lieur flexible d’au moins 15 acides aminés entre un sous-domaine S1 tronqué et un domaine transmembranaire améliorait l’expression d’environ 2 fois.Fig. 28(C) shows that optimization of the linker sequence can improve polypeptide expression. In particular, it was observed that the inclusion of a flexible linker of at least 15 amino acids between a truncated S1 subdomain and a transmembrane domain improved expression by approximately 2-fold.
La Fig. 28(D) démontre qu’une variété de domaines transmembranaires peuvent être utilisés pour exprimer les antigènes du SARS-CoV-2 décrits ici.Fig. 28(D) demonstrates that a variety of transmembrane domains can be used to express the SARS-CoV-2 antigens described here.
La Fig. 28(E) démontre que les éléments dont il a été prouvé qu’ils améliorent individuellement l’expression de l’antigène peuvent être combinés pour produire un ARN qui fournit une expression grandement améliorée. En combinant les caractéristiques décrites ici, les inventeurs ont pu améliorer l’antigène d’environ 10 fois par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète. De même, la Fig. 34(A) fournit des données pour deux constructions (ARN017) qui se sont avérées présenter une expression antigénique améliorée par rapport à l’ARN codant pour une protéine S SARS-CoV-2 complète (ARN041). Des expériences répétées ont confirmé que l’ARN017 entraînait une expression améliorée de l’antigène (voir Fig. 34(B)).Fig. 28(E) demonstrates that elements that have been individually proven to enhance antigen expression can be combined to produce an RNA that provides greatly enhanced expression. By combining the features described herein, the inventors were able to enhance the antigen approximately 10-fold compared to RNA encoding a full-length S protein. Similarly, Fig. 34(A) provides data for two constructs (RNA017) that were found to have enhanced antigen expression compared to RNA encoding a full-length SARS-CoV-2 S protein (RNA041). Repeated experiments confirmed that RNA017 resulted in enhanced antigen expression (see Fig. 34(B)).
Les données d’expression in vitro de l’ARN codant pour des polypeptides antigéniques de différents variants du SARS-CoV-2 sont fournies dans les figures 34(C) et (D). La Fig. 34(C) compare l’expression in vitro de l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine de KP.2 S (ARN042) et de l’ARN codant pour une protéine de KP.2 S complète. Conformément aux résultats de XBB.1.5 décrits ici, l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué d’une protéine de KP.2 S (ARN042) a fourni une expression d’antigène significativement améliorée par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète de KP.2 (ARN044). Une expérience répétée a confirmé ce résultat (voir Fig. 34(D)).In vitro expression data of RNA encoding antigenic polypeptides from different SARS-CoV-2 variants are provided in Figures 34(C) and (D). Fig. 34(C) compares the in vitro expression of RNA encoding a truncated S1 subdomain of a KP.2 S protein (RNA042) and RNA encoding a full-length KP.2 S protein. Consistent with the XBB.1.5 results described here, RNA encoding a truncated S1 subdomain of a KP.2 S protein (RNA042) provided significantly enhanced antigen expression compared to RNA encoding a full-length KP.2 S protein (RNA044). A repeat experiment confirmed this result (see Fig. 34(D)).
Les données d’expression in vitro discutées dans le présent exemple et présentées dans les figures 34(A) à (D) apportent une confirmation supplémentaire que les constructions fournies ici peuvent apporter des réponses immunitaires améliorées par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète. Les données d’expression in vitro confirment aussi que l’expression améliorée observée pour un variant du SARS-CoV-2 est aussi observée pour d’autres variants du SARS-CoV-2 (c’est-à-dire que les indications fournies ici sont largement applicables à tout variant du SARS-CoV-2).The in vitro expression data discussed in this example and presented in Figures 34(A) to (D) provide further confirmation that the constructs provided herein can provide enhanced immune responses compared to RNA encoding a full-length S protein. The in vitro expression data also confirm that the enhanced expression observed for one SARS-CoV-2 variant is also observed for other SARS-CoV-2 variants (i.e., the guidance provided herein is broadly applicable to any SARS-CoV-2 variant).
