De club werd in1960 opgericht alsNK Marigay FC. De eerste wedstrijd werd op5 februari1961 gespeeld, op een regenachtige dag voor 1500 toeschouwers. Maribor won met 2-1 van stadsrivaalKovinar Maribor. Datzelfde jaar werd de club Sloveens kampioen en promoveerde zo naar de westelijke 2de klasse Joegoslavische competitie. In1967 bereikte de club daar de hoogste klasse, hierin speelden ze vijf seizoenen. Na degradatie in1972 speelde de club drie seizoenen in de westelijke 2de klasse alvorens te degraderen naar de Sloveense liga. Na één seizoen kon de club terug promoveren. In1981 volgde een nieuwe degradatie. Maribor FC speelde nog in de 2de klasse in 1982/83, 1984/85 en 1986/87. In1988 werd de clubnaam veranderd in NK Maribor Branik en speelde van 1989 tot 1991 in de nieuwe liga van clubs vanKroatië,Slovenië enBosnië en Herzegovina.
Na de onafhankelijkheid vanSlovenië was aanvankelijkOlimpija Ljubljana de dominante club maar dat veranderde in1997: Maribor werd zeven keer op rij landskampioen en kwalificeerde zich één keer voor de Champions League en schakelde toenRacing Genk enOlympique Lyon uit voor de groepsfase onder leiding van trainer-coachBojan Prašnikar. De Champions League zorgde ironisch gezien voor financiële problemen en slechtere resultaten. In2006 was de club weer terug voor Europees voetbal na het winnen van deIntertoto Cup, die ze in1996 ook al eens gewonnen hadden. In de eerste ronde van deUEFA Cup 1997/98 zorgde Maribor overigens voor een grote verrassing door de Nederlandse grootmachtAjax in eigen huis op 1-1 te houden.Jari Litmanen scoorde voor een slecht Ajax de 1-1, nadat Maribor vroeg in de wedstrijd verrassend op 1-0 was gekomen. Ajax herstelde zich overigens thuis (in deAmsterdam ArenA) in de return. De Amsterdammers wonnen met afgetekende cijfers: 9-1. De huidige naam van Maribor werd in2003 aangenomen.
De navolgende spelers kwamen als speler van NK Maribor (of een van de voorgangers van de club) uit voor een vertegenwoordigend A-elftal. Tot op heden[1] isMarinko Galič degene met de meeste interlands achter zijn naam. Hij kwam als speler van NK Maribor in totaal 43 keer uit voor hetSloveense nationale elftal in de periode 1994-2001.