Hetemaj debuteerde in 2005 in het betaald voetbal in het shirt vanHJK Helsinki. In de zomer van 2006 maakte hij Hetemaj voor een transfersom van € 450.000 de overstap naarAEK Athene. Daarmee speelde hij in onder meer deUEFA Champions League. Infebruari van 2007 liep Hetemaj een zware blessure op bij het Finse B-elftal. Daardoor was hij tijd niet inzetbaar. AEK verhuurde hem in januari van 2008 een half seizoen aanApollon Kalamarias. In seizoen 2008/2009 keerde Hetemaj terug bij AEK en speelde hij dat seizoen nog vijftien wedstrijden voor de club.
Als onderdeel van de aankoop vanYoussouf Hersi vertrok Hetemaj naarFC Twente, waar hij een eenjarig contract tekende met een optie voor twee extra jaren.[1] Voor Twente speelde hij alleen in eenKNVB bekerduel tegenSC Joure. Op 1 februari 2010 maakte Hetemaj per direct de overstap van FC Twente naarBrescia. Dat verruilde hij anderhalf seizoen later voorChievo Verona. Na periodes bijBenevento enReggina 1914 keerde hij in 2022 terug naar Finland om weer uit te komen voor HJK Helsinki.