Navnet Siegen kommer sannsynligvis fra detkeltiske elvenavnet Sieg. Det er derimot uklart om det er sammenheng mellom dette navnet og den germanske stammen Sicambri, som levde her i før-kristen tid. De første skriftlige kildene om byen, da kaltSigena, går tilbake til1079. Hovednæringen til byen var i lange tider gruvedrift, noe man kan se med de mange gruvene innenfor bygrensene.
I 1224 hørte Siegen til greven av Nassau, Heinrich den rike, ogEngelbert II av Berg, erkebiskop avKöln, etter at sistnevnte overførte halvparten av eiendommen til førstnevnte.Oberes Schloss var allerede bygget på denne tiden. 19. oktober1303 fikk Siegen byrettigheter. Byen var delt mellom de to overherrene frem til1381 da Nassau tok over hele eierskapet.
På 1500-tallet ble det bygget bymurer rundt Siegen med seksten tårn og tre byporter, i tillegg til en flott borg. Byen ble flere ganger rammet av bybranner, blant annet i1592 og1695.
På 1700-tallet blomstret gruvedriften, sammen med jord- og skogbruk. Da prinsVilhelm I av Nederland nektet å bli med iRhinforbundet, grunnlagt avNapoleon, ble han kastet fra tronen av den franske keiseren og Siegerland gikk tilstorhertugdømmet Berg. Etter Napoleons fall i 1815, fikk Vilhelm I tilbake sine tidligere tyske områder, men avstod disse tilPreussen i bytte mot storhertugdømmetLuxembourg.
I1923 ble Siegen tatt ut av landkreisen med samme navn og ble enkreisfri by. I 1975 mistet derimot Siegen denne statusen og ble en del av den nyopprettede landkreisen Siegen-Wittgenstein.
Underandre verdenskrig ble Siegen bombet flere ganger av de allierte på grunn av en viktig jernbanelinje som gikk gjennom byen.