Han spilte for flere europeiske toppklubber, somManchester United,Lazio ogMilan, samt påNederlands landslag. Han ble både i 1999 og 2000 kåret til den beste forsvarsspilleren iMesterligaen. Stam har også jobbet somtalentspeider for Manchester United etter han la opp i 2008.[2]
Stam startet i den lokale klubbenDOS Kampen. I 1992 begynte den profesjonelle spillerkarrieren for Stam. Da ble han solgt tilFC Zwolle, hvor han ble til 1993. I 1995 kom han tilWillem II. Etter en 1–0-seier over Ajax, så kjøptePSV Eindhoven ham, og her ble han fra 1996 til 1998. I PSV scoret han 11 mål. To år senere, i 1998, så ble han solgt tilManchester United. Stam spilte tre sesonger i United, og han vant bådePremier League,FA-cupen ogMesterligaen.
I 2001 gikk han tilS.S. Lazio etter å ha kommet på kant med SirAlex Ferguson. Mens han spilte for Lazio ble han utestengt i fem måneder for å ha testet positivt fornandrolon.[3] Etter å ha anket dommen ble den redusert med én måned.[4] Han ble i Lazio til 2004, før han ble solgt igjen. Nå gikk turen litt lenger nord iItalia, nemlig tilAC Milan. Han ble solgt tilbake tilNederland i 2006.Ajax Amsterdam var klubben som kjøpte Stam. Han var kaptein i Ajax da han la opp 29. oktober 2007.[5]