Dzungaria (eller Zungharia) har sitt navn etterDzungar-khanatet som eksisterte iSentral-Asia fra 1634 til 1758. Dettekhanatet fikk igjen sitt navn fradzungarene. Navnet er avledet fra detmongolske uttrykket «Zűn Gar» eller «Jüün Gar», avhengig av hvilken dialekt av mongolsk som benyttes. «Zűn» eller «Jüün» betyr «venstre» og «Gar» betyr «hånd». Damongolriket (1206–1368) gikk i oppløsning, ble det delt i vestlige og østlige mongoler. Etter delingen ble de vestlige mongoler kalt «Zűn Gar», fordi de befant seg på «venstre side» eller flanke.
Dzungar-khanatet nådde sitt høydepunkt underKaldan, ellerBushtu Khan, i siste halvdel av det 17.århundre, men ble fullstendig knust av de kinesiskeQing-herskerne rundt 1757–1759. Det har spilt en viktig rolle iMongolias historie og de store mongolske vandringene vestover.
Dets største utstrekning omfattetKashgar,Yarkand,Khotan, heleTian Shan-regionen og kort sagt mesteparten av Sentral-Asia mellom 35 til 50 °N og fra 72 til 97 °Ø.
Som et politisk eller geografisk begrep harDzungaria praktisk talt forsvunnet fra kartet, bortsett fra det sentrale området som fremdeles heterJunggar Pendi (Junggarbekkenet). Og i fjellkjeden som sørøst for Balkhasjsjøen strekker seg nordøstover langs grensen mellom Kasakhstan og Kina bevares navnet iDzungarisk Alatau.
Dzungaria og avledede former av ordet er også blitt brukt til å gi navn til forhistoriske dyr som er funnet i klippeformasjoner i Junggarbekkenet:
Et nylig og bemerkelsesverdig funn fra februar 2006, er det eldste kjentetyrannosaurfossilet. Det ble utgravd av en gruppe forskere fraGeorge Washington University som holdt på med et forskningsprosjekt i Junggarbekkenet. Arten som er kaltGuanlong, levde for 160 millioner år siden, mer enn 90 millioner år før den berømteTyrannosaurus rex.
Dzungaria er i hovedsak etsteppe- og halvørkenpreget bekken omgitt av høye fjell:Tian Shan i sør ogAltai i nord.
Geologisk er det en utløper av den paleozoiske Kazakhstanblokken og var engang en del av et separat kontinent før Altaifjellene ble dannet på slutten av den paleozoisk tidsalder. Det inneholder ikke den samme mineralrikdommen somKazakhstania og kan ha vært en pre-eksisterende kontinentalblokk før Kazakhstania ble dannet.
Befolkningen består avuighurer,kasaker,kirgisere, mongoler ogHan-kinesere. Fra1953 har det vært en omfattende innflytting av Han-kinesere for å arbeide på vann- og industriprosjekter.