Hij werd in Rome geboren als zoon van deGoot Winigild.
Tijdens zijnpontificaat deed Pelagius II verwoede pogingen de kerk, die in eenschisma verwikkeld was sinds hetConcilie van Chalcedon en de daaropvolgende complicaties, te verzoenen. Dit faalde door tegenwerking van de verschillende volken, voornamelijk deLombarden. Hij stuurde daarom een gezant naarByzantium, maarkeizerMauricius slaagde er evenmin in veel te bereiken. Daarop vroeg hij hulp bij deFranken, die echterItalië verlieten na omgekocht te zijn door de Lombarden.
Ook optheologisch gebied was Pelagius erg actief: hij verscherpte bijvoorbeeld de regels omtrent hetcelibaat, die echter door zijn opvolger,paus Gregorius I, weer versoepeld zouden worden.
Tijdens de wapenstilstand tussen de Longobarden en de Byzantijnen (585-589) wijdde hij zich aan kerkenbouw. Zo bouwde hij een grafkerk op de plaats waar deheiligeLaurentius gemarteld was, deSint-Laurens buiten de Muren.
Pelagius II viel ten prooi aan depestepidemie die sinds eind589 door Rome woedde, waaraan hij in590 overleed.
