Byen ble valgt som ny hovedstad da Missouri ble tatt opp som egen stat i USA i 1821. Byen ble først kalt Lohman's Landing, og et forslag til nytt navn var "Missouriopolis", før man bestemte seg for Jefferson City. Byen ble bygd opp spesielt med tanke på at den skulle være delstatshovedstad, men inntil regjeringsbygningene var klare fungerteSt. Charles som hovedstad. Da delstatsforsamlingen flyttet inn i 1826, bodde det kun 31 familier i byen. I 1833 brantcapitol, men fem år senere var en ny bygning ferdig.[3]
