De fleste som fikk i gang klubben i 1881, spilte tidligererugby. Derfor ble det stort sett spilt rugby det første året, og laget hadde navnet Burnley Rovers. I mai 1882 ble det bestemt at de skulle spille fotball og at navnet skulle være Burnley Football Club. Dette året begynte de å spille på den nåværende banen Turf Moor etter å ha bruktCalder Vale som arena i 1881.
De vant sitt siste ligamesterskap i 1960. Klubben rykket ned fra toppdivisjonen i 1976 og var ikke tilbake blant de beste før sesongen 2009/10. I perioden 2010-2014 har Burnley spilt i Football League Championship.
Tradisjonsrike Burnley var farlig nær ved å bli historiske på negativ måte – ved å bli første klubb som rykket ut av Football League i1987, men berget seg med et nødskrik. Suksessen til Burnley i nyere tid må tilskrivesStan Ternent, som var manager i klubben fra 1998 til 2004. Ternent snudde raskt en klubb som kjempet mot nedrykk til kjellerdivisjonen, til en kandidat til playoff i Division One. Blant nøkkelspillerne som var med på denne snuoperasjonen, finner vi navn som backenMitchell Thomas, playmakerenPaul Cook, midtstopperenSteve Davis og målmaskinen fra Ternents tid iHull;Andy Payton. I tillegg fikk man en høyreving av høyt format iGlen Little, som en tid også ble nevnt i landslagsdiskusjonen, samt fart i karrieren til venstrevingenGraham Branch, som i dag er eneste "gjenlevende" fra generasjonen som var med å spille Burnley opp i det som nå går under navnet the Championship.
Den 25. mai 2009 rykket Burnley opp tilPremier League for første gang, og den påfølgende sesongen var klubbens første i den øverste divisjonen siden 1976. Eventyret varte ikke så lenge, og de rykket ned til Championship samme sesong. Mange mente at daværende manager Owen Coyle sin avgjørelse om å bytte klubb midt i sesongen var en instrumental grunn til nedrykket.
De påfølgende årene i Championship fikk både Brian Laws og Eddie Howe prøvd seg, men det var Sean Dyche som var arkitekten bak the Clarets direkte opprykk i 2013/14-sesongen, noe som ga mye mediaomtale ettersom laget hadde den minste troppen og var blant de med de minste økonomiske ressursene.
Eventyret i Premier League var kortvarig, og ved sesongslutt var Burnley under nedrykkstreken.
Siden 1882 har Burnley hatt 23 engelske landslagsspillere. De har spilt 85 kamper og scoret 21 mål for England i disse kampene. I 84 av kampene har spilleren fra Burnley vært med fra start, og fem ganger har det engelske landslaget hatt en kaptein som representerte Burnley på klubbnivå.
