Stones begon op zevenjarige leeftijd met voetballen in de jeugdopleiding vanBarnsley. Hij tekende zijn eerste professionele contract in december 2011. Op 17 maart 2012 debuteerde hij in deChampionship tegenReading.[2] Op 11 augustus 2012 maakte de centrumverdediger zijn eerste doelpunt voor Barnsley in deLeague Cup tegenRochdale.[3] Hij speelde in totaal 28 wedstrijden voor Barnsley.
Op 31 januari 2013, de laatste dag van de winterse transferperiode, tekende hij een vijfeneenhalfjarig contract bijEverton, dat 3,5 miljoen euro op tafel legde voor de verdediger, die op dat moment vooral als rechtsback speelde. Hij sloot de rest van dat seizoen aan bij het onder 21-elftal van Everton.
Op 28 augustus 2013 maakte hij zijn debuut voor Everton in de bekerwedstrijd tegenStevenage. Twee weken later debuteerde Stones in dePremier League tegenChelsea.[4] Hij viel één minuut in. Tot de jaarwisseling moest hij het vooral doen met invalbeurten. Op nieuwjaarsdag 2014 stond hij in de competitie tegenStoke City voor het eerst in de basis. Daarna speelde hij dat seizoen bijna alles.
Op 7 augustus 2014 verlengde hij zijn contract met een jaar, waardoor hij tot 2019 onder contract zou staan bij Everton. Op 18 september maakte Stones zijn Europees debuut in deUEFA Europa League tegenVfL Wolfsburg.[5] Op 5 oktober liep hij tegenManchester United een blessure op die hem tot het einde van het jaar zou uitschakelen. Ondanks de blessure, was Stones een van de genomineerden voor deGolden Boy award 2014, die uiteindelijk gewonnen werd door landgenootRaheem Sterling. Na de jaarwisseling was hij niet meer weg te denken uit de basis. Op 26 april 2015 maakte hij zijn eerste doelpunt in de Premier League tegenManchester United.[6]
Aan het begin van zijn derde en laatste seizoen bij Everton, stond Stones in de serieuze belangstelling vanChelsea, dat drie biedingen, variërend van 20 tot 30 miljoen pond, bij Everton had neergelegd, dat ze alle drie had afgewezen. Dat seizoen was hij nagenoeg blessurevrij en kwam hij tot 41 wedstrijden, zijn meeste in een seizoen tot dan toe. In totaal kwam hij in drie jaar bij Everton tot 95 wedstrijden.
In 2016 tekende Stones een zesjarig contract bij Manchester City, dat zo'n €56.000.000,- voor hem overhad. Stones was samen met onder meerİlkay Gündoğan,Leroy Sané de grootste aankopen van nieuwe trainerPep Guardiola, die dat seizoen begon bij City. Hij ging spelen met rugnummer 24 en ging de concurrentie aan metNicolás Otamendi enVincent Kompany. Op 13 augustus maakte hij in de seizoensopener tegenSunderland (2-1 winst) zijn debuut voor de club naastAleksandar Kolarov. Op 6 januari 2017 maakte hij in de beker tegenWest Ham United (5-0 winst) zijn eerste doelpunt voor zijn nieuwe club. In zijn tweede seizoen bij Manchester City werd hij landskampioen. Toch was hij door blessureleed lang niet altijd basisspeler. Hij speelde in 18 van de 38 competitiewedstrijden mee. In deChampions Leaguewas hij een stuk belangrijker. Zo scoorde hij op 13 september 2017 in de openingswedstrijd tegenFeyenoord (4-0 winst) twee doelpunten. Ook tegenNapoli in de groepsfase was hij trefzeker.
