Etter atmotpaveneConstantinus, som var lekmann, ogFilippus var blitt avsatte, ble Stefan valgt til pave, og ble kronet7. august768. Opplysningene varierer om beslutningene fra det kirkelige møte som ble avholdt i april769 og hvorved Constantinus formelt ble avsatt, men visse nye regler for pavevalg ble innført, og bruken å venerereikoner ble bekreftet som tillatelig (seikonoklasmen). For å forhindre at et lignende skisma oppstod som med Constantinus, ble lekmenn erklært som ikke valgbare til pavestolen.
Pave Stefan kom også til å gripe inn konkret mot visse lekmenn, ettersom de (uten å lykkes) forsøkte å slå ner erkediakonen Leo iRavenna; samtidig klarte Stefan å erobre en del avlangobardenes territorier.
Han ble etterfulgt avHadrian I. Den rettmessige pave somConstantinus hadde usurpert fra pavestolen, og hvis ettertreder Stefan kirkerettslig var, varPaul I.
Vissemartyrologier har opptatt Stefans navn som helgen.
Forgjenger: Paul I (deretter motpaver: et kort topave-skisma)