Pakistansk natur reflekterer eit noksåtørt klima med høge fjell i nord og varmare område i sør.
Medan fjellsidene i nord er dekte av skog, er plantelivet elles iPakistan prega avgras ogbuskvekstar, med få og spreidde tre. I vest veks plantar tilpassa eit tørt klima, medan ørkenområda har svært få plantar. Langs kysten i sør veksmangroveskog.
Når det gjeld dyr ligg Pakistan på grensa mellomden orientalske ogden palearktiske regionen. Landet har over 150 pattedyr-, over 174 krypdyr-, over 730 fugle- og 16 amfibieartar.
I fjella i nord leverbrunbjørn,kragebjørn,blanfordrev,pipehare og den utryddingstrugasnøleoparden. Landet har klauvdyr somsteinbukk,besoargeit,tahrgeit,skruegeit (markor) og sauenurial (vestasiatisk muflon). På sletter og i skog levernilgau ogindiaantilope,rhesusape oglangurenhulman. I ørken og halvørken levervillesel,dorkas- ogpersiagaselle, rovdyr somgullsjakal,bengalrev ograudrev og gnagarar somhamster,ørkenrotte,springmus ogstort holepiggsvin. Landet huser fleireskjelpadder,agamar oggekkoar.
I Indus finn ein dei truga artaneindusdelfin og den langsnuta krokodillengavial, medan ein finndugong og 12 kvalartar langs kysten. Langs elvebreidda og kysten finn ein ei rekkje våtmarksfuglar om vinteren eller under trekk. Landet har rovfuglar somsvartglente,kvitaugevåk,kongeørn,rajafalk og gribbar sombengal,gåsegribb,lamme- ogåtselgribb som standfuglar.