Exemple 14 : l’analyse des cellules B de souris ayant reçu une dose unique d’un ARN délivrant un sous-domaine S1 tronqué démontre une forte induction d’une réponse immunitaire contre le NTDExample 14: Analysis of B cells from mice given a single dose of RNA delivering a truncated S1 subdomain demonstrates a strong induction of an immune response against the NTD
Le présent exemple fournit une caractérisation plus poussée des réponses immunitaires induites par les compositions décrites ici. En particulier, le présent exemple caractérise les phénotypes de cellules B obtenues à partir de souris auxquelles ont été administrées les compositions décrites dans la présente invention et démontre que les compositions peuvent induire (i) un nombre plus élevé de cellules B qui se lient à la protéine S complète, au RBD et au NTD par rapport aux compositions d’ARN codant pour une protéine S complète ; (ii) une réaction du centre germinatif qui persiste plus longtemps que celle induite par les compositions d’ARN codant pour une protéine S complète, et (iii) une réponse immunitaire étonnamment forte contre le NTD d’une protéine S.The present example provides further characterization of the immune responses induced by the compositions described herein. In particular, the present example characterizes the phenotypes of B cells obtained from mice administered the compositions described herein and demonstrates that the compositions can induce (i) a higher number of B cells that bind to the full-length S protein, the RBD, and the NTD compared to RNA compositions encoding a full-length S protein; (ii) a germinal center response that persists longer than that induced by RNA compositions encoding a full-length S protein, and (iii) a surprisingly strong immune response against the NTD of an S protein.
Le présent exemple fournit une analyse des cellules B récoltées à partir des échantillons de rate collectés au jour 35 de l’expérience décrite dans l’exemple 7, dont un résumé est également fourni dans la
La Fig. 35(A) fournit une illustration montrant le processus de maturation des cellules B et les différents états intermédiaires par lesquels passe une cellule B lorsqu’elle passe d’une cellule naïve à une cellule plasmatique. L’invention concerne également des marqueurs caractéristiques des différents états de différenciation des cellules B.Fig. 35(A) provides an illustration showing the process of B cell maturation and the different intermediate states through which a B cell passes as it transitions from a naive cell to a plasma cell. Also provided are markers characteristic of the different states of B cell differentiation.
Les cellules B ont été récoltées à partir d’échantillons de rate et incubées avec l’un des deux mélanges de protéines « appâts » : (1) des protéines S complètes marquées avec différents fluorophores, ou (2) un mélange de NTD et de RBD marqués par fluorescence. Deux versions marquées différemment de la protéine d’appât ont été créées pour chacun parmi la protéines S complète, le NTD et le RBD. La Fig. 35(B) répertorie les protéines d’appât marquées par fluorescence utilisées dans le présent exemple. La Fig. 35(C) présente le panel de flux de cellules B qui a été utilisé dans le présent exemple. Dans le présent exemple, les marqueurs mémoires chez les murins suivants ont été utilisés : le CD38 (activation générale), le CD80 et le CD273 (PD-L2). Le signal provenant du CD80 et du CD273 a été regroupé en utilisant le même marqueur fluorophore lors de la recherche de l’expression de chaque marqueur. Le CD138 a été utilisé comme marqueur des cellules plasmatiques et le CD95 (Fas) comme marqueur du centre germinatif.B cells were harvested from spleen samples and incubated with one of two “bait” protein mixtures: (1) full-length S proteins labeled with different fluorophores, or (2) a mixture of fluorescently labeled NTDs and RBDs. Two differently labeled versions of the bait protein were created for each of the full-length S protein, the NTD, and the RBD. Fig. 35(B) lists the fluorescently labeled bait proteins used in this example. Fig. 35(C) shows the B cell flow panel that was used in this example. In this example, the following murine memory markers were used: CD38 (general activation), CD80, and CD273 (PD-L2). The signal from CD80 and CD273 was pooled using the same fluorophore when looking for expression of each marker. CD138 was used as a plasma cell marker and CD95 (Fas) as a germinal center marker.
