Na één seizoen kon de club terugkeren, maar dit was de zwanenzang voor de club. Lokomotiva eindigde laatste en zou tot 2009 nooit meer terugkeren naar het hoogste niveau. Na twee promoties op rij speelt de club in 2008/09 in de Kroatische tweede klasse. In 2009 promoveerde de club zelfs naar de hoogste klasse. Na een achtste plaats volgde een veertiende en een zevende plaats. In 2013 werd de club vicekampioen met twintig punten achterstand op stadsrivaalGNK Dinamo Zagreb.
Toelichting op de tabel: #Q = #kwalificatieronde / #voorronde, #R = #ronde, PO = Play-off, Groep (?e) = groepsfase (+ plaats in de groep), Competitie (?e) = competitiefase (+ plaats in de competitie), 1/16 = zestiende finale, 1/8 = achtste finale, 1/4 = kwartfinale, 1/2 = halve finale, TF = troostfinale, F = finale, T/U = Thuis/Uit, BW = Beslissingswedstrijd, W = Wedstrijd, PUC = punten
UEFA-coëfficiënten.