Den 29. januar 2020 ble Manchester United enige med Sporting CP om en overgang for Bruno Fernandes.[7] 30. januar 2020 skrev han under en fem og et halvt års kontrakt med Manchester United.[8]
Med Portugal under-20, deltok Fernandes i 2014 Toulon-turneringen. I denne konkurransen spilte han fire kamper, scoret motChile i en gruppespillskamp og hjalp Portugal til en tredjeplass.[9]
Fernandes representerte Portugal på U19, U20, U21 og U23-nivå, med totalt 28 landskamper. Før sin internasjonale debut ble han utnevnt tilkaptein for U21-laget av trener Rui Jorge.[10] Han scoret fire mål og ga fire assists i Portugals U21-lags kvalifisering til U21-EM 2017, noe som hjalp dem med å kvalifisere seg til U21-EM 2017.[11] I juni deltok Fernandes i U21-EM 2017, der han hjalp Portugal til en gruppespillplassering og scoret et mål motSerbia i åpningskampen.[12]
Oversett for utvelgelse avPortugal under oppholdet i Italia, ble Fernandes først valgt den 28. august 2017, da han erstattet den skaddePizzi for kvalifisering til verdensmesterskapet motFærøyene ogUngarn, som skulle spilles neste måned, selv om han ikke spilte i noen av kampene.[14] Fernandes fikk sin første landskamp den 10. november 2017, da han erstattetManuel Fernandes for de siste 34 minuttene av den 3-0 vennskapskampen motSaudi-Arabia iViseu.[15]
Han ble tatt ut iPortugals tropp tilVM i fotball 2018 i Russland.[16] Han scoret sitt første mål den 7. juni med en heading i den siste oppvarmingskampen før mesterskapet, en 3-0 seier overAlgerie påEstádio da Luz.[17][18] Fernandes' første VM-kamp fant sted den 15. juni 2018, da han spilte i 66 minutter i en 3-3 gruppespill uavgjort motSpania, og ble samtidiggult kort-bokført i prosessen.[19] Den 30. juni ble Portugal eliminert etter et 2-1 tap motUruguay i åttendedelsfinalen.[20]
2019–2021: Nations League-tittel og påfølgende utfordringer
Fernandes ble valgt for tre kamper i gruppespillet i 2018–19 UEFA Nations League-gruppespillet,[21][22] og hjalp vertsnasjonen Portugal med å kvalifisere seg til innvielsen av Nations League Finals i juni 2019. I UEFA Nations League Finals spilte Fernandes begge kampene da Portugal beseiretNederland 1–0 iPorto for å vinne troféet.[23] På grunn av hans prestasjoner gjennom hele turneringen ble han inkludert i "Turneringens lag".[24]
Den 29. mars 2022 scoret Fernandes begge målene i Portugals 2–0 seier overNord-Makedonia i finalen i kvalifiseringen til verdensmesterskapet for å sikre Portugals kvalifisering til turneringen i Qatar i 2022.[26]
Han ble tatt ut iPortugals tropp tilVM i fotball 2022 i Qatar.[27] Den 25. november 2022 ga Fernandes to målgivende pasninger i Portugals 3–2 seier overGhana i gruppespillet.[28] Tre dager senere scoret Fernandes begge Portugals mål i en 2–0 seier overUruguay, og sikret lagets kvalifisering til utslagsrundene.[29] Den 6. desember ga han en målgivende pasning tilPepe, som scoret Portugals andre mål i en 6–1 seier i åttendedelsfinalen motSveits og ble den nest eldste spilleren som noensinne har scoret i mesterskapet.[30] Portugal ble eliminert i kvartfinalen etter å ha tapt 1–0 motMarokko, som ble den førsteCAF-nasjonen noensinne som nådde verdensmesterskapets semifinaler.[31][32]