De Kirgiezen kwamen waarschijnlijk oorspronkelijk uit het zuiden van hetAltajgebergte. Daar worden zij aan het einde van de3e eeuw v.Chr. door Chinese bronnen in verband met hun onderwerping door deXiongnu (201 v.Chr.) vermeld als "wilde bergbewoners". De kern van hun land was het bosrijkeTannoe-Olagebergte in het hedendaagseToeva, ten noorden vanMongolië.
Rond 49 v.Chr. verhuisden de Kirgiezen naar de Boven-Jenisej in het zuidelijk deel van deMinoesinskdepressie, waar ze buren werden van deDingling, die op hun beurt naar deSelenga trokken. Deze Jenisej-Kirgiezen worden geassocieerd met deTasjtykcultuur.
In Chinese historische teksten worden ze vermeld alsXiajiasi ("Chakas", Chinees:黠戛斯) ofJiegu (结 骨), en tijdens deHan-dynastie alsGekun (Chinees:鬲 昆) ofJiankun (Chinees:坚 昆).
Volgens de legende zouden ze aangevoerd worden door nakomelingen van de Chinese generaalLi Ling. Verschillende Chinese schrijvers beschreven de oude Kirgiezen als met lichte huidskleur, rossig haar en lichte ogen:
Tijdens de regeerperiode van keizerXuanzong stelde Ge Jiayun een verslag van de westelijke regio's samen, waarin hij zei: "de mensen van de Jiankun-staat hebben alle rood haar en groene ogen. Degenen met donkere ogen zijn afstammelingen van Li Ling.
— Tang Huiyao (961 AD)
Het verslag vermeldde voorts dat de naam "Xiajiasi", waaronder de Kirgiezen bekend waren en hoe de Oeigoeren hen noemden, "geel hoofd en rood gezicht" betekende.
De eerste vermelding van hetetnoniem "Kirgiezen" komt uit de 6e eeuw. In 560 onderwierp de GöktürkenheerserMuqan Qaghan (r. 553-572) de gebieden aan de boven-Jenisej en zo verschenen de Kirgiezen als vazallen van het oostelijkeRijk der Göktürken. In die tijd produceerden de Kirgiezen ijzer en goud, dat zij volgens de Chinese kronieken "tandenknarsend" aan de Göktürken moesten afgeven. Hierdoor namen de Kirgizische vorsten contact op met de ChineseTang-dynastie en gaven hen een jaarlijkse belasting (paarden), zodat ze ook een vazal van de Chinezen werden. Hun toenmalige woongebied zou zich volgens de Chinese kroniekschrijvers ten westen vanHami en ten noorden vanKarashahr bevonden hebben.
DeOrchoninscripties van de 8e eeuw beschrijven een bloedige oorlog van de Göktürken tegen de Kirgiezen. Tijdens een aanval in de winter 711/12 sneuvelde de vooraanstaande Kirgiezenleider Bars Beg.
In 758 volgde een nederlaag tegen deOeigoeren, de opvolgers van de Göktürken als heersers van desteppe. De Oeigoeren doodden de Kirgizischekan en vernietigden een 50.000 man sterk Kirgizisch leger. De Kirgiezen kwamen onder de heerschappij van hetOeigoerse Kaganaat. In tegenstelling tot hun voorgangers konden de Oeigoeren de banden tussen de Kirgiezen en Tang-China definitief verbreken.
Al voor het einde van de 8e eeuw worden Kirgizische clans in alliantie met deQarluq in het oosten van deTiensjan vermoed, wat zou blijken uit traditionele clannamen uit de tijd van het Kirgiezenrijk.
De Kirgiezen waren de meeste tijd opstandig, en in 840 slaagden ze erin de Oeigoerse hoofdstadOrdu-Baliq in deOrhonvallei te plunderen, en de Oeigoeren uit Mongolië te verdrijven. Hierbij kwam de Kirgiezen een strenge winter (839) en Oeigoerse overlopers tot hulp: de Oeigoerse generaal Külüg Bagha liep 840 over en samen met de vorst Uje Khan († 847) van de Yaġlaqar-clan werd het Oeigoerenrijk in het huidige Mongolië vernietigd, waarna de restanten van de Oeigoeren zuidwaarts vluchtten.
De Kirgiezen vestigden hun eigen staat op basis van het Göktürk-model. Ze hadden het Orchonschrift van de Göktürken overgenomen en vestigden handelsbanden met China en hetKalifaat van de Abbasiden. De Kirgiezen breiden hun staat uit van de Jenisej-gebieden tot in Centraal-Azië en hetTarimbekken. Huninvloedssfeer omvatte de gebieden tussenLena,Irtysj, hetBaikalmeer tot aan de Tiensjan (ongeveer 198,000 km²). Het machtscentrum van Uje lag na 840 in Toeva, en het voormalige Oeigoerenrijk en huidige Mongolië zagen hij en zijn opvolgers slechts als hun "achterland". In plaats van de Oeigoeren als vorsten van Mongolië te vervangen, bleven de meeste Kirgiezen in hun traditionele thuisland wonen.
