Før det nåværende flagget ble innført, benyttet Mali et flagg med de samme fargene, men med tillegg av en svart figur, en menneskelignende strekfigur kalt kanaga, i det midtre feltet. Dette var fra 1959 av flagget forMali-føderasjonen, der ogsåSenegal inngikk.
Mali fortsatte å bruke flagget etter at Senegal gikk ut av føderasjonen i august 1960, men fjernet kanaga-figuren etter kort tid. Grunnen skal værebildeforbudet i islam, ettersom over 90 % av Malis befolkning er muslimer. Malis flagg har vært uforandret siden da.Senegals flagg er helt likt det maliske, men har en grønn stjerne midt på det gule feltet.