| Protein Data Bank | ||||
|---|---|---|---|---|
 | ||||
| Type | databank | |||
| Taal | Engels | |||
| Registratie | optioneel | |||
| Eigenaar | Worldwide Protein Data Bank | |||
| Status | actief | |||
| Link | Officiële website | |||
| ||||
DeProtein Data Bank (PDB) is een vrij toegankelijkedatabase met gegevens van grote biomoleculen zoalseiwitten ennucleïnezuren. De PDB wordt beheerd door de organisatie Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). De gegevens in de databank zijn voornamelijk afkomstig van experimentele methoden alsröntgendiffractie,NMR-spectroscopie encryo-elektronenmicroscopie, en worden aangeleverd door wetenschappers over de hele wereld. Alle structuurdata worden na indiening beoordeeld door deskundigen (biocurators), en na goedkeuring beschikbaar gemaakt in de database onder een vrije licentie.[1]
De PDB is een belangrijke bron voor vele moleculaire wetenschapsgebieden zoalsstructuurbiologie engenomica. De meeste grote journals en organisaties, zoals deNational Institutes of Health in de Verenigde Staten, eisen van wetenschappers dat ze hun structuurgegevens op de PDB plaatsen. Andere databanken maken gebruik van de gegevens in de PDB om eiwitten te classificeren volgens bepaalde patronen.Gene Ontology categoriseert de structuren bijvoorbeeld op basis van biologische functie en type cellulair proces.[2]
In 1971 werd de gegevensbank opgezet inBrookhaven.[2] Tussen 1998 en 1999 kwam de PDB terecht bij het Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). In 2003 werd het wwPDB opgezet als formalisering van een bestaande samenwerking, waarmee de PDB een internationale organisatie werd. De vier leden van de wwPDB fungeren daarbij als centrum om de gegevens te plaatsen, te verwerken (o.a.annoteren) en te verdelen.
De PDB wordt wekelijks geactualiseerd. De statistieken zijn te volgen op dePDB Holdings List.
De meeste structuren zijn bepaald met röntgendiffractie, ongeveer 15% van de structuren is bepaald door NMR en enkele zijn zelfs metelektronenmicroscopie bepaald. Voor structuren die bepaald zijn door röntgendiffractie zijn ook bestanden beschikbaar die deelektronendichtheid beschrijven, en waarmee deze in een geschikt programma grafisch kan worden weergegeven. Deze bestanden staan op deElectron Density Server.[3]
In het verleden steeg het aantal structuren in de PDB bijna exponentieel. Die stijging is nu minder sterk. In 2009 werden nog 7448 structuren toegevoegd, het hoogste aantal ooit.
Het eerstebestandstype voor de PDB was het PDB-bestand. Dit oorspronkelijke formaat was in de breedte beperkt tot de omvang vanponskaarten: 80 tekens per regel. Omstreeks 1996 werd hetmacromolecular Crystallographic Information file-bestandstype, kortweg mmCIF, ingevoerd. EenXML-versie van dit type, PDBML, werd in 2005 gelanceerd.[4]De structuren kunnen in elk van deze drie formaten gedownload worden. De individuele bestanden kunnen ook als gecomprimeerde bestanden gedownload worden naar grafische pakketten met behulp van webadressen:
http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz;http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz;waarbij "4hhb" de zogenaamde "PDB identifier" is, een vierdelige, alfanumerieke en unieke naam om het molecuul mee te identificeren. De gewone naam van het molecuul wordt niet gebruikt omdat meerdere structuren dezelfde naam hebben of omdat van één structuur meerdere versies aanwezig zijn.
Software om de bestanden grafisch voor te stellen kan onder meer op het internet gevonden worden, vaak alsvrije software.