La
Les figures 37(A) à (C) montrent des exemples de tracés issus du criblage des cellules CD19+/CD20+ pour la liaison à la protéine S complète, au RBD et au NTD respectivement. Comme le montre la Fig. 37(C), l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN017) s’est avéré très puissant pour induire une réponse du NTD, produisant des fréquences de cellules B se liant au NTD qui dépassent de loin celles induites par l’ARN codant pour une protéine S complète. Sans vouloir être lié par la théorie, la réponse immunitaire améliorée au NTD peut résulter d’une accessibilité accrue du NTD dans le sous-domaine S1 tronqué par rapport à une protéine S complète.Figures 37(A) to (C) show example plots from screening CD19+/CD20+ cells for binding to the full-length S protein, RBD, and NTD, respectively. As shown in Fig. 37(C), RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA017) was very potent in inducing an NTD response, producing frequencies of NTD-binding B cells that far exceeded those induced by RNA encoding a full-length S protein. While not intended to be bound by theory, the enhanced immune response to the NTD may result from increased accessibility of the NTD in the truncated S1 subdomain compared to a full-length S protein.
Les figures 38(A) à (C) résument les résultats générés à partir de la coloration des cellules B par appât et montrent le pourcentage de cellules CD19+ qui se sont avérées se lier au polypeptide d’appât indiqué. Comme indiqué, il a été constaté qu’un ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN017) produisait un nombre significativement plus élevé de cellules B qui se lient à la protéine S complète, au RBD et au NTD à chaque concentration d’ARN administrée par rapport à un ARN codant pour une protéine S complète (ARN041). Pour le NTD et le RBD, les réponses des cellules B étaient environ 4 fois plus élevées pour l’ARN017 par rapport à celles induites par l’ARN041 pour chaque concentration d’ARN testée. On a également constaté que 0,1 µg d’ARN017 produisait une réponse immunitaire comparable à celle induite par 0,4 µg d’ARN041, ce qui représente un effet d’économie de dose de 4 fois, ce qui est également cohérent avec les titres de neutralisation virale produits par les deux molécules d’ARN, qui ont été observés dans les expériences décrites dans les exemples précédents.Figures 38(A) to (C) summarize the results generated from bait B cell staining and show the percentage of CD19+ cells that were found to bind to the indicated bait polypeptide. As shown, an RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA017) was found to produce significantly higher numbers of B cells that bind to the full-length S protein, RBD, and NTD at each RNA concentration administered compared to an RNA encoding a full-length S protein (RNA041). For both NTD and RBD, B cell responses were approximately 4-fold higher for RNA017 compared to those induced by RNA041 for each RNA concentration tested. It was also found that 0.1 µg of RNA017 produced an immune response comparable to that induced by 0.4 µg of RNA041, representing a 4-fold dose-sparing effect, which is also consistent with the viral neutralization titers produced by both RNA molecules, which were observed in the experiments described in the previous examples.
Les cellules B capables de se lier à un polypeptide appât ont été sondées pour déterminer l’expression à la surface cellulaire des marqueurs du centre germinatif. Les résultats sont présentés dans les figures 40(A) à (C). Comme indiqué, lorsqu’il est administré à 0,4 µg, l’ARN017 produit une proportion plus élevée de cellules B spécifiques de XBB1.5 qui présentent un phénotype de centre germinatif par rapport aux souris ayant reçu la même quantité d’ARN041. Cette observation fournit la preuve d’une réaction étendue du centre germinatif produite par l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué, et est cohérente avec les résultats décrits précédemment, dans lesquels on a constaté que les titres de neutralisation ont augmenté pendant une période de temps plus longue par rapport à l’ARN codant pour d’autres antigènes polypeptidiques (en particulier, une protéine S complète ou une construction comprenant un NTD et un RBD, dans laquelle le RBD et le NTD sont reliés via un lieur flexible hétérologue).B cells capable of binding a bait polypeptide were probed for cell surface expression of germinal center markers. The results are shown in Figures 40(A) to (C). As shown, when administered at 0.4 µg, ARN017 produced a higher proportion of XBB1.5-specific B cells that exhibited a germinal center phenotype compared to mice given the same amount of ARN041. This observation provides evidence of an extensive germinal center response produced by RNA encoding a truncated S1 subdomain, and is consistent with previously described results, in which neutralizing titers were found to increase for a longer period of time compared to RNA encoding other polypeptide antigens (specifically, a full-length S protein or a construct comprising an NTD and an RBD, in which the RBD and NTD are joined via a heterologous flexible linker).
