Croton var lenge ein av dei mest velståande byane iMagna Graecia. Innbyggjarane var kjend for den fysiske styrken deira og for det enkle livet dei levde. Frå588 fvt. og framover kom mange olympiske idrettsutøvarar frå byen, den mest kjende av desse varMilo frå Croton.Pytagoras grunnla skulen sin her,pytagorearane, ved Croton om lag 530 fvt. Av elvane hans finn ein den tidlege medisinteoretikarenAlcmaeon av Croton og filosofen, matematikaren og astronomenPhilolaus. Pytagorearane fekk etter kvart stor innverknad på høgsterådet på tusen medlemmar, som styrte byen.Sybaris var rivalen til Croton fram til 510 fvt., då Croton sende ein hær på hundre tusen mann, kommandert av boksarenMilo, mot Sybaris og øydela han. Kort tid etter oppstod det eit opprør der pytagorearane vart driven ut og ersatta av eit demokrati.
Mynt frå Croton, om lag 480-460 fvt.
I480 fvt. sende Croton eit skip for å støtte grekarane islaget ved Salamis, men sigeren tilLocri ogRhegium over Croton same året markerte byrjinga på nedgangen. Han vart erstatta avHeraclea som hovudby forDet italiotiske forbundet.Dionysius, tyrannen iSiracusa, ville ha herredøme over Magna Graecia og erobra Croton i379 fvt. og heldt byen i tolv år. Croton vart så okkupert avbruttiarane, bortsett frå citadellen, der størstedelen av innbyggjarane hadde søkt tilflukt då dei ikkje kunne forsvare seg motkartagiske styrkar. Etter kort tid overgav dei seg og fekk lov å trekke seg tilbake til Locri.
I295 fvt. fall Croton til ein annan tyrann frå Siracusa,Agathocles. DåPyrrhus invaderte Italia (280-278, 275 fvt.) var Croton framleis ein viktig by med 19 km lang bymurar, men etterPyrrhoskrigen vart halve byen forlaten (Livius 24.3). Det som var igjen av innbyggjarane vart ein del avDen romerske republikken i277 fvt. Etterslaget ved Cannae iden andre punarkrigen (216 fvt.) gjorde Croton opprør mot Roma, ogHannibal heldt til her kvar vinter i tre år, og byen vart først gjenerobra i 205 eller 204 fvt. I194 fvt. vart byen ein romersk koloni. Frå den tid høyrer ein lite om byen gjennom romartida.
Crotone si plassering mellom hamnene iTaranto ogMessina, i tillegg til å ligge nær eit stort vasskraftverk, førte til industriell utvikling i byen mellom dei to verdskrigane. I 1930-åra vart folketalet dobla. Uheldigvis gjekk dei to største bedriftene,Pertusola Sud ogMontedison, konkurs og seint på 1980-talet var det ei økonomisk krise i byen og mange mista jobbane sine og flytta ut. I 1996 vart byen råka av ein flaum, men etter den tid har det vorte betre tilhøve for innbyggjarane.
