Makhatsjkala historiske føregjengar var byenTarki, som i dag er ein forstad, og som har ei historie som går tilbake til 1400-talet og kanskje tidlegare. Den moderne byen Makhatsjkala vart grunnlagd i 1844 som ei festning. Han fekk byrettar i 1857. Det opphavlege namnet på byen varPetrovskoje (russisk Петро́вское)—etter den russisketsarPeter den store, som vitja regionen i 1722. Dei lokale innbyggjarane kalla hanAnzhi-Qala (Jordfestninga, Qala eller Kala قلعه som tyder festning påpersisk ogarabisk). Byen fekk namnetPetrovsk-Port (russisk Петро́вск-Порт) i 1857 og gå Makhatsjkala i 1921. Byen vart råka av eit stortjordskjelv 14. mai1970.