De Portugese expansie in de Indische Oceaan verliep onder de vlag van deJezuïeten-orde. Boven de ingang van Fort Jesus is het monogram van de Jezuïeten nog steeds zichtbaar, net zoals de gedenksteen waarin de stichting van het fort onder de naam van Fort Jesus wordt vermeld. Volgens een andere lezing zou de naam zijn afgeleid vanIsa Bin Tarif, de Sultan vanOman, die Mombasa in1837 wist te veroveren op een rivaliserende Omanitische familie.
Het fort huist een kleinmuseum, waarin een aantal archeologische vondsten en gebruiksvoorwerpen zijn te bezichtigen.Fort Jesus is voor de meeste toeristen het startpunt van een excursie in het oude stadsgedeelte van Mombasa.
Aan Fort Jesus is een bibliotheek verbonden, die gehuisvest is in de Old Law Courts, naast het fort. Hier is ook de archeologische dienst van de National Museums of Kenya - afdeling Kust, gevestigd.