In 1555 nam koningFilips II van Spanje de regering van de Habsburgse Nederlanden over van zijn vader,keizer Karel V. Omdat Filips in de eerste plaats koning vanSpanje was, werden de Nederlanden sindsdien de Spaanse Nederlanden genoemd. Dit was geen officiële benaming, aangezien staatkundig de afzonderlijkelandsheerlijkheden 'slechts' inpersonele unie verenigd waren.
De eerste tien jaar (1556-1566) heerste er relatieve rust in de Spaanse Nederlanden. Wel liet de koning deprotestanten hard aanpakken. Daarop kwamen de Nederlandse edelen in conflict met de bevolking, die opstandig werd onder de verdrukking. De edelen boden op 5 april 1566 hetSmeekschrift der Edelen aanlandvoogdesMargaretha van Parma aan, maar zij kon niet veel doen omdat Filips II niet wilde meewerken.
Reeds bij de dood van landsheer Filips II in 1598, bleken de Nederlanden verdeeld te zijn:
Enerzijds waren er de vrijgevochten noordelijke gewesten (voortaan de Verenigde Provinciën of de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden genoemd), met hetcalvinisme als overheersende godsdienst en een groeiende rol voor hethuis Oranje-Nassau.
Anderzijds waren er de zuidelijke gewesten, waar met de hulp van de Spaanse troepen de Bourgondisch-Habsburgse dynastie en als godsdienst hetrooms-katholicisme bewaard bleven en het daar aanwezige calvinisme werd uitgeroeid.
Jeton met dubbelportret vanAlbrecht van Oostenrijk en infanteIsabella van Spanje, geslagen te Antwerpen in 1612. Voorzijde: portretten van Albert en Isabella. Keerzijde: Adelaar met balans, datum 1612.
Omdat Filips II weinig vertrouwen had in zijn zoon en opvolgerFilips III, droeg hij op 6 mei 1598 de Zuidelijke Nederlanden over aan zijn dochter en vertrouwelingeIsabella van Spanje, als bruidsschat voor haar huwelijk met aartshertogAlbrecht uit deOostenrijkse lijn van het huis Habsburg. Als een van de voorwaarden voor deze overdracht bepaalde Filips II dat, mocht Isabella kinderloos overlijden, de Zuidelijke Nederlanden aan de Spaanse kroon zouden terugvallen.
Zeven maanden na de dood van Filips II op 13 september 1598 traden Albrecht en Isabella in het huwelijk en vestigden zich in hetPaleis op de Koudenberg inBrussel. Zij hadden een kennelijk gelukkig huwelijk en kregen drie kinderen, die echter kort na de geboorte overleden. Albrecht en Isabella deden veel om de omstandigheden in hun gewesten te verbeteren. Onder hun bewind genoten de Zuidelijke Nederlanden een grote mate van zelfstandigheid, maar konden zich nog niet tot een volwaardige natie ontwikkelen.
In 1609 wist Albrecht hetTwaalfjarig Bestand te sluiten, waarna een periode van relatieve rust en bloei aanbrak. In hetzelfde jaar 1609 werdPeter Paul Rubens tot hofschilder benoemd, waarmee debarok haar intrede in de Nederlanden deed. Ook het religieuze leven kreeg vanuit decontrareformatie een nieuwe impuls. Albrecht en Isabella waren hier persoonlijk actief bij betrokken, waardoor zij geliefd werden bij de bevolking.
Nadat in april 1621 het Twaalfjarig Bestand was afgelopen, overleed in juli aartshertog Albrecht. Omdat hij en Isabella geen nakomelingen hadden, vielen de Zuidelijke Nederlanden terug aan Spanje. Alslandvoogdes in naam van de nieuwe Spaanse koningFilips IV bleef Isabella aan het bewind in Brussel. Anders dan Filips IV bleef zij zich inzetten voor vrede met de Noordelijke Nederlanden en stuurde daartoe in 1623 haar hofschilder Rubens naar Den Haag, evenwel zonder resultaat. Aartshertogin Isabella overleed in 1633.
In 1635 verbonden de Verenigde Provinciën zich met Frankrijk, dat tot het einde van de zeventiende eeuw aan de zuidergrens zou knagen. De onophoudelijke oorlogen, tijdens en na het bondgenootschap van Frankrijk met de Republiek, waren bijzonder verwoestend voor de zuidelijke gewesten. Zo werd Brussel in augustus 1695 door de Franse troepen van maarschalkFrançois de Neufville, hertog van Villeroi, langduriggebombardeerd. Tijdens deze militair gezien nutteloze actie werden deGrote Markt en een groot deel van de stad door brand verwoest.
Als gevolg van de strijd op twee fronten, Frankrijk in het zuiden en de Republiek in het noorden, ontstonden in de zeventiende eeuw niet alleen de huidige noorder- en zuidergrenzen (1648 Vrede van Westfalen,1713 Vrede van Utrecht), maar ook een uitgesproken Zuid-Nederlands bewustzijn boven de blijvende verscheidenheid van de vorstendommen.
Sinds 1580 werd hetprinsbisdom Luik intussen door prins-bisschoppen van hethuis Beieren geregeerd. Daar dit prinsbisdom neutraal was gebleven, was het grotendeels ontsnapt aan de verwoestingen van de voorbije oorlogen.
Ondertussen haddenMaurits van Oranje en later zijn halfbroerFrederik Hendrik grote delen van de Nederlanden weten te veroveren voor de Republiek der Verenigde Nederlanden. Ingevolge eengeheim verdrag, hetTraité de Partage, dat Frederik Hendrik met Frankrijk afsloot, raakten de Zuidelijke Nederlanden in de oorlogsperiode die erop volgde nog aanzienlijke delen van hun grondgebied in het zuiden en het noorden kwijt aan respectievelijk Frankrijk en de Republiek.
Bij deVrede van Münster in 1648, waar de Zuidelijke Nederlanden van werden uitgesloten, werd de status quo bevestigd. Er ontstond nu een landgrens die dwars door de Zeventien Provinciën liep.
De Spaanse tak van de Habsburgers stierf uit in 1701, waarna deSpaanse Successieoorlog uitbrak. Deze oorlog leidde tot hetAnglo-Bataafs condominium en werd in 1713 afgesloten met de Vrede van Utrecht. Daarbij werd bepaald dat er in Spanje een koning uit hethuis Bourbon kwam en dat de Zuidelijke Nederlanden, omdat er formeel enkel een personele unie bestond tussen Spanje en de Zuidelijke Nederlanden, naar de Oostenrijkse tak van Habsburg ging. Vanaf dan staan de Zuidelijke Nederlanden bekend als de Oostenrijkse Nederlanden.
De Spaanse Nederlanden in 1700 tijdens deNegenjarige Oorlog (1688-1697). Bergen, Charleroi, Aat en Kortrijk keren pas na deze oorlog naar de Zuidelijke Nederlanden terug.
De meeste van deze gebieden behoren tegenwoordig totBelgië. Enkele maken deel uit vanFrankrijk,Nederland enLuxemburg. Ook in het huidigeDuitsland liggen enkele kleine stukjes.