Al encreuament de laExpedís Départementale 103 e de la Rota Départementale 37, Sant-Agnan en lo Yonne, a situat en limit de departament amb laSeine-e-Marna, al sud-es deParís e deMontereau-Fault-Iona, al nòrd-oèst deSentit. Lo territòri fa partida del scenari delGâtinais.
Lo vilatge ancian a enganchat al flanc oèst d'un esperócalcaire abrupt amb lo sieuglèisa delsègle xvii e los sieus vièlhs ostals. Lo bourg s'es estendut la longitud dels camins vicinaux e se escalona de 99 a 153.6 mètres ; compren 9caseriux : Aigremont, Lo Chaudron (partejat amb la municipalitat de Villeneuve la Guyard),Montbéon (146 m), Lo Loupier (156 m), La Porteria (133m), Lo Potz Quantin (147m), Lo Bòsc Maco, Lo Grand Boulin (125m), La Barralha al Rei (150m, e partejat amb la municipalitat deDiant en Seine-e-Marna).
Au carrefour de laRoute Départementale 103 et de la Route Départementale 37, Saint-Agnan dans l'Yonne, est située en limite de département avec laSeine-et-Marne, au sud-est deParis et deMontereau-Fault-Iona, au nord-ouest deSens. Le territoire fait partie du plateau duGâtinais.
Le village ancien est accroché au flanc ouest d'un éperoncalcaire abrupt avec sonéglise dusègle xvii et ses vieilles maisons. Le bourg s'est étendu le long des chemins vicinaux et il s'étage de 99 à 153.6 mètres ; il comprend 9hameaux : Aigremont, Le Chaudron (partagé avec la commune de Villeneuve la Guyard),Montbéon (146 m), Le Loupier (156 m), La Loge (133m), Le Puits Quantin (147m), Le Bois Joli, Le Grand Boulin (125m), La Haie au Roi (150m, et partagé avec la commune deDiant en Seine-et-Marne).