Saverne vart før i tida kallaTres Tabernae Cesaris (Cæsar sine tre vertshus), fordi det låg tre vertshus her der reisande ofte byta oksar på grunn av den bratte stiginga opp til Lorraineplatået, og var ein viktig stad iromartida. Etter at staden vart øydelagd av germanskealemannarar vart han bygd opp att på ny av keisarJulian.[3]
Underden tyske bondekrigen vart byen okkupert av opprørarane i1525, men dei vart drivne ut avAntoine,hertug av Lorraine. Byen vart hardt råka undertrettiårskrigen, men bispepalasset som då vart øydelagt, vart bygt opp att like etter. I1852 vart bygningen omgjort avLouis Napoleon til bustad for enkene til riddarar iLégion d'honneur.
Saverne vart erobra av Tyskland i 1871, og annektert av Frankrike igjen etterden første verdskrigen.
I 1913 fornærma ein tysk offiser ei gruppe alsassiske rekruttar med å kalle dei «Wackes», som er eit svært nedsettande uttrykk for alsassarar. Innbyggjarane i byen demonstrerte, noko som førte til ein overdriven militær motaksjon med ulovlege arrestasjonar. Dette er opphav til uttrykketzabernisme (frå det tyske namnet på byen), som tyder misbruk av militær makt eller ulovleg åtak.