NavnetGdynia brukes for første gang i1253 om enkasjubisk fiskeby. I1789 fantes 21 hus i landsbyen. Som del avPommern var den en polsk provins fra cirka990-1308. I1309–1310 ble den erobret avDen tyske orden (1309-1454/66), men ble så del av Kongedømmet Polen (1466–1772). UnderPolens første deling i1772 ble den annektert av Kongelige Preussen (1772-1870), og ble senere som del av Preussen del avDet tyske keiserrike (1870–1920). I 1870 hadde landsbyen Gdingen 1 200 innbyggere.
EtterVersaillestraktaten1919 ble Gdynia sammen med andre deler av det tidligere Vest-Pommern en del av den nye Republikken Polen. I1921 startet konstruksjonen av en sjøhavn i Gdynia, som ble utviklet til den viktigste havnen i Den polske korridor. Byen ble bygd senere enn sjøhavnen, og fikk byrettigheter i1926. Gdynia begynte å vokse kraftig etter1928 med en befolkning på 120 000 i1939.
Byen og sjøhavnen ble erobret og annektert avTyskland iseptember1939 og gitt navnetGotenhafen. 50 000 polske innbyggere ble fordrevet tilGeneralguvernementet og eiendommene deres konfiskert og gitt til tyske nybyggere. Sjøhavnen ble i stor grad ødelagt da tyske tropper trakk seg tilbake i1945 (90 % av bygningene ble ødelagt). I byen ble også den tyske konsentrasjonsleirenGotenhafen bygd, en underleir avStutthof. I 1945 ble byen erobret avsovjetere og innlemmet i det polske Gdańsk-voivodskapet.