Het Neogeen was een periode met een gematigd klimaat, hoewel nog niet zo koud als in het erop volgende Kwartair. Dit zorgde weer voor de opkomst van dieren enplanten die grasland alshabitat hadden.
De naam Neogeen werd voor het eerst gebruikt door deOostenrijkse paleontoloogMoriz Hörnes bij onderzoek naargesteentelagen in hetWeense bekken. Hoernes onderscheidde ze daarmee van oudere Cenozoïsche gesteentelagen, die hijPaleogeen noemde.
Pas in dejaren '80 van de twintigste eeuw raakten de namen Neogeen en Paleogeen in algemeen gebruik, daarvoor werd de tijdspanne van deze twee periodes samenTertiair genoemd. Hoewel deze naam nog steeds veel voorkomt, wordt het gebruik ervan afgeraden door deICS.
Rond de laatste eeuwwisseling was er controverse onder stratigrafen waar de grens tussen het Neogeen en Kwartair getrokken moest worden. In 2009 besloot hetInternationaal Geologisch Congres deze grens op 2,58 miljoen jaar te leggen. De tijdsnedeGelasien, die daarvoor vaak tot het Plioceen en Neogeen gerekend werd, is sindsdien onderdeel van het Pleistoceen en Kwartair.
Het drogere en koelere klimaat, dat tijdens hetOligoceen ontstaan was, bleef gedurende het Neogeen aanwezig. Dankzij het droge en koele klimaat kondenkruidachtige planten zich diversificeren en sterk verspreiden. Veel kleinereinsecten- enzaadetende soortenknaagdieren,vogels,amfibieën enreptielen profiteerden daarvan. Op verschillende continenten was er eenmegafauna van tegenwoordiguitgestorven soortenzoogdieren. Aan het einde van het Neogeen ontstond deLandengte van Panama waardoorNoord- enZuid-Amerika met elkaar verbonden raakten. Er vond tussen de twee continenten een uitwisseling van soorten plaats, terwijl andere soorten uitstierven. Dit wordt deGreat American Interchange (Engels voorgrote Amerikaanse uitwisseling) genoemd.
(de)Hörnes, G.;1853:Mitteilung an Prof. Bronn gerichtet: Wien, 3. Okt., 1853, Neues Jahrbuch der Mineralogie,Geologie und Geognosie der Petrefaktenkunde1853, pp. 806-810.