Exemple 15 : Réponses immunitaires induites par les compositions décrites ici administrées sous forme de schéma à deux doses à des souris naïves au vaccinExample 15: Immune Responses Induced by the Compositions Described Herein Administered as a Two-Dose Regimen to Vaccine-Naïve Mice
Le présent exemple décrit les résultats de deux expériences dans lesquelles des souris naïves au vaccin ont reçu deux doses d’ARN décrites ici. Les mêmes compositions d’ARN ont été administrées dans les deux expériences dans les mêmes quantités. En particulier, dans les deux expériences, 0,5 µg ou 0,1 µg (i) d’ARN codant pour une protéine S complète (ARN044), ou (ii) d’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) ont été administrés à des souris. Dans la première expérience, les deux doses ont été administrées à environ 21 jours d’intervalle et dans la deuxième expérience, les deux doses ont été administrées à environ 28 jours d’intervalle. Les résultats de ces expériences démontrent que l’administration de deux doses d’une composition décrite ici peut induire des titres élevés d’anticorps neutralisants, et également que l’administration de deux doses d’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué était significativement plus élevée que celles induites par deux doses d’un ARN codant pour une protéine S complète (de manière analogue aux résultats décrits dans les exemples précédents, dans lesquels les titres de neutralisation induits par une dose unique d’ARN décrit ici se sont avérés entraîner des titres de neutralisation significativement plus élevés par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète).This example describes the results of two experiments in which vaccine-naïve mice received two doses of RNA described herein. The same RNA compositions were administered in both experiments in the same amounts. Specifically, in both experiments, 0.5 µg or 0.1 µg of (i) RNA encoding a full-length S protein (RNA044), or (ii) RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) was administered to mice. In the first experiment, the two doses were administered approximately 21 days apart, and in the second experiment, the two doses were administered approximately 28 days apart. The results of these experiments demonstrate that administration of two doses of a composition described herein can induce high titers of neutralizing antibodies, and also that administration of two doses of RNA encoding a truncated S1 subdomain was significantly higher than those induced by two doses of an RNA encoding a full-length S protein (analogous to the results described in the previous examples, in which neutralizing titers induced by a single dose of RNA described herein were found to result in significantly higher neutralizing titers compared to RNA encoding a full-length S protein).
Résultats de l’administration de deux doses à environ 21 jours d’intervalleResults of administering two doses approximately 21 days apart
Dans la première expérience, les deux doses d’ARN ont été administrées à environ 21 jours d’intervalle et des échantillons de sérum ont été prélevés les jours 7, 14, 28, 35 et 42 après l’administration de la première dose. Des échantillons de sérum ont été testés pour la neutralisation d’un virus SARS-CoV-2 KP.2 à l’aide d’un test de neutralisation de pseudovirus.In the first experiment, the two RNA doses were administered approximately 21 days apart, and serum samples were collected on days 7, 14, 28, 35, and 42 after the first dose. Serum samples were tested for neutralization of a SARS-CoV-2 KP.2 virus using a pseudovirus neutralization assay.
Les résultats sont fournis dans les figures 41(A) à (E). Comme le montre la Fig. 41(B), au jour 14, l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) a commencé à montrer des titres de neutralisation accrus par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète (ARN044). Aux jours 28 et 35 (respectivement 7 et 14 jours après l’administration de la deuxième dose d’ARN), les titres de neutralisation chez les souris ayant reçu de l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) avaient augmenté pour être environ 2 fois plus élevés que ceux induits par l’ARN codant pour une protéine S complète (ARN044) à la fois à 0,1 µg d’ARN et à 0,5 µg, et au jour 42 (21 jours après l’administration de la deuxième dose), les titres de neutralisation induits par l’ARN042 avaient encore augmenté par rapport à ceux induits par l’ARN044, pour être environ 2,5 fois plus élevés.
