Han ble presteviet i1950 i Milano, bare 22 år gammel, av kardinalAlfredo Ildefonso Schuster. Han vendte tilbake til studiene for å avslutte med lisensiatgraden i teologi. Deretter underviste han ved erkebispedømmet Milanos seminar i Venegono (1951–60) og tok i 1955 doktorgraden i teologi ved det teologiske fakultetet i Venegono med doktorarbeidet «La colpa e la libertà nell'odierna condizione umana».
Deretter utførte han pastoralt arbeid i erkebispedømmet Milano og var sogneprest i Ss. Martiri Anauniani i Legnano (1960–69), et tett befolket arbeidersogn, og i Sant'Andrea i Milano (1969–75).
Han var bispedømmevikar for kultur fra 1974. Den 19. februar 1975 ble han utnevnt til teolog-kannik ved domkapittelet i Milano. Han ble utnevnt til direktør for det av ham selv rekonstituerte «Istituto Lombardo di Pastorale», et presteseminar, i 1975, og underviste der i dogmatikk. Han forfattet mange bøker og artikler, ikke minst om teologi, katekese og meditasjon.
Han var ansvarlig for erkebispedømmedømmets kommisjon for den ambrosianske ritus.
Han ble utnevnt til hjelpebiskop i Bologna i1975, og etter erkebiskopEnrico Manfredinis plutselige død i1984 ble han promovert til erkebiskop der. Han ble kardinal i1985.
Biffi fremholdt at «en homoseksualitetens ideologi» truet med å marginalisere enhver som måtte være imot den homoseksuelle agenda,[9] og at katolikker måtte forberede seg på forfølgelser fra homosekskuelle aktivister og deres allierte.[10]
I september 2000 vakte Biffi oppmerksomhet da ha foreslo (gjentok med særlig tydelighet) at man i innvandringspolitikken burde foretrekke innvandrere fra overveiende kristne land somPolen ellerFilippinene frem for slike fra muslimske land, for på den måten å bevare Italias og Europas kristne identitet.[10][11]
Da han fratrådte i desember2003 i en alder av 75 år, ble han etterfulgt avCarlo Caffarra.