Juninho begon als clubvoetballer bij Ituano Futebol Clube in 1992. Van 1993 tot 1995 speelde hij bijSão Paulo FC, waar de middenvelder in 1993 deCopa Libertadores, deSupercopa Sudamericana en deIntercontinental Cup won. In 1994 volgde deRecopa Sudamericana en deCopa CONMEBOL. In 1995 vertrok de Braziliaan naar het Engelse Middlesbrough FC, waar Juninho uitgroeide tot een publiekslieveling. Van 1997 tot 1999 speelde hij voorAtlético Madrid. In 1999/2000 en van 2002 tot 2004 speelde Juninho opnieuw voor Middlesbrough FC. In 2004 won hij met de Engelse club deLeague Cup. Daarna volgde een weinig succesvol avontuur bij het Schotse Celtic FC. In Brazilië speelde hij nog bijCR Vasco da Gama (2000-2001),SE Palmeiras (2005-2006) en van december 2006 tot 2007CR Flamengo. Bij CR Vasco da Gama won Juninho in 2000 deBraziliaanse landstitel en deCopa Mercosur. Bovendien speelde de middenvelder bij deze club samen met zijn naamgenootJuninho Pernambucano, die later bijOlympique Lyonnais internationaal zou doorbreken. In 2007 tekende Juninho bij het Australische Sydney FC.
Tussen 1995 en 2003 speelde Juninho vijftig interlands in het nationaal elftal van Brazilië, waarin hij vijf doelpunten maakte. Zijn grootste successen met deSeleção waren het behalen van de bronzen medaille op deOlympische Spelen 1996 van Atlanta en het veroveren van de wereldtitel op hetWK 2002 inJapan. Op dit toernooi speelde Juninho in vijf van de zeven wedstrijden van Brazilië. Hij begon aan het WK als basisspeler, maar Juninho moest na enkele wedstrijden plaats maken voor de jongereGilberto Silva enKléberson. In de finale speelde Juninho alleen de laatste vijf minuten als vervanger vanRonaldinho. HetWK 1998 inFrankrijk miste Juninho als gevolg van een beenbreuk. Vier maanden voor het WK brak de Braziliaan zijn been in het competitieduel van Atlético Madrid metCelta de Vigo. Door een versneld revalidatieprogramma was Juninho op tijd fit voor het WK, maar de toenmalige bondscoachMario Zagallo vond hem echter niet fit genoeg.