The results are provided in Figures 41(A) to (E). As shown in Fig. 41(B), at day 14, RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) began to show increased neutralization titers compared to RNA encoding a full-length S protein (RNA044). At days 28 and 35 (7 and 14 days after the second RNA dose, respectively), neutralization titers in mice administered RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) had increased to be approximately 2-fold higher than those induced by RNA encoding a full-length S protein (RNA044) at both 0.1 μg RNA and 0.5 μg, and at day 42 (21 days after the second dose), neutralization titers induced by RNA042 had further increased relative to those induced by RNA044, to be approximately 2.5-fold higher.
Résultats de l’administration de deux doses à environ 28 jours d’intervalleResults of administering two doses approximately 28 days apart
Dans la seconde expérience, les deux doses d’ARN ont été administrées à environ 28 jours d’intervalle et des échantillons de sérum ont été prélevés les jours 7, 14, 28 et 35 après l’administration de la première dose. Des échantillons de sérum ont été testés pour la neutralisation d’un virus SARS-CoV-2 KP.2 à l’aide d’un test de neutralisation de pseudovirus.In the second experiment, the two RNA doses were administered approximately 28 days apart, and serum samples were collected on days 7, 14, 28, and 35 after the first dose. Serum samples were tested for neutralization of a SARS-CoV-2 KP.2 virus using a pseudovirus neutralization assay.
Les résultats sont fournis dans les figures 42(A) à (F). Comme le montre la Fig. 42(B), au jour 14, l’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) a commencé à montrer des titres de neutralisation accrus par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète (ARN044). Aux jours 14 et 21, les titres de neutralisation induits par une dose de 0,5 µg d’ARN042 avaient augmenté pour être > 4 fois ceux induits par la même dose d’ARN044. Au jour 28, les titres de neutralisation avaient encore augmenté pour être 8 fois plus élevés au jour 28 à une dose de 0,5 µg. 35 jours après la première dose et 7 jours après la deuxième dose, les titres avaient augmenté pour être 3 fois ceux induits par l’ARN codant pour une protéine S complète lorsque les deux étaient administrés à une dose de 0,5 µg. Les titres induits par une dose de 0,1 µg d’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué se sont également révélés comparables à ceux induits par une dose de 0,5 µg d’ARN codant pour une protéine S complète à chaque instant, indiquant un effet d’économie de dose d’environ 5 fois.
The results are provided in Figures 42(A) to (F). As shown in Fig. 42(B), at day 14, RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) began to show increased neutralization titers compared to RNA encoding a full-length S protein (RNA044). At days 14 and 21, neutralization titers induced by a 0.5 µg dose of RNA042 had increased to be >4-fold those induced by the same dose of RNA044. At day 28, neutralization titers had further increased to be 8-fold higher at day 28 at a 0.5 µg dose. At 35 days after the first dose and 7 days after the second dose, titers had increased to be 3-fold those induced by RNA encoding a full-length S protein when both were administered at a dose of 0.5 µg. Titers induced by a 0.1 µg dose of RNA encoding a truncated S1 subdomain were also found to be comparable to those induced by a 0.5 µg dose of RNA encoding a full-length S protein at each time point, indicating a dose-sparing effect of approximately 5-fold.
