Det vargreske kolonistar fråFokaia som grunnla byen (somMassalia -Μασσαλία) omkring 600 f.Kr. Dei hadde stor sukess her, og gjorde byen til eit stort handelssentrum med ei svært god hamn. Dei var òg dei første i Vest-Europa til å bygge opp eit fungerande kloakksystem. Då moderbyen Phokaia i stor grad vart øydelagd avpersarane i 545 f.Kr., kom det mange fleire grekarar til Massalia, noko som stundom vert rekna som den andre grunnlegginga av byen.
Byen fekk sjølvstyre i 1218, men i 1347 komSvartedauden til Frankrike. Ein meinte pesten kom til landet via hamna i Marseille. Under den tyske okkupasjonen frå november 1942 til august 1944 vart store hamneområde øydelagde. Ved utgravingar etter krigen oppdaga ein spor av den gamle hamna, dokkar og eit teater mellom Quai du Port og Rue Casserie.
