Vindskjer er skilnad ivindstyrke og/ellervindretning mellom to punkt iatmosfæren. Om skilnaden er med høgda kallar ein det «vertikalt vindskjer», og om det er mellom to horisontale punkt kallar ein det «horisontalt vindskjer».
Vindskjer kan ha innverknad på farten til eit fly i forhold til lufta i samband med letting og landing, og dette kan av og til ha katastrofale følgjer. Mange flyulykker har hatt samanheng med vindskjer. Vindskjer kan òg påverke kor kraftig eittorevêr kan bli, men motverkar utviklinga avtropiske syklonar.Turbulens er ein effekt som ofte oppstår i samband med vindskjer.
Ein kan få vindskjer i ymse vêrsituasjonar.
Vertikalt vindskjer kan påverke forplanting av lyd i den lågare atmosfæren ved at lydbølgjer blir «bøygd» vedrefraksjon. Denne effekten er viktig å forstå når ein skal byggje lydisolerande veggar som skal verne mot bil- og flytrafikk.