Vukojević speelde sinds 2007 in totaal 39 wedstrijden voor deKroatische nationale ploeg, waarin hij viermaal scoorde. In de periode 2003-2005 speelde hij zeventien wedstrijden voor Kroatië onder 21, waarin hij drie keer scoorde. Hij maakte zijn debuut op16 oktober2007 in een vriendschappelijke wedstrijd tegenSlowakije (3-0 winst). Bij zijn debuut maakte hij meteen zijn eerste doelpunt. Op29 mei2012 maakte toenmalig bondscoachSlaven Bilić zijn definitieve en 23-koppige selectie bekend die Kroatië vertegenwoordigde op hetEuropees kampioenschap voetbal 2012 inPolen enOekraïne, inclusief Vukojević die rugnummer 8 kreeg toebedeeld.[1]
Vukojević werd opgenomen in de Kroatische selectie voor hetwereldkampioenschap inBrazilië doorbondscoachNiko Kovač, op 31 mei 2014.[2] Op het wereldkampioenschap kwam Vukojević in geen enkele wedstrijd in actie. In een brief aan de president van deKroatische voetbalbond,Davor Šuker, kondigde Vukojević, na vijfenvijftig wedstrijden voor Kroatië te hebben gespeeld, aan dat hij stopte als international.[3]