Navas begon in zijn jeugd met voetballen bij Unión Deportiva Los Palacios uit zijn geboorteplaats. In 2002 ging hij op zestienjarige leeftijd in hettweede elftal van Sevilla spelen. In zijn eerste seizoen kwam de middenvelder daarin tot zes wedstrijden. In het seizoen 2003/04 groeide hij uit tot een vaste waarde. Navas debuteerde aan het einde van dat seizoen in de hoofdmacht van Sevilla in dePrimera División. Een jaar later werd hij ook daarin een vaste waarde. Hij scoorde op 2 februari 2005 in de kwartfinale van deCopa del Rey tegenCA Osasuna zijn eerste doelpunt voor Sevilla. Op 24 april tegenAthletic Bilbao scoorde hij zijn eerste doelpunt in de competitie.
Op 10 mei 2006 stond hij in de finale van deUEFA Cup tegenMiddlesbrough, dat met 4-0 verslagen werd. Drie maanden later stond hij opnieuw in de basis tijdens deUEFA Super Cup (3–0 winst tegenFC Barcelona). Hierin gaf hij een assist op de 2-0 vanFrédéric Kanouté. Op 16 mei 2007 stond hij opnieuw in de finale van de UEFA Cup tegenRCD Espanyol, die na 120 minuten in 2-2 eindigde. Navas was hierin opnieuw goed voor een assist op Kanouté. Vervolgens won Sevilla op penalty's. Een maand later won Navas ook de finale van de Copa del Rey tegenGetafe.
Op 19 september maakte hij zijn debuut in deChampions League tegenArsenal, dat met 3-0 won. In het seizoen 2007/08 kwam hij tot vijf goals en dertien assists in maar liefst 53 wedstrijden. Op 19 mei 2010 won Navas voor de derde keer de Copa del Rey, door in de finale vanAtletico Madrid te verslaan. Navas maakte zelf in de 91'ste minuut de tweede en laatste treffer.
Het seizoen 2010/11 was een minder jaar voor hem door meerdere blessures, waardoor hij slechts 28 wedstrijden speelde. Vervolgens speelde hij nog twee seizoenen langs bijna alle competitiewedstrijden, waardoor hij na tien seizoenen op 389 wedstrijden in het shirt van Sevilla stond, met daarin 33 goals en 83 assists.
Navas vertrok in juli 2013 naarManchester City, dat 25 miljoen euro voor hem betaalde. Hier kreeg hij rugnummer 15. Hij maakte op 18 augustus zijn debuut tegenNewcastle United. Op 24 september scoorde hij in deEFL Cup tegenWigan Athletic zijn eerste doelpunt voor City. Op 24 november scoorde hij tegenTottenham Hotspur zijn eerste twee doelpunten in de Premier League. Navas stond op 2 maart 2014 in de finale van de EFL tegenSunderland, waarin hij in de 90'ste minuut de laatste goal van de wedstrijd, de 3-1, waarna City won. Hij won dat seizoen ook de Premier League met City.
Navas was vier seizoenen lang basisspeler bij City en won nog één prijs, de EFL Cup in 2015/16 doorLiverpool in de finale te verslaan. Aan het einde van hetseizoen 2016/17 werd zijn contract niet verlengd door de Engelse club. Hetzelfde gold voor zijn collega'sWilly Caballero,Gaël Clichy enBacary Sagna[4]. Hij kwam tot 183 wedstrijden voor Manchester City, waarin hij goed was voor acht goals en 39 assists.
Navas keerde in augustus 2017 transfervrij terug naar Sevilla. In het seizoen 2019/20 en 2022/23 won Navas met Sevilla deUEFA Europa League. Dit was voor Navas de vierde keer dat hij het Europese clubtoernooi won, nadat hij eerder al tweemaal de UEFA Cup won, zoals het clubtoernooi tot het seizoen 2008/09 heette. Hij speelde bijna 700 wedstrijden voor Sevilla en is daarmee met enorme afstand de speler met de meeste wedstrijden ooit voor Sevilla.
Navas debuteerde op 16 november 2009 in hetSpaans nationaal elftal. In een oefenwedstrijd tegenArgentinië kwam hij in de tweede helft als invaller voorAndrés Iniesta in het veld. Een jaar later won hij met Spanje hetWK 2010. Daarop speelde hij zelf de tweede groepswedstrijd tegenHonduras (2-0 winst) van begin tot eind. In zowel de eerste groepswedstrijd tegenZwitserland (0-1 verlies) als in de finale tegenNederland (0-1 winst na verlengingen) viel hij na een uur spelen in. Navas maakte ook deel uit van de Spaanse ploeg die hetEK 2012 won. Hij was tijdens dit toernooi invaller in de groepswedstrijden tegenItalië enKroatië en in de halve finale tegenPortugal. Op 18 juni 2023 won Navas deUEFA Nations League met de Spaanse selectie, waarin de finale na een strafschoppenreeks werd gewonnen vanKroatië. Navas werd hierdoor de eerste voetballer ooit die het wereldkampioenschap, Europees kampioenschap en de UEFA Nations League won. Hij werd op 7 juni 2024 door bondscoachLuis de la Fuente opgenomen in deSpaanse selectie voor hetEK 2024 inDuitsland,[5] dat gewonnen werd door Spanje. Het was zijn derde en laatste grote toernooi en zijn vierde prijs met Spanje in totaal.
Navas lijdt aan chronischeheimwee van dusdanige aard dat hij meerdere malen trainingskampen in Spanje verliet omdat ze te ver vanSevilla vandaan lagen.[6] Daarnaast heeft Navasangstaanvallen enepileptische insulten.[7] In 2007 weigerde hij in eerste instantie om met Sevilla naar deVerenigde Staten te reizen voor oefenwedstrijden, maar ging uiteindelijk toch in de hoop dat het zou helpen bij het overwinnen van zijn heimwee.
