De plaatsnaam heeft eenOudnederlandse herkomst. De oudste vermelding is uit het jaar 1123 alsSutkerka. Het betreft een samenstelling. De betekenis van de plaatsnaam isZuidkerke[2] De huidige Franstalige plaatsnaam is hiervan een fonetische nabootsing. Ten noorden van deze plaats ligtNortkerque (Noordkerke).
De spelling van de naam van het dorp heeft door de eeuwen heen gevarieerd. Chronologisch heette het achtereenvolgens:Zuitkerka (1088-1099) ; Suthekerke (1119) ; Suthguerca (1122) ; Zukerka (1119-1124) ; Sudkerka (1159) ; Sutkercka (1182) ; Zuutkerkes (1185) ; Zuutkerka (1220) ; Suckerka (1223) ; Sudkarke (1285) ; Zugherke (1295) ; Sutkerkæ (XIIIe eeuw) ; Sukerke (1308) ; Suquerque (1311) ; Surkerke (1322) ; Sutkerke (1332) ; Sucquerke (1333) ; Sukerka (1358) ; Zunequerke (1375) ; Zutkerke (1422) ; Zutquerque (1480) ; Zutkerkæ (1512) ; Zoutkerke (1559) ; Zud-Kercke (1559) ; Zukerche (1560) ; Sutquerque (1694) ; Zudquerque (1720) ; Zudkerke (1739)[3]. Hierna kreeg en behield het zijn huidige naam en spellingswijze.
Zutkerque maakte in de middeleeuwen nog deel uit van hetNederlandse taalgebied, maar raakte geleidelijkverfranst, al blijkt dat er tot in de 18de eeuw nogVlaams voor kwam.