Se describe una proteína conjugada de acción prolongada que comprende una proteína l-3 de interferón bovino conjugada con una fracción de polímero soluble en agua a través de un aminoácido no codificado naturalmente en la proteína. También se describen métodos de protección de mamíferos rumiantes contra la fiebre aftosa o la enfermedad respiratoria bovina mediante la administración de la proteína conjugada de acción prolongada. También se describen variantes de la proteína interferón l-3 bovina y variantes que contienen aminoácidos codificados de forma no natural adecuados para la conjugación con sustancias capaces de prolongar la vida media de eliminación de la proteína interferón l-3 bovina, como polímeros solubles en agua. Reivindicación 1: Una proteína conjugada que comprende: una proteína manipulada de interferón l3 bovino (boIFNl3) que tiene una secuencia de aminoácidos que comprende un aminoácido no natural; y un polímero soluble en agua; en donde el polímero soluble en agua se conjuga con la proteína boIFNl3 de ingeniería. Reivindicación 50: Una composición farmacéutica que comprende una proteína conjugada de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 49 y un excipiente o vehículo farmacéuticamente aceptable. Reivindicación 51: Una proteína de interferón l3 bovino modificado (boIFNl3) que tiene una secuencia de aminoácidos que comparte al menos un 90% de identidad con SEQ ID Nº 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13, y que comparte menos del 100% de identidad con SEQ ID Nº 1, y opcionalmente en donde la proteína boIFNl3 comprende además una metionina N-terminal; y donde: la secuencia de aminoácidos de la proteína boIFNl3 comprende un aminoácido no natural; o la secuencia de aminoácidos de la proteína boIFNl3 no comprende un aminoácido no natural. Reivindicación 66: Un ácido nucleico que tiene la secuencia de nucleótidos de SEQ ID Nº 27. Reivindicación 67: Un vector que comprende un ácido nucleico que codifica una cualquiera de las SEQ ID Nº 2 a 24. Reivindicación 68: Un vector que comprende un ácido nucleico que codifica SEQ ID Nº 5. Reivindicación 69: Un vector que comprende un ácido nucleico que codifica SEQ ID Nº 18. Reivindicación 70: Un vector que comprende un ácido nucleico que codifica SEQ ID Nº 19. Reivindicación 71: Una proteína de interferón l3 bovino (boIFNl3) modificada que tiene una secuencia de aminoácidos que comprende un aminoácido no natural; en donde la secuencia de aminoácidos de la proteína boIFNl3 diseñada: a) comparte al menos el 90% de identidad con SEQ ID Nº 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 o 24, o b) comparte al menos un 90% de identidad con SEQ ID Nº 14, 15, 16, 17, 18, 20, 21, 22, 23 o 24, y en donde la proteína boIFNl3 comprende además una metionina N-terminal.A long-acting conjugated protein is described comprising a bovine interferon l-3 protein conjugated to a water-soluble polymer moiety via an amino acid not naturally encoded in the protein. Also described are methods of protecting ruminant mammals against foot-and-mouth disease or bovine respiratory disease by administration of the long-acting conjugated protein. Also described are variants of the bovine interferon l-3 protein and variants containing non-naturally encoded amino acids suitable for conjugation to substances capable of prolonging the elimination half-life of the bovine interferon l-3 protein, such as water-soluble polymers. Claim 1: A conjugated protein comprising: an engineered bovine interferon l3 (boIFNl3) protein having an amino acid sequence comprising a non-naturally encoded amino acid; and a water-soluble polymer; wherein the water-soluble polymer is conjugated to the engineered boIFNl3 protein. Claim 50: A pharmaceutical composition comprising a conjugated protein according to any one of claims 1 to 49 and a pharmaceutically acceptable excipient or carrier. Claim 51: A modified bovine interferon l3 (boIFNl3) protein having an amino acid sequence that shares at least 90% identity with SEQ ID NO: 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 or 13, and that shares less than 100% identity with SEQ ID NO: 1, and optionally wherein the boIFNl3 protein further comprises an N-terminal methionine; and wherein: the amino acid sequence of the boIFNl3 protein comprises a non-naturally occurring amino acid; or the amino acid sequence of the boIFNl3 protein does not comprise a non-naturally occurring amino acid. Claim 66: A nucleic acid having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 27. Claim 67: A vector comprising a nucleic acid encoding any one of SEQ ID NO: 2 to 24. Claim 68: A vector comprising a nucleic acid encoding SEQ ID NO: 5. Claim 69: A vector comprising a nucleic acid encoding SEQ ID NO: 18. Claim 70: A vector comprising a nucleic acid encoding SEQ ID NO: 19. Claim 71: A modified bovine interferon l3 (boIFNl3) protein having an amino acid sequence comprising a non-naturally occurring amino acid; wherein the amino acid sequence of the designed boIFNl3 protein: a) shares at least 90% identity with SEQ ID No. 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 or 24, or b) shares at least 90% identity with SEQ ID No. 14, 15, 16, 17, 18, 20, 21, 22, 23 or 24, and wherein the boIFNl3 protein further comprises an N-terminal methionine.