Han ble født i en tyskspråklig jødisk familie i den daværende østerrikske provinsen Mähren (i dag en del avTsjekkia). Etter å ha fullført gymnasiet iOlmütz, begynte han å studere astronomi, matematikk, fysikk og filosofi iLeipzig (1876–1878). Der møtte hanThomas Masaryk, senere president avTsjekkoslovakia, som overtalte Husserl til å satse på filosofi. Dermed begynte den unge Husserl å leseDescartes,britisk empirisme, Leibnitz og Berkeley.
I årene 1884–1885 fulgte hanBrentanos forelesninger over deskriptiv og fenomenologisk psykologi, og fikk veiledning av Brentano frem til 1886, og i 1886 fulgte hanshabilitasjon (professorkompetanse) iHalle med et psykologisk arbeide overBegriff der Zahl. Møtet med Brentano kjennetegnes gjerne som Husserls filosofiske omvendelse. I Brentanos undervisning innså han at filosofi er en vitenskap, en fundamental vitenskap som er grunnlaget for alle andre vitenskaper. Brentano ledet Husserl til å studereDavid Hume ogErnst Mach. Det var Brentanos analyse avintensjonalitet som førte til at Husserl senere skulle oppdage fenomenologien.I perioden 1887-1901 får Husserl en akademisk stilling vedUniversitetet i Halle
Etter sitt ekteskap med Malvine Steinschneider (1887) fikk han med sinPhilosophie der Arithmetik. Psychologische und logische Untersuchungen (1891) den kritiske oppmerksomhet fra logikerenGottlob Frege. I lys av hans psykologimekritikk skrev han frem til århundreskiftet omfangsrike logiske undersøkelser, som utviklet seg til hans første fenomenologiske hovedverkLogische Untersuchungen. Erste Teil: Prolegomena zur reinen Logik (1900), og førte til et kall som professor vedGeorg-August-Universität Göttingen iGöttingen (ekstraordinarius). Her ble han bl.a. kjent med matematikerenDavid Hilbert, filosofeneWilhelm Dilthey,Max Scheler ogKarl Jaspers samt dikterenHugo von Hofmannsthal.
I 1916 — midt under den første verdenskrigen, hvor hans sønn falt — etterfulgte Husserl nykantianerenHeinrich Rickert som professor i Freiburg. Hans verkIdeen zu einer reinen Phänomenologie und phänomenologischen Philosophie (1913) var utslagsgivende for kallet.
I 1918 grunnla hanFreiburger phänomenologische Gesellschaft. Hans første assistent var jødinnenEdith Stein (senere katolsk nonne), hun ble 1919 avløst av Martin Heidegger, som i sitt hovedverkSein und Zeit (1927) om læreren skrev:
«Wenn die folgende Untersuchung einige Schritte vorwärts geht in der Erschließung der 'Sachen selbst', so dankt das der Verfasser in erster Linie Edmund Husserl, der den Verfasser während seiner Freiburger Lehrjahre durch eindringliche persönliche Leitung und durch freieste Überlassung unveröffentlichter Untersuchungen mit den verschiedensten Gebieten phänomenologischer Forschung vertraut machte.»
Heidegger etterfulgte Husserl som professor i Freiburg i 1928.
Husserls siste leveår begynte med en rekke foredragsreiser (Amsterdam,Paris,Frankfurt am Main,Berlin, Halle,Wien,Praha). Samtidig skrev han et tredje hovedverk:Die Krisis der europäischen Wissenschaften und die transzendentale Phänomenologie (1936) hvor han omdanner sin fenomenologi til en livsverdenens ('Lebenswelt') fenomenlogi.
