Nijmegen er sammen medMaastricht den eldste byen iNederland. Byen feiret i 2005 sitt 2000-årsjubileum, og var allerede kjent under den romerske okkupasjonen avGermania under navnet Noviomagus.
Nijmegen er kjent for den fire dager langeNijmegenmarsjen som avholdes i byen hvert år.
22. februar1944 fikk Nijmegen store skader under et alliert bombardement som ble utført av 16 amerikanske bombefly. Bombene var egentlig ment for en tysk by. Man formoder at Nijmegen ble forvekslet med byen Kleve, som også ligger ved en elv og har et markant kirketårn. Ved bombardementet ble nesten hele den gamle bydelen ødelagt og nesten 800 mennesker omkom.
Iseptember1944 var det heftige kamper i Nijmegen-området. Deallierte forsøkte lenge å erobre broen over elvenWaal. En student fra Nijmegen,Jan van Hoof, hadde som medlem av undergrunnsbevegelsen samlet informasjon om broen.18. september1944 demonterte van Hoof eksplosivene som var festet under broen, slik at deallierte styrker to dager senere kunne erobre broen uskadd. Nijmegen lå i flere måneder ved krigsfronten, noe som førte til ytterligere skader på den allerede hardt skadde byen.
