De uavhengigekongedømmene Rwanda ogBurundi ble annektert avTyskland sammen med andre stater iGreat Lakes-området på slutten av det nittende århundret og tidlig i det tjuende. Området hang sammen medTysk Østafrika og hadde minimal tysk tilstedeværelse.
Frimerke fraBelgisk Kongo, med stempling for den belgiske okkupasjonen i 1916.
Belgierne var mye mer involverte i territoriet enn tyskerne hadde vært, særlig i Rwanda. Til tross for mandatet Belgia hadde, som sa at de skulle utvikle området og gjøre det klart for selvstendighet, praktiserte de også her «Raubwirtschaft»-politikken fra Belgisk Kongo. Belgia krevde at territoriene skulle tjene penger for «moderlandet», og at intern utvikling måtte komme fra midler samlet i territoriet. Disse midlene kom i hovedsak frakaffe som ble dyrket i regionens gunstige, vulkanske jordsmonn. Befolkningen ble også tungt skattlagt og måtte utføre pliktarbeid.[trenger referanse]
For å implementere sine visjoner for territoriet benyttet Belgia seg av de eksisterende maktstrukturene. Herskerklassen bestod i hovedsak avtutsier, mens mesteparten av befolkningen ellers varhutuer. De belgiske administratorene holdt seg til datidens raseteorier og mente at tutsiene var overlegne i forholdt til hutuene.[trenger referanse] Hutuene hadde spilt en større rolle i administrasjonen av landet før det belgiske regimet ble innført, men belgierne forenklet systemet ved å basere det på etniske skiller. Sinnet og frustrasjonen over undertrykkingen ble i hovedsak fokusert på tutsieliten i stedet for på en kolonimakt som befant seg langt vekke, noe som skulle å stor betydning for folkemordet som skjedde tiår etter selvstendigheten.
Etter at Folkeforbundet ble oppløst, kom regionen underFNs tilsynsordning i 1946. Dette sa at Belgia skulle gjøre områdene klare for selvstendighet, men belgierne mente det ville ta tiår før området var klart til dette.[trenger referanse].
Selvstendigheten kom i stor grad på grunn av hendelser andre steder. På 1950-tallet vokste det frem en selvstendighetsbevegelse i Belgisk Kongo og belgierne forstod at de ikke lenger kunne kontrollere området. Ruanda-Urundis større nabo ble uavhengig i 1960 og etter to år med raske forberedelser ble også Ruanda-Urundi selvstendig 1. juli 1962, og delt i de to selvstendige landene Rwanda og Burundi. Det tok to år før styresmaktene i de to landene var helt separert fra hverandre.