Som femtenåring imponerte han daværende juniortrener iOsasuna,Pedro María Zabalza, som ga ham plass på laget. Goikoetxea utviklet seg raskt under Zabalza, som også ble hans trener på seniorlaget.
Goikoetxea gjorde en så god figur forReal Sociedad at Barcelona ønsket å hente ham tilbake allerede etter det første året av den to år lange utlånsavtalen, men Real Sociedad nektet å la ham gå før avtalens utløp.
DaJohan Cruijff ble manager i Barcelona ble Goikoitxea plassert som ving-back, men det tok ikke lang tid før Cruijff innså at Goikoetxea, i tillegg til solid arbeidskapasitet, også hadde offensive kvaliteter som ga større utbytte lengre fram på banen, som ving.
Ikke bare ble Goikoetxeas første sesong hos Barcelona kronet med lagets første seriemesterskap på seks år,Real MadridsEmilio Butragueño uttalte at Goikoetxea var den spilleren som var avgjørende for at ligagullet gikk til Barcelona. 12. september 1990 fikk Goikoetxea sin landslagsdebut for Spania som venstre ving i en 3–0 seier overBrasil. Mens han opplevde en glimrende sesong på klubbnivå etablerte han seg samtidig på landslagsnivå. Barcelonas presidentJosep Lluís Núñez belønnet hans imponerende start i klubben med solid lønnsøkning og en kontraktsforlengelse til 1994.[4]
Etter at han forlot assistenttrenerjobben iXerez CD i 2010 har han jobbet som talentspeider, først iOsasuna, deretter iBarcelona, hvor han er ansatt pr februar 2024.[5]