Ordet er kommet tilnorsk frafransk viamiddelalderlatin[1] og ble etter hvert en beskrivende betegnelse på en region av undergrunnsgraver mellom andre og tredjemilepæl langs veienVia Appia ved Roma hvor gravene til apostlenePaulus ogPeter er å finne.[2] Først på1700-tallet fikk ordet «katakombe» betydningen «underjordisk kristen gravplass».
Katakomber forbindes særlig medkristne gravsteder i Roma, men det finnes både katakomber andre steder, og ikke-kristne katakomber. I Roma har man eksempelvis også omkring tijødiske katakomber fraantikken. Det blir ofte framstilt som om de var skjulesteder for kristne under forfølgelser, men de var offisielle gravplasser og kjent av romerske myndigheter. Årsaken til at de ble gravd ut, er at kristne og jøder ikke aksepterte den romerske skikken med åkremere de døde, og i stedet for gravplasser i vanlig forstand, gravde man ut ganger i den myketuffsteinen. Døde romere ble oftest kremert, mens kristne (som trodde at mennesket villegjenoppstå) foretrakk å begrave kroppen intakt.
Etter at kristendommen ble tillatt på300-tallet, gikk katakombene ut av bruk. Nå ble de døde gravlagt på kirkegårder. Etter hvert ble katakombene glemt; det er bareSankt Sebastians katakomber som alltid har vært tilgjengelige, noe som skyldes at inngangen ligger i kirkenSan Sebastiano utenfor murene. På800-tallet angrepsarasenere (muslimene) Roma, og de flesterelikvier ble flyttet; dette bidro til at det ikke lenger var noen grunn til å besøke katakombene.
Når pavePaschalis I gikk inn for å tømme katakombene, skyldtes det også at 800-tallet markerte et høydepunkt i relikviejegernes raseringer. Oppkjøpere rasket til seg det de kunne avmartyrenes levninger. De nybygde kirkene lenger nord i Europa, særlig iTyskland, lot seg ikke lenger nøye med relikvier av typen «stykke av et klede som hadde rørt ved en gravstein/sarkofag», men stilte krav om å få virkelige kroppsdeler fra martyrene. Denne geskjeften blomstret, komplett med relikvieoppkjøpere utstyrt med lisens. Raseringen av gravplasser og inskripsjoner forklarer katakombenes nåværende tilstand, og nådde et slikt omfang at Pachalis så seg nødt til å gripe inn. Det ble sagt at han fikk flyttet levningene etter over to tusen martyrer i sikkerhet inne i kirkebygg.[3]
Forskere kjente til katakombene fra skriftlige kilder, og fra1500-tallet begynte man å lete. Det var på denne tiden at man begynte å ta i bruk ordet katakombe som betegnelse på alle gravsteder av denne typen. Den første romerske katakomben ble funnet helt tilfeldig en maidag i1578, og siden dengang har man funnet langt flere, spredt langs hovedveiene ut fra Roma. Katakombene vedVia Appia Antica er de som trekker flest turister, selv om de verken er størst eller eldst. I de tolv km lange gangene som hittil er gravd ut her, hviler restene etter minst hundre tusen mennesker, de fleste i familiegraver for tolv personer hver. De lå over hverandre, svøpt i et klede strødd medkalk. Oljelamper langs gangene viste vei, og det hele var under oppsyn av betalte gravere. Disse satte opp skilt som fortalte hvem som lå hvor, og stemplet sine navn med segl.[4]