De Kirgiezen werden voor een tijd de belangrijkste macht in Centraal-Azië, en zonden een aantal gezanten naar Tang-China. De Kirgizische Khagans beweerden af te stammen van de Chinese generaal Li Ling, hetgeen werd genoemd in de diplomatieke briefwisseling tussen de Kirgizische Khagan en de Tang-dynastie keizer, omdat de keizerlijke Li-familie beweerde af te stammen van Li Ling's grootvader, Li Guang. Toch konden de Kirgiezen de nieuwe macht niet volledig benutten, aangezien de Tang-heersers van China niet bereid waren de Kirgizische adel Chinese titels te geven.
Bij de Kirgiezen wordt het bestaan van meerdere steden en de stadKemidjkat als residentie vermeld. Opgravingen getuigen van landbouw en zelfs irrigatie, hoewel Turkstalige bronnen vannomadisme spreken. Ook zijn mijnbouw, wegenbouw, en het gebruik van een runenschrift aangetoond, en zijn in de Altai Byzantijnse munten gevonden.
In 924 werd het Kirgizische rijk door deKitan van Apaoka Khan († 926) onder de voet gelopen, en de Kirgiezen naar hun stamland aan de Jenisej teruggedreven. Later in de 10e eeuw werden de Kirgiezen door de aangrenzendeEvenken naar het zuiden in het Tiensjangebergte verdreven.
In de 12e eeuw was het Kirgizische machtsbereik als gevolg van de toenemendeMongoolse expansie geslonken tot de Altaj en Sajan.
In de jaren 1207/8 onderwierpen de belangrijkste Kirgizische leiders zich aan de Mongolen vanJochi, de zoon vanDzjengis Khan, maar kwamen al snel in opstand. Het volk van de Kirgiezen werd na een aantal opstanden in de loop van de 13e eeuw door de Mongoolse heersers uiteengeslagen. Een aantal werd in 1293 naarMantsjoerije gedeporteerd. De Kirgiezen namen hetnomadisme van de Mongoolse stammen aan, verloor zijn runenschrift en landbouw.
Gedurende het Mongoolse Rijk werd het gebied van de Kirgiezen in het noorden van Mongolië omgezet in een agrarische kolonie genaamdKem-Kemchik.Koeblai Khan stuurde Mongoolse en Chinese ambtenaren, samen met kolonisten, naar de Kirgizische gebieden. Ze bleven een Mongoolse vazal tot in de late 14e eeuw.
Een aantal trok waarschijnlijk in 1220 met het leger van Jochi naar hetZevenstromenland. Daar ontstond in versmelting met de Mongolen en verschillende Turkse stammen het volk van deKara-Kirgiezen, wat uiteindelijk resulteerde in de vorming van het moderneKirgizië, het land van de hedendaagse Kirgiezen. Ook later kregen ze instroom vanuit het Jenisejgebied, bijvoorbeeld in 1469 onder Ababartsi Chinsang en in 1702 in het kielzog van deOirat.
De nog aan de Jenisej wonende Kirgiezen laten aan het begin van de 15e eeuw onder Ugechi (1402/03) en zijn zoon Essekü († 1425) weer van zich spreken, in verband met gevechten onder leiding van deOirat. Zo staat de moord op de Mongoolse KhanElbeg (1399 of 1401-1402) op Ugechis naam.
In de 15-16e eeuw werd de naam "Kirgiezen" weer opgenomen, toen de Centraal-Aziatische steppenomaden zich "Kazak-Kirgiezen" begonnen te noemen. De bergbewoners werden "Kara-Kirgiezen" genoemd, en beide stonden in een losse alliantie. Uit de "Kazak-Kirgiezen" ontstonden de huidigeKazachen en uit de "Kara-Kirgiezen" de huidige Kirgiezen.
In de eerste helft van de 16e eeuw vochten ze tegen deChagatai-Khan Abdur-Rashid en zijn zoon en ondernamen een aantal rooftochten naar steden alsTasjkent.
In de eerste helft van de 17e eeuw kwam het tot een confrontatie met de in Siberië oprukkende Russen, en Kirgiezen overvielen regelmatigKrasnojarsk en andere Russische nederzettingen.
Toen de Oirat zich in 1640 onder leiding van deDzjoengaren nieuw formeerden, sloten de Kirgiezen zich bij hen aan. Na nederlagen in 1640-42 en 1679 en de ondergang van de Oirat-rijk kwamen de Kirgiezen formeel onder Russische heerschappij, hoewel de lokale macht bij de tribale leiders bleef.
Of de huidigeChakassen afstammen van Kirgiezen die aan de Jenisej bleven wonen, is onduidelijk.
De Kirgiezen hadden een economie gebaseerd op de traditionele nomadische veeteelt (vooral paarden en runderen), landbouw en jacht. Volgens Chinese verslagen verbouwden zeHimalayarogge,gerst,gierst entarwe. Ze waren bekwame ijzersmeden, sieradenmakers, pottenbakkers en wevers. Hun huizen waren traditionele nomadische tenten en huizen van hout en boomschors in de agrarische gebieden. Hun landbouwnederzettingen werden beschermd door houten palissaden. De rijkdommen van hun bosrijke thuisland (voornamelijk bont) maakten de Jenisej-Kirgiezen welvarende kooplieden. Zij onderhielden handelsbanden met China, Tibet, het Abbasidische kalifaat van het Midden-Oosten, en vele lokale stammen. Hun paarden stonden bekend om hun grote formaat en snelheid. De tiende-eeuwse Perzische tekst Hudud al-'alam beschreef de Kirgiezen als mensen die "het vuur vereren en hun doden verbranden".