Exemple 16 : Réponses immunitaires induites par les compositions décrites ici administrées à des souris ayant déjà été vaccinéesExample 16: Immune responses induced by the compositions described herein administered to mice that have already been vaccinated
Le présent exemple décrit les résultats d’une expérience dans laquelle des souris ayant déjà été vaccinées ont reçu une dose de 0,5, 0,1 ou 0,02 µg d’ARN codant pour une protéine S complète stabilisée par préfusion (ARN044 dans le présent exemple) ou d’ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042 dans le présent exemple). Dans le présent exemple, avant d’administrer une composition d’ARN candidate, chaque souris a reçu (i) deux doses d’ARN codant pour une protéine S complète d’une souche de Wuhan (aux jours 0 et 21), et (ii) une dose de rappel d’un vaccin bivalent comprenant un ARN codant pour une protéine S d’une souche de Wuhan et un ARN codant pour une protéine S d’un variant BA.4/5 d’Omicron (au jour 49). 133 jours après l’administration de la première dose d’ARN, les souris ont reçu une composition candidate comprenant 0,5 µg, 0,1 µg ou 0,02 µg (i) d’un ARN codant pour une protéine S complète d’un variant KP.2 du SARS-CoV-2, ou (ii) d’un ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué d’un variant KP.2 du SARS-CoV-2. Au cours de chacun des jours 133, 140 et 147, des échantillons de sérum ont été prélevés et criblés pour la neutralisation d’un virus SARS-CoV-2 KP.2 à l’aide d’un test de neutralisation de pseudovirus.This example describes the results of an experiment in which previously vaccinated mice received a dose of 0.5, 0.1, or 0.02 µg of RNA encoding a prefusion-stabilized full-length S protein (RNA044 in this example) or RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042 in this example). In this example, prior to administering a candidate RNA composition, each mouse received (i) two doses of RNA encoding a full-length S protein from a Wuhan strain (on days 0 and 21), and (ii) a booster dose of a bivalent vaccine comprising RNA encoding an S protein from a Wuhan strain and RNA encoding an S protein from a BA.4/5 variant of Omicron (on day 49). At 133 days after the first RNA dose, mice were administered a candidate composition comprising 0.5 µg, 0.1 µg, or 0.02 µg of (i) an RNA encoding a full-length S protein of a SARS-CoV-2 KP.2 variant, or (ii) an RNA encoding a truncated S1 subdomain of a SARS-CoV-2 KP.2 variant. On each of days 133, 140, and 147, serum samples were collected and screened for neutralization of a SARS-CoV-2 KP.2 virus using a pseudovirus neutralization assay.
Les résultats sont fournis dans les figures 43(A) à (D). Comme le montre la figure 43(C), au jour 147, les titres absolus d’anticorps neutralisants induits par un ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) étaient environ 3 à 5 fois plus élevés que ceux induits par un ARN codant pour une protéine S complète, stabilisée par préfusion (ARN044) pour chacune des concentrations testées dans le vaccin. La figure 43(D) fournit la moyenne géométrique d’intensité de fluorescence (GMFI) des anticorps neutralisants, montrant l’augmentation des titres d’anticorps neutralisants par rapport aux souris ayant reçu une solution de support (NaCl). Les résultats de la GFMI sont cohérents avec les résultats du titre absolu et démontrent à nouveau une augmentation d’environ 3 fois des anticorps neutralisants chez les souris ayant reçu un ARN codant pour un sous-domaine S1 tronqué (ARN042) par rapport à l’ARN codant pour une protéine S complète stabilisée par préfusion (ARN044).
The results are provided in Figures 43(A) to (D). As shown in Figure 43(C), at day 147, the absolute neutralizing antibody titers induced by an RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) were approximately 3- to 5-fold higher than those induced by an RNA encoding a full-length, prefusion-stabilized S protein (RNA044) for each of the tested vaccine concentrations. Figure 43(D) provides the geometric mean fluorescence intensity (GMFI) of the neutralizing antibodies, showing the increase in neutralizing antibody titers compared to mice receiving a carrier solution (NaCl). The GFMI results are consistent with the absolute titer results and again demonstrate an approximately 3-fold increase in neutralizing antibodies in mice receiving RNA encoding a truncated S1 subdomain (RNA042) compared to RNA encoding a prefusion-stabilized full-length S protein (RNA044).
ÉQUIVALENTS
EQUIVALENTS
L’homme du métier reconnaîtra, ou sera capable de déterminer, en utilisant simplement une expérimentation de routine, de nombreux équivalents aux modes de réalisation spécifiques des technologies décrites ici. La portée de la présente invention n’est pas destinée à être limitée à la description ci-dessus, mais est plutôt telle qu’exposée dans les revendications suivantes :
Those skilled in the art will recognize, or be able to determine, simply by using routine experimentation, many equivalents to specific embodiments of the technologies described herein. The scope of the present invention is not intended to be limited to the above description, but rather is as set forth in the following claims:
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