Op 9 februari 2009 kreeg Timmer van Feyenoord te horen dat hij niet in de plannen voorkwam van toekomstig trainerMario Been en dat zijn aflopende contract daarom niet verlengd werd. Dit ondanks een clausule dat zijn contract automatisch verlengd zou worden, bij een bepaald aantal wedstrijden. Op 19 november 2009 meldde hij in het tv-programmaPauw & Witteman het einde van zijn voetbalcarrière. Hij keerde in maart 2010 voor korte tijd terug in het profvoetbal.SC Heerenveen deed toen een beroep op hem voor de rest van het seizoen 2009/10, vanwege blessures van de eerste drie doelmannen. Van 2010 tot 2012 was Timmer trainer bij amateurclubFC Horst uitErmelo, destijds uitkomend in deTweede klasse op zaterdag. Sinds 2014 is Timmer trainer vanHierden.
Timmer is een van twee Nederlandse doelmannen, die voor twee verschillende Nederlandse clubs in deUEFA Champions League hebben gespeeld. Voor zowel Feyenoord als Ajax speelde hij in die competitie, net zoals Kenneth Vermeer.
Sinds medio 2012 was hij technisch- en commercieel manager bijAGOVV Apeldoorn, totdat de club failliet ging op 8 januari2013.