In zijn derde seizoen bij City werd hij voor de tweede keer landskampioen en dit keer had hij daar met 24 wedstrijden een groter aandeel in. Op 3 januari 2019 haalde hij in een 2-1 overwinning op naaste titelconcurrentLiverpool een cruciale bal van de lijn, wat later cruciaal zou blijken in de titelwinst van Manchester City, dat met slechts één punt meer dan Liverpool kampioen werd. Ook won hij aan het begin deCommunity Shield tegenChelsea (2-0 winst) en speelde hij negentig minuten. Ook won City beide bekers: deEFL Cup-winst tegen Chelsea miste Stones door een blessure, in deFA Cup-finale tegenWatford mocht Stones elf minuten invallen. Op 4 augustus 2019 speelde Stones negentig minuten in de finale van de Community Shield tegenLiverpool, die na penalty's gewonnen werd. Op 1 maart 2020 speelde Stones opnieuw negentig minuten en won het de EFL Cup-finale met 2-1 vanAston Villa.
Op 6 januari 2021 scoorde Stones de openingstreffer in een 2-0 overwinning opManchester United opOld Trafford in de halve finale van de EFL Cup, die City uiteindelijk won. Hij werd uitgeroepen tot man of the match en werd geprezen door Guardiola, die zag dat Stones een sterk duo vormde met nieuwe aanwinstRúben Dias. Op 17 januari scoorde Stones twee keer in de competitiewedstrijd tegenCrystal Palace, die City met 4-0 won. City werd dat seizoen opnieuw kampioen en Stones werd uitverkozen in het PFA Team of the Year. Op 10 augustus 2021 verlengde Stones zijn contract tot de zomer van 2026.
In het seizoen 2022/23 vond Guardiola een nieuwe rol voor Stones, die als controlerende middenvelder naastRodri kwam te spelen in een 3-2-4-1 opstelling. Dat seizoen was zijn beste seizoen bij Manchester City. In zijn nieuwe rol werd hij geprezen om zijn voetballende kwaliteiten en hij verscheen ook geregeld voor de goal. Hij kwam tot drie goals en drie assists in 34 wedstrijden dat seizoen. Op 15 april scoorde hij in een 4-1 overwinning opArsenal, dat op dat moment nog eerste stond in de competitie, maar door een reeks van twaalf overwinningen en een aantal misstappen van Arsenal werd City op 20 mei opnieuw kampioen. Drie dagen daarvoor was Stones een uitblinker in de 4-0 overwinning in de tweede halve finale tegenReal Madrid, waarin hij in Engelse kranten vergeleken werd metFranz Beckenbauer. Op 3 juni speelde Stones negentig minuten in de FA Cup-finale tegenManchester United, die City met 2-1 won. Op 10 juni completeerde Manchester City de treble doorInternazionale met 1-0 te verslaan in de Champions League-finale, waarin Stones basisspeler was.
Stones miste de eerste twee maanden van het nieuwe seizoen door een blessure.
Stones speelde drie duels voor Engeland –19 en Engeland –20. Hij debuteerde op 30 mei 2014 onder bondscoachRoy Hodgson in hetEngels voetbalelftal, in een oefeninterland tegenPeru in hetWembley Stadium. Hij mocht na 75 minuten invallen voor linksbackLeighton Baines. RechtsbackGlen Johnson schoof door naar de linksachterpositie, waardoor Stones als rechtsback werd uitgespeeld. Engeland won met 3–0.[7] Stones begon op 3 september 2014 voor het eerst in het basiselftal, in een oefeninterland tegenNoorwegen.[8] Vijf dagen later speelde hij zijn eerste officiële interland voor Engeland in deEK-kwalificatie, tegenZwitserland.[9] Stones werd op 16 mei 2016 opgenomen in de selectie van Engeland voor hetEK 2016.[10] Engeland werd in de achtste finale uitgeschakeld doorIJsland (1–2) na doelpunten vanRagnar Sigurðsson enKolbeinn Sigþórsson. Stones maakte tevens deel uit van de Engelse selectie van bondscoachGareth Southgate voor hetWK 2018 inRusland.[11] Hij maakte ook deel uit van de selecties voor hetEK 2021 en hetWK 2022. Hij werd op 6 juni 2024 door Southgate opgenomen in deEngelse selectie voor hetEK 2024 inDuitsland.[12] Engeland bereikte definale, die het met 2–1 verloor vanSpanje. Stones miste op het toernooi geen minuut aan speeltijd.