Han var hovudstad iVest-Tyskland frå 1949 til 1990 og var det offisielle sete til regjeringa fram til 1999. I frå 1998 vart mange nasjonale institusjonar flytta frå Bonn tilBerlin. Begge husa til det tyske nasjonalparlamentet,Bundestag ogBundesrat, vart flytta i lag med kanslarkontoret og bustaden tilBundespräsidenten. Bonn er likevel framleis eit senter for politikk og administrasjon. Om lag halvparten av dei statlege departementa og statsstillingane vart verande igjen i Bonn. Som følgje av dette har Bonn i dag tittelen Bundesstadt (Forbundsby).
Historia om Bonn går tilbake tilromarrtida. Om lag år 11 fvt. plasserte den romerske hæren tilsynelatande ein liten styrke ved det som i dag er det historiske sentrumet av byen. Tidlegare hadde hæren latt den germanske stammaUbii, som var allierte med romarane, busette seg ved staden. Det latinske namnet på byen var «Bonna», som kan ha sitt opphav i dei opphavlege stammene som budde her, somEburoni. Eburoniane var medlem av ei stor samling av stammer, som effektivt vart utsletta underCæsar sin krig iGallia. Etter fleire tiår forlet romarane staden og flytta seg litt lenger nordover, der dei bygde ei festning, først i tre og seinare i stein. Romarane heldt ut her til om lag midten av 400-talet. Restane av festninga vart ståande til langt ut i mellomalderen, då dei vart kalla Bonnburg. Steinen i festninga vart sannsynlegvis brukt til å byggje bymurane rundt Bonn på 1200-talet.
Festninga var den største romerske festninga av sitt slag som ein kjenner til. Det kunne halde ein heillegion med hjelpeutstyr og dekte eit område på om lag 250 000 kvadratmeter. Mellom festningsmurane låg det gater med mange bygningar, som store hovudkvarter, offiserane sine hus, tilkasernar, stallar og militære fengsel.
Denromerske vegen mellomKöln ogMainz gjekk rett gjennom festning (i dag Römerstraße). På begge sider av vegen voks busetnaden til ein mellomstor romersk by kalla Bonna.
Seint i antikken skal byen ha vorte plyndra av fiendar, og resten av den sivile busetnaden gøymde seg i festninga i lag med restane av troppane som var stasjonært her. Mot slutten av Romarriket fekk troppane forsyningar av germanske høvdingar som var tilsett av den romerske administrasjonen. Då Romarriket fall vart desse troppane då trofaste til dei nye barbariske herskarane. Ut frå festninga og den nye mellomalderbusetnaden i sør voks mellomalderbyen Bonn fram.
Festninga i Bad Godesburg, ein bydel i BonnBeethovenhalle
Mellom 1000- og 1200-talet vart denromanske domkyrkja i Bonn bygd, og i 1597 vart han hovudstad i fyrstedømet Köln. Byen fekk meir innflyting og blømde kraftig.Erkebiskopen av Köln,Klemens August (styrte 1724-1761) fekk bygd fleire bygningar i barokkstil, som framleis gjev byen sin karakter. Max Franz (styrte 1784-1794) grunnla universitet og kurbadetBad Godesberg. I tillegg passa han på den ungeLudwig van Beethoven, som var fødd i Bonn i 1770, og biskopen finansierte komponisten si første reise tilWien.
I 1794 vart byen omleira avfranske troppar, og vart ein del avDet første keisardømet. I 1815 vart Bonn tatt avPreussen, og vart verande ein prøyssisk by fram til 1945. Byen var lite viktig i desse åra.
Underden andre verdskrigen høyrte Bonn til ein militær underregion underKöln. Han var ikkje hovudkvarter og ingen styrkar heldt til i Bonn, men var noko militær viktig på grunn av folkesetnaden.
Etter den andre verdskrigen var Bonn i denbritiske okkupasjonssonen, og i 1949 vart han hovudstad iVest-Tyskland. Valet av Bonn som hovudstad kom hovudsakleg avKonrad Adenauer, tidlegare borgarmeister i Köln og kanslar i Vest-Tyskland etter den andre verdskrigen, som kom frå det området, trass i atFrankfurt alt hadde dei fleste nødvendige fasilitetane og at det kom til å bli 95 millionar DM dyrare å velje Bonn føre Frankfurt. Sidan Bonn var ein relativt liten by, vart han stundom på spøk kallaBundesdorf ('føderal landsby').
Den tyske gjenforeininga i 1990 gjordeBerlin til pålydande hovudstad av Tyskland igjen. Dette valet førte derimot ikkje til at alle republikken sine politiske institusjonar òg flytta. Berre regjeringa og parlamentet vart flytta til Berlin, medan dei fleste departementa vart verande i Bonn. Det var ingen planar om å flytte desse departementa, så Bonn vart ein uoffisiell hovudstad nummer to med den nye tittelen Bundesstadt. På grunn av dei nye bygningane ein trong, var ikkje flyttinga ferdig før i